3SLZA

The crystal structure of xmrv protease complexed with tl-3
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 23
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3slzA00
5P1EA 5J25A 5DR0A 3UQUA 2QMFA 4B00A 3DM6A 4Y4TA 2F8GA 3BXSA 1MSMA 3NUOA 5P7AA 2IEOA 3O9EA 1C6XA 3CICA 1BDQA 5P80A 2VNMA 3T11A 2P3DA 2ZE1A 2PK6A 3KFNA 2XFKA 5P4IA 4Y56A 4FAEA 3MWSA 5F00A 2CEJA 4I0JA 4DFGA 1XN3A 4ZSPA 3EL0A 2VNNA 5P0VA 2WJOA 4YA8A 5P0KA 5IS4A 3L5CA 1Z1RA 2RKGA 5KOQA 4F73A 5P47A 2G21A 5P5PA 1ER8E 2NNKA 5P6RA 1RV7A 3EL9A 2QNNA 4MC1A 4LL3A 5P7TA 4APRE 3VYDA 1SDTA 5P14A 5ER2E 1HVHA 2HM1A 4U8WA 4DJPA 4J0PA 3S7LA 5P8LA 2G1RA 5P8OA 2I4DA 1GNOA 5P6LA 4Z2ZA 4EJDA 3KA2A 3O9AA 1QRPE 4Y3ZA 1KJGA 1SBGA 3SA9A 1NH0A 3SM1A 4DUSA 5P7RA 1QBSA 3KFRA 4Y6MA 4DPFA 4D85A 4LC7A 3OWNA 5OYVA 5OZ7A 1D4LA 5OZYA 3K4VC 2UPJA 3FIVA 5OYZA 5P0RA 2OHTA 3U7SA 2WF1A 3Q70A 2HB4A 4J0YA 3CKRA 1FFFC 4FRKA 1UPJA 1LF2A 4YCTA 4Y3GA 3OXCA 2AOHA 3SA4A 4GJDA 3EL4A 3MXEA 2Q63A 5HTZA 3INDA 5P0SA 3O9LA 4YD3A 3EM6A 3FSMA 5P2GA 5OYTA 5P6QA 3GGVA 5P69A 5T4SA 5HDXA 1A9MA 4Y3AA 4OBZB 4Y5GA 5IVQA 4FS4A 4X2LA 1HTFA 5AH8A 4RGHA 3UDKA 4CPQA 3OUDA 4FGXA 3S85A 3APPA 3OU4A 1YTGA 3OOZA 2QP8A 5I70A 3CKPA 1A94A 4Y57A 2RENA 2ZJMA 1B6JA 5P0CA 1FMUA 5P5BA 3UQPA 3PBDA 5P1OA 5P1ZA 5P3QA 5KQXA 3GGAA 1DW6C 5OZAA 3D20A 1LV1A 3UFNA 4H3GA 5P58A 2NPHA 3OXXA 2AOIA 2F81A 1DAZC 2IQGA 4JECA 4U7VA 1E80E 4R95A 3HAUA 3ZKIA 1K1UA 4DJOA 1HIHA 3DCRA 2AQUA 5OZEA 5P5UA 4CPXA 3CYXA 3QAAA 5P2XA 2HPFA 5OZ6A 5P50A 5P4HA 4ZSMA 2FDDA 3S7MA 4HDPA 1HVJA 1N49A 3IVIA 5P22A 4CPWA 1VIKA 1XE6A 4BELA 2PWRA 4EQJA 5P2AA 5P2EA 3PVKA 2AZBA 1EPOE 3RTMA 2F3FA 4DJYA 5P40A 1FFIC 1T7JA 4B05A 3ZKQA 3OUBA 2V11C 4GJ5A 3R4BA 1BXQA 5P0DA 5P0YA 4B77A 1TW7A 2G26A 5P79A 3Q6YA 3RSXA 2ZHTA 3D91A 1DMPA 1BVGA 3AIDA 5P8UA 3KFPA 3S2OA 4Y3XA 5P2OA 5KR1A 1D4HA 5P1XA 4DQFA 1BV9A 3WB4A 5P3AA 1FB7A 5P1VA 3GW5A 2QMDA 4K4PA 1EPNE 1FQ8A 3LZUA 3BRAA 4Y36A 5P0FA 3PSYA 3PSGA 7UPJA 4OBGA 5P6AA 3RSVA 5P2MA 1HSIA 5P3LA 3PLLA 5P3RA 3ZKGA 5P20A 1W5WA 5P68A 4L7HA 2P3CA 4OBFA 4R5NA 3A2OA 4ZE6A 4CPTA 3IXOA 5P5HA 4CP7A 1HIIA 5BS4A 2ZJLA 1YTHA 3KDBA 4ZLSA 5P07A 4CKUA 3SM2A 2BKTA 3NXNA 1LZQA 5P7DA 4OBZA 5P7LA 1QBUA 5DR8A 3SA5A 5OZQA 4I0ZA 5IVTA 4TRWA 5P3MA 1XL5A 4BFDA 2CENA 2WEDA 4MC6A 4GJ7A 5P6JA 3SA3A 5P1SA 1W51A 2P3BB 1EBZA 3NXEA 5P4OA 3TTPA 4ZEAA 5P0PA 1MESA 4FM7A 5P0TA 1FF0C 2FNSA 1PPKE 2XYEA 5P6UA 5P8BA 5P1BA 3LINA 5P39A 5P2DA 5SY2A 5P2UA 1T7IA 3EL5A 4AA9A 3INHA 4DJRA 3L5FA 5P2JA 2JJIA 5P2TA 5AHCA 4D89A 1AIDA 4L6BA 4Y50A 5P1PA 5P8RA 5P60A 5COKA 3G72A 3CMSA 7HVPA 3VSXA 2ZHUA 4QGIA 4YBFA 3NSHA 2VIEA 5P0MA 3EKXA 2OHKA 5P7ZA 4J5JA 4EJKA 5P54A 2QHCA 1C6ZA 5OZZA 1G35A 3UPJA 3JVYA 5P0HA 5P3PA 1IBQA 3NYGA 1HPXA 2QK5A 1HVCA 3Q4BA 5SXNA 5FIVA 5HD0A 5P02A 1T7KA 4Y54A 5OZUA 4Y5CA 2V0ZC 4Y4EA 1IZEA 2IL2A 3L5DA 1FMXA 3URLA 4EPJA 5OYSA 3B7VA 1DP5A 1YT9A 4PZXA 3NU9A 4D83A 3H0BA 3SLZA 3JW2A 4FSEA 1B5FB 3NU5A 1BXOA 4Q1NA 3WSJA 1FQXA 5KQYA 5OZTA 4DJQA 3S43B 5HE5A 2FDPA 3VF7A 4FAFA 2WKZA 1AAQA 1E5OE 4LXKA 5P4EA 3VG1A 5P7NA 5P3HA 5IVSA 1NPVA 3ST5A 1FQ6A 3IXJA 5P44A 5P25A 5EZXA 4Y5KA 1HVLA 1D4SA 5P01A 1YX9A 2B8LA 1W5VA 5P4CA 2J9JB 2RMPA 3FNUA 3VCMA 4HDBA 2HIZA 4YBIA 2XFJA 4TVGA 5BRYA 5P6TA 4DQHA 4K8SA 4MC9A 3C9XA 5P06A 1MSNA 5P4BA 3BUFA 3NU6A 3ZKMA 4I10A 3QN8A 3UDHA 3AUPA 4CPRA 5P3CA 2O4PA 1BDLA 4YD7A 5P26A 2O4LA 1E81E 1KJ7A 4Y43A 1RL8A 1TCWA 1ZSRA 1HPSA 3HBOA 4J1FA 4GJ8A 2QD6A 2Q5KA 1D4JA 3KN0A 2A4FA 1TSQA 2ER6E 2VJ9A 2V10C 1RNEA 5P7XA 1D4KA 3I25A 4QJ9A 3OY4A 3UTLA 1HEGE 2G94A 5P6VA 3UQWA 3OQDA 4PPHA 4I0GA 5P05A 4I0FA 3SQFA 3UDRA 5P5QA 3BXRA 1FEJC 5PEPA 5P86A 5P75A 5HU1A 4RCEA 3QIHA 5P7OA 4ZPEA 1IIQA 3ZKSA 5P63A 4PYVA 4AZYA 3SO9A 1HOSA 5I3XA 1PPLE 5P7IA 4EQ0A 4GJBA 5P6HA 1W6IA 2HS2A 2B42A 1FG6C 4Y4WA 4FCOA 5OYYA 4EWOA 4R91A 2I4WA 3GI6A 5OYQA 1APVE 5P4TA 3INEA 5P0WA 5OZ4A 3LIYA 5OZ9A 4B72A 2O4SA 3L59A 2QZXA 1NPWA 5P34A 3DJKA 1LYAB 4RYGA 3O9CA 2Q11A 5P6FA 5P7EA 1ENTE 2P3AA 2PYNA 1K6CA 3QPJA 3T3CA 5P3FA 1VIJA 5P56A 2AOCA 5P8IA 5DPZA 5P0OA 2NXMA 2WEZA 3TPJA 5IVRA 5P53A 5P36A 5P6PA 1TQFA 5P4MA 1SGZA 3HDKA 4TVHA 3T7QA 5P6IA 2QMPA 5P3VA 4H1EA 4GIDA 4Y58A 1QDMA 3NU4A 4FM8A 3QI1A 2QI1A 5KR0A 1B5FA 5OZ5A 5P2NA 2J9KA 4R93A 5DQ2A 5P6EA 3S43A 5P8GA 1OEXA 5OZFA 3EKQA 5P0XA 5OZHA 1SMEA 5P29A 1HTGA 4J54A 5P37A 3LIVA 5P74A 1MT9A 3ZPTA 5P1MA 4RCDA 2AVOA 3QP0A 4I12A 2G69A 5ENMA 5P13A 1T6GA 4OC6B 2J9JA 3CIDA 2NNPA 4A6BA 4GMIA 1FGCC 3BVBA 4FIVA 4YOBA 2Q64A 2QNPA 2WF0A 1C6YA 2ZYEA 1D4IA 5P82A 5P83A 3TL9A 2VIJA 4QJ2A 1GVWA 4EJ8A 5HDUA 2P83A 2ZHSA 3ZLQA 4NJVA 3ZPUA 5EZZA 2O4NA 3TNEA 3ER5E 1NSOA 3D1ZA 4F74A 3SACA 2R5PA 4J0ZA 2I4XA 5P5VA 5OZJA 2IGXA 3UFLA 4J1HA 3LITA 5P59A 4DJUA 3CYWA 5P6CA 3S53A 2O40A 3TLHA 1PFZA 3TPRA 1YM4A 1HTEA 4HLAA 3PCZA 5P5YA 2R5QA 4ER2E 2Z54A 1AM5A 1BAIA 1HEFE 2I1AA 3TOHA 5P5SA 5KR2A 5P3YA 1KJHA 1IDBA 2JE4A 4QJ7A 4Y39A 3WB5A 1EPQE 5P5GA 5P3BA 2PK5A 2ZJIA 5P4YA 4DI2A 3K5DA 1HPOA 5P67A 5P8NA 1QS8A 2OHUA 4Y3FA 2IS0A 1MTRA 4Y3JA 4Y3EA 4H3JA 1FQ4A 1HVRA 3DCKA 5OYUA 5TOLA 1WBKA 3O9FA 1MPPA 2H6SA 1LYAA 2BPZA 3U6AA 4Y3RA 1KJ4A 3D1YA 3GGUA 2MIPA 5ISJA 1EC0A 5P00A 3EKWA 3WZ7A 1YG9A 1LYWB 3IN4A 5P0GA 1QBTA 3KDCA 2PWCA 5P6XA 4OD9B 3KFSA 5P5DA 4YD5A 3SKFA 3NDXA 5P45A 4WY6A 3ZOVA 5HVPA 3SAAA 3R0YA 1MRWA 5HCOA 3NDTA 2B7ZA 1HPVA 5P6WA 4K4RA 5P8DA 3T7PA 3SKGA 5HDVA 3UDNA 3PWWA 2OAHA 1BWAA 3DV1A 4LP9A 3KMXA 5P8FA 5P3EA 1KJFA 1EPPE 5P27A 4NKKA 1G2KA 2NXDA 4KUPA 3T6IA 4CMSA 5P5WA 5P08A 4OC6A 4NJTA 5P7VA 1IZIA 3KT2A 5P6BA 5KQZA 2AODA 3IA9A 4QJ6A 5HU0A 1W50A 4EYRA 2AZCA 2FS4A 2RSPA 3K1WA 5P4XA 4Y5NA 3K5CA 4FLGA 2ZJNA 4Y3WA 3FNSA 3QBFA 5OZCA 2CEMA 5P4SA 1F34A 5P0EA 3OOTA 3RTNA 4K9HA 1K6VA 3S56A 2WEAA 5AH6A 3SABA 3DOXA 4OBJA 4GYEA 5DGUA 2ZJJA 1ODWA 3PI5A 1PSOE 4RCFA 5DQCA 5P4JA 1HXWA 1MT7A 1XE5A 5OZNA 2B8VA 4HA5A 5P4KA 5DGWA 3VLAA 3KDDA 3QBHA 4FRJA 5P0NA 1K6TA 2I4UA 3PSUA 1W5YA 2FMBA 1MEUA 2G1SA 5P3NA 5P65A 2ZDZA 3O9HA 2QI3A 1CMSA 3URJA 4YE3A 5P8KA 1SIVA 5P35A 1Z8CA 1LF4A 3TOFA 5P1QA 3RU1A 1GVVA 3OGPA 4YD6A 5OZMA 4KE0A 4Z4XA 1G6LA 3UF3A 3UQXA 4DQGA 4I0IA 5OZLA 2VS2A 3TKGA 3OQAA 4FE6A 1TSUA 4EP2A 4JP9A 4ACXA 5P28A 2BPXA 2ER0E 4PEPA 3LIQA 2PQZA 2OHPA 1XDHA 1LYWA 3EM4A 3URIA 2F80A 4YCYA 2AZ9A 4OD9A 4Y3QA 4Q5MA 4RYCA 1DPJA 5P0AA 4Z50A 1YM2A 2H6TA 4Y5AA 4YD4A 1FLHA 2VJ6A 3ZL7A 4J1EA 3ZMGA 3EM3A 3PGIA 4QJ8A 2IRZA 5P61A 3BC4A 3NWQA 9HVPA 3OHHA 4QJAA 5P0UA 1M0BA 3GI4A 5P7BA 4DVFA 2VIYA 5P77A 5HE7A 1B6PA 2ER9E 1SP5A 5P49A 5P5EA 5P2FA 3UCBA 5DR1A 1GVTA 5KR8A 3PBZA 3ECGA 5DR3A 5I3YA 4X7IA 5AGZA 2BQVA 3TH9A 5P8PA 5BWYA 3U71A 8HVPA 3GI5A 5P6MA 3VV8A 3OU1B 5P38A 4LXMA 4OBDA 3N4LA 5HCTA 2JXRA 1EEDP 4Y45A 1IZHA 3L5BA 2WL0A 2V13A 3HVPA 3LZVA 5IE1A 3OGQA 3RTHA 5P1LA 4B0QA 2QMGA 2PC0A 2ER7E 1F7AA 5P5AA 4Q1WA 1WKRA 2I4VA 1AJVA 2WECA 5P6ZA 3ZPSA 3S45A 5P70A 5P8QA 5P1FA 3VYEA 3NR6A 4B70A 5OZGA 2Q15A 1HVSA 4ZPFA 5P3SA 5P55A 1OHRA 1K6PA 4COEA 1UH8A 3HVGA 4Y3SA 5P3WA 1YTJA 5AH7A 4J17A 5P7YA 3LPIA 1BIMA 4K4QA 5P5FA 5P2QA 2HB2A 5P04A 3QRMA 1APTE 1D4YA 5OZSA 1LF3A 4L1AB 5P1NA 5P2RA 3OADB 1A30A 5P3KA 3UDYA 3L58A 5P15A 2AVQA 4J0TA 4BFBA 2FXEA 3G6ZA 5P2BA 3BVAA 1OEWA 1A8GA 3DK1A 3M9FA 5P2YA 5P3GA 4IVTA 5P4DA 1SMRA 1HWRA 4ZSRA 3Q5HA 5COPA 4XXSA 5P4WA 2HPEA 2OHNA 4HVPA 4J1IA 4F76A 5P8VA 3NUJA 5P42A 3TPLA 2ZJKA 2OHLA 4FL8A 4YDGA 5AHAA 4Y51A 2FDEA 5JFUA 2BKSA 1HVIA 5P1GA 4RZ1A 1YTIA 4RROA 1IZDA 2BPYA 1U8GA 5P52A 1J71A 3UDPA 4I11A 3Q3TA 2Q55A 5P0LA 3EKTA 5HDZA 1GNMA 3JVWA 1A8KA 5P4RA 1HVKA 2HC0A 2P3BA 4RVXA 2UY0A 1K2CA 5P4VA 4FSLA 3APRE 4A6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1E A;  5J25 A;  5DR0 A;  3UQU A;  2QMF A;  4B00 A;  3DM6 A;  4Y4T A;  2F8G A;  3BXS A;  1MSM A;  3NUO A;  5P7A A;  2IEO A;  3O9E A;  1C6X A;  3CIC A;  1BDQ A;  5P80 A;  2VNM A;  3T11 A;  2P3D A;  2ZE1 A;  2PK6 A;  3KFN A;  2XFK A;  5P4I A;  4Y56 A;  4FAE A;  3MWS A;  5F00 A;  2CEJ A;  4I0J A;  4DFG A;  1XN3 A;  4ZSP A;  3EL0 A;  2VNN A;  5P0V A;  2WJO A;  4YA8 A;  5P0K A;  5IS4 A;  3L5C A;  1Z1R A;  2RKG A;  5KOQ A;  4F73 A;  5P47 A;  2G21 A;  5P5P A;  1ER8 E;  2NNK A;  5P6R A;  1RV7 A;  3EL9 A;  2QNN A;  4MC1 A;  4LL3 A;  5P7T A;  4APR E;  3VYD A;  1SDT A;  5P14 A;  5ER2 E;  1HVH A;  2HM1 A;  4U8W A;  4DJP A;  4J0P A;  3S7L A;  5P8L A;  2G1R A;  5P8O A;  2I4D A;  1GNO A;  5P6L A;  4Z2Z A;  4EJD A;  3KA2 A;  3O9A A;  1QRP E;  4Y3Z A;  1KJG A;  1SBG A;  3SA9 A;  1NH0 A;  3SM1 A;  4DUS A;  5P7R A;  1QBS A;  3KFR A;  4Y6M A;  4DPF A;  4D85 A;  4LC7 A;  3OWN A;  5OYV A;  5OZ7 A;  1D4L A;  5OZY A;  3K4V C;  2UPJ A;  3FIV A;  5OYZ A;  5P0R A;  2OHT A;  3U7S A;  2WF1 A;  3Q70 A;  2HB4 A;  4J0Y A;  3CKR A;  1FFF C;  4FRK A;  1UPJ A;  1LF2 A;  4YCT A;  4Y3G A;  3OXC A;  2AOH A;  3SA4 A;  4GJD A;  3EL4 A;  3MXE A;  2Q63 A;  5HTZ A;  3IND A;  5P0S A;  3O9L A;  4YD3 A;  3EM6 A;  3FSM A;  5P2G A;  5OYT A;  5P6Q A;  3GGV A;  5P69 A;  5T4S A;  5HDX A;  1A9M A;  4Y3A A;  4OBZ B;  4Y5G A;  5IVQ A;  4FS4 A;  4X2L A;  1HTF A;  5AH8 A;  4RGH A;  3UDK A;  4CPQ A;  3OUD A;  4FGX A;  3S85 A;  3APP A;  3OU4 A;  1YTG A;  3OOZ A;  2QP8 A;  5I70 A;  3CKP A;  1A94 A;  4Y57 A;  2REN A;  2ZJM A;  1B6J A;  5P0C A;  1FMU A;  5P5B A;  3UQP A;  3PBD A;  5P1O A;  5P1Z A;  5P3Q A;  5KQX A;  3GGA A;  1DW6 C;  5OZA A;  3D20 A;  1LV1 A;  3UFN A;  4H3G A;  5P58 A;  2NPH A;  3OXX A;  2AOI A;  2F81 A;  1DAZ C;  2IQG A;  4JEC A;  4U7V A;  1E80 E;  4R95 A;  3HAU A;  3ZKI A;  1K1U A;  4DJO A;  1HIH A;  3DCR A;  2AQU A;  5OZE A;  5P5U A;  4CPX A;  3CYX A;  3QAA A;  5P2X A;  2HPF A;  5OZ6 A;  5P50 A;  5P4H A;  4ZSM A;  2FDD A;  3S7M A;  4HDP A;  1HVJ A;  1N49 A;  3IVI A;  5P22 A;  4CPW A;  1VIK A;  1XE6 A;  4BEL A;  2PWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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