3TKGA

Crystal structure of hiv model protease precursor/saquinavir complex
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
SFNFPQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 103
sequence length 103
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tkgA00
3O9LA 5P74A 2RMPA 4GYEA 4I0HA 3NDXA 5P8PA 2F81A 5EZXA 5P4EA 4DPFA 4CMSA 3RSXA 5HE4A 4TVGA 3VLBA 2R8NA 2ZHRA 4D88A 3OUBA 4J1FA 5P62A 1B5FA 5AHAA 2PYNA 5P8MA 3UDMA 2ZJIA 3OY4A 5ER2E 4TRZA 4R5NA 3FV3A 2WJOA 2AOEA 3TKGA 2I4QA 4FS4A 3PWRA 4H3GA 5P77A 2G69A 4Y4XA 4Y6MA 5P6TA 4BEKA 3BGBA 1VIJA 1LYAA 5P73A 1QS8A 2VJ7A 1XN3A 5OZEA 4ER2E 3LZSA 4Y3EA 2ZHTA 4JP9A 3NU5A 5P36A 2HB2A 4H3JA 3SA5A 5P7UA 4QJ8A 4F73A 5P1UA 3WZ7A 3EKXA 5DR0A 5HU0A 4PZXA 1HHPA 5IE1A 1AJVA 1KJGA 5OZFA 3RTNA 4Y58A 4GJ6A 4DJUA 3SA7A 2VIJA 5P5FA 3TPPA 5P47A 3PB5A 2IRZA 2QMGA 2ZDZA 3O9GA 5P7SA 4D89A 3OOTA 1W50A 5P3FA 5HDUA 1EEDP 4AA9A 3OXWA 4KUPA 2SAMA 5P7CA 3D3TA 5P1ZA 2I4VA 5OZ2A 5OZ8A 3VF5A 4I0JA 2G20A 2OHRA 2AOGA 4HLAA 1Z8CA 5P08A 2BBBA 3NU9A 4DQBA 3R4BA 5P8SA 4Y5PA 1WBMA 4HA5A 4ER1E 2PH6A 4COEA 2IGYA 5P0XA 3LPJA 4EXGA 1XN2A 4WTUA 5P2NA 5P8JA 3ZL7A 3PCWA 3K5FA 4PHVA 5P14A 3CKTA 5P19A 1G0VA 5HDXA 1PPME 3EBZA 4OBZA 4B70A 3CIBA 2Q64A 4YD5A 4RVXA 5HE7A 4PPHA 1YM2A 3BVAA 5AH7A 4Q1NA 5P1BA 5P2IA 1XS7D 5OYVA 3GI5A 5P2RA 3OXCA 5P4KA 1XL5A 2ZHSA 1ZPAA 3B80A 5P3YA 1IVQA 1FFFC 5HE5A 4DFGA 4DJXA 3EKWA 5P2CA 1HVRA 5HCOA 3TPRA 3PWWA 4CPUA 5DPZA 1FQ4A 4KB9A 3TH9A 2Q55A 5OZOA 5J25A 5P2QA 2I0DA 1E81E 4LC7A 4RVJA 5P6RA 1T7KA 2NXDA 3VCMA 2FXDA 1XE6A 4NJSA 5KOQA 1C6ZA 4RCFA 2V12C 3UDHA 3JW2A 5P4UA 3MSKA 3RTMA 4B1EA 2VIZA 3EKYA 2AZCA 5P3PA 1ZLFA 1IZHA 1C6XA 5P0DA 4TRWA 1IZDA 2OHTA 2PC0A 1KZKA 2BJUA 5P7OA 1EPNE 1FEJC 2ER9E 3BUGA 4FRIA 4S1GA 5JFUA 3DJKA 3OADA 3INEA 1M0BA 2AOIA 3QPJA 1LYWA 2QI7A 2QI1A 3L3AA 5P5BA 5P67A 5P5PA 3INHA 3K5DA 5OZ7A 3UCBA 4XX4A 4YD7A 2HS1A 3HAUA 5P1PA 4FE6A 3KT5A 5P4XA 3ZKNA 4NJVA 5OZJA 1GNOA 1HTFA 3TKWA 4ZLSA 5P6ZA 5OYYA 5P12A 1AJXA 5P4YA 4FLGA 4R91A 4XXSA 2G1YA 3VV7A 4Y45A 3TOFA 1E5OE 1MPPA 3UQPA 3UDPA 1CPIA 1EPOE 4FAEA 2HPEA 5P3TA 3EMYA 3FNTA 5P32A 3BRAA 5P0PA 5PEPA 3HW1A 5P07A 4YA8A 1LYBB 2Q54A 3SKFA 2NPHA 1EPRE 3ER5E 4Y57A 4Y4BA 3MSJA 3ZMGA 5P8UA 2FGUA 1M4HA 3KYRA 2WL0A 1GVUA 3S7LA 2VKMA 3K5GA 2B8LA 3DM6A 5P4SA 4M8YA 1FF0C 5P5VA 1KJHA 5P3CA 2BPYA 4F74A 3HLOA 3OWNA 1A8KA 1SP5A 5P6SA 5P72A 2QNQA 3VUCA 3UQUA 3QROA 2FDPA 2QNPA 4I12A 3ZPTA 2PWCA 4EJ8A 2ZHUA 4ER4E 5P4TA 3D91A 1LF2A 4HEGA 1ZPKA 1ZBGA 5P68A 5KAOA 3UDYA 2G22A 5P4VA 3PHVA 2ZGAA 1BDRA 4Q5MA 7HVPA 3OK9A 3QS1A 5C9BA 1MVPA 4Y3RA 2ER6E 4L1AB 1G6LA 2AOJA 1IDBA 2QHYA 2F80A 1YTJA 1HVSA 1K6CA 1EC0A 5DR4A 2NR6A 4Y5GA 2A1EA 1T3RA 2BKSA 5DR8A 3QVCA 1M43A 4Y39A 3S8IA 2WECA 4B1DA 5P7AA 5P46A 4NJTA 1NPWA 4MC6A 5P4GA 1TQFA 3OADB 5P3NA 1QRPE 3OU1A 3CICA 4QJ7A 2Q63A 3G6ZA 3OU4B 5OZZA 5P3KA 3H0BA 3OGPA 4TVHA 2VIEA 2WF4A 4YE3A 4Y3NA 4GB2A 3EL0A 3IXJA 3VSXA 4J17A 1MTRA 1IZEA 5P0KA 4EYRA 5C9FA 1W5WA 4RVIA 2PQZA 4Q1XA 2AQUA 1HOSA 2V16C 1ER8E 2O4NA 2G94A 1TW7A 2ZJMA 5P2DA 5P8VA 4GJ8A 4JOOA 5P3DA 2F8GA 5P85A 3SA8A 3QP0A 1SIVA 5IVTA 3EKVA 5KOSA 5P2ZA 5P54A 2AZ9A 2QAKA 3QIHA 4Y3XA 1F7AA 5P7DA 2G1SA 3NWXA 5P17A 1TCWA 3SQFA 1NPVA 2BKTA 2VIYA 5P6YA 4FM7A 1APVE 3NWQA 5P0CA 1Q9PA 1HVIA 5P1SA 3UDJA 2Q11A 3IXKA 1ENTE 2I4UA 3INFA 2P3CA 2CEMA 2H6TA 2JJJA 2ZJKA 4Y3FA 1MRWA 4HDBA 2FNTA 4R93A 4HE9A 5DR7A 1Z1HA 5OZWA 5P1KA 4DQFA 5P3JA 4LAPA 5HDVA 5P5DA 3EM6A 2AIDA 4DPIA 3L5DA 4Y3YA 3WB4A 1KJ7A 5P0FA 3UDRA 3K1WA 4Y3DA 5P23A 3EL9A 1OD1A 1FG8C 5P02A 5HTZA 1GVVA 4X2LA 4QJAA 3S56A 1ME6A 4YCYA 4GZFA 3T3CA 5P1JA 2B7ZA 3PM4A 5OZTA 5P2TA 5ENKA 3BXRA 3CMSA 3OXVA 2IS0A 3WZ8A 1BVEA 3LIYA 4YBFA 1TSUA 3EL4A 2V10C 1HTEA 2RSPA 4DJWA 2NMYA 2G1NA 2R43A 5P5ZA 2PSVA 5P57A 4EHCA 3OU1B 1U8GA 4I0GA 3BVBA 1UH8A 4DH6A 5P1CA 3EC0A 1YTGA 4J0YA 3ZKIA 5BWYA 4ACXA 2PMAA 4OBJA 5OZAA 5P8EA 5T4SA 4A6CA 5P7IA 4J0VA 3TLHA 3O9CA 4OBDA 4D85A 5P8AA 3OHHA 3ZKSA 4HZTA 3T11A 4K4QA 3QVIA 3VYDA 4OC6A 2G27A 3NYGA 3LPIA 4U8WA 3S2OA 3SACA 8HVPA 5P79A 3NU3A 4DQHA 5P4ZA 1BV9A 5I3VA 5KQFA 1GNNA 3SPKA 5P66A 5OYWA 2NNPA 5HD0A 2O4PA 5P76A 1IZIA 3KF0A 4J0ZA 5P30A 5P1TA 2EWYA 4L6BA 1HXBA 1XL2A 2P83A 1TCXA 3QRSA 4DJPA 3ZOVA 5P7PA 1D4KA 2MIPA 5OZ3A 5P81A 5P15A 3QBHA 3AIDA 3SA4A 1SMEA 5P4OA 5HVPA 4GJCA 5KR8A 1BDQA 1ZP8A 2BPXA 5CLMA 5P70A 2V13A 3MSLA 2PK5A 5P37A 4AUCA 1A9MA 1HEFE 2WKZA 5APRE 3TOGA 5P8OA 4DI2A 5P3RA 5P1VA 1FFIC 4LBTA 3OTSA 1FQ7A 4DJRA 4OBKA 2R38A 5P3GA 3PCZA 4RRNA 2WF1A 5P35A 3PRSA 5P5IA 1FMBA 5P26A 4NKKA 3DOXA 4B1CA 5P6XA 4RROA 5P6GA 4Y4EA 1K1UA 1ZSRA 4CPWA 3L58A 3GGXA 4Y3SA 5OZXA 2I1AA 2JXRA 3OU3A 5P7EA 4LP9A 4Y35A 3MXDA 1PFZA 5P7FA 4H1EA 2HIZA 4FM8A 3IVHA 3KFPA 4OBHA 5P5AA 3O9AA 4K4RA 3S54A 3L38A 5P2HA 3SA3A 5OYTA 1IIQA 2I4WA 4YCTA 4B78A 1K6TA 5KR0A 3VF3A 3UDNA 1W5XA 4Y50A 4IVTA 1ODXA 5COKA 4Y5KA 5EZZA 1SDVA 2OF0A 2ZJLA 4OC6B 4I10A 5P4JA 1EAGA 5P3IA 4ZSRA 5DGWA 1TZSA 5ISKA 4J1KA 5KQXA 3GW5A 4CPXA 3OOZA 5P3MA 3S43A 3IGBA 3IAWA 3HAWA 2UXZA 1JLDA 1MESA 1EC2A 5P3OA 2HAHA 5P4FA 5P4RA 5P8CA 2O40A 4BELA 5P0YA 5E5JA 3D1XA 5P44A 1XDHA 5P2EA 3ZLQA 5P1NA 4ZPGA 2QI6A 1FMUA 5JG1A 1SBGA 3PLDA 2PYMA 5OZHA 1QBUA 4LXMA 3APPA 1C70A 1LYBA 4RCDA 3F9QA 5P1HA 3SFCA 3Q3TA 1KJ4A 2QZWA 5DQCA 3NUJA 4JPEA 1AAQA 3H5BA 4J54A 4Y5EA 1D4SA 4R8YA 5P28A 5P8QA 4EPJA 3OQAA 5ENMA 5OZ9A 4GMIA 4ZSPA 1PROA 5P38A 4U7VA 4EJKA 2G21A 3SABA 5P5CA 1IVPA 2AOFA 2P3BB 1APTE 1HWRA 2FDEA 1PPLE 3RTHA 3SA9A 4APRE 1BILA 3QBFA 5P5MA 5P29A 1AXAA 3OQ7A 1ODYA 3INDA 5P6IA 5DQ1A 4DJQA 3LHGA 3DV5A 2VA6A 2OHSA 2WEBA 2OHKA 1EBWA 6APRE 4Y4AA 1FKNA 1YTIA 4B05A 4L1AA 1GVTA 3KDCA 4FRKA 2F3EA 3IN4A 3OHFA 4CPTA 3S45A 4Y47A 1MT9A 5P7WA 5OYXA 4I8ZA 5P5LA 5P7VA 5P2XA 4YD6A 5P45A 1K1TA 3ST5A 5TOLA 5P40A 4F76A 5P2YA 3OU4A 5P63A 2AVMA 2IENA 5P7RA 4PZWA 5OYQA 5P56A 4Y5AA 4GJDA 3UFNA 2IDWA 1HVKA 3O9FA 1BXQA 1CMSA 2NMZA 5KQYA 3AUPA 5P4PA 3UF3A 3EL1A 1D4LA 4ZIPA 3HD8A 1HSIA 3O9BA 4I0EA 1VIKA 5P6JA 3HVGA 1BWAA 1EPQE 1SIPA 3S43B 3TPLA 2O4LA 4L7HA 2HC0A 5DGUA 2NNKA 2R9BA 5P1GA 3DCKA 2I4DA 5P4IA 3OUDB 4R95A 3I8WA 1OEXA 2AVOA 1AM5A 1TSQA 5P0AA 4Z22A 2WF3A 3BUHA 4FIVA 4OBFA 9HVPA 1YG9A 1WKRA 3HDKA 4Y4JA 5P2UA 5AHBA 3BXSA 3ZKGA 2QI4A 4FL8A 1B6JA 2G1RA 3JVWA 2AZ8A 5P6MA 2QD8A 3KMXA 2B42A 4H3IA 3RVIA 3FX5A 2APRA 3PJ6A 3S7MA 3ZKQA 1SDTA 4DUSA 1RNEA 1SH9A 4B00A 5P7QA 5P1RA 4FCOA 5P0RA 3MXEA 2FS4A 4Y3QA 5P3AA 1HSHA 3R0YA 2FNSA 2AVSA 3VLAA 5COPA 3BUFA 4Q1WA 5P8NA 3GGUA 5P6HA 5OZSA 5P8IA 5JODA 5SZ9A 2IEOA 5P8RA 4A6BA 3QAAA 5P53A 5F01A 5P88A 4Y3JA 1HIHA 2Q5KA 5P4DA 5P6KA 1B11A 5P4BA 3EKTA 4EQJA 4Y36A 5P1IA 3URLA 4DJYA 2AOCA 4MC1A 1IBQA 2NXMA 4DJVA 1PSAA 3KA2A 5AH6A 3RU1A 4NPUA 1UH9A 5P3LA 4Y4WA 5P0VA 4J0TA 1HIVA 1RQ9A 4E43A 5SXNA 1PSNA 2P4JA 5I3WA 2RKFA 3ZKMA 6FIVA 1FMXA 1HVLA 5P5OA 4Y5BA 4B77A 5P20A 3IVIA 4FSEA 2FMBA 3PBDA 3VV8A 4A4QA 4Y53A 1RPIA 2NTRA 5OYSA 3FNUA 5HU1A 1ZJ7A 2FLEA 5P2VA 3NXNA 2XYFA 5P5UA 5COOA 4Y56A 2OHMA 2HB3A 4QJ2A 3OXXA 4I1CA 1D4JA 1D4IA 4GJ7A 5P7MA 5P4MA 2BQVA 4Z50A 3FNSA 2ER0E 4J1IA 1E80E 5SY2A 3TTPA 5P03A 2CENA 5P6UA 5FIVA 2BPVA 3VF7A 3UTLA 4LXKA 2VJ6A 3CYWA 1YX9A 5P25A 5P51A 3I2LA 1D4HA 3FIVA 4EQ0A 2VNNA 5P3EA 4Z2ZA 2ZJHA 3SO9A 3NSHA 1T7IA 4L7JA 1W6IA 3LITA 2UPJA 2WEDA 4GJ5A 3OUCA 2CEJA 2I4XA 4B72A 2H6SA 3MWSA 1UH7A 1B6LA 3I25A 3Q70A 3ER3E 4L7GA 1B6MA 2F3KA 4MC2A 5OYUA 2G1OA 2OAHA 5P87A 5P10A 2G26A 1K6PA 5P0HA 5P50A 4JECA 2A4FA 3VFBA 1OHRA 5P0NA 3VEUA 4KE1A 5P0OA 2ASIA 3UDKA 5P49A 3PSUA 2Q15A 2VA5A 1QBTA 2QHCA 1MRXA 2ER7E 3KFNA 3PBZA 5BS4A 3EM4A 5P22A 4RYCA 3N4LA 3QI1A 1LF4A 1SDUA 5P4CA 5OZ0A 2AOHA 5P3ZA 3UDQA 5P1YA 5P6DA 5P2OA 3UQWA 4Y5NA 3R1GB 2R5PA 5P84A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9L A;  5P74 A;  2RMP A;  4GYE A;  4I0H A;  3NDX A;  5P8P A;  2F81 A;  5EZX A;  5P4E A;  4DPF A;  4CMS A;  3RSX A;  5HE4 A;  4TVG A;  3VLB A;  2R8N A;  2ZHR A;  4D88 A;  3OUB A;  4J1F A;  5P62 A;  1B5F A;  5AHA A;  2PYN A;  5P8M A;  3UDM A;  2ZJI A;  3OY4 A;  5ER2 E;  4TRZ A;  4R5N A;  3FV3 A;  2WJO A;  2AOE A;  3TKG A;  2I4Q A;  4FS4 A;  3PWR A;  4H3G A;  5P77 A;  2G69 A;  4Y4X A;  4Y6M A;  5P6T A;  4BEK A;  3BGB A;  1VIJ A;  1LYA A;  5P73 A;  1QS8 A;  2VJ7 A;  1XN3 A;  5OZE A;  4ER2 E;  3LZS A;  4Y3E A;  2ZHT A;  4JP9 A;  3NU5 A;  5P36 A;  2HB2 A;  4H3J A;  3SA5 A;  5P7U A;  4QJ8 A;  4F73 A;  5P1U A;  3WZ7 A;  3EKX A;  5DR0 A;  5HU0 A;  4PZX A;  1HHP A;  5IE1 A;  1AJV A;  1KJG A;  5OZF A;  3RTN A;  4Y58 A;  4GJ6 A;  4DJU A;  3SA7 A;  2VIJ A;  5P5F A;  3TPP A;  5P47 A;  3PB5 A;  2IRZ A;  2QMG A;  2ZDZ A;  3O9G A;  5P7S A;  4D89 A;  3OOT A;  1W50 A;  5P3F A;  5HDU A;  1EED P;  4AA9 A;  3OXW A;  4KUP A;  2SAM A;  5P7C A;  3D3T A;  5P1Z A;  2I4V A;  5OZ2 A;  5OZ8 A;  3VF5 A;  4I0J A;  2G20 A;  2OHR A;  2AOG A;  4HLA A;  1Z8C A;  5P08 A;  2BBB A;  3NU9 A;  4DQB A;  3R4B A;  5P8S A;  4Y5P A;  1WBM A;  4HA5 A;  4ER1 E;  2PH6 A;  4COE A;  2IGY A;  5P0X A;  3LPJ A;  4EXG A;  1XN2 A;  4WTU A;  5P2N A;  5P8J A;  3ZL7 A;  3PCW A;  3K5F A;  4PHV A;  5P14 A;  3CKT A;  5P19 A;  1G0V A;  5HDX A;  1PPM E;  3EBZ A;  4OBZ A;  4B70 A;  3CIB A;  2Q64 A;  4YD5 A;  4RVX A;  5HE7 A;  4PPH A;  1YM2 A;  3BVA A;  5AH7 A;  4Q1N A;  5P1B A;  5P2I A;  1XS7 D;  5OYV A;  3GI5 A;  5P2R A;  3OXC A;  5P4K A;  1XL5 A;  2ZHS A;  1ZPA A;  3B80 A;  5P3Y A;  1IVQ A;  1FFF C;  5HE5 A;  4DFG A;  4DJX A;  3EKW A;  5P2C A;  1HVR A;  5HCO A;  3TPR A;  3PWW A;  4CPU A;  5DPZ A;  1FQ4 A;  4KB9 A;  3TH9 A;  2Q55 A;  5OZO A;  5J25 A;  5P2Q A;  2I0D A;  1E81 E;  4LC7 A;  4RVJ A;  5P6R A;  1T7K A;  2NXD A;  3VCM A;  2FXD A;  1XE6 A;  4NJS A;  5KOQ A;  1C6Z A;  4RCF A;  2V12 C;  3UDH A;  3JW2 A;  5P4U A;  3MSK A;  3RTM A;  4B1E A;  2VIZ A;  3EKY A;  2AZC A;  5P3P A;  1ZLF A;  1IZH A;  1C6X A;  5P0D A;  4TRW A;  1IZD A;  2OHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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