3TOGA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 9 - monoclinic crystal form p21)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3togA00
1B6MA 5OZ8A 3ZMGA 1KJHA 5P68A 2PWCA 3UDNA 2IKOA 3L38A 4DJRA 1LYWB 3GI0A 5CONA 1HIVA 1K6CA 5HDZA 3IGBA 4YD6A 5P2JA 5P6HA 1DIFA 4DJVA 4QJAA 5P2WA 5P88A 2QZLA 1SDVA 4Y3AA 1B5FB 3C9XA 1IZEA 3O9FA 5OZ7A 4Y51A 1B6JA 4I1CA 5OYWA 3TL9A 3OQKA 2VIJA 2IS0A 3QAAA 5P6FA 1HTFA 2BQVA 2FGUA 2QHZA 3VLBA 2OHPA 3EM4A 1EPPE 1XN3A 4MC6A 5ISJA 3L3AA 3D20A 5P03A 4YD3A 1EBYA 5P0MA 1AIDA 4DPFA 2G1SA 3O9GA 4Y3YA 1HIHA 2R3TA 2NTRA 1FQ4A 5P4XA 3HLOA 2F81A 5DR7A 3PBDA 5P2TA 1WBKA 5APRE 5P1JA 1WKRA 4FM8A 4J1EA 3GGUA 1HSHA 1BVEA 2ER7E 1C6XA 2V16C 1BDQA 1XE6A 3PLLA 5P7RA 4H1EA 3UPJA 4HA5A 1LZQA 2P3BA 5P79A 3L5DA 2ZJIA 3HW1A 3BRAA 1YT9A 1DMPA 3KFRA 5P34A 3QRVA 3L5BA 5P4AA 3LZVA 2MIPA 3O9LB 4MC1A 3WZ8A 1M0BA 5P6XA 5P1VA 3OHHA 4S1GA 1LS5A 5P5BA 5P16A 4ACUA 5P19A 3ZLQA 1TCXA 5P1NA 9HVPA 5P3VA 3SQFA 5P3WA 3KDDA 4Y4UA 3UCBA 4GMIA 4Y47A 1W5XA 5P35A 5P7NA 4GJ7A 1APVE 3UQPA 4LHHA 5P4LA 3OXWA 5P7CA 4DI2A 3BVAA 2CENA 5P2ZA 3LHGA 5SY2A 1ZLFA 3LPJA 5P1PA 3K1WA 3NDXA 3O9EA 5OZVA 5P3CA 4J17A 4J0PA 2F8GA 3ZOVA 6FIVA 5DR0A 2JXRA 2RENA 3LPIA 5P2XA 5AHAA 2PH6A 1MT8A 3PI5A 4LXAA 2AZ9A 3CKRA 4F76A 5P47A 4H3JA 4Y58A 5P3NA 4OC6B 2I4QA 5P6TA 1MRWA 3QROA 1XL5A 5OZPA 4JECA 3NU4A 5P1CA 5OZUA 2IGYA 4Y3PA 1FB7A 1HTEA 3WSJA 3PCWA 4PPHA 2ZJJA 3UDMA 4Y3EA 4B77A 1ODXA 3EM6A 4H3GA 5P5HA 3CICA 5P3KA 2VIZA 4FSLA 3URLA 5P54A 4Y56A 5P0NA 3ZPUA 2PC0A 2VNMA 1E81E 2V11C 3OAGA 5SY3A 1IZDA 3KDBA 3A2OA 4BELA 4Y50A 3SA9A 1M43A 5BWYA 1BVGA 1OEWA 1C6YA 3GI5A 2RMPA 1SGUA 3PWMA 3DCKA 5OZEA 2CEMA 5P3BA 5OZ0A 6UPJA 1ME6A 3FNUA 3L59A 3OWNA 2QMDA 2NNPA 3R4BA 1MUIA 4Y43A 3LZSA 1TCWA 1HVLA 1FG8C 1Q9PA 2QMFA 5P7WA 3SA4A 3PWWA 1WBMA 2G69A 5OZ6A 3O9HA 3VF5A 4DQBA 1APUE 3SA5A 1M4HA 5OZ5A 3PWRA 1XN2A 4I0EA 1FQ5A 5OYTA 3FNSA 3K5GA 3PSUA 3K5DA 1PPLE 4CMSA 3D91A 2Q15A 3CKPA 4J5JA 5P8DA 1W51A 5P7GA 5P7FA 4Y3GA 5OYQA 5P0RA 5P1UA 1QRPE 1B6LA 5OZ4A 3OUAA 2QCIA 4IVTA 4Y3ZA 5P0DA 4Y4WA 3SM1A 1EPLE 1IBQA 1QBUA 4N00A 5B18A 4DVFA 1A94A 2P8HA 4DJUA 3KT5A 3R2FA 1HVKA 5P24A 2QNPA 3L58A 3NDUA 5P5OA 3S53A 5P0VA 5P4CA 4YBFA 5OZSA 4CKUA 1NH0A 3BXSA 3K5CA 5P00A 1PROA 2V12C 5COOA 5P7IA 4FIVA 3KF0A 3DJKA 5P4DA 3AIDA 1MRXA 5OZNA 1GVWA 1NPAA 4HEGA 1BV9A 5P4ZA 5IS4A 1AJVA 1OEXA 5P70A 4EJ8A 4Q1NA 3HVGA 2ER9E 5HCOA 1HIIA 3O9DA 4J1FA 4Y3SA 4OBGA 5P66A 5P4SA 3GGXA 3KT2A 2FXEA 4BFBA 3QVIA 4NPTA 4Y3HA 5P8HA 3K5FA 1EAGA 2I4WA 3TOHA 4NJTA 1TZSA 1BV7A 2NMZA 4HDPA 4LC7A 5P8UA 5HE5A 3LIQA 5P6YA 3UFNA 4Y3LA 1BILA 3OTSA 3DV1A 1YTIA 4K9HA 5HDXA 1ZPAA 5P2RA 1GVXA 4Z50A 5P0KA 3BHEA 2V10C 5P20A 4ZE6A 1FKNA 4Q5MA 1YM4A 1PSNA 1YTHA 5KOSA 5P3MA 2NXDA 4Q1YA 4LXKA 2WEDA 2HM1A 2VNNA 2ZHVA 5P2LA 3NUOA 5P23A 3NLSA 4D8CA 3BGBA 5P60A 2BPZA 3SA8A 1D4SA 1IDAA 3VFBA 2WF4A 5P6OA 5P5QA 1A8GA 4Y3DA 5P2BA 2WEZA 5HDUA 2QNNA 5T4SA 4DJOA 2G1YA 3MSKA 3IXKA 1PPKE 4J0YA 1Z8CA 3SAAA 2PWRA 5P18A 5P3YA 2ZHSA 1B6PA 3D1YA 5SZ9A 4B1CA 3SPKA 3UQRA 4B72A 2F3KA 3UDHA 5P5PA 5P6BA 4I0HA 3BGCA 3LIXA 4K4PA 4U7QA 1XL2A 1SMEA 4GIDA 3S43A 4L6BA 5P59A 5P07A 5P17A 2BKSA 3TOGA 5P4MA 5OZCA 3APRE 1MIQA 4RYGA 4Y3MA 4WY6A 5OZDA 2WEAA 1YTGA 4DUSA 5P01A 2VA6A 1AZ5A 5P7PA 2Q54A 3PGIA 5P57A 4DQCA 4RRSA 3OU1A 5P0FA 4R5NA 4RRNA 3LIVA 5P72A 1LF2A 1W6HA 2WF2A 3QN8A 1HSGA 2B42A 5P1QA 5ENKA 2EWYA 2VIYA 3R1GB 5P3LA 1QBRA 3LITA 2OHSA 5P7JA 5P0SA 1HHPA 5P8IA 5P7UA 1LF4A 5P3PA 4I0GA 5P8TA 2HB3A 2BB9A 2QI3A 2ZYEA 1SP5A 1JLDA 4E43A 3PHVA 5P5EA 1ZPKA 2QHCA 3SA3A 2IKUA 3OQ7A 3BUFA 5P2VA 5P0JA 3UQUA 5P6IA 2HIZA 2BBBA 3UDRA 1W5YA 4I12A 4XKXA 3JW2A 5P8RA 1HTRB 4BEKA 4DFGA 2I4UA 3JVYA 3PMUA 3U71A 1BIMA 5P6AA 4Z22A 4MC2A 5P1TA 3EL5A 1EC3A 4RZ1A 3O99A 4RYCA 1MSNA 1FIVA 3S8IA 1K6VA 2QP8A 5P22A 1G35A 5J25A 7HVPA 1FF0C 5P1XA 1T7KA 4Y53A 2RKGA 2P83A 5P69A 3I2LA 1PSAA 3EL1A 5P42A 2BPWA 1CPIA 4FRKA 5P6CA 2WJOA 1CZIE 1QBTA 2ZGAA 4CPWA 4F74A 1KJ7A 5P64A 1OHRA 3HAWA 2OHKA 3K4VA 5P8NA 1FFIC 1W50A 5OZIA 2F80A 5P5TA 2WECA 5P7DA 4J1KA 4FGXA 5OZQA 1BBSA 1AAQA 2FIVA 4WY1A 3WB5A 4ZPFA 3O9AA 5P7ZA 4OBZB 2V0ZC 3UHLA 5HE7A 4Y37A 3H5BA 2HS2A 5P3DA 5P7TA 3BUHA 3OU4A 5P2SA 5P1AA 3KDCA 3VCMA 1E82E 5OZFA 5P4NA 4B70A 3S7LA 1HTGA 4CPXA 4M8YA 3PI0A 5OZ3A 5OZOA 2JE4A 2WF3A 4Y48A 1K2CA 1ZBGA 3RSXA 1EBKC 1FMBA 5P39A 4ACXA 5IE1A 2SAMA 4PYVA 3SO9A 4Y5EA 5HDVA 5OZKA 4GJDA 1SH9A 2AOEA 5P51A 4FAEA 3QRSA 5OZJA 2XYEA 1C6ZA 4U8WA 3TPJA 4YCTA 2IGXA 5P1LA 5P8EA 1NPVA 5P4GA 3LIZA 5P7VA 4COEA 1GNNA 4J1IA 4AA8A 3VFAA 1K6PA 5P4QA 5I3WA 5P1ZA 2ZJNA 3KMXA 1BWBA 3KFNA 1F34A 5P09A 3TNEA 4I10A 3VUCA 4JP9A 3T11A 1W5WA 2AQUA 2B7FA 5C9DA 3IVHA 1Z1HA 3L5EA 2G1OA 2AOCA 3SFCA 4I11A 1GNMA 4CPUA 5P0GA 2OHRA 1A9MA 4RVXA 1ENTE 5P3TA 5OYZA 3OGPA 3VV8A 2IL2A 3OY4A 5I3XA 3EBZA 4A4QA 5P8LA 4Z2ZA 3D1XA 1RQ9A 2NMYA 4B05A 4EXGA 4PZXA 1RV7A 3O9LA 3NWQA 3OXXA 5P6NA 2I0DA 4XXSA 5P8GA 1K6TA 3CMSA 2OAHA 5P1HA 3OK9A 3PCZA 5P1DA 4GJBA 3TPPA 4R93A 5P77A 1SDUA 3UDYA 2WL0A 2ZJMA 4RCEA 2V13A 4NKKA 4YDFA 4KUPA 4Y3JA 5P1RA 1RL8A 3LINA 1GNOA 3L5CA 4OBHA 2OF0A 4NPUA 3INFA 5P87A 5P80A 1ZSRA 2IEOA 1HWRA 1W6IA 3SABA 1T6EX 5OZ9A 3OUCA 2AVOA 1HPVA 2I1AA 5P3SA 4GJAA 1E80E 3PSYA 3WZ6A 3OAGB 5P0TA 5P6EA 2ZJHA 5TOLA 2AZCA 4Y5PA 5P5KA 2QU2A 3RTMA 5P30A 1LYAA 4HLAA 2QD8A 2HS1A 3VYFA 2V00A 5P3RA 1HXBA 5P74A 5P38A 2G27A 5P4TA 1EBZA 4GB2A 4DQGA 1NSOA 5EZZA 5P44A 4Y4BA 2PQZA 4NJSA 5F01A 1MESA 5ER2E 1HPOA 2JYSA 1D4HA 5DQ1A 2R38A 5P2DA 3HD8A 2ZHUA 5P5XA 2ZJLA 3FIVA 1IZIA 5P5AA 5P6KA 2QI1A 2VJ7A 2ANLA 4ZEAA 3OTYA 5P78A 1B11A 5P2EA 3KFPA 2OHNA 2R5QA 4EJKA 4OD9A 5P4OA 3PSGA 2G22A 3SA6A 4RVJA 5C9FA 3GGVA 3EKVA 2QZKA 4FM6A 1CMSA 5P53A 5P65A 3R0YA 5P31A 3TKWA 5P55A 2PYNA 2Z4OA 3LNKA 4U7VA 2Q55A 1C70A 3QBHA 3VF7A 5OYYA 3KN0A 5P4IA 1EPOE 5AHBA 2BJUA 3QI1A 5JFPA 2P4JA 1QBSA 1FFFC 4CPTA 4J55A 3LZYA 4F75A 5FIVA 3S54A 5P4RA 3ZKGA 1TW7A 2NXLA 1ODWA 3RTNA 1GVUA 4EHCA 3OOZA 2PYMA 3BUGA 4LBTA 3ZKMA 4EQJA 3PRSA 2BPYA 4YD5A 2IENA 4K8SA 3QS1A 5P48A 4GYEA 1BWAA 5P7LA 3ZPTA 4YD7A 4I8ZA 4Y4TA 4Y5MA 4Y4XA 1A8KA 3ZKNA 1LF3A 5JFUA 1HPSA 2WHHA 3OUDA 4EXHA 2RSPA 1A30A 4B1DA 5IVSA 2QI6A 2G20A 3Q6YA 5P4PA 1IZHA 2NR6A 5P8SA 4Y5KA 4X7IA 5P37A 1N49A 3GI4A 5P3UA 4BFDA 5P7YA 3OXVA 3TPRA 1ZP8A 4YOAA 1HVCA 1YTJA 5JG1A 3EL4A 2AODA 2P3CA 3QIHA 5OZLA 3MSLA 3EKPA 1SBGA 4H3IA 3QRMA 5P33A 1EPNE 1FMXA 5P2AA 4L7HA 3PMYA 1AJXA 1HEFE 4J0ZA 1UH9A 5P0QA 3OUBA 1J71A 3PB5A 2R43A 5P0BA 5P0CA 3N4LA 3I25A 5P05A 5P7XA 3ER3E 4L1AA 4WTUA 1SDTA 3INEA 4EPJA 2O4NA 5OZRA 5P5WA 2FS4A 2FNTA 5OYXA 3JVWA 5OYSA 4KE0A 4QJ6A 3HDKA 3OADA 5OZAA 2VA7A 3S43B 1D4LA 2VA5A 3BC4A 5P32A 2J9KA 2Q63A 3RSVA 4APRE 5P2GA 3NU9A 5P1WA 4Q1WA 4Y3XA 5P0AA 1BXOA 5P4BA 2HPFA 1XDHA 5OZBA 5P50A 4I0IA 2AOJA 3INHA 1GVVA 3KMYA 1K2BA 4FSEA 3WZ7A 3IN3A 3S45A 5P6LA 1KJFA 4EP2A 2I4XA 5P3EA 2B7ZA 4QJ2A 4JPEA 2O4LA 4A6BA 1DW6C 1EEDP 3DK1A 5IVQA 3VV7A 1IIQA 5P0WA 2QU3A 5P27A 5P3XA 2G24A 2Q5KA 2AVMA 5HCTA 3UF3A 3LIYA 4Y39A 1E5OE 4AZYA 1TSUA 5P5RA 2AOIA 5P1SA 3SM2A 4Z4XA 3OQFA 2R3WA 4FM7A 4EQ0A 5P11A 5P43A 1ER8E 4RCDA 4R91A 1OD1A 2XFIA 5DR8A 4I8WA 1T3RA 5P6MA 5P2HA 4M8XA 3DV5A 4RGHA 3NSHA 4I0DA 5KR2A 5P0UA 2J9JA 5P1KA 5AH9A 2NXMA 1GVTA 5KOQA 4TVHA 5P45A 3CIDA 1IVQA 3GGAA 4D85A 3MSJA 5P62A 5P82A 2R8NA 5P4HA 1IDBA 4TRZA 5P1IA 2QZWA 3IVIA 3QVCA 5P6JA 4AA9A 1ODYA 1LYBB 4OBDA 4J0VA 5ER1E 3G6ZA 3UTLA 1META 3TLHA 4R92A 5P4YA 3TH9A 5P12A 2AVSA 1MVPA 1FQ7A 5P86A 2FXDA 3NYGA 4FAFA 3TKGA 1BDRA 5P73A 5P7HA 4ER4E 3S2OA 2B60A 5P4VA 5P28A 1HVJA 1HVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6M A;  5OZ8 A;  3ZMG A;  1KJH A;  5P68 A;  2PWC A;  3UDN A;  2IKO A;  3L38 A;  4DJR A;  1LYW B;  3GI0 A;  5CON A;  1HIV A;  1K6C A;  5HDZ A;  3IGB A;  4YD6 A;  5P2J A;  5P6H A;  1DIF A;  4DJV A;  4QJA A;  5P2W A;  5P88 A;  2QZL A;  1SDV A;  4Y3A A;  1B5F B;  3C9X A;  1IZE A;  3O9F A;  5OZ7 A;  4Y51 A;  1B6J A;  4I1C A;  5OYW A;  3TL9 A;  3OQK A;  2VIJ A;  2IS0 A;  3QAA A;  5P6F A;  1HTF A;  2BQV A;  2FGU A;  2QHZ A;  3VLB A;  2OHP A;  3EM4 A;  1EPP E;  1XN3 A;  4MC6 A;  5ISJ A;  3L3A A;  3D20 A;  5P03 A;  4YD3 A;  1EBY A;  5P0M A;  1AID A;  4DPF A;  2G1S A;  3O9G A;  4Y3Y A;  1HIH A;  2R3T A;  2NTR A;  1FQ4 A;  5P4X A;  3HLO A;  2F81 A;  5DR7 A;  3PBD A;  5P2T A;  1WBK A;  5APR E;  5P1J A;  1WKR A;  4FM8 A;  4J1E A;  3GGU A;  1HSH A;  1BVE A;  2ER7 E;  1C6X A;  2V16 C;  1BDQ A;  1XE6 A;  3PLL A;  5P7R A;  4H1E A;  3UPJ A;  4HA5 A;  1LZQ A;  2P3B A;  5P79 A;  3L5D A;  2ZJI A;  3HW1 A;  3BRA A;  1YT9 A;  1DMP A;  3KFR A;  5P34 A;  3QRV A;  3L5B A;  5P4A A;  3LZV A;  2MIP A;  3O9L B;  4MC1 A; 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 5P3Y A;  2ZHS A;  1B6P A;  3D1Y A;  5SZ9 A;  4B1C A;  3SPK A;  3UQR A;  4B72 A;  2F3K A;  3UDH A;  5P5P A;  5P6B A;  4I0H A;  3BGC A;  3LIX A;  4K4P A;  4U7Q A;  1XL2 A;  1SME A;  4GID A;  3S43 A;  4L6B A;  5P59 A;  5P07 A;  5P17 A;  2BKS A;  3TOG A;  5P4M A;  5OZC A;  3APR E;  1MIQ A;  4RYG A;  4Y3M A;  4WY6 A;  5OZD A;  2WEA A;  1YTG A;  4DUS A;  5P01 A;  2VA6 A;  1AZ5 A;  5P7P A;  2Q54 A;  3PGI A;  5P57 A;  4DQC A;  4RRS A;  3OU1 A;  5P0F A;  4R5N A;  4RRN A;  3LIV A;  5P72 A;  1LF2 A;  1W6H A;  2WF2 A;  3QN8 A;  1HSG A;  2B42 A;  5P1Q A;  5ENK A;  2EWY A;  2VIY A;  3R1G B;  5P3L A;  1QBR A;  3LIT A;  2OHS A;  5P7J A;  5P0S A;  1HHP A;  5P8I A;  5P7U A;  1LF4 A;  5P3P A;  4I0G A;  5P8T A;  2HB3 A;  2BB9 A;  2QI3 A;  2ZYE A;  1SP5 A;  1JLD A;  4E43 A;  3PHV A;  5P5E A;  1ZPK A;  2QHC A;  3SA3 A;  2IKU A;  3OQ7 A;  3BUF A;  5P2V A;  5P0J A;  3UQU A;  5P6I A;  2HIZ A;  2BBB A;  3UDR A;  1W5Y A;  4I12 A;  4XKX A;  3JW2 A;  5P8R A;  1HTR B;  4BEK A;  4DFG A;  2I4U A;  3JVY A;  3PMU A;  3U71 A; 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 4CPT A;  4J55 A;  3LZY A;  4F75 A;  5FIV A;  3S54 A;  5P4R A;  3ZKG A;  1TW7 A;  2NXL A;  1ODW A;  3RTN A;  1GVU A;  4EHC A;  3OOZ A;  2PYM A;  3BUG A;  4LBT A;  3ZKM A;  4EQJ A;  3PRS A;  2BPY A;  4YD5 A;  2IEN A;  4K8S A;  3QS1 A;  5P48 A;  4GYE A;  1BWA A;  5P7L A;  3ZPT A;  4YD7 A;  4I8Z A;  4Y4T A;  4Y5M A;  4Y4X A;  1A8K A;  3ZKN A;  1LF3 A;  5JFU A;  1HPS A;  2WHH A;  3OUD A;  4EXH A;  2RSP A;  1A30 A;  4B1D A;  5IVS A;  2QI6 A;  2G20 A;  3Q6Y A;  5P4P A;  1IZH A;  2NR6 A;  5P8S A;  4Y5K A;  4X7I A;  5P37 A;  1N49 A;  3GI4 A;  5P3U A;  4BFD A;  5P7Y A;  3OXV A;  3TPR A;  1ZP8 A;  4YOA A;  1HVC A;  1YTJ A;  5JG1 A;  3EL4 A;  2AOD A;  2P3C A;  3QIH A;  5OZL A;  3MSL A;  3EKP A;  1SBG A;  4H3I A;  3QRM A;  5P33 A;  1EPN E;  1FMX A;  5P2A A;  4L7H A;  3PMY A;  1AJX A;  1HEF E;  4J0Z A;  1UH9 A;  5P0Q A;  3OUB A;  1J71 A;  3PB5 A;  2R43 A;  5P0B A;  5P0C A;  3N4L A;  3I25 A;  5P05 A;  5P7X A;  3ER3 E;  4L1A A;  4WTU A;  1SDT A;  3INE A;  4EPJ A;  2O4N A;  5OZR A;  5P5W A;  2FS4 A;  2FNT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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