3U6AA

Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta secretase (bace) inhibitors
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta-secretase (BACE) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA02
1YX9A 2P4JA 5APRE 4DJRA 1NPAA 4AA9A 5C9BA 5P15A 1HSHA 5P02A 1D4IA 2BB9A 5CLMA 3O9HA 2ER9E 2NNKA 3NU6A 4TRZA 5AH7A 3ECGA 5P7YA 4APRE 1HVKA 1RNEA 1D4SA 3PRSA 1Q9PA 5HD0A 2I4QA 3IGBA 1ZTZA 5P2BA 2QMPA 3DM6A 3T7PA 1SBGA 2QHYA 2ZJKA 4DQGA 1HVCA 4BFDA 3NR6A 1AIDA 1KJFA 1LF4A 2AVVA 3VUCA 3EKVA 2UXZA 5P3FA 1YG9A 2XYEA 4XXSA 5P6NA 5OZGA 5P6ZA 3SAAA 3CKRA 3IN3A 2R8NA 3CIBA 1OD1A 2AVQA 5OYUA 2AVOA 5P87A 2ZHRA 1PSOE 3NWQA 3SM1A 2A4FA 3OXWA 3VEUA 1M0BA 1HXBA 3NU3A 3VG1A 2J9JA 3MXDA 2IEOA 3SPKA 3UDYA 5OZ9A 3OK9A 3UQXA 3KFRA 3NDTA 3I25A 1CPIA 4YE3A 5P2WA 4XX4A 4A6BA 1BWAA 4RROA 1APWE 4YCYA 1EPQE 1WKRA 5P44A 1MUIA 5P1QA 2IS0A 4DQEA 4QJ2A 5AHBA 4LC7A 2OHMA 1EC3A 5P3XA 3O9CA 3OADB 4EJ8A 5P8CA 5P8JA 5KQFA 4GJ6A 3FNSA 2PC0A 5P1OA 4EPJA 5P2VA 2P8HA 1HIHA 5KR8A 3SACA 3INDA 3LPIA 1FFIC 5P06A 1G6LA 3BRAA 2PSVA 3FNUA 5P45A 4Y5BA 5P5GA 1B5FB 4Y57A 4FM6A 4Y4EA 3TTPA 5P40A 5P8MA 5P00A 4R91A 2NMYA 3QRMA 5P77A 4Y53A 4Y3MA 5P10A 2A1EA 5HU1A 1LV1A 1WBMA 2IGXA 2G1NA 4ER4E 3DV1A 4B1CA 1ME6A 5P5XA 1K6TA 3NDWA 1YTHA 4FGXA 5DR4A 1HVRA 5P0PA 4H3IA 1BDQA 3NYGA 5P0WA 1HEGE 5P64A 5P4ZA 3EKYA 1QRPE 2ZGAA 1BDRA 3NU9A 3A2OA 2QI1A 3UF3A 3RU1A 5P2LA 2IQGA 5P2DA 4Y51A 4CPUA 2IENA 2V12C 2NNPA 5P0SA 3O9DA 4DPIA 4J1CA 5P5IA 1A30A 2RENA 3QS1A 2QD7A 4DJWA 3G72A 5P39A 1W50A 1BIMA 3UDJA 5P0DA 3OU3A 4MC6A 5P23A 3IVIA 3OGQA 3VLBA 5KOQA 1T7KA 3ZKMA 4DPFA 5HE7A 1EPLE 4FRKA 2CENA 1T6GA 5OZKA 5P81A 1FGCC 1YT9A 2QZXA 3HAWA 3UDNA 2VA5A 2AZBA 3EM6A 5P4LA 2BPXA 2IGYA 2Q11A 4XKXA 1M4HA 1K6PA 4HE9A 2OHNA 3D1YA 2HB2A 5OZ1A 3URLA 2QMDA 3VF5A 3SM2A 1BWBA 5P1RA 2J9JB 4GJAA 3TOGA 3OOZA 4NJUA 4JP9A 4EJKA 4NJSA 2V00A 4Y9WA 2HC0A 5P0JA 5HCOA 4Y41A 1HVIA 3VFAA 5P5UA 3TPJA 5DR0A 2G27A 2OHQA 5OZVA 5P7QA 1ZSFA 5P7GA 4DI2A 1IZIA 2R9BA 5P46A 1HPOA 3Q5HA 5P0FA 3SA9A 1HTGA 5P7BA 5BRYA 3SA7A 5P80A 3UFNA 2WEBA 2AOEA 4Q1NA 4Y4JA 5P6KA 5P67A 3OTSA 1FLHA 4HDBA 1GVUA 1MTBA 3BHEA 1G35A 5P3LA 1HVSA 2ER0E 5UPJA 5P41A 4J1KA 4Y39A 3FNTA 5P4SA 4M8YA 4Y58A 5P2GA 5P43A 5OZJA 3UHLA 1ZAPA 2PYMA 2ZJJA 3SA4A 3NUJA 2BPVA 5HU0A 3DUYA 5P04A 3NXEA 2VNMA 4RRSA 1HPVA 5P1TA 4AMTA 3RTMA 2P3BA 9HVPA 3K4VA 3OGPA 4KB9A 4LBTA 5P7IA 4B78A 4Y4AA 5HDZA 4EQJA 1APUE 4Y4BA 4ER1E 3S2OA 4Y4XA 3K5DA 3VV8A 4EP3A 3UQRA 5J25A 5OZBA 2QD6A 3CKPA 3TPLA 2NTRA 4EYRA 5P3PA 1DMPA 1MPPA 4M8XA 4YD6A 4GIDA 1IDAA 4Y3TA 4DJOA 5IVQA 1BXQA 1SDUA 3KFPA 5P0YA 4Y48A 3HBOA 3KT5A 5P1XA 2Q3KA 3URJA 3OQKA 3QROA 5P5SA 2Q15A 2AZ9A 5P2QA 3IXOA 3UPJA 1FMUA 4WTUA 5P4JA 5OZPA 1WBKA 1M43A 5P0IA 4ZE6A 5OYYA 3CYWA 2QNNA 4FRJA 3VF3A 2OHLA 2V16C 5P3CA 5P7CA 2FNSA 3L59A 1UPJA 1SIVA 3PEPA 5OZ0A 5P3MA 4F73A 2AZCA 5P6DA 5P3NA 1LF3A 3AUPA 3QBHA 4RCDA 3PCWA 5P34A 5OYZA 5OZZA 2O40A 1BV9A 5P5EA 4B72A 5JFPA 5P7VA 1ODXA 5OZHA 4QJAA 2O4LA 1D4LA 3RTNA 5P49A 3BXSA 5P5TA 2PH6A 3HZCA 5P86A 4TVHA 5OYQA 1BAIA 2F81A 2AOJA 4K4PA 3OXXA 5P36A 4K9HA 1FQXA 3QIHA 5SY3A 4BEKA 1GKTA 3BGCA 5P7TA 4RVXA 5P2CA 3G70A 5P1IA 1FG6C 1HEFE 3RSVA 3S56A 3WZ6A 2HIZA 5OZ6A 2P83A 4Y3RA 3MXEA 5P22A 1PPLE 2RSPA 3PMYA 5P3ZA 4Y36A 5P5AA 5C9FA 3HW1A 1GNOA 4QJ6A 4E43A 4CPWA 1SIPA 4CPSA 1A8GA 4LL3A 3G6ZA 4U8WA 4JOOA 5P4TA 5P4QA 2JYSA 2QI5A 3QVIA 3CICA 5P4YA 3OQ7A 3ZPTA 2JE4A 1FKNA 4ZSPA 2P3BB 2VS2A 4Y3WA 3PB5A 2PSGA 3ZKGA 2B8LA 2OF0A 1TCWA 5P5OA 3GGXA 3HAUA 5OZMA 1C6XA 3KMYA 4YD3A 3ZL7A 5P28A 1K2CA 5P1KA 5P6GA 5P63A 1Z1HA 4RZ1A 5P5DA 1B6MA 5OZEA 1LEEA 5P0RA 3PLLA 2QNQA 1MIQA 5FIVA 5P01A 5P3UA 2VA7A 3H0BA 4IVTA 1BBSA 2WHHA 5P1UA 3S45A 4Y5NA 1PSAA 5P3SA 3M9FA 3PMUA 4Y38A 3ZKQA 3PSGA 2FNTA 5P35A 5OZ8A 2PK6A 5P2XA 2IL2A 2AOCA 4J5JA 5P85A 7HVPA 4J0VA 5P33A 2PH8A 3WZ7A 5P0KA 3BVAA 3LZUA 4OBZA 1QBSA 2WEDA 3DK1A 4Q5MA 2Q64A 5P4CA 5AHAA 4FE6A 2NPHA 5I3VA 5IE1A 4WY6A 4DJVA 5P1PA 1DW6C 3UDPA 5KAOA 3O9BA 4I0ZA 1GVVA 4ZSMA 1QBTA 2OHPA 3UQUA 3KDDA 3ZKXA 3EL4A 2FDEA 2BJUA 3LIVA 5P62A 3OUDA 2VJ7A 5CONA 1PROA 5P0ZA 4Y4WA 5P3WA 2BQVA 3JW2A 1A94A 4YOAA 1ZP8A 2AVMA 2QU3A 3CIDA 4D8CA 2BKTA 5P7DA 1SGZA 2RKFA 3S53A 3CKTA 5P6WA 5COKA 4Z22A 2I4VA 5P8DA 2QI0A 3NXNA 4AZYA 3LZVA 3S8IA 1E80E 5P1CA 2AQUA 2FXEA 5P1FA 2HB4A 3O9FA 2ER6E 4N00A 2AOGA 1IZDA 5P2EA 5SY2A 2PK5A 5HE5A 4GJ5A 5E5KA 3OU4B 5P8GA 3OXVA 5JODA 3BVBA 3QRSA 5P0MA 5P6YA 5P2OA 5P5LA 2BBBA 3QAAA 1TQFA 1D4YA 2H6TA 3MSKA 4UPJA 5OZ7A 2RKGA 4YOBA 2ZHVA 4R92A 2R3WA 1B6JA 3R0WA 5P6IA 1GNNA 3FSMA 5P0UA 2QMFA 2V13A 4YHQA 4ZLSA 1C70A 5P1VA 5P4VA 4TVGA 2Q5KA 2ER7E 4J1FA 4D83A 3SA6A 5P6AA 3I6OA 3QP0A 4OC6A 4CKUA 3U6AA 2O4SA 3KM4A 2R3TA 2AVSA 2ZE1A 3S7MA 5P0CA 2VA6A 4Y3SA 5HVPA 5P82A 4B70A 4OBZB 2P3DA 5HTZA 5P8AA 3TH9A 3K5GA 5P2ZA 2QP8A 5P89A 5P7LA 1ZPKA 5OZYA 5DR8A 2VIJA 4EQ0A 5P59A 3QBFA 4YBIA 2Z4OA 1N49A 5KQYA 4Z50A 4MC2A 4FSEA 4Y3AA 2XYFA 1TSQA 3EL5A 5P19A 3PVKA 4ACXA 2R5PA 1MVPA 1K6CA 1YTIA 4GMIA 3S7LA 5DGUA 2Z54A 3INEA 3R2FA 5P3TA 2CEJA 2WF4A 1XDHA 5P6PA 5P31A 5P3DA 2QHZA 4YDFA 4LHHA 5P07A 5P8LA 2ZJMA 4DQCA 5P11A 2WF2A 4GB2A 4R93A 2IRZA 4ZSRA 5P57A 5P0AA 5OZRA 4YDGA 5HDXA 5P3YA 2UY0A 3UDKA 4FRSA 5P7WA 4Y43A 1HPXA 1YM2A 5OYSA 5P42A 5AH6A 4Y5CA 3MSJA 4PEPA 5OYTA 5P68A 2QI4A 2VIZA 3VCMA 3O99A 2FGUA 3TKGA 4I0DA 3EKPA 3EM3A 4GZFA 5P5KA 4Y50A 5P1ZA 3NU5A 5P3IA 2QI3A 5OYXA 5P7XA 4Y5GA 5P66A 4Q1XA 1META 4Y56A 4Y5PA 5P5YA 1W5WA 5DR7A 2PMAA 1T6EX 5P2NA 2F8GA 5P56A 4U7VA 1EPOE 5P4UA 4LP9A 1DP5A 5OZ2A 4GJ7A 2XFIA 3GI0A 3TL9A 3O9IA 1C6ZA 3CMSA 3RTHA 5T4SA 2I1AA 5OZTA 2VKMA 3LHGA 5P7NA 4YD5A 5P60A 2WF0A 4APEA 2FMBA 2Q54A 2G1OA 4A6CA 5ENMA 2IDWA 3SA3A 3EKXA 3K1WA 2JXRA 3VYDA 1FMXA 3I7EA 4HVPA 5P7HA 3UCBA 5P5MA 5OZWA 4DVFA 2VNNA 4J55A 4I10A 4DV9A 4HZTA 1FEJC 1KZKA 4J1EA 4EP2A 3OUAA 3K5CA 3OAGA 3JVWA 3PBZA 5P8UA 4B1DA 3MWSA 1AAQA 5AHCA 4OC6B 3HLOA 2G24A 4RYCA 3VFBA 4CPRA 2V11C 1TSUA 3T11A 4R8YA 3L5EA 1IZEA 1OEWA 5P4MA 3FKTA 4RVIA 1E81E 1T7IA 5P6UA 5ENKA 5OZDA 4J0YA 1IVPA 4IVSA 5P4WA 2QI7A 2OHSA 5P6SA 1AZ5A 1KJHA 5OZQA 1HXWA 5P5VA 1LYBA 2AZ8A 1AXAA 2ZJIA 2G22A 1BDLA 4NPUA 3NLSA 2PWRA 5OZOA 1RPIA 1A8KA 3EXOA 1QBRA 3ST5A 1Z8CA 1BVGA 2SAMA 1XE5A 5TOLA 3ER5E 4RCFA 2ANLA 5P8NA 3IA9A 4OD9A 4JECA 2JJJA 4PZXA 4ZPGA 3HVGA 3BUFA 4L7GA 1SDVA 3DOXA 1EPPE 4CPQA 1BVEA 1G0VA 2UPJA 4I12A 3KYRA 5P5BA 3UFLA 4XX3A 2VJ6A 3QN8A 4I0IA 1PPME 3EM4A 5P6BA 5P6VA 4QGIA 4D89A 4J0ZA 4DJQA 3D1ZA 3KFNA 5P6RA 4Y6MA 3IN4A 1OHRA 1K1TA 5P24A 4J54A 2EWYA 5DGWA 4Y3QA 4H3GA 5BWYA 5P1MA 2ZJNA 1NSOA 4Q1YA 1B6KA 2QCIA 4K4QA 4J17A 3KMXA 2F3KA 5P71A 2I0DA 1AJXA 1E5OE 3FX5A 2Q55A 5P2KA 4X2LA 5P7AA 5COPA 4I11A 5P2JA 5P6QA 4RGHA 4EJLA 2AIDA 4K4RA 4L1AA 3IAWA 3LINA 4S1GA 3BC4A 3D91A 3GGVA 5P3AA 3U7SA 5P0NA 3OAGB 5OZLA 1GNMA 3ZMGA 4OBJA 1RL8A 5OZNA 5P75A 2ZJLA 1NPWA 3MSLA 2G20A 3B7VA 3KT2A 1HVHA 4J0TA 4D85A 3KN0A 5P8SA 3NDXA 3S43A 5P20A 5KR0A 3D1XA 4RVJA 3VYEA 1XL2A 5JFUA 1ER8E 5IVTA 4ACUA 1BXOA 1TZSA 5P78A 1IVQA 3OQFA 4DH6A 4HLAA 1LYBB 4Y5KA 4RCEA 5EZZA 4Y3GA 5P30A 1K6VA 4Y3PA 4H3FA 4B1EA 3UQWA 2WJOA 1XL5A 3ZPUA 5P5WA 3ZKNA 1MSNA 5SXNA 1OEXA 2O4KA 3TOHA 2AOHA 5P7EA 4OD9B 2CEMA 4OBKA 4Y3XA 3LIXA 1K2BA 4Y47A 5P2HA 2P3CA 1CZIE 4Y5EA 3BUGA 5P3OA 1UH7A 1YTGA 4D88A 1JLDA 3UDRA 1NPVA 4RYGA 5P37A 1YTJA 4EHCA 1KJGA 3LITA 5OYVA 2IKUA 5P25A 1SMEA 4F76A 1KJ7A 5P8EA 4Y3ZA 6FIVA 3L38A 4QJ9A 1NH0A 5DQ5A 4FAFA 5P6MA 1EPME 4YCKA 3WSJA 5P2FA 4YCTA 2F3FA 1B11A 4K8SA 4BFBA 5P2SA 1SDTA 2ZHTA 2O4PA 5P51A 3ZPSA 1DAZC 4L6BA 5P13A 1HSGA 5P0LA 4EXGA 5P74A 1YM4A 1IIQA 3DCKA 3O9GA 5P6CA 3AIDA 3WB4A 3DCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YX9 A;  2P4J A;  5APR E;  4DJR A;  1NPA A;  4AA9 A;  5C9B A;  5P15 A;  1HSH A;  5P02 A;  1D4I A;  2BB9 A;  5CLM A;  3O9H A;  2ER9 E;  2NNK A;  3NU6 A;  4TRZ A;  5AH7 A;  3ECG A;  5P7Y A;  4APR E;  1HVK A;  1RNE A;  1D4S A;  3PRS A;  1Q9P A;  5HD0 A;  2I4Q A;  3IGB A;  1ZTZ A;  5P2B A;  2QMP A;  3DM6 A;  3T7P A;  1SBG A;  2QHY A;  2ZJK A;  4DQG A;  1HVC A;  4BFD A;  3NR6 A;  1AID A;  1KJF A;  1LF4 A;  2AVV A;  3VUC A;  3EKV A;  2UXZ A;  5P3F A;  1YG9 A;  2XYE A;  4XXS A;  5P6N A;  5OZG A;  5P6Z A;  3SAA A;  3CKR A;  3IN3 A;  2R8N A;  3CIB A;  1OD1 A;  2AVQ A;  5OYU A;  2AVO A;  5P87 A;  2ZHR A;  1PSO E;  3NWQ A;  3SM1 A;  2A4F A;  3OXW A;  3VEU A;  1M0B A;  1HXB A;  3NU3 A;  3VG1 A;  2J9J A;  3MXD A;  2IEO A;  3SPK A;  3UDY A;  5OZ9 A;  3OK9 A;  3UQX A;  3KFR A;  3NDT A;  3I25 A;  1CPI A;  4YE3 A;  5P2W A;  4XX4 A;  4A6B A;  1BWA A;  4RRO A;  1APW E;  4YCY A;  1EPQ E;  1WKR A;  5P44 A;  1MUI A;  5P1Q A;  2IS0 A;  4DQE A;  4QJ2 A;  5AHB A;  4LC7 A;  2OHM A;  1EC3 A;  5P3X A;  3O9C A;  3OAD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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