3U7SA

Hiv pr drug resistant patient's variant in complex with darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVVVKVGGQLMEALLDTGADDTIFEEMNLPGRWTPKMIGGIGGFLNVRQYDQVPIEICGHKVVSTVLIGPTPLNVIGRNVMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular characterization of clinical isolates of human immunodeficiency virus resistant to the protease inhibitor darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u7sA00
2OHKA 3I2LA 3O9EA 2JJIA 5P4IA 5I3WA 4Y5EA 5P56A 4ZSMA 5OZ8A 3VG1A 3IN4A 5SXNA 1SGUA 5SZ9A 4DQFA 4ER2E 5P0VA 4OD9A 4I0FA 3OHFA 4Q5MA 5OZKA 1LYWA 5DR3A 3QN8A 2AOEA 5P6YA 1HPVA 4EPJA 3EKXA 4NPUA 1BVEA 3SA5A 3LZVA 3PGIA 1HPXA 4GB2A 3NYGA 5P3SA 4GJ9A 5P6AA 1MERA 3QIHA 4NJUA 5HCTA 4ER1E 4LXMA 4CP7A 2I4DA 4FM7A 2XFIA 1KZKA 2BQVA 5P4OA 5P2EA 5P5GA 1W5XA 3TPJA 2FLEA 4S1GA 1IDBA 2F3FA 3ZPUA 4F73A 5E5KA 3GI5A 1HVRA 4Y4DA 1MPPA 3SFCA 5P7YA 1HSHA 1K1UA 4J1EA 5OZQA 3SA9A 3BXRA 5OZIA 3OQAA 3WB5A 5P4DA 3HW1A 3VLBA 5P2AA 2I0AA 5AH7A 7UPJA 2OF0A 5P2KA 2WF4A 1IZDA 2ZYEA 5OZ3A 2H6TA 2QMDA 4RYCA 3S7LA 4CPSA 4D83A 2V0ZC 3OU1B 3OY4A 1ZPKA 1GNOA 1C70A 5P7RA 3OXXA 1KJHA 5OZ4A 1C6ZA 4FAEA 3OGPA 4J1FA 4APEA 1QDMA 3NU4A 4CPWA 2VIEA 3VF3A 3LIZA 4DPFA 1K6PA 5P1MA 4Y51A 5CLMA 4Y3ZA 2O4LA 5P8TA 2WF1A 4QJAA 3TOFA 1YM2A 5P8JA 2BPVA 5P41A 4Y3LA 3SACA 3L5FA 1G0VA 3ZKGA 1QBSA 5P4GA 4RROA 3ZMGA 2G1YA 3R0YA 2HS1A 1MVPA 5KQZA 3LPKA 1G6LA 5P2QA 5P4RA 3TKWA 4K4RA 1VIJA 5AGZA 1APWE 1HIVA 5P1BA 3O9BA 5SY2A 1BV7A 4Y4TA 1EPRE 4R92A 2FGVA 4JPEA 5P20A 5P8PA 3L59A 2G22A 5OZ6A 5P51A 4ACUA 5P35A 4XKXA 5P6GA 3ER5E 3LIVA 5P57A 5P2XA 1KJGA 5P1DA 4BELA 1PFZA 5P1JA 5P1IA 5P31A 3ZL7A 5HTZA 5P2SA 3NU6A 1IDAA 3OQ7A 5P0GA 5P1YA 1YTJA 2NPHA 4Y3SA 2AZ9A 3PMUA 4YBFA 5C9DA 5OZUA 2IS0A 3NDWA 5OZNA 1QBTA 5P8AA 5E5JA 5P3RA 1Z1RA 5OZFA 3QBHA 4Y5PA 4Y3FA 1G35A 4DJPA 4TVGA 4FAFA 4J17A 2P3AA 4Y5GA 4Q1NA 1OD1A 5P87A 2F81A 5P2HA 2ER9E 4Y37A 5P8NA 5BRYA 4DJOA 3NDTA 4FIVA 5AHCA 1C6YA 3L5DA 4GJBA 5P5XA 3JW2A 1MSNA 2V11C 2IEOA 3OAGB 3G6ZA 2O4NA 3EL1A 5P75A 3QVIA 4J55A 1EC3A 3KMXA 5P17A 1HVIA 5P3HA 4CPTA 3SQFA 1FG6C 1FMXA 5P7OA 1DIFA 5P5TA 5OZ1A 4OBZA 4Y3HA 3OWNA 3OXCA 3SM2A 3G72A 3KYRA 5P2DA 4DUSA 3UDQA 3KFRA 5P6KA 3VV8A 4QJ9A 5P39A 2WHHA 9HVPA 1F34A 3OQFA 4OD9B 1KJ4A 2ANLA 3L3AA 5P5LA 1LYWB 4A6CA 5P77A 5OZ5A 1FFIC 4HA5A 4Y3EA 1A8GA 4Y4AA 5P29A 5P7UA 3NU3A 3CKPA 4RCDA 3IXKA 3SM1A 1ZBGA 7HVPA 3QRVA 4FGXA 1SP5A 3GW5A 1MT7A 5P1PA 4Y3YA 2QI6A 5P5NA 3DK1A 2RKGA 2QZLA 2F3EA 1HEGE 5P0WA 1FF0C 1GVWA 1APTE 2NR6A 4Y4XA 1SMRA 2BKSA 4Z22A 3L5BA 3KFPA 5P1GA 1HIIA 3SKGA 5P6TA 4FCOA 3PEPA 3RSXA 3KDDA 1FQXA 4CPXA 4FM6A 3BUGA 5P49A 4E43A 1IZIA 2AZBA 4NJTA 5P6MA 5P3JA 2RMPA 5P4VA 5P24A 2FXEA 3K1WA 2I4UA 5P3GA 1A9MA 3N4LA 2VA7A 3O9LA 3PHVA 3TPLA 1LZQA 4I8WA 3BUFA 4HDPA 2J9KA 5P2TA 5P6JA 5P18A 5P42A 2ZJIA 2J9JA 3PLLA 3ZKIA 4LXKA 1MT9A 5HDXA 3ZPSA 3OGQA 1IZEA 3NLSA 3BC4A 5B18A 4Y56A 2SAMA 4L7HA 1WBKA 5ER2E 4YBIA 4AMTA 1PSOE 5P7AA 4RRNA 2PSGA 4RVJA 3DCRA 2FDPA 4GJDA 3UPJA 5P7HA 4EP3A 3NDUA 4R8YA 1AM5A 4OBFA 3LHGA 4WY1A 5OZ9A 5P0JA 5HD0A 3M9FA 1M0BA 3IXJA 3ZOVA 2QU3A 4B1CA 3UDHA 5P0AA 5P66A 3HD8A 1MRXA 2QI4A 3OU4A 2AOIA 4EQJA 2FNTA 2VNNA 3VV6A 5OZWA 1PPKE 2ZGAA 1LF2A 5T4SA 5P6EA 4D89A 4OC6A 2QZXA 3RTHA 4ZPFA 4ZSRA 4YD7A 4ZLSA 4ACXA 3ECGA 3JVYA 1K6VA 2G26A 2G94A 2AOCA 5P8QA 3U71A 3K5CA 1RQ9A 2HPFA 5P76A 3UHLA 1D4IA 5P7SA 1EPME 2V10C 5P0PA 5I3YA 5P8CA 1EPLE 2FXDA 3OQDA 3GI6A 2I4XA 2P3CA 2PQZA 2AZCA 1TZSA 2A4FA 4Y58A 1GVXA 4PZXA 1SH9A 2QHZA 4DJYA 5P07A 5P08A 5DR4A 4HEGA 3VLAA 4J0PA 4Y5LA 3A2OA 2AVMA 3KFSA 2OHMA 5P1FA 3O9GA 3BHEA 4LHHA 4QGIA 1BBSA 4QJ6A 4Y38A 2WF0A 1FQ8A 4LXAA 4D88A 2V12C 5P15A 4Y41A 2FMBA 1DPJA 3NU5A 5P45A 2ZJLA 4EJDA 2Q3KA 3D91A 1BXQA 4Y9WA 2BKTA 5P7BA 5P2VA 4I0IA 3KDBA 1QBUA 4Y3TA 3CIDA 5CONA 5P4FA 3WB4A 2QP8A 4Q1WA 1YT9A 5P7ZA 1EPPE 5FIVA 5P32A 5P3QA 5IVTA 3UQXA 1HVLA 5AH9A 5JODA 3SA6A 3UDKA 1PROA 4XX3A 2ZDZA 2NMYA 2FS4A 2NXDA 5P0BA 3FNSA 3SKFA 4H3FA 4PEPA 4QLHA 5HU0A 1W6IA 1GKTA 5P6OA 1EAGA 3TPRA 4B78A 2AOHA 5DR8A 2G1OA 1FG8C 5ISJA 2BBBA 4NPTA 2ZHTA 1J71A 4K4QA 2I4QA 4IVSA 4Y57A 4TRYA 2ER0E 1FIVA 4FLGA 3N3IA 3WZ6A 3UF3A 3OTSA 2IKUA 3FNTA 5P6CA 4Y3JA 2VJ7A 3PRSA 4Y54A 1Z8CA 2QZKA 5P4SA 1MUIA 2WEBA 2R5QA 5P8GA 2P8HA 1D4YA 5P6BA 4I12A 2PC0A 5HDZA 5P02A 5P3NA 5P7EA 2OHTA 3OOZA 5OZGA 2O4PA 3QRMA 1NSOA 1N49A 1PSAA 4QJ2A 5BS4A 5P0QA 5P1XA 2V16C 3CYXA 5P8LA 2G69A 4OBDA 1MTRA 2QHCA 5P78A 1IVQA 3HDKA 4DJUA 4GJCA 4CPUA 1XS7D 5P5PA 5P5JA 1T7KA 2F3KA 5P55A 6APRE 2FIVA 5COOA 3UQPA 4I0JA 1HIHA 3SA7A 4ZPGA 1D4JA 2B8VA 1F7AA 3ST5A 3DV5A 4YOBA 3INFA 5P62A 3OQKA 2VJ9A 2VNMA 3Q4BA 1T7JA 3SO9A 1E80E 4DJWA 5P1ZA 5DGWA 3DJKA 3O9DA 5F01A 1TQFA 2J9JB 3LNKA 1ZP8A 5P7FA 3K5GA 3IAWA 3OUCA 1D4HA 3CKTA 5P3VA 2ZHSA 5P72A 4Z2ZA 3APPA 3HBOA 4M8XA 1LYBA 4EJ8A 3VSXA 2I4WA 4Y4BA 1A30A 4FL8A 5P6PA 1LEEA 3RVIA 4DQGA 1GVTA 3F9QA 3WSJA 2QNQA 1GVUA 5P3YA 1XN2A 4I0GA 1M43A 5OZHA 1HTRB 5P1RA 2OHRA 5AHAA 3ZKXA 5P25A 3VFBA 5P5BA 1A94A 2QNNA 1EBZA 3OU4B 5P3BA 3HVGA 1HXBA 3PI5A 4YD5A 1NH0A 5P5YA 3TLHA 2G20A 4Y5MA 3IVHA 3VFAA 2P83A 3BXSA 4OC6B 1FEJC 5IVQA 5OZBA 3TOGA 2AVVA 4B00A 3D1YA 3MWSA 2VIZA 3QP0A 5P2FA 2QZWA 4DQEA 2QAKA 5ENMA 4COEA 2G21A 4J1HA 5P7LA 1CZIE 2OHUA 5P6QA 4HDFA 1EC1A 5P63A 3PBZA 3RTNA 4CKUA 4EJKA 1W5WA 4LC7A 2QI1A 5P4HA 2ZJNA 5P4UA 1K6TA 5P84A 5C9BA 2AODA 4Y5NA 2WKZA 4RVIA 5P4YA 1AVFA 3O9AA 3GGUA 4HZTA 1META 4Y3QA 4B77A 4CMSA 2XFJA 1SDTA 3ZKSA 5P67A 3PSUA 2UY0A 4Q1YA 3RTMA 1FMUA 3OXWA 1HVKA 1APVE 5P0TA 3T6IA 5OZCA 4EYRA 3OADA 3S45A 1GVVA 2BPYA 3AIDA 5P7NA 5P5EA 3UQWA 5P1TA 5P4CA 5P2CA 3VYEA 5KR2A 4GMIA 1RV7A 1B6MA 5P6IA 4H3GA 2PSUA 2NXMA 5OYQA 5P71A 3OHHA 4J0VA 3UCBA 3QPJA 3FV3A 5OZRA 3GGVA 1DMPA 5P8FA 3EBZA 3VF5A 5P7GA 2BPXA 1HVCA 5P7DA 3UDMA 5P86A 4B70A 5F00A 2HIZA 4GIDA 3O99A 2AOFA 1C6XA 1CPIA 3EKPA 5P13A 5J25A 2P3BA 2WEZA 2HB4A 3DUYA 5P85A 5P5SA 1HVJA 2JXRA 5P3UA 1FQ7A 3SA3A 3FIVA 5HCOA 5P33A 4EJLA 5IVSA 2OHNA 5P43A 4YE3A 1HHPA 1IVPA 3IXOA 3PM4A 5OYYA 4YA8A 5DQ4A 4Y3NA 3BGBA 5P8BA 4LBTA 2AQUA 3QI1A 3VV7A 4EXHA 3QROA 5P7IA 3OUBA 3PVKA 5P8RA 1OEWA 3LZUA 5P4TA 4AUCA 3EM6A 5P2OA 3DM6A 3T7QA 1DW6C 3MSJA 5HVPA 4R91A 4YCKA 1K2BA 4FRSA 2PWCA 4DJQA 5P09A 5P2IA 3TOHA 3UQRA 5HDUA 3PI0A 2F8GA 5OZOA 3EMYA 2B8LA 2PWRA 3KDCA 4KE1A 5KQFA 1EEDP 3IA9A 4Z4XA 5P22A 1OEXA 5P73A 1EBYA 5P82A 3U6AA 5P2GA 2IL2A 4YDFA 5P28A 3PB5A 2QD6A 5P27A 2Q64A 1EBKC 2FGUA 2P4JA 3ER3E 3QRSA 3EL0A 4J54A 1E5OE 3ZKQA 2HC0A 3S7MA 1AJVA 1Z1HA 1HSIA 3EKWA 5P3LA 5P6ZA 3PSYA 3H5BA 5P8EA 1W50A 2Q63A 4KB9A 1WBMA 5P7KA 4YCYA 1W5VA 5P5UA 4DPIA 5P80A 2XYFA 4DJRA 5P6XA 1ODYA 5OYRA 1MESA 1LYBB 3O9HA 4NKKA 5P37A 1BAIA 4DH6A 5P3PA 3GI0A 3D20A 3VSWA 1U8GA 4L1AA 5P0SA 2AOGA 4JOOA 3UTLA 3INHA 2AVOA 3PJ6A 4ZE6A 2G1NA 2WL0A 5SY3A 4DJVA 5P4LA 1XDHA 4KUPA 5UPJA 2ZJJA 2IENA 4FRIA 1DP5A 4DI2A 1FLHA 5ER1E 2NNPA 5AH8A 3HAUA 4RZ1A 5P7CA 5P6RA 3EM3A 4Y45A 1TCWA 5P5FA 1IZHA 3NUJA 3ZPTA 1BWAA 1NPVA 4MC1A 4HE9A 2IQGA 4EXGA 3KFNA 5OYZA 3T7PA 4F74A 2R5PA 1B5FA 1AAQA 3WZ8A 3OU3A 5P16A 3QAAA 4FRJA 5P83A 1LS5A 3LIYA 5P03A 3HLOA 3SPKA 3L38A 2OHPA 4JP9A 5P4JA 5DR7A 3OUAA 4Z50A 5P4XA 3S8IA 4H3JA 1OHRA 5P26A 3LINA 3K4VC 5P3OA 2B7FA 3FSMA 2UXZA 4OBGA 3S85A 5P8MA 2QHYA 1LYAA 5OZAA 5IS4A 5I70A 2AIDA 5P0UA 4GJ5A 1ZPAA 1UH7A 3LZYA 5P4WA 5KOSA 4Y3RA 3KT5A 3BVAA 4DJXA 2FDDA 3OADB 1RL8A 2OHQA 5P30A 5P00A 4Y5BA 3D1XA 4AA9A 5P54A 5P6LA 1SDVA 1XE6A 3KA2A 5P6WA 3INEA 2ZJKA 2ZJMA 3ZLQA 4OBKA 3NSHA 5P7WA 4CPQA 5P36A 5P3ZA 1M4HA 5P6VA 3EL9A 4ZSPA 4LL3A 4LAPA 4Y3PA 5P8SA 5P81A 5P4EA 5OYSA 2PSVA 5P0MA 1EPOE 3IGBA 2PYNA 1BILA 5P34A 5OZMA 5P04A 1ODWA 1BXOA 2WEDA 3BGCA 5P2BA 3L58A 5KR8A 1YX9A 4LP9A 4Y3WA 4Y53A 5P5CA 4Y4ZA 2AOJA 3MSKA 4Y50A 1PPLE 4KE0A 4Y3XA 4D85A 2WF3A 4A4QA 5DGUA 4F76A 3VCMA 2R8NA 4RGHA 3UDYA 5ISKA 1K6CA 4FM8A 2JJJA 2I4VA 3ZKNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHK A;  3I2L A;  3O9E A;  2JJI A;  5P4I A;  5I3W A;  4Y5E A;  5P56 A;  4ZSM A;  5OZ8 A;  3VG1 A;  3IN4 A;  5SXN A;  1SGU A;  5SZ9 A;  4DQF A;  4ER2 E;  5P0V A;  4OD9 A;  4I0F A;  3OHF A;  4Q5M A;  5OZK A;  1LYW A;  5DR3 A;  3QN8 A;  2AOE A;  5P6Y A;  1HPV A;  4EPJ A;  3EKX A;  4NPU A;  1BVE A;  3SA5 A;  3LZV A;  3PGI A;  1HPX A;  4GB2 A;  3NYG A;  5P3S A;  4GJ9 A;  5P6A A;  1MER A;  3QIH A;  4NJU A;  5HCT A;  4ER1 E;  4LXM A;  4CP7 A;  2I4D A;  4FM7 A;  2XFI A;  1KZK A;  2BQV A;  5P4O A;  5P2E A;  5P5G A;  1W5X A;  3TPJ A;  2FLE A;  4S1G A;  1IDB A;  2F3F A;  3ZPU A;  4F73 A;  5E5K A;  3GI5 A;  1HVR A;  4Y4D A;  1MPP A;  3SFC A;  5P7Y A;  1HSH A;  1K1U A;  4J1E A;  5OZQ A;  3SA9 A;  3BXR A;  5OZI A;  3OQA A;  3WB5 A;  5P4D A;  3HW1 A;  3VLB A;  5P2A A;  2I0A A;  5AH7 A;  7UPJ A;  2OF0 A;  5P2K A;  2WF4 A;  1IZD A;  2ZYE A;  5OZ3 A;  2H6T A;  2QMD A;  4RYC A;  3S7L A;  4CPS A;  4D83 A;  2V0Z C;  3OU1 B;  3OY4 A;  1ZPK A;  1GNO A;  1C70 A;  5P7R A;  3OXX A;  1KJH A;  5OZ4 A;  1C6Z A;  4FAE A; 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 3JVY A;  1K6V A;  2G26 A;  2G94 A;  2AOC A;  5P8Q A;  3U71 A;  3K5C A;  1RQ9 A;  2HPF A;  5P76 A;  3UHL A;  1D4I A;  5P7S A;  1EPM E;  2V10 C;  5P0P A;  5I3Y A;  5P8C A;  1EPL E;  2FXD A;  3OQD A;  3GI6 A;  2I4X A;  2P3C A;  2PQZ A;  2AZC A;  1TZS A;  2A4F A;  4Y58 A;  1GVX A;  4PZX A;  1SH9 A;  2QHZ A;  4DJY A;  5P07 A;  5P08 A;  5DR4 A;  4HEG A;  3VLA A;  4J0P A;  4Y5L A;  3A2O A;  2AVM A;  3KFS A;  2OHM A;  5P1F A;  3O9G A;  3BHE A;  4LHH A;  4QGI A;  1BBS A;  4QJ6 A;  4Y38 A;  2WF0 A;  1FQ8 A;  4LXA A;  4D88 A;  2V12 C;  5P15 A;  4Y41 A;  2FMB A;  1DPJ A;  3NU5 A;  5P45 A;  2ZJL A;  4EJD A;  2Q3K A;  3D91 A;  1BXQ A;  4Y9W A;  2BKT A;  5P7B A;  5P2V A;  4I0I A;  3KDB A;  1QBU A;  4Y3T A;  3CID A;  5CON A;  5P4F A;  3WB4 A;  2QP8 A;  4Q1W A;  1YT9 A;  5P7Z A;  1EPP E;  5FIV A;  5P32 A;  5P3Q A;  5IVT A;  3UQX A;  1HVL A;  5AH9 A;  5JOD A;  3SA6 A;  3UDK A;  1PRO A;  4XX3 A;  2ZDZ A;  2NMY A;  2FS4 A;  2NXD A;  5P0B A;  3FNS A;  3SKF A;  4H3F A;  4PEP A;  4QLH A;  5HU0 A;  1W6I A;  1GKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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