3UDKA

Crystal structure of bace with compound 6
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udkA02
2NXDA 5P2ZA 4F74A 1MESA 4Y51A 1MT8A 3LIQA 3EC0A 1BVEA 4Y5PA 1PSNA 3OXCA 4PPHA 2O4NA 5P2HA 4QJ7A 5P47A 4ER1E 2IDWA 5P81A 3D91A 1EC0A 3WB4A 1UPJA 4Y3QA 3T11A 1ODXA 3HVPA 4DQCA 3SKFA 3NWXA 2QMDA 5P18A 5P2YA 5P7QA 3CIBA 4KE0A 1QRPE 3BUFA 4Y4UA 2VKMA 4Q1WA 2VNMA 5P66A 4H1EA 4Y47A 3KF0A 1UH9A 5ENMA 1FQ7A 2IS0A 2G27A 5DR4A 3GGXA 2P3AA 5P1PA 4L7JA 2IEOA 3KFSA 3DCKA 5P1ZA 5P89A 4FCOA 2ER7E 1K6CA 1D4LA 4Y5AA 4GJ7A 4Y3NA 5P11A 3CMSA 4J55A 3K4VA 1YM4A 2PC0A 5P6SA 3PVKA 4LP9A 5P8IA 3S8IA 5P7ZA 4I1CA 3OADB 1MUIA 2IENA 1FFIC 1QBTA 2HPEA 3PWRA 5P8FA 1C6XA 5P02A 3UQXA 4Y38A 3K4VC 3TLHA 4YDGA 3HAUA 1K6PA 2FNTA 2OHLA 2FLEA 3DM6A 4HA5A 2HC0A 4Q1XA 5P4BA 5P5RA 2F80A 1K1TA 3OQDA 4Y39A 4DV9A 5P1XA 3VUCA 5P7KA 4Y4DA 4B1CA 2HIZA 5P4OA 3BUGA 3URLA 1C6YA 2AOGA 5P3UA 1D4IA 2V10C 5ISKA 1KJ4A 3NU6A 3L5FA 4DJUA 3QBFA 1MSMA 4Y5NA 5AH9A 1FEJC 1K6VA 4I0FA 3TPRA 1HIIA 5F00A 1EPLE 4M8YA 5OZ1A 5OZIA 3ZKXA 2I4XA 3LINA 5P1JA 4Z2ZA 3PEPA 3OHFA 3GGAA 1BDRA 3S43A 5I3VA 5P5MA 3N3IA 2WL0A 2G1RA 4J1EA 5P6IA 2O4LA 5P1CA 5P48A 5P0ZA 3D1XA 5P09A 5AHBA 5P39A 4DVFA 2ER9E 4L6BA 4H3JA 2F8GA 5P41A 2V16C 4L7HA 2J9JA 5P6LA 4IVSA 5P1LA 3VYDA 1ENTE 3AIDA 3SA4A 3OQ7A 2P83A 5OZKA 5P5LA 5I70A 1BWBA 3UQRA 3VG1A 1EPPE 3O9DA 3S85A 2JJJA 3PWWA 1GNNA 1AXAA 3UDYA 2AZCA 4D89A 4RLDA 5P56A 1PPLE 5P5PA 5P0PA 3ZPSA 5P8HA 1KJHA 5P3KA 2NMYA 6FIVA 2QI5A 4Y3LA 4EPJA 2PH8A 3DCRA 5P7FA 5EZXA 3CKRA 4NJTA 5OYUA 5P6YA 1UH7A 1EC1A 5P6DA 1ODWA 1E81E 4MC6A 2AVQA 3O99A 3VF7A 5P34A 3TPPA 1NPWA 2V13A 2AVOA 2F3FA 3VYEA 4QGIA 2R38A 1W51A 5DR8A 5P0FA 5P2GA 2R5PA 5ER2E 4ZSPA 1F7AA 1HXWA 5P2LA 3CYXA 4EJ8A 3MSKA 5P0JA 4Y48A 4RRSA 5P4FA 2IQGA 4CPSA 1CMSA 4Y3RA 2AZ9A 2PQZA 5OZBA 2PSGA 4TRWA 3APPA 2B8LA 1FB7A 3O9AA 5P29A 3INHA 1YTHA 3G70A 2QZKA 5P19A 3RU1A 5P67A 2VS2A 4FAEA 3SM1A 3OXVA 3LZYA 1K1UA 5P84A 5P4KA 2NXMA 5P3FA 1NPAA 1YM2A 5P0DA 4YD6A 5P1YA 5P1NA 3ZLQA 5JODA 4PEPA 4UPJA 4AZYA 3OGPA 2Q11A 4FSLA 4OC6A 4Y5LA 2AQUA 4XKXA 2I4VA 1NH0A 5OYYA 3SA5A 5HU1A 4FIVA 2JJIA 3UCBA 2HS1A 5P52A 2PH6A 3UQWA 5P5JA 4WTUA 4Y3AA 5P4SA 2P3BB 2AZBA 3FSMA 1W5WA 3UTLA 4J5JA 2ZJIA 1M43A 3NLSA 4DI2A 1EC2A 3NUJA 5P07A 2OHNA 1HSGA 5P0MA 2UXZA 4ZEAA 1LF4A 4OBHA 1CZIE 4ZE6A 3K1WA 4Y3WA 1XN2A 3AUPA 6APRE 2V11C 4F75A 3OUDB 4D88A 4APRE 5P65A 5P2IA 2RKGA 4XX3A 3EKQA 2J9KA 3L5CA 1TCWA 4J0YA 4NJVA 3S53A 2VIYA 4FRJA 3SO9A 2V00A 5HCOA 4OBFA 2XYFA 5OYTA 2QU3A 2QMPA 3KYRA 4FRIA 4RVXA 5P68A 3TKWA 4Z4XA 3UFNA 5P7SA 2G1OA 5P15A 4NJSA 4K4PA 1D4JA 3QS1A 3WB5A 4J0ZA 4Y56A 2H6TA 4Y3XA 2BPVA 4RCEA 3LIVA 2HB4A 3SA6A 1META 3N4LA 3ER5E 3NWQA 3OY4A 3PMYA 5AHCA 4TVHA 4J1CA 4I0GA 3CKTA 3QRVA 3U6AA 4DQFA 3KDBA 4FAFA 5P43A 1FG6C 5P8EA 5P28A 5P1BA 5P0GA 4JOOA 5COKA 4LXAA 4DJPA 3VF5A 4HLAA 2PYNA 1W5XA 3UFLA 3JVWA 4Z50A 4Y58A 5P17A 3Q6YA 1HHPA 2A4FA 2HS2A 3NU4A 3I25A 1K6TA 1FMXA 2NNPA 4K4QA 3OXXA 5P6MA 1LS5A 5P58A 5DGUA 1J71A 1HVRA 4DJWA 3O9LA 1HTFA 3BVBA 5P8KA 4DPIA 3D20A 3CKPA 2WF1A 1LYAB 5P32A 5P49A 5OZSA 4OBGA 4ZPFA 3NU3A 1QS8A 3GGVA 4HEGA 3UDJA 3FKTA 1B6KA 3IXJA 1D4KA 1ZPKA 5P35A 2JYSA 2BPXA 5P6NA 5IVRA 4YE3A 1YT9A 4RZ1A 1MIQA 1IIQA 5P16A 5P1OA 5P5IA 1AIDA 4U7VA 5OYVA 4CPXA 2VIZA 3S7MA 5KQZA 5DQ4A 3IVHA 5P4JA 5DGWA 5P8AA 1EPOE 3HBOA 3VEUA 4ER4E 5I3XA 4YHQA 4B0QA 5KR2A 5P38A 5P7XA 3TL9A 5P5HA 3SA7A 2ZJJA 5P0TA 3O9GA 1LYBA 5P06A 4YA8A 3SFCA 3Q3TA 5P82A 4QLHA 3VYFA 5P6CA 5P7YA 4Y44A 4APEA 3UDHA 3LIZA 4GJ8A 4GMIA 4FM6A 5P7AA 3SM2A 5OZ8A 3PSGA 1IVPA 2VJ7A 1BXOA 3OTSA 4R8YA 4EQJA 4I12A 1YG9A 5C9FA 3BGBA 5KQFA 5P8OA 3KDCA 4YD3A 1LV1A 5P1HA 5P0NA 1MVPA 3PJ6A 1SGZA 4YCYA 2B7FA 3Q4BA 5P8BA 3ZOVA 5P05A 5JFPA 5KQXA 4JPCA 2VA6A 5P2WA 1APTE 4XXSA 5OZ5A 3S43B 2Q64A 3H0BA 1VIJA 2VIEA 3HAWA 5P4IA 5P2EA 5P4UA 5P7CA 4R91A 1AM5A 5P22A 3O9IA 5P3QA 3BGCA 4NJUA 1CPIA 2P3DA 2FXEA 4ZLSA 4QJ8A 4LC7A 1EPNE 2J9JB 4HE9A 3ZMGA 1BWAA 4HDBA 5OYXA 5P45A 4I8WA 2G26A 5P46A 5P5UA 5P3EA 1PFZA 5P1IA 5HDVA 1T7KA 2IGYA 2G1SA 4Y37A 1EBKC 4WY6A 3DUYA 5P23A 1ZTZA 5P0EA 3RSXA 5OZPA 4Y3JA 4LXMA 5DR3A 3DV5A 3K5CA 1FQ4A 2B7ZA 5P5NA 1W6HA 2AOEA 3D3TA 3SQFA 4TRZA 4F73A 3NR6A 2G69A 2RSPA 4L7GA 3LNKA 1WKRA 1XDHA 4J54A 5P08A 1TZSA 5P0BA 3ZKGA 3OU4A 2QI7A 3QN8A 4RGHA 5DQCA 5OZRA 5P5AA 2G21A 5F01A 3TH9A 5P26A 1EPQE 2OHKA 1MPPA 5P1GA 5P6AA 4Z22A 1SIPA 5FIVA 4EYRA 5P2DA 4H3IA 3FX5A 3VLAA 3NDWA 4Y3HA 4EP2A 1ME6A 5P61A 3VFAA 5P42A 1LYAA 1HTGA 1HTEA 5P4RA 3KT5A 3WSJA 2NMZA 1BDQA 3G72A 5IVTA 1GVTA 4B00A 1C70A 6UPJA 4GIDA 1DW6C 1C6ZA 3LZUA 2R3WA 5KR8A 3UPJA 3QVIA 3JVYA 5P6VA 4FS4A 2BB9A 1GVXA 4R92A 2ZJNA 2FGUA 5P0IA 4OC6B 3FIVA 1BIMA 2BJUA 5SZ9A 4L1AA 4DJQA 4FM7A 5P3XA 5P69A 1D4HA 4LL3A 2Z54A 1SDUA 2VA5A 5OZOA 2IRZA 3IGBA 4CPUA 1E80E 3O9FA 5OYZA 1FKNA 2PSUA 3U7SA 2F3KA 4HDPA 4BFDA 3NYGA 5IS4A 3OQAA 2HAHA 2OF0A 1ER8E 2QMFA 1PPKE 4Y4JA 4J0TA 4R95A 3PLDA 1T3RA 4YCKA 4NKKA 3UDPA 3OTYA 3I7EA 5P88A 5DR7A 3VCMA 2QU2A 2VIJA 5BWYA 5P71A 1IDAA 3ZKIA 1G2KA 4H3FA 3GGUA 5P7LA 3GI4A 4Y3MA 5HE4A 4R93A 3SACA 5P6PA 5P0OA 4EJDA 1B6PA 3I8WA 3L3AA 1FQ6A 3KMXA 2PK5A 5OZAA 4S1GA 5P60A 4B1DA 3S54A 2FGVA 5OZJA 5P55A 5P3OA 4Y35A 1HXBA 5JFUA 3PI0A 1HIVA 5P4NA 5HCTA 5C9DA 3LHGA 3LZSA 2FS4A 3ST5A 4Y3EA 3FNTA 2WHHA 3O9BA 3PB5A 4X7IA 3EXOA 4GJCA 5P31A 4D83A 4GJBA 5P3YA 5P7MA 5OZQA 5P14A 4I11A 1G0VA 5P8RA 1EEDP 3PRSA 4RYGA 2IGXA 4J1HA 5P1RA 1HIHA 1IBQA 1TSUA 1A8KA 4LXKA 5DPZA 3KFRA 1ZP8A 3EKYA 2G1NA 2R3TA 4YCTA 5P7EA 3IVIA 3O9LB 1ZSRA 2VJ6A 3IXKA 1HSIA 3OUCA 5P6GA 1FQXA 4J0PA 4I8ZA 2QI6A 3VF3A 3EL4A 1D4YA 2QHZA 5P1TA 5KQYA 4OBZA 1ZPAA 3VV6A 2ZHRA 5P8SA 3IN3A 5P6UA 4TVGA 5P74A 4Y5EA 1AVFA 2FMBA 2WF4A 5P0KA 3SLZA 1DIFA 3UDNA 5P1KA 4Q1YA 5P7DA 1RPIA 5P8QA 3URIA 1GVVA 5JG1A 2QZWA 3K5FA 3QP0A 3R4BA 1LF2A 4FE6A 4OBJA 3PHVA 4Y3PA 4GJ5A 5P3HA 5P3VA 1ODYA 5P54A 1B6LA 1PSAA 2ZHUA 3VV7A 1B11A 2WF0A 1LYBB 3UQPA 1HBVA 1APUE 4XX4A 4YOBA 5P2FA 1ZLFA 3O9HA 3PCZA 5HU0A 3FNSA 1YTGA 2NNKA 1B6JA 4YD4A 5P5CA 2ZGAA 5P00A 1BV9A 4JPEA 3UDMA 5P2CA 1A94A 3EL5A 2ZJKA 5P3WA 4B77A 1W5YA 4Y4TA 5OZHA 2Z4OA 3DV1A 1XL2A 2UPJA 5P2BA 2Q63A 2IL2A 2VA7A 4N00A 2WEDA 4WY1A 1SBGA 3KFNA 4LAPA 9HVPA 4AUCA 2B60A 4ZSQA 3TTPA 4Y4GA 3KT2A 4ZPEA 3SA3A 5P3BA 4I10A 1YTJA 4Y5BA 2RENA 5P20A 1BV7A 5DQ2A 4Y54A 3IN4A 1ZAPA 5P0UA 1GNMA 5HDZA 3Q5HA 5P8JA 5I3YA 3OOTA 2O4KA 1A9MA 4J1FA 5P1FA 3LITA 2ZJMA 3PMUA 3BUHA 1E5OE 3NSHA 1FMUA 2ZYEA 1A8GA 1EBYA 5P7UA 3UDRA 5P4YA 5P5YA 5OZMA 5I3WA 4CPWA 3OU4B 1MRXA 1RQ9A 5P4MA 2O4SA 4J1KA 5OZ4A 1XE6A 4I0ZA 5P6WA 1SMEA 2V0ZC 3LIXA 4D8CA 1QBRA 1UH8A 4R5NA 3S7LA 4ACXA 5OZTA 2AZ8A 5P5DA 5OZXA 1W5VA 4CPTA 7HVPA 3OQFA 5P7VA 5P4LA 1MSNA 2WEBA 4X2LA 5P36A 5P87A 5P6ZA 1HTRB 1IDBA 2I1AA 4JP9A 5OZZA 5P53A 1HRNA 2VJ9A 3EMYA 5P8LA 2Q15A 3OGQA 1WBMA 1SP5A 2OAHA 4A6CA 3RSVA 1IZDA 1ZSFA 5CLMA 5P51A 2HPFA 2QHYA 1MEUA 3EKXA 5SXNA 1HEFE 1FQ8A 5J25A 5P1QA 5P4AA 2B8VA 1XN3A 1IZIA 3D1ZA 4BFBA 2I0AA 3EM6A 4A6BA 3CIDA 2I4WA 5P62A 1MRWA 5P79A 2IKOA 2QZXA 3KFPA 5OZCA 3GW5A 5P4CA 3OUBA 4JECA 1B5FA 4Y4AA 5P33A 5P3SA 3IA9A 5OZ7A 2OHQA 1YX9A 5P8CA 1SMRA 4BELA 4L1AB 5P4ZA 3H5BA 5P2JA 1PPME 4Y5GA 3G6ZA 1OEWA 4RCFA 4DUSA 5OZLA 2CENA 4AMTA 2VNNA 4H3GA 5P5VA 5HDUA 5P0AA 5P7RA 1MTBA 1T7JA 2ZDZA 5P76A 2OHTA 4ER2E 4FSEA 1T7IA 4QJ6A 3SA8A 1BILA 2Q55A 3INDA 5AGZA 1HVHA 2NPHA 4KE1A 3UHLA 3TKGA 3WZ7A 5P3GA 2CEMA 2AVVA 5P3RA 1TCXA 5P0HA 3TOHA 5P2XA 5P8DA 3VV8A 1JLDA 1RL8A 4QJAA 4RRNA 1PSOE 1HPVA 1HPXA 5HE5A 2H6SA 5IVQA 3I2LA 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NXD A;  5P2Z A;  4F74 A;  1MES A;  4Y51 A;  1MT8 A;  3LIQ A;  3EC0 A;  1BVE A;  4Y5P A;  1PSN A;  3OXC A;  4PPH A;  2O4N A;  5P2H A;  4QJ7 A;  5P47 A;  4ER1 E;  2IDW A;  5P81 A;  3D91 A;  1EC0 A;  3WB4 A;  1UPJ A;  4Y3Q A;  3T11 A;  1ODX A;  3HVP A;  4DQC A;  3SKF A;  3NWX A;  2QMD A;  5P18 A;  5P2Y A;  5P7Q A;  3CIB A;  4KE0 A;  1QRP E;  3BUF A;  4Y4U A;  2VKM A;  4Q1W A;  2VNM A;  5P66 A;  4H1E A;  4Y47 A;  3KF0 A;  1UH9 A;  5ENM A;  1FQ7 A;  2IS0 A;  2G27 A;  5DR4 A;  3GGX A;  2P3A A;  5P1P A;  4L7J A;  2IEO A;  3KFS A;  3DCK A;  5P1Z A;  5P89 A;  4FCO A;  2ER7 E;  1K6C A;  1D4L A;  4Y5A A;  4GJ7 A;  4Y3N A;  5P11 A;  3CMS A;  4J55 A;  3K4V A;  1YM4 A;  2PC0 A;  5P6S A;  3PVK A;  4LP9 A;  5P8I A;  3S8I A;  5P7Z A;  4I1C A;  3OAD B;  1MUI A;  2IEN A;  1FFI C;  1QBT A;  2HPE A;  3PWR A;  5P8F A;  1C6X A;  5P02 A;  3UQX A;  4Y38 A;  3K4V C;  3TLH A;  4YDG A;  3HAU A;  1K6P A;  2FNT A;  2OHL A;  2FLE A;  3DM6 A;  4HA5 A;  2HC0 A;  4Q1X A;  5P4B A;  5P5R A;  2F80 A;  1K1T A;  3OQD A;  4Y39 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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