3UDK | Genus

Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	400
structure length	394
Chain Sequence	FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__831878272587276__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__831878272587276__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3UDK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__831878272587276__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"831878272587276","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3UDK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__831878272587276__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0330e3e2ceffa6962ff56f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0330e3e2ceffa6962ff56f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0330e3e2ceffa6962ff56f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0330e3e2ceffa6962ff56f/pdb.gz): 217 ms

reading 394 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

394 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:393});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	100
structure length	394
sequence length	400
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2011-10-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3udkA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3udkA02

4WTUA 3QBHA 4CKUA 5P6AA 2PSUA 1FEJC 3VFBA 2F3EA 1LYBA 2ZJKA 1BDLA 1HRNA 5P2LA 1G35A 2O4NA 5AH8A 5P50A 1XE6A 2G27A 5P43A 4KUPA 3I8WA 1RV7A 2HAHA 5P02A 4EPJA 6FIVA 4OBKA 2XFJA 2FNSA 1UH9A 1K6TA 5OZQA 2V10C 1XDHA 1XL5A 4BFDA 3D91A 1PPME 1SGUA 5SY2A 3VYFA 2FDEA 4I0EA 4Y4WA 3K1WA 2I4XA 2PWRA 5P01A 5OYUA 1OHRA 3QVCA 5P5UA 4AMTA 3PCZA 3NYGA 5P7SA 4Y47A 3UQRA 1TQFA 5P46A 1FMXA 5P17A 4NPTA 5P5TA 5P4IA 3S43A 3SQFA 1MTBA 5F00A 5P2SA 5P66A 3BUFA 3BVBA 1SP5A 1IZIA 5DQ4A 1F34A 2XFKA 1SDVA 2NTRA 4Y3FA 1HEGE 4YDFA 1B6LA 1DIFA 3O9IA 5TOLA 3PCWA 2AVQA 5DR3A 5P63A 1LYAB 4Y5NA 2I0DA 5HCTA 4I10A 5DPZA 1HOSA 3O99A 4XXSA 5P34A 5P4YA 3EXOA 3GGXA 4J0VA 2ANLA 1HEFE 5P0ZA 2QMGA 4AZYA 2QZXA 1D4KA 4Y57A 4ER1E 5OYZA 5P6OA 3TOFA 1A8KA 4Y6MA 2AQUA 4IVTA 5P14A 5P1XA 1FQ8A 5P4MA 5P0PA 5AH6A 4D8CA 5P70A 2ZHUA 4BEKA 1FF0C 5P5HA 3DM6A 1HTEA 1DPJA 4A6CA 5P7RA 5OYQA 4D88A 4U7VA 5P1DA 3FNSA 4L1AB 3EL1A 3LIVA 4HDPA 5P2YA 3OWNA 3ECGA 5P0UA 5DGWA 5PEPA 3VLBA 2NPHA 3LITA 4Y9WA 4Y54A 5P1OA 3KDBA 2AOIA 4OC6A 5ISKA 1C6YA 6UPJA 3QPJA 2AOGA 4L7JA 5P1ZA 3BXRA 5P8JA 5OZVA 2BPWA 1HVHA 3OHFA 5KQZA 2PK6A 3SA3A 4TVHA 4GMIA 5P3SA 2QK5A 5OZFA 8HVPA 1TSQA 1IZDA 1HIVA 3SFCA 2OAHA 4OD9B 3U7SA 3OU1A 3T11A 4EYRA 5P64A 3VG1A 5P5SA 4RCEA 5OZ7A 1B6KA 5P7HA 4MC1A 1HSGA 3UFNA 4B78A 3OADA 1DAZC 1MPPA 2ZJHA 3HD8A 3M9FA 4J1HA 5OZNA 2HPFA 3CIDA 1MSMA 1T6EX 2PYNA 3PLDA 1A94A 3MSLA 5P4CA 2IKOA 5P5VA 5OZLA 1FQ4A 2QMFA 1ZSRA 2WL0A 5AGZA 5P4NA 1EBWA 4LAPA 2IEOA 1IBQA 5P2AA 3QRMA 5OZHA 1HTRB 4EJLA 4LP9A 3RTNA 3ER5E 1K2CA 1W5WA 4DJYA 5P8UA 4OBZA 5ISJA 2BKTA 2VIJA 1J71A 3IVHA 4YD5A 5P0IA 1K2BA 4FRKA 5P31A 1BWBA 4DJRA 1OEWA 5P85A 1A9MA 4PYVA 5P57A 3K4VC 3TL9A 3OTSA 4CPUA 5P4SA 1B5FB 4EP3A 5OZRA 4FLGA 5I3WA 2NXMA 5P2KA 4DQCA 3UCBA 2VIYA 5P3KA 5P42A 4Y4EA 3PM4A 5P1CA 4Y3GA 4FL8A 2NXDA 3FIVA 5F01A 5P4XA 5P5QA 4Y4TA 2ZGAA 1T3RA 4MC9A 4AA9A 3S85A 5P16A 4I0GA 2NMYA 3L59A 2AOEA 3CKPA 1HPOA 3OK9A 1BDQA 5P40A 3KFNA 3L58A 4MC2A 4YDGA 5T4SA 4X7IA 2QZLA 3S2OA 3O9BA 4L7HA 5ENMA 3WB5A 3S54A 4WY6A 1ENTE 3WSJA 3NU3A 2F3KA 3K5CA 4GJAA 4YBFA 2HB3A 3PI0A 5P4LA 5P0AA 5OZZA 3VSXA 4APRE 2IKUA 3NWXA 2ZHSA 4LXAA 1E81E 4ZPEA 2HS2A 4R93A 4DH6A 7UPJA 5OZ9A 2PMAA 1HXWA 3QS1A 3LHGA 5P5OA 1LF3A 3OXVA 5P5IA 5P8FA 4M8YA 1LYBB 2P3DA 4J1CA 4J0PA 5P12A 4OBDA 5P27A 3T6IA 5P18A 3G70A 2R38A 1Z1RA 3VV8A 4LXKA 5P5CA 5P1BA 1FB7A 3Q70A 4Y4JA 2PWCA 2Q63A 3I7EA 5P4DA 3T7PA 1QRPE 3Q5HA 5P69A 4B77A 3GGUA 1LV1A 4Y5PA 2ZJLA 5P8DA 5P6YA 3S8IA 2OHQA 2ZJNA 5OZ3A 2AZ9A 4RVXA 4XKXA 5P47A 2AOCA 2BKSA 2BPVA 5P13A 5P22A 1EBZA 5OZYA 5P3FA 1D4IA 3ZPUA 3BUGA 2QHYA 4J1IA 1MEUA 3BGBA 2G1OA 5OZWA 5DR7A 5HE5A 1IDAA 3L3AA 5OZTA 1GNOA 2VS2A 4J0TA 3LZUA 3O9GA 4Y5KA 3KT2A 5P39A 4B00A 2BPXA 2I4DA 2F81A 4DJWA 4FM6A 2ZHTA 1FIVA 5P3PA 2IENA 5KQXA 3GGVA 3DV1A 1HVSA 1IZEA 4LXMA 4JOOA 1SMEA 4R8YA 5P2BA 2NNPA 1FQXA 3SO9A 3Q6YA 1YM4A 1BV9A 4QJ2A 4YD4A 5P3GA 3UPJA 3QROA 2ZJJA 3SKGA 4RROA 4QGIA 2BBBA 3IAWA 3OU3A 5AHCA 3IXKA 4J55A 2QHCA 1AM5A 5P44A 1K6CA 2VJ6A 5P41A 3CKRA 3NUJA 4Y4AA 1ODWA 5P30A 3NDXA 3TOGA 3TTPA 5IVSA 4J0YA 1ZBGA 4H3JA 2G20A 4LL3A 3VV6A 2G21A 3VFAA 2J9KA 5P8GA 5KR8A 3FV3A 4YCYA 3AIDA 2HIZA 2NR6A 2QZKA 5P35A 4B1DA 4Y3WA 4R92A 1G2KA 5P8LA 5OZMA 4Y48A 2MIPA 3PMUA 1W51A 1ZLFA 5P1MA 5P24A 5P4JA 5DQ2A 5P74A 4YD6A 1META 3EL5A 5P7KA 4HLAA 4RZ1A 3S7MA 3LZVA 5P84A 2WJOA 4R91A 4QJAA 4I0DA 3NLSA 3TLHA 5P1LA 1EC0A 1FLHA 2Q3KA 4YBIA 1EEDP 4OC6B 5P06A 2OHTA 1ODYA 2P4JA 1MUIA 3QN8A 2HPEA 4H3GA 1K1TA 1GVVA 4K9HA 3URLA 4Y3JA 4FCOA 2ZHVA 2VKMA 2PSVA 3OU1B 2QI0A 4PEPA 5I3XA 4NJUA 5P1IA 2QI1A 5P7GA 1HVJA 5P8CA 2VA6A 3KDCA 1QS8A 3KDDA 5P3YA 1PFZA 4J0ZA 5P2TA 5P79A 4J1FA 1ZP8A 4QJ6A 5P5RA 4GJ9A 2PYMA 3T7XA 1QBTA 4Y3ZA 4GJ5A 5P1TA 3SAAA 1B6PA 3OADB 2ZE1A 5P7JA 2B8VA 4ZE6A 5P7AA 3LIZA 4DI2A 5P6IA 2H6SA 4MC6A 2PH8A 5P4OA 4DJOA 1M4HA 3LPIA 5P5MA 5P6FA 3URIA 1WBKA 1WBMA 4QJ7A 4JPCA 2FIVA 3EM3A 5P6PA 2QU3A 1HTFA 3QRVA 2I0AA 4Y3RA 2QD8A 1PPKE 2FGUA 2XFIA 2R43A 3GI0A 5P3IA 1B6MA 1LEEA 3APRE 3NXEA 1ZTZA 2AVSA 5P0EA 5P4BA 4Y45A 3APPA 4ZSRA 1Q9PA 2VNMA 2IGXA 3IXOA 1PSAA 2I4QA 1MT7A 1W5VA 4DJPA 3ZKNA 3OAGA 5CONA 2R8NA 2QI4A 1LYWA 5P5NA 4CPRA 2WEAA 1EPNE 5UPJA 1HTGA 3GGAA 4IVSA 5P2HA 5P7MA 4R95A 4DFGA 2FNTA 5E5JA 5P61A 4J54A 3UQUA 2G1SA 4NJVA 4U8WA 1BAIA 1SBGA 2V11C 5P2JA 3SLZA 5P1WA 5P6BA 5P09A 2QCIA 1HSIA 5AH7A 5P36A 1MERA 3OTYA 5P0GA 4ZSMA 5JG1A 3OUCA 4HEGA 5P1SA 4NPUA 5P6LA 5P0XA 4ER4E 3PBZA 3NU6A 3UDHA 2WF1A 5P55A 5P4ZA 3EKTA 1HWRA 3G6ZA 3QRSA 5P4VA 5P3NA 5P8BA 4GB2A 5P0WA 3KA2A 1KJHA 5P2IA 5I3VA 3CMSA 3OU4A 1YTIA 3VEUA 3FKTA 1YG9A 5P3AA 3B80A 1SIPA 5P86A 2R3WA 5P6RA 5FIVA 5P88A 3CICA 4PZWA 4F74A 5P0CA 3ST5A 3SA6A 4FIVA 3NR6A 2V13A 3LINA 5P76A 3HZCA 1N49A 5P6MA 1XN2A 2P3AA 5P87A 2OHPA 4YCKA 4B72A 3OY4A 4Y3LA 5APRE 5DR1A 2Q54A 4DQBA 4EXHA 1HBVA 5P4WA 4L6BA 4NKKA 1B11A 3UQXA 4ACXA 4F75A 3BHEA 3VSWA 3UQPA 4HDFA 1BV7A 3ZKIA 5COOA 4DV9A 1FG6C 3G72A 1W5YA 4OBFA 5P6HA 3RSXA 3PRSA 1NPWA 4OBHA 2ER6E 5C9BA 4I0HA 5P2QA 5P3BA 5P0TA 1TSUA 4X2LA 1ZPAA 2VIEA 4FRIA 1FQ5A 4Z50A 2CEMA 3D20A 4YA8A 4ZPGA 1UH7A 1DMPA 3ZKSA 3HLOA 4EQJA 4AA8A 5P1FA 5KQFA 5P3TA 4FAFA 5P0SA 1YM2A 3PWWA 1NPAA 5KR1A 2B7ZA 4Q1XA 2Z54A 3UDPA 5P19A 1EPME 3D1YA 5P32A 3A2OA 2FLEA 4Z4XA 1MIQA 1ZJ7A 1AXAA 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1NH0A 3SA8A 5P8SA 2QZWA 5P2NA 4RCDA 4Q1WA 5OZ0A 3L38A 5P5ZA 3WZ7A 4CMSA 5P72A 4J1EA 7HVPA 2BB9A 3O9AA 3L5BA 3NDWA 2J9JA 5P3CA 1TCWA 3FSMA 3VLAA 2R9BA 3R1GB 1RL8A 1AJXA 4Y4GA 1LYAA 5P5YA 4RGHA 5P7PA 5OZXA 5I3YA 5P08A 3NDUA 5IVTA 4DVFA 3SKFA 3PMYA 2QI5A 4YHQA 3SA7A 5KOQA 5P5FA 5OZUA 4I8WA 4Y4XA 3TPJA 5HE7A 2XYFA 4XX4A 3S56A 1YTJA 4APEA 3S43B 3K5FA 3OXWA 4HA5A 1K1UA 4Y4ZA 1W50A 2WEBA 3BUHA 4Y4DA 4DJXA 1XE5A 1XL2A 3QVIA 5DQ1A 2R5PA 5C9FA 1FGCC 5P2WA 2FDPA 2QI7A 3U71A 2ZJMA 5P7OA 5P8PA 4KE0A 4GIDA 5P4FA 1BXQA 4RLDA 5P3JA 1EC2A 4CPXA 2V12C 3WZ6A 3WB4A 4L1AA 5P5DA 4FSLA 3HVGA 4QJ8A 1IVPA 2RMPA 5P7BA 5P7QA 5DR8A 4Y5AA 1VIKA 5COPA 5P3WA 4Y3NA 3ZPTA 5P8QA 4DQEA 5OZDA 1BVGA 3OQDA 2AZCA 5P59A 1BVEA 4FSEA 5P5AA 2ASIA 5P8IA 1CPIA 5P77A 4OD9A 1RPIA 2O4KA 4Y3XA 4Y35A 1KZKA 4EHCA 5OZJA 5OZ6A 3BVAA 3CKTA 5OZKA 4CPTA 3L5EA 4DQHA 1IVQA 1LZQA 5P0NA 4GJDA 3DCKA 3F9QA 5P6GA 5OYSA 4HZTA 3VYDA 1EPRE 3D1ZA 3NU9A 3PBDA 9HVPA 5OZIA 4LHHA 3RTHA 4OBJA 3EMYA 4D83A 3I2LA 3OUDA 3INHA 5P60A 3KN0A 5P3DA 2FGVA 3UDRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P10 A;  5P2E A;  3OOT A;  3FNU A;  2NXL A;  4HE9 A;  1FFI C;  5P0J A;  5P0L A;  5AHA A;  3O9E A;  1XS7 D;  2WF2 A;  1DP5 A;  3LPJ A;  3NUO A;  1MRX A;  2JJI A;  1W5X A;  5HCO A;  1W6I A;  2QI6 A;  1ME6 A;  3MSK A;  1DW6 C;  5P1H A;  3RVI A;  4FM7 A;  5P0B A;  5P15 A;  1CMS A;  2H6T A;  2ER9 E;  5CLM A;  5P5B A;  5P6E A;  5COK A;  2NMZ A;  5P2O A;  2B60 A;  4KE1 A;  5KOS A;  5P2F A;  5OZ2 A;  2AZB A;  2V16 C;  3SPK A;  4EQ0 A;  4S1G A;  3HVP A;  4HVP A;  4ZSQ A;  4CPW A;  4A4Q A;  3UDQ A;  1M43 A;  4I0Z A;  2G69 A;  4L7G A;  1EBY A;  1ZAP A;  2QMP A;  2QNN A;  4EWO A;  2Q55 A;  1OEX A;  5P8T A;  5P2D A;  1T7J A;  3PWR A;  5P0M A;  4Q1Y A;  3H0B A;  5P7F A;  2O4P A;  1NSO A;  4D85 A;  1RNE A;  1APV E;  5P73 A;  1T7I A;  2RSP A;  3HBO A;  3SA4 A;  5P56 A;  5P11 A;  3INF A;  1LS5 A;  5P3Q A;  2XYE A;  3HW1 A;  5P2M A;  2AOJ A;  4Y3H A;  3PWM A;  5P75 A;  4K4R A;  5AHB A;  1K6V A;  1XN3 A;  1HVK A;  3CYX A;  1Z1H A;  2G1Y A;  3OGP A;  4DJU A;  1FQ7 A;  4EJD A;  4Z22 A;  4TVG A;  3PGI A;  1FMU A;  5KR2 A;  5P6N A;  5P37 A;  4YD3 A;  2VA7 A;  3R0W A;  3UTL A;  2AOH A;  3NSH A;  5P6Z A;  3SM2 A;  3VF3 A;  4Y5G A;  5OYR A;  3O9D A;  5P7Y A;  3DCR A;  1AZ5 A;  3S7L A;  3EL0 A;  2OHR A;  3DV5 A;  4J5J A;  2UY0 A;  3GI4 A;  3GI6 A;  4HDB A;  4Y51 A;  2SAM A;  3TKG A;  4NJS A;  2IS0 A;  5P7D A;  5P54 A;  3SAB A;  2RKG A;  5P5L A;  5P53 A;  3LIX A;  3UDM A;  5P49 A;  2AID A;  1AVF A;  4R5N A;  2HC0 A;  3GW5 A;  5EZX A;  4Y3A A;  4EP2 A;  1HHP A;  5OZC A;  2P3B B;  3I25 A;  3N3I A;  1PRO A;  2G94 A;  4AUC A;  3K4V A;  2B7F A;  5BS4 A;  5P6K A;  5P7T A;  3B7V A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3UDKA

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