3UDMA

Crystal structure of bace with compound 8
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udmA02
4PPHA 3EXOA 5ENMA 2OF0A 5P0SA 1HPOA 5P26A 2F80A 2EWYA 5OZEA 5P8HA 1C6XA 4PEPA 1IZEA 2ZYEA 1BXQA 3ZLQA 1Z8CA 2B7FA 3ZKQA 5I3WA 5P4IA 5P6CA 1CZIE 4XX4A 1IIQA 2I0DA 3PCWA 4PYVA 2ZGAA 5SY3A 2G1RA 2FMBA 3R2FA 4FGXA 3S43B 5P6ZA 2I1AA 2CEJA 5P38A 5CLMA 2AVSA 2VIYA 5P1YA 3VSXA 1AAQA 3UPJA 3TPRA 4Y4XA 2G1OA 3G70A 4H1EA 5P6LA 5OZ4A 3UDMA 4Y4WA 4Y3TA 1HEGE 4Y38A 4H3IA 1TZSA 4YD3A 5P46A 5P3LA 3WZ6A 5OYUA 3PCZA 5JFPA 4DQEA 1SDUA 5P17A 1IBQA 3GGUA 3QIHA 3EL1A 3OADA 1K1TA 4YBFA 5KQXA 5P8QA 3KFPA 1APVE 3OTSA 5I3VA 2I4UA 3OXWA 4OD9B 4Y4AA 4B05A 1RL8A 3O9IA 4BFBA 1UPJA 3IVHA 3S2OA 5OZKA 2QAKA 1FMUA 3NDXA 3MSKA 3OU4B 4QJ8A 5P59A 1C70A 4GJBA 3PBZA 5P0LA 5P5QA 5P5YA 4Y4JA 4GMIA 5P53A 1HVKA 3OUDA 1K6CA 1T6GA 1PPKE 2WHHA 4JECA 3CYXA 1BBSA 4UPJA 5P1CA 2OHMA 4DQBA 2B7ZA 5P7EA 4R8YA 2HS1A 2P3CA 1FQXA 2R8NA 2O4LA 5OZ0A 3AIDA 1MESA 2I4QA 4NKKA 5P37A 2ZE1A 3QN8A 5KR8A 4EP3A 1FQ7A 5P7FA 5P64A 3LHGA 3R1GB 3OOZA 2ASIA 5ISKA 5HU0A 4DVFA 3NYGA 4LAPA 2ANLA 4RLDA 4OBZA 4Y3MA 4DJXA 5P08A 3QROA 3EL5A 5IVSA 2WKZA 4EQJA 1MEUA 4RCDA 2OHPA 1BV9A 2QZXA 5P0RA 2QNPA 1M0BA 3UDRA 1QS8A 4YA8A 1RV7A 5P8NA 2WEBA 3UFNA 2PWRA 1DP5A 4FM8A 3SABA 3APRE 1IZIA 2VIZA 5OYWA 5P2EA 2AODA 2WF1A 4RZ1A 1E81E 3UQXA 3BC4A 3TKGA 2B8LA 5P80A 4Y4GA 3OXCA 1K6TA 3OOTA 5P2MA 5P40A 1TCWA 5P5BA 3NU3A 5P28A 1J71A 5P6VA 1IVQA 4FM6A 4CPUA 1RNEA 8HVPA 3BGCA 1ME6A 1PSOE 5P2XA 5HD0A 5P7DA 1WBMA 2IKUA 2JJIA 5OZVA 3FKTA 4YCYA 4LC7A 5P7LA 5F01A 3UQRA 1BDQA 5P5LA 5DQ5A 5P65A 1MVPA 1B5FA 5P0UA 3S43A 1FIVA 2V0ZC 2NPHA 5DQ2A 5P5MA 4D88A 2O40A 2BBBA 3DV5A 2FDDA 1HIIA 3CKPA 1EEDP 2R9BA 3OQFA 5P4KA 2RKFA 2I0AA 2AOEA 5P5KA 1SIPA 5P7UA 1TSUA 2AZ9A 2PSVA 5OZGA 4ACXA 2AOGA 3EM4A 5P12A 5P4HA 3B7VA 5P6BA 4H3GA 4HZTA 3PVKA 5P52A 4L6BA 3VYEA 2ZHSA 1EPME 3JW2A 2AZ8A 5P0DA 4LL3A 3QVCA 1XL2A 2V00A 3UFLA 5P5DA 4DPFA 5ENKA 5P5HA 3K1WA 1SDVA 4FRKA 5EZZA 1TSQA 1EPPE 5AGZA 1G6LA 3H0BA 7HVPA 3TOHA 3Q70A 1A8GA 1FFIC 3KT5A 2FGVA 4Y3PA 3L3AA 3O9HA 3TPLA 5P2FA 3R0YA 3EBZA 3QP0A 4LXKA 3U6AA 2J9JB 5P2QA 3UQPA 4B1DA 5P84A 4ZEAA 3LIYA 1ODYA 5OYXA 4Q1YA 4HEGA 1ENTE 3L5BA 4ZPFA 5P1RA 3DK1A 2OHNA 1HTRB 4Y5EA 2IGYA 1HBVA 3SACA 1FF0C 3HBOA 5P3BA 5P1AA 4Y39A 1GVUA 5OZ8A 4Y5CA 1W50A 2QMPA 3EM6A 5P7VA 5P55A 5HDVA 3PWMA 3T11A 3QAAA 1B6MA 4BEKA 3O9LB 1IVPA 3UDHA 1EC0A 4QJ2A 3O99A 2QNNA 1GNNA 5P42A 1DIFA 2G1NA 1XN2A 3OU1B 1GKTA 4GJ8A 4Y43A 4ZPEA 2OHRA 2IRZA 4AA9A 1D4KA 1JLDA 5KAOA 3VFAA 4A4QA 4PZWA 1APTE 4ZLSA 1NPWA 2P3BB 4LBTA 4YE3A 5P1WA 1ER8E 1OD1A 4RYGA 5P6TA 4DJYA 3LPKA 5P4EA 5P1UA 4YD5A 3IA9A 3HD8A 3TNEA 5P68A 5P1VA 3TTPA 4COEA 5P6QA 3NU9A 1A9MA 4Y5LA 1EPNE 1LS5A 5AHBA 5OZ2A 5P04A 5AH9A 3DUYA 2NXDA 1D4YA 3KDDA 1D4SA 4B00A 4FRSA 5P7WA 5P1HA 2AOHA 1W5XA 1HTGA 3EL4A 3RSVA 5C9FA 5P7XA 3NSHA 5P4WA 4DFGA 4Y3XA 3OK9A 4NPTA 1KZKA 2OHTA 1HVCA 5P7PA 4Q5MA 3OQAA 5DGUA 5P3DA 3LZYA 5I3XA 4A6BA 2QI7A 2P3AA 5P2GA 5DR8A 5OZ9A 5P47A 2BPZA 5P22A 2QD7A 3UTLA 1FQ8A 5P5NA 1IZDA 2AQUA 1PSAA 5P41A 4Z2ZA 5P0WA 3IN4A 4J0ZA 3KDCA 4GJ5A 7UPJA 1GVTA 4EP2A 3T7XA 1HVJA 4R93A 4N00A 5P7RA 4HDPA 5OZ5A 4I10A 4R95A 5P35A 3SA9A 5P5ZA 4Y3WA 4K8SA 4M8YA 2HB4A 5OZXA 1LYAB 1F7AA 2VA5A 3HVGA 3HVPA 4DQGA 2WL0A 4FIVA 3OADB 4DH6A 5P0KA 3ST5A 5P07A 4YDGA 3WB4A 1YM4A 5P2NA 3D3TA 1KJ4A 4OBGA 4WTUA 4DJUA 3EKQA 3CICA 1G0VA 4FE6A 6UPJA 5P63A 3OAGA 2V10C 4OC6B 5P5SA 3I6OA 5P34A 1PROA 3KMXA 2VIJA 2QI5A 3EKVA 3RTHA 3RTMA 3PEPA 4F75A 1BILA 1W5YA 4ZIPA 3L58A 3OUDB 4J1CA 5E5KA 5P1QA 5P2JA 2XFIA 4DJWA 5P4GA 1ODWA 1MIQA 3D91A 1EAGA 5P8DA 2HC0A 4J0YA 4I0GA 1B6KA 3SO9A 5IVTA 2FNSA 4GJ9A 4K4PA 5P16A 4Y5MA 3VUCA 4I0JA 4Z50A 1TCXA 3UDNA 4YD7A 1SIVA 4Y35A 1META 2BQVA 4AZYA 5P1IA 5P2TA 2RSPA 5OZMA 5P6KA 5SZ9A 3BVAA 2AZBA 2B8VA 1MSNA 4CPQA 5P4XA 5P3WA 4H3JA 3KM4A 5P8PA 2OAHA 3ER5E 4OBZB 3VSWA 4U7QA 3VF5A 4LP9A 5C9BA 3EM3A 5P3YA 2Z4OA 2R3TA 2IS0A 4Y3RA 2P83A 3R4BA 2QZLA 4Y47A 5P5IA 2PSGA 2OHSA 5P3CA 5OYRA 5P0BA 1HXBA 2QCIA 5P3JA 3LZSA 5OZQA 1UH9A 5P36A 1HSHA 3DCRA 2IGXA 3H5BA 2P3BA 2H6TA 4Y3SA 1QRPE 2PYMA 5P5TA 3SA3A 1ODXA 5DQ4A 5P15A 5P7HA 3ZKXA 5P6GA 4H3FA 5P8OA 3SLZA 2R5PA 5P8CA 3T7PA 2ZDZA 3S7MA 2ZHRA 5E5JA 4OBJA 5P2ZA 3GW5A 2VS2A 5P2UA 4KB9A 2JXRA 5OZSA 2VKMA 5OZCA 2HB2A 5OYTA 1FQ6A 1IDBA 3NU4A 1M43A 1FB7A 4CMSA 4J17A 1BVEA 5P8KA 4RVXA 5P30A 1NH0A 1B5FB 2V11C 3K4VC 5P5UA 2ER6E 1FMXA 4QJAA 5P3QA 2G1YA 2QU2A 3L59A 3G72A 1LF2A 5HU1A 5KOQA 4DPIA 2UXZA 3UF3A 3TLHA 3Q6YA 5P2RA 5OZ7A 4Y3AA 3OHFA 5P4JA 1B11A 5P62A 3BUFA 2HPFA 2ZJNA 5P6FA 5P2VA 3CKTA 1BWAA 4J1KA 1WBKA 1ZSFA 4Y3DA 2JJJA 1GNOA 3NU5A 3NWXA 3OGPA 4YOBA 1HSGA 3PLDA 3SA4A 2PK6A 5FIVA 4EHCA 5P02A 2ZJIA 3CIDA 4Y5GA 5DQ1A 1LYAA 1WKRA 3MSJA 2QMDA 4RVJA 1DW6C 2J9KA 2JE4A 2PH8A 2XFKA 3UDKA 1ZPKA 3IXJA 5P3FA 4GIDA 1CMSA 1XS7D 3VF3A 3C9XA 1QBRA 4HDBA 4ER1E 4E43A 4OC6A 1KJFA 2Q3KA 3BXRA 3D1ZA 3PLLA 3KYRA 2QD6A 4Y4ZA 3SA7A 4J0TA 2O4SA 4K9HA 5AH8A 2AIDA 5P33A 3VYFA 4L7GA 5P39A 2PQZA 1HVIA 4Y3ZA 4Y53A 5P7ZA 5KOSA 5P6UA 1YX9A 3KN0A 1HVHA 1FMBA 5OZUA 1XDHA 5P4OA 3ZKIA 4ACUA 1HPSA 2IKOA 2WEAA 5SY2A 5P23A 5HCTA 3PI0A 5T4SA 2FXDA 5P51A 2QI6A 1YTJA 4EPJA 4F74A 5P4TA 3EL9A 2G27A 4I1CA 5P5OA 2PYNA 5DR0A 2QP8A 3KT2A 1EBWA 2FLEA 1D4IA 2ZJMA 5P1SA 4I8WA 3ZKGA 5J25A 5P7JA 2ZHUA 4B77A 4FS4A 5P01A 2CEMA 5P3KA 5COOA 2AZCA 2HPEA 3LNKA 5ER1E 1MT8A 3OUAA 4ZSPA 5P00A 3T6IA 5P2IA 5P5CA 5P5PA 5PEPA 2P8HA 4FRIA 1YG9A 2H6SA 4Y4EA 1M4HA 2XFJA 2P3DA 1XE5A 3SFCA 4ZE6A 5P7OA 2NXLA 4OBHA 5P86A 5P6SA 4EXHA 4RCEA 4Y6MA 1YTGA 3B80A 5TOLA 3CYWA 3ZKSA 1ZJ7A 3TOFA 5OYZA 2F3EA 4B72A 5P89A 5EZXA 2IL2A 3IVIA 1MT7A 3LIZA 1OEWA 4I12A 5OYVA 4I0IA 1BXOA 5P8LA 2XYFA 5P4LA 3UDJA 3K4VA 3UHLA 4DJRA 5P3GA 2OHLA 2AOJA 3GGAA 1FGCC 2QMFA 1T7IA 1BDRA 4MC6A 1HIVA 3D20A 3SKGA 3OXVA 4X2LA 2I4VA 4J54A 1HTFA 4Y4UA 1FG8C 4Y3JA 5P6EA 3D1YA 4D89A 5P1OA 4I0FA 3VYDA 2IQGA 3PBDA 2XYEA 4XXSA 2G1SA 5DR1A 2PSUA 3S7LA 3TPPA 5P2WA 1LF4A 3QPJA 3ER3E 4GJDA 3IXKA 3BRAA 3L38A 5P4QA 3S54A 3RVIA 1Z1HA 4Y5PA 1FKNA 5P1JA 5P5EA 3OAGB 3LIXA 4EQ0A 2Q63A 3L5FA 3ZMGA 4M8XA 4QJ9A 5P57A 1AJXA 3N3IA 2F8GA 2O4KA 3G6ZA 5P0HA 4GZFA 2NMYA 1NSOA 4I8ZA 2ZJJA 3NUOA 1FEJC 3Q4BA 4FM7A 3KFRA 3NR6A 5P71A 4EJDA 5P76A 3F9QA 4KUPA 5OZLA 4AA8A 6FIVA 1EC2A 1MERA 5P2LA 4L7HA 3VV6A 4Y3LA 5KR0A 3SPKA 4Y9WA 3D1XA 3LIVA 5BWYA 3I7EA 5HCOA 5BRYA 1EBKC 2PC0A 4TRZA 3QBHA 5OZ1A 1QBTA 3WSJA 3IGBA 4Y5AA 5P25A 2F3FA 4B70A 5OZZA 3VLAA 2QHCA 1HXWA 5P66A 4DJQA 1BAIA 1MTRA 1HEFE 1MRXA 5AH6A 2RKGA 5P8AA 4QLHA 3S56A 5KQZA 2IENA 1EPLE 1G2KA 3BUGA 4EWOA 4I0DA 4LHHA 3K5DA 2QK5A 5P6AA 3HLOA 2WF3A 5P1XA 1BV7A 1W6IA 1VIKA 3O9AA 4RGHA 1XL5A 5BS4A 4FRJA 3OU3A 1C6YA 5P6JA 3DOXA 1GVVA 1GVWA 5P5XA 5P0ZA 1LV1A 5P03A 5OZOA 3OQ7A 5P2OA 2UPJA 2HAHA 4Y36A 1HVSA 2HIZA 4BELA 1BDLA 5OZNA 1DMPA 2NNPA 5AHAA 2G24A 2AVQA 4B1CA 3WZ8A 1MT9A 5P3XA 2Q11A 2FDEA 4Y5KA 3PJ6A 5P3RA 4WY1A 4J1IA 4RRNA 2WEZA 1B6LA 2ZHTA 4GJ7A 2VA6A 3MWSA 3INHA 3NDWA 1TQFA 4XX3A 1LYBA 2WF4A 5P79A 3QRSA 3U7SA 3I2LA 3CKRA 2QI0A 3UQUA 3NLSA 2V13A 3PMYA 3EC0A 2R38A 4Y3HA 5P83A 5P4NA 2FGUA 1T7KA 3PWRA 3QS1A 1EPOE 5P0IA 3TL9A 5B18A 4U7VA 3N4LA 4APEA 3GGVA 5P1PA 4NJVA 5P19A 4EXGA 3OHHA 3OY4A 5P1BA 1W5WA 5P7KA 3WB5A 5P24A 3ZOVA 4HLAA 1HRNA 1MUIA 1FLHA 4K4QA 4CPRA 1EBYA 1QBUA 5DPZA 5P1NA 1HSIA 1W6HA 5P3IA 5P3EA 3EL0A 5P0CA 4Y57A 2FIVA 5P2YA 4FAFA 4Y45A 1T3RA 4DI2A 1HPVA 5P77A 3SM2A 5P0VA 3SA6A 5P5AA 3TOGA 6APRE 2PWCA 4RCFA 3LITA 5P8IA 5OZFA 5P8JA 1YT9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PPH A;  3EXO A;  5ENM A;  2OF0 A;  5P0S A;  1HPO A;  5P26 A;  2F80 A;  2EWY A;  5OZE A;  5P8H A;  1C6X A;  4PEP A;  1IZE A;  2ZYE A;  1BXQ A;  3ZLQ A;  1Z8C A;  2B7F A;  3ZKQ A;  5I3W A;  5P4I A;  5P6C A;  1CZI E;  4XX4 A;  1IIQ A;  2I0D A;  3PCW A;  4PYV A;  2ZGA A;  5SY3 A;  2G1R A;  2FMB A;  3R2F A;  4FGX A;  3S43 B;  5P6Z A;  2I1A A;  2CEJ A;  5P38 A;  5CLM A;  2AVS A;  2VIY A;  5P1Y A;  3VSX A;  1AAQ A;  3UPJ A;  3TPR A;  4Y4X A;  2G1O A;  3G70 A;  4H1E A;  5P6L A;  5OZ4 A;  3UDM A;  4Y4W A;  4Y3T A;  1HEG E;  4Y38 A;  4H3I A;  1TZS A;  4YD3 A;  5P46 A;  5P3L A;  3WZ6 A;  5OYU A;  3PCZ A;  5JFP A;  4DQE A;  1SDU A;  5P17 A;  1IBQ A;  3GGU A;  3QIH A;  3EL1 A;  3OAD A;  1K1T A;  4YBF A;  5KQX A;  5P8Q A;  3KFP A;  1APV E;  3OTS A;  5I3V A;  2I4U A;  3OXW A;  4OD9 B;  4Y4A A;  4B05 A;  1RL8 A;  3O9I A;  4BFB A;  1UPJ A;  3IVH A;  3S2O A;  5OZK A;  2QAK A;  1FMU A;  3NDX A;  3MSK A;  3OU4 B;  4QJ8 A;  5P59 A;  1C70 A;  4GJB A;  3PBZ A;  5P0L A;  5P5Q A;  5P5Y A;  4Y4J A;  4GMI A;  5P53 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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