3UDPA

Crystal structure of bace with compound 12
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udpA02
4FIVA 4FAEA 5P4GA 1RQ9A 1EBZA 5OZIA 5P5UA 4YDGA 2G1YA 1FQ5A 4EJKA 5P3MA 1MT7A 3S45A 3ZLQA 3URLA 1SDTA 1LV1A 3SA8A 1QBSA 2QD6A 5P3QA 1ME6A 3O9HA 5P0LA 5P04A 4LP9A 1HIHA 3RSVA 1HPVA 2ZE1A 1D4YA 1G0VA 3BUHA 3TOGA 3DJKA 5P50A 5P8EA 4DQBA 2RENA 3PI0A 5P0GA 1MT9A 3B7VA 1ZSRA 5P7ZA 3KF0A 5P5MA 4WTUA 1PROA 3U6AA 3LHGA 5P2QA 1C6ZA 4N00A 3EL0A 5P5WA 3VSXA 1BXOA 2OHPA 4OD9A 5P1NA 5P31A 4GJ7A 4YCTA 1HVIA 5P1OA 2QCIA 5P7DA 2HC0A 5P0KA 5DGUA 5IVRA 4KE1A 1IZIA 4NJVA 3PSYA 5P2OA 4GJBA 2XFJA 4I0GA 4Y5KA 4Q1XA 1T7JA 8HVPA 5P0JA 5P8SA 3WZ7A 4U7QA 4NJSA 4HA5A 2P3BA 5P28A 3OUDA 5P08A 4ACXA 4GJ8A 3EKXA 1HIVA 3D20A 7HVPA 3SACA 3UQWA 4Y38A 4LXKA 3GI5A 5P45A 3OQFA 4FSLA 1EBKC 4GYEA 5ER1E 4FM8A 4OBZB 5P6XA 1MUIA 2WF4A 4J0YA 3OADA 1FQ6A 5P3IA 2G1OA 5OZVA 1EC0A 3OQKA 1APTE 2PSGA 3EC0A 2A1EA 2PSVA 4Z4XA 2BPZA 4OC6A 3VLAA 3LNKA 3PGIA 5P6RA 3PBDA 2BJUA 3SA3A 4RLDA 4J0ZA 3KFSA 5KR1A 1DAZC 5P6ZA 3FX5A 5P8OA 5P2NA 5P4FA 2G20A 1GVUA 4Y9WA 4PZWA 4YBFA 5DR1A 1TCWA 5BRYA 3TL9A 5P1YA 3MSJA 5P6HA 4OBKA 3PJ6A 2IGXA 4EJLA 1TQFA 4LXMA 5P34A 5P4MA 1PPKE 3BXSA 3KT5A 1EBWA 5P51A 5P2WA 3LIYA 3O9BA 5P6TA 4YCKA 1HSHA 1NH0A 1LEEA 3OUDB 5P2YA 3OXCA 5DR8A 5P4KA 3U7SA 3BUGA 3HVGA 3PVKA 1DW6C 5I3YA 3LIZA 5P8JA 1F34A 3GI0A 1K2CA 3CYXA 4JPCA 4EPJA 3KYRA 4FRJA 5P1HA 2BQVA 5SXNA 2G27A 5P7SA 3N4LA 2HS1A 3PM4A 5DQ2A 2AOCA 3OTYA 2QMGA 5P1BA 3JVWA 1KJGA 3DUYA 4U8WA 4RVIA 1XL5A 4EQ0A 3OADB 4NJUA 2G26A 2HIZA 3QBFA 4Y4ZA 3R0YA 1Z1HA 3QROA 3BGBA 3R4BA 3BXRA 4Y47A 4X2LA 5OZ3A 1LF4A 2PYMA 4DJUA 3WB4A 4OC6B 3OQ7A 2Q55A 4RCDA 2R9BA 2P3CA 3NU6A 3B80A 5P73A 3VYFA 1PSNA 5P3NA 5OYZA 5P0IA 4Y4EA 4DQCA 4RYCA 1FLHA 1K6PA 4HLAA 2NXLA 1XL2A 1D4KA 2IS0A 1SDVA 4Y5AA 4IVTA 4J17A 5P06A 5OYYA 4IVSA 1BAIA 5P81A 2RKFA 2HB4A 5ER2E 1FFIC 5P1AA 5P3PA 5P1TA 3VFAA 2WJOA 5P0RA 1YTIA 4K8SA 3EMYA 3TTPA 3TOFA 5P60A 4Y4AA 3EL4A 4Y4JA 3HAUA 3T6IA 5P6OA 5P4AA 4XKXA 4QJ2A 3R2FA 4J1KA 5P4RA 2P3AA 5P71A 2HPFA 2XFIA 2G22A 3JW2A 4LC7A 2Q3KA 5OZGA 5HDUA 2B42A 5E5JA 3C9XA 5P54A 5P8TA 1MERA 1W50A 4H1EA 5UPJA 3GI6A 2G69A 2F3EA 3UDQA 1ER8E 4J1EA 3HLOA 2I4WA 3OHFA 2HPEA 3L5DA 3GGUA 4FS4A 2IENA 2A4FA 2ZHRA 1FIVA 2NNPA 5I3VA 5P82A 5HCTA 4Y3LA 2NMYA 4DI2A 4KE0A 5P6IA 1FGCC 1ODYA 5P4SA 3SLZA 2BPWA 3UQPA 2Z4OA 2QI0A 1C6YA 5P07A 3SA9A 5P8IA 4ZSQA 1QDMA 4Y36A 1K6VA 3OWNA 1D4LA 4B00A 3Q5HA 5P7VA 3FNUA 3INDA 4RGHA 4JOOA 2ZJJA 2G1RA 3PSGA 2QMDA 2QNNA 3ZL7A 4GB2A 5OYSA 5P6YA 1J71A 4DFGA 2IL2A 2ZHSA 5ENMA 5P38A 5P87A 3UDMA 4YOBA 2WF2A 4PHVA 1YTHA 3QAAA 5P24A 1OHRA 4YA8A 1FKNA 5P1PA 1LYAA 1D4IA 5P57A 2P4JA 5FIVA 1B11A 1CPIA 3RTMA 4LL3A 1W5WA 5OZUA 3O9CA 5P5YA 4DV9A 3OU4A 5P3UA 5OYQA 1BDRA 4GJCA 4LXAA 1SMRA 4L1AA 4HVPA 3TH9A 3KDCA 5COKA 4AMTA 2MIPA 3KFNA 4Y3ZA 5P5FA 3ZKNA 5F00A 1HTRB 1SGZA 4Y6MA 2RSPA 5IVQA 3CKRA 2ZJLA 1Z8CA 1E81E 2QI4A 4B1DA 1KJFA 5P1SA 2G1NA 2JXRA 4RRNA 3Q3TA 4FM7A 1PSAA 1TSQA 4Y3QA 1QRPE 1G6LA 3EKQA 3L58A 1EPME 3HD8A 4FE6A 3OU1B 4Q1NA 1OEXA 2CEMA 5P4IA 5P6EA 3BVBA 5P5JA 5P35A 5P56A 5DQCA 1EC2A 2BKSA 2Q64A 5OZ0A 3HW1A 4LAPA 5OZKA 1T7IA 2VIEA 5JODA 5P8DA 3OGQA 5P17A 2OHMA 5OZQA 2VIZA 2WEDA 4I0EA 3UFLA 4COEA 4Y35A 2VIJA 5P3VA 1MSNA 2QI1A 4Y4DA 5P7IA 3K1WA 3GW5A 5ENKA 3TKGA 3SA5A 5P4ZA 5P8CA 4RVXA 5P70A 3O9DA 1HEFE 3OU4B 4EXHA 5OYTA 5P59A 4CKUA 5HCOA 5P1IA 5P10A 3CYWA 5OZ2A 5P5VA 2ER0E 3T3CA 1BWBA 1W6IA 4RROA 5P0DA 5P2MA 2HB2A 5P7HA 1HBVA 1GVVA 3WB5A 3NR6A 5P86A 5P7BA 4MC9A 4I0JA 5P2JA 5B18A 3S43A 5AHBA 4J5JA 3PLLA 5CONA 1SP5A 3OAGA 5P5SA 4QLHA 4OBGA 4KB9A 1B5FA 5P2KA 2BPYA 2ZJMA 5P0OA 4YD6A 2AVQA 5IS4A 2R43A 9HVPA 1HHPA 5DPZA 1BV7A 3VG1A 3I7EA 5P32A 5OYRA 2F3KA 3L38A 1C70A 1ZAPA 2R8NA 3NWXA 4J54A 5P3BA 5P52A 4DJVA 1EPOE 1T6EX 4WY6A 2WKZA 4J0TA 3D1XA 3QP0A 4GJAA 5P3EA 5P5EA 5IE1A 2OHSA 4Y3JA 3NSHA 4GJDA 5P6WA 2V0ZC 2PK6A 3Q6YA 3EKTA 1IDAA 3O9FA 2ZJIA 5P5TA 1RPIA 4BFDA 2WECA 4A4QA 5P09A 1ZTZA 2AZCA 4FM6A 5BS4A 4YD4A 2AOGA 4QGIA 5OZCA 5OYWA 5P1GA 4NPTA 1Q9PA 3FNTA 4BEKA 3PEPA 4Q1WA 3OY4A 4WY1A 5P3DA 5KOSA 2JE4A 4Y4UA 5OYVA 2QI6A 2FNTA 5P2SA 3S43B 1HVJA 3IAWA 2QNPA 2BB9A 2FXDA 1KJHA 4ZE6A 5P66A 1HWRA 3LPIA 5OZYA 1B5FB 4DJQA 5OZLA 3NYGA 1WBMA 5IVTA 2G21A 5KQXA 2SAMA 3D91A 5IVSA 5P4XA 3VEUA 3OK9A 2ZYEA 4R5NA 3UF3A 2I4DA 5P0PA 1LYWA 3KFPA 5COOA 4M8XA 4R8YA 1CZIE 4J55A 3LPKA 3QVIA 1PFZA 3QIHA 3NU4A 4YD7A 2AVVA 1GVTA 2G1SA 1KJ4A 3EM4A 4TRZA 1HPSA 2VNNA 1ODWA 4B72A 4Y3MA 4Y3GA 2I4UA 2I1AA 2ZJHA 3VLBA 1M43A 3EM6A 4ZEAA 3EM3A 1FMBA 3UQRA 1GKTA 4J1HA 4B70A 4EXGA 3PMYA 3KFRA 1SIPA 5P3TA 4K9HA 1T3RA 4DQFA 5P72A 4Y3DA 1AXAA 3WZ6A 2F81A 3LIVA 5P3KA 5P68A 3RTHA 5P6SA 3QN8A 2ER7E 5P69A 1AAQA 1BV9A 2O4NA 4TVGA 3OUBA 2OF0A 3MSLA 3TPLA 4YCYA 1FQ8A 2BPXA 5P1LA 2AODA 2AZ8A 4GZFA 2VA5A 1VIJA 3OQDA 5P0FA 5OZPA 5P2DA 1MT8A 4RVJA 2OHNA 1NPWA 5P7WA 4S1GA 3IVIA 5P1UA 2Q63A 3VV6A 3UDPA 4R93A 3NDWA 5OZ1A 5OZ9A 1C6XA 4Y53A 4ZPEA 2FLEA 5P0MA 5P7OA 4HEGA 4Y5CA 3NUOA 1ENTE 3HBOA 4Y4GA 2V13A 5I70A 2QHYA 3T11A 3ZKGA 5P40A 1IDBA 5P2LA 4D8CA 1FG8C 3O9IA 5OZSA 4OD9B 5P03A 4QJ6A 4A6BA 5P8UA 1YG9A 5P13A 1A30A 2OHUA 4NJTA 2J9KA 1META 5P5IA 1A94A 3S7MA 1SMEA 4J1IA 1IIQA 2J9JA 5ISJA 1NPAA 5P11A 2HAHA 1LYBA 1FMXA 5P6UA 2P3BB 5P3HA 4Y51A 4EJDA 1YM4A 3Q70A 4B78A 1HOSA 4RRSA 3AUPA 3KA2A 3QRSA 2AOHA 3S85A 4EWOA 4I0ZA 1AJVA 3PWMA 2Q15A 3IVHA 4CPSA 5P61A 5P7FA 4PZXA 5P6JA 3EKVA 5HE5A 1OD1A 5P2XA 5P2EA 5P4HA 5P79A 3EL1A 5P1VA 5OZJA 5P7CA 5J25A 4ER4E 4GJ6A 3BC4A 4Y4BA 2V11C 4A6CA 2ANLA 1HRNA 1HSGA 5OZTA 4DJXA 3L5CA 5P0VA 4XX4A 2QHZA 5P7JA 3ZKSA 4UPJA 1ZBGA 4PYVA 1UH8A 3NDTA 3EKYA 2AZBA 2HS2A 3PI5A 4OBFA 5P77A 5P2AA 3BVAA 5P22A 1ZSFA 2WEBA 3MXDA 2CEJA 1GNMA 1SDUA 5P47A 1HTFA 1IZEA 2AOJA 4L7HA 4CPUA 3GGVA 2VS2A 4DJYA 2J9JB 3URJA 4XXSA 1APVE 5P5LA 5P5KA 1LYBB 1T7KA 3UDRA 1BWAA 5P5GA 4I8ZA 4YE3A 4DJWA 5P1WA 4KUPA 2AOEA 3SM2A 5P6PA 1HTGA 5P7AA 5P8LA 1ZPKA 5P75A 4FLGA 5P0YA 2B7FA 3L5EA 5OZ7A 3PHVA 2VA7A 2QHCA 2FXEA 4ZIPA 2Q54A 3SPKA 3S53A 1ZP8A 5P25A 3DCRA 4I0HA 3K5CA 4Y54A 2PK5A 5P2CA 1BXQA 2QAKA 1FEJC 1HPOA 5P2RA 2QP8A 1K2BA 5P2IA 5P4JA 5P18A 5P6QA 1W5YA 4Y44A 3S7LA 2RKGA 7UPJA 1HTEA 2NPHA 5P8AA 3LZVA 3TKWA 5JFPA 5P8NA 3JVYA 1BDQA 1QS8A 3K4VA 5I3XA 4GMIA 3CKTA 1HXBA 5OZZA 2R3WA 4FCOA 3DV5A 2CENA 4U7VA 3IXOA 5P62A 1QBRA 5P4WA 3TOHA 5P2VA 1GVWA 2UPJA 4ER2E 4R92A 2NNKA 3RU1A 5P5ZA 4ZPGA 5P6CA 2ER6E 3T7PA 5P1EA 2VNMA 5KAOA 5HVPA 3MXEA 5P3JA 1RNEA 4TRWA 3HAWA 5P3XA 4B1CA 3EXOA 5P2HA 4QJ8A 4Y3TA 1K1UA 5KR0A 2G94A 2AZ9A 1MTBA 3APPA 5P4CA 4DUSA 2QI5A 3O9LA 3QI1A 4YD3A 5P0HA 2QNQA 4TRYA 5P0BA 5I3WA 5P78A 4B1EA 3TPRA 5P80A 1M4HA 1BVGA 1KZKA 2OAHA 3MWSA 1D4SA 2ZHVA 4LBTA 2I4XA 3VF5A 4RYGA 5OZ4A 3SAAA 5P3FA 5P43A 3N3IA 3ER3E 5P7XA 3OOTA 4FL8A 3EKPA 3ZPTA 5P64A 5P55A 5DR7A 4JPEA 1EPNE 1LZQA 5P00A 3BHEA 1ZPAA 3CMSA 3HVPA 5P4OA 5P26A 3SKFA 2PH6A 3SABA 4D88A 3FNSA 1YT9A 4K4PA 1D4JA 4Y45A 5HTZA 3INEA 5P3ZA 1G2KA 4Y56A 4I0FA 4GJ9A 5HD0A 1DP5A 2NXMA 2QZWA 4Y5GA 3NU5A 1FG6C 5P0XA 2AIDA 3QRMA 5P5DA 2I0DA 3TPJA 4CPTA 5P1CA 1A8GA 5P0UA 3ZMGA 4YHQA 2P8HA 3I8WA 2R5PA 3LITA 3O9LB 3SKGA 4EP3A 2P3DA 4B77A 3IA9A 4AA9A 1LYAB 3GGXA 5KQYA 1RL8A 2ER9E 5P8QA 2QU3A 1EPLE 4XX3A 4Y3WA 4L6BA 4RCEA 4NKKA 5OZXA 5P3RA 1G35A 5P20A 4L1AB 1W5XA 3K5GA 5P5XA 5P6BA 3QBHA 4GJ5A 2WL0A 5P49A 1BBSA 1B6PA 3VFBA 5CLMA 4OBDA 5P85A 1A8KA 3O9AA 3OQAA 5P3WA 1AIDA 1YTJA 5SY3A 2WEZA 6APRE 2BPVA 3OUCA 3PWWA 6FIVA 2O4SA 1W51A 5OZHA 1SGUA 4CPXA 2APRA 2ZHUA 2IKOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FIV A;  4FAE A;  5P4G A;  1RQ9 A;  1EBZ A;  5OZI A;  5P5U A;  4YDG A;  2G1Y A;  1FQ5 A;  4EJK A;  5P3M A;  1MT7 A;  3S45 A;  3ZLQ A;  3URL A;  1SDT A;  1LV1 A;  3SA8 A;  1QBS A;  2QD6 A;  5P3Q A;  1ME6 A;  3O9H A;  5P0L A;  5P04 A;  4LP9 A;  1HIH A;  3RSV A;  1HPV A;  2ZE1 A;  1D4Y A;  1G0V A;  3BUH A;  3TOG A;  3DJK A;  5P50 A;  5P8E A;  4DQB A;  2REN A;  3PI0 A;  5P0G A;  1MT9 A;  3B7V A;  1ZSR A;  5P7Z A;  3KF0 A;  5P5M A;  4WTU A;  1PRO A;  3U6A A;  3LHG A;  5P2Q A;  1C6Z A;  4N00 A;  3EL0 A;  5P5W A;  3VSX A;  1BXO A;  2OHP A;  4OD9 A;  5P1N A;  5P31 A;  4GJ7 A;  4YCT A;  1HVI A;  5P1O A;  2QCI A;  5P7D A;  2HC0 A;  5P0K A;  5DGU A;  5IVR A;  4KE1 A;  1IZI A;  4NJV A;  3PSY A;  5P2O A;  4GJB A;  2XFJ A;  4I0G A;  4Y5K A;  4Q1X A;  1T7J A;  8HVP A;  5P0J A;  5P8S A;  3WZ7 A;  4U7Q A;  4NJS A;  4HA5 A;  2P3B A;  5P28 A;  3OUD A;  5P08 A;  4ACX A;  4GJ8 A;  3EKX A;  1HIV A;  3D20 A;  7HVP A;  3SAC A;  3UQW A;  4Y38 A;  4LXK A;  3GI5 A;  5P45 A;  3OQF A;  4FSL A;  1EBK C;  4GYE A;  5ER1 E;  4FM8 A;  4OBZ B;  5P6X A;  1MUI A;  2WF4 A;  4J0Y A;  3OAD A;  1FQ6 A;  5P3I A;  2G1O A;  5OZV A;  1EC0 A;  3OQK A;  1APT E;  2PSG A;  3EC0 A;  2A1E A;  2PSV A;  4Z4X A;  2BPZ A;  4OC6 A;  3VLA A;  3LNK A;  3PGI A;  5P6R A;  3PBD A;  2BJU A;  3SA3 A;  4RLD A;  4J0Z A;  3KFS A;  5KR1 A;  1DAZ C;  5P6Z A;  3FX5 A;  5P8O A;  5P2N A;  5P4F A;  2G20 A;  1GVU A;  4Y9W A;  4PZW A;  4YBF A;  5DR1 A;  1TCW A;  5BRY A;  3TL9 A;  5P1Y A;  3MSJ A;  5P6H A;  4OBK A;  3PJ6 A;  2IGX A;  4EJL A;  1TQF A;  4LXM A;  5P34 A;  5P4M A;  1PPK E;  3BXS A;  3KT5 A;  1EBW A;  5P51 A;  5P2W A;  3LIY A;  3O9B A;  5P6T A;  4YCK A;  1HSH A;  1NH0 A;  1LEE A;  3OUD B;  5P2Y A;  3OXC A;  5DR8 A;  5P4K A;  3U7S A;  3BUG A;  3HVG A;  3PVK A;  1DW6 C;  5I3Y A;  3LIZ A;  5P8J A;  1F34 A;  3GI0 A;  1K2C A;  3CYX A;  4JPC A;  4EPJ A;  3KYR A;  4FRJ A;  5P1H A;  2BQV A;  5SXN A;  2G27 A;  5P7S A;  3N4L A;  2HS1 A;  3PM4 A;  5DQ2 A;  2AOC A;  3OTY A;  2QMG A;  5P1B A;  3JVW A;  1KJG A;  3DUY A;  4U8W A;  4RVI A;  1XL5 A;  4EQ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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