3UHLA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with p2-nc substrate analog
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uhlA00
3SPKA 5P4YA 3CKTA 3TKGA 1FB7A 2PSGA 3LPKA 5AH8A 1MT8A 3D91A 1BVEA 2OAHA 5P72A 4FRIA 4DJXA 2Q11A 4R5NA 4L7JA 2BPZA 5P88A 4FGXA 4GJDA 4Y4UA 1F34A 3R2FA 5P23A 3EKVA 5AHCA 2I4VA 5P7RA 1WKRA 2P8HA 2JJIA 1XL2A 3VYFA 3ZMGA 1HPVA 2QP8A 1AAQA 4J54A 2AOEA 3SKGA 3HVPA 3ZPUA 4OBJA 5DR3A 1EC3A 1G0VA 1EPNE 1HHPA 4Y54A 3ZPSA 3C9XA 4L7HA 5OZNA 5P3SA 2QU2A 1D4HA 4B72A 3URLA 1T7IA 4Z50A 3I2LA 3O99A 2WEZA 5FIVA 5P85A 2WEBA 5JFPA 1FIVA 1LF2A 5P2KA 5P41A 2NXDA 3QRSA 3PWWA 5P2BA 4LL3A 2R38A 5P69A 5P6XA 3NWQA 5P6RA 2SAMA 5KQYA 3SA6A 2WL0A 3SABA 3UDYA 2Q64A 3VV8A 2AVQA 4U8WA 1XS7D 3TTPA 4R95A 5OZQA 1IVPA 1SP5A 1HEGE 4D83A 5P7VA 4K8SA 5P32A 2QCIA 3S53A 5ENMA 2V00A 2QNQA 2PYMA 3S54A 3IAWA 5OYSA 5P3MA 3NDUA 3KMXA 5OZ9A 5P1UA 4H3IA 3PBZA 4R8YA 4AA9A 4YD4A 3NUOA 4FRJA 4HA5A 5OYQA 5P22A 3OHHA 2RSPA 2MIPA 5P0SA 1TCWA 1QRPE 5P2CA 3NDTA 1MSNA 5P7NA 1W5VA 4ER2E 5P3CA 1A94A 4LXAA 2P3DA 3OOTA 2BPWA 4Y38A 1HVJA 3NU9A 5P1QA 2V0ZC 1K6TA 1YTJA 4UPJA 2NXMA 4LHHA 4R91A 5P68A 5OYUA 3MWSA 5P3XA 5P48A 2BPVA 4Y3SA 4U7QA 4YOBA 2ZJJA 1PFZA 4X2LA 5P0QA 4H1EA 5P1IA 4XKXA 1TW7A 1W5XA 5P2HA 5P6JA 5P17A 2PK6A 4CPXA 2VIYA 4YBFA 3FSMA 2AQUA 4Y4GA 3WZ8A 5I3VA 3EXOA 1WBMA 5P6FA 5P8GA 1MERA 1A9MA 5P08A 3PRSA 5AHAA 2VA5A 4RVXA 3K5FA 5P8EA 2G1YA 4Y3PA 3I7EA 5P3IA 4D8CA 2V13A 4I0EA 3CKRA 1IBQA 3EKPA 5P3AA 2WJOA 1MSMA 3JW2A 5P77A 4DJYA 5P5XA 1NPAA 2ZJIA 4MC2A 1EC0A 5OZ8A 5P8MA 3PLDA 5P03A 5P2XA 1TSUA 2V10C 1SIVA 1IZHA 4NJUA 2VIJA 5C9DA 3LINA 3QROA 4ZPGA 2I1AA 5P3BA 5P6KA 1IZIA 5OYZA 3RSVA 4Y3AA 3IN4A 5P8RA 5KR1A 5OZPA 4DQBA 1LF3A 5OZVA 4Y5AA 4Y3DA 5HU0A 4OD9A 3LIZA 2ZJKA 3OU1A 4ZLSA 5P3GA 8HVPA 1E82E 1PROA 5OYYA 1HIHA 3R0YA 1QBTA 1YM2A 3FX5A 3NUJA 5P1OA 3KM4A 5P3RA 1K6PA 1MRWA 5UPJA 3U71A 1C6YA 4A6BA 4I12A 4KUPA 5P3QA 2PMAA 1YT9A 2JXRA 2A1EA 2QMDA 3PM4A 1XL5A 4FRSA 4FL8A 1OHRA 1BBSA 5P87A 5P7WA 4GJCA 1LYAB 5E5JA 4GJ9A 5P2TA 5P7DA 5CLMA 5COPA 5P5BA 4FE6A 2R43A 3CIBA 4OBZA 3RU1A 4Y3YA 5P4ZA 5P4HA 4DFGA 3EKYA 5KR8A 1ODXA 3ZLQA 1TCXA 5IVQA 4EP2A 3KT5A 3OQDA 2QI4A 4GZFA 4OBKA 1W51A 5P5SA 1HIIA 4TVHA 5P3ZA 3BVAA 5P7BA 5OZJA 3PWMA 1IDAA 5P4MA 4APRE 3KA2A 4DUSA 2IRZA 5P39A 3GGAA 1QBSA 1HSIA 3O9IA 4ZSMA 4J1CA 5P1PA 4I8WA 1LYWB 2WF4A 5OYVA 1BIMA 4EJ8A 2VS2A 3G6ZA 5OZ4A 1LEEA 5P6HA 5P7PA 2ZYEA 4ZSPA 3DM6A 2AOFA 4RRSA 3TKWA 3GGXA 5P7SA 3INHA 2I4XA 1SGUA 4Y5EA 2QMGA 3EKTA 1W6HA 1DPJA 1FKNA 3VYEA 5P1YA 1HVCA 3TPRA 3CIDA 4QJ9A 1ZPKA 2ASIA 9HVPA 2IGXA 2FNSA 2PSUA 2Q63A 2J9KA 3UQWA 2OHTA 3NLSA 2NXLA 5P8OA 4Q1XA 2ZJNA 4B70A 4B1EA 3IA9A 5P49A 1YG9A 3QI1A 4CPWA 5P4LA 1A30A 3PMUA 4B78A 5P3DA 3OXVA 1B6LA 5P3PA 5P7JA 3ZPTA 3S45A 1J71A 3Q4BA 3QRVA 3OU3A 1AXAA 1EPQE 4J0TA 3ZKSA 3HAUA 2FS4A 4HDPA 5P3LA 1HBVA 4DQEA 2A4FA 4B0QA 1SDTA 4EYRA 5P7MA 3DCRA 2F80A 3DV1A 5OYWA 1FQ8A 1XN2A 5APRE 3VF3A 5KOQA 5P3JA 3Q3TA 2OF0A 3PSYA 4J17A 2I4QA 1HVIA 3MSJA 5P80A 5P86A 5P07A 3I8WA 4HVPA 4A4QA 3PEPA 1LS5A 5P02A 3T3CA 3URJA 5P6AA 5P1LA 1GVTA 3CYXA 4JP9A 5P6GA 5P3WA 4Y4JA 5P66A 5IE1A 2AVSA 3ER5E 3KN0A 1QDMA 3SA8A 1B5FB 5P4FA 4YE3A 3LZVA 4Y5MA 5P1CA 3S56A 2UY0A 1HSGA 1BV9A 5OZ7A 3BGCA 3G72A 1W50A 4D85A 4DI2A 3GGVA 4ZSRA 3LZUA 5P29A 1YTHA 4FRKA 1BDQA 1OEXA 2FMBA 4I8ZA 1NSOA 2ZHRA 5P83A 4AMTA 3PHVA 3VLBA 5P25A 2AIDA 1T7KA 5P8VA 5IVRA 2B60A 1QS8A 2JE4A 1ODYA 4NPUA 3SO9A 4QLHA 2V12C 3ZKXA 4ACXA 1JLDA 4RYCA 5P20A 5P0WA 4TVGA 3HAWA 5P2NA 5KQFA 5P61A 2APRA 1UH8A 5P71A 1UPJA 4GMIA 4B1DA 3DCKA 1DAZC 5OZBA 2HB2A 1BV7A 3DOXA 1D4KA 6UPJA 1ENTE 3IGBA 5P5AA 3MSKA 1Z1RA 1SMEA 3G70A 3UDJA 5P8BA 1XE6A 3APPA 1B5FA 4Y44A 4J1FA 2PC0A 3IVHA 5P5KA 3AIDA 4CPQA 2BJUA 3IXKA 1XN3A 5HDZA 1SMRA 3D1ZA 3QPJA 3HBOA 1M4HA 1OEWA 1FLHA 1CPIA 3JVYA 2XFKA 3EL0A 4I10A 4CPTA 5KR0A 3MXDA 3SA5A 1MTRA 4Q1NA 4DV9A 2Z4OA 4FAFA 5P5QA 5OZTA 5AH7A 5P74A 2CEMA 3TL9A 2V16C 5E5KA 2WF3A 3IVIA 1MESA 3NDXA 4QJ8A 1RPIA 3OUCA 5DPZA 2BBBA 4Y4EA 5P3EA 5P75A 2FXEA 1HPXA 5P2RA 1LF4A 5P51A 4R92A 4Y9WA 1IDBA 4FM7A 4YHQA 3GI6A 4GJ7A 5P5IA 3QRMA 3OQKA 4Y6MA 5P0HA 5P3HA 5P2JA 2WEDA 4U7VA 2QZLA 4PEPA 4FSEA 4YCKA 5P6NA 1T3RA 1QBUA 3FNSA 3UCBA 3NU6A 3TPJA 4Y5NA 5P1WA 5P0LA 4DQFA 1A8GA 4HDFA 2AZ9A 4QJ2A 5P5HA 5P6LA 2NMZA 3NWXA 1MIQA 4LAPA 5P8TA 5HE7A 3R4BA 1IIQA 4OBFA 1FMUA 3OGPA 3OU4B 5P82A 5P26A 1E81E 5P8FA 4DJUA 1ZP8A 2AOCA 5P6YA 3L3AA 2VJ9A 2WECA 5OZRA 5HDVA 3TPLA 3ST5A 1ZTZA 2AODA 4Y3TA 3EL1A 1D4SA 4Z2ZA 4Y3FA 2NPHA 2QNNA 5AH6A 1M0BA 4Y45A 5P70A 5SZ9A 1C6ZA 5P0FA 5P35A 1K6VA 4I0FA 1M43A 3PB5A 4EQ0A 2G1NA 1FG8C 5KR2A 5C9BA 5P3VA 1TQFA 5P6VA 4Y3GA 4OBGA 3KFSA 5KAOA 1BVGA 5OYXA 3KF0A 4WY6A 3QVIA 4IVTA 5P30A 1HTFA 5P79A 4D89A 3L5FA 2FXDA 3R0WA 3TOFA 3F9QA 5P46A 4YBIA 2HIZA 1YTGA 2WF0A 4I0IA 1B6MA 5P8QA 2ER0E 3LHGA 5P4DA 1XE5A 5DQ1A 5HCTA 5OZLA 1T6GA 3OU4A 3KFNA 4TRWA 4YDFA 5P0NA 1ME6A 5P8PA 3S2OA 1HIVA 3NXNA 1DMPA 3SKFA 5P4NA 4HDBA 2Q15A 5P4UA 4YD7A 4RCEA 1EC2A 3RTMA 5COKA 2O4KA 5P2YA 4GB2A 5P6UA 5P1TA 4F73A 4M8XA 4RCFA 3CYWA 5P1BA 3WB5A 3FNTA 5P36A 5P5YA 1IZEA 3EKWA 5HDXA 2QHCA 4JPEA 4JOOA 5DQ5A 4OD9B 3S7MA 3OU1B 1LYBB 4JPCA 1MPPA 4B77A 5I3WA 2Z54A 5I70A 2PH8A 3DUYA 5DQ4A 5P89A 3VEUA 3BHEA 1ZLFA 1XDHA 4FIVA 3NDWA 1RNEA 5P37A 3T7PA 5DQCA 3EM4A 5P57A 3B80A 1WBKA 3N3IA 3KDCA 2RMPA 3D1YA 1FQ6A 5P04A 3URIA 2J9JA 4Y4XA 4YOAA 4OBZB 4Y3JA 1AM5A 5P65A 2B8LA 3A2OA 1EAGA 3OXWA 2ZE1A 3WZ6A 3QBFA 1MT7A 3OUDA 3PMYA 5DR8A 4CKUA 1BILA 4CPUA 4X7IA 5AH9A 2IGYA 3VF7A 1HOSA 3JVWA 5COOA 5P31A 4EHCA 2F8GA 2PQZA 5P2MA 3O9AA 4ZPFA 4GJ5A 5P6MA 5P6IA 3CKPA 1DP5A 3O9EA 2BKTA 3AUPA 5P55A 4L1AA 3NYGA 2R8NA 3PWRA 5P0DA 2AZ8A 4Y5CA 5P1MA 1HXWA 1CZIE 1HRNA 2BQVA 2G1OA 2QD6A 1TSQA 1LYBA 4IVSA 4LBTA 4DVFA 5P63A 3UQXA 5P4SA 2BB9A 4EQJA 5P0GA 4RGHA 5P4VA 3K1WA 1HVLA 2VIEA 5OZEA 5P1GA 3BUGA 5P24A 1GVWA 1G2KA 5P0TA 3O9GA 5P52A 5P7XA 3SQFA 3VYDA 1EPOE 1EEDP 2HB3A 5P1ZA 5P7KA 3FV3A 3SM1A 3VFBA 2JJJA 4Y48A 5P0XA 2QI7A 2XFJA 4I1CA 3SACA 4OC6A 2B8VA 1MUIA 1C70A 5P42A 4K9HA 3INEA 3VSXA 3O9CA 2QNPA 1SBGA 5OZUA 5P2UA 4RROA 1FQ4A 5P0KA 2AOHA 5P3TA 2AOJA 4ACUA 5BS4A 4RYGA 5P8IA 2IENA 1BWBA 2HPEA 5P33A 5OZXA 3ZKNA 4J0VA 1KJHA 2I0AA 4Y4DA 2ER9E 4CPRA 5OZAA 5I3YA 4KE1A 4AA8A 4APEA 4ZIPA 3EKQA 2PWCA 3SA7A 5P0ZA 4Y5LA 3VF5A 3S7LA 2RKFA 5P7GA 3PLLA 4D88A 2OHLA 4YD5A 3ZL7A 2QI3A 1B6JA 5P4KA 4OBHA 4L7GA 3SM2A 5P1SA 3TLHA 3VV7A 4YCYA 2HPFA 5P27A 5DQ2A 5P19A 4F76A 3WB4A 4Y5PA 4Y3MA 3L5DA 4Q1WA 4Y51A 5P6TA 4RVJA 4Y4AA 4RCDA 5P00A 1HTRB 2HAHA 2OHPA 3ER3E 1FFIC 5P5UA 3S85A 5P8NA 3GW5A 2IDWA 2G27A 3CMSA 1GNMA 5KQZA 4HEGA 5P6SA 3UTLA 1KJ4A 1W5WA 3OXXA 5HCOA 5P4WA 5P5TA 4I0HA 3LIQA 3RVIA 1LV1A 4J5JA 3H5BA 5P12A 2P3AA 4QJAA 4Y47A 5P8JA 5OZKA 2FNTA 5P5WA 3BUFA 1U8GA 5P1NA 5P56A 5OZWA 3PGIA 3SAAA 2Q5KA 2AVVA 5HDUA 2ZHUA 5P6QA 2HM1A 2QD8A 3QAAA 1D4YA 2P3BA 1FGCC 1FMXA 4KB9A 4RRNA 1HTGA 3LNKA 1OD1A 2O4PA 5OZ3A 5P5JA 5P7TA 3S43A 1K1UA 5P15A 5P5NA 3T7QA 2NNPA 5J25A 4DJWA 1PSOE 4Z22A 3UPJA 2Q55A 2PH6A 4BELA 3UFLA 4J0ZA 4J0PA 2FDDA 4BFDA 3MSLA 4Y56A 4FSLA 4EXGA 3OUAA 4FM8A 3SFCA 5P47A 3UDMA 2FDPA 3FKTA 2HB4A 5P2SA 3EM6A 4S1GA 2AVOA 1APUE 1BXOA 1D4JA 3SLZA 2Q54A 5P4EA 3KFRA 4GJ8A 3L5CA 3O9LB 4MC6A 4XX4A 3WSJA 2IL2A 3UDKA 5P5DA 5AHBA 4CMSA 1BAIA 5P16A 5P58A 2HS2A 2R3TA 3OQ7A 1EPRE 3VV6A 5OZCA 7UPJA 3QN8A 4RLDA 4EJDA 5OZDA 5P50A 1BWAA 5P1HA 3NR6A 3RTNA 5OZ6A 4YD6A 1FQ7A 2OHNA 1SH9A 3HZCA 3OAGA 2VNNA 5P38A 4GYEA 3ZKIA 3UDPA 3QP0A 4PHVA 5ER2E 3KFPA 1RV7A 4MC1A 5DGUA 3PSUA 4I0JA 4Y5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SPK A;  5P4Y A;  3CKT A;  3TKG A;  1FB7 A;  2PSG A;  3LPK A;  5AH8 A;  1MT8 A;  3D91 A;  1BVE A;  2OAH A;  5P72 A;  4FRI A;  4DJX A;  2Q11 A;  4R5N A;  4L7J A;  2BPZ A;  5P88 A;  4FGX A;  4GJD A;  4Y4U A;  1F34 A;  3R2F A;  5P23 A;  3EKV A;  5AHC A;  2I4V A;  5P7R A;  1WKR A;  2P8H A;  2JJI A;  1XL2 A;  3VYF A;  3ZMG A;  1HPV A;  2QP8 A;  1AAQ A;  4J54 A;  2AOE A;  3SKG A;  3HVP A;  3ZPU A;  4OBJ A;  5DR3 A;  1EC3 A;  1G0V A;  1EPN E;  1HHP A;  4Y54 A;  3ZPS A;  3C9X A;  4L7H A;  5OZN A;  5P3S A;  2QU2 A;  1D4H A;  4B72 A;  3URL A;  1T7I A;  4Z50 A;  3I2L A;  3O99 A;  2WEZ A;  5FIV A;  5P85 A;  2WEB A;  5JFP A;  1FIV A;  1LF2 A;  5P2K A;  5P41 A;  2NXD A;  3QRS A;  3PWW A;  5P2B A;  4LL3 A;  2R38 A;  5P69 A;  5P6X A;  3NWQ A;  5P6R A;  2SAM A;  5KQY A;  3SA6 A;  2WL0 A;  3SAB A;  3UDY A;  2Q64 A;  3VV8 A;  2AVQ A;  4U8W A;  1XS7 D;  3TTP A;  4R95 A;  5OZQ A;  1IVP A;  1SP5 A;  1HEG E;  4D83 A;  5P7V A;  4K8S A;  5P32 A;  2QCI A;  3S53 A;  5ENM A;  2V00 A;  2QNQ A;  2PYM A;  3S54 A;  3IAW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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