3UPJA

Human immunodeficiency virus type 2 protease mutant with lys 57 replaced by leu (k57l) complex with u096333 [4-hydroxy-3-[1-(phenyl)propyl]-7-methoxycoumarin]
Total Genus 15

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (53-66)TIV1 (14-17)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-92)S6 (69-77)S3 (32-33)TVIII2 (80-83)TI2 (49-52)O2 (78-80)S4 (42-48)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 2
publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3upjA00
3TPLA 5P3HA 2P83A 4J1HA 3VYDA 1EC3A 1YM4A 4H3GA 2F81A 5P6TA 2P3BA 1IDAA 2WECA 5P33A 2B8LA 2V16C 1GVWA 3U7SA 3QPJA 4L7HA 5OZNA 4HA5A 4Y5CA 3PVKA 3K5GA 5P7CA 4I8ZA 1ZP8A 1D4LA 3WB5A 2BQVA 3RTMA 1SMEA 1LV1A 5P1DA 2OHMA 4PPHA 3EL5A 5P50A 3GGAA 5P66A 5P0EA 2V13A 5OZPA 4OBZB 5P6IA 3K5CA 5P37A 3KT2A 3O9FA 5OZEA 3Q4BA 3VG1A 2PSVA 2RENA 4R5NA 2WF3A 5P2GA 4GJDA 5P4JA 7HVPA 4RGHA 3SA7A 4KUPA 3TL9A 3M9FA 3HDKA 2NTRA 3LIQA 4Y3WA 3ZL7A 3DK1A 3VUCA 4YCTA 1T7IA 2BPWA 4XX3A 4Y5EA 2OHSA 4KE1A 4HDBA 4GJBA 4Y3HA 4BELA 2HM1A 1HSIA 2G26A 1TQFA 5P5OA 5IVSA 3VYFA 5P4ZA 3OU3A 1BVGA 1MT7A 2O4KA 3RTHA 4YBFA 4TVHA 5P4QA 3PB5A 5P4AA 3APRE 5DGUA 2ZHSA 2AOJA 1TZSA 3OQAA 3EL9A 4PZWA 2QD6A 1KJ7A 4FS4A 3ZPUA 1K1UA 1J71A 4QGIA 5P7LA 3TTPA 1D4IA 3APPA 5DQ2A 1C70A 1IZIA 5P7EA 3OXXA 1BIMA 3HD8A 4RROA 5P27A 5P0IA 5P4DA 2F3EA 5P3LA 2Q15A 3OTYA 2H6TA 2G1NA 4Y3NA 5P5DA 5P7YA 2Q5KA 5P2VA 2V12C 5P1ZA 1BV7A 5P0AA 4Y3AA 4Y3EA 1PPME 2VS2A 2PK5A 2OHUA 3URLA 5P6GA 1B5FA 5T4SA 3WZ7A 3PWRA 1LYAA 3BC4A 5P4TA 4Z4XA 5KQFA 3NWXA 2BPYA 3VEUA 3DV1A 3OUCA 5JG1A 3ZKQA 4J1IA 1BDLA 5OYQA 5DGWA 1XL2A 2AZ8A 2MIPA 3OAGB 3ZKSA 1AXAA 2PSGA 5P0ZA 1FQ4A 1A8GA 3EKQA 3FV3A 4DQFA 1HWRA 1PROA 2FLEA 4GB2A 3PRSA 1LYWA 3IVIA 3TOGA 2BJUA 4D89A 4CPWA 2NMYA 3EM3A 2QMPA 4YD4A 5OZGA 5HCTA 2AOHA 2ZJLA 4APRE 3ER5E 4IVTA 5P8FA 5P12A 5P19A 3JVWA 5P0FA 1B6PA 3ZKNA 4R95A 2QZKA 4I10A 5E5KA 5P80A 1IVQA 5P60A 5P55A 5P57A 3LHGA 4RCEA 3MXDA 3UHLA 1APUE 5I3XA 5P6VA 4DQGA 3LIVA 2ASIA 2I1AA 4DQCA 2WEZA 2ZE1A 3CIDA 3SABA 4YCYA 3L58A 1UH9A 5P5PA 3RSXA 1UH7A 5F00A 1C6YA 3QRVA 1LZQA 4CP7A 1BVEA 2FXEA 3ZPSA 5P5AA 3ZKGA 2UXZA 4ZEAA 1YTJA 1QBSA 3O99A 5P4PA 5P3YA 5P7QA 3LZUA 3QVIA 2ZJJA 4NJUA 5KQZA 4HDFA 5P49A 4Y3DA 2QD7A 3URJA 1HOSA 5P4EA 1D4YA 1ZAPA 3BGBA 3BXRA 3ZKMA 2NXDA 5JFPA 3GI6A 3A2OA 5P84A 3OADA 5KR0A 4J1EA 5P42A 3R0WA 5P0SA 1FQ8A 1HTGA 1TSUA 5P3SA 1RV7A 2UPJA 3FSMA 3PHVA 3ER3E 1NH0A 5P7GA 4Y3MA 4Y3YA 3WZ8A 4DJQA 4ACXA 3OU1B 4OBHA 1HIIA 5P6FA 1BAIA 3R2FA 5P5WA 4Y47A 2FIVA 5OZLA 5HDUA 2AVVA 2H6SA 2F8GA 2QNPA 2IQGA 4L7JA 2OHPA 2FS4A 4PZXA 6APRE 4DJWA 5F01A 4OBFA 5P3GA 1HXWA 3PM4A 2QCIA 5P7AA 5P7HA 5P5NA 1EBYA 2XYFA 5P8EA 5P4HA 3OOZA 5P2AA 2I4UA 1T7JA 5P0BA 5P8BA 3EKYA 5P5SA 3PLDA 2V00A 5P05A 5ENKA 2EWYA 2Q54A 1SDUA 5P14A 1AIDA 2ER6E 2VKMA 5P1LA 3L3AA 3GI0A 2IGYA 1HSHA 3CIBA 4K4RA 4XKXA 1XE5A 2QNNA 2RKGA 3B80A 2HIZA 4OC6B 5OZAA 2B7ZA 5P4NA 1FQ6A 3QAAA 5P6LA 3OOTA 1A30A 5B18A 3O9CA 1FKNA 3OQ7A 5P20A 1BWAA 4J0VA 5P8VA 3Q5HA 3L5BA 1FG6C 1HRNA 5JFUA 5E5JA 1EBKC 5P2MA 3RSVA 4FCOA 3UDJA 5P00A 4GIDA 5P7KA 2NNPA 2PQZA 3S7LA 5P2FA 2QNQA 3O9BA 4B1DA 2AOIA 3HBOA 1PPLE 1RL8A 4A6BA 3BRAA 2O4PA 5HE7A 1Z1HA 5I3YA 3NSHA 4KE0A 5P3BA 4Y37A 4A6CA 4J1KA 1BILA 5P0XA 4LC7A 4FSLA 4Y39A 3KDCA 1EPME 1W50A 1XN3A 4H3FA 5P0GA 4DJUA 3UQRA 3UDNA 4I0JA 3AUPA 5P2NA 5P4UA 5P1TA 3OQDA 3PI5A 4GJ6A 1SH9A 2V0ZC 1OEXA 2VIYA 4LXAA 5COKA 2JYSA 4B77A 1WKRA 5OZ3A 1UPJA 1UH8A 3OHFA 2HS2A 1LF4A 3TPPA 4EPJA 4B0QA 1FGCC 2RMPA 5P0VA 5P0LA 5J25A 3OXVA 4Y3TA 4DVFA 4B1EA 4BFDA 5P6AA 5OZTA 1A9MA 2AVSA 5P3NA 5OZ6A 1MSMA 4GJ7A 4LBTA 5EZZA 5P1NA 5P1QA 2VNNA 5IVQA 2PSUA 2P3CA 3EBZA 4U8WA 5AHCA 5OZRA 3VF7A 5SY3A 3NU9A 1ENTE 3QBFA 4Y4JA 4FRSA 4ER1E 4HDPA 3BGCA 5P0RA 4CPTA 1HVCA 3NXNA 4DI2A 2AZ9A 1GVUA 5P34A 5DQ5A 5P3ZA 4Y3RA 1D4JA 4Y44A 4ZPFA 3R1GB 5P7OA 4WY1A 5P64A 5JODA 5OZ4A 2RSPA 5P5VA 5P06A 1FB7A 4CPRA 4FAEA 8HVPA 3UQPA 4TRWA 5P5EA 3DCKA 5P3AA 5OZDA 3NUJA 1YX9A 4GJCA 5P31A 1FFFC 3H5BA 3BVBA 2WEDA 1YTIA 2HB2A 2PK6A 3SAAA 1PSNA 5P2UA 2G1YA 4YHQA 1ZSRA 5P8OA 5P4LA 4B72A 1B6JA 5P8HA 5DR1A 5P2TA 5P73A 2AOFA 5P5JA 5P79A 2QZXA 3SA6A 3S43A 3D1ZA 5DPZA 5P7TA 1KJGA 5I3VA 5P6KA 3SO9A 3VFBA 3O9LA 5OZCA 3O9IA 1HVKA 1SMRA 3PWMA 4J1CA 1WBMA 4J5JA 1IDBA 1SDTA 4OBGA 3I8WA 2NXLA 5P44A 4HZTA 3G6ZA 2VIJA 5P62A 4Y3QA 4FL8A 1AJXA 4QJ8A 3D91A 5P3VA 2FDEA 4Y4GA 1E82E 5P4GA 1YTGA 4OBKA 5P2SA 5AHBA 5OYZA 1TW7A 6UPJA 5P02A 5P6DA 3UDQA 3EKVA 5P8TA 5P63A 1C6ZA 4DQBA 1N49A 3PSYA 1EBZA 3GI5A 2VJ9A 2FDDA 1GNNA 3EKXA 1QBUA 3VSWA 4Y43A 5P39A 5P1CA 3HAWA 2R3TA 5P2XA 1FEJC 2P3BB 2PWCA 2VIEA 2BKSA 5P8PA 5DR4A 3I2LA 5P2RA 5ISJA 2Z4OA 1OEWA 5P6RA 4CPSA 4LP9A 4RZ1A 5OZOA 3KMYA 3QRSA 3PSGA 2VA6A 4K8SA 4Y54A 1TSQA 1QS8A 1EPQE 5P0YA 4I12A 2B60A 2QZLA 5P2EA 5P70A 2ER9E 5OYTA 3LINA 1KJFA 5OZMA 5P3JA 4AZYA 3LPJA 1ODWA 5P45A 3S45A 4GZFA 5P65A 3TOHA 3D3TA 4Y51A 5SY2A 3FKTA 5P4OA 5P5YA 5P11A 5P3QA 4U7QA 2I4VA 2QMGA 4PHVA 4WY6A 5P85A 3EXOA 1ODYA 6FIVA 2QZWA 5P5KA 3OWNA 5P3EA 2O4NA 3D20A 3UDMA 5P83A 3NXEA 4NJVA 2OF0A 5OYUA 5P4SA 5KOQA 5COOA 2ZGAA 4L1AB 2FNTA 5P0PA 3D1YA 3T7PA 5P0MA 5P53A 5P8UA 5KAOA 1W5WA 2IS0A 3NDUA 1W51A 5P2QA 3I25A 4N00A 2FNSA 3NWQA 4JECA 5P7DA 2QMFA 4D85A 5P1FA 1EAGA 1RQ9A 3EL1A 5P4MA 1LF2A 5P43A 1NSOA 3TPJA 2QU3A 5P3FA 1K2BA 5P74A 4QJAA 1PSAA 5P5RA 5KR1A 2BB9A 3IXKA 3VV6A 3T6IA 5P78A 3MSKA 4M8YA 1LYBA 3HLOA 1W6HA 3KDBA 5P86A 3QIHA 1B6KA 2AVMA 4AUCA 5P6UA 1ODXA 5P4BA 2I4XA 5P1MA 5DQ4A 3L5DA 3OUAA 1IIQA 5P8RA 1FMUA 1META 3U6AA 3DJKA 3UDHA 3ZKXA 1LEEA 4Y5AA 5P8KA 1MEUA 3KFRA 1WBKA 1B5FB 2ER7E 5OZUA 3QRMA 5P23A 4ZSPA 4ZPEA 1FFIC 5P1KA 4DFGA 4DJXA 3LNKA 4RRSA 3VLBA 4K9HA 1GVXA 1YTHA 2ZYEA 2BBBA 5P3PA 4J0TA 3SACA 5OZYA 5P2BA 1MVPA 1DIFA 4FRJA 5CLMA 5DR3A 5P72A 2QD8A 1PSOE 2F3FA 3FNSA 2WF4A 5P7VA 3EL0A 1ZJ7A 3TH9A 1IBQA 1Z1RA 2WHHA 3GGXA 1IVPA 3OXCA 5P3UA 1G6LA 2R3WA 5P8AA 5ISKA 3FNUA 4I0ZA 1HEFE 3S54A 5P59A 4Y4EA 5P2YA 2WEAA 4COEA 5OZXA 4RCFA 2Q11A 5P0HA 1HTRB 4FM6A 1QBRA 5OYSA 5OZ9A 3UF3A 5P6ZA 4RYGA 3OQKA 3MXEA 2VJ6A 4DH6A 4EJKA 4XXSA 5P0DA 1FIVA 3QP0A 2AZBA 3H0BA 2WL0A 3T3CA 4ER4E 1CMSA 5OZ8A 4Y41A 4LXMA 2F3KA 2OHQA 5P1OA 4B00A 5P51A 2XFJA 4Y4BA 1W5VA 4D83A 5OZ0A 2NPHA 2RKFA 5OZWA 4RVIA 1ZLFA 5P61A 3UFNA 4F75A 3T11A 5P8DA 1DAZC 3SKGA 3CKRA 1EC1A 4BFBA 3GW5A 3OGPA 5P2JA 5P4KA 2P4JA 4FLGA 5P5MA 2VIZA 3KMXA 5P8LA 2AODA 5P3KA 3OXWA 1VIJA 1HEGE 3OUDB 4I0HA 3OADB 2R9BA 3PEPA 2A1EA 5P8JA 2PH8A 1HBVA 1Q9PA 1M4HA 2B8VA 5ER1E 5P6NA 5P71A 5P1IA 1EPPE 1BBSA 5P5IA 3O9GA 5APRE 2I0DA 5OYXA 5P1GA 3SA5A 1HVSA 3NUOA 3WZ6A 3Q70A 3VV7A 4R93A 2G94A 3EKWA 4DJRA 3PI0A 5P88A 5P3RA 3INHA 1VIKA 4DJPA 3EM6A 4OC6A 2G22A 3INDA 4EP3A 4CPQA 3UPJA 3NU4A 2IENA 5P4XA 4TRYA 1HSGA 4I11A 2NXMA 3T7XA 5P58A 5P1EA 3KFNA 5P8IA 4Q1NA 2O40A 3INFA 5PEPA 2OHRA 3TLHA 1HPVA 5ENMA 1A8KA 2HPEA 3UTLA 1M0BA 5AHAA 1AM5A 1MT9A 5BS4A 1GVVA 2WF2A 3OK9A 1KJ4A 1D4SA 1MRXA 5OYVA 5P4FA 5KOSA 5P8GA 2ZJKA 3C9XA 5OYYA 4X2LA 5P4WA 3OU4B 1HPXA 2SAMA 4FAFA 5P7ZA 2HB4A 4ZSMA 4EXGA 1NPAA 4YCKA 3OTSA 3D1XA 3BHEA 5P2LA 5P4VA 5OZQA 5P7UA 4EJDA 5OZBA 4JOOA 1ZPAA 2QHYA 1K6VA 1FG8C 3SLZA 2I4WA 3S2OA 5SXNA 3CYWA 3LZYA 3AIDA 1F34A 5P5TA 1CZIE 2Q55A 3OQFA 1XS7D 5P6OA 2BPXA 4X7IA 4AMTA 4Y4ZA 5P16A 3KFPA 4MC9A 4YD6A 5OZ1A 3LZVA 2AOCA 3HZCA 5P35A 2G21A 3CKPA 5P5UA 1HIVA 4J17A 1W5XA 4EQJA 4RVXA 5OZFA 2J9KA 5P2CA 4MC2A 1HVHA 1W5YA 3HVGA 5OZVA 3VFAA 5P6HA 4Y4DA 5P6PA 5DQ1A 4DJOA 5P3OA 1T6GA 3UDPA 2QAKA 1HPSA 4OD9A 3DM6A 2ANLA 5P5BA 2ZJMA 1HHPA 1ZSFA 3LPKA 3IAWA 4PYVA 5P3CA 1XN2A 2QMDA 4Y9WA 4UPJA 5P2WA 3KF0A 2XFIA 2J9JB 1IZEA 5P1JA 5TOLA 3CMSA 5HU0A 2QK5A 1YT9A 1APVE 3LPIA 4FM7A 2Q3KA 3RTNA 4S1GA 3PMUA 3PGIA 1T6EX 5P28A 1M43A 1TCWA 2ZJIA 5OZ5A 3PCWA 4RVJA 4DV9A 3IVHA 2QI1A 2AOGA 3KA2A 1D4HA 1ZTZA 4E43A 5P0CA 4Y3LA 3BVAA 3OHHA 5P5GA 4F73A 3LZSA 4I0FA 3EMYA 1D4KA 3L5FA 5P87A 1K1TA 3MSLA 5IVRA 3BUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPL A;  5P3H A;  2P83 A;  4J1H A;  3VYD A;  1EC3 A;  1YM4 A;  4H3G A;  2F81 A;  5P6T A;  2P3B A;  1IDA A;  2WEC A;  5P33 A;  2B8L A;  2V16 C;  1GVW A;  3U7S A;  3QPJ A;  4L7H A;  5OZN A;  4HA5 A;  4Y5C A;  3PVK A;  3K5G A;  5P7C A;  4I8Z A;  1ZP8 A;  1D4L A;  3WB5 A;  2BQV A;  3RTM A;  1SME A;  1LV1 A;  5P1D A;  2OHM A;  4PPH A;  3EL5 A;  5P50 A;  3GGA A;  5P66 A;  5P0E A;  2V13 A;  5OZP A;  4OBZ B;  5P6I A;  3K5C A;  5P37 A;  3KT2 A;  3O9F A;  5OZE A;  3Q4B A;  3VG1 A;  2PSV A;  2REN A;  4R5N A;  2WF3 A;  5P2G A;  4GJD A;  5P4J A;  7HVP A;  4RGH A;  3SA7 A;  4KUP A;  3TL9 A;  3M9F A;  3HDK A;  2NTR A;  3LIQ A;  4Y3W A;  3ZL7 A;  3DK1 A;  3VUC A;  4YCT A;  1T7I A;  2BPW A;  4XX3 A;  4Y5E A;  2OHS A;  4KE1 A;  4HDB A;  4GJB A;  4Y3H A;  4BEL A;  2HM1 A;  1HSI A;  2G26 A;  1TQF A;  5P5O A;  5IVS A;  3VYF A;  5P4Z A;  3OU3 A;  1BVG A;  1MT7 A;  2O4K A;  3RTH A;  4YBF A;  4TVH A;  5P4Q A;  3PB5 A;  5P4A A;  3APR E;  5DGU A;  2ZHS A;  2AOJ A;  1TZS A;  3OQA A;  3EL9 A;  4PZW A;  2QD6 A;  1KJ7 A;  4FS4 A;  3ZPU A;  1K1U A;  1J71 A;  4QGI A;  5P7L A;  3TTP A;  1D4I A;  3APP A;  5DQ2 A;  1C70 A;  1IZI A;  5P7E A;  3OXX A;  1BIM A;  3HD8 A;  4RRO A;  5P27 A;  5P0I A;  5P4D A;  2F3E A;  5P3L A;  2Q15 A;  3OTY A;  2H6T A;  2G1N A;  4Y3N A;  5P5D A;  5P7Y A;  2Q5K A;  5P2V A;  2V12 C;  5P1Z A;  1BV7 A;  5P0A A;  4Y3A A;  4Y3E A;  1PPM E;  2VS2 A;  2PK5 A;  2OHU A;  3URL A;  5P6G A;  1B5F A;  5T4S A;  3WZ7 A;  3PWR A;  1LYA A;  3BC4 A;  5P4T A;  4Z4X A;  5KQF A;  3NWX A;  2BPY A;  3VEU A;  3DV1 A;  3OUC A;  5JG1 A;  3ZKQ A;  4J1I A;  1BDL A;  5OYQ A;  5DGW A;  1XL2 A;  2AZ8 A;  2MIP A;  3OAG B;  3ZKS A;  1AXA A;  2PSG A;  5P0Z A;  1FQ4 A;  1A8G A;  3EKQ A;  3FV3 A;  4DQF A;  1HWR A;  1PRO A;  2FLE A;  4GB2 A;  3PRS A;  1LYW A;  3IVI A;  3TOG A;  2BJU A;  4D89 A;  4CPW A;  2NMY A;  3EM3 A;  2QMP A;  4YD4 A;  5OZG A;  5HCT A;  2AOH A;  2ZJL A;  4APR E;  3ER5 E;  4IVT A;  5P8F A;  5P12 A;  5P19 A;  3JVW A;  5P0F A;  1B6P A;  3ZKN A;  4R95 A;  2QZK A;  4I10 A;  5E5K A;  5P80 A;  1IVQ A;  5P60 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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