3UQPA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqpA02
5IE1A 3PB5A 3DOXA 5P2VA 2AIDA 3S45A 5P74A 3UDYA 1TSUA 1YG9A 3OUDB 4Y3EA 5OZDA 5P0QA 1FB7A 4DH6A 3ER3E 4DUSA 3KFNA 4EPJA 3ZKSA 5P2TA 5P8RA 3KDBA 5P5CA 4I12A 1VIJA 5P2MA 3OU1A 3FX5A 5C9BA 4GJ5A 5P8GA 5P7IA 5P7UA 5OZ8A 4FIVA 4Y3NA 4Y50A 1HVJA 3MWSA 1MVPA 1NPVA 2IL2A 5P7GA 1WBKA 4D88A 4TRYA 4DJXA 4WY6A 4B1EA 5P5AA 5P7YA 4MC6A 5OZXA 5P72A 2AZCA 2G69A 5P45A 3UDQA 3ZKMA 4AA8A 2ASIA 1HTRB 1HTGA 5P0MA 1WBMA 2G27A 5P0HA 2V10C 4OBJA 5P1RA 1MEUA 2IGXA 3BHEA 3TOHA 2G1YA 1HPVA 1C6YA 3FNTA 2OHKA 4LBTA 1QDMA 4F75A 3PCWA 1KJHA 5C9DA 4I0HA 1DP5A 1HVRA 4OC6A 4OBHA 1KJGA 5P4CA 4Y3SA 4DJVA 3DV5A 1OEXA 1HVSA 2CENA 1D4IA 4Z2ZA 3I7EA 3KF0A 1SBGA 5KOSA 2PWCA 4J0VA 5P1VA 5UPJA 4Y4BA 4QJ9A 1K1TA 3FSMA 4YHQA 1W6IA 5OZLA 3KM4A 3S53A 5P26A 2AZBA 2AZ9A 4Q1XA 2A4FA 5P5VA 3SACA 3PM4A 4AUCA 3INFA 4RZ1A 2I0DA 5DGUA 1W6HA 2VA5A 4DQGA 5P6NA 4DPFA 2WL0A 3IN4A 1UH8A 1JLDA 2OHPA 4L1AB 5P7QA 4TRWA 4YCYA 5OZSA 5P3HA 5AH7A 3PI0A 2QZKA 4I0FA 3UQWA 2A1EA 3OU4B 4GJ8A 2F3EA 4Y3AA 5P7BA 1HVCA 5P02A 1D4SA 3Q3TA 5P81A 1GVXA 4Y57A 5P0PA 1BDQA 4EXGA 5P33A 1XL5A 5DGWA 4DVFA 1PSAA 4B1DA 1RL8A 4U7VA 3QP0A 1B6KA 3VCMA 5P1DA 1EPQE 5P7TA 3SM1A 1HOSA 5P5DA 2Z54A 1BWAA 5DR3A 4PZXA 5DR8A 5P0UA 2OHRA 4DJRA 5ISKA 5P78A 5P1UA 1T3RA 3LZSA 4A4QA 3ST5A 3TLHA 5P8EA 1EAGA 5P4AA 3CIBA 5P6VA 5OZQA 5P1GA 1BXQA 1D4YA 4EP2A 5P7DA 2ZHRA 4ZPGA 3ZOVA 3K5DA 1HSGA 5P5KA 2QMFA 5COKA 2F8GA 2VIJA 3D3TA 5P5TA 4CMSA 5P8BA 2B60A 2Q15A 4Y3MA 1DW6C 2Q55A 4Y3HA 1ZSRA 3ZPUA 4Y54A 5KR1A 3LIYA 3S54A 1ZPKA 3QVCA 5OYXA 3PHVA 3LZYA 5P79A 3S43A 5OZ9A 1BBSA 2V11C 3U7SA 5OZ2A 3IXKA 3NUJA 4ZSPA 4Y51A 4YBFA 5P2ZA 2WEAA 4HVPA 5OZ5A 5OYRA 5P7LA 4L7HA 4RROA 4GJAA 5KQZA 1EPRE 5P42A 4Y58A 5HD0A 3NDTA 3NWQA 4GJDA 1DAZC 3NR6A 5P6RA 2QHCA 1YM4A 4D83A 3KA2A 2ZJIA 1EC3A 3C9XA 3CMSA 2ZDZA 1APTE 4J1EA 5P0CA 5P4QA 3QPJA 4NJSA 3D1XA 2QU2A 4KE1A 5JG1A 5P4WA 5P1ZA 3PSUA 1TCXA 3IXJA 3WZ8A 5P58A 3SA5A 4HE9A 5ER2E 3O9IA 4EHCA 1Q9PA 1ODWA 4FRIA 5APRE 1XE6A 5P3FA 5P89A 1APUE 4FRJA 2QHZA 4OD9B 3L5EA 3OUCA 2AOIA 5P5XA 2B8LA 4YE3A 5OZKA 1EC2A 5P6QA 3D1ZA 5P6LA 4FE6A 2BPZA 5ER1E 4LP9A 5P64A 1IBQA 5P15A 5P4IA 2O4PA 3ZKXA 2JJIA 1B5FB 5P4EA 3S8IA 5HU0A 2AVMA 5SZ9A 5T4SA 1PSNA 1CPIA 3OQDA 2PSVA 3S2OA 3OUDA 5P7PA 5AHBA 4B72A 2AODA 2ZJKA 4H1EA 4J1IA 4Y5CA 3Q4BA 5P65A 2QHYA 4DQBA 5HE7A 1SDUA 5P14A 5ENKA 5P22A 3MSJA 4XX3A 2QI6A 5OZ0A 3UDNA 4CPWA 1LYWB 4TVGA 3INEA 3CYWA 3OGPA 1HSIA 5P47A 4Y36A 5P3OA 3SKFA 5P6GA 5P5MA 2ER6E 4Y3ZA 3MXDA 5HDXA 5P31A 4QJ7A 4ZPFA 5P5RA 4KB9A 5P6FA 2OF0A 5OZYA 5HDZA 5P8QA 5P3DA 2PYMA 5P0SA 5P2RA 4Y35A 5P0XA 3BGBA 3UDHA 2R3TA 1AAQA 5P4RA 4Y4XA 4XX4A 2AOJA 2XFIA 1GNOA 5P0NA 4F76A 2IKUA 2OHTA 5P1NA 5P8JA 5P37A 1LS5A 5P3RA 2VNMA 4HLAA 4RCFA 3OADB 8HVPA 4YBIA 3S7LA 3IA9A 2QI4A 5P3YA 5P5ZA 3FKTA 1SDVA 1TW7A 3M9FA 5OZWA 5P7JA 1AVFA 1YTGA 4D8CA 3U71A 2WEZA 1D4LA 5P4FA 4OBKA 2HS2A 1LYBB 2NR6A 4X2LA 5P19A 5P3QA 1MSMA 3O9CA 5P70A 3JVWA 4GJBA 1A30A 4J1KA 4KUPA 5SY3A 3S85A 4NJTA 1EBWA 2ZHSA 1AIDA 1SP5A 1IZIA 5P6DA 4AMTA 4FM7A 3PEPA 1T6EX 3CKTA 4TRZA 3TKWA 2RKGA 5P3NA 4TVHA 3EL5A 2I4WA 2WF3A 2I1AA 2V16C 1TSQA 5P3JA 6APRE 5P1XA 1FMBA 3QVIA 3OU4A 4RVXA 5P34A 1BILA 3EL1A 5P10A 4HA5A 4Y5AA 4PHVA 5P2WA 5OYSA 1FF0C 3TPPA 4I0EA 5OZEA 4FLGA 5P6PA 5P62A 1SGUA 4K8SA 3RVIA 3LITA 1AM5A 1IDAA 5IVTA 3Q5HA 1E5OE 3JVYA 3LIZA 3LZVA 2FS4A 5P3LA 3ZKIA 2I4XA 1LF2A 1YT9A 3GI0A 5OZIA 4ACXA 1OD1A 2O4KA 2WF2A 4Q1YA 3VF7A 2O40A 3Q70A 5P1QA 5P7SA 2B7ZA 4DJPA 2VIYA 5P0JA 1HTFA 1QBSA 1W50A 4JPCA 4Q5MA 3K5GA 4RRSA 5OZ4A 2OHLA 3PMYA 5P0VA 3ZLQA 5P4PA 4E43A 5P24A 4APRE 4J0PA 2G26A 5P88A 4GYEA 5P5NA 2MIPA 1OEWA 1ODYA 3MXEA 2G22A 5P12A 5B18A 5P1JA 5P4SA 4EJ8A 9HVPA 1EPLE 3GI6A 1UH7A 3PCZA 3BXSA 5P1TA 4J0YA 3HVGA 5ENMA 3G72A 3URJA 4B1CA 3K1WA 4QLHA 2IS0A 2ZJMA 1FG8C 1Z1RA 5P0OA 4J0ZA 5P1LA 3FNSA 3QRVA 5P53A 3DK1A 4LXMA 2VNNA 1XE5A 2QZLA 5P13A 5HDUA 3WZ7A 3L5BA 2ZHTA 5I3VA 1ZSFA 4DQCA 4EQJA 1MRWA 3NYGA 5P2XA 3PI5A 4Y4WA 4EJKA 5P1OA 3LINA 1DPJA 2O4LA 4FRKA 4I0DA 1EC1A 1NH0A 2G1NA 4I0IA 3L5CA 3VF3A 4I10A 3RSXA 2XYFA 4Y5KA 4DJQA 2ZJJA 4JECA 5HE5A 4I0GA 5P01A 4J54A 5E5KA 3OY4A 4I0JA 5P7VA 1IIQA 4PPHA 5P5GA 3OXXA 4B78A 5P0RA 1IVQA 1F7AA 5P60A 1HEGE 1EBKC 2PMAA 4NPTA 3NXEA 3S56A 3UFNA 2QMGA 5OZZA 5P4VA 4BELA 2V00A 3L59A 1PPLE 3HZCA 5P7CA 4JP9A 5P1SA 2AVOA 5P3GA 5OZCA 1M43A 5P25A 5OZHA 4AZYA 2G1RA 3GI4A 3UQPA 1HIVA 2H6SA 3Q6YA 3CYXA 1IZHA 4K9HA 2FXDA 1W51A 5P7HA 3VLBA 5IVRA 5P7FA 3QBHA 3I8WA 5P3VA 4L7GA 5P4YA 3SA3A 1CZIE 4Y47A 1IZEA 4ZSMA 1FQ5A 5P5BA 5P0DA 3VEUA 3VF5A 5P6OA 4BEKA 6FIVA 5P6UA 5EZXA 1B5FA 2ZHUA 4J0TA 2RMPA 5P44A 2QZWA 5P7MA 1UH9A 3KFPA 2BQVA 5P2EA 3UHLA 4DJUA 3BUFA 5AHAA 4QGIA 3KDCA 2I4QA 5P1YA 4GJ9A 1HVKA 5P4HA 4H3FA 5P0KA 2HAHA 2PH6A 5OYVA 5P7AA 3EXOA 3BRAA 2APRA 2AVQA 4U7QA 2QI0A 4GJ6A 1LYWA 4Y38A 3JW2A 5OZ1A 3HAUA 5P20A 1NPWA 2G24A 5P7KA 5SY2A 3QRMA 4Y37A 5P8AA 3SKGA 4Y4DA 5OYQA 2P3DA 5HCOA 4FAFA 3IN3A 3ZL7A 3PJ6A 2R5PA 4ER1E 1LZQA 3EM4A 1U8GA 3TPRA 1MPPA 1YTJA 4Y39A 2VA7A 5P2UA 4ER4E 3RTHA 3UQUA 3SFCA 3QI1A 3T7PA 5P29A 3G6ZA 2FIVA 2QI1A 4FSEA 4NJVA 4CP7A 1MT8A 3D20A 2IRZA 3OADA 2P4JA 2ER9E 2BB9A 4KE0A 2V0ZC 5P36A 2H6TA 2AQUA 4I1CA 4F73A 4AA9A 4MC1A 3O99A 1LYBA 5KQXA 3O9HA 2QU3A 5P1MA 5P35A 5P5UA 2FDDA 3NU3A 4Y3QA 1BIMA 4J5JA 1B6PA 1W5VA 5HVPA 1GNMA 3UDJA 1G35A 3GW5A 1PPKE 4YOBA 5OYTA 3OOTA 5P1HA 5P8NA 2J9KA 2QD7A 5P6EA 3QIHA 4Y3XA 5P3KA 3T11A 4R95A 2UXZA 3O9EA 2HM1A 4LHHA 3VYDA 3K4VA 4JOOA 2NNPA 5OZNA 2VIZA 5C9FA 2NXLA 1A94A 1PSOE 5P3MA 5P2HA 1K2BA 5OZFA 3PMUA 3ZMGA 5P3AA 3HAWA 4Y3TA 5COPA 1A8KA 4DV9A 5P3EA 4OBGA 4L6BA 3PSYA 4Z4XA 3PSGA 2Z4OA 3OAGA 2G1OA 1MERA 3EM6A 3T7XA 3BXRA 5OZVA 2HB4A 1K6TA 5P8OA 3NUOA 3OK9A 5KR0A 3TH9A 3AUPA 5P2BA 5P16A 2QI5A 4J1HA 3VV6A 1B6MA 3EC0A 5HE4A 3OHFA 4YCKA 3PWMA 5JFPA 4R91A 5JFUA 2BPYA 5PEPA 4R5NA 1PROA 1HWRA 5HDVA 2P83A 3EKYA 1QBRA 3OXWA 5P28A 3OU1B 2I0AA 4DQFA 3IVIA 3PRSA 3LHGA 2JJJA 4CPSA 4Y4GA 4RLDA 3KN0A 3NSHA 4NPUA 3SA9A 2AVVA 5DQ2A 5P51A 3EL9A 2FMBA 2BJUA 1BV7A 5P83A 5P0ZA 5P8DA 3SA4A 3G70A 1AXAA 5P8TA 4HDBA 3GGAA 3MSLA 1YM2A 2Q54A 3LPJA 1KJ7A 3H0BA 2CEJA 2QCIA 4QJAA 1EPOE 2Q3KA 1YTIA 5OZGA 3BC4A 1META 5OYYA 1T7IA 3L58A 1DMPA 2B42A 2VIEA 3EKXA 5OZUA 2F3FA 5P57A 4Y3DA 4Z50A 4HEGA 2G20A 2ANLA 5P4JA 2V12C 5P2GA 4Y9WA 5P4KA 4I0ZA 3TNEA 2WF0A 1B11A 5P5JA 1HVLA 3VG1A 2HS1A 5P8HA 1FFFC 3EM3A 2PC0A 3FIVA 5P56A 3NU4A 3UDPA 2R9BA 2F81A 4J1FA 1LV1A 4R93A 2Q11A 2ZJNA 3O9GA 3ZKNA 5P08A 5E5JA 4LL3A 2XFJA 5P0AA 4LC7A 2PSUA 2R38A 3WZ6A 3BGCA 5CLMA 5P63A 4Y5PA 4Y3LA 2I4DA 2IEOA 4Y4UA 1HRNA 5P6SA 2AVSA 4MC2A 1SDTA 5OZ3A 4Y5LA 1BVGA 5I3XA 3VV7A 2JXRA 1HXWA 2RKFA 3H5BA 3KT2A 5P05A 5P1KA 4R92A 4YD3A 1A9MA 3HVPA 4Y6MA 5P75A 3LIQA 4GJCA 4CPTA 3PWRA 4Y5BA 2VJ6A 5OZPA 5P3TA 1RV7A 4Y56A 5P8SA 5P7XA 1TCWA 1HBVA 1SGZA 4GZFA 2AOFA 5P8MA 1HSHA 4ZSRA 3UCBA 5IVQA 4YOAA 5P7RA 2JE4A 1FIVA 2EWYA 2FDPA 3NDWA 1ZP8A 4DPIA 3ZKGA 3BVAA 4F74A 2FGUA 1HXBA 2UY0A 4L1AA 4Y5EA 2QMPA 1TZSA 3R2FA 4XKXA 3O9AA 3QRSA 3QROA 2QD6A 4N00A 5FIVA 5DQ1A 4CPUA 4OBZB 4FRSA 4IVTA 5P3WA 3DM6A 3T3CA 1PFZA 4CPXA 4ZEAA 3QBFA 3KMXA 2QAKA 1FQXA 1EPNE 1B6LA 3EKVA 2VS2A 3ZPTA 5OZ6A 5P40A 3AIDA 3OQKA 1UPJA 3K4VC 5P38A 3S7MA 4J17A 3ZKQA 5P00A 3TOFA 5P4ZA 2AOEA 3RSVA 4ZIPA 1HVIA 4FM6A 1ZTZA 5P0YA 5OZMA 5P54A 3O9DA 5P5WA 3LPKA 3T6IA 5DR4A 5P7WA 5P0WA 5I3WA 1E82E 1ZAPA 2AOGA 5P43A 2IDWA 2WJOA 4EJDA 1LF3A 3ZPSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IE1 A;  3PB5 A;  3DOX A;  5P2V A;  2AID A;  3S45 A;  5P74 A;  3UDY A;  1TSU A;  1YG9 A;  3OUD B;  4Y3E A;  5OZD A;  5P0Q A;  1FB7 A;  4DH6 A;  3ER3 E;  4DUS A;  3KFN A;  4EPJ A;  3ZKS A;  5P2T A;  5P8R A;  3KDB A;  5P5C A;  4I12 A;  1VIJ A;  5P2M A;  3OU1 A;  3FX5 A;  5C9B A;  4GJ5 A;  5P8G A;  5P7I A;  5P7U A;  5OZ8 A;  4FIV A;  4Y3N A;  4Y50 A;  1HVJ A;  3MWS A;  1MVP A;  1NPV A;  2IL2 A;  5P7G A;  1WBK A;  4D88 A;  4TRY A;  4DJX A;  4WY6 A;  4B1E A;  5P5A A;  5P7Y A;  4MC6 A;  5OZX A;  5P72 A;  2AZC A;  2G69 A;  5P45 A;  3UDQ A;  3ZKM A;  4AA8 A;  2ASI A;  1HTR B;  1HTG A;  5P0M A;  1WBM A;  2G27 A;  5P0H A;  2V10 C;  4OBJ A;  5P1R A;  1MEU A;  2IGX A;  3BHE A;  3TOH A;  2G1Y A;  1HPV A;  1C6Y A;  3FNT A;  2OHK A;  4LBT A;  1QDM A;  4F75 A;  3PCW A;  1KJH A;  5C9D A;  4I0H A;  1DP5 A;  1HVR A;  4OC6 A;  4OBH A;  1KJG A;  5P4C A;  4Y3S A;  4DJV A;  3DV5 A;  1OEX A;  1HVS A;  2CEN A;  1D4I A;  4Z2Z A;  3I7E A;  3KF0 A;  1SBG A;  5KOS A;  2PWC A;  4J0V A;  5P1V A;  5UPJ A;  4Y4B A;  4QJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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