3UQUA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA02
3PCWA 3OQDA 5AHAA 4R5NA 3HD8A 1YTHA 3PHVA 4NPTA 3NYGA 2I4DA 5P5EA 4Y47A 4GJ6A 3VSXA 5P8EA 2NXLA 2BKTA 4J1IA 3UDNA 4YD7A 2VIEA 2NXDA 1LYBB 3T11A 3PGIA 4NJUA 4JPEA 5P56A 2P83A 5CONA 5P8HA 2BPYA 1TSUA 5HDVA 2Q54A 4QJ2A 5P1PA 4DFGA 3IXOA 5OZ4A 2P8HA 3CYWA 1BV9A 4RCEA 1LYAB 3U6AA 5P1ZA 2QZLA 4Y5NA 2I0AA 4Y4DA 3ZKMA 4EJDA 5KR8A 5P8LA 3QPJA 4MC6A 5P05A 2ER0E 4OBGA 5OZ3A 1APUE 4K8SA 4A6BA 3R4BA 1BDLA 1PROA 4R95A 2I4XA 3NUJA 4KE1A 4FSLA 5HCTA 5OZFA 2F80A 4QGIA 4ZEAA 4Y3EA 5P5AA 4YCTA 2OHLA 3QVCA 1KJ4A 5P0XA 1HVKA 2OHRA 1EPPE 3PCZA 3OU1B 3LPKA 4FRKA 1GVVA 1BDRA 1NPWA 1OEWA 5P0ZA 1DAZC 1D4LA 2A1EA 1UPJA 5P7JA 3DM6A 5P4FA 2NNKA 1SDVA 4U7QA 5P09A 5P1RA 5P8SA 4RROA 3O9AA 4F75A 5HE5A 1A9MA 1IDAA 3PBZA 2BBBA 3INHA 2QD8A 4B1DA 5OYQA 5P61A 1CZIE 4FM8A 2R5QA 3B7VA 4DVFA 2NTRA 4HDFA 1Z1RA 3S43B 3LIQA 2I4VA 5DPZA 2WEAA 5P7IA 5OZUA 5P5KA 4Y37A 3ECGA 4XXSA 2HB3A 1EPME 4EXGA 4FE6A 5P4LA 5BWYA 3GI4A 1GNNA 4EQJA 3UDJA 3U7SA 3L59A 3TOFA 2Q64A 5P67A 9HVPA 4Y3GA 5P5HA 5P8TA 3CMSA 2PH8A 5P4RA 5P8FA 5P88A 2WF2A 2V16C 4Y4WA 5P48A 1RNEA 1B6LA 5F01A 4WY6A 4YBFA 3F9QA 5P65A 3BUGA 1MT9A 3CIBA 1C6XA 3KDDA 4GMIA 5P0AA 5P5VA 2B7ZA 3O9CA 3DK1A 1XL2A 2HS2A 3GI0A 4Y3ZA 3EMYA 3RSXA 5E5JA 2AOGA 5ISKA 3PI5A 2PWCA 5P8PA 1IVQA 3NWXA 1FMUA 2FMBA 3URLA 4Y58A 1FIVA 1PSOE 2RKGA 3KFSA 5P15A 4EJLA 2AIDA 4GJAA 4OBJA 3EKXA 3BUFA 3ZPUA 3UDKA 5KAOA 1W6IA 3LZSA 3L5DA 1AJXA 2ZJMA 1HVJA 3INFA 5DQ4A 5P3LA 1C70A 1M43A 3HVPA 1XN3A 5P5ZA 5P1SA 3OUAA 5P2YA 5AHCA 1EPRE 2ZE1A 5P2FA 4I8WA 1YTIA 1J71A 5P31A 3CKRA 2P4JA 2UPJA 5P78A 5P6EA 3UF3A 3RU1A 5P2IA 2G26A 3TPRA 2IL2A 5P70A 1QBRA 3IVHA 5P6IA 5IS4A 1T7IA 2V0ZC 5KQXA 1ODYA 1MRXA 2J9JB 1MUIA 3SO9A 3S7MA 3VV6A 3OUDB 5P6FA 1UH7A 4LXAA 4I0DA 2OHQA 5KQYA 5P3JA 2V13A 3QBFA 3VYDA 2RMPA 5P4UA 3UQXA 3D91A 3TL9A 3DJKA 2VIJA 2ZYEA 3IXKA 4Y9WA 5OZZA 1BBSA 3NWQA 3DCRA 2QI6A 3APPA 1B6JA 4HVPA 5P6XA 5DR1A 5P2MA 4Y39A 3CKPA 5P2CA 1LYWA 4DV9A 5P2SA 4GJ5A 4Q1WA 2RSPA 4ZPEA 3NLSA 4YD6A 2PYNA 4BELA 2ZGAA 4Z4XA 2PSGA 1ZTZA 4Q1NA 4D89A 1C6YA 1QS8A 3HLOA 4Y4AA 5P38A 1FQXA 3Q4BA 4I10A 5I3VA 1MTBA 1META 5BRYA 4PZXA 4F74A 2OAHA 4Y51A 5P32A 5P03A 1MPPA 2PMAA 2O4KA 5P7ZA 3ZOVA 5OYVA 1Z1HA 2XYFA 1EPQE 5FIVA 4GZFA 1KJHA 4OBZB 1SDUA 3SABA 3LITA 5P3MA 2G69A 3BUHA 3EKTA 3KN0A 2ER7E 2Z4OA 5P64A 5P7CA 3VF3A 2VA6A 3QAAA 1CPIA 1GKTA 3T7PA 4YHQA 1FQ6A 4DPFA 2NXMA 5OZSA 1EBKC 1EPOE 5I3XA 4K4RA 5P6WA 4I0GA 4M8YA 4Y53A 5P40A 3NSHA 5P8VA 3O9LB 5OZOA 2AOIA 3EKYA 5SY3A 2WJOA 5P4YA 1MT7A 3O9IA 5P22A 3UTLA 3QVIA 2ZJLA 5P6HA 5P5XA 4DI2A 3OXWA 1W6HA 5OZ2A 2WF0A 2PYMA 4CPTA 5P7MA 3EC0A 2ZJNA 4EPJA 3TPLA 5P3AA 3PRSA 1HSIA 1HXWA 2ZHUA 4QJAA 3VCMA 4L7JA 2VNMA 4B0QA 2JYSA 4I12A 5JFPA 5P77A 1BXOA 3ZKQA 3TH9A 2AZCA 1GVWA 1HSHA 2AZ9A 2QNQA 3R0YA 4TRZA 2AVOA 1NPAA 1SGZA 1LEEA 5P6NA 3ZKNA 4RZ1A 3PLDA 4Y5PA 4Y4JA 1AM5A 4R91A 4XX4A 4DPIA 1YT9A 4H3IA 4Y3FA 5P6AA 1BIMA 2VJ6A 5P80A 5HCOA 4D88A 1ZPAA 2F8GA 5P3FA 4Y45A 4CPQA 1SMEA 4EWOA 3OGPA 4CKUA 1HIVA 3TLHA 3BRAA 2VJ7A 4GYEA 3ZPTA 3PSGA 3Q70A 5P29A 5P5DA 5P8GA 3RTHA 5P07A 2G21A 3BVAA 1FMBA 3GGXA 2AZBA 4LBTA 4ZLSA 1K6PA 3UDRA 1GVXA 2G1OA 5I3YA 2Q11A 5P5LA 3DV1A 4NJTA 4J5JA 4Y3AA 4Y5KA 5P85A 1XS7D 5P3EA 5OYTA 6UPJA 3IN3A 1K1TA 3UQWA 2XFJA 2O40A 2G1YA 5OZQA 1YM4A 2QI7A 5HE4A 5P2ZA 5P2AA 5P0LA 3UFLA 3KFPA 2G24A 1FMXA 3QS1A 3LHGA 3NXNA 4I0ZA 4Y3HA 1SIPA 3QI1A 1K2BA 1ENTE 5P8BA 3EL1A 3EL9A 3HW1A 5OZWA 5P7XA 3S56A 5OZGA 3GI5A 5P4KA 2AOJA 3O9HA 1K6TA 3S53A 5P1FA 5P1BA 1HVHA 1B6KA 2AVVA 1W5WA 3VSWA 5P3GA 2QD6A 3I6OA 5OZ7A 2FS4A 4K4PA 3K5FA 3URJA 4Y5AA 1ODXA 5P3SA 4YCYA 4Y48A 5P7UA 2WF4A 5P6RA 4RYCA 1RL8A 1T6GA 1A8GA 5I3WA 4RVIA 3LPJA 5P4WA 2QMGA 4OBDA 4HEGA 2NMYA 5OYXA 2QI3A 4ZPFA 4J0ZA 1A30A 5P7KA 1D4HA 3PWRA 5P26A 1LYWB 5P14A 2CEJA 3DCKA 4Y36A 1QBTA 4H3FA 2WEZA 1PFZA 3GGUA 4Q1YA 4J1HA 2QMDA 5P5WA 4ZIPA 2P3BA 4Y3DA 5DR7A 1ODWA 3O9EA 5DQ1A 5P5UA 1N49A 1IZIA 4CMSA 4Y3LA 1SP5A 2I4QA 4DJOA 4Y4EA 5P44A 1ZJ7A 3DV5A 4Y5GA 5P12A 2H6TA 3FIVA 4EP2A 3I7EA 2JXRA 4B72A 4KE0A 2BPVA 5P00A 5P7QA 3L5FA 3OADA 1BWAA 1IZEA 2ZHRA 1WKRA 4D83A 4HA5A 4YOAA 5OZ6A 1EC1A 5P4DA 2BPXA 1QBSA 4J17A 2HB2A 1NPVA 4QJ7A 5IVSA 3FX5A 3NU6A 5P0PA 4TRYA 5PEPA 5DR3A 3Q5HA 3ZPSA 2I4UA 3K1WA 4QLHA 5P8IA 1M4HA 4GJBA 5P1OA 3OXXA 4RYGA 5OZRA 2R5PA 2ZJJA 3SA4A 2ZHVA 2G1NA 3UDPA 3EL4A 5P8AA 2ZJHA 3FV3A 5DGUA 1HTGA 1PPME 5P6SA 1SBGA 4A4QA 1AXAA 5P0SA 4ER2E 1MTRA 5P60A 1T7JA 2IDWA 3LZVA 5P3UA 1SIVA 5P3NA 3OAGA 4JPCA 5JG1A 4B05A 1MIQA 3OHHA 4U7VA 5OYSA 5P7EA 4MC9A 1IZDA 2UY0A 4FRJA 5P81A 5P4TA 5P6VA 4OC6A 4D85A 5P6JA 4QJ9A 4FM7A 4FLGA 4HLAA 5P0CA 1GNOA 1LF4A 5P3PA 5P1NA 5OYWA 2IQGA 3GI6A 4GJ9A 3RTMA 5P68A 2VS2A 3LPIA 5P1KA 2RKFA 3O9DA 4FIVA 4EXHA 2QD7A 4CPUA 3R0WA 5P23A 5P4ZA 1HVLA 1FG8C 1FG6C 1HPOA 4YDGA 4JP9A 4LAPA 5P36A 2QU3A 5P4AA 2PSVA 4AUCA 5P7TA 5P8NA 5P6QA 5P33A 2F3EA 4DQBA 5OZHA 2SAMA 3S7LA 5OZDA 1Z8CA 3ZMGA 4FAEA 3I25A 5P7AA 4J0PA 2FXEA 1BAIA 3K4VA 2XFKA 1HIHA 1YTJA 5P7GA 5P1UA 5C9DA 2AOEA 4Y3QA 4DJUA 1HPXA 4OBFA 5EZZA 5P8QA 5P6MA 3PLLA 5P3WA 5P7RA 1FQ5A 1ZBGA 4Y3TA 3NUOA 1AZ5A 1DP5A 3VF5A 3NDUA 3FNTA 4LXMA 4Y41A 5P2JA 4Y3YA 5P2NA 4R93A 5P7VA 4Y5EA 1TSQA 3OU4B 5IVRA 5P4EA 1IZHA 3BGBA 1XE6A 1HTRB 2IENA 2VKMA 4DJRA 2WKZA 1XDHA 4F76A 1IIQA 1ME6A 3SA5A 4DJXA 4DQGA 3IN4A 5HU1A 3OXCA 3KM4A 1YG9A 3N3IA 5P5MA 5P4QA 5P4HA 5P7LA 3JVYA 5OZXA 3JVWA 5ISJA 3PM4A 4Y43A 1W5XA 5P86A 3LZYA 3KDCA 5P58A 1OEXA 1HOSA 3O9GA 4Y3WA 2G20A 5COPA 1HXBA 5P69A 3BGCA 3APRE 3INDA 2I1AA 4FM6A 1RPIA 5P0UA 1AJVA 3BHEA 1G35A 1HPSA 5C9FA 4JECA 3LINA 3TPJA 2Q63A 5HD0A 5P0KA 5P41A 4DH6A 1NH0A 2P3CA 4DJQA 1K6CA 5OZAA 5AH7A 3UCBA 1D4IA 3OXVA 2FDDA 5P13A 4L1AA 3B80A 1OHRA 3CKTA 1BDQA 1QDMA 1EC2A 4GJ7A 5P42A 1PPKE 5DQCA 5P82A 3MWSA 1MEUA 1DPJA 4Z2ZA 5P84A 1SGUA 2ASIA 5P8OA 1JLDA 3HAWA 2PC0A 4Y5CA 4M8XA 5P2RA 4I0FA 1GVTA 2R3WA 1VIJA 2PH6A 3D3TA 1YM2A 5OZTA 4YOBA 3SQFA 3EL0A 4Y5LA 5P39A 5OZKA 5P18A 3EM4A 1MESA 1DMPA 5P06A 1HWRA 3HBOA 2R43A 3JW2A 1GNMA 4GJ8A 5P1IA 5P2EA 5P4OA 3TPPA 4BFBA 3BXSA 4RCDA 3SM1A 1C6ZA 5P7BA 5P3BA 5P5BA 2QI5A 5E5KA 2QU2A 4GIDA 5P7SA 5P53A 4Y4ZA 4J54A 3S54A 3TTPA 4YCKA 1HEGE 5P5PA 4B77A 3PVKA 3A2OA 5OYUA 3KDBA 3EKPA 5P0RA 5P7HA 3OAGB 1HVRA 1FF0C 3ST5A 3Q6YA 5P52A 4RGHA 5P55A 1MERA 2BB9A 5P4SA 4H3GA 2Q3KA 5P1YA 3EKVA 3OWNA 5P6CA 2AZ8A 3VLAA 2HC0A 2NMZA 1EPLE 4Y4GA 1W5VA 1UH8A 4XKXA 2FNTA 2PQZA 2O4LA 1OD1A 3ZLQA 3UQPA 1LYAA 3ZKGA 4J55A 4B78A 3VEUA 4D8CA 3HDKA 1BILA 5P5JA 3G6ZA 5P6PA 1MSNA 5P4VA 5P0FA 4EYRA 2OHSA 5P63A 5P6TA 2WEBA 2QAKA 3RSVA 3O9FA 4FGXA 2QZWA 2I0DA 3ZKIA 1EBYA 2QZKA 4LL3A 5P1AA 3OQ7A 5P4MA 3K5GA 4I0EA 3UQUA 3D1YA 4J0YA 2JJJA 4QJ8A 1FEJC 5SZ9A 1HSGA 1APTE 4Q1XA 4RRSA 3EL5A 4Y57A 3PI0A 5P0NA 3OTYA 3H5BA 5KOSA 3OU1A 1XL5A 5P0MA 3LIZA 5P7OA 3L5EA 2F3KA 1RQ9A 2FIVA 5P0GA 1APWE 3O9BA 1W50A 5DQ2A 1BXQA 3OQKA 5OZBA 5P5IA 1SDTA 5IE1A 5P17A 2AQUA 3EM3A 5P10A 4Y50A 1EAGA 2ER6E 4RCFA 4Y4XA 3K5CA 2QI0A 3PWMA 5P76A 3INEA 1EPNE 1HVCA 3KYRA 3VV8A 3ZKSA 2NR6A 3KFRA 4OD9A 5P3QA 4Q5MA 3L38A 3PBDA 1Q9PA 3EKWA 4RRNA 3ER5E 4YA8A 1QBUA 5KR0A 3LIVA 3SA8A 4F73A 3SA7A 3KT5A 2QNNA 3OUBA 1IVPA 2BJUA 2R9BA 3PWWA 1FQ8A 5KOQA 3NDWA 2O4PA 3L5BA 3T7XA 3UFNA 4TVGA 3SPKA 2OHTA 2FNSA 5COOA 3LNKA 2R3TA 2QNPA 4ACXA 1U8GA 1MSMA 5AHBA 1PSNA 3URIA 4H1EA 5P1QA 3IGBA 4Y3JA 2HPFA 2V10C 3WZ6A 4FS4A 5BS4A 2AVSA 4YD5A 4DQFA 3S2OA 3PSYA 3WZ7A 5DQ5A 5APRE 3HZCA 4H3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PCW A;  3OQD A;  5AHA A;  4R5N A;  3HD8 A;  1YTH A;  3PHV A;  4NPT A;  3NYG A;  2I4D A;  5P5E A;  4Y47 A;  4GJ6 A;  3VSX A;  5P8E A;  2NXL A;  2BKT A;  4J1I A;  3UDN A;  4YD7 A;  2VIE A;  2NXD A;  1LYB B;  3T11 A;  3PGI A;  4NJU A;  4JPE A;  5P56 A;  2P83 A;  5CON A;  5P8H A;  2BPY A;  1TSU A;  5HDV A;  2Q54 A;  4QJ2 A;  5P1P A;  4DFG A;  3IXO A;  5OZ4 A;  2P8H A;  3CYW A;  1BV9 A;  4RCE A;  1LYA B;  3U6A A;  5P1Z A;  2QZL A;  4Y5N A;  2I0A A;  4Y4D A;  3ZKM A;  4EJD A;  5KR8 A;  5P8L A;  3QPJ A;  4MC6 A;  5P05 A;  2ER0 E;  4OBG A;  5OZ3 A;  1APU E;  4K8S A;  4A6B A;  3R4B A;  1BDL A;  1PRO A;  4R95 A;  2I4X A;  3NUJ A;  4KE1 A;  4FSL A;  5HCT A;  5OZF A;  2F80 A;  4QGI A;  4ZEA A;  4Y3E A;  5P5A A;  4YCT A;  2OHL A;  3QVC A;  1KJ4 A;  5P0X A;  1HVK A;  2OHR A;  1EPP E;  3PCZ A;  3OU1 B;  3LPK A;  4FRK A;  1GVV A;  1BDR A;  1NPW A;  1OEW A;  5P0Z A;  1DAZ C;  1D4L A;  2A1E A;  1UPJ A;  5P7J A;  3DM6 A;  5P4F A;  2NNK A;  1SDV A;  4U7Q A;  5P09 A;  5P1R A;  5P8S A;  4RRO A;  3O9A A;  4F75 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2G94 A;  1D4J A;  5P34 A;  7UPJ A;  1F34 A;  2HPE A;  2PSU A;  1B11 A;  5OZP A;  4X2L A;  1MRW A;  1ZSR A;  3MXD A;  3SA6 A;  3S43 A;  4PPH A;  5P2O A;  5AH9 A;  3G72 A;  3EM6 A;  3EBZ A;  2ANL A;  2AOD A;  4Y5B A;  3QIH A;  4N00 A;  1CMS A;  4LHH A;  4AMT A;  2AVQ A;  1RV7 A;  1A8K A;  1LV1 A;  5HDX A;  5P2K A;  1YTG A;  4J0T A;  3OTS A;  5OZ9 A;  2QMP A;  5P1H A;  1FGC C;  4TRW A;  2HB4 A;  1DIF A;  4YD4 A;  5P89 A;  5P7D A;  2VIZ A;  5DR0 A;  4HE9 A;  5UPJ A;  4I0J A;  3OHF A;  5OZY A;  4ZSR A;  4ER4 E;  3UHL A;  5OZ8 A;  3UQR A;  4FRI A;  3SAA A;  5P4P A;  4TVH A;  2ZDZ A;  2H6S A;  3SA9 A;  5P3R A;  4YD3 A;  5T4S A;  5P46 A;  2Q5K A;  3NU4 A;  2VJ9 A;  1NSO A;  4L1A B;  3OU4 A;  4KB9 A;  2OHU A;  4CPR A;  2REN A;  4R8Y A;  3QP0 A;  3GGV A;  4GJD A;  3TOG A;  1HTE A;  5P5N A;  2OHM A;  4APE A;  5HDU A;  2QZX A;  1MVP A;  3RVI A;  5P6Y A;  5P7F A;  1ZPK A;  5P5F A;  3VLB A;  2QHY A;  3DOX A;  5P2D A;  5P0D A;  5TOL A;  1WBM A;  5P47 A;  1LF3 A;  5ER1 E;  3AUP A;  2HIZ A;  4J1E A;  4FCO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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