3UQUA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uquA02
4BELA 1XL5A 3LZVA 4Y3RA 2ZJMA 1A8KA 3S43A 2O4PA 3QBFA 3UQXA 5P5MA 3PSUA 2FIVA 3OQDA 2RENA 4FIVA 2RKFA 1FFFC 1QBUA 3BGCA 2I4UA 5KR8A 2AOCA 2QI5A 3U71A 1QRPE 4MC6A 1RQ9A 1D4KA 5OZKA 5P43A 5SY3A 5P7CA 3UDNA 4NJVA 3EM4A 4MC9A 2HM1A 4FRKA 2CEMA 4RROA 3UFLA 5P71A 2AZ9A 1WKRA 3PI5A 4AA9A 5P67A 3VFBA 5SZ9A 5P2SA 5P1EA 1FQ5A 5OZ0A 4I8ZA 5P7XA 2NMZA 5HU1A 3OOTA 1D4LA 5HD0A 3EKTA 1IIQA 3K1WA 1FKNA 5P7HA 3BUGA 5DR7A 2R3TA 2J9KA 3INFA 2RSPA 3GGAA 2ZJHA 4NKKA 4LL3A 3SKFA 5P2IA 3Q4BA 4DJPA 5P6TA 4KUPA 4H3GA 5OZ7A 1ZBGA 1SIPA 5P1YA 2PC0A 5P79A 4A6BA 4ZSMA 4LHHA 3KFRA 1LEEA 3PHVA 5P72A 5P2WA 1RPIA 3VYDA 3CMSA 3NU5A 3AIDA 4J0VA 3L3AA 1DPJA 1XE6A 3LPIA 3EKYA 5P8LA 3OUDB 1BAIA 3SQFA 2ZHVA 2I0AA 5P19A 2WF1A 1Z1HA 4F73A 1HXBA 2HAHA 5OZ8A 3EBZA 4FSLA 3TTPA 4CPSA 3PJ6A 3EM6A 2R5PA 3OQAA 3ZKGA 1W6IA 1UH7A 1T7IA 2QNPA 4Y41A 5P4AA 5P70A 4RCEA 1KZKA 1MT8A 3HAUA 3L5FA 2OHQA 3MSLA 5P6NA 3INEA 5E5JA 3TOFA 2VJ6A 5P31A 5P6HA 5P6CA 4GJBA 3N3IA 1BIMA 2AQUA 5DQCA 5OYYA 4Y3DA 5P78A 7HVPA 1XL2A 5P5RA 4NPTA 4YD7A 5AGZA 1M0BA 4Y3WA 5P8JA 5P10A 1HPXA 2ZHSA 2UPJA 2AZCA 2ZE1A 5E5KA 5ER2E 2G1OA 4L7JA 2F81A 3PVKA 5P1WA 4YBIA 4B78A 3WZ6A 1HSIA 1IZHA 4CPXA 5OZ1A 5P2XA 1SGUA 5P7AA 4DJVA 2FNTA 1PPKE 4I0HA 5P4PA 1QS8A 4B1EA 4J1FA 3EKVA 5EZXA 5P6MA 4BFBA 3PWWA 3KFPA 5OZYA 5P2GA 4Z2ZA 4J1EA 1A94A 5P65A 1BXQA 4HEGA 1LV1A 3GW5A 2HB3A 3CKTA 3D1XA 2Z4OA 5P46A 4WTUA 4FCOA 4FM8A 1SDTA 5P4LA 1AZ5A 3O9GA 3K5DA 5P18A 3PCWA 3UDPA 4DQGA 5P5OA 3SA6A 4OC6A 4RRSA 5P24A 2J9JB 1LYBA 3VCMA 2AOHA 2VA7A 2QP8A 2AVSA 1HTRB 5OZNA 5P0IA 3SA8A 4ZPGA 5P5QA 5P3LA 2QZWA 2OHSA 4OBJA 5P2FA 4Y43A 2BPWA 2VA6A 3ZMGA 4Y3GA 2XYFA 4J5JA 5P4MA 4PHVA 5P1SA 5P83A 5ISJA 1FLHA 3U7SA 2BPVA 5P6UA 4R95A 5P7SA 2BB9A 3Q70A 3R4BA 4DQCA 2HPFA 1BV7A 3O9LB 4YD4A 3RSXA 3QAAA 3DK1A 5P3BA 1PSAA 4R91A 4Y5MA 5OZCA 5P69A 3PMYA 1BBSA 2PK6A 5P2TA 2F3EA 4EYRA 4K4QA 1XS7D 5P73A 5KAOA 3EL1A 2PWCA 2P3BA 5P37A 1IZIA 5P1IA 5P1DA 2WF0A 5P45A 4K9HA 3FX5A 3K4VA 1MSNA 1RL8A 1APUE 3ER5E 1EC3A 2AIDA 4BEKA 4B72A 3EL0A 2OHLA 1TCWA 3LZUA 4D89A 4EP2A 3BUHA 4K4PA 4FM6A 3VF7A 3I7EA 1B5FA 4Y53A 3PRSA 3ZKSA 2OHNA 4PZWA 3PBDA 5P7PA 3LITA 4F76A 3FIVA 3K5CA 5P0JA 3URLA 5P5GA 5DQ5A 3VLBA 5P7DA 4B70A 1ZAPA 4K8SA 3VF3A 1K6TA 2HIZA 4YHQA 3DM6A 2O4LA 2WEZA 2HC0A 1OD1A 1E5OE 1ZJ7A 1GVXA 4FM7A 2G26A 1SGZA 3NR6A 3NUJA 5P2HA 1BDLA 1SMEA 3VUCA 3OU4B 1EPNE 4FAFA 3IXJA 3NU9A 3ZPSA 1PSOE 1D4YA 5P1CA 5KQXA 3URIA 5P2NA 3UDMA 2G21A 5DQ2A 5P6KA 3UDJA 1T3RA 1LYAB 5P5BA 5P52A 2V00A 3ZKQA 4HDFA 5P3YA 1LZQA 3T7XA 5HU0A 2Q63A 1T7JA 3HLOA 5P4BA 5P6BA 2V10C 5P1BA 5P50A 5P1AA 1FQ7A 5P30A 5P75A 5C9BA 5P8AA 5P0GA 4GJ9A 1HOSA 4QLHA 4Y3NA 4H3JA 3SA4A 4GJ5A 4U8WA 5P3VA 2QD6A 3FNTA 4WY6A 5P03A 5P7GA 2ASIA 3BXSA 3LIVA 2WF2A 5P6YA 3BVAA 2H6TA 3ZPTA 5P3FA 3S85A 5P8UA 5DPZA 3OUDA 2QMFA 4LXAA 3T7PA 5P3SA 2H6SA 2FS4A 3C9XA 4J0YA 3I25A 5P3RA 3RTHA 3RU1A 2R3WA 5PEPA 1TZSA 5P5DA 1YM2A 5P1OA 5P6XA 3QROA 1GVUA 5P4KA 4MC1A 3B7VA 3D1YA 3GI6A 4Y3TA 2Q54A 2RKGA 4EXGA 3MWSA 5P0DA 1G0VA 4Y3AA 5OYWA 5P5VA 5P58A 3L5EA 5P3MA 1J71A 4AUCA 5OYZA 2VS2A 1MERA 1APVE 1K2BA 3TOHA 1ZLFA 2PH8A 1HTEA 4I11A 5AH7A 3HDKA 2I1AA 5OZUA 5P0YA 5P00A 4E43A 3BVBA 4Z50A 5P1JA 1QBSA 5HVPA 3D20A 2CENA 8HVPA 1AM5A 6UPJA 4QJ9A 1KJHA 5P5TA 2P83A 4Y5LA 3OU3A 3MSJA 5P64A 5OZFA 3URJA 4CPWA 1AVFA 4CPTA 4Y4JA 2HPEA 4GYEA 1K6CA 5HDUA 3H0BA 3OUCA 4Y4XA 1HWRA 5OZIA 1FEJC 2Q5KA 1PFZA 4YOAA 5BWYA 5JODA 1EC1A 5IVRA 4D83A 4OD9B 4LXMA 4DQHA 5P0AA 3NWQA 1BXOA 2I4VA 3BRAA 1TCXA 2VJ7A 2OAHA 5P09A 4PEPA 1FF0C 5ISKA 5P8KA 3TOGA 2G94A 4I8WA 5P20A 5P8EA 3PEPA 4QJ2A 5OZQA 4CPRA 3IAWA 3BGBA 4TRWA 5P48A 1M4HA 5P86A 3UF3A 4EXHA 5P8SA 2FDEA 4KE0A 5P29A 4Y3YA 4Y45A 5IVSA 5P6LA 5TOLA 1ENTE 1HVHA 3VYEA 1APWE 4GMIA 3T3CA 2AOGA 4DJUA 5OZAA 1MRXA 5T4SA 3SABA 5P4HA 1JLDA 3KDDA 4DJRA 4Y5KA 5P1KA 5P68A 4Y5GA 3OUBA 5P5NA 1YTGA 3SA5A 3S56A 5P3QA 5KOSA 3UPJA 2VNNA 1N49A 5AHBA 4Y4EA 3QP0A 4ZLSA 1FFIC 3MXDA 3OQFA 5P47A 2WL0A 3Q6YA 1HSGA 1IVPA 5IVTA 3DUYA 3SA9A 4ZPFA 3KT5A 5P3EA 3O9LA 2CEJA 4I0ZA 2PSUA 2PSVA 3NU3A 5P1VA 4EP3A 2F8GA 4JOOA 3NWXA 2ZJJA 1M43A 2QI4A 2BPYA 1EC2A 5P7ZA 3QN8A 5KR0A 2IL2A 5P87A 2QI7A 3WB5A 1EBWA 3S2OA 2PWRA 1K6VA 2AOJA 4F74A 3MSKA 3OQ7A 3S7LA 5P3HA 5P1FA 3OGQA 2Q55A 5P7LA 2FDDA 4Y54A 5P4XA 2AVOA 3I6OA 3EM3A 5P4NA 4DQEA 5P8TA 1MESA 4L7GA 1HVKA 4NPUA 5P0WA 3FKTA 2WHHA 2JJJA 4D88A 5KQZA 1LYWA 5P1HA 5P33A 4Y5AA 5P01A 5P51A 4OBKA 5OZPA 2FGUA 1IDAA 4FSEA 5P8OA 1C6YA 4L1AB 5P4DA 1XN2A 4I0JA 1AXAA 5P35A 2A1EA 2ZJLA 3K4VC 5OZ2A 5P4VA 5J25A 2APRA 3RSVA 3EKXA 5P0XA 4Y5PA 3OUAA 3PM4A 2G27A 5P0HA 5P7VA 4AMTA 1DW6C 4DUSA 3SA3A 3ZKMA 4Z4XA 1E82E 3S53A 3OU4A 5P0SA 5P3ZA 4EQJA 2PMAA 1FQ8A 2ZDZA 1ZP8A 5P1XA 4IVSA 2PYMA 1YG9A 1FG6C 2O40A 5OZHA 4NJSA 2ER7E 3G6ZA 5P4EA 1KJ7A 1LYAA 3INDA 5P4CA 2NR6A 2QI0A 2IKUA 4HLAA 3RTMA 5P1PA 2V12C 5P7IA 2WKZA 4N00A 4GIDA 1W5XA 2OHPA 5DGUA 3OADB 4GJ6A 3EKWA 5OZZA 1QDMA 1HIIA 1BWBA 1T6GA 1E81E 3BHEA 5HDXA 5P81A 4D8CA 4YCYA 3FNSA 3VV8A 4U7VA 1D4IA 5P4SA 5P63A 3VFAA 5KR2A 5P0ZA 1GVVA 3L38A 4DFGA 1C70A 1EPOE 1BVEA 4JP9A 5OZVA 4Y48A 1SH9A 3HW1A 2AOEA 3VSWA 2NMYA 5P0QA 2ZJKA 5P60A 2IENA 3TKWA 2P3DA 4TRYA 2AOFA 3OK9A 3L5CA 2OHKA 5P26A 1TW7A 4YA8A 4GZFA 3BXRA 1G6LA 5P8FA 5P7JA 1B6LA 4EWOA 1DMPA 5P3AA 3NDUA 5P0UA 3IA9A 4M8XA 3CKRA 5P2KA 3IVHA 4IVTA 4A6CA 2WF3A 3FNUA 5P3OA 5C9FA 4NJTA 4X7IA 1ODXA 4CKUA 3OQKA 1EBZA 2FNSA 5P7FA 5P5XA 4COEA 2FGVA 1MSMA 1IVQA 5P74A 1HSHA 4KB9A 5P6OA 5P0EA 1HXWA 3FV3A 5P12A 1HVRA 5P7QA 5P44A 5IVQA 5JG1A 1MIQA 5P55A 3TH9A 4R93A 4I12A 4I0EA 3LIYA 3WZ7A 1NPWA 5P5HA 4YD3A 4Q1YA 1G2KA 2V11C 5P25A 4Y4AA 2AVQA 2P3AA 1HEFE 4Y3LA 1F34A 3OU1A 5P80A 4Y56A 5P4WA 4Y44A 5F00A 2QZLA 4RVIA 3GI0A 4FAEA 4HDBA 2AVMA 4Y3ZA 4GB2A 3PWRA 3GGVA 2BPZA 5P4YA 4FS4A 3KYRA 1EPQE 1MT9A 5P1RA 4JPEA 3K5FA 3LIQA 4FL8A 5UPJA 5OYRA 2QI3A 5P2OA 5OZOA 1EPME 3OY4A 2HB4A 2VIZA 5P2YA 5HTZA 3GI4A 1W6HA 4R92A 2B42A 4R8YA 4CP7A 1C6XA 5HE5A 4J55A 1WBKA 1HBVA 2P8HA 4Y5NA 5P6SA 5P6AA 1HVIA 3Q5HA 3G70A 2IGYA 5P3NA 5P0MA 3APRE 2I4QA 5P8MA 4DJWA 3UQPA 5JFPA 5P2ZA 3SAAA 1EPRE 1G35A 1SIVA 5P5CA 4EPJA 3VEUA 4APEA 5OZXA 3O9AA 1HVLA 5P1TA 2QMPA 2VIJA 1W5VA 1B6JA 5P39A 2VIEA 5P89A 4DJQA 3LZSA 4YDGA 4APRE 4GJDA 5P6ZA 3PBZA 1KJFA 3VV7A 2VIYA 3L5BA 4RYCA 4CPQA 3JVWA 1SDVA 3TKGA 2O4NA 5P1GA 4Y58A 4I0GA 1HEGE 1ZSFA 4OBZB 5P77A 3OTYA 3PLLA 3QRSA 3UDRA 2R38A 2V16C 5P5FA 2QZKA 4YD6A 5P5IA 3KFSA 4LXKA 3S54A 3LPKA 5P0CA 5P1NA 1IDBA 1ME6A 5P2UA 1UPJA 3L59A 4Y4WA 5P5AA 1UH8A 5P2LA 5P0TA 5P27A 4BFDA 4EJLA 5P0BA 1HVCA 4L1AA 1FGCC 5P2RA 2AOIA 3AUPA 3OHHA 3HAWA 5OZSA 5P3TA 4GJCA 1B11A 5P2JA 5P53A 4DV9A 2QHCA 1B6MA 1MTBA 1GVWA 4Y4TA 1FQ4A 4Q1XA 4M8YA 3IN4A 1SDUA 4Y3PA 3KDCA 1VIKA 4DPFA 5P6DA 2FXEA 2BBBA 2XFIA 5I3YA 2ER9E 2JXRA 3TPJA 4L7HA 1BWAA 1MT7A 5HCTA 5P22A 2O4KA 4XXSA 1K2CA 3NDTA 3R0WA 2R9BA 5DR0A 3G72A 4DPIA 5P4GA 2QK5A 5P2VA 1ER8E 5COPA 3UTLA 1HVJA 3ZKNA 3EKPA 3LIZA 3LHGA 1HTGA 2F80A 3DCKA 1CZIE 3OADA 5P36A 4RCDA 3I8WA 4B00A 1SBGA 2QMGA 1E80E 2ZJIA 2ZYEA 4U7QA 5P4ZA 5P7YA 3NXNA 2G69A 5P56A 3VG1A 2QD7A 5P3IA 5F01A 5P02A 2G1NA 1FG8C 2B7ZA 2ZHRA 2P4JA 2B60A 2A4FA 4ER4E 3OHFA 4HA5A 1XN3A 1FB7A 5P7OA 4Q1NA 4XX3A 4ZIPA 2B8LA 4QJ7A 4RRNA 2WF4A 5P1UA 2XYEA 6FIVA 4A4QA 2PK5A 4Y3FA 3NU4A 3INHA 3HVGA 5P3DA 4Y4BA 4B1DA 3ZKXA 5P76A 4YDFA 3OWNA 1IZEA 5P05A 4DH6A 1YT9A 3OXXA 5P23A 4I0FA 4Y6MA 4RVXA 4RGHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BEL A;  1XL5 A;  3LZV A;  4Y3R A;  2ZJM A;  1A8K A;  3S43 A;  2O4P A;  3QBF A;  3UQX A;  5P5M A;  3PSU A;  2FIV A;  3OQD A;  2REN A;  4FIV A;  2RKF A;  1FFF C;  1QBU A;  3BGC A;  2I4U A;  5KR8 A;  2AOC A;  2QI5 A;  3U71 A;  1QRP E;  4MC6 A;  1RQ9 A;  1D4K A;  5OZK A;  5P43 A;  5SY3 A;  5P7C A;  3UDN A;  4NJV A;  3EM4 A;  4MC9 A;  2HM1 A;  4FRK A;  2CEM A;  4RRO A;  3UFL A;  5P71 A;  2AZ9 A;  1WKR A;  3PI5 A;  4AA9 A;  5P67 A;  3VFB A;  5SZ9 A;  5P2S A;  5P1E A;  1FQ5 A;  5OZ0 A;  4I8Z A;  5P7X A;  2NMZ A;  5HU1 A;  3OOT A;  1D4L A;  5HD0 A;  3EKT A;  1IIQ A;  3K1W A;  1FKN A;  5P7H A;  3BUG A;  5DR7 A;  2R3T A;  2J9K A;  3INF A;  2RSP A;  3GGA A;  2ZJH A;  4NKK A;  4LL3 A;  3SKF A;  5P2I A;  3Q4B A;  4DJP A;  5P6T A;  4KUP A;  4H3G A;  5OZ7 A;  1ZBG A;  1SIP A;  5P1Y A;  2PC0 A;  5P79 A;  4A6B A;  4ZSM A;  4LHH A;  3KFR A;  1LEE A;  3PHV A;  5P72 A;  5P2W A;  1RPI A;  3VYD A;  3CMS A;  3NU5 A;  3AID A;  4J0V A;  3L3A A;  1DPJ A;  1XE6 A;  3LPI A;  3EKY A;  5P8L A;  3OUD B;  1BAI A;  3SQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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