3UQWA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqwA02
4I0DA 1KZKA 4CPWA 3WB4A 3WZ8A 2R5QA 3NYGA 4Y3YA 1FQ8A 3D1XA 5P3VA 2V16C 1GNMA 5P66A 3ZKXA 3LPKA 1GVTA 4Y36A 3OXVA 4J0PA 5P5KA 3PSGA 4FL8A 1FQ6A 3D91A 4F74A 4ACUA 2O40A 3VCMA 4B72A 5P6YA 1B6LA 3ECGA 1HSHA 2AZBA 2FIVA 5P45A 5P6XA 4DQGA 3G72A 5SY3A 4NPTA 4Y47A 3DOXA 3ZKIA 4EPJA 5EZXA 5JFUA 3MSJA 3IN4A 3I6OA 5P42A 1DAZC 3SABA 2FDPA 5P8FA 1YT9A 1YM2A 2RSPA 1YG9A 2QHCA 2WHHA 2ZJLA 4Y3FA 2OHKA 3GI6A 5P17A 4A6CA 5OZZA 5P7IA 2PSGA 1ZJ7A 4H3FA 1PFZA 3Q5HA 5P88A 4FM8A 2IRZA 2WECA 3PSUA 3URIA 5P2BA 5DR8A 1SH9A 2VA7A 3ZMGA 5P7HA 5P40A 1SMRA 2RKFA 2VIEA 5P3TA 2QI5A 4ER4E 3SACA 3HVGA 2WEZA 3BXSA 3PCZA 5P13A 4CPXA 1QBSA 4ZPFA 5P37A 5P8EA 1OEXA 1XN3A 5ER1E 4GZFA 3H0BA 2HIZA 5P29A 5P3LA 3NDXA 5DQ4A 4I10A 5P3CA 2CEJA 4Y3GA 1HVJA 1HIIA 2IKUA 2ER6E 2B42A 5P11A 4JPEA 3S53A 5I3VA 2FGVA 1C6YA 2PMAA 5CLMA 4ZLSA 3QBHA 5TOLA 4EXGA 5ISKA 3LHGA 4DH6A 3BUFA 4LL3A 4WY6A 1BAIA 4GJ6A 2G20A 2BPYA 1APWE 4DPIA 2OAHA 3LIXA 2V12C 5P0XA 4Z50A 3ZPUA 4GJBA 1IVQA 4B1CA 3R4BA 5P55A 2CENA 5DQ5A 3SLZA 3S56A 4Y6MA 4EJLA 2A4FA 5DGUA 5P16A 2WF3A 5P3IA 5ENKA 5P7BA 5P3XA 3R2FA 5P6HA 5P54A 3VUCA 1NSOA 2Q15A 3SA5A 4HDBA 4JP9A 4EQJA 1HVLA 1EPLE 1W6HA 5P7JA 3Q70A 3FV3A 5P27A 4ACXA 5P56A 2BPXA 5P4BA 4Y48A 1EC0A 5OZ5A 5DR0A 1D4IA 5OZPA 4EJDA 3KDCA 5P48A 4RZ1A 3SO9A 5P8SA 1MTRA 3UFNA 5P8HA 2I4UA 4YBFA 3Q4BA 4ZSPA 3L38A 3LIYA 4RVJA 3VF7A 2VJ7A 2XFKA 1EAGA 4DQHA 5OZ6A 4Y5NA 3NU3A 5OZ7A 3PWMA 1MUIA 3K5GA 1T6GA 5P5RA 4RRNA 4Q1NA 3S43B 2VIJA 5SZ9A 4ZE6A 5P76A 3QRVA 1FEJC 4B77A 5P3GA 5ER2E 4OBDA 5CONA 4LHHA 4M8XA 5P4AA 1ODXA 5HTZA 3Q3TA 2IS0A 4I0JA 5P04A 3K4VC 5P5HA 3A2OA 1APVE 2Z4OA 1ZPKA 5P3UA 5P67A 5P6LA 2PH6A 2WEAA 4H1EA 5IVRA 3WB5A 1CPIA 4D85A 3VSXA 4FGXA 1KJHA 5P0JA 3LPJA 1J71A 3BUGA 5P5XA 5P6TA 3D20A 4EXHA 2P3CA 1W50A 3LZUA 4Y3SA 5P33A 3VEUA 3L58A 1EBKC 3T7XA 3NDWA 2FXDA 1HPSA 1B11A 2QMGA 3OUAA 4U8WA 3PJ6A 3PSYA 5OZ8A 1HOSA 5KR1A 3ZKQA 5P4HA 5P82A 5P7OA 3URJA 1W5YA 2F3KA 3DCKA 3EL9A 3TL9A 4AZYA 2R43A 7UPJA 4DJVA 1FLHA 1SGUA 4COEA 3PMYA 1AIDA 4OD9B 1YTJA 3NDTA 3QP0A 2AODA 4H3GA 5P10A 3OUBA 3CKTA 4YD3A 2BJUA 4L7HA 3KMXA 4EHCA 4J0ZA 1SIVA 5HD0A 5P5IA 3LPIA 2OHPA 3KFRA 3F9QA 3HD8A 2QNQA 2QK5A 4I12A 5P4KA 2R5PA 5P05A 1EBZA 5APRE 1FG6C 3D3TA 1IDAA 5P58A 4APRE 1M0BA 3IVIA 4X2LA 2B7FA 4ZEAA 4GIDA 3QRMA 4Y3ZA 5P2SA 5P3ZA 1OD1A 2G1RA 3VLBA 5P4MA 1FGCC 4K4RA 2PQZA 4D88A 1B6JA 5C9DA 4EP2A 2B8VA 2WL0A 4Y54A 1PSOE 4DFGA 4RYCA 3L5FA 5OZDA 5P15A 1BIMA 3OGQA 5P8DA 4OBHA 4TVHA 2OHMA 1ZSFA 2B8LA 3LINA 5P5GA 2BBBA 4DQCA 1LV1A 1AJXA 1QRPE 2QI0A 5P5TA 4EWOA 5P60A 2P4JA 4L7JA 4FAEA 4I1CA 1K1TA 3R0WA 2VIZA 5C9BA 4IVSA 5OZKA 4NPUA 1W5WA 3FNUA 2Q5KA 4ER1E 1IZDA 2OHSA 4YD4A 5P0DA 3BC4A 4Z2ZA 3QROA 2QAKA 5P1UA 5P4SA 2OHQA 5JODA 1PROA 4HVPA 4J17A 5OYYA 3HAUA 1W51A 1BWBA 3ST5A 4QLHA 4LXKA 1D4KA 4ZIPA 5P1EA 1UH8A 5P4NA 1CZIE 5OZ4A 5P84A 5P28A 5OZEA 1LF3A 3GW5A 2AQUA 5P1QA 3OU3A 5P5VA 5B18A 3TOHA 5P63A 5P6SA 4K9HA 5P1GA 4IVTA 1UPJA 2P3BA 1NH0A 2ZJMA 5P4XA 1BXQA 1B6KA 2PC0A 1T6EX 5P89A 3GI4A 3OGPA 5P39A 5P5EA 3OADA 4Y4XA 1M4HA 5E5KA 5P7DA 1HVKA 3O9LB 5P1OA 5P2ZA 5P7NA 1LYAB 2G1NA 4EYRA 4Y3EA 3IAWA 5P6FA 1SIPA 3UHLA 3APRE 2VS2A 2WJOA 2R3TA 5P0HA 5P5QA 5IS4A 2ZJIA 3PM4A 4PZWA 5P4CA 5P8PA 4GJ5A 2HPFA 4FS4A 3UF3A 3NXNA 2QHYA 5P1AA 3DK1A 4YCTA 5P1WA 2PK6A 1TW7A 3GGAA 5BWYA 5P2AA 3O9FA 5COKA 4GJ9A 3QPJA 4L1AA 4Y45A 3KYRA 3TLHA 5F00A 5P5JA 1QS8A 3QVCA 3HVPA 5P0BA 5P8KA 3L5BA 4FRJA 1LF4A 5BS4A 4OBZB 5P6KA 2PK5A 3GGUA 4Y5PA 5OZNA 5P6VA 6UPJA 2B7ZA 4J1HA 1ME6A 2XFIA 5P2JA 4Y5AA 1BDLA 3K1WA 2PH8A 3LZVA 3OQDA 3IXJA 4H3IA 4GB2A 4NJSA 2QNPA 1IIQA 4Q1XA 5P4UA 3TKGA 3L5DA 4KE0A 4Y35A 5DR3A 3VLAA 1TCWA 2PSVA 3KN0A 1TSQA 1SBGA 1MRWA 2AZ9A 3JVYA 3N4LA 3TTPA 5P6WA 3OQFA 5P22A 5OZ0A 3I8WA 3TPRA 4AUCA 1HIHA 5HU1A 5P0GA 2AOJA 2F3FA 2QI4A 4Y41A 5P0YA 4KE1A 5P5BA 3O9EA 2AOGA 5P61A 5P34A 2V13A 4FM6A 1FG8C 2H6TA 1HPOA 1BVGA 1EEDP 1C6XA 3SPKA 2EWYA 4ZPEA 2IKOA 2ZHRA 2O4NA 5P0EA 5DR1A 4Y4BA 4Y4AA 3OUCA 4Y4TA 1HTFA 1HEFE 4UPJA 5P0RA 4PZXA 2OHLA 2I4DA 1VIJA 3SAAA 5ISJA 5P8QA 4K4QA 3ZL7A 3OQKA 1K6VA 3EC0A 2VJ9A 5IVQA 3S45A 1SDUA 2QI6A 3NLSA 5P7QA 5P62A 1QDMA 4R5NA 4NKKA 3UDKA 1HWRA 4J0VA 5DQ2A 3TPJA 1MIQA 3VFBA 2A1EA 4FRIA 5P18A 2ZHSA 2OF0A 5OYUA 2UY0A 1YTGA 4LAPA 2ZJKA 4DPFA 4FSEA 1EPPE 4H3JA 3IXOA 3I7EA 1KJ4A 1QBRA 3PVKA 5P7EA 3ER3E 3SM1A 5P4WA 3EKWA 1MT9A 4L6BA 2O4SA 4Y5CA 5P26A 3UTLA 2I4WA 4CP7A 4Y4UA 2QCIA 4GJAA 3OTSA 3OK9A 3KT5A 1BILA 1ODYA 1LZQA 3T3CA 3INHA 3PCWA 4Y3TA 5P1VA 5KOSA 1PPLE 4Y44A 4FM7A 5P2CA 5P0NA 2QHZA 2JJIA 5P1JA 3UFLA 3OWNA 3OXCA 5P0AA 5P1KA 1K6CA 2G69A 5P3FA 5P1XA 5P03A 4Q1YA 3MXEA 5P50A 4HEGA 3ZKNA 4B1DA 2V0ZC 1MESA 4YCKA 1ZPAA 1T7IA 2O4KA 1OHRA 1FMBA 1BV9A 5P5FA 2V11C 1BXOA 4RVXA 2VJ6A 3O9LA 3O9BA 5P0OA 3EKTA 2ZYEA 1LYAA 3PB5A 5I70A 5P7KA 5P7MA 3OOZA 1Z1RA 4Y57A 5P85A 5T4SA 4YOBA 2Z54A 2WF2A 4DUSA 4J55A 1ODWA 2OHTA 4Y3XA 2HM1A 5P8CA 1XE5A 2UXZA 3K5FA 4YA8A 1WBKA 4I8ZA 4RLDA 5DR4A 4E43A 1LYWA 5P06A 5OZSA 5P1BA 5P1CA 4OBZA 4RCDA 3SFCA 3PI5A 3S2OA 5P8JA 5P0TA 3UQPA 3I2LA 5P3AA 3ZKSA 3SA4A 5HDXA 4Y3AA 2R38A 1ZTZA 4Y58A 4X7IA 5PEPA 1FIVA 5P2XA 4GMIA 3SA8A 2HPEA 5P3OA 2JE4A 1DIFA 4HZTA 5P71A 2FNSA 4YD6A 2IENA 5I3WA 1APUE 5P1DA 5P80A 4Y4GA 1ZSRA 4Y56A 2P3BB 3HBOA 3EL0A 5P3MA 1WKRA 2QMDA 3INDA 4WTUA 1HVSA 4Y37A 3RU1A 2OHNA 3R1GB 3NWXA 1AM5A 2IEOA 3NU5A 5KR2A 3OADB 4Y43A 3GI0A 1EPME 1W5XA 5P6RA 3OHFA 5C9FA 3INFA 1KJFA 1FQ7A 4CPUA 5OYTA 2NMYA 4J1IA 4GYEA 5P4ZA 3B80A 1C6ZA 3CYWA 5P4VA 1PSNA 3LIZA 4DQEA 1G6LA 4Y3RA 1MT8A 1D4LA 3QAAA 4Y4WA 5P2IA 2F81A 1T7KA 2NXMA 3OU4A 4K8SA 3IVHA 3GGXA 4Y5BA 2XYFA 2FS4A 3EKVA 1HPXA 5P3BA 5P49A 4L1AB 5HDZA 3UQXA 5OZUA 5OZGA 4QJAA 1RQ9A 5P35A 3PBZA 1XE6A 4Y3JA 5OZCA 5J25A 1TQFA 5P5MA 5HE4A 3EBZA 3FKTA 4ER2E 4GJDA 1E81E 5P3HA 2RENA 4XX3A 2BKSA 5P8TA 4B00A 5P38A 4D89A 5P08A 5P8LA 4YHQA 4K4PA 5DR7A 1AVFA 1K2BA 2V10C 5P1FA 5OZJA 3QBFA 1RV7A 5COOA 5P2MA 1NPWA 1K2CA 3EL1A 3T6IA 1MERA 2QD8A 4U7QA 1HHPA 1D4YA 1K6TA 4JECA 3IXKA 2MIPA 5P6JA 3OU1A 5ENMA 4DJQA 4HLAA 2V00A 3SKFA 5P2FA 4FAFA 2AVMA 2NMZA 2O4LA 5KOQA 4Y9WA 4F76A 5P44A 1B6MA 5DQ1A 4I0HA 4R8YA 3CMSA 1PPME 4ZPGA 5P52A 3O99A 2G26A 4DJPA 4KUPA 1QBUA 2I4VA 3O9DA 5P0ZA 5P5AA 2FMBA 3PGIA 2QU2A 5AHAA 4Y5MA 3INEA 4YCYA 3OHHA 5P59A 2BPVA 2I0AA 3T7PA 2HB2A 3OXWA 3PI0A 3PLLA 1FMXA 4Y51A 4PPHA 3S8IA 4RRSA 4J1KA 4GJ7A 3VV6A 1IZHA 8HVPA 3G6ZA 5JFPA 5P7SA 2G21A 2ER0E 3SM2A 1T3RA 1HXWA 5IVSA 5P4OA 5OZBA 4NJTA 2IDWA 5P01A 1HVHA 2QZLA 3OY4A 5OZHA 4B70A 1M43A 3CIDA 4EJ8A 1MTBA 3U7SA 3FSMA 3UCBA 5P79A 5EZZA 5P8RA 1BV7A 4ZSQA 2O4PA 5P6DA 2AZCA 3PEPA 4PHVA 5P6AA 3EKYA 1MRXA 3CICA 4RVIA 5P0SA 5P43A 1DW6C 4OC6A 2J9KA 4TRZA 2JJJA 5I3YA 4DJWA 3BXRA 1MPPA 5P8IA 3EKXA 3L59A 5P87A 2ZHUA 3OXXA 5P7YA 4J1CA 3S7MA 1A8KA 4I0EA 2UPJA 5P3EA 3EMYA 5P8OA 1XDHA 5P8UA 5P65A 3RVIA 3PRSA 5OYXA 5P8NA 4F75A 2QU3A 2HC0A 3VFAA 4Y3LA 4QJ6A 5P3DA 3ZKMA 3T7QA 5P5UA 5P4DA 4Y4ZA 2IGXA 3O9AA 3NWQA 4FCOA 3PBDA 4HDFA 5P3KA 3IA9A 1HVIA 4MC1A 4J0TA 5P81A 4Y50A 5P23A 1A8GA 1JLDA 5OZQA 1G35A 5P5OA 3BGBA 4A4QA 2IL2A 2ZJHA 3RSXA 2RKGA 5AGZA 5AH7A 5OZIA 5P1IA 3N3IA 2PYNA 2QI3A 3T11A 5P4LA 3KFSA 3UDQA 1LYWB 3QIHA 1AAQA 4HE9A 4FRKA 1XN2A 1YTHA 2WF4A 2P83A 1TCXA 1W5VA 1SDTA 1TSUA 1B5FA 5UPJA 3LZYA 5OZTA 5KQXA 1TZSA 2NNPA 5P78A 3JW2A 5P0WA 3EM3A 5P0FA 5P3YA 1FKNA 4APEA 3UDNA 2HAHA 2AOHA 4S1GA 4Y38A 4QJ7A 3Q6YA 5JG1A 3UDJA 3FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0D A;  1KZK A;  4CPW A;  3WB4 A;  3WZ8 A;  2R5Q A;  3NYG A;  4Y3Y A;  1FQ8 A;  3D1X A;  5P3V A;  2V16 C;  1GNM A;  5P66 A;  3ZKX A;  3LPK A;  1GVT A;  4Y36 A;  3OXV A;  4J0P A;  5P5K A;  3PSG A;  4FL8 A;  1FQ6 A;  3D91 A;  4F74 A;  4ACU A;  2O40 A;  3VCM A;  4B72 A;  5P6Y A;  1B6L A;  3ECG A;  1HSH A;  2AZB A;  2FIV A;  5P45 A;  5P6X A;  4DQG A;  3G72 A;  5SY3 A;  4NPT A;  4Y47 A;  3DOX A;  3ZKI A;  4EPJ A;  5EZX A;  5JFU A;  3MSJ A;  3IN4 A;  3I6O A;  5P42 A;  1DAZ C;  3SAB A;  2FDP A;  5P8F A;  1YT9 A;  1YM2 A;  2RSP A;  1YG9 A;  2QHC A;  2WHH A;  2ZJL A;  4Y3F A;  2OHK A;  3GI6 A;  5P17 A;  4A6C A;  5OZZ A;  5P7I A;  2PSG A;  1ZJ7 A;  4H3F A;  1PFZ A;  3Q5H A;  5P88 A;  4FM8 A;  2IRZ A;  2WEC A;  3PSU A;  3URI A;  5P2B A;  5DR8 A;  1SH9 A;  2VA7 A;  3ZMG A;  5P7H A;  5P40 A;  1SMR A;  2RKF A;  2VIE A;  5P3T A;  2QI5 A;  4ER4 E;  3SAC A;  3HVG A;  2WEZ A;  3BXS A;  3PCZ A;  5P13 A;  4CPX A;  1QBS A;  4ZPF A;  5P37 A;  5P8E A;  1OEX A;  1XN3 A;  5ER1 E;  4GZF A;  3H0B A;  2HIZ A;  5P29 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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