3VEUA

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-avi326
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
389
structure length
380
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 380
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3veuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3veuA02
5P8TA 5JFUA 1OEXA 1VIKA 3CIBA 5P7YA 4Y3QA 4Y48A 3EXOA 1DP5A 2I0AA 5P0OA 1YM2A 5HE4A 4WY6A 2WKZA 4L1AB 1EBWA 1HOSA 3EKQA 3Q5HA 4LHHA 5P3IA 4LL3A 5P8IA 5P4PA 1HPVA 5P3DA 2WEAA 4YBIA 3SFCA 5P5BA 5DR7A 3VYFA 5P0AA 2IRZA 1MRXA 5AH7A 3IA9A 1BAIA 5BWYA 2Q11A 2B8LA 1MPPA 4J55A 2HS1A 5P45A 3APRE 5OZYA 1FMXA 4FRJA 5P6LA 1HPOA 5P7JA 4Y5CA 4Y4TA 4DJOA 3OQDA 4R93A 3LIQA 4R92A 5P6WA 3D20A 5P5GA 4QJ2A 2UPJA 3OAGB 5P5SA 1E82E 1CPIA 4B70A 1GNNA 2PQZA 5OZ7A 5P6XA 3BVBA 2XYFA 1UH7A 2ER7E 4PHVA 3ZKGA 5P17A 3EKTA 4J0TA 1TCWA 4YBFA 2WECA 1MSNA 3RVIA 2EWYA 4Y58A 4NJUA 1SDTA 3VYEA 5OZKA 1QRPE 5P3UA 5P14A 5P32A 5P10A 5OYZA 1EBZA 3TPRA 3L5CA 5P82A 4H1EA 4DQCA 1AM5A 3BUGA 1HHPA 3O99A 5P0XA 1SIVA 4FL8A 5P7MA 5P0ZA 3VLBA 5FIVA 5OYVA 1BWAA 5JFPA 5PEPA 1HSHA 5P4CA 4LP9A 3O9EA 4J1HA 4YD3A 5P3LA 5P6EA 2ZJIA 3I25A 5P86A 3VUCA 2WEBA 4TVGA 2ZE1A 5P1GA 4DQFA 2P3CA 2NR6A 5P0MA 1IVQA 3L5FA 5P0JA 3C9XA 1KJ7A 1QBUA 4RYCA 2ER0E 5P5WA 5P83A 3QROA 5P3ZA 5KR8A 5P5YA 5P0NA 2QI3A 4I8ZA 5DQ2A 5P78A 2QMGA 1OHRA 5P0RA 3KDDA 4RCFA 3PBZA 1WBKA 5P1LA 4B1EA 5P2IA 5P7FA 2J9JB 5DGUA 2I1AA 5P8NA 4YCYA 4HDPA 3SA4A 3IGBA 3HD8A 4Y6MA 4I0HA 1FB7A 4CPRA 5B18A 5ISJA 5P6FA 2ASIA 4FIVA 2HM1A 5OZDA 4A6BA 4Z4XA 2ZJNA 3MSKA 1ODWA 2QI4A 5P3PA 3URLA 2RMPA 2I4UA 3BGBA 3OWNA 3KA2A 2RKGA 5P2DA 3D1YA 1OD1A 3T7QA 3CYWA 5P3RA 5P1TA 1KJ4A 3QAAA 1QBRA 1BXQA 3SPKA 5P66A 1XL2A 2FDDA 2QI0A 4NPTA 4GB2A 5P00A 4JPEA 3KFNA 4B00A 4DFGA 3NU5A 5P6GA 3OU4B 3IN3A 3NUJA 2BJUA 4EYRA 5P5FA 3ZKSA 5P1FA 4H3GA 1YTHA 1K2BA 3EL9A 4Q1NA 4J0ZA 1C6ZA 4HDBA 1GVXA 1ZPKA 4DI2A 3DJKA 1YX9A 5HDXA 3S54A 3VFAA 3S43B 4ZLSA 5KOQA 4HE9A 5P1MA 4U7QA 1MESA 5KQZA 1GVUA 1FQXA 2HPFA 1EC0A 1EBYA 5P4LA 5OZPA 5P34A 2QHCA 4J0YA 5P2GA 5P62A 3EKPA 2ZJKA 1YM4A 5P6RA 3ZL7A 4ZSRA 1W5WA 4CPXA 5P5CA 1DW6C 3OQAA 1HWRA 2QD7A 3TL9A 4ER1E 3OU3A 1FMBA 1FQ8A 3NXNA 4U7VA 4D8CA 4DJRA 3UDPA 1ZAPA 3FX5A 3QS1A 4GJ5A 1RQ9A 1B5FB 1HRNA 3VG1A 1BV9A 5HDVA 3OXCA 5P74A 3TNEA 1AJXA 1LF2A 3OU1A 1MT7A 3HLOA 4LXKA 1T6EX 5F01A 5TOLA 4AA8A 1FQ5A 1ZP8A 3TOGA 4EXGA 5P57A 2AZ9A 3QPJA 4J1IA 4OBJA 5P7IA 1MRWA 3SKGA 3TLHA 5P7CA 2B42A 3PMUA 4EXHA 4OBHA 5AH6A 5P0VA 5P13A 5P7GA 5P2MA 3KFSA 1EAGA 4FCOA 4Z22A 5P3MA 2I4QA 4DQBA 2IL2A 5P6SA 2ZDZA 3Q3TA 1JLDA 4X7IA 3OUBA 2G22A 3WZ8A 5P3QA 1M0BA 4FGXA 3UDRA 5P50A 3IXJA 3ZKXA 1W6HA 5P72A 4LXAA 4DVFA 5P36A 5P5QA 2Q55A 1K6VA 2F3KA 4RVXA 4FM8A 3DK1A 2R5PA 4DJYA 4FM7A 3UDJA 2I4XA 3PI0A 2NNPA 2JYSA 5AGZA 1HIHA 5P54A 2JJIA 5P2CA 5P48A 3S2OA 3HDKA 1APVE 2UY0A 3QRVA 2HAHA 4Y3JA 5OYXA 5P38A 4I0GA 1CMSA 5P11A 3DCKA 4Y5EA 2R3TA 2OHPA 3I8WA 3U7SA 4GJDA 2VNMA 4I0ZA 5ENMA 3VV8A 3EL5A 3HAUA 4FE6A 3EM4A 1BXOA 1M4HA 3L38A 2AOGA 3ST5A 4Y3NA 1B6JA 4Y3SA 5P58A 2VJ9A 2VA6A 4YDGA 1BILA 3UQPA 3HBOA 5P80A 4Y4XA 4Y4JA 1TSQA 9HVPA 4OC6A 2FNSA 2Z54A 5P6VA 3LIXA 3MSJA 1XN3A 2WF3A 1ZTZA 5HVPA 3O9FA 3PLDA 3PHVA 5P1KA 5OZ1A 2MIPA 4Y3MA 2PH6A 3PCZA 2AODA 3CMSA 5OYQA 4Y3GA 2O4SA 5P37A 5OZ4A 2VIZA 2VIYA 3MXDA 4OBDA 4OBGA 1AXAA 4ZSMA 1VIJA 3VSWA 2XFKA 1YTGA 2JJJA 3TKWA 3EKYA 5DR1A 1B6PA 3LNKA 2SAMA 2QK5A 5P4RA 2VJ6A 2QNPA 4I12A 3KYRA 4EJDA 5P3OA 3L5DA 5P5RA 4DJPA 3UDQA 1DAZC 2O4KA 4L7JA 2AOJA 4XX4A 5P4BA 2Q3KA 1IIQA 4DJQA 4I1CA 5P4NA 7UPJA 1LZQA 3SKFA 1RL8A 5P61A 3PM4A 4Y5MA 2PMAA 1FG6C 3NSHA 3Q70A 2OHMA 1SGZA 4OD9A 1GNMA 5I3XA 1T3RA 4ZIPA 1XL5A 4ZPEA 4YDFA 5OZGA 5P4EA 2CENA 1HTRB 1DIFA 1META 5P16A 3GI4A 3HW1A 4GJ6A 3OQ7A 2CEJA 2QMDA 1Z1RA 5OYWA 3NYGA 5P4JA 5P28A 5I3YA 4FRSA 3NDTA 4QJAA 2BBBA 5P6PA 1AIDA 2OHTA 4PYVA 3S8IA 4TVHA 2G27A 5OZ8A 3R2FA 3PWRA 3RTNA 5P5VA 2G1SA 2AVVA 5P29A 4Y3EA 1HPSA 3G70A 3Q4BA 5E5JA 2ZGAA 2AVQA 3ZLQA 3SA8A 5DGWA 4J1CA 5OYRA 2HPEA 5P3KA 5OZZA 5OYYA 1TW7A 4R91A 3TTPA 3OTYA 4EQ0A 2BPVA 5P1RA 2ZHSA 2G20A 5AHBA 5E5KA 1FQ7A 3TOHA 2F8GA 3K5DA 1MUIA 2R8NA 5P5IA 4L1AA 3PWMA 5P52A 4J54A 4Y39A 5P77A 2AOCA 4YD5A 1ER8E 2IKOA 4ZPGA 3UQWA 3O9CA 2JXRA 4DH6A 3I6OA 4ER4E 3LITA 5P8GA 1A94A 3OGPA 5P19A 3EBZA 2QP8A 5OZBA 3ZPTA 3NU3A 1GVVA 1KJFA 3VCMA 3NXEA 4Y3FA 3VF7A 5KR2A 3F9QA 4K8SA 1IZDA 5P4KA 3BC4A 3FNTA 4Q5MA 2P8HA 2QI5A 4PZWA 2RENA 2WF2A 5P69A 3QIHA 1FIVA 4Y4GA 1NPVA 4DQHA 2VA7A 2PSGA 3OAGA 4DUSA 5P8VA 3QBHA 4M8YA 5OZWA 2NXDA 4MC2A 5HD0A 1C70A 4Q1XA 2HB2A 2A1EA 1MTBA 5P5NA 4CPTA 4Y5KA 5HDZA 5P63A 3S53A 3ZKIA 3SA5A 5P60A 1IZHA 5OZVA 1SDVA 3PJ6A 4H3JA 5T4SA 3UDYA 4PZXA 1M43A 7HVPA 2ZJLA 3A2OA 4YD4A 5P3WA 5P5AA 3AUPA 5C9BA 2ZHTA 4K4QA 1LS5A 3O9DA 2AVSA 3ZMGA 5P75A 3WZ6A 3K4VA 4Y4AA 4Y43A 3VFBA 5P3AA 5P4VA 5P55A 1DMPA 3KDBA 4R95A 4Y4WA 2P3BA 3GW5A 5P4IA 5OZNA 5P3GA 3UTLA 4Y3TA 4QJ8A 5P2YA 3LIZA 2NXMA 1EPQE 5P4WA 5P27A 5P81A 1PROA 4OBFA 2V16C 5OZOA 5P4UA 4DQGA 3CYXA 5IVTA 5P0EA 2O40A 3CKPA 4A6CA 1T7KA 3QBFA 3EM3A 5P25A 3OQKA 1T6GA 2FDEA 4J0PA 3GGXA 5I3VA 5P7LA 4NJTA 3CKRA 3RSXA 3EL0A 1FKNA 3HZCA 5P5EA 5P4YA 2FXDA 2JE4A 2NTRA 2J9JA 3LPJA 3OHHA 1TSUA 5P7QA 2QHYA 3UPJA 5P6NA 2AQUA 3DCRA 2IDWA 3UHLA 4RCEA 3L58A 1Z8CA 2VA5A 4Y35A 1N49A 5P1HA 1BVEA 1K2CA 4HVPA 2XYEA 5P71A 4KUPA 1FQ6A 3WSJA 3NU4A 5P84A 2BKSA 4OBKA 5P3YA 4I0FA 2VIEA 2NXLA 5P2TA 3TPPA 2ANLA 2G1YA 2O4NA 1LF3A 5KQXA 2Q5KA 3INFA 3T7PA 4LXMA 5P8LA 4Y3PA 3ECGA 5P87A 5P04A 2Q63A 3R0YA 3VLAA 5P5ZA 2QU2A 3CKTA 4Y4BA 3G6ZA 5P5DA 2FS4A 2IQGA 3PMYA 5P3NA 5P59A 2ZHUA 1XDHA 4K9HA 2R9BA 2VJ7A 3K1WA 5P76A 3O9BA 3OADB 4GZFA 3S43A 2G1NA 3S7LA 2R3WA 5P4GA 4FLGA 4Y45A 4NJSA 3R4BA 5P3VA 1FFIC 3KT2A 1YT9A 1SMEA 4AZYA 4HA5A 4I0DA 3OUCA 5AH9A 3LIVA 3IAWA 3K5GA 3BXSA 4Y41A 1BIMA 2RKFA 2OHSA 4KE0A 3B7VA 2IEOA 1HBVA 3D1XA 4J0VA 4Y5LA 2V0ZC 3BUFA 4MC9A 5P39A 5P26A 3IXOA 2B60A 2VNNA 3SACA 2OF0A 1EEDP 5P4AA 3GI0A 1U8GA 3GGVA 3KFRA 1BDRA 4QGIA 4LC7A 4JOOA 4D89A 3DV1A 4YOBA 5P0CA 5P5MA 5P7OA 4Y36A 2G94A 1FFFC 4Q1YA 5P5OA 1B5FA 4I0IA 2H6TA 4DPFA 2B8VA 4I0JA 1EPRE 1MERA 5P18A 1MEUA 1PPLE 3BVAA 3NWXA 5AHAA 3Q6YA 5P1BA 5EZXA 5P08A 3QN8A 3FNUA 5P6CA 3JVWA 1MTRA 5HE5A 1LYAB 1G0VA 5P8CA 3FSMA 2HS2A 3PSUA 2FXEA 4LAPA 4KB9A 2OHKA 5P1UA 5P1AA 4YE3A 4Y4DA 3ZOVA 5P2JA 1HTGA 1HVIA 4BFDA 5P5XA 1MIQA 3SA6A 2I0DA 2AOHA 1KJGA 4J5JA 5CLMA 4H3FA 1QBSA 1EC3A 5ENKA 5P7RA 4Y3LA 5P8PA 3EM6A 1HSGA 4M8XA 5P20A 5P2UA 1SH9A 5P2WA 4WTUA 2QHZA 1HXWA 4NPUA 3KF0A 2QD6A 4Y3AA 5P22A 1ME6A 5OZSA 5P70A 1K1TA 4LBTA 1IDBA 3VV7A 5I3WA 1IDAA 2PK6A 1A8KA 1W5VA 5P1JA 3IVHA 2ZJJA 4CPSA 5P40A 2AOEA 5P47A 5P03A 1EC2A 5C9DA 5P0QA 4R5NA 5OZAA 3SAAA 4UPJA 4Y3ZA 1FG8C 5COKA 5P33A 4L7GA 5P3HA 5DPZA 1RNEA 2PC0A 5P7SA 5P6DA 4Y38A 5P8OA 4F74A 4B1CA 5P8RA 5P3EA 2UXZA 4Y5BA 5P0PA 3KN0A 3K4VC 4FAEA 1B6KA 2AZCA 3RU1A 2J9KA 2OHRA 3O9HA 4AA9A 2BPZA 3OOZA 2F80A 3L59A 5P6ZA 5P7XA 3KT5A 2VIJA 3UQRA 5OZHA 4NJVA 1MT8A 4GJBA 3INEA 5OZQA 3RTHA 2QAKA 4HLAA 5P8SA 4CPQA 4OBZB 3S56A 5P8HA 4EJKA 4COEA 1W51A 5P2ZA 3DM6A 1FEJC 3KDCA 5P3XA 2Q54A 2ZHRA 2ER9E 3T3CA 1XN2A 1TCXA 1PSOE 3UCBA 3OXVA 5P0HA 4Y3HA 2ZJHA 4D85A 5P6JA 2G69A 4CP7A 1K6CA 5P6AA 5P4HA 5P1VA 1UH9A 1PSNA 4GYEA 5SY2A 4FRIA 3VF5A 5P06A 4R8YA 2PH8A 5OYSA 4Y3DA 3UQUA 3RSVA 1EPPE 4XX3A 1ZLFA 2NPHA 5P7KA 1F34A 5P05A 5P6BA 1D4JA 4CPUA 5P5UA 3DV5A 1A30A 4Y3WA 2F3EA 3ZKNA 1SIPA 4Y44A 3TKGA 5P4XA 1PPME 1NPAA 4E43A 4BELA 4OC6B 4GJAA 5OZFA 1MT9A 4K4PA 3EC0A 5P8KA 4B72A 5P0FA 3PB5A 1LYBB 2G24A 3BHEA 3L3AA 4DJWA 3AIDA 4HDFA 4EHCA 4TRWA 3INHA 1K6TA 5IVSA 1HVRA 3SM1A 5IS4A 5P3TA 3BXRA 4EP3A 4FSEA 4QJ9A 4JECA 2BQVA 1HVLA 4YCKA 5P4SA 3OQFA 1IZIA 4J1EA 3U71A 1G6LA 5P43A 4Y47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8T A;  5JFU A;  1OEX A;  1VIK A;  3CIB A;  5P7Y A;  4Y3Q A;  4Y48 A;  3EXO A;  1DP5 A;  2I0A A;  5P0O A;  1YM2 A;  5HE4 A;  4WY6 A;  2WKZ A;  4L1A B;  1EBW A;  1HOS A;  3EKQ A;  3Q5H A;  4LHH A;  5P3I A;  4LL3 A;  5P8I A;  5P4P A;  1HPV A;  5P3D A;  2WEA A;  4YBI A;  3SFC A;  5P5B A;  5DR7 A;  3VYF A;  5P0A A;  2IRZ A;  1MRX A;  5AH7 A;  3IA9 A;  1BAI A;  5BWY A;  2Q11 A;  2B8L A;  1MPP A;  4J55 A;  2HS1 A;  5P45 A;  3APR E;  5OZY A;  1FMX A;  4FRJ A;  5P6L A;  1HPO A;  5P7J A;  4Y5C A;  4Y4T A;  4DJO A;  3OQD A;  4R93 A;  3LIQ A;  4R92 A;  5P6W A;  3D20 A;  5P5G A;  4QJ2 A;  2UPJ A;  3OAG B;  5P5S A;  1E82 E;  1CPI A;  4B70 A;  1GNN A;  2PQZ A;  5OZ7 A;  5P6X A;  3BVB A;  2XYF A;  1UH7 A;  2ER7 E;  4PHV A;  3ZKG A;  5P17 A;  3EKT A;  4J0T A;  1TCW A;  4YBF A;  2WEC A;  1MSN A;  3RVI A;  2EWY A;  4Y58 A;  4NJU A;  1SDT A;  3VYE A;  5OZK A;  1QRP E;  5P3U A;  5P14 A;  5P32 A;  5P10 A;  5OYZ A;  1EBZ A;  3TPR A;  3L5C A;  5P82 A;  4H1E A;  4DQC A;  1AM5 A;  3BUG A;  1HHP A;  3O99 A;  5P0X A;  1SIV A;  4FL8 A;  5P7M A;  5P0Z A;  3VLB A;  5FIV A;  5OYV A;  1BWA A;  5JFP A;  5PEP A;  1HSH A;  5P4C A;  4LP9 A;  3O9E A;  4J1H A;  4YD3 A;  5P3L A;  5P6E A;  2ZJI A;  3I25 A;  5P86 A;  3VUC A;  2WEB A;  4TVG A;  2ZE1 A;  5P1G A;  4DQF A;  2P3C A;  2NR6 A;  5P0M A;  1IVQ A;  3L5F A;  5P0J A;  3C9X A;  1KJ7 A;  1QBU A;  4RYC A;  2ER0 E;  5P5W A;  5P83 A;  3QRO A;  5P3Z A;  5KR8 A;  5P5Y A;  5P0N A;  2QI3 A;  4I8Z A;  5DQ2 A;  5P78 A;  2QMG A;  1OHR A;  5P0R A;  3KDD A;  4RCF A;  3PBZ A;  1WBK A;  5P1L A;  4B1E A;  5P2I A;  5P7F A;  2J9J B;  5DGU A;  2I1A A;  5P8N A;  4YCY A;  4HDP A;  3SA4 A;  3IGB A;  3HD8 A;  4Y6M A;  4I0H A;  1FB7 A;  4CPR A;  5B18 A;  5ISJ A;  5P6F A;  2ASI A;  4FIV A;  2HM1 A;  5OZD A;  4A6B A;  4Z4X A;  2ZJN A;  3MSK A;  1ODW A;  2QI4 A;  5P3P A;  3URL A;  2RMP A;  2I4U A;  3BGB A;  3OWN A;  3KA2 A;  2RKG A;  5P2D A;  3D1Y A;  1OD1 A;  3T7Q A;  3CYW A;  5P3R A;  5P1T A;  1KJ4 A;  3QAA A;  1QBR A;  1BXQ A;  3SPK A;  5P66 A;  1XL2 A;  2FDD A;  2QI0 A;  4NPT A;  4GB2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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