3VF3A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bqq711
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vf3A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vf3A02
5P32A 5P2ZA 3RSVA 5P3MA 5P3IA 4J0YA 1C6YA 3LZVA 5P81A 5KQYA 1FG8C 1LF4A 5P3GA 5DQ4A 5AHAA 2F80A 2ZJKA 4IVTA 2XFKA 5P5OA 4L1AA 1K6CA 3DV5A 5P1ZA 4K8SA 2AOHA 5P3OA 3SPKA 2VIYA 3SFCA 1ENTE 1GVVA 4OBFA 2JJIA 2NNPA 2AVSA 4HEGA 1HVSA 2NMZA 3PM4A 2OAHA 3LZUA 5P1IA 2OHRA 2PK6A 1ER8E 2WJOA 5P0QA 5P2SA 4J0TA 5P49A 5J25A 3SA9A 5COPA 1MERA 1HIVA 5P47A 4BFDA 4B72A 4LHHA 1BIMA 3DCRA 1W5YA 5P0OA 3ER5E 5P1YA 3OK9A 1SGUA 3O9DA 3L5CA 3O9BA 2QZKA 4FLGA 3EL4A 1LYBB 2O40A 3I7EA 3PLLA 1GVUA 2B8VA 3K5DA 2VA7A 4Y3RA 4ZPFA 2PQZA 4Y3XA 4Z4XA 3HAWA 4N00A 5OZ5A 5P2WA 1FEJC 2QP8A 2O4KA 3RTHA 1B6MA 1EPOE 9HVPA 5P5TA 5OZ6A 5C9DA 3OXXA 4XX3A 3KMYA 3VG1A 2BPZA 5P7GA 5P1TA 4R95A 5P68A 3DUYA 1IZDA 5OZ4A 4EXGA 1HVRA 5F01A 1EPNE 4DQBA 1D4YA 3KFSA 3OOZA 4K4QA 5P6ZA 3LIZA 3LHGA 5P0KA 2APRA 4Y37A 1MEUA 3VYDA 1E5OE 5IS4A 3D1XA 5P1GA 5P45A 1RNEA 3TPRA 4ZSRA 2H6TA 4J55A 5P6LA 4RGHA 2V16C 2R8NA 4RYCA 3K4VC 5P3QA 5P56A 5P34A 1QS8A 1G0VA 2PH6A 2IEOA 1BXQA 4Y3FA 5P7JA 5P8DA 5P4UA 5P51A 2Q15A 4FGXA 5PEPA 3PSYA 4YDGA 5P7OA 3GGUA 3SA7A 3K4VA 3INDA 3QI1A 5P4XA 5P4PA 3UPJA 3VLAA 3K5FA 3Q70A 1YTHA 4MC1A 2R5QA 4QJ6A 5OZBA 5ISJA 3BGBA 3BXSA 3D91A 7HVPA 5HE7A 5P4GA 5P53A 4CP7A 1K2BA 4U7VA 3HAUA 2XFJA 5P5VA 3PB5A 5KR0A 1BXOA 3L38A 2O4PA 4QJ7A 4DV9A 3OXVA 5P87A 1F34A 1OHRA 5KQFA 1MRWA 4EQJA 4DQHA 3O99A 2V00A 4H3FA 1C6ZA 3NSHA 3BRAA 2H6SA 1HSGA 5P05A 2IENA 3SA8A 1BAIA 3PCZA 5P0JA 3ZKIA 2QNQA 4YD7A 4MC6A 3GI6A 4ZIPA 3O9LB 1SMEA 5P39A 3DM6A 1Z1HA 1UH8A 1LYBA 4YDFA 2OHPA 2I4DA 4CPWA 3PMYA 1ZSFA 4Y5BA 1HXWA 2B60A 5P24A 4NJSA 4J1IA 2AVQA 2FS4A 2WHHA 3BHEA 1N49A 3QN8A 4ER1E 3APRE 2QI6A 5P4FA 5P8TA 3KN0A 2OHUA 1T7JA 1BV7A 4AA9A 5AHBA 5HU0A 5P8KA 3PWMA 2A1EA 3OTSA 2R3TA 3EM4A 1MTRA 5UPJA 4Q1NA 2IDWA 4S1GA 1YM4A 1C6XA 5P86A 1LYAB 3SLZA 5P84A 2ANLA 2Q11A 4LC7A 1W51A 1QDMA 2WEAA 2WEBA 4D88A 2BQVA 2ZYEA 1ODYA 1BBSA 3QIHA 2J9JB 4Y51A 4R5NA 5OZUA 3IGBA 4B1CA 5P4RA 1LYWA 5P25A 3OU3A 4RYGA 1Z1RA 3H5BA 5ISKA 2I4QA 4WY1A 4DJXA 1SMRA 2F81A 3GGXA 5P1DA 3KDBA 4Y47A 1T6GA 3VSXA 5P4AA 4TVGA 5P1PA 5P5AA 1EC1A 4DVFA 3UQWA 4FAFA 1M0BA 4RCEA 3UFNA 2MIPA 5P8MA 1D4KA 3INEA 5P14A 5FIVA 4RZ1A 1SGZA 4Y3YA 5P72A 3ZPTA 3UQUA 2F3FA 1K2CA 3LINA 3OUCA 2NMYA 3MSKA 3OXWA 4DPIA 5P3TA 1KZKA 1APTE 3SKGA 5OZHA 5B18A 2FXDA 3T7PA 5P1OA 2Z54A 3IA9A 4Z22A 5P8BA 4Y5GA 1SDVA 4J0ZA 4LAPA 5OYSA 3QAAA 5I3XA 3APPA 1AJXA 5IVQA 3O9LA 3WB4A 1YTIA 1IDAA 3QRMA 4Y3ZA 5P3FA 5OZFA 1F7AA 4DQGA 4Y5AA 1XS7D 5P30A 3VEUA 4D85A 3UQPA 4FE6A 5P8CA 3IN4A 5P3VA 1EBKC 3EKWA 5P5EA 2FGUA 4Y36A 2ZJIA 3DV1A 2BB9A 1EC0A 5HDVA 2AQUA 1W5WA 2G94A 2AOGA 2VA6A 5P4MA 1QBRA 3EM6A 5P6FA 4Y43A 1MT7A 1LYAA 2I0DA 5P2UA 5P8NA 5OYTA 4TRYA 3O9FA 3GGAA 4Q1YA 5AH7A 3OQAA 3FKTA 5P0UA 2QI1A 1ZSRA 2JE4A 3GW5A 2RMPA 2B8LA 3NR6A 5KR1A 5OZ2A 5DQ1A 3FNSA 5KOQA 2Q63A 3EL0A 1HTEA 1HVCA 3FX5A 5P2EA 5P35A 4DJRA 1BDRA 5DR1A 5OZWA 2IRZA 2G1RA 2OHKA 4I0HA 4I8ZA 2VJ9A 2FLEA 4J17A 4A4QA 2I4VA 2RKGA 3BUHA 4DJVA 2ZE1A 5P5LA 3L5DA 3RTNA 4ZPEA 2ZHVA 4YCTA 1HWRA 5P67A 3OQ7A 3NU6A 5P1MA 3TKGA 2WEDA 5HE4A 5P8UA 5P6MA 3ZKXA 4OC6A 5P3NA 3N3IA 1VIKA 4D89A 3RSXA 3NU5A 5P3DA 4Y3AA 2I1AA 1E82E 5P15A 6APRE 3JVWA 5P7UA 1HVLA 2IS0A 1B6KA 2UY0A 4DJQA 2P3BB 5P41A 3VF7A 4F76A 5P12A 3BVAA 4KUPA 3ZPSA 4GMIA 5P0DA 1HVJA 3EL5A 4Y3PA 2FXEA 1LF2A 5P76A 2V13A 1ZBGA 3O9GA 4PPHA 5P23A 3BC4A 5P3XA 4Y3WA 5P1QA 2ZHTA 5P5MA 4DQFA 4TRWA 2PSGA 3EMYA 3GI4A 4YE3A 2A4FA 2HM1A 2V11C 4I0JA 5P8LA 4H3JA 5P3UA 3L58A 4PEPA 5OZ7A 3TL9A 3DK1A 1D4LA 4Y3HA 5P2MA 1JLDA 3OOTA 5P11A 5P59A 5P80A 4GJ9A 4EQ0A 5JFPA 1ZP8A 3O9AA 5P2VA 5P2RA 3GI5A 5OYVA 3JW2A 3LPKA 5P8SA 3UF3A 1MVPA 1YT9A 3U6AA 3HZCA 5P7YA 4KE0A 4H3GA 5P2CA 1YG9A 1G6LA 2BPVA 1LF3A 1QRPE 5P2NA 4QJ9A 4XKXA 3CIBA 5P2HA 5DR7A 4R93A 2UPJA 2QNNA 5ENKA 5OZXA 3TPJA 3C9XA 2BJUA 5P4YA 3SAAA 2ZJHA 5P2KA 1D4SA 1TQFA 3R1GB 1ZPKA 2ER0E 4QJ8A 4Y5NA 2AZ9A 3R0YA 5P4HA 4L7JA 2Q3KA 1FFFC 1SDTA 5P29A 2QU3A 4Y50A 5P3EA 1BILA 2PMAA 5P46A 4Y39A 4OBKA 3UTLA 4B00A 3VF3A 5P0GA 1TW7A 2FIVA 3S8IA 5KQZA 2PWCA 3NUOA 4IVSA 3KFNA 1FKNA 3BVBA 4U7QA 1META 2VIJA 4CPRA 5P5FA 3INHA 4Y54A 3KT2A 5P27A 2FMBA 4XXSA 1B6PA 4GYEA 2HB2A 2ZHSA 1OEWA 2WECA 3VV8A 3B80A 1EBZA 4CMSA 5HD0A 1AZ5A 5P6NA 5OZYA 2R43A 4ER2E 3PEPA 5P3SA 5P65A 1QBUA 2P3BA 4ZE6A 4A6CA 3FIVA 1YM2A 6FIVA 5DR8A 2WEZA 3EKVA 5P2AA 3UHLA 4GB2A 2HC0A 5P0VA 5P89A 3O9EA 3OWNA 1B5FA 3EKYA 3G72A 1XL2A 1HIHA 1PPME 3OUDA 1K6PA 3QROA 5P69A 1SP5A 5P2OA 4U8WA 2OHSA 3ZOVA 3I2LA 5P58A 3U71A 2FDDA 3CKTA 4Y53A 5AGZA 5P5IA 3CICA 3SA4A 5P5JA 1RQ9A 1CMSA 4F74A 5OZNA 3QP0A 2AZ8A 4KE1A 1GKTA 3M9FA 4J1FA 2G1YA 4R91A 5P2GA 3N4LA 3T3CA 2UXZA 3GI0A 2ER6E 3JVYA 5C9BA 4Y4ZA 1LYWB 5P5DA 3HVPA 2NXDA 4GJ7A 2IKOA 2PC0A 3ECGA 3K5CA 4BFBA 1MUIA 3OHFA 1GNOA 5P20A 5P7AA 3PBDA 4Y4DA 3EBZA 3BGCA 3TLHA 5IVSA 3MXDA 1APUE 4YHQA 4Y4UA 3TPLA 5P02A 1VIJA 3PVKA 1AVFA 2B42A 1AXAA 1IZHA 5P36A 3R2FA 4YCKA 4I11A 1FMUA 3VFBA 4Y3LA 2P3AA 5P3PA 5OZSA 3IVIA 4NJVA 5P09A 1TSUA 2XFIA 5P7EA 2WF1A 5P8JA 3LIYA 4AZYA 3SA3A 4R8YA 5P16A 2OHLA 2QAKA 3VYFA 5P33A 4ACUA 4J1HA 5P40A 4I10A 2I4WA 5F00A 5P7SA 3SKFA 2CEMA 3CKRA 3R0WA 3SABA 5HTZA 5OZTA 4HZTA 3DCKA 4J0VA 4K9HA 1W50A 2SAMA 3URLA 2VNNA 3EKTA 3MSLA 3CKPA 5OZKA 5JODA 4OBZA 1GVXA 5P5RA 1FGCC 3PCWA 5P1NA 5P7PA 5P3HA 3T7QA 5P8OA 2WKZA 1RPIA 2AODA 3OQDA 5OYWA 3S45A 5OZEA 3TPPA 1BVGA 1A9MA 4RLDA 1B11A 5P3AA 4LBTA 3F9QA 3I8WA 1G2KA 2B7ZA 4Q1XA 5P4TA 2O4SA 1NPAA 1AM5A 5P7CA 5HU1A 2HPFA 4L7HA 5P52A 4EJLA 5P0BA 1MT8A 3OU1B 1QBTA 3UDPA 2NXMA 3L59A 3S43B 5P63A 5P43A 5P3BA 5P19A 5P4EA 3SO9A 4CPXA 3UDJA 4JPCA 4LP9A 4H1EA 1A30A 2HPEA 1W6IA 2BKTA 3AIDA 4JP9A 1D4JA 4J5JA 1PPKE 5JG1A 5P61A 4ZSPA 1DIFA 5KQXA 3VYEA 4APEA 5P8PA 5SXNA 5OZDA 3NXNA 5P62A 3LIVA 3VV7A 5KAOA 4APRE 5P8RA 2QD8A 5P4SA 5OYQA 1GVWA 5DR0A 1QBSA 4DJWA 4MC9A 2OF0A 5P6WA 4Y56A 3QPJA 1PROA 4FRJA 5P1RA 3UDHA 1HEFE 4OC6B 1RL8A 5P1JA 4Y4EA 3NUJA 1PSNA 5P3WA 5P2LA 4DQCA 2ASIA 3NDUA 2NNKA 3ZKNA 5T4SA 1DW6C 1XL5A 4X2LA 5P1FA 1PPLE 4Y4WA 5HE5A 5SY3A 5P17A 5P8IA 2WL0A 1TCWA 2Q64A 5OZAA 4DJOA 4Y4TA 5P4WA 4I0DA 5P03A 3OAGB 5P82A 4D8CA 2NPHA 5P0IA 3TOFA 3KFPA 1HPXA 5HCOA 3PGIA 5P4DA 4K4RA 4OD9A 5KOSA 3UDQA 5OZ1A 3ZKSA 4DJPA 5P1WA 2IGXA 3ZL7A 3BUFA 3FNTA 4Y3SA 5P7VA 3LPIA 3NU9A 4NKKA 5OZCA 3TTPA 3TNEA 3EKXA 5P55A 4YOBA 3UDYA 5P7WA 3UCBA 3PI0A 2ZHRA 3KF0A 5P73A 2PYMA 3SA5A 5P66A 3IXJA 5AHCA 1MPPA 3KFRA 2P4JA 4FL8A 5P5GA 4NJUA 1FQ4A 5P2XA 1EPPE 1AAQA 1IVPA 4ZLSA 1WBMA 4JECA 1IZIA 3HDKA 2R3WA 3CMSA 5P6KA 5OZIA 3CYWA 5IVTA 4GJAA 3VLBA 2BBBA 1KJGA 2BPWA 5KR2A 3OU1A 5CLMA 2XYEA 4B0QA 3S43A 3Q5HA 1PSAA 1EPRE 3ZMGA 5P60A 2QMDA 3RU1A 4YD3A 2HB4A 4DFGA 2QI5A 3UQRA 3QRVA 3VF5A 4I1CA 5P78A 5KR8A 3KT5A 3ER3E 5APRE 4FRKA 1A8GA 5P1CA 1C70A 3OGQA 4HLAA 1HTGA 5P71A 3NXEA 1FLHA 5ER2E 2VIZA 2PYNA 4Q5MA 2J9KA 3NDTA 3KDCA 1EC2A 3OU4B 5P6XA 3L3AA 4Y4GA 5P8HA 5OYUA 2EWYA 1MSMA 3S85A 1E81E 3PRSA 5P1XA 3IAWA 1T7KA 4FRSA 4PYVA 2VJ6A 2RENA 4TVHA 3Q3TA 4XX4A 5P4JA 1EC3A 4CPUA 3Q4BA 5P8EA 5P1VA 3WB5A 1HPVA 1IVQA 4M8XA 1D4HA 1PFZA 2QCIA 3D1ZA 2PSUA 5IE1A 5TOLA 5P3KA 4FM7A 2QHZA 3MWSA 1DAZC 1FQXA 3Q6YA 5P6PA 3VSWA 4QLHA 5E5KA 4AA8A 3O9IA 5P6CA 4J1CA 4WY6A 5OZ0A 1MTBA 2OHMA 3IVHA 5C9FA 1HEGE 4Y5LA 2VNMA 2FNSA 1XE6A 5P48A 1B5FB 1ZAPA 1PSOE 3OAGA 2WF0A 1XE5A 4KB9A 2VS2A 1UPJA 5DPZA 4GZFA 3OUDB 1IDBA 2I4UA 2I0AA 2QD6A 3OQFA 4COEA 5OYXA 1KJ7A 4Y3EA 5P6OA 3BXRA 3OGPA 4DJUA 1HPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P32 A;  5P2Z A;  3RSV A;  5P3M A;  5P3I A;  4J0Y A;  1C6Y A;  3LZV A;  5P81 A;  5KQY A;  1FG8 C;  1LF4 A;  5P3G A;  5DQ4 A;  5AHA A;  2F80 A;  2ZJK A;  4IVT A;  2XFK A;  5P5O A;  4L1A A;  1K6C A;  3DV5 A;  5P1Z A;  4K8S A;  2AOH A;  5P3O A;  3SPK A;  2VIY A;  3SFC A;  1ENT E;  1GVV A;  4OBF A;  2JJI A;  2NNP A;  2AVS A;  4HEG A;  1HVS A;  2NMZ A;  3PM4 A;  2OAH A;  3LZU A;  5P1I A;  2OHR A;  2PK6 A;  1ER8 E;  2WJO A;  5P0Q A;  5P2S A;  4J0T A;  5P49 A;  5J25 A;  3SA9 A;  5COP A;  1MER A;  1HIV A;  5P47 A;  4BFD A;  4B72 A;  4LHH A;  1BIM A;  3DCR A;  1W5Y A;  5P0O A;  3ER5 E;  5P1Y A;  3OK9 A;  1SGU A;  3O9D A;  3L5C A;  3O9B A;  2QZK A;  4FLG A;  3EL4 A;  1LYB B;  2O40 A;  3I7E A;  3PLL A;  1GVU A;  2B8V A;  3K5D A;  2VA7 A;  4Y3R A;  4ZPF A;  2PQZ A;  4Y3X A;  4Z4X A;  3HAW A;  4N00 A;  5OZ5 A;  5P2W A;  1FEJ C;  2QP8 A;  2O4K A;  3RTH A;  1B6M A;  1EPO E;  9HVP A;  5P5T A;  5OZ6 A;  5C9D A;  3OXX A;  4XX3 A;  3KMY A;  3VG1 A;  2BPZ A;  5P7G A;  5P1T A;  4R95 A;  5P68 A;  3DUY A;  1IZD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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