3VFBA

Crystal structure of hiv-1 protease mutant n88d with novel p1'-ligands grl-02031
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vfbA00
4ZSRA 5AH7A 2MIPA 3GI0A 1ZJ7A 4Y44A 2ZGAA 4J1EA 5P6TA 5IVSA 3CKPA 2AZ8A 5OZVA 1NPVA 4NPUA 4LL3A 5P4ZA 4GJAA 1PROA 3VCMA 5P59A 4RYCA 5HCTA 4HDBA 1MRWA 1ME6A 2ZJMA 1W50A 3O9IA 3VFAA 1SDVA 1T7JA 3OU1A 5P1TA 5KR0A 4EP3A 1XL5A 5OZ0A 3EKQA 4DQFA 4QJAA 3L59A 2VS2A 4L6BA 4YOBA 5P7SA 2BKTA 1HTEA 5P1JA 1K6TA 2R5PA 5P43A 1D4HA 3KA2A 5P4PA 3LIXA 1BDQA 4Y3MA 5P2RA 1QDMA 5P5KA 5P06A 1FFIC 1PPKE 1QBTA 5P6JA 1IZEA 1YTGA 3UTLA 3H0BA 1PFZA 4Y6MA 4YDFA 4PYVA 3K5CA 1MT7A 2OHRA 5P5ZA 5P1ZA 2ZJJA 3OXWA 5OZ4A 3UFLA 4Y3LA 1D4KA 2HS2A 1CZIE 2I4XA 5P4HA 4I0IA 3EC0A 4ER4E 3UDPA 1KJFA 5P0CA 4B70A 1BXOA 5P7HA 1LV1A 2I4QA 4GJDA 1QBRA 1K6CA 4GJCA 4LHHA 2G1SA 4RZ1A 4DUSA 4CMSA 2WJOA 4R5NA 1EPRE 4EJKA 4WY6A 1HXWA 3GI4A 3DM6A 5TOLA 4FM6A 2RENA 5P7CA 3TNEA 2OAHA 3BRAA 2O4KA 2AOEA 5BS4A 4JECA 1MTBA 3KYRA 1RQ9A 1GVWA 1QS8A 3OQ7A 3NU4A 5P7BA 2A4FA 3OUBA 5P8PA 5P4IA 3VG1A 5P0KA 5P1KA 4PPHA 3WB4A 3VLBA 4Y3SA 1Z1HA 3D1ZA 3I6OA 5P4VA 5P1DA 3PVKA 1B5FA 4U7QA 3OADA 5P6MA 4DQCA 4RYGA 5P5GA 2NXLA 1ENTE 1EC2A 2FGUA 3OUDA 3PSGA 5KQFA 3PBDA 3AIDA 3LIVA 3KDCA 3L38A 3ZPTA 3CIBA 3G72A 2FNTA 2PQZA 4J17A 4I10A 3GGUA 5P42A 1HVHA 5P0HA 3INFA 3PGIA 5P0BA 5OZSA 5KQZA 4Y3JA 3MXEA 5JODA 3URLA 4F75A 3TOHA 5P22A 5P55A 1YG9A 4ER1E 5P3CA 3T11A 5ENMA 3TH9A 4CPQA 5P2NA 1SMEA 3UF3A 5P2QA 3TKWA 5P08A 1HVRA 5EZZA 3NU3A 4OBDA 2NNKA 3SQFA 4I0DA 4GJ9A 3OGQA 3PLLA 3SPKA 1IDAA 5HU1A 5P38A 2IS0A 5P81A 4RCEA 3OXVA 3ZPSA 4ACXA 3OK9A 3NUJA 5P78A 5P3MA 5P24A 3I2LA 5P36A 4TRYA 4QJ7A 5P3GA 4Y58A 5P5AA 4I0EA 2EWYA 3UCBA 4J0YA 4L7JA 5P4TA 3LIZA 1BWBA 5P7YA 3SACA 5P3TA 3QROA 3ST5A 1AXAA 3I8WA 3NDUA 3EBZA 5P07A 5P45A 4R95A 3BGCA 3CYWA 5AH8A 3QPJA 2VKMA 5OYRA 5P3UA 5P46A 4CPRA 1W5VA 5P09A 3INDA 1F34A 5P6NA 4R93A 5DGUA 5DR8A 5OZ8A 5P2EA 3OTSA 3UHLA 4Y3DA 4I0FA 4DJPA 3SA4A 5DR3A 2AVVA 2ZJKA 5P7MA 2AOHA 1BV9A 5P6HA 4Y53A 1GVTA 3VFBA 3IXKA 4BELA 3HD8A 3FIVA 2AVOA 1F7AA 1ZSRA 3L5EA 3TL9A 1YTJA 2RKGA 3KF0A 5P33A 5P7LA 5P6EA 2QK5A 5P76A 4DFGA 1IVQA 3ZOVA 2R5QA 2V13A 5DR7A 2G21A 4APEA 3VV6A 3PBZA 2RKFA 3L5DA 2QZLA 4DPIA 5P2FA 4APRE 4DJYA 1EC3A 3VF5A 1MUIA 3PWMA 3VF7A 4PEPA 1FF0C 5P7OA 4L1AA 5P8RA 2ZJNA 2QI5A 4J0ZA 5P6BA 4Y39A 5P4JA 5OYZA 2NXMA 1VIJA 2HIZA 3DOXA 2G1RA 1FEJC 5P2UA 2V00A 1MESA 5HD0A 1LYBB 1T7IA 1D4SA 3Q5HA 4K4QA 4Y43A 3LPKA 4IVSA 5CONA 3RSXA 3T6IA 4GZFA 4BFDA 2AVQA 5P26A 3O9LA 3K4VA 2QNPA 4GJ6A 3DUYA 4DPFA 2VA5A 2Q11A 3UQPA 4FGXA 5P0WA 2IDWA 2AOCA 2I0AA 5P8GA 2PSUA 3PJ6A 5P2OA 3ZMGA 3R0YA 1FLHA 4M8YA 5P7DA 4D85A 5OZAA 4WTUA 4NJVA 1IBQA 5P5LA 3TPRA 3HDKA 3PWWA 5IVQA 4D83A 3FV3A 5EZXA 3GI6A 2B7ZA 5P3PA 2FMBA 4KE1A 4Y3AA 4LAPA 3DV1A 3K1WA 4JP9A 3FKTA 3H5BA 3JW2A 5AHAA 5DQCA 2O4SA 3ZKNA 1XN3A 5OZ2A 4Y5LA 3O9HA 3NDXA 4TRZA 1DP5A 4J1KA 4Z4XA 1HTFA 4JPEA 4I0ZA 4Y57A 3PSYA 3HLOA 2NXDA 3SA6A 4GYEA 1WBMA 3LIYA 5P3AA 5BRYA 5P6YA 1B6PA 1PSOE 4K8SA 3C9XA 3RTMA 5P3WA 2F81A 4YCTA 1ZBGA 5OZ6A 3LZYA 3ZKMA 4B05A 3NDTA 4FRSA 3NSHA 2QMGA 5P19A 3ZKQA 5IE1A 5P0VA 1FMXA 3O9GA 5P0AA 5P3XA 4NJTA 2AZCA 1HSGA 5CLMA 3WZ8A 3LZSA 2O40A 5OZRA 5P34A 5P3JA 3SA8A 2Z4OA 1BDLA 4CKUA 4Z2ZA 3OU1B 1AIDA 5OZ3A 5AH9A 5SZ9A 3S53A 3OQFA 5P17A 2FLEA 2QI3A 3ZL7A 4GIDA 4Y5PA 3CYXA 2PWRA 5DGWA 2ER6E 4Y4BA 4BEKA 2QMFA 3CKRA 4HVPA 3BGBA 5P29A 1DIFA 5OYUA 5P8MA 1QBUA 5P60A 3GGXA 2AZ9A 1BIMA 1B6LA 3NU6A 1BILA 2G1NA 5P39A 5P1EA 2G24A 2ER0E 2NTRA 3QAAA 3EKTA 5P5NA 1APTE 4YD6A 5P04A 5ER2E 5IVRA 2AVMA 2NNPA 4J0TA 2IENA 2F3EA 5P62A 5AHCA 5P5JA 2JJIA 5P7ZA 3TOFA 5DR0A 1EC0A 1DW6C 5PEPA 4YBIA 1FQ5A 2B7FA 3NLSA 5P6LA 3QN8A 4AA8A 1YT9A 3GI5A 5OYYA 2WEDA 4I0HA 4LC7A 4RRSA 1FG8C 5HDUA 1HPOA 2BBBA 4B1EA 4Y4GA 1HTGA 1FGCC 4GJBA 4Y5EA 3AUPA 1ER8E 3CMSA 2QI0A 3PI5A 5P0ZA 4GMIA 4KUPA 1LYAA 1META 2QI1A 5P3VA 1HHPA 3PWRA 5P3SA 4D88A 3EL5A 5P2LA 5P2DA 4JPCA 1SIVA 5OZIA 4MC6A 3SKGA 4YOAA 4Y37A 1DMPA 3OGPA 1A8GA 1FMUA 5P63A 1MERA 3OUAA 2V12C 1OEWA 1ZPAA 4Q1YA 3OADB 2APRA 2WF2A 5P5EA 5OYSA 5P8FA 4CPWA 3FX5A 2B8LA 5OZPA 3OUDB 1OEXA 1BV7A 2WEBA 2ER9E 4Y3XA 4IVTA 3SA9A 1TCWA 4R8YA 4UPJA 5P88A 4ZSPA 4Y4WA 1HIIA 3D91A 1HSHA 5P0PA 3EXOA 5P00A 4J1FA 4Y5KA 4J0VA 3O9DA 5P2CA 2QCIA 9HVPA 2I1AA 3R4BA 4Y5CA 5P0NA 4NJUA 2QMDA 2B60A 4EP2A 5HDXA 1APVE 2QD8A 3EMYA 1SGUA 3IAWA 5P8TA 3NYGA 5P1OA 3URJA 4RVJA 3K5FA 3NXEA 5P1XA 5KR1A 2PK6A 5I3WA 5P03A 3ECGA 2Q54A 3OU4A 4YCKA 2G1YA 2AODA 4OC6B 3I7EA 3TPLA 2FXDA 2ZHTA 4GJ5A 1K6PA 4ZSQA 5P5CA 4YCYA 3S85A 3PCWA 4DVFA 4A6CA 5P5HA 2P4JA 5DQ1A 5OZ7A 5P58A 4OBHA 4RGHA 4QLHA 3KT5A 4Y5MA 3Q4BA 3PB5A 4FM7A 4ZE6A 4QGIA 3HVPA 3OU3A 4JOOA 1A94A 5P8LA 5P53A 5HE7A 3SM1A 5P2XA 5OZ1A 3BHEA 3VEUA 4MC2A 1XDHA 3ER3E 3D3TA 5P66A 5JG1A 4AUCA 3R1GB 1HIHA 1PPLE 5P65A 1LYWA 4CPXA 1SGZA 4FRIA 4OBJA 5OZKA 5P7WA 4Z50A 4EXHA 5P4QA 5P3RA 5P8HA 4Y4AA 1MEUA 3RTNA 4EYRA 3UPJA 1LEEA 4PHVA 4EQJA 1BVGA 4X7IA 3UDMA 3UQUA 1BWAA 5OYXA 1Z1RA 2G27A 5P7XA 1CPIA 2BPWA 4Y3WA 5P5IA 3G70A 5P69A 1MRXA 4XXSA 3S54A 5DQ4A 1KZKA 3KMXA 3VYFA 1TZSA 5P2TA 4XX3A 2FDEA 5P8VA 4QJ8A 1FQ6A 1HBVA 4OBFA 2F80A 5P27A 4QJ6A 2PH8A 2PWCA 4ZSMA 5HTZA 1GVUA 5P2HA 2BPVA 2G22A 4EXGA 4L1AB 3KN0A 2PK5A 5COPA 3MWSA 3SABA 1KJGA 1XN2A 5P50A 5P0DA 1LF2A 5P0TA 5P87A 3QP0A 4ZPEA 5AH6A 2BPYA 1RPIA 5APRE 5P77A 2QNNA 1J71A 4R91A 5P6GA 3SA7A 2QI4A 1B11A 5OYVA 5P1LA 5P4WA 5P6CA 5OZWA 4EHCA 1Z8CA 1HEGE 3K5DA 4Y35A 1LZQA 1ODYA 4OBZA 3O9FA 3KDDA 3NU5A 5P84A 2PSVA 4MC9A 3O9LB 4DJOA 4L7HA 3RSVA 2AVSA 5P3FA 2PH6A 1SIPA 1K2BA 3TKGA 5P4OA 1MT8A 4Y3NA 5OZ9A 5C9DA 4EPJA 5P4DA 1D4IA 5P31A 1NH0A 4F73A 1A30A 5P1RA 2H6TA 2FIVA 3EM4A 2ANLA 5P7GA 5P67A 3UFNA 2PMAA 5P1NA 1D4JA 5P57A 2Q63A 5P8UA 2PC0A 3HW1A 5P6SA 1AAQA 2Q64A 2IGYA 2HB2A 4EJDA 4FE6A 5KQYA 3T7PA 2I4UA 3LNKA 4LXMA 1XE6A 3EL9A 5P0OA 1EPQE 3MSJA 4YD4A 5I3VA 5P7AA 2ZYEA 1NPWA 5F00A 2RMPA 2VIZA 4RLDA 1IIQA 2VNNA 2P3AA 3U71A 4M8XA 4CPTA 2BPZA 4Q1NA 5P2GA 5P5PA 5P6XA 4CPSA 3L5FA 2P3DA 2HAHA 1VIKA 6APRE 5P1IA 3VLAA 5P6RA 1RL8A 1HVIA 4TVHA 1IDBA 5P64A 2IGXA 4Y5NA 2OF0A 1XS7D 2VNMA 5P4KA 2QHZA 4J5JA 5P0LA 3T3CA 1YTHA 5P47A 4LXAA 2XFKA 2PSGA 1FKNA 3VSXA 1LF4A 4NJSA 3IN3A 5P7JA 4CPUA 4DJVA 5E5KA 3SAAA 3UDYA 4YD7A 1K2CA 5F01A 3T7QA 5OZJA 4B1DA 3JVWA 3EL1A 4Z22A 5HU0A 5P4GA 3O9EA 3EL4A 4Y3QA 5P51A 2AIDA 4K4PA 4KE0A 2QI7A 5COOA 5OZDA 3HBOA 5P6KA 2BJUA 1EBKC 2I4VA 1BBSA 5P41A 3ZKIA 3OWNA 4QJ9A 4GJ7A 4ZIPA 2ASIA 1ZLFA 5P23A 1PPME 3OAGA 3IXOA 1G35A 5P8QA 1HRNA 2QMPA 5OZNA 4KB9A 1W5WA 4YD3A 5P0EA 2OHNA 1RNEA 1W51A 5P5YA 2VIYA 3IA9A 4RVXA 3A2OA 2ER7E 3DK1A 5P3EA 5OYTA 4AMTA 5P7UA 5P7FA 2BPXA 4RCFA 4XX4A 5P6OA 4I12A 2R43A 5P2WA 5SY3A 3Q3TA 3F9QA 5P7KA 4EWOA 4B0QA 3IN4A 5P2AA 3DV5A 2R38A 4A6BA 1FG6C 2F8GA 4F76A 1LF3A 4D89A 3SO9A 1HXBA 5P75A 1PSNA 1T6GA 1ZAPA 4RCDA 4Y3FA 2AZBA 5P0JA 2P83A 5AHBA 5P2ZA 3UQWA 5DQ2A 1LYAB 2VJ7A 3WZ6A 2OHUA 1YM4A 3UDKA 2WEZA 1G0VA 3QRSA 5P1MA 4K4RA 2IEOA 3L58A 5P3ZA 2HB3A 3URIA 4A4QA 2V0ZC 5B18A 2AQUA 5OZCA 5P3BA 4FSLA 2WL0A 1FQ8A 4OBKA 5P6UA 3ZLQA 1KJHA 3PEPA 5P11A 5P5RA 1MT9A 3QIHA 5P86A 1K1TA 5P6IA 3DCKA 2AOGA 5P5WA 3BC4A 2QU2A 3D1XA 1C6YA 3WB5A 3PMYA 5HDZA 5P3OA 4HDPA 1K6VA 5P4UA 4H3JA 1BAIA 3Q70A 2G20A 3OUCA 3LHGA 1G6LA 5P7PA 4COEA 1FQ7A 3G6ZA 4I8ZA 4FCOA 4I11A 5P79A 5OZZA 5JFPA 4NKKA 4H1EA 5SY2A 4J1IA 3UDQA 5P8JA 5P8NA 2G69A 2NMYA 1JLDA 5P1PA 2P3BA 3PI0A 4J0PA 4OD9A 1KJ7A 3LIQA 5P40A 1SMRA 4Y4ZA 4Y5AA 5P4EA 1EPOE 1HSIA 3B7VA 3SA3A 2V16C 3OTYA 1A8KA 1SDUA 4Y4DA 5P25A 1OD1A 4FRJA 3U6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSR A;  5AH7 A;  2MIP A;  3GI0 A;  1ZJ7 A;  4Y44 A;  2ZGA A;  4J1E A;  5P6T A;  5IVS A;  3CKP A;  2AZ8 A;  5OZV A;  1NPV A;  4NPU A;  4LL3 A;  5P4Z A;  4GJA A;  1PRO A;  3VCM A;  5P59 A;  4RYC A;  5HCT A;  4HDB A;  1MRW A;  1ME6 A;  2ZJM A;  1W50 A;  3O9I A;  3VFA A;  1SDV A;  1T7J A;  3OU1 A;  5P1T A;  5KR0 A;  4EP3 A;  1XL5 A;  5OZ0 A;  3EKQ A;  4DQF A;  4QJA A;  3L59 A;  2VS2 A;  4L6B A;  4YOB A;  5P7S A;  2BKT A;  1HTE A;  5P1J A;  1K6T A;  2R5P A;  5P43 A;  1D4H A;  3KA2 A;  5P4P A;  3LIX A;  1BDQ A;  4Y3M A;  5P2R A;  1QDM A;  5P5K A;  5P06 A;  1FFI C;  1PPK E;  1QBT A;  5P6J A;  1IZE A;  1YTG A;  3UTL A;  3H0B A;  1PFZ A;  4Y6M A;  4YDF A;  4PYV A;  3K5C A;  1MT7 A;  2OHR A;  5P5Z A;  5P1Z A;  2ZJJ A;  3OXW A;  5OZ4 A;  3UFL A;  4Y3L A;  1D4K A;  2HS2 A;  1CZI E;  2I4X A;  5P4H A;  4I0I A;  3EC0 A;  4ER4 E;  3UDP A;  1KJF A;  5P0C A;  4B70 A;  1BXO A;  5P7H A;  1LV1 A;  2I4Q A;  4GJD A;  1QBR A;  1K6C A;  4GJC A;  4LHH A;  2G1S A;  4RZ1 A;  4DUS A;  4CMS A;  2WJO A;  4R5N A;  1EPR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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