3VG1A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a soaking experiment
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vg1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vg1A02
4Y48A 1DW6C 2ZJKA 3FSMA 5P5EA 4Y9WA 2BB9A 5SXNA 3VV7A 2WF3A 4A6BA 3LZYA 1HSGA 1RL8A 5P4IA 5P6NA 3PEPA 1AVFA 5OZBA 5P7UA 4TRWA 5P6QA 3WZ6A 5KOQA 5COPA 5P09A 1KJ4A 2QP8A 3OQDA 2PYMA 4YOAA 4WTUA 3FNTA 2F81A 3HAUA 2P3AA 5DR0A 1MIQA 1HSHA 1PFZA 2PC0A 1Q9PA 4QJ9A 4YE3A 3UTLA 1SP5A 5P6HA 4Y3FA 5P47A 2HS2A 4Y47A 3MSJA 4Y3QA 5P2EA 4EYRA 2QMFA 4EQJA 7HVPA 1F7AA 5P8PA 3PM4A 4Y3PA 1AJVA 5P55A 2J9KA 3LIXA 5P4EA 2FMBA 5P4BA 4KE0A 5I70A 1A8GA 1FG8C 5DGWA 5HD0A 4GJCA 5BS4A 5P4XA 2QD8A 3S7LA 5SZ9A 5P0SA 2H6SA 2IQGA 5P8JA 4KUPA 1T6GA 4YCKA 1D4LA 5P3CA 3EL5A 3GGUA 1FMBA 1IVPA 1OEWA 2BPWA 2PH8A 5P2DA 1K2CA 2VA7A 3PB5A 3EKQA 3QP0A 3QPJA 2V16C 1D4IA 5P86A 5IVTA 2HIZA 5P8RA 1GNOA 3S53A 2UY0A 3I2LA 3MXEA 4COEA 5P0IA 3SQFA 3NXEA 1MERA 3UDNA 1OEXA 2HS1A 1D4YA 1EC2A 3OGQA 3QN8A 5P67A 2WEDA 5P0YA 2QMPA 5HDUA 3IN3A 5P2HA 3AUPA 5P1IA 1TW7A 1C6YA 4R8YA 5P66A 4DPFA 3N3IA 5P1TA 5P6SA 5P4MA 5P3KA 5P6DA 3DJKA 5P7YA 2WKZA 4GJ7A 3Q3TA 1HVSA 3UDPA 3DOXA 3RTHA 1MT7A 1ER8E 3SA9A 2G1RA 5P7QA 4XX3A 1W5VA 5F00A 2JJIA 4NJVA 5OYSA 3PBZA 4Y3YA 4PEPA 5P7GA 3APPA 1G35A 3L5DA 4B1CA 4RVJA 3O9HA 5OZSA 3KDCA 3QRVA 5P33A 2WEBA 1ZSFA 3SFCA 5P71A 4BFBA 5I3XA 2O4LA 3G70A 4DI2A 4Y5NA 4YDGA 3BVAA 3SA8A 1BDLA 3T7XA 3OTYA 3CKRA 5P79A 3OUDB 2OHRA 5P24A 4FL8A 2QU2A 3H0BA 4HA5A 5P2RA 5P7OA 5P4UA 3CICA 4Y4WA 1EAGA 5P3BA 2OF0A 5OZ1A 1EC3A 1APUE 3G72A 5P73A 2FNSA 2ZHUA 5P8AA 3T7QA 2QMDA 4YD6A 3PI5A 3PSGA 3UCBA 4Z50A 1W5WA 3LZUA 4R95A 5P2BA 3BHEA 1SDUA 1LV1A 3M9FA 3ST5A 4RYCA 2NXLA 3KT5A 5P2WA 2OHMA 4Y56A 1PPKE 3OUDA 5P8TA 3NLSA 5OZ6A 4FRJA 5P19A 5I3WA 3DCKA 4Y57A 5P07A 2B60A 1PSAA 2P3DA 1SGUA 5P13A 4Y5BA 2RMPA 3B7VA 5HVPA 4IVTA 2J9JB 4Y4DA 3D3TA 4YBIA 3I25A 2R8NA 5P3OA 3LZSA 4GYEA 5P80A 5KOSA 1FQ7A 5P34A 3KF0A 1SIPA 5P7RA 1XL2A 4GJ6A 1QS8A 2QHCA 1META 5AGZA 3FNSA 4ER2E 4OC6B 5P2QA 3EXOA 3VYEA 3O99A 1ZTZA 3PRSA 5P2MA 1A94A 3S85A 5P3VA 2QCIA 4ZSRA 1B5FA 2SAMA 3C9XA 2BBBA 5P1EA 3OUBA 2A4FA 4HDPA 5P1HA 1MESA 2RSPA 5P8NA 2BPZA 1HPOA 4RRSA 3AIDA 5P53A 3WZ7A 5P83A 1MRWA 5P5QA 1D4JA 1TCWA 4OC6A 3ZKSA 5P5ZA 4WY1A 1YX9A 5P3MA 5P0UA 4Y5EA 4CPUA 2FGVA 3K5GA 5P0TA 4I0JA 1DPJA 1EEDP 5P0AA 3ZKGA 1WBMA 2B8LA 2AZ9A 2AVMA 5P1FA 5P72A 3DUYA 3HZCA 1HEFE 3TPLA 5OZEA 3URJA 1B6LA 2O4KA 4Y3DA 5P7NA 4B70A 1GVXA 4U7QA 5P00A 5P28A 4GJBA 1SH9A 5P0FA 5DQCA 1ZJ7A 3ZKMA 5P1DA 5KQZA 1AM5A 2AZCA 4WY6A 3SLZA 3Q4BA 4BEKA 4QJ2A 2QD6A 1EC0A 2WECA 5P88A 5P02A 2VJ6A 2HPFA 5P8HA 2G26A 3LINA 2QZXA 1BV7A 2Q11A 4CPXA 5KAOA 4FAFA 2ER6E 5P6FA 1HIIA 2OHLA 2VA6A 2VIZA 3KFNA 4MC2A 5DQ1A 4CPTA 3UDRA 3TPRA 1YT9A 5P6KA 4RLDA 3S54A 5KQFA 4AZYA 3RTMA 5P3DA 4Y5LA 5ISKA 3O9BA 1HVHA 4DH6A 5P4DA 5P5UA 1BXQA 4DJPA 5AH6A 3SPKA 1YTHA 5P0RA 4HDBA 1HVRA 3MXDA 5OZKA 2Q64A 3U6AA 3L59A 1U8GA 4Y5GA 3ZPTA 1PSNA 5P5GA 1ZP8A 4A4QA 4Y54A 5OZGA 4Y53A 3OU1B 5P8CA 1HVJA 1MUIA 2AQUA 5P7KA 2O40A 4B05A 2QI5A 1HIHA 5P5LA 3LIQA 2I1AA 4RCEA 3RU1A 1PPLE 5PEPA 3CYXA 5P0CA 3Q6YA 5P68A 1C6ZA 5P7IA 1FF0C 2PH6A 2PK6A 4K4QA 2OHSA 4J0YA 5P0WA 5F01A 5P8VA 3S43B 3NDXA 4JP9A 1MT9A 1DMPA 3BUFA 5P42A 5P5KA 4ZSMA 5P1XA 3EKVA 5P77A 3OU1A 4GMIA 5P0GA 5P1BA 4ZSPA 3S7MA 1BIMA 2G1NA 2JXRA 3PHVA 4J1IA 1LYAB 3NSHA 1ME6A 4CPQA 4MC6A 3IXJA 1M4HA 4I0GA 1F34A 3CKTA 2IDWA 3S43A 1HXBA 5P3GA 5P7CA 3TOGA 4LHHA 1W50A 5KR8A 4DQGA 1KJGA 2P83A 3KFSA 4H3FA 3TPPA 3PWRA 3OXVA 4DQCA 5P26A 3UHLA 1LYAA 3L5BA 2G1YA 4FM7A 3VLAA 5P5NA 2G1OA 4Y3RA 3K5DA 3DK1A 4Y3EA 2APRA 4Y37A 3JVWA 3O9AA 4QJAA 3U7SA 1ODWA 2PSVA 4Y3SA 3UF3A 5P1CA 4Y3MA 3NDTA 3BGCA 1FFFC 4EHCA 5DQ4A 2QI3A 3OHHA 2FLEA 2PSGA 5P5HA 3DV5A 3DCRA 1ZLFA 1HVLA 4OBGA 3D1YA 5P3JA 4K4RA 4Y3TA 4F75A 1E5OE 1QRPE 5OZQA 4OBZB 3GGAA 4B0QA 2QZKA 2ZE1A 4FRKA 1RPIA 3QVIA 1BWBA 4Z2ZA 3EM4A 4X2LA 1NPWA 1SBGA 5ER2E 3ZOVA 1BDQA 3ZKQA 5P7FA 3I7EA 5CLMA 3BUGA 2NMZA 2XFJA 2PK5A 4GJDA 1G2KA 1QBUA 3ZKNA 3R0YA 5P0ZA 2Q5KA 3OOTA 1G0VA 4OBZA 1RNEA 2ER7E 4IVSA 3SKFA 5P4WA 4LBTA 4XX4A 3KYRA 5HE7A 3IN4A 2VS2A 3RSXA 1FEJC 3O9DA 3HW1A 5P1LA 4Y3JA 1MTBA 5P1SA 1KJFA 2R9BA 5OZFA 3GI6A 4L7GA 3URLA 3UQWA 1HRNA 2V13A 4DQHA 5AHAA 3OQFA 2WF1A 3LZVA 5P65A 1HWRA 5APRE 5P8GA 1NH0A 3CIDA 5P5OA 3RTNA 3SAAA 4FGXA 4D8CA 3QROA 1D4HA 1SMEA 5P69A 5P7LA 2ZJIA 3D1ZA 5P5SA 5HE4A 4FIVA 1B11A 5KR0A 4K4PA 3KM4A 4TRZA 6FIVA 5P0EA 3SA4A 2AZBA 5P62A 5P3ZA 3ZMGA 5P2TA 4I10A 1HXWA 2O4SA 5P7XA 1QBRA 4ZSQA 2OAHA 3INHA 3G6ZA 1A8KA 1HVIA 4H3GA 4CP7A 4F73A 1APWE 5OZCA 1DIFA 2ZHRA 5IVQA 1GKTA 2G21A 5P05A 5P35A 3PSUA 5OZAA 3ZL7A 1ZBGA 5P7VA 3T3CA 3EKPA 4Y50A 3LPJA 3S2OA 3WB4A 4UPJA 3UDJA 5P39A 1HHPA 1T7IA 5P0QA 4RCDA 5JODA 3UQPA 2H6TA 1EC1A 3EM3A 2V11C 3OQ7A 4U8WA 5OZMA 4NKKA 1HTRB 2V0ZC 4J1KA 4Y3AA 5P25A 2NNPA 2G1SA 4DV9A 1ZPKA 4ZEAA 1FB7A 3OGPA 5P4QA 2RKGA 5P5PA 3VF3A 3QAAA 4B72A 4Y4XA 5P01A 3SABA 2B8VA 5P31A 4L1AA 4I0IA 1IZHA 3PBDA 3ER3E 2CENA 1FQ5A 5AH7A 5P1QA 1YM2A 1EPLE 3BXRA 5P1YA 5P5TA 2NPHA 5P1NA 5P6LA 5P8OA 3R4BA 3NXNA 5P08A 3UPJA 3IA9A 4Y4JA 1KJHA 2HB2A 2CEMA 5P4SA 1TQFA 2PYNA 5P6YA 1LF3A 1FFIC 5P2XA 3RSVA 2QHYA 4Y6MA 5P14A 2PSUA 5P4NA 3INFA 3S8IA 4CKUA 2QZLA 4JPEA 5J25A 5P6XA 5P50A 3URIA 5P30A 4FE6A 3ER5E 1MRXA 4R93A 4EJKA 1N49A 1K6VA 2I4DA 2QI6A 5P0LA 5BRYA 3EL9A 3ZKXA 5P0PA 1NSOA 3VF7A 2VJ7A 3OUAA 4YD7A 2BKSA 4PYVA 3K5CA 4PHVA 3T6IA 1TSUA 5P6VA 2QU3A 3ZPUA 1HIVA 5HDVA 5ENKA 3WB5A 3VCMA 1Z1RA 1GVVA 1W6IA 1BILA 3GI4A 3BVBA 3L5EA 1BBSA 2AZ8A 4GJ8A 4D88A 5P8LA 2IEOA 4Y38A 4Y5MA 3OY4A 4CPSA 3PLLA 3UFLA 4D89A 1W5YA 2IL2A 1K6PA 4LAPA 2ER0E 1K6TA 5P1AA 1CMSA 2ZHVA 2QK5A 1CPIA 1EBZA 4XKXA 1M43A 5P2ZA 3OXXA 5P0JA 1HPVA 2OHNA 3R2FA 5P6PA 2VNMA 4EXHA 3PLDA 3NU3A 1B5FB 1B6MA 4ACXA 4L7JA 5B18A 5P7WA 1AIDA 2FDPA 4ZLSA 5DQ5A 4NJUA 1FG6C 3PVKA 2VIYA 2AVSA 4Y3WA 5P4CA 5P7HA 4J0TA 2QNPA 3EKYA 4Y39A 2MIPA 4CMSA 5P85A 5P51A 5OZ9A 1ODXA 3PMYA 5OZ5A 4YDFA 3OK9A 1QBTA 2P3BB 2IKUA 5P3SA 3VLBA 4Q1NA 3TNEA 5P46A 5P4KA 3OQKA 2NXMA 3I6OA 1AJXA 1FQXA 4RZ1A 3UQRA 3O9FA 5HTZA 4Y3GA 2AVQA 5E5KA 2G20A 3D91A 4GJ5A 5P3QA 1EPQE 1FQ4A 4OBDA 5OZDA 1AXAA 2IS0A 5P4JA 4BFDA 5P0OA 4I0DA 4Q1XA 2HPEA 4NJTA 5P4LA 2P3BA 5OZ8A 4B1EA 2AOFA 4YD3A 4Y5CA 3Q70A 2RKFA 3CMSA 4FAEA 3L5FA 4AA8A 1WBKA 4QLHA 4Y3LA 3NUOA 5HDXA 4I11A 1HTGA 5P2YA 3O9CA 1SMRA 1Z8CA 4TRYA 2PQZA 1LF2A 4DUSA 4Y4GA 2AOJA 2I4VA 4N00A 4Y5KA 3NYGA 2AODA 2VA5A 4DJQA 4PZWA 1B6KA 5P74A 4D83A 5I3VA 3HDKA 3KN0A 2I4QA 5KR2A 4DFGA 4H1EA 2G94A 3K4VC 3WSJA 5P49A 2AOIA 1HVKA 3KT2A 5P11A 2BPVA 1IZIA 1UH7A 6APRE 5SY3A 3B80A 5P8FA 4GJ9A 3OAGB 2QI0A 3ZLQA 4H3JA 1LYBB 4Q5MA 3D20A 5C9BA 3WZ8A 2OHUA 3SM2A 2HM1A 5P23A 5TOLA 5P3NA 5OYUA 1LEEA 5P22A 2EWYA 1IBQA 2ZYEA 1MTRA 5C9FA 1EPME 1EBKC 4DVFA 5P44A 3BGBA 1PROA 3T7PA 1C6XA 5P0XA 3OAGA 2FDDA 5P36A 1LYBA 5P2VA 5OZTA 2WJOA 1EPPE 2ER9E 3PCWA 5P12A 5P3EA 1PSOE 1TCXA 1EPRE 2P3CA 2PWRA 3LIVA 2BJUA 5P3IA 5P6UA 1IIQA 2BQVA 4K9HA 3SM1A 5P56A 3VF5A 5P48A 4DQFA 2WF2A 1E80E 2AVVA 5P06A 5P3TA 3KFRA 3INEA 4DJWA 3ZKIA 5P2CA 4Y5PA 4HEGA 5P2LA 4J0ZA 1HSIA 1M0BA 5IVRA 2R5QA 1E81E 3L5CA 2NXDA 1EBYA 5P3LA 2P8HA 4ZPEA 5AHBA 1FIVA 3TPJA 3HVGA 5ENMA 4EJLA 1FMXA 4AUCA 1ODYA 2BPYA 1YG9A 5P0KA 2ZDZA 4S1GA 4I8WA 5IE1A 2HB4A 4I1CA 4OBFA 5P7MA 3F9QA 1K6CA 1XE6A 3QIHA 4LXKA 5UPJA 1FGCC 5P3WA 2G27A 4ACUA 5OZIA 5OYYA 1A30A 1BAIA 2FDEA 3OHFA 5OZOA 3VEUA 2F80A 2IENA 5P3FA 2ANLA 1PPME 3LITA 3NU4A 5P70A 3JVYA 2BPXA 1UH9A 4FSEA 5P76A 1IZEA 4HZTA 3CIBA 1YTGA 5P43A 2QI7A 1YM4A 1T7JA 4DQBA 5P4FA 2V00A 4M8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y48 A;  1DW6 C;  2ZJK A;  3FSM A;  5P5E A;  4Y9W A;  2BB9 A;  5SXN A;  3VV7 A;  2WF3 A;  4A6B A;  3LZY A;  1HSG A;  1RL8 A;  5P4I A;  5P6N A;  3PEP A;  1AVF A;  5OZB A;  5P7U A;  4TRW A;  5P6Q A;  3WZ6 A;  5KOQ A;  5COP A;  5P09 A;  1KJ4 A;  2QP8 A;  3OQD A;  2PYM A;  4YOA A;  4WTU A;  3FNT A;  2F81 A;  3HAU A;  2P3A A;  5DR0 A;  1MIQ A;  1HSH A;  1PFZ A;  2PC0 A;  1Q9P A;  4QJ9 A;  4YE3 A;  3UTL A;  1SP5 A;  5P6H A;  4Y3F A;  5P47 A;  2HS2 A;  4Y47 A;  3MSJ A;  4Y3Q A;  5P2E A;  4EYR A;  2QMF A;  4EQJ A;  7HVP A;  1F7A A;  5P8P A;  3PM4 A;  4Y3P A;  1AJV A;  5P55 A;  2J9K A;  3LIX A;  5P4E A;  2FMB A;  5P4B A;  4KE0 A;  5I70 A;  1A8G A;  1FG8 C;  5DGW A;  5HD0 A;  4GJC A;  5BS4 A;  5P4X A;  2QD8 A;  3S7L A;  5SZ9 A;  5P0S A;  2H6S A;  2IQG A;  5P8J A;  4KUP A;  1T6G A;  4YCK A;  1D4L A;  5P3C A;  3EL5 A;  3GGU A;  1FMB A;  1IVP A;  1OEW A;  2BPW A;  2PH8 A;  5P2D A;  1K2C A;  2VA7 A;  3PB5 A;  3EKQ A;  3QP0 A;  3QPJ A;  2V16 C;  1D4I A;  5P86 A;  5IVT A;  2HIZ A;  5P8R A;  1GNO A;  3S53 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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