3VLAA

Crystal structure of edgp
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
413
structure length
413
Chain Sequence
EPSFRPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGPRPGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATSTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords EDGP
molecule tags Plant protein
source organism Daucus carota
total genus 131
structure length 413
sequence length 413
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlaA02
5P0CA 3PBZA 5P8UA 4GJCA 3IGBA 5APRE 2JE4A 4Y4UA 3OU1A 5P2NA 1SGUA 1WKRA 1UPJA 5P6ZA 3INEA 3PI5A 2VIEA 2QHYA 3GGUA 2F3KA 1FQ6A 2B7FA 3PSGA 4HA5A 4CP7A 5DQ5A 5OZ8A 3KN0A 2RENA 5P4HA 2G24A 4J55A 4OBZA 5P3EA 4NJSA 4APEA 3TKWA 1D4SA 4ZSQA 1ZLFA 2OHQA 1XL2A 5P07A 2FMBA 3IXOA 4NJVA 5AHAA 3ZKIA 1MVPA 3K5GA 1HPVA 4CMSA 2QZLA 4Y43A 1FMBA 3FKTA 1FQ8A 5P64A 3KDBA 2R8NA 2IS0A 4DH6A 3JW2A 3UQPA 1EPOE 2VIZA 3AUPA 3DV1A 4RRNA 2IDWA 4J17A 5P00A 4B77A 3R1GB 5OYWA 2P3AA 5P0NA 3U71A 4R95A 3INFA 5P22A 3L59A 1XN2A 5B18A 5OYTA 3CKRA 2WHHA 1W5VA 1PPME 3BRAA 1SMEA 3OHFA 5OYQA 3Q3TA 1DMPA 3VCMA 5P5BA 4WY6A 5P80A 3EKYA 5P71A 4Y4EA 5P82A 5P6UA 4L1AA 3UDMA 5P5NA 4R8YA 5P3JA 1T6GA 5P14A 3SFCA 1QBSA 4Z4XA 4CPQA 2QZWA 3LZSA 3OOZA 5P1KA 3M9FA 4Y3NA 4U7QA 4QJ2A 4ZSPA 3KM4A 4YD5A 4Y6MA 4DQBA 3O9EA 4CPSA 5P6LA 1ODXA 5P2WA 5P5PA 4NJTA 5OZ9A 3B7VA 3GI6A 5P41A 1HIVA 5P0KA 4Y39A 5JG1A 5P6HA 5P88A 3BUFA 4B05A 5P46A 5P7QA 5OZPA 4HE9A 4PZWA 3ZL7A 3KT2A 1OD1A 5SZ9A 4DJYA 5P6IA 4B1CA 2HS2A 3DOXA 3OUCA 3PSYA 3OXWA 3BVBA 1QDMA 4AZYA 2QU2A 4Y5PA 1RNEA 3T7QA 2XFJA 3HAWA 4J0PA 5P8DA 5P7PA 3VYFA 1FQXA 1FEJC 3OQFA 2ER6E 3O9AA 5P5IA 1ZJ7A 5P4NA 3IXJA 4I0IA 3S43A 5P8PA 5P68A 3SPKA 5DR0A 3HD8A 3IN3A 2ER9E 4K4QA 5KAOA 4DJWA 5P75A 2V11C 1YX9A 4J0VA 4EQ0A 2PWCA 3OUBA 3UDYA 5P62A 1HPOA 2BKSA 5SY3A 2AOCA 2O4PA 3UDHA 4X7IA 1ZPKA 5P4DA 5P3NA 3UDKA 1MEUA 4OBZB 1ME6A 5P51A 5COOA 1CZIE 3HLOA 3S56A 1HXWA 3L5DA 4FE6A 2Z54A 2PSGA 3FNSA 5P4FA 4Y3FA 5P5RA 5P1EA 5P1VA 1YTHA 2FGVA 1GVUA 4RCDA 2ZJLA 4FIVA 1HVCA 4COEA 3OU3A 4DUSA 3O9IA 1K1UA 2B7ZA 2G1SA 1G2KA 4OBHA 4Y4XA 4FLGA 4YDFA 5OZ2A 3MXEA 4Y3JA 3UFLA 4GJBA 3OXXA 2V16C 5P8TA 2F3EA 2BPZA 1ODYA 4J1IA 1EBYA 2HM1A 4CKUA 4LP9A 3EKPA 1BV7A 1APWE 4I12A 5P5KA 1GKTA 3LIZA 5OZGA 4J1KA 3D3TA 5P4SA 1D4IA 5P02A 4U8WA 1XE6A 1E80E 1E82E 4L1AB 3TNEA 2ZGAA 2R3WA 2QMDA 5P2RA 4Y56A 4Y5AA 2IGYA 2FLEA 5P2FA 5OYSA 2RKFA 5P0XA 5P4IA 2BPWA 4YOBA 4D8CA 1EC3A 3L5FA 4H3FA 5P4UA 2AZBA 3RU1A 1APVE 4EYRA 2I4XA 1LF4A 2B8VA 3IVIA 4X2LA 3CIBA 5P1ZA 4F74A 3PBDA 3OU4A 1NH0A 4OBDA 3Q70A 4Y5LA 4ZSMA 3PMUA 4AMTA 4L7GA 2QD8A 4J1FA 2O40A 2QI7A 1HTEA 4IVTA 5P4VA 5P6TA 2HB3A 4TRWA 5COKA 3UQRA 1Z1HA 3EKTA 2AVQA 3AIDA 4YCKA 4PZXA 5P0LA 3G70A 1IVQA 5P3SA 5P86A 1BWAA 3HAUA 5P7HA 4YDGA 5I3YA 5KR2A 1XL5A 3EM3A 3BGBA 5P7OA 2ANLA 5P6RA 3NLSA 5P0VA 3QRSA 5P47A 3UDRA 4UPJA 3OUDA 4Y3PA 3TH9A 5P4TA 3QP0A 3RTNA 1G6LA 5P18A 3VYEA 3SA6A 5ENMA 2WECA 5P39A 5AHBA 1T7JA 1GVXA 2WF0A 4APRE 3NWXA 3ZKMA 1W5XA 3UQUA 3NU6A 4I0DA 5KQXA 4RCEA 1DP5A 4Y3YA 2V12C 3UDPA 3S8IA 5P01A 1K6VA 3O9DA 3OXCA 1YG9A 1HVKA 4B72A 3VFBA 5P53A 3SAAA 5P0YA 5OZNA 1XN3A 5OZDA 4GJDA 4Y57A 5OZOA 5P7JA 2CENA 3TLHA 1TQFA 3EL4A 3EC0A 4QJ6A 2ZHSA 1EAGA 4F76A 3NU5A 3PCZA 1D4HA 3T6IA 5P2SA 1TW7A 4R92A 5P5GA 3Q6YA 5P42A 5P5EA 5ISJA 1RQ9A 1GNNA 5P6EA 4FCOA 1BBSA 4FGXA 5P4KA 4FAEA 4EJDA 1TCWA 3WZ6A 1B6MA 2FGUA 4A4QA 1IVPA 5HD0A 4I10A 3IXKA 4N00A 3Q5HA 5P1HA 1J71A 3UF3A 1M0BA 1JLDA 4Q1YA 3DCKA 5P6PA 2HS1A 1KZKA 4B78A 3PSUA 1MT9A 5P6GA 2PH6A 4Y4AA 5P33A 3SA9A 5P1UA 5P7BA 5P89A 1EC1A 5P6WA 4YCYA 1SDTA 1HBVA 5OYYA 1BXQA 4Y5GA 2Q11A 2JJJA 4RVJA 1OEWA 5OYRA 3UDNA 1PFZA 2HAHA 1HIHA 4YA8A 5OZ4A 2J9KA 3NWQA 5P4CA 1PSAA 2FNSA 5P2EA 4GJ8A 1LYAA 1EC2A 3FNTA 4L6BA 3R2FA 3OU4B 4A6CA 3SLZA 1C6XA 1YM4A 5EZXA 5P7CA 3H5BA 5P2QA 4Z50A 5OZCA 4D83A 4NKKA 5SXNA 5IE1A 9HVPA 3D20A 1SIPA 3OADB 5OYVA 1DW6C 5P83A 6APRE 4OBKA 1TSQA 4RCFA 4U7VA 5I3XA 2QI6A 4RZ1A 1K6TA 5P2TA 4D85A 4Y48A 3SKGA 3LPKA 3OOTA 4Y4GA 3R4BA 5COPA 4GMIA 3QN8A 4CPUA 4YD7A 1AZ5A 1HVIA 3JVYA 3PM4A 4Y5KA 5P8VA 5P0DA 3VUCA 2QHCA 1FF0C 3DJKA 4EQJA 3NDXA 2AOIA 4WY1A 3OUDB 1IZIA 1W5YA 1EPLE 5P35A 3DUYA 3QS1A 3ZPUA 5ENKA 2PC0A 5DQCA 5OYUA 2VA5A 3PB5A 3KFSA 4HDFA 3OTYA 2WJOA 4JP9A 4AA9A 4ZPEA 5HE5A 3QRVA 4QLHA 2Q54A 3FV3A 1AJXA 3NU4A 1N49A 2I4VA 3N4LA 5HDZA 2QI5A 4Y3GA 3K5CA 4A6BA 5P1XA 2IRZA 2I4DA 2O4SA 1G0VA 4JPCA 5P3YA 4F73A 1A94A 1VIJA 1Z1RA 2NMYA 3ZOVA 4ER2E 2J9JA 1MERA 1B6KA 5P56A 5AGZA 2ZYEA 5P16A 2PWRA 2G21A 1MTBA 5P2KA 5P2ZA 3BUGA 4PHVA 5P2VA 5P8HA 4LXKA 3SO9A 5AH8A 3I25A 2G1NA 2ZHRA 3BUHA 3GI4A 3PI0A 3NU9A 1B5FA 5P74A 4PPHA 4Y3DA 3MSJA 2AVMA 2R38A 3BC4A 5HCOA 1HWRA 3L38A 3EKXA 1DPJA 1MT8A 4YD4A 5I3WA 1ZSFA 1W50A 1QBRA 1ZBGA 5P54A 5P2IA 1NPVA 5P1BA 3D91A 3CIDA 2B8LA 4LXAA 5P6FA 2BQVA 1NPAA 5P60A 5P24A 1G35A 5HU1A 1LZQA 2CEJA 1LV1A 5P8CA 3PCWA 3PWRA 1CPIA 2O4NA 5OZ5A 5P52A 2HC0A 2P4JA 5P85A 1HTFA 1AIDA 3RSXA 4FM7A 5P32A 4MC9A 1T6EX 4KB9A 3KMYA 5CLMA 5P38A 5P84A 3C9XA 2O4LA 2Q3KA 5P4RA 2AOJA 4DI2A 5P5MA 5P3KA 5OZMA 4TRYA 6FIVA 3EKWA 2ZHVA 2IENA 5JFUA 3KT5A 4K4RA 4EPJA 5OZEA 5HCTA 1MSMA 2VIJA 3QAAA 1HVHA 3ER5E 5P2AA 5P0QA 1ZP8A 5P70A 4MC1A 2IGXA 5P5SA 1F34A 5P0MA 2AOHA 3OAGA 3CKTA 4DJXA 1E81E 4Y4DA 1T7IA 4DQCA 5I3VA 4Y45A 4Y36A 5HDXA 1HVSA 2FIVA 5I70A 4Z2ZA 5ER1E 3QVCA 1Z8CA 2OHLA 1M4HA 3SA8A 5P5QA 5P3DA 1ZSRA 1FLHA 3VEUA 2Q15A 1XS7D 3LNKA 1K1TA 3H0BA 5P8LA 5P1IA 3APPA 3L58A 4RYCA 5T4SA 2BPXA 5P1JA 5P1OA 4FM6A 3D1ZA 3DK1A 5OZSA 2AVOA 3KYRA 3O9LA 2VA7A 2P8HA 3O99A 2IQGA 2AVSA 3PJ6A 1LS5A 4I0GA 1GNOA 3HW1A 3OU1B 5DR7A 4YD3A 5P25A 4Y3EA 5P29A 1BIMA 5P0PA 2J9JB 1AM5A 2PSVA 4D89A 4IVSA 5EZZA 2Q55A 5P8IA 5P7EA 4I1CA 5P6QA 1YT9A 3UFNA 2I1AA 1FKNA 5P67A 4ZSRA 5P08A 1B5FB 1CMSA 1SBGA 5AHCA 4YHQA 2QMFA 4LXMA 5P5DA 2R43A 1FFFC 5P6XA 2BBBA 2APRA 5P65A 1Q9PA 3LZYA 4ER1E 3ZKGA 3SM1A 4F75A 5P8JA 3EKVA 3I7EA 2QNQA 3UQWA 2A1EA 3PLLA 4Y4ZA 1HXBA 3PHVA 5P27A 4OBFA 3R0YA 1KJ7A 4Q5MA 5P1RA 1MTRA 5ISKA 3K1WA 2P3BA 2WEAA 5P0TA 3ZKQA 2OF0A 4TVHA 4QJ7A 3VSXA 3CKPA 1UH9A 5P3WA 4EP3A 3EL5A 5P8NA 5P3UA 3VV7A 5P4OA 1B6PA 2FS4A 4ACUA 4LAPA 2QI0A 3EM6A 1W51A 4RVXA 3FIVA 3LIYA 4R5NA 4Y44A 2WEDA 3PGIA 4JOOA 1HPSA 5HE4A 3OY4A 4YOAA 5DGUA 4Y3RA 5DR4A 5P8FA 1HVJA 3B80A 2P3CA 5BWYA 3CICA 2AQUA 1FIVA 5P6VA 5P48A 4Y3XA 3OQAA 5TOLA 3DM6A 4I0HA 2AIDA 1F7AA 1DAZC 3KFRA 4RYGA 5P0FA 5P6MA 5P7XA 3LPJA 1HVRA 5P5VA 3TOFA 1C70A 1LEEA 5P2GA 2ER0E 3GGAA 3LPIA 4GB2A 3S2OA 3FNUA 3PMYA 1B11A 3CYWA 4NJUA 3OUAA 2G94A 5P4WA 4FL8A 2NXMA 5P10A 3VV8A 1W6HA 4HZTA 3NUOA 1PSOE 3SKFA 5ER2E 4K8SA 1A9MA 3LIVA 5P2UA 3S7MA 2FXEA 4S1GA 5P0WA 5JFPA 3A2OA 1MUIA 2OHUA 1BXOA 4LC7A 5P3MA 2AZCA 5P8GA 5P1WA 3JVWA 5P28A 5E5KA 4LL3A 4GJ6A 3S43B 4R91A 2B60A 5SY2A 5P6OA 4RRSA 4NPUA 5P8OA 3K4VC 1ER8E 3WZ8A 2IKOA 5P55A 3UDQA 3WB5A 4B70A 2O4KA 4Y5EA 4Y47A 4I0JA 5P3TA 4H3IA 5P3CA 5J25A 2NR6A 3L5EA 5P3FA 1EBZA 4Y51A 3DV5A 5P7FA 4DJUA 2QI1A 4Y54A 5P0JA 1NSOA 3S45A 4B00A 3OGPA 3QBFA 3EL0A 5P4BA 5P0EA 5P0AA 5AH6A 1ZTZA 4NPTA 1FB7A 1MESA 3NXEA 4DQGA 3NUJA 5P2DA 5P12A 3RSVA 5P5XA 2WKZA 5P8EA 3FSMA 5OZ3A 4DQFA 4K9HA 2ZJJA 2Q64A 5P5UA 5JODA 1GVVA 4K4PA 4EWOA 1MRWA 5P8SA 2P3BB 1PPKE 5P03A 2PYMA 5P2MA 3NDWA 7HVPA 3NDTA 2OHTA 3HBOA 5P2JA 5P13A 5P23A 1W5WA 2NXLA 5OZ7A 1D4JA 3EKQA 4HDBA 1VIKA 1YTGA 2Z4OA 5UPJA 2VA6A 5P5AA 5OZTA 3HVPA 3PRSA 4RGHA 4FM8A 5P81A 4B1EA 2VS2A 4Y3QA 1FFIC 3TTPA 3KA2A 4J5JA 1HEGE 5FIVA 3EL1A 1SH9A 3K5DA 3N3IA 2OHRA 4QJ8A 2VJ9A 4EJKA 5OZXA 4EP2A 3FX5A 3OQKA 1EEDP 5P5YA 5P6NA 1IZHA 3OQDA 3ER3E 1K6PA 4QGIA 2P3DA 3WB4A 2AODA 2VKMA 2FDPA 2QK5A 5P2LA 3PWMA 2G69A 1T7KA 4XX3A 2Q63A 5IVTA 1BVEA 2VNMA 2OHSA 3SQFA 2QI4A 3K5FA 2QAKA 5P59A 2WF2A 3VF5A 3URIA 1QRPE 2ASIA 3ST5A 1RL8A 5P6SA 5IVRA 6UPJA 3MXDA 4OC6A 3BGCA 2BPYA 5P3GA 5P5OA 1SMRA 4CPRA 3K4VA 5P61A 3U6AA 3UDJA 1EBKC 5P2YA 2HB4A 2QZKA 4CPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0C A;  3PBZ A;  5P8U A;  4GJC A;  3IGB A;  5APR E;  2JE4 A;  4Y4U A;  3OU1 A;  5P2N A;  1SGU A;  1WKR A;  1UPJ A;  5P6Z A;  3INE A;  3PI5 A;  2VIE A;  2QHY A;  3GGU A;  2F3K A;  1FQ6 A;  2B7F A;  3PSG A;  4HA5 A;  4CP7 A;  5DQ5 A;  5OZ8 A;  3KN0 A;  2REN A;  5P4H A;  2G24 A;  4J55 A;  4OBZ A;  5P3E A;  4NJS A;  4APE A;  3TKW A;  1D4S A;  4ZSQ A;  1ZLF A;  2OHQ A;  1XL2 A;  5P07 A;  2FMB A;  3IXO A;  4NJV A;  5AHA A;  3ZKI A;  1MVP A;  3K5G A;  1HPV A;  4CMS A;  2QZL A;  4Y43 A;  1FMB A;  3FKT A;  1FQ8 A;  5P64 A;  3KDB A;  2R8N A;  2IS0 A;  4DH6 A;  3JW2 A;  3UQP A;  1EPO E;  2VIZ A;  3AUP A;  3DV1 A;  4RRN A;  2IDW A;  4J17 A;  5P00 A;  4B77 A;  3R1G B;  5OYW A;  2P3A A;  5P0N A;  3U71 A;  4R95 A;  3INF A;  5P22 A;  3L59 A;  1XN2 A;  5B18 A;  5OYT A;  3CKR A;  2WHH A;  1W5V A;  1PPM E;  3BRA A;  1SME A;  3OHF A;  5OYQ A;  3Q3T A;  1DMP A;  3VCM A;  5P5B A;  4WY6 A;  5P80 A;  3EKY A;  5P71 A;  4Y4E A;  5P82 A;  5P6U A;  4L1A A;  3UDM A;  5P5N A;  4R8Y A;  5P3J A;  1T6G A;  5P14 A;  3SFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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