3VLBA

Crystal structure of xeg-edgp
Total Genus 101
50100150200250300350400020406080100
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
408
structure length
404
Chain Sequence
RPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFT
50100150200250300350400400300200100
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Plant protein/hydrolase
source organism Daucus carota
publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords EDGP
total genus 101
structure length 404
sequence length 408
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA02
3PLLA 5P85A 4F75A 2QZWA 4Y5MA 1ZBGA 1GNMA 4F74A 2QAKA 1D4IA 3GI4A 5P5KA 3S7MA 4L1AB 5P3HA 3L59A 1UPJA 3QROA 5HTZA 3GGAA 3M9FA 5P2MA 3OAGB 3APRE 3OY4A 4CPXA 3SACA 2AIDA 3BC4A 3IA9A 3KF0A 3OWNA 1RPIA 3UHLA 5P1QA 3EL0A 4Y35A 1GVVA 5P47A 1IDAA 5P6PA 2PYNA 4Y3YA 1B11A 3INFA 4Y5GA 3URLA 3SQFA 3U7SA 4S1GA 5P37A 2R3WA 3DV5A 1E80E 5P77A 3IVHA 2FDEA 4DQCA 1LF2A 5P29A 2O4SA 3CKTA 3PEPA 2WHHA 1MSNA 3R0YA 2NR6A 1OEXA 2VNNA 2I4XA 1IVPA 5P0GA 5KQXA 4PHVA 4YCKA 4FS4A 5OZQA 3Q70A 3BXSA 5P3JA 5P5YA 3IGBA 5P2WA 4Y3SA 3SA4A 4LXAA 4Y44A 5P8UA 1HSIA 2PWCA 3VFAA 1IZIA 2V0ZC 4GJ6A 1HBVA 3D1XA 3VF7A 4TVHA 3SKGA 3EL4A 5P7QA 5DQ5A 5KQFA 3VUCA 5P7SA 4R93A 4Q5MA 3DUYA 1Q9PA 4IVTA 3ST5A 5KR2A 5P1FA 5P3UA 5P6CA 5P6RA 1MERA 3OQ7A 2R38A 2HC0A 3CKRA 1ZPAA 3SA9A 3A2OA 1LF3A 2FDDA 4CPWA 5OZ2A 5FIVA 1D4SA 4YDFA 5P1OA 5P4ZA 4HVPA 2BPWA 4HDFA 5OZ1A 1ZP8A 4YA8A 4OBHA 5P41A 5P7DA 3CKPA 3EL1A 4J0VA 3PI0A 4Y3RA 1HOSA 3ZL7A 3L5FA 2AOHA 2WECA 4PZXA 5C9FA 5P7KA 2B7FA 4TRYA 1LYBA 2BPZA 4PZWA 4FM8A 2QD6A 5KAOA 4U8WA 4Y3AA 4Y4AA 4ZSMA 1TW7A 4J55A 1M0BA 1VIJA 2ZJHA 4WTUA 4Q1WA 5P4CA 5P6ZA 1RL8A 5DQ1A 1HHPA 4GIDA 4Z22A 4R95A 5P8BA 4EWOA 5P03A 1MRWA 5P75A 3NDWA 1HIHA 3ZKMA 5OZAA 3EBZA 4IVSA 2QZLA 1HEFE 3C9XA 1AIDA 4Y5PA 5P65A 3FNTA 5P0VA 2IKUA 3ZKQA 3T7XA 1EAGA 3OQAA 4QJ8A 3QVCA 4Y39A 5P1DA 2ZHRA 1ODWA 5P4RA 5P7EA 3K5CA 3N3IA 1ODYA 2PC0A 2FS4A 5OZ7A 1QRPE 4I8WA 3EC0A 2ZJNA 3OOTA 3L5EA 4Y5CA 1FMXA 5P7AA 5P0IA 5P15A 4RYGA 1OD1A 3KYRA 2AVSA 4R8YA 4EJ8A 4LXKA 4L7GA 2H6TA 1FQ6A 1K2BA 3UDKA 3UF3A 5P5MA 1B6LA 2G1OA 5P74A 1TCWA 1A30A 5P0QA 4D89A 5P89A 1GVTA 1NPWA 3PSGA 3KMYA 3UDNA 4MC9A 1KJHA 1ZSRA 2G24A 3NR6A 3DK1A 1G35A 1IBQA 5P1EA 5P76A 2J9JA 2ZHUA 1SDVA 5P8SA 1OHRA 1BIMA 1XN3A 4B0QA 1BWBA 5P1KA 7UPJA 5HU1A 5P35A 2UXZA 3T3CA 3BXRA 5P7CA 2FNSA 5P5GA 1ER8E 2AZ8A 3DCRA 2NXDA 3GI0A 5OYYA 2AOJA 5P0LA 1LYBB 3DJKA 3EKXA 5P81A 5P0EA 1K1TA 2VIEA 5P8OA 2JE4A 3LZYA 3URIA 1XE5A 1HTRB 5I3WA 5P6UA 2ZJIA 3UQUA 5P09A 2WF3A 4A6CA 4YOAA 3OU3A 1PROA 5P5FA 2QZXA 7HVPA 2P83A 4A4QA 4F73A 1HTFA 3OADA 1RV7A 1GVXA 1UH8A 6UPJA 2VKMA 3ZKGA 1Z1HA 4EPJA 5P00A 1YM2A 2I4QA 3EKYA 5P1HA 2QMGA 5P6XA 5OZXA 3FSMA 5P2ZA 1KJGA 2G69A 3I25A 1XS7D 1G0VA 4N00A 2OAHA 5P3DA 3D20A 4J1KA 5P8CA 4Y3XA 5P5RA 1FG8C 2QNPA 3UTLA 5P82A 4EQ0A 4RVIA 1PPME 3OUDA 5OZOA 1YTHA 3PBZA 5P1SA 4RLDA 5P4GA 5P5OA 5DR4A 4J0ZA 4I0IA 5P5LA 5P8QA 5HVPA 5P4LA 4QJ9A 5DQCA 3FX5A 1BWAA 3APPA 5OZVA 3SM2A 1ZJ7A 5BRYA 4Y4TA 3PSUA 5P25A 2QD7A 2QI3A 4JP9A 5P3BA 3TOHA 5P8IA 2ASIA 2Q5KA 2HAHA 2FIVA 2J9JB 1ENTE 5I3VA 1EPOE 3BGBA 5P4XA 4OBFA 3TNEA 4Q1YA 1NPAA 4Y4UA 3O9FA 4BFDA 4QGIA 2OHQA 5P0DA 4L7HA 1T7JA 5P49A 5P6IA 1QBRA 3QRMA 1EPPE 3OQKA 4Y3HA 5P6BA 2AZBA 1MTBA 4EP2A 2EWYA 4K4QA 2XYFA 2R8NA 5HCOA 5P2OA 4NKKA 3S43A 3HVGA 3K1WA 1BXOA 5P26A 4JECA 4GJDA 1CMSA 2RKFA 4Y48A 5OZ0A 5P1MA 3SKFA 4PPHA 5P2JA 4CKUA 5P0AA 5P3NA 3PLDA 5P5BA 4Y3JA 3T11A 1EPNE 5CONA 3K4VC 3CYXA 5P83A 1C70A 5P4QA 3OADB 3SPKA 1T3RA 5P0YA 1MPPA 4OBKA 5P7YA 3IVIA 3KMXA 1DP5A 4Y4XA 5P3QA 5P71A 4R92A 4F76A 2O40A 2IQGA 3BUFA 3NU3A 4Y9WA 2V12C 3S45A 2I0AA 3LPJA 4I1CA 4RGHA 1FKNA 4Y51A 4DPFA 3RTHA 2QI1A 4ER1E 2QI0A 3TLHA 5P67A 4Y3NA 3S54A 4Y3LA 5P60A 4DJXA 4DQBA 2IGXA 1XN2A 4NPUA 2APRA 3PRSA 3ER5E 3LNKA 2VA7A 5P6DA 4LBTA 3NXEA 5P6JA 2AOIA 3BUHA 1WBMA 5P4SA 1WKRA 5P3ZA 5P7IA 4YD3A 5P4FA 3RTNA 2ER9E 5P23A 2QU3A 5COOA 3VSWA 1EC2A 4FL8A 3O9IA 5P2EA 4I0GA 4COEA 3HLOA 3IXKA 4M8YA 3DM6A 4JPEA 4Y3GA 1T6GA 1TCXA 1MIQA 4YD4A 3VCMA 3S43B 5P4JA 3Q3TA 5P5EA 1SMRA 4ZEAA 4HDPA 3NUOA 5P0JA 5P6KA 4I0JA 5P0OA 5P2UA 5P5ZA 4ACXA 4NJVA 3PHVA 1SMEA 4Y45A 4DJYA 4FIVA 2HM1A 1K6PA 3NXNA 3QRSA 1FB7A 4LP9A 5AH7A 1LV1A 3D91A 2OHPA 1F7AA 5P19A 2PK6A 5F01A 5P2QA 1FF0C 4LL3A 3ZOVA 3GGUA 4Y54A 1U8GA 4J54A 4RVJA 5KQZA 3N4LA 5P3YA 2I4UA 3MWSA 3O9HA 1Z8CA 1QDMA 5P0HA 3IAWA 5AH9A 1JLDA 3MXDA 4R91A 1W5WA 3L5CA 2A4FA 5P1UA 3K4VA 1W51A 4Y58A 4AUCA 4I11A 2IGYA 3EL9A 4MC6A 3R2FA 5P8TA 1MSMA 3BGCA 1J71A 4CPRA 3O9AA 2AOGA 2V13A 2WF0A 1HVCA 3CICA 4APRE 3VF3A 2QCIA 4EP3A 4CMSA 4NJTA 2G22A 3EKTA 5P8EA 1YTIA 5P04A 3LIYA 5P6WA 1SBGA 2WF1A 3O9GA 2NMZA 3KFRA 4Y3PA 1GNOA 3SM1A 4APEA 2AOFA 5OZJA 2NNPA 3KM4A 4Y47A 3S53A 3L5BA 3KN0A 5I3YA 4J1FA 1W5XA 4DJQA 3EL5A 1EPME 4B72A 4NJSA 2BKSA 4Y3FA 5OZ4A 3QPJA 2Q15A 3UQPA 2R3TA 3BRAA 4DPIA 1IZHA 1HVJA 2G1RA 3VV6A 5KR8A 1HIVA 5HE5A 6FIVA 2VA5A 5KOSA 4LHHA 1CZIE 5P1GA 3NWQA 2R9BA 4D83A 4DVFA 5P2IA 5P2XA 5P5HA 4AA9A 3JVWA 2OHLA 1YX9A 5OZIA 1BVEA 5P4TA 1IZDA 2CENA 5OZYA 5DGUA 1CPIA 5P31A 3VYFA 4WY1A 4Y36A 5UPJA 2BB9A 3TPLA 1MTRA 5HCTA 5P16A 5P7ZA 1EPRE 5OZZA 4GZFA 5P2FA 5IVQA 5P28A 5P0FA 3FNUA 3D1ZA 3NU5A 2AZCA 3KFSA 5OYRA 5OZSA 1APWE 4YBFA 2FGUA 2WKZA 3QP0A 1C6XA 2B42A 3G6ZA 2V10C 4Y53A 5P3GA 1TSQA 3OXXA 4DQGA 5P2KA 2XFKA 2FDPA 5DR1A 4OBDA 3HVPA 5HDXA 5P0CA 5P12A 4OBGA 3OTYA 1A9MA 5P87A 5P0MA 1T7IA 2AOEA 4XXSA 4ZSPA 5AH6A 4CP7A 4FLGA 3OQFA 4FGXA 2ZDZA 3IN4A 1D4JA 5OZTA 3G70A 3VLAA 5OZ8A 5ER2E 1APVE 3IN3A 5P51A 2ZJKA 2ER6E 5OZGA 3GW5A 3VG1A 5BWYA 2G20A 1C6ZA 5P7PA 4J0PA 4B05A 1MRXA 3HD8A 5DPZA 3UDHA 3OHFA 3R1GB 3SABA 1HVLA 2ANLA 4MC2A 2G1SA 4HE9A 4ZSRA 5P20A 3WZ7A 1HVHA 4GJAA 4J1IA 3ZMGA 2WEBA 2WEDA 2QI6A 3NDTA 4FM6A 3O9EA 5P1ZA 4ZSQA 2JJJA 4I12A 5P72A 5P4UA 3LHGA 4B00A 4D85A 3PWWA 3CIBA 2OHTA 3MXEA 5P3VA 5P6SA 5P1AA 3BVBA 3OK9A 4DQFA 5OZKA 5P3AA 5P8NA 3TKGA 5OZWA 5P7MA 1LZQA 2Q63A 4Q1NA 4LXMA 3OXVA 5ENKA 4I0HA 1IDBA 2F3FA 3SO9A 1FGCC 3ZPUA 4I8ZA 1B6JA 3TPRA 2XFIA 5CLMA 1LS5A 2PWRA 3OOZA 3GI5A 3LITA 3UQRA 3PSYA 3LZVA 4DJUA 5P80A 2QNNA 2ZE1A 4Z4XA 5P57A 3UPJA 1NSOA 2FNTA 2Q55A 1F34A 5IVRA 2G21A 5SY3A 2V11C 4R5NA 1HTEA 4Y41A 3SA6A 3D1YA 1ZTZA 1AJXA 3Q6YA 5P3WA 4Y3EA 2CEMA 4TRZA 5KQYA 5P3IA 5P4AA 4DJPA 4B70A 4YCYA 5P11A 5P18A 3NYGA 3F9QA 5OZUA 5EZXA 4GJ8A 8HVPA 2AOCA 4BELA 5P3CA 4J1CA 4GJ5A 4KUPA 3TL9A 5P0WA 3QN8A 3T6IA 3ZKXA 5P64A 4ZE6A 2VA6A 4RCEA 4YOBA 1HEGE 1HTGA 1XL5A 1HPOA 2Z54A 1APUE 5P4BA 1WBKA 4DJWA 3VF5A 4CPQA 5JFUA 3BUGA 2P8HA 2VS2A 5P0ZA 1FIVA 1SIVA 5P1WA 3SA3A 2RMPA 2O4LA 1BDLA 2VNMA 4J1HA 3QBHA 3KFNA 3D3TA 1AXAA 3MSJA 4H3IA 3WZ6A 4Y3WA 5P24A 4RZ1A 2F8GA 1GKTA 4Y5BA 5COPA 5ISKA 3HAUA 5OZCA 4ER4E 1XE6A 5E5JA 5OYVA 2IL2A 3L5DA 4H3JA 4EXGA 4CPUA 5P8FA 5HE4A 5P6AA 2Q11A 2OHMA 5P5DA 5P3OA 5ISJA 4A6BA 1GVWA 5P5PA 2ZJJA 2BBBA 2WEAA 1DIFA 1LF4A 5OYZA 1K1UA 1GNNA 4X2LA 1EPQE 4ACUA 3QRVA 4H1EA 5DR3A 3O9DA 3LIZA 5P42A 1KZKA 5P2VA 2NTRA 1BV7A 5P2GA 3VYEA 9HVPA 1VIKA 5P52A 1APTE 4MC1A 5P4PA 2PYMA 1QBUA 3TKWA 1AAQA 1ZPKA 3EM4A 3I2LA 3K5FA 2F3EA 4DQHA 5DGWA 2FLEA 4YE3A 2J9KA 1DPJA 4DJRA 1BILA 1E82E 5KR0A 5P7GA 3UFLA 2Q3KA 4DFGA 1HSGA 4Y4GA 2ER0E 1NH0A 5P1CA 2O4NA 5E5KA 5P0TA 2BKTA 5P2BA 3L58A 5P66A 2OHNA 4RROA 3NDXA 5P4NA 4FRJA 5DR7A 3QI1A 4GJBA 5P34A 5P4IA 1FFIC 2QMDA 2P4JA 5P2LA 5TOLA 5P5VA 3T7QA 4Y38A 5COKA 4I10A 2RENA 4GMIA 2BPXA 4M8XA 3SA8A 1FQ5A 3MSLA 5OZFA 5P2YA 5P50A 3U6AA 4XKXA 4Y5AA 1BDRA 3S8IA 4Y5LA 3UFNA 1FQ8A 2HB4A 1HXWA 2QHCA 5P06A 3QIHA 3OHHA 5P4EA 5P05A 4Y3TA 1HPXA 5P1LA 3AUPA 5P5TA 3Q5HA 2WJOA 3KDCA 4I0ZA 5P7FA 4I0DA 2PSVA 1KJ4A 1YTJA 4HEGA 5P3XA 3OUAA 1A8GA 4Y4WA 3PWMA 5P7OA 4EYRA 5P4HA 3FNSA 2PQZA 5P8RA 4B78A 1HRNA 4GJ7A 5P0UA 5AHBA 2OHSA 1UH7A 1T6EX 4QJ6A 2FGVA 5OYQA 5OZDA 2IKOA 2QI7A 4Y57A 1W6HA 3LIXA 5EZZA 1BV9A 1B6MA 4Z50A 5IE1A 5P02A 1ZSFA 3UDQA 5P55A 5P6NA 5P3LA 1SIPA 2HPFA 5P36A 2VJ9A 3NU4A 1W6IA 4B1CA 2PH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLL A;  5P85 A;  4F75 A;  2QZW A;  4Y5M A;  1ZBG A;  1GNM A;  4F74 A;  2QAK A;  1D4I A;  3GI4 A;  5P5K A;  3S7M A;  4L1A B;  5P3H A;  3L59 A;  1UPJ A;  3QRO A;  5HTZ A;  3GGA A;  3M9F A;  5P2M A;  3OAG B;  3APR E;  3OY4 A;  4CPX A;  3SAC A;  2AID A;  3BC4 A;  3IA9 A;  3KF0 A;  3OWN A;  1RPI A;  3UHL A;  5P1Q A;  3EL0 A;  4Y35 A;  1GVV A;  5P47 A;  1IDA A;  5P6P A;  2PYN A;  4Y3Y A;  1B11 A;  3INF A;  4Y5G A;  3URL A;  3SQF A;  3U7S A;  4S1G A;  5P37 A;  2R3W A;  3DV5 A;  1E80 E;  5P77 A;  3IVH A;  2FDE A;  4DQC A;  1LF2 A;  5P29 A;  2O4S A;  3CKT A;  3PEP A;  2WHH A;  1MSN A;  3R0Y A;  2NR6 A;  1OEX A;  2VNN A;  2I4X A;  1IVP A;  5P0G A;  5KQX A;  4PHV A;  4YCK A;  4FS4 A;  5OZQ A;  3Q70 A;  3BXS A;  5P3J A;  5P5Y A;  3IGB A;  5P2W A;  4Y3S A;  3SA4 A;  4LXA A;  4Y44 A;  5P8U A;  1HSI A;  2PWC A;  3VFA A;  1IZI A;  2V0Z C;  4GJ6 A;  1HBV A;  3D1X A;  3VF7 A;  4TVH A;  3SKG A;  3EL4 A;  5P7Q A;  5DQ5 A;  5KQF A;  3VUC A;  5P7S A;  4R93 A;  4Q5M A;  3DUY A;  1Q9P A;  4IVT A;  3ST5 A;  5KR2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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