3VLBA

Crystal structure of xeg-edgp
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
408
structure length
404
Chain Sequence
RPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords EDGP
molecule tags Plant protein/hydrolase
source organism Daucus carota
total genus 101
structure length 404
sequence length 408
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA02
1APVE 5B18A 1MESA 4K4QA 2QMFA 5P11A 3Q4BA 2XFJA 2FDPA 5P8DA 2VA7A 3O9AA 4J17A 3O9CA 3LZSA 5P0JA 1A30A 3RSVA 4YDFA 5I70A 2JE4A 4GMIA 5P39A 1FLHA 1W6IA 2QZWA 5KR2A 5P79A 3K1WA 1K6PA 2F80A 5AHBA 1AM5A 2I0DA 4H3FA 5P59A 5P31A 3EC0A 3OTSA 2WHHA 5P3TA 1GNMA 4EXHA 4Y5PA 5P4WA 5P22A 5P0YA 4Y4ZA 5P2EA 2VJ7A 1EEDP 4AA9A 2HM1A 3QAAA 5P7SA 5OZYA 4ZSRA 5P7TA 2I1AA 5P00A 4Q5MA 3LIZA 5P4FA 3VF7A 1D4KA 5KQXA 3KDCA 5P86A 5P0CA 5P61A 5IVQA 4I0EA 5IS4A 4R95A 3PCZA 3LPJA 3L5EA 3ZOVA 4Z22A 5KOQA 2O4LA 5KR8A 3IXKA 1HVRA 5P3QA 1ODXA 5OZ4A 1HPSA 1IZDA 3TOHA 3K5CA 1XN2A 3TPJA 2ER6E 5OYSA 4HDBA 5P3SA 5SZ9A 4D8CA 1SGUA 4PZWA 5P71A 4DPFA 1A94A 5P67A 2PWCA 2NXMA 5HTZA 3PWWA 5P4ZA 3NDXA 3PGIA 5J25A 2QP8A 1HEGE 2AQUA 5EZZA 1HTGA 5P82A 5P5OA 3S43A 5JG1A 5P5DA 5OYVA 3H5BA 4Y4BA 3IVIA 5P7GA 5P4IA 1A8KA 3NU9A 5P52A 1IVPA 2A1EA 4KE1A 5P4TA 2G27A 3BUGA 2RMPA 4Y43A 4GJ5A 2WF3A 4LXAA 3L3AA 3D20A 4DJYA 5P3CA 5P7OA 5OZIA 4XX3A 3UFNA 2VNNA 2XYEA 3C9XA 2AVMA 2V13A 5P70A 5P01A 2RKFA 5P6CA 1FMXA 5P3UA 8HVPA 5P84A 1EC2A 2IKOA 5AH9A 4YBFA 2OHLA 1DMPA 5JODA 5P7ZA 3NWQA 1ME6A 1LYWB 3NDWA 3OUDB 5OZTA 1HSGA 3KMYA 2AVSA 4Y5KA 2ZJMA 4JPEA 2NNPA 3GGXA 1DP5A 3LINA 3JVWA 3CMSA 4QJ6A 5P5AA 3FKTA 5P3MA 5P3FA 4B0QA 5P77A 4EJKA 4L7HA 4RYGA 1M0BA 5P0MA 3VSWA 3NU4A 3BVBA 4TVHA 3FIVA 5OYUA 4DV9A 5BS4A 1NH0A 4Z50A 3S53A 5P1SA 4JP9A 5P5WA 4Z4XA 5P58A 5P2BA 1GNOA 2R43A 3OADA 3O9BA 3NDUA 4GJ8A 2HIZA 1QBTA 4DJPA 4DFGA 2G1YA 5P5FA 2P3BB 5P1KA 3TPPA 4IVSA 4J0TA 5P32A 5P3EA 5P3PA 3S7LA 4Y5CA 5P0FA 5P4XA 3VLBA 3SA9A 5IE1A 5P1ZA 3CIBA 5P2XA 4GIDA 3HVGA 5OZ9A 1EPRE 4FGXA 4IVTA 5P0ZA 2QI4A 3INEA 5KR1A 1FQ7A 3PWRA 2NNKA 1EPPE 5P6DA 4QJ2A 4RRNA 5P0RA 1WBKA 5P4AA 5P5XA 5P4VA 5P5CA 1B6JA 5P1XA 5P81A 3JW2A 5DQ1A 2ZHSA 3QRMA 4TRYA 3TOGA 3RU1A 3EM3A 3GI0A 4Y3LA 3UF3A 4GB2A 5OZAA 1YX9A 3EKWA 2P4JA 3S43B 5P1YA 1KJFA 2FGVA 1HHPA 1EBKC 1HIIA 1LYAA 3I25A 5OZBA 5P3IA 1AZ5A 5P50A 3U7SA 3LPIA 1BBSA 6UPJA 5P6AA 1KJHA 5DQ4A 1FG8C 4DQBA 4TRZA 4UPJA 5P8MA 4I0HA 7UPJA 4RROA 1FMUA 2VJ9A 4DJUA 3INDA 1ZSRA 5P33A 5P2MA 1GVVA 4S1GA 2RSPA 2I4XA 1E81E 4QJ9A 5P2GA 3RVIA 2Q15A 5P1JA 3IAWA 1SMRA 2R9BA 5P4EA 5HD0A 5OZ5A 1JLDA 4PPHA 4OBHA 4YOBA 5OZEA 1HPOA 1D4JA 4J55A 4QJ8A 5P23A 1ZAPA 2WECA 5OZLA 5P1HA 1LF2A 1QS8A 4NKKA 5P65A 4I8WA 1FFIC 4Y3SA 5P1UA 4J0PA 3ZKQA 4FAEA 3ZKGA 1HSHA 1FQ8A 4Y35A 4B78A 2NTRA 3O9IA 5P8FA 4BFDA 2FDDA 4B70A 4NJVA 4Y3EA 1HBVA 3DUYA 5P42A 3D1XA 5OYXA 4J54A 4AMTA 1EAGA 4Y5BA 1FQ6A 5P3BA 4Y3AA 3PWMA 1D4YA 4Y41A 5P49A 1C6YA 3PVKA 4OD9A 3EKVA 3UDJA 3OADB 2QI3A 2FXEA 1G35A 3KDDA 3EL0A 5COPA 1HTFA 4FRSA 2BQVA 2FLEA 1HVSA 2B7ZA 3SAAA 5P8BA 1HPXA 4QJAA 1MVPA 2HPFA 5OYZA 4Y5EA 3TPRA 3WZ6A 5OYRA 5EZXA 5DQ5A 5P6OA 4Y6MA 1MERA 5KQZA 1ENTE 1HOSA 3URIA 4DJQA 1EBYA 5P2DA 4YD7A 4ZIPA 1BWAA 5P09A 3KDBA 4RZ1A 3HAUA 4Y58A 2HAHA 1FMBA 1HPVA 4B00A 5P4QA 5P0HA 4Y3HA 4JPCA 5P0LA 5T4SA 4L1AA 3URJA 3N3IA 3BGBA 4Q1NA 3QP0A 4CMSA 5P53A 3NXEA 3O99A 5P4BA 5HU1A 5P5BA 4D85A 5P7FA 4DJOA 4M8XA 4NJUA 2BPYA 5P2FA 5P8RA 2QI6A 3VYFA 3OK9A 5P5TA 3OQDA 4H3JA 5P15A 2V12C 1UH8A 2F81A 3O9EA 1J71A 3PEPA 3D1ZA 1LYAB 3L59A 4ER4E 4BEKA 2AZBA 4KUPA 5IVTA 1DW6C 4FCOA 5P7PA 4XX4A 1LV1A 1FKNA 2F3FA 1NPVA 4FM8A 4J0VA 1AJVA 3VLAA 4TRWA 2WEDA 4EJDA 3HZCA 1XS7D 3G6ZA 2VJ6A 2PK6A 5P48A 2F3KA 1D4IA 2QI0A 1BDLA 2VKMA 3APPA 4AUCA 4QJ7A 1ODYA 5P57A 2FS4A 4F73A 1G0VA 2QU3A 5P02A 2UPJA 5P1DA 1PPLE 3QBHA 2QMGA 5P7WA 4LBTA 3VF3A 3NUJA 4B05A 5P0AA 5P1AA 4E43A 3KFRA 5OYTA 4Y5NA 1B5FA 4Y37A 5P7RA 1BAIA 1OD1A 3TPLA 1BVEA 2R3WA 5OZ6A 4Y47A 1W5VA 2NXDA 2AZ9A 3DCKA 5P6YA 4Y4AA 3SKGA 3TOFA 3DCRA 4J0ZA 1RNEA 5P3NA 5OZMA 5P5YA 3F9QA 3EKPA 1K6CA 3UDHA 4HZTA 3SFCA 3VCMA 1BVGA 5P5ZA 1T7IA 2QMDA 3OY4A 5P20A 3IN3A 3B80A 1QBUA 4Y48A 4J1KA 1TSQA 1K1TA 1D4SA 4Y3TA 5P5HA 5P64A 3PI5A 2WF1A 1Q9PA 2ZHVA 3I2LA 4ZPEA 5I3XA 5P45A 4Y38A 4APEA 5P6MA 2ANLA 1M4HA 3CKTA 5COOA 1C6ZA 5P0NA 5P8OA 6APRE 4Y4DA 3LIYA 3LIQA 1IBQA 1K2BA 4I10A 3EM6A 5BWYA 5P8SA 3NDTA 1APTE 4FSEA 5P5PA 4Y36A 1HTEA 4I0FA 5OZ7A 3UDPA 4EJLA 4GJCA 3MSJA 5DQ2A 4L1AB 3MSLA 2I4VA 3U6AA 5P12A 2P83A 2V16C 4DI2A 5P2HA 2P3BA 5DR3A 1K6VA 4EYRA 2FIVA 3K5FA 4FM7A 4DQCA 1HIVA 2HB3A 3ST5A 3IGBA 4Y4UA 5P6JA 3DV5A 3ZPSA 5P34A 2ASIA 5P7LA 5ENKA 3ZMGA 4CPRA 5P05A 4A6CA 3UDRA 2G22A 4NPUA 3BGCA 4RCDA 4RCEA 4Y51A 2WF0A 2G1SA 5OZZA 4J1FA 5P0WA 1K6TA 2VIZA 3MSKA 3HAWA 2PMAA 4FM6A 5P7MA 1SIVA 2FNSA 4I0DA 3SA4A 4Y3QA 3KT2A 3SACA 3S7MA 5OZHA 3ZKXA 2R5PA 5P2JA 4F75A 5P63A 1GKTA 2XFKA 5P13A 1QDMA 4U7VA 4Y4WA 2JJJA 2HB2A 1TCWA 1B6LA 5P7XA 2AIDA 4R91A 1E80E 4Y3NA 5P6IA 3OGQA 5P4CA 3INFA 5HDZA 5SY2A 1WBMA 5P7QA 4YBIA 5P06A 3EKTA 4YOAA 4YD3A 4J1IA 1B5FB 2V0ZC 5HCOA 1C70A 1RPIA 5P25A 2QK5A 4R93A 4GJDA 4I0ZA 5SY3A 1BWBA 3ZPTA 3AIDA 1YM2A 2WKZA 2ZGAA 1RL8A 5P2LA 5OZCA 1T3RA 2BKTA 5P1CA 5P19A 1GVXA 4GJ7A 2G69A 1ZJ7A 1GVWA 1UH9A 3WZ7A 3BUFA 4KB9A 4ZPFA 2IKUA 3Q5HA 5P55A 3BUHA 4HEGA 4K4RA 3OU1A 5P6QA 3UHLA 5P73A 5OZKA 3GGVA 3JVYA 3SPKA 1HRNA 1IVQA 4EHCA 5COKA 1SDVA 5P89A 2QI5A 1YG9A 3CKPA 5C9FA 3FNUA 4OBGA 5P43A 2NMZA 2OHTA 5P3AA 1IDAA 2CENA 5P8CA 2PQZA 4YCTA 4GJAA 3SA6A 1W5WA 2WL0A 5P2IA 1MRXA 4EQJA 1W5XA 3K4VA 1MUIA 5CLMA 3VYEA 5P7IA 2B8VA 5P5MA 1F7AA 4D88A 3PRSA 5P3YA 2AOGA 4Y4XA 5IVRA 4DPIA 2PH8A 5P2OA 5P78A 2VIJA 4Y3PA 3UQWA 2PSGA 5P3HA 3HDKA 4CP7A 3CYWA 3TH9A 4YE3A 4APRE 2EWYA 5P68A 3S45A 2ZHUA 3NUOA 5TOLA 4RVJA 2H6TA 4Y45A 5P3DA 5P8TA 4FLGA 5OZWA 2P3AA 2P8HA 5P2TA 2R3TA 3BRAA 2P3CA 2IS0A 3I7EA 3S8IA 2ZHRA 2VNMA 4XXSA 4Y3RA 5HDUA 2P3DA 3KT5A 1ZTZA 3BXSA 3L5BA 3IVHA 2VS2A 4COEA 4DVFA 5KQYA 5P5KA 6FIVA 5P3VA 5DGWA 4MC2A 2O4KA 2R38A 3TKGA 4YCKA 5P2YA 2OHKA 4EP2A 2QD8A 4PYVA 3Q3TA 3G72A 3GI6A 5AH8A 5P6BA 3CKRA 4EQ0A 4I11A 1W6HA 2QHYA 3T11A 5P4RA 3PLDA 4BFBA 4EJ8A 5P44A 2QNPA 4CPQA 2O4PA 3L5DA 5E5JA 5P3XA 4HVPA 4L6BA 3RSXA 4ZSQA 3CYXA 5P2RA 2WEAA 4Y4EA 5P7EA 3MWSA 2OHPA 3OQAA 3EM4A 5P2ZA 1RQ9A 2UY0A 3VG1A 1BV9A 5P74A 5HVPA 2G21A 3WB4A 4LL3A 2PYNA 2AODA 3MXEA 3PJ6A 2O40A 2OHSA 1MT7A 5OZ8A 3GGAA 5P6VA 2CEJA 1CZIE 5JFUA 2UXZA 5P3WA 1SH9A 3PBDA 4B1EA 1MEUA 1DIFA 3EL9A 1MTRA 5P6LA 2AZCA 5P80A 3OU1B 4LC7A 4GYEA 5OZ3A 3QVCA 3I6OA 5OZXA 1XE6A 4EWOA 4QLHA 3UQRA 2CEMA 1PPKE 1RV7A 3UQXA 1ZLFA 4RLDA 2OHQA 4JOOA 2QAKA 2G1OA 2MIPA 2ZJHA 3CICA 3LITA 4DQFA 4YD4A 5P6EA 4X7IA 1K1UA 4WY6A 4YD5A 5OZSA 3O9FA 5P8EA 4M8YA 4J1EA 1E5OE 3QN8A 3OXWA 1XE5A 4Y4GA 2O4SA 1EC3A 4Y3GA 5OZFA 3UDMA 3RTMA 5OZVA 5P4SA 1B11A 2Q64A 3UPJA 4YDGA 4R5NA 4F74A 1A9MA 4Q1WA 5DR7A 5P2CA 2QHZA 4DUSA 5P7YA 5OZQA 3GI5A 1HTRB 3EBZA 3R2FA 1YTIA 2SAMA 4R92A 3ZPUA 3ER3E 3OUCA 1BDQA 5P1LA 3G70A 5P38A 4X2LA 3INHA 5IVSA 3ZL7A 3A2OA 2B7FA 3KFNA 3NU3A 3NXNA 4FL8A 5AHCA 1IZIA 5OZPA 5P7BA 4J1HA 3QROA 4XKXA 2JJIA 3EKXA 1B6PA 5P72A 1N49A 2Q54A 1FQ5A 3T7XA 4FIVA 5E5KA 3L5FA 5P51A 4GJ9A 1XL5A 5P35A 5P7KA 5P6RA 1NPAA 3OXVA 4U7QA 1K2CA 3K4VC 4I0GA 3NU6A 5BRYA 5P16A 3EKYA 3GW5A 5HE7A 4QGIA 5P7HA 5DQCA 3KYRA 1QBRA 1PSNA 5OZGA 1QRPE 1D4HA 1APWE 3CIDA 5P5SA 1HEFE 1PSAA 5OYWA 2G1NA 2Q3KA 5UPJA 1HVKA 2Z4OA 5P8AA 4H3IA 4RYCA 4FAFA 5P75A 5OZ0A 5P41A 4ER1E 5P4DA 4ER2E 2QMPA 3OAGA 2ER7E 3OUBA 2WJOA 3ZLQA 1OEXA 3PCWA 3GGUA 5ENMA 4DJVA 4LAPA 5P1NA 5P3ZA 5P47A 2BPVA 1XDHA 2PSUA 3OU4A 3OQ7A 5P1QA 5JFPA 4U8WA 5P6PA 1A8GA 1E82E 1GNNA 3OGPA 3T7QA 1EBWA 2IEOA 2HS1A 3NSHA 3SA3A 1NSOA 5P8IA 1IZEA 2IL2A 2B8LA 4Z2ZA 5P1PA 5OZ1A 2AVOA 1W51A 3NR6A 1FEJC 1IZHA 3Q6YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APV E;  5B18 A;  1MES A;  4K4Q A;  2QMF A;  5P11 A;  3Q4B A;  2XFJ A;  2FDP A;  5P8D A;  2VA7 A;  3O9A A;  4J17 A;  3O9C A;  3LZS A;  5P0J A;  1A30 A;  3RSV A;  4YDF A;  5I70 A;  2JE4 A;  4GMI A;  5P39 A;  1FLH A;  1W6I A;  2QZW A;  5KR2 A;  5P79 A;  3K1W A;  1K6P A;  2F80 A;  5AHB A;  1AM5 A;  2I0D A;  4H3F A;  5P59 A;  5P31 A;  3EC0 A;  3OTS A;  2WHH A;  5P3T A;  1GNM A;  4EXH A;  4Y5P A;  5P4W A;  5P22 A;  5P0Y A;  4Y4Z A;  5P2E A;  2VJ7 A;  1EED P;  4AA9 A;  2HM1 A;  3QAA A;  5P7S A;  5OZY A;  4ZSR A;  5P7T A;  2I1A A;  5P00 A;  4Q5M A;  3LIZ A;  5P4F A;  3VF7 A;  1D4K A;  5KQX A;  3KDC A;  5P86 A;  5P0C A;  5P61 A;  5IVQ A;  4I0E A;  5IS4 A;  4R95 A;  3PCZ A;  3LPJ A;  3L5E A;  3ZOV A;  4Z22 A;  5KOQ A;  2O4L A;  5KR8 A;  3IXK A;  1HVR A;  5P3Q A;  1ODX A;  5OZ4 A;  1HPS A;  1IZD A;  3TOH A;  3K5C A;  1XN2 A;  3TPJ A;  2ER6 E;  5OYS A;  4HDB A;  5P3S A;  5SZ9 A;  4D8C A;  1SGU A;  4PZW A;  5P71 A;  4DPF A;  1A94 A;  5P67 A;  2PWC A;  2NXM A;  5HTZ A;  3PWW A;  5P4Z A;  3NDX A;  3PGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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