3VV6A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s, 2r)-2-phenylcyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
389
structure length
360
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 360
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv6A02
1HSHA 4Y4GA 4Y4EA 5P25A 2OHKA 2QI6A 4Q5MA 3FIVA 2PWCA 4MC2A 1HIIA 2B60A 2OHNA 2B8VA 3L38A 1IDAA 5P7LA 4RVIA 5P3SA 3WB4A 4DQGA 4B1EA 4PEPA 5P34A 1FQ8A 3QS1A 5P4XA 5HDXA 5P3ZA 3NXNA 2IKOA 5P2JA 5BWYA 4RVJA 2VS2A 3URLA 2R3WA 4EXGA 5P8UA 5OZQA 5P4ZA 3ER3E 3OTSA 3BUFA 2O4NA 2F8GA 4CP7A 5OZKA 5P5KA 5P7SA 5P5EA 5ENMA 5PEPA 5P54A 1RV7A 3PSYA 4NJTA 3VSWA 3PI5A 1GNMA 2QI7A 3LITA 3LPJA 4Y38A 2HB4A 3U7SA 1KJ7A 4I0ZA 5P70A 5P57A 5P6KA 1OEXA 5P6TA 4Y3AA 5P84A 4D8CA 3SA5A 3MXEA 4U8WA 1AVFA 2R5QA 2WHHA 3O9GA 4J55A 3EKWA 5P0VA 5P03A 1HPXA 3OU1B 4Y54A 3AIDA 3WZ8A 1DAZC 2ZHTA 3PWMA 1YX9A 2FLEA 5P2TA 2RSPA 3VUCA 1Z8CA 4DJWA 4HA5A 3AUPA 4I0FA 1APWE 2XFIA 1OEWA 1K2BA 1HTEA 2AZ8A 3PBZA 3VG1A 5P4HA 5IVTA 2ER7E 4J1KA 2JE4A 1G6LA 5P3BA 1FIVA 2WF1A 1EBWA 1Q9PA 2QNPA 3R0YA 5P23A 3OTYA 1HIHA 3T7QA 2OHQA 5OZTA 2V00A 2WEDA 3EKYA 2I4WA 4APEA 3SA6A 2ANLA 5P7YA 4Y5CA 3PMUA 3QN8A 5P88A 5P4UA 1NPWA 3S8IA 5JFUA 3PSGA 4Z50A 4QLHA 1BV9A 3QAAA 2AOGA 3VV7A 5OZVA 1C6YA 3ZPUA 4RRSA 3JW2A 4DV9A 4JP9A 5KQXA 5P2RA 3UDHA 1BAIA 1MSMA 4Y5EA 2H6TA 1HBVA 3FX5A 3U6AA 1META 4RLDA 2B8LA 3O9EA 1FG6C 2OHUA 1HVCA 3OXXA 2G26A 5P61A 3ZPSA 5P2SA 1FMBA 4K4RA 4I8WA 1XL5A 5EZZA 3RTNA 3TKGA 2R9BA 4J1EA 2AZCA 1YM2A 5P3VA 3KN0A 5P8AA 2HC0A 4Y5GA 3PWRA 5P3XA 1AXAA 3O9LB 3SA7A 1B5FB 2QZLA 3S2OA 3QBFA 1TQFA 5OYUA 1HSGA 4QGIA 1APUE 2F3FA 3SKFA 2UPJA 2WL0A 5OZCA 1UPJA 1MSNA 5P5YA 2V0ZC 3NU5A 4PYVA 3Q4BA 4J0PA 5P12A 2QP8A 4EJDA 5P7UA 4QJ6A 5C9FA 5P1UA 3NDXA 3PCWA 5P0IA 4GMIA 4Y37A 5P08A 2J9KA 5DR8A 4Y4ZA 5P5OA 2PYMA 5P5IA 4Y3PA 4ZSMA 2V11C 5P47A 4Q1XA 4DQHA 1A8GA 1K1TA 4J0TA 2Z4OA 4J1HA 4OC6B 1IIQA 2G94A 3WB5A 4Y3SA 2IDWA 1B6PA 5P36A 1K6TA 5P5BA 4EWOA 5ISKA 2QI5A 1W6IA 4J0VA 4RCDA 2IRZA 3SLZA 4M8YA 4HLAA 1YG9A 3PWWA 1LS5A 5DQ1A 2QCIA 5JODA 3KFSA 2Q64A 3CIBA 5P2KA 5KR0A 1AJXA 5P4AA 5P3DA 3T3CA 4YDGA 3ZPTA 4DQCA 3EL0A 5OYQA 2AVVA 5OZ0A 4RYCA 5APRE 1EPLE 4DH6A 5P1IA 5P1KA 5ENKA 4ZSPA 2QHYA 5BS4A 3RVIA 1RPIA 4Y5LA 1SH9A 4I0DA 5P3UA 2ZDZA 3UQRA 2XYFA 5P7DA 4EP2A 3SA3A 4D83A 3CKRA 5P7RA 1W5YA 2BKTA 4LL3A 2ZHVA 3UCBA 4NPUA 3UDMA 3SAAA 2ZHUA 4DPIA 5OYYA 3OK9A 2FXEA 2I4DA 1EPNE 4RCEA 3KDDA 4FGXA 4R92A 5OZAA 3VV6A 5P1NA 3OUDA 2HS1A 4XKXA 3HAWA 5P4QA 5P1XA 1SP5A 4GB2A 4CKUA 2VNMA 3DM6A 2BJUA 4ZLSA 5P4EA 4Y4TA 3T6IA 4K4QA 5P3KA 3ZKIA 4OD9B 5P3YA 3SPKA 5P7KA 3RTMA 5P79A 2ZE1A 5P2YA 4YE3A 3G72A 3FNSA 5P6EA 1M43A 3S56A 1SGZA 5HDUA 4DJPA 1HHPA 3O9IA 5P5AA 1ZPAA 1G35A 3NU6A 3HD8A 5P2QA 3CKTA 4LHHA 4OBHA 1BVEA 3Q5HA 2SAMA 3B7VA 3L59A 5P8MA 5P0CA 4CPRA 1BWAA 2VA6A 4L7JA 1MIQA 4JPEA 3UDRA 2I1AA 2G1NA 1MVPA 1HEFE 2PC0A 1Z1RA 2AVMA 3HBOA 2NNKA 2QAKA 4OBGA 3UTLA 5E5KA 3MSKA 3I7EA 1YTJA 4FCOA 5P2CA 1LYWA 3LIVA 1C6ZA 3EKPA 3INEA 1HPOA 5HCTA 2OHTA 5P6AA 5P1SA 5IVQA 2JYSA 2VIZA 4I11A 5SXNA 3M9FA 5P6ZA 2PQZA 1BDLA 4B1DA 1FQ6A 4Y3HA 3NU4A 5OZOA 3IGBA 5P27A 4H3FA 1LF2A 4Y4XA 5P17A 2QD8A 4Y3JA 2H6SA 1HVLA 5JFPA 2J9JA 4J1CA 3SQFA 3VF3A 2JJIA 4HDBA 4EXHA 5DQ5A 4YD4A 1IZIA 5P37A 1DW6C 5P3OA 3OU4A 3NDWA 4Y36A 5P4FA 3QRSA 4RZ1A 5OZZA 3L58A 3KMYA 5P7HA 1HTFA 1QBSA 4Y5BA 2B42A 3PRSA 5P28A 4A6BA 3OADB 5OZSA 5P7XA 3GGUA 5P0UA 5OZPA 5P1AA 2AVSA 1ENTE 4H3JA 3FV3A 2QNQA 1LYBA 4NJVA 1W6HA 4TRYA 4WTUA 4CPUA 3PGIA 5HTZA 3PJ6A 3NWQA 1C6XA 2Q11A 5HU0A 5P39A 4NJUA 5P0XA 3HLOA 1KJ4A 1HEGE 3APPA 1JLDA 8HVPA 5P75A 3LZYA 3TOHA 1ZSRA 5P4WA 3ZLQA 1SMEA 1D4LA 5HD0A 5P6JA 3HAUA 3A2OA 3VSXA 3PEPA 4DJVA 5P8OA 5P4RA 4ZPGA 4ZPFA 4Z22A 2P83A 5OZ9A 3G6ZA 1G2KA 1BDQA 5P2MA 5P07A 1GVXA 4FM6A 5P2VA 4B00A 2I4QA 3RSVA 4Y3EA 5P0AA 4Y5NA 1ER8E 2IS0A 4AA9A 4BFDA 5P5GA 4YBIA 1SIPA 4TRWA 2QZWA 1DPJA 4FAFA 5P7CA 1FQ5A 1IBQA 5P1FA 2PK6A 2QI1A 5IE1A 1ODWA 1AM5A 5P3WA 4J1FA 1UH7A 1FQXA 1C70A 3BVAA 5P5WA 2O4LA 3N4LA 2AVQA 5OZ8A 1KZKA 2FMBA 3PCZA 2CENA 3RTHA 2HIZA 1EPME 4YD7A 1W50A 1T3RA 1SDVA 1FMXA 2QI4A 5P8VA 2NMYA 5P4TA 4L6BA 3EM4A 1PSNA 5P55A 3NUJA 5P6LA 5OZ5A 3OUAA 5P3LA 3L5FA 4F74A 1QBTA 5P2WA 1NSOA 5P1LA 3KM4A 3APRE 2G1SA 5OZRA 1IZDA 5KR8A 5P0YA 4J0YA 5P2GA 5HVPA 5P2UA 3DJKA 3NDUA 2AOEA 5P3QA 5OZBA 3NU3A 3DV1A 4Y50A 1QRPE 1HSIA 4QJ2A 5OZFA 2ZJMA 3KMXA 3UPJA 1YM4A 3O9HA 3N3IA 1XN2A 5P63A 5P8PA 2Q55A 3OQ7A 5P1CA 5P8NA 2WEZA 1HVKA 2WKZA 4TVHA 5P1RA 5P8DA 3MSJA 1WBKA 4RGHA 2OHSA 3H5BA 2OAHA 1FKNA 2MIPA 5P5NA 5P2LA 1EBKC 1FLHA 4Y3MA 3BRAA 3EKQA 3QP0A 4X7IA 2AOFA 3OU1A 3OU3A 5KAOA 2IGXA 2G22A 4XXSA 3D91A 5P8EA 1F34A 2ER6E 5P4CA 4FAEA 3S7LA 5P6HA 1PSAA 4R8YA 1XS7D 3NUOA 5P2OA 1FMUA 3UQUA 2BKSA 2P3CA 2HB2A 2QU2A 5P0LA 5OZEA 3EM6A 1BWBA 5P80A 4Y3TA 4YDFA 2IENA 3KT5A 3O9CA 5BRYA 3PI0A 5P5ZA 5P4PA 4EJLA 1HRNA 5P82A 5P8SA 5P1OA 3UDQA 1QS8A 5P51A 4APRE 2WF4A 5P5VA 1AJVA 5OZMA 4FIVA 3EMYA 4QJ8A 5DR0A 3Q3TA 3GI5A 5P6YA 2Q15A 3OXWA 1W5WA 5P44A 5P43A 4K8SA 3LIZA 3QVCA 3KF0A 5P7GA 2BBBA 1T6EX 6FIVA 2ZHRA 2R43A 1HVRA 3K4VA 5P32A 5C9DA 2WEAA 3BUHA 4Y48A 5OZUA 3T11A 3OXVA 3ZOVA 2HPFA 2I4XA 4K9HA 3VFBA 1MTRA 1PPME 3GI0A 5P2NA 2NNPA 3GGXA 5P2IA 3IAWA 2QI0A 5P4NA 1D4HA 3VV8A 2WJOA 3VYDA 5AHAA 2ZGAA 5P0SA 2ZJLA 2NXLA 4FM8A 2I0AA 4GJ5A 1K1UA 4Y35A 4YD5A 3SFCA 5HU1A 2PH8A 3JVYA 3O9FA 2VIYA 3I25A 4R93A 1A8KA 3L5BA 5P6VA 2A1EA 5P7BA 5P1YA 2O4SA 4DFGA 2FXDA 4H1EA 2G21A 5P2HA 5P4YA 4Y47A 1B5FA 3L5DA 2AQUA 2G1OA 2P3BB 1FFFC 2FIVA 5DQCA 5P0KA 1W5XA 5P2FA 1GNNA 5P5JA 2B7ZA 1PROA 4YCTA 1E82E 3T7PA 2QNNA 5SY2A 3IN3A 1KJGA 1FQ4A 5P5LA 1W51A 3UDJA 4LXAA 4Y3YA 4UPJA 3SA8A 2QI3A 4I12A 5DGUA 3QIHA 3QRVA 3LPKA 1NPVA 4KB9A 3KFPA 2VKMA 1K6VA 2I4UA 1B11A 4E43A 5DR4A 4DJYA 3EL9A 2F80A 4DJRA 3CIDA 2XFKA 4Y4UA 3PLDA 3VCMA 3EM3A 3NDTA 4ACUA 5P15A 3ECGA 4AUCA 5P1JA 3OHHA 3S53A 4ZEAA 4RROA 5P46A 4OBDA 3CYWA 3IXKA 1BILA 1VIJA 3CYXA 5P3FA 5P8LA 5P45A 3TOFA 3OWNA 4GJCA 4Y4WA 5AH7A 2PMAA 4FRSA 4GJBA 2IL2A 5P0MA 1YTHA 5P59A 1ODXA 3SACA 5HE4A 4XX3A 3UDYA 4FLGA 4U7QA 5P3RA 5P1MA 3UFLA 3NYGA 4Y3ZA 1CMSA 3OGPA 2QD7A 1HXBA 3DCKA 4DQBA 5P7TA 4R91A 4DUSA 1MUIA 4Y6MA 1BDRA 5P7ZA 5FIVA 5P8RA 5P5SA 4CPTA 3JVWA 5P4KA 1QDMA 3Q70A 4Y57A 4I0GA 4J0ZA 4FS4A 4EQ0A 3SM2A 3GGVA 3KDBA 1EBZA 2QD6A 5IVSA 1OHRA 2RKGA 5P4BA 5P6IA 3SM1A 3EKVA 1T6GA 3O9DA 5P6QA 4A6CA 2QMGA 5OZYA 1A94A 2R8NA 1UH8A 5P1PA 3QVIA 1SBGA 1VIKA 3GI6A 3TPPA 3WZ6A 3L3AA 4OD9A 3ST5A 5P1GA 4NJSA 5P49A 1D4YA 1SDTA 4LBTA 3GI4A 4YBFA 2QMPA 4DQFA 3BVBA 2IGYA 5DQ2A 5OYRA 2Q3KA 6APRE 1PFZA 4FM7A 1SMRA 2IKUA 4FRJA 1EC0A 4RYGA 3D20A 5P7VA 1HTRB 5P5RA 1MPPA 5P67A 1XE5A 4LAPA 1FEJC 4Y43A 3PVKA 3PB5A 1D4SA 5HDZA 1FF0C 5P60A 1APVE 2P8HA 5P6UA 2ZJIA 5OZXA 2VJ6A 4Y5KA 5P38A 2VIJA 3LZVA 3TKWA 4ZE6A 4ACXA 1BIMA 1AIDA 5P6FA 1GKTA 3UF3A 1LYAB 2BPVA 2UXZA 1Z1HA 3IVIA 2NXDA 4L1AB 1NPAA 5P1VA 5P8GA 1HVSA 3OUDB 1ZJ7A 3HVPA 4QJAA 5P2ZA 4FSLA 4Y4BA 4I0EA 3MSLA 2FDPA 4Y41A 1GVTA 5P6GA 4I0JA 5P20A 4RCFA 3OQKA 4Y3GA 4AA8A 3DV5A 5HE7A 2Z54A 1RL8A 2CEJA 4X2LA 4XX4A 1MT9A 5P1ZA 5P26A 5P48A 4CPQA 4NKKA 3KA2A 4Q1YA 3TPRA 3TNEA 1QBRA 1G0VA 5P6SA 3HW1A 2HM1A 4Y3DA 3TOGA 2V16C 4DQEA 5P0WA 4GYEA 4BEKA 2O4KA 1E80E 5OYWA 3NU9A 6UPJA 4DJQA 4HDPA 1EC2A 3OUBA 3OADA 4J1IA 2JXRA 4TRZA 3EL4A 3QROA 1B6LA 1LYWB 5P7NA 2F3EA 5P5TA 5P6OA 3TPLA 2AOCA 3LZSA 5P31A 5DPZA 3MXDA 5P4VA 2V12C 7UPJA 1HWRA 2P3AA 5P04A 5P33A 4D88A 1IVQA 1DMPA 3KFNA 5I3VA 5P6NA 4EYRA 5OZ1A 4Z2ZA 5P7EA 5P3MA 4ZPEA 2OHRA 5P0PA 4ZIPA 2OF0A 5P2XA 3LIQA 5IS4A 1GNOA 3OQAA 3WZ7A 3FSMA 4GJ8A 4HDFA 3MWSA 5P6XA 5P8FA 5KQYA 4EJKA 5P2EA 2O4PA 5OZGA 5P6CA 4B1CA 5OYTA 1EBYA 2Q63A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSH A;  4Y4G A;  4Y4E A;  5P25 A;  2OHK A;  2QI6 A;  4Q5M A;  3FIV A;  2PWC A;  4MC2 A;  1HII A;  2B60 A;  2OHN A;  2B8V A;  3L38 A;  1IDA A;  5P7L A;  4RVI A;  5P3S A;  3WB4 A;  4DQG A;  4B1E A;  4PEP A;  5P34 A;  1FQ8 A;  3QS1 A;  5P4X A;  5HDX A;  5P3Z A;  3NXN A;  2IKO A;  5P2J A;  5BWY A;  4RVJ A;  2VS2 A;  3URL A;  2R3W A;  4EXG A;  5P8U A;  5OZQ A;  5P4Z A;  3ER3 E;  3OTS A;  3BUF A;  2O4N A;  2F8G A;  4CP7 A;  5OZK A;  5P5K A;  5P7S A;  5P5E A;  5ENM A;  5PEP A;  5P54 A;  1RV7 A;  3PSY A;  4NJT A;  3VSW A;  3PI5 A;  1GNM A;  2QI7 A;  3LIT A;  3LPJ A;  4Y38 A;  2HB4 A;  3U7S A;  1KJ7 A;  4I0Z A;  5P70 A;  5P57 A;  5P6K A;  1OEX A;  5P6T A;  4Y3A A;  5P84 A;  4D8C A;  3SA5 A;  3MXE A;  4U8W A;  1AVF A;  2R5Q A;  2WHH A;  3O9G A;  4J55 A;  3EKW A;  5P0V A;  5P03 A;  1HPX A;  3OU1 B;  4Y54 A;  3AID A;  3WZ8 A;  1DAZ C;  2ZHT A;  3PWM A;  1YX9 A;  2FLE A;  5P2T A;  2RSP A;  3VUC A;  1Z8C A;  4DJW A;  4HA5 A;  3AUP A;  4I0F A;  1APW E;  2XFI A;  1OEW A;  1K2B A;  1HTE A;  2AZ8 A;  3PBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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