3VV6 | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	389
structure length	360
Chain Sequence	GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__410370563796541__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__410370563796541__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VV6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__410370563796541__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"410370563796541","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VV6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__410370563796541__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03580c6b155ddeeec93cf2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03580c6b155ddeeec93cf2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03580c6b155ddeeec93cf2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03580c6b155ddeeec93cf2/pdb.gz): 380 ms

reading 360 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

360 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:359});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	86
structure length	360
sequence length	389
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2012-07-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3vv6A01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3vv6A02

2PYMA 2RMPA 5P6DA 5HU1A 5P8GA 1B6MA 4FRKA 3KFNA 2PH6A 4NPTA 3UDNA 3O9GA 4Y5LA 3U7SA 3Q70A 3INFA 3SABA 3OQAA 4FAEA 3MSKA 4L1AA 2QP8A 4QJ9A 4Y48A 3HAWA 5P03A 3SPKA 5P14A 4Y4DA 2VA5A 1CMSA 5P2WA 4DQFA 5P4LA 3DOXA 5P3VA 5OZLA 5P2NA 1TQFA 3UQXA 1PROA 1BVGA 3PSYA 3BXRA 4Y3GA 3KDBA 4FRIA 5P16A 2AVVA 5OZKA 4ER2E 5P2XA 5P77A 1LV1A 3KFRA 5OZBA 3UDRA 5P33A 3BRAA 2VA7A 5P8HA 4LL3A 2VKMA 4YDFA 2QNNA 3ST5A 2NMZA 1MPPA 3KYRA 2AOFA 5P6PA 3UQUA 5KR2A 5DQCA 3ER3E 3QIHA 1K6VA 5P0BA 3CKTA 3MSJA 4Y3LA 3SA5A 2WEZA 2V11C 1PSOE 3UFLA 3OU1B 5P55A 1ODXA 5P3CA 4Z4XA 2PYNA 5AGZA 3IXOA 5P7WA 3OUDB 5P44A 2ZJLA 3S2OA 4PHVA 3WZ7A 5P0HA 3S85A 3EKWA 1E80E 4Y5CA 5HDUA 4FSLA 3F9QA 4Y4UA 4HE9A 3PLDA 5P4WA 3QVCA 5HU0A 1GNNA 5P85A 1A8GA 3EKYA 4Y5EA 4GJBA 3RSVA 1FQ6A 5P59A 5OZ5A 1ZAPA 3EL5A 1HPVA 1D4LA 1XDHA 2Z4OA 5P43A 1D4YA 2PSVA 1M0BA 4MC6A 1ER8E 2Q3KA 4PPHA 5KR0A 5P3FA 2QK5A 3PWWA 2O4SA 5P5KA 5P6QA 1APUE 3O9LA 3OU3A 1BV9A 5P8SA 4I0GA 3O9HA 4FRJA 2FIVA 3QN8A 5P6LA 2AODA 4S1GA 3D91A 5P2HA 4QLHA 3FNSA 5OZRA 4LBTA 3NYGA 4RRNA 4DJPA 2QNQA 3DV1A 5P11A 4DQGA 5DR8A 3S7LA 2Q63A 2V0ZC 1KJGA 2MIPA 2ZJMA 4GJAA 5DR1A 4Y3SA 4J55A 1RL8A 1ODWA 1DP5A 3GI5A 2HPEA 2WECA 3N4LA 4CP7A 2VJ6A 4B1DA 4HZTA 3OGQA 1IIQA 5P5VA 5P8TA 5P2OA 3K4VA 5SY2A 5P74A 5OZ7A 3OXVA 4F75A 5P4VA 5FIVA 4ZPGA 1FFFC 5UPJA 1TSQA 5IS4A 4EPJA 2XFIA 3K1WA 4CPSA 1MT9A 5OZMA 5OZYA 5OZTA 3VV7A 1T7KA 5P5OA 4Y4XA 4TRYA 1HSGA 3KA2A 1HOSA 1AAQA 4DJOA 5KQXA 2APRA 5P51A 2QI4A 3KT5A 3CIBA 1RV7A 3O9IA 1SDVA 5P7EA 1GNMA 5P49A 5P5MA 5P0LA 3EKPA 1Z1HA 4B00A 1LF2A 3UDMA 3ZKXA 1WBKA 2WF2A 2OHSA 3T7XA 4Y5BA 5P57A 5P0AA 5P61A 5P6TA 2O4PA 4IVTA 3EKQA 1KJHA 1WBMA 5P7QA 5P29A 4Y6MA 3OAGA 3HLOA 3QPJA 4FM7A 5E5JA 2JYSA 2OHUA 3WB5A 1IZDA 3OADB 4YD5A 4EQ0A 3EM4A 4GZFA 3PCWA 2G24A 4WTUA 3OTYA 4Y39A 3IAWA 2F3FA 4Y51A 1B6KA 4EJKA 5P6XA 4K9HA 2QMFA 5P88A 2XYEA 5IVRA 1A9MA 5P0SA 3EKTA 5P5DA 3UTLA 2WHHA 1W5XA 7UPJA 3QRVA 2I4QA 4FM8A 3S45A 1DMPA 3PEPA 2I4WA 2AZCA 5OZGA 3DJKA 3KN0A 3NU5A 5P36A 5P6GA 1EPLE 5P4OA 3NR6A 5P73A 4CPRA 1SDUA 5P75A 1XL2A 3H5BA 5P4YA 3VYEA 3NXEA 5OZ6A 5SY3A 5P08A 5I3VA 1PPKE 5P78A 3INDA 5ISJA 5I3XA 2FGUA 4YE3A 3UCBA 2I4UA 2VIJA 3TOFA 4HLAA 1M4HA 3OXWA 5P2BA 5P47A 4YCTA 5ENMA 5P6VA 3T7PA 5P6NA 4Y3QA 5ENKA 4FM6A 4NJVA 3OQKA 5I3YA 4I0ZA 3PI5A 1FG8C 2G69A 5P1LA 2WF3A 4ER1E 4APEA 5P5XA 5P0CA 4I12A 5KOSA 2QI7A 3VF7A 1FQ8A 4Q1XA 5P2LA 1HHPA 4J5JA 3VG1A 3L5CA 5P0IA 3L5BA 3OXCA 2AQUA 5P6MA 4B1EA 3Q3TA 5P5UA 2VIYA 5P6ZA 4RVXA 1HVIA 2O4NA 2WL0A 4AA9A 4NJSA 5KQFA 5HDXA 3EMYA 1RPIA 2H6TA 5P1MA 3VYFA 1YT9A 4Y5KA 5JFUA 5OZVA 2Q54A 1DIFA 5IVTA 5P0XA 4U8WA 2NXDA 4D8CA 3LITA 2FNTA 4M8XA 5OYWA 2G1OA 1B6JA 3QVIA 5P5PA 5HTZA 5P3BA 5P2JA 5P7LA 1SBGA 5P82A 1A30A 3VYDA 3C9XA 3KMYA 3PM4A 2AZ8A 1FIVA 3LPJA 1HPSA 5KQZA 2QHCA 1HWRA 3IN4A 1QBRA 2I4VA 5AH9A 5DR0A 2Q5KA 2G26A 1ZBGA 2NR6A 3EL9A 3INEA 4RCDA 5OZEA 1UH8A 4QJ6A 5P0VA 4CKUA 5P4SA 5P50A 3EM6A 4Q1WA 4M8YA 1QRPE 4FL8A 3IN3A 1K6PA 4JP9A 3G72A 4Y38A 1FF0C 1C6XA 2AOCA 4Y3MA 3EL1A 4HA5A 4B78A 3K5CA 4XX4A 4APRE 5P5ZA 3Q5HA 5P7KA 5OZ9A 2G21A 2B60A 3OU1A 5P6YA 4Y4GA 2O4LA 3NSHA 1D4JA 4Y36A 5OYSA 3OUDA 5P3JA 5I70A 5P5EA 1ZLFA 4DQBA 3CKPA 2HS2A 5BWYA 2V12C 2HIZA 3VLBA 2JE4A 4HEGA 5P2EA 1MTBA 4J0VA 3LIZA 3D20A 4A4QA 2IKUA 2AVSA 5OYRA 4GYEA 5P6SA 1T3RA 5B18A 1D4IA 1G0VA 3FV3A 1XN3A 1F7AA 2ZJNA 1HIIA 2FS4A 5P22A 5P6OA 4I0DA 3TKGA 1NPAA 5OZ4A 3UHLA 3CIDA 2FLEA 3VSWA 1W6HA 1XN2A 5P20A 5P8QA 1SIPA 1G35A 4ZSQA 4H3JA 2V16C 4X7IA 2JJJA 3S43A 3O9CA 3WB4A 5HE7A 1EBWA 4MC2A 4I11A 3DUYA 1OD1A 4RRSA 5P4RA 3ER5E 5P0JA 2ER7E 4CPUA 2B7FA 1LZQA 1AM5A 1FGCC 2NNKA 2NPHA 2F81A 3NU3A 1IZHA 4B70A 1HVHA 3QS1A 3APRE 5P0WA 1HRNA 3VF3A 3UQPA 2I0DA 3PBZA 5CLMA 1W50A 2HS1A 5P0QA 1OEXA 5P1GA 5P4HA 5ISKA 4YHQA 5F01A 2QNPA 3DCRA 4ACUA 2G22A 5P1QA 5P56A 4ZSRA 3BUHA 3OOTA 4ZSPA 1MUIA 5DR4A 4J1HA 5C9FA 5P0TA 1FEJC 5P1VA 1CZIE 5P7IA 5P06A 5P2AA 4Q1YA 1IZEA 4K4RA 3PB5A 4Y4ZA 2R3WA 5P5IA 5P8AA 4DPFA 2HB3A 4J1CA 5PEPA 4RCFA 1HVLA 1DAZC 5P7YA 3KFPA 5P2RA 4CPWA 5P7PA 3N3IA 3SM2A 2IDWA 4A6BA 3KFSA 2G1RA 4NJTA 4Y4EA 3ZPTA 4F74A 3SACA 3RU1A 4PZWA 3NXNA 3TTPA 3TNEA 4WY1A 1Z8CA 4Q5MA 4FS4A 3HDKA 3B80A 3UDYA 3Q6YA 5P7XA 3DK1A 1PSAA 1GVTA 4ZPEA 1W5VA 1ZJ7A 3LIQA 2PSUA 2XYFA 4EXGA 1EBKC 4Y4BA 3OADA 4RROA 3I6OA 2SAMA 1FQXA 3A2OA 4RLDA 4EP3A 5P1TA 4R93A 1HXWA 4QJAA 5P83A 1NPVA 1ZSFA 3ZPUA 4R91A 1TSUA 5P0UA 5P8NA 1AJXA 2HB2A 4MC9A 4Y3PA 5DQ4A 2B42A 1W5WA 1EC3A 1D4SA 5P5YA 1HSIA 3HVGA 5P2YA 4ZE6A 5KQYA 5P87A 3LZYA 5P1OA 1TZSA 5P0NA 1BILA 3O9FA 4I0JA 3FSMA 3KT2A 3MSLA 4R95A 5P3PA 5P5WA 1HSHA 4CMSA 2I4DA 4B72A 3ECGA 2XFJA 1D4KA 5OZDA 1BDQA 1GKTA 2PWCA 3GW5A 1RNEA 3G70A 5P52A 2BPZA 5P6KA 5P63A 4I10A 5P1NA 4CPTA 1KJ7A 1N49A 3NLSA 5P7NA 2IS0A 5P40A 4HDBA 3IGBA 4ZLSA 2Q11A 3AUPA 1JLDA 4DI2A 4DJWA 5KR8A 3WZ6A 5P3ZA 3HW1A 1W51A 5P6RA 1ZP8A 4LP9A 3S43B 2Z54A 3OOZA 2WEAA 2ER6E 4Y3YA 1B6LA 4I0FA 2V13A 4QJ8A 3NU6A 4B0QA 4DJYA 1PPLE 1VIKA 5P6CA 3UDJA 4DV9A 1B5FB 6UPJA 1BV7A 1GVXA 4Y3RA 4ACXA 5P6HA 3RVIA 2QMGA 1Z1RA 1GVWA 4NKKA 4Y35A 5AHCA 3L38A 1LYBB 3I7EA 1B6PA 5OZQA 4Z22A 1OEWA 2NXLA 3OQ7A 4Y5GA 2CENA 1MT8A 5P3GA 5P8IA 5P7ZA 3SFCA 2VA6A 3TH9A 1ODYA 3ZOVA 1ZPKA 2ZHUA 1SDTA 3IVIA 5P8PA 3AIDA 2FDPA 3EM3A 5P18A 1YTGA 2BPXA 2HM1A 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4K8SA 1EPQE 2IQGA 5P2FA 1SGZA 5P28A 3VFBA 2FDDA 3OHFA 1T7IA 3BUFA 4OBJA 2QU2A 5P3DA 3LZSA 5OZXA 3NWXA 4GB2A 4Y3DA 5P5SA 3BVAA 4TRZA 4DJRA 2BKTA 3DM6A 5P1AA 1FG6C 3QRMA 3LIXA 1EC2A 2AOJA 4ZPFA 2ER9E 1FQ4A 3NUOA 4Y3ZA 5HCOA 4TRWA 3T7QA 3PRSA 2BBBA 4BEKA 3M9FA 3PVKA 2ZHSA 2BJUA 4YOAA 7HVPA 1IBQA 3MWSA 4RYGA 3WZ8A 5APRE 3TKWA 2VJ9A 4RYCA 5P0PA 4EJLA 3L5EA 2P8HA 2OHMA 2ZHVA 5P25A 5P3TA 2QI5A 4Y3JA 1TW7A 5P5JA 5P1IA 5OZ2A 1BXQA 5P27A 2QI6A 1EBZA 5P7VA 3L58A 3VCMA 4Z2ZA 1AJVA 1HIVA 3VF5A 4JPCA 5OYYA 3JVWA 5P6EA 2QU3A 3VSXA 3BGCA 3WSJA 2G27A 4X2LA 4FGXA 1YTHA 4KE1A 3CYXA 5J25A 1AIDA 4XX3A 2JJIA 3UPJA 3PLLA 1C6YA 3RTNA 5P7CA 4AMTA 4YD7A 5COPA 5HE4A 1APVE 5OZUA 1C6ZA 5COKA 2NMYA 4DJUA 3FKTA 3EBZA 1A8KA 4J1IA 3UFNA 3I25A 4K4PA 3D1ZA 1KZKA 3PSUA 3SKFA 3VV6A 1DPJA 3D1XA 4YD3A 1NH0A 1ENTE 2HB4A 4FSEA 1DW6C 2NXMA 5P6AA 1BIMA 2OHRA 3SA3A 4OC6B 1HBVA 3PI0A 4J54A 4OBDA 3I8WA 3OTSA 5KR1A 2ASIA 4Y44A 2VNMA 4U7VA 5P4DA 3T3CA 3ZL7A 1G6LA 1IDAA 3UDHA 5P8FA 4DFGA 4JOOA 4I8ZA 3PMUA 3UF3A 5P4FA 4J0YA 2O4KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4H3I A;  3QRS A;  5P46 A;  4DJQ A;  3URJ A;  2B8V A;  1MRW A;  1MTR A;  5P5A A;  4QGI A;  4EJD A;  5P1D A;  2WF4 A;  3TOH A;  5P0Y A;  4GJD A;  5P1R A;  4QJ2 A;  3KMX A;  1GNO A;  2ZJK A;  5P7S A;  4Y4T A;  1SP5 A;  3BUG A;  4J17 A;  4Y47 A;  4ER4 E;  5P5H A;  3SA8 A;  1T6G A;  4F73 A;  2ZHR A;  5OZN A;  2WF1 A;  5P5L A;  4AA8 A;  1EC1 A;  5P6F A;  5P35 A;  3APP A;  1B11 A;  4Y58 A;  1ME6 A;  5P8B A;  4GJ9 A;  1XL5 A;  2HPF A;  5P53 A;  5HD0 A;  2FXD A;  1E5O E;  5IVS A;  3OAG B;  5P8J A;  3TPL A;  6FIV A;  5CON A;  1APT E;  1YTJ A;  5P09 A;  5P0O A;  3PHV A;  4Y3X A;  3OU4 A;  4Y37 A;  4OBF A;  1CPI A;  1APW E;  5JOD A;  5I3W A;  1F34 A;  4N00 A;  5DPZ A;  5KAO A;  2QI0 A;  4PEP A;  3NDT A;  4F76 A;  4UPJ A;  5P4X A;  3U6A A;  4YA8 A;  1IDB A;  5P3I A;  3TPJ A;  5DQ2 A;  1EC0 A;  1EPR E;  3FX5 A;  4Q1N A;  3RSX A;  4R92 A;  4GID A;  2PWR A;  2AVQ A;  5P4P A;  4RZ1 A;  1LEE A;  5P4N A;  1HTE A;  3IXK A;  3CKR A;  3BC4 A;  5P01 A;  5P8L A;  4BFD A;  3L5F A;  2VJ7 A;  5P58 A;  2R43 A;  5P3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VV6A

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