3VV8A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s,2r)-2-(3'-methylbiphenyl-4-yl)cyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTFPDGFWLGEQLVCWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A02
3RU1A 5OZ9A 1BIMA 5P5XA 4Y6MA 5P41A 4Q1YA 5P7MA 5HU1A 5P4GA 4RZ1A 3OWNA 5OZUA 1XL5A 5P6YA 3HVPA 2OHRA 4Q1WA 4Y5KA 1D4YA 5AH7A 2PMAA 1OEWA 5P49A 3OU4B 5HDVA 3HLOA 1DAZC 3S2OA 4YBFA 2WEAA 3B80A 5DPZA 1ENTE 3ZPTA 4CPUA 2OHSA 3TOHA 4HDFA 4NJVA 3QVIA 2J9JB 4R93A 3BC4A 5P04A 3BRAA 3EKPA 3FNSA 2G22A 3IN4A 3SA6A 2QU2A 5P4YA 5P5NA 3PI0A 5BS4A 3G6ZA 1ZPAA 3L3AA 1FQXA 1HOSA 1HVKA 1MT9A 3NDTA 3A2OA 5P25A 2QZLA 5P8IA 5DR4A 5OZ6A 2BJUA 2V16C 4I11A 3S45A 4DQBA 4Y57A 4EJ8A 2QHYA 3OAGB 2XYFA 2J9KA 5OZ1A 1BWBA 4MC6A 1F34A 4LHHA 1K6TA 4H3GA 5KQYA 1BVEA 5DQ1A 5P0CA 5P67A 4Y3JA 2QI4A 3LPJA 3F9QA 4Y4AA 5HVPA 4TRWA 4Y4EA 3N3IA 3S54A 5DR8A 4Q5MA 4S1GA 3PCWA 5P3RA 2FNTA 4IVSA 2IL2A 5P6IA 3G70A 2FS4A 1TSUA 5P57A 4Y3YA 3PSGA 2ER0E 2QI1A 2WF4A 1FB7A 3NU3A 2QMDA 1YT9A 4FAFA 1HEGE 5SZ9A 4CPSA 4R92A 4I8ZA 5P7QA 3TPJA 1IZDA 5P19A 5P8BA 4RRNA 1BV7A 5P88A 3NXNA 5P32A 4Y38A 2V13A 2HB3A 3MSLA 3CICA 2WEBA 3KDCA 3MSKA 1LYWB 2FLEA 4RROA 1YM4A 4Y3QA 3T7PA 4FSLA 4I0GA 5P33A 4EJKA 5P7YA 1EC3A 4FL8A 2ZJHA 1LYBB 3H0BA 1BILA 2I4VA 5EZZA 2Z4OA 5HDXA 4AA9A 1K1UA 3FSMA 1KZKA 1AJVA 3OADB 4Y3SA 4YD7A 5P6XA 1ER8E 4ZEAA 5P5IA 3BVAA 1NSOA 5COKA 4OBDA 1EPQE 3D1XA 4ZPGA 5AHAA 4Y44A 5OZZA 4FRSA 2P3BA 3FNTA 5P4AA 4OBFA 4NJSA 3K1WA 1B6KA 2PK6A 3UDMA 2P3DA 1M0BA 5P05A 3OY4A 5P8OA 5P3FA 2CENA 3VYFA 1K6CA 3KFPA 4J0ZA 3LIXA 4HDBA 4KE1A 3UDJA 5P8MA 1DIFA 2CEMA 6FIVA 3SKFA 1D4LA 4F73A 2UPJA 4Y48A 2QI7A 1FFIC 1KJFA 5P2QA 3VLAA 4FRIA 5P12A 4Q1NA 3RTHA 3I2LA 3IAWA 5P7WA 5P6BA 3O9IA 1LEEA 4Y39A 5P1RA 3R4BA 2OHUA 3KN0A 4H3JA 4APRE 4Z2ZA 2XFIA 5P65A 2I4DA 2VIZA 5C9FA 4OBGA 2QHZA 4MC9A 3PSYA 5IVTA 2ZJLA 5OZVA 4Y41A 5P52A 4X7IA 5P86A 3NSHA 5P71A 3OXXA 1FLHA 2P83A 5AHBA 1FQ6A 4YE3A 3APRE 1T6EX 3IVIA 5AH6A 3VLBA 3DUYA 3MWSA 3Q6YA 4NJUA 1GVWA 5OZTA 1NPAA 4CPQA 5P45A 1SBGA 1LZQA 5P0GA 4CPWA 3OUAA 4M8YA 1FGCC 3PMUA 5P8RA 5OZFA 5P10A 5P1LA 5P2LA 3K4VA 4YD6A 3EM3A 3INDA 3NU5A 2ZHTA 4WY1A 1HSIA 4DJVA 4R5NA 4PHVA 4J1EA 5P0OA 3VUCA 4EP3A 4YD4A 4TRYA 4ZLSA 5P6LA 1AXAA 4RYGA 4U7QA 5P7ZA 2AZ9A 4Y3MA 3QI1A 2AODA 3EKTA 4GJCA 5OZ2A 1HVSA 1W6IA 2FIVA 1QBUA 5P8CA 5P89A 3QRSA 2I4QA 2NTRA 3ZPUA 1JLDA 5P8PA 2BQVA 5P39A 3GI0A 2ER6E 5P1NA 4J55A 3VSXA 4YDFA 1PROA 1W5YA 3SFCA 5P02A 2B8VA 3H5BA 1HTGA 2O4LA 1ZSRA 1C6XA 5P01A 1EC2A 5P4ZA 3KT5A 4DJUA 4J5JA 5T4SA 3WSJA 5P8NA 3QAAA 5P2JA 5P7GA 4D83A 3KM4A 4YA8A 3HD8A 1J71A 4CPRA 1ZBGA 4FSEA 5P3XA 2HB4A 2I1AA 4Y4WA 5JFPA 5P1GA 1N49A 4QJ8A 4Y54A 2R5PA 5P7EA 1PPLE 5P3MA 4J54A 3PWRA 5KOSA 5P2EA 4U8WA 1PFZA 1B6PA 5P0NA 4A6CA 1PPKE 1SGZA 5P3BA 2P3BB 3O9LA 4Y3XA 4A6BA 1K2BA 5P3VA 3Q5HA 5P77A 1META 3ST5A 4L1AB 3OU4A 1AM5A 5P69A 5F01A 5OYXA 5P4EA 3GGAA 6UPJA 2ZJMA 7UPJA 3ZKQA 5P0QA 3JVWA 1APTE 3TTPA 2I0AA 4OC6A 2F8GA 2J9JA 5P2MA 5P4NA 3BGCA 2WKZA 3URIA 1EC1A 5P8DA 3K4VC 4GJ8A 3CKPA 5P47A 4FLGA 5P4JA 5P6WA 5OYRA 4I0JA 2ASIA 1ZSFA 5P1WA 1UH9A 3NDWA 3INHA 2WF1A 5P4BA 1FMXA 3UQXA 3UQPA 5HE5A 4K9HA 4GJBA 1GKTA 2AOCA 4AZYA 4Y9WA 3QS1A 5P3HA 5P6EA 5P0LA 5P2ZA 2QNPA 2QD8A 2WF2A 3OQFA 5P4IA 3GW5A 5P6HA 1EPLE 2IQGA 2B8LA 3CYXA 3CMSA 3RSXA 1BDLA 3GGUA 3ZKNA 5P2XA 5P1UA 3UQUA 5P2YA 1LS5A 4DPIA 5P3GA 3URJA 3PJ6A 5HCOA 2B7FA 3UHLA 3I8WA 3MXDA 3BHEA 3OK9A 1QDMA 3FX5A 5P5YA 4DVFA 3HDKA 4DFGA 4OBZB 4FS4A 2ZHRA 3L5BA 1KJ4A 3PM4A 5P3YA 5JFUA 3URLA 1LYWA 5P5MA 5HCTA 4YDGA 3OTYA 3PWMA 2G69A 4NJTA 4QLHA 1FIVA 1HVIA 4QJ9A 4GMIA 5P5FA 4EJLA 4RRSA 1TQFA 4QJ7A 5P15A 1LYBA 1APWE 3BUGA 5DR7A 5P31A 5P2IA 3OADA 1ODWA 2Q54A 1ME6A 1KJGA 3ER3E 2IRZA 4GJ9A 5P8KA 5OZHA 3SM1A 1GVTA 4AMTA 1TW7A 3B7VA 5P8HA 3RTNA 3CYWA 5P4PA 1UH8A 4MC1A 2PYMA 5P7VA 5P7FA 1FQ5A 4Y3RA 5P4OA 1A30A 4I10A 3TPPA 3PLLA 1APUE 3FIVA 1RPIA 5AH8A 5P4UA 2QK5A 1EPPE 3VSWA 3TNEA 5P24A 4RLDA 4HLAA 1TCWA 3SQFA 4FIVA 2I4UA 4Y4XA 4Y53A 2HC0A 4Y4GA 5P1AA 5I3VA 4GJ6A 4Y45A 3BXSA 1G2KA 3QIHA 5P1OA 4OBKA 1Z1RA 3O9LB 5P1SA 5AH9A 1VIJA 2F3KA 5P1VA 1KJHA 1FEJC 2WF0A 4Y51A 4B00A 4Y4BA 2UY0A 5TOLA 2JXRA 2OAHA 3UQWA 5HDUA 2ZJJA 4XKXA 5SY2A 4GJDA 5P20A 4DJXA 4GJ7A 4OC6B 4Y4TA 1KJ7A 5OZJA 2VIJA 4RCDA 4ER4E 4J1KA 5P3CA 5P5ZA 4YBIA 1D4JA 3VV6A 5KR2A 5ENMA 5KOQA 4RVIA 2AVSA 2CEJA 2BKSA 2VNNA 4Y3PA 5P82A 3TPLA 1A94A 4Y50A 2NPHA 2V10C 5CLMA 3IXJA 3R2FA 1W50A 5UPJA 1G0VA 2OHMA 5P84A 1OEXA 8HVPA 5OYYA 1MERA 3HAWA 5P29A 3TL9A 4DPFA 1EBWA 2BKTA 5P76A 2FGUA 3GGVA 5P5OA 5HU0A 4JP9A 2IKOA 5P8AA 3QN8A 2R43A 2JJJA 1NPWA 3DJKA 5P28A 5P1PA 4ACUA 5P6SA 5P30A 4EXHA 5P73A 5OZPA 5J25A 5DQCA 4DJRA 3QP0A 1E81E 5P5EA 3QROA 5P42A 4Y37A 5P4CA 2P3CA 1GNNA 3O9EA 2HPFA 2HS2A 5C9DA 4YD5A 2APRA 4D88A 3NXEA 3SO9A 3ECGA 3VFAA 4D89A 1B6JA 1GVVA 1FFFC 1PSNA 1CZIE 3UTLA 4Y5GA 3CIDA 5KAOA 5P3AA 2QD6A 5P4QA 4ZSPA 5P5QA 3TLHA 3NWXA 5P0PA 4COEA 5P6DA 3NYGA 3U6AA 3R0YA 1HPSA 1HTRB 3HW1A 3VFBA 5JODA 5OZAA 2P4JA 2QU3A 3PCZA 4RYCA 4D85A 5P4FA 5P63A 5OZEA 3T7XA 3EL0A 4PZXA 1SDVA 4JOOA 4B72A 5OZ8A 2HB2A 2OHLA 3KT2A 1FQ4A 1SDUA 3UDRA 5P07A 4F74A 3SA7A 3OQKA 2PSUA 3L58A 1NH0A 2BPWA 1YX9A 3L5CA 3UCBA 5P7AA 1HVLA 3O9HA 5COPA 4D8CA 2PH8A 3C9XA 3EL1A 5OZ5A 3SABA 3NU6A 3OUCA 4OD9B 5DR0A 4WTUA 4R95A 3CIBA 4Y47A 5P6NA 4L1AA 2BPZA 2VJ9A 2QI6A 5P1IA 3UQRA 4JPCA 9HVPA 1HXWA 1HTEA 4B1DA 5P7BA 2HS1A 3OGPA 3VF3A 3HBOA 4A4QA 3MXEA 3TOFA 5P2KA 1EPME 2ZJIA 4FM8A 2RMPA 1WBMA 1G6LA 2ZHSA 2AIDA 3DCKA 3VYDA 4DJPA 4PZWA 4Y5CA 4YOBA 5HE7A 5P09A 3QBHA 2AOGA 1MESA 1UH7A 2H6SA 5P8SA 2NXMA 5P5BA 1EAGA 4B1EA 5I70A 4BEKA 1W5XA 4Y3LA 5P5AA 3OU1B 5IE1A 5P8GA 5P7TA 4I0FA 2WJOA 2Z54A 1K1TA 3OU3A 3K5FA 1DW6C 5BWYA 1LF2A 4TRZA 2F3FA 5EZXA 3OHHA 3OUDB 4QJAA 2IGXA 5P0WA 1MTBA 4Y4DA 4I0ZA 1D4SA 3S7MA 3O9AA 4U7VA 5P1BA 5P27A 5P08A 5P6MA 2BBBA 4Y4ZA 3VV8A 1B11A 2ZDZA 3QRMA 2F80A 4APEA 5P7IA 1HWRA 1W5WA 2WF3A 4QJ2A 4IVTA 4AA8A 2RENA 4AUCA 1MUIA 1BDRA 5P55A 1SIVA 2PWRA 1DMPA 5F00A 5P0HA 2Q55A 5P85A 2AQUA 5P72A 2O4KA 4OBZA 5P4RA 5P5CA 1EPRE 3INEA 5P6QA 3T11A 1RNEA 5P0UA 5P61A 5P3OA 1IZHA 2VKMA 3T7QA 3K5DA 5P1ZA 5P4TA 4ZE6A 5P22A 3WB4A 3UDPA 3BGBA 3PBZA 3ZKMA 4I0EA 3KDBA 1CMSA 1GNOA 4XXSA 3G72A 5OYWA 3PMYA 5P3NA 1BAIA 2ER7E 3TPRA 5P7DA 3WZ6A 1HSGA 4UPJA 4DQEA 2AVQA 3LIYA 4FRJA 2AVMA 5P3UA 1QS8A 3L59A 4Z22A 5P0RA 3UPJA 5P7JA 3O99A 5P5GA 5PEPA 5P78A 1IDAA 5P4LA 4I0IA 1FQ7A 3IGBA 2AVOA 5P0KA 1HVHA 1AIDA 2QNNA 5P2NA 5P3IA 5P23A 1FMUA 1YTHA 3GGXA 1QBRA 3UF3A 1MEUA 4B70A 1W5VA 5OZNA 5P6UA 5P2CA 3MSJA 1GVXA 5P53A 2O4SA 5P8VA 4B78A 3IXKA 3EKYA 2NNKA 5P44A 2G21A 3OUBA 2OHTA 1HVRA 3LPIA 5COOA 5KR0A 3KA2A 4LXMA 4LC7A 5P7XA 3SA5A 5P00A 2BB9A 5IS4A 4LL3A 5P64A 1XDHA 4J0PA 1F7AA 4B1CA 3DV5A 4X2LA 1LYAA 2G20A 1M4HA 4EQJA 4Y3WA 1OHRA 2NMYA 4HZTA 5OZQA 1LF4A 1MRXA 3L5FA 4I0DA 3OQDA 4YOAA 5ENKA 5P8EA 5P5RA 5P37A 3S8IA 5P18A 1HIIA 1HVCA 3LIQA 3S43B 4B0QA 1EBYA 5OZWA 4EP2A 1BVGA 4XX3A 5P1XA 5OZDA 2QMGA 5P6JA 4DV9A 5DR1A 4CP7A 5DQ2A 2G1OA 4R8YA 3K5GA 4YCTA 3O9DA 1AVFA 4F75A 1E80E 4Y43A 3OGQA 1UPJA 2QI5A 4ZIPA 1ODYA 5P16A 2AOJA 3DOXA 2V12C 5P8TA 1C6ZA 2QZKA 4QGIA 3VCMA 1BWAA 3OXCA 2OHNA 3EM6A 1TSQA 3OQ7A 5P5VA 3KFNA 2IKUA 5P0TA 2HM1A 4K4PA 1MSNA 4ZPFA 2WHHA 5OZ3A 5P1EA 5P4VA 4NPTA 5P1QA 4GZFA 5P0XA 3SA8A 1SMEA 3NU4A 5KR1A 1MRWA 1WBKA 3ZPSA 5P0VA 5P1DA 2AOEA 3CKRA 4CPXA 4Y3ZA 1ZPKA 5OZRA 1BBSA 3AUPA 1YM2A 2R3WA 5OZCA 3RSVA 4LAPA 3QBFA 4RCEA 4K8SA 2PH6A 2PSGA 4Q1XA 3GI5A 5OZIA 2ZYEA 2IS0A 5HD0A 1FMBA 4H3FA 3EKQA 3L38A 1IDBA 1K6VA 4Y3DA 1APVE 4FRKA 5P2VA 4N00A 1TCXA 4Y36A 3PHVA 4FM7A 4BFDA 2Q11A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RU1 A;  5OZ9 A;  1BIM A;  5P5X A;  4Y6M A;  5P41 A;  4Q1Y A;  5P7M A;  5HU1 A;  5P4G A;  4RZ1 A;  3OWN A;  5OZU A;  1XL5 A;  5P6Y A;  3HVP A;  2OHR A;  4Q1W A;  4Y5K A;  1D4Y A;  5AH7 A;  2PMA A;  1OEW A;  5P49 A;  3OU4 B;  5HDV A;  3HLO A;  1DAZ C;  3S2O A;  4YBF A;  2WEA A;  3B80 A;  5DPZ A;  1ENT E;  3ZPT A;  4CPU A;  2OHS A;  3TOH A;  4HDF A;  4NJV A;  3QVI A;  2J9J B;  4R93 A;  3BC4 A;  5P04 A;  3BRA A;  3EKP A;  3FNS A;  2G22 A;  3IN4 A;  3SA6 A;  2QU2 A;  5P4Y A;  5P5N A;  3PI0 A;  5BS4 A;  3G6Z A;  1ZPA A;  3L3A A;  1FQX A;  1HOS A;  1HVK A;  1MT9 A;  3NDT A;  3A2O A;  5P25 A;  2QZL A;  5P8I A;  5DR4 A;  5OZ6 A;  2BJU A;  2V16 C;  4I11 A;  3S45 A;  4DQB A;  4Y57 A;  4EJ8 A;  2QHY A;  3OAG B;  2XYF A;  2J9K A;  5OZ1 A;  1BWB A;  4MC6 A;  1F34 A;  4LHH A;  1K6T A;  4H3G A;  5KQY A;  1BVE A;  5DQ1 A;  5P0C A;  5P67 A;  4Y3J A;  2QI4 A;  3LPJ A;  3F9Q A;  4Y4A A;  5HVP A;  4TRW A;  4Y4E A;  3N3I A;  3S54 A;  5DR8 A;  4Q5M A;  4S1G A;  3PCW A;  5P3R A;  2FNT A;  4IVS A;  2IL2 A;  5P6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NDU A;  5P3W A;  3D1Y A;  4DQG A;  4YHQ A;  4ZSR A;  5I3Y A;  2VJ6 A;  1YTI A;  4Y3N A;  5P5U A;  2V00 A;  4DQC A;  3LIN A;  2FDE A;  1LV1 A;  1B6M A;  1SP5 A;  5P2R A;  5P6P A;  2G94 A;  3EKW A;  3BXR A;  4FE6 A;  4DUS A;  5OZY A;  3K5C A;  3EKX A;  2QD7 A;  5HDZ A;  4GID A;  1G35 A;  2JE4 A;  5KQF A;  5P5T A;  5P7N A;  5P56 A;  3QVC A;  5P7S A;  2VS2 A;  5P4S A;  5P51 A;  1MSM A;  5P59 A;  3LZV A;  4I1C A;  3S56 A;  3UFN A;  3S7L A;  4YD3 A;  2AZ8 A;  5P0F A;  2ZE1 A;  5P58 A;  2BPV A;  5OZK A;  3OOZ A;  1IZI A;  1YTG A;  5I3X A;  2BPX A;  1HSH A;  2PK5 A;  3VG1 A;  5P26 A;  5OZB A;  4J1C A;  5P36 A;  4Y3H A;  3PWW A;  5P3P A;  3U7S A;  4L7G A;  4CPT A;  5IVQ A;  4B77 A;  2VA6 A;  3D3T A;  4GJA A;  1QBT A;  1W6H A;  5P54 A;  4DI2 A;  4DJY A;  5P06 A;  4HDP A;  4BEL A;  2Q5K A;  2ER9 E;  3EC0 A;  1HPO A;  4RCF A;  5P4M A;  1HXB A;  5P03 A;  2P3A A;  2IDW A;  3SAA A;  1Q9P A;  3OOT A;  5OYT A;  5P6A A;  3PGI A;  5OZ0 A;  5OZO A;  2XYE A;  1HIV A;  4MC2 A;  2AOH A;  4ZSQ A;  1Z8C A;  2V11 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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