3WSJA

Htlv-1 protease in complex with the hiv-1 protease inhibitor indinavir
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (12-18)TIV1 (19-22)S11 (100-101)S2 (25-31)TI2 (32-35)S10 (91-93)TVIII2 (35-38)EMPTYS3 (39-41)3H1 (42-44)TIV5 (70-73)S4 (52-53)S7 (67-69)S5 (56-57)S6 (62-63)TIV2 (58-61)TIV3 (63-66)TIV6 (93-96)S8 (74-77)TII1 (78-81)AH1 (103-109)S9 (85-87)TVIII3 (87-90)TI1 (6-9)TI3 (46-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human t-lymphotropic virus 1
publication title Structural basis for HTLV-1 protease inhibition by the HIV-1 protease inhibitor indinavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wsjA00
5P0JA 4Y5CA 1Z1RA 5P3AA 1MRWA 2G20A 1EPOE 5P7JA 4DI2A 5DR7A 3ZOVA 5P37A 5P2KA 1LF4A 2BBBA 4I0GA 4EQJA 1HVJA 3CICA 1RQ9A 5P3TA 5SY2A 3LPJA 5P85A 4J0VA 2AZ9A 3WB5A 5P64A 4EHCA 4Y6MA 5DQ5A 3TLHA 5P2SA 3UDPA 1APTE 4Y4TA 2PWRA 3PM4A 3QRVA 5P8OA 2ZJIA 5P8JA 3EM4A 5P2VA 1GVVA 3O9AA 5P4CA 5OZDA 3VF7A 3APPA 3IGBA 3U71A 5P83A 2VS2A 1T3RA 5P4AA 1XL5A 2Q64A 1B5FA 2QZLA 3RVIA 1HXWA 4DV9A 5P0KA 5SY3A 3SA6A 2UXZA 3PWRA 4R91A 3O9GA 1LYWA 4B78A 3CKTA 4PEPA 3SA8A 2PSUA 5FIVA 3HAWA 1DP5A 5P76A 1K6VA 4F76A 1D4IA 5P6CA 5P34A 4EWOA 3PLDA 4Y3LA 3R1GB 5OZIA 5P4MA 1E81E 4L7GA 3SA3A 5C9BA 5IVRA 1W5VA 5P7OA 2B8LA 5P1WA 3IN3A 2QHCA 5KOSA 3T7PA 5P1HA 5P2UA 5P3ZA 1GNMA 5OYQA 1LYBA 3GGUA 2VA7A 3CKRA 3FSMA 3GI5A 4DQBA 3OUCA 3JVWA 5J25A 2WEZA 2OHUA 5P1BA 1PSNA 2WF0A 4YE3A 1XE6A 1K6CA 2AVVA 2ZJJA 2I0DA 4L6BA 1A8KA 4FLGA 4LC7A 4ZSRA 5P42A 2QNPA 3WB4A 5OZ7A 4FCOA 4Y3RA 3VYEA 1A30A 5P16A 4J1CA 5P7RA 5P4JA 5P5TA 3VLBA 2Q55A 3QIHA 5AH6A 5P2EA 5P5LA 3UHLA 4Y5BA 4E43A 3D1XA 5P0DA 5P20A 4Y3JA 2FXDA 3KA2A 4Y4DA 4B00A 2Z4OA 4CPTA 5EZXA 4XKXA 5P1RA 3BUHA 4YOBA 5P24A 4MC2A 5P38A 4YCKA 3KFNA 3KT2A 2ER6E 2ZDZA 4RVIA 3OOZA 5OZ3A 5P1VA 3GI6A 5P4OA 1W6HA 3TPPA 4LP9A 1QBUA 5P5GA 2OHQA 2O4NA 1MESA 5P3EA 1MTRA 3PBZA 3QPJA 3HW1A 3PSUA 4HDFA 4CKUA 4ZPGA 5P2TA 3S2OA 5P71A 4YDGA 3BC4A 5P3DA 4NJVA 5KQZA 2QU3A 3INDA 2AOCA 1HEFE 4GJ6A 2V11C 5I70A 1BDLA 2R9BA 3GI4A 3NU3A 1XN2A 5C9FA 3UFNA 1TSQA 5P4HA 5P81A 4Y4GA 5P2IA 3KMXA 2Z54A 3O9LA 5OZTA 5P5UA 1YX9A 3T6IA 1BBSA 5DQCA 2G21A 2UPJA 1APUE 4M8XA 4YCTA 1SDUA 4Y5KA 2Q54A 5P1OA 5P1JA 2AOGA 5P15A 3OXXA 4Y4XA 3HAUA 4LXKA 3OGPA 5P6VA 4Y4JA 5P7XA 4Y39A 1HVKA 3Q4BA 1YT9A 5P0RA 4Y3XA 1HVIA 3OU1B 4UPJA 2FNTA 5KAOA 1KJ7A 2HIZA 2PWCA 3VSWA 5OZSA 5P0IA 5P2XA 3PRSA 3S43A 5P2RA 5P4KA 1DIFA 1W5WA 5P5XA 4Y3TA 4R8YA 5ENKA 2I4WA 3KDDA 3KF0A 4Y5EA 5OZPA 3QAAA 1G2KA 5P54A 4LBTA 2ZHUA 1CMSA 5P5OA 4BEKA 4Y3GA 2FDEA 1GKTA 2WF1A 4Y54A 5P6UA 3T7XA 5P1XA 3VF5A 2BB9A 1F34A 5P8NA 5P2FA 1MRXA 1DPJA 3I6OA 5HE4A 2NMZA 1SDVA 2QMPA 3TPLA 5P7IA 2AZ8A 4LXMA 4D85A 2V16C 5P3SA 4LL3A 5OYRA 2ZJNA 5HU0A 3D1YA 5OZUA 5P6DA 1ODXA 1IDBA 1EPNE 5P6OA 5P2OA 3K4VA 2H6TA 3NDUA 3M9FA 5ER2E 1MPPA 2PSVA 3PWWA 4ACXA 2IDWA 2WEDA 4A4QA 3K5CA 1NPWA 2JE4A 4Y5MA 5P3YA 2CEJA 2ER0E 2G1SA 3ZKQA 5DQ4A 4FM8A 4CPRA 4CMSA 5P2WA 5P7HA 1D4JA 1HVCA 3IVIA 1FFIC 2G1NA 1GVTA 4NPUA 2IEOA 1FEJC 5B18A 5P8MA 4RRNA 2FS4A 3LPKA 4Y4BA 1BVGA 2NMYA 3GW5A 5P01A 5P0FA 3INFA 5OZFA 3N3IA 4YBIA 5P1LA 4OD9A 3R0WA 5P5BA 1HRNA 2IL2A 4DJUA 3UDJA 5UPJA 1KJGA 2ANLA 3R2FA 3INHA 3VLAA 5P35A 2XFJA 3ZLQA 5P19A 5P8DA 5P56A 1UH8A 5P6GA 1RL8A 3TKGA 1HSGA 2PK5A 2QNQA 3PSGA 2HAHA 2ZHVA 3BXRA 5OZEA 2AVMA 4YHQA 5OZ8A 3UFLA 3EC0A 4ER1E 5P5VA 2QNNA 5P6SA 3NXEA 4APEA 2QI7A 5P0AA 4QJ9A 5P4GA 3QS1A 5P8HA 4Y3WA 4EPJA 5P7UA 1ZPKA 5ER1E 1AZ5A 4GJ7A 5P7CA 5OZ9A 4DFGA 3EKQA 4GJAA 5P8SA 4B0QA 3QROA 5JG1A 3EKXA 5P4XA 4FRJA 5P6NA 4EJLA 4A6BA 5P2JA 3UDNA 3K5FA 5COKA 4GMIA 5OZZA 4K4RA 3PCWA 4Y53A 4R5NA 3O9CA 3BGCA 1K2CA 5P7VA 5OZQA 5P6BA 3IXJA 3QI1A 1C70A 1FG8C 3WZ8A 3LITA 2RENA 2XYEA 5OZ1A 3S45A 3ZKSA 1D4YA 4BELA 4YD7A 3ZPUA 2G27A 3VV7A 1B5FB 5P1YA 5P3XA 3VV6A 1FQ8A 3UQWA 3WZ7A 3K4VC 3T11A 5P23A 4YDFA 1C6XA 2VIJA 5AH7A 1LYWB 3CYXA 4J0YA 5P4RA 5P8LA 4Z4XA 5P8IA 5P25A 2HB3A 5OZNA 1HVSA 5OYVA 4FRIA 3APRE 3BUGA 1NSOA 3MSKA 1G35A 3FNSA 4RVJA 5ENMA 1IZHA 1IZEA 5P02A 3QBHA 5P79A 1SIPA 1CPIA 4JOOA 2QI1A 2ZHRA 2F8GA 1FQ4A 5P69A 4ZPEA 3SPKA 1D4SA 4CPQA 1BV9A 5P0CA 4OBJA 5E5JA 5P1AA 3UDRA 5P7SA 3GGAA 4NKKA 2NNPA 5P0VA 1HTGA 4RROA 1LYBB 5P1EA 2VNNA 4J0ZA 2NXMA 1N49A 2QI3A 4NJUA 3VYDA 4I1CA 2FGUA 1B6MA 3CMSA 6FIVA 3EL4A 3UQXA 5P1GA 1HVRA 3DM6A 5P0BA 4Y3SA 5CLMA 1K2BA 3VF3A 5IS4A 3ZMGA 1HIVA 5P3RA 5HE5A 1HVLA 3QRSA 2HS2A 2IKUA 3UDMA 4YD3A 4TRZA 1IVPA 1D4KA 3MSLA 5TOLA 3GGVA 3OUAA 4EP2A 3PI5A 3KMYA 3SA7A 3FV3A 5I3XA 2B8VA 1ZAPA 3I8WA 3PCZA 4RCDA 3SACA 2OHLA 5F01A 5P41A 1FMUA 3S85A 3VEUA 3TTPA 5P88A 2QMFA 3OUDB 1ODWA 2G69A 3OADB 4Y57A 2V00A 5P86A 4DUSA 4DJQA 4BFDA 1QS8A 2BKSA 2P3BA 3LIQA 2ER9E 1EBZA 3O9DA 2HB4A 4NJTA 1CZIE 3LIZA 1FQ7A 3CKPA 4QJ2A 2NXLA 5DGUA 5P8KA 3KM4A 2B7FA 3LZVA 3NU9A 5P6JA 3R4BA 5P12A 4QJAA 1DMPA 2QI5A 5P0SA 2JJIA 3VSXA 1U8GA 4RYCA 1ODYA 3NLSA 5P59A 2F3KA 2XFIA 1B6LA 4FE6A 1MTBA 2WHHA 4GZFA 4Z22A 3NWQA 4Y3AA 2Q63A 4Y3FA 3HBOA 5P7YA 2AIDA 2VIYA 5IVQA 3PBDA 4Y9WA 4DJVA 3EL1A 1B11A 4I12A 5P3UA 4DPFA 5P6AA 3WZ6A 4TRYA 1SGZA 2IENA 3I7EA 5P8VA 1HWRA 1J71A 2WF3A 2BPYA 2AQUA 1QDMA 5P7AA 3QVIA 2Q11A 1B6PA 5P7NA 5P58A 3BUFA 5KQFA 5P0YA 3NU4A 3L3AA 2OHNA 2QU2A 3NSHA 1E5OE 1BILA 3OHFA 1T7JA 2ZHSA 3TOFA 2VA5A 4AUCA 3SFCA 3DUYA 5P4QA 2VJ9A 4GJ8A 4OBZA 4DQGA 1K1TA 3HZCA 1PPKE 2J9KA 2AOEA 3OGQA 4QLHA 4Y43A 5P3FA 4EJDA 2R8NA 3NDTA 1NH0A 3OU4A 3AIDA 4Y5GA 1FMBA 1ZJ7A 1IZDA 1LYAA 5P1QA 2ZE1A 4EYRA 1ZP8A 5HU1A 4TVHA 5P08A 4Y5NA 4J54A 3PLLA 3INEA 2WEBA 3BHEA 3G72A 2PK6A 1LF2A 1BIMA 2WF2A 5P14A 1C6YA 3TPRA 5P3OA 2XFKA 3PVKA 5P5IA 1GNOA 3NDXA 4KUPA 3OAGA 3PB5A 4H3IA 2NTRA 4Q1XA 5P8PA 1OD1A 1EBYA 3MXEA 5P1CA 4FM7A 4QGIA 5P3LA 4D88A 4YOAA 1AJXA 4L1AA 2I4UA 3JW2A 3EL5A 5P6TA 1FIVA 1GVUA 3UPJA 4RLDA 5HDZA 2HB2A 1TW7A 5P05A 1APWE 3OTSA 4MC1A 3SAAA 1EAGA 1FKNA 3BRAA 4H3JA 2PH8A 3NYGA 3H0BA 4I0EA 5P6MA 4RCFA 5AGZA 5P00A 1G6LA 1FB7A 4Y41A 5OYZA 4Y5AA 3IVHA 5OZHA 1EC2A 5HVPA 1IZIA 2P3DA 4J1KA 5P5KA 4EJKA 1HPSA 5I3VA 1AVFA 3HD8A 5P6PA 4JPCA 3QVCA 4QJ7A 4FM6A 1IDAA 3SM2A 4Q1WA 2Q3KA 1EBWA 4WY1A 2Q5KA 5P3HA 5P6ZA 4OD9B 5P7TA 3EM6A 4OBFA 5P11A 3QRMA 5P7DA 3UQUA 3EKWA 5P8RA 4BFBA 5OZKA 2OHRA 5HTZA 5P0UA 2F80A 2PYNA 3ZKIA 5COOA 2NNKA 3L5EA 1IBQA 4H3GA 2G94A 4DJOA 5HE7A 4Y44A 3SKGA 3OUBA 5P5ZA 2OHKA 4Y36A 3LIXA 4Y3NA 5P1NA 2SAMA 4I8ZA 1QBRA 4LHHA 5COPA 3OQFA 5OYXA 4GIDA 3IN4A 2G1YA 1M4HA 2PH6A 5P07A 3TNEA 3UF3A 4Q1YA 5P51A 1EBKC 5P3QA 5P67A 5P87A 3N4LA 3S7MA 1DAZC 3L5CA 1EC3A 1MT9A 4MC6A 4HZTA 5P7LA 1VIKA 4U7QA 5P7KA 1APVE 5P36A 3OWNA 5P5RA 1MIQA 4I8WA 5KR1A 5P5FA 4PHVA 4EJ8A 3U7SA 2I4VA 4FRSA 3O9EA 4CPUA 1ZBGA 1UH9A 4YD5A 5OZGA 4Y38A 1C6ZA 3DCRA 5P3CA 2QMGA 3KFRA 7HVPA 1BVEA 5P5NA 1KZKA 3FIVA 5OZ4A 4LXAA 4J5JA 5P4YA 1PPLE 4ZE6A 5P78A 5P8TA 1FF0C 5JODA 5PEPA 4RZ1A 4JPEA 1XL2A 3PJ6A 1RV7A 4RYGA 3L59A 4QJ6A 4WY6A 1WBMA 1SP5A 3EXOA 5P84A 2BQVA 2RSPA 5P72A 4HE9A 5P5DA 1W6IA 3SO9A 3Q3TA 1TCXA 4Q1NA 5P1DA 2J9JA 1HPOA 1XE5A 3IA9A 5P89A 5P65A 5P6HA 2O4PA 2WEAA 3ER3E 2AVOA 1LZQA 3LIVA 5P4EA 1HHPA 2HM1A 4DJPA 5E5KA 5P2BA 5P7BA 1W50A 4M8YA 3L38A 4EXGA 4B1CA 2ZJLA 3UQPA 4RRSA 3O9FA 1AAQA 1MSNA 2FIVA 1MT8A 5CONA 2HPFA 5OZ5A 5P6RA 5P1UA 5T4SA 1EPPE 2ASIA 5DR0A 3OOTA 3RTMA 4AA8A 5KR8A 5P6XA 5HDVA 4DQHA 4ZSQA 1LEEA 5P74A 2AOIA 3L58A 1JLDA 4AZYA 5OZYA 2ZJMA 1HPVA 2AOHA 3OQKA 3VUCA 3O9BA 1OEWA 3G70A 5P50A 5P2AA 1HIIA 4PZXA 2O4LA 4U8WA 3ECGA 2QK5A 4NJSA 3VFBA 2PYMA 4J1HA 1AXAA 5P5QA 5P4TA 1LV1A 3UDHA 4ZPFA 2P83A 5P2YA 5P53A 1Z8CA 2G1RA 4ER4E 5P4BA 3OU1A 2FDPA 3NXNA 2P3BB 2FNSA 2WECA 2QMDA 2CEMA 3ER5E 5P66A 1HBVA 3LPIA 3T7QA 2O4SA 3RSXA 5P80A 5P0GA 1FQ6A 2VIZA 4PYVA 2R38A 4CPXA 4Y47A 5P0PA 4DQFA 3JVYA 3DOXA 5P4FA 3TH9A 3BGBA 3D91A 3SLZA 3CIBA 5P33A 2QZXA 2B42A 1YTGA 2PC0A 3VYFA 1T7KA 4HEGA 5DQ2A 4Y37A 4TVGA 2P3CA 2BPVA 4GJ9A 5KR0A 5P0XA 5P75A 5P0NA 4GJCA 5OYTA 1T6EX 2NR6A 3QN8A 4HDPA 4I0HA 2QI6A 5OZMA 3MWSA 3GGXA 4HDBA 5P7WA 2QD8A 5P5CA 3LINA 4COEA 3OXVA 2FXEA 5DR8A 5P30A 4D83A 1NPAA 1BDQA 1TZSA 4R93A 1XS7D 1SGUA 2APRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0J A;  4Y5C A;  1Z1R A;  5P3A A;  1MRW A;  2G20 A;  1EPO E;  5P7J A;  4DI2 A;  5DR7 A;  3ZOV A;  5P37 A;  5P2K A;  1LF4 A;  2BBB A;  4I0G A;  4EQJ A;  1HVJ A;  3CIC A;  1RQ9 A;  5P3T A;  5SY2 A;  3LPJ A;  5P85 A;  4J0V A;  2AZ9 A;  3WB5 A;  5P64 A;  4EHC A;  4Y6M A;  5DQ5 A;  3TLH A;  5P2S A;  3UDP A;  1APT E;  4Y4T A;  2PWR A;  3PM4 A;  3QRV A;  5P8O A;  2ZJI A;  5P8J A;  3EM4 A;  5P2V A;  1GVV A;  3O9A A;  5P4C A;  5OZD A;  3VF7 A;  3APP A;  3IGB A;  3U71 A;  5P83 A;  2VS2 A;  1T3R A;  5P4A A;  1XL5 A;  2Q64 A;  1B5F A;  2QZL A;  3RVI A;  1HXW A;  4DV9 A;  5P0K A;  5SY3 A;  3SA6 A;  2UXZ A;  3PWR A;  4R91 A;  3O9G A;  1LYW A;  4B78 A;  3CKT A;  4PEP A;  3SA8 A;  2PSU A;  5FIV A;  3HAW A;  1DP5 A;  5P76 A;  1K6V A;  4F76 A;  1D4I A;  5P6C A;  5P34 A;  4EWO A;  3PLD A;  4Y3L A;  3R1G B;  5OZI A;  5P4M A;  1E81 E;  4L7G A;  3SA3 A;  5C9B A;  5IVR A;  1W5V A;  5P7O A;  2B8L A;  5P1W A;  3IN3 A;  2QHC A;  5KOS A;  3T7P A;  5P1H A;  5P2U A;  5P3Z A;  1GNM A;  5OYQ A;  1LYB A;  3GGU A;  2VA7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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