3WZ7A

Endothiapepsin in complex with gewald reaction-derived inhibitor (6)
Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (3-9)TIV5 (95-98)TI1 (11-14)TIV1 (14-17)TII3 (162-165)AH4 (307-311)S2 (17-23)S6 (84-96)TIV2 (24-27)S3 (28-35)TI11 (219-222)S14 (210-218)TI2 (35-38)EMPTYS8 (124-127)S4 (41-43)TIV4 (79-82)TI3 (45-48)TI4 (49-52)AH1 (114-118)TIV3 (53-56)TI7 (119-122)3H1 (61-63)TI6 (64-67)S5 (68-78)S9 (136-137)S7 (99-112)AH2 (144-148)TI10 (190-193)3H2 (131-133)TVIII2 (137-140)TVIb1 (136-139)3H3 (149-151)TVIII3 (152-155)S10 (156-160)TIV6 (170-173)3H4 (275-278)S11 (167-171)S25 (324-329)S12 (184-189)S13 (196-204)TIV8 (265-268)TII'1 (204-207)S23 (303-305)S15 (225-227)TII6 (297-300)AH3 (229-237)TII4 (239-242)S22 (294-296)S16 (243-245)TI12 (246-249)S17 (250-254)TI13 (254-257)TII5 (284-287)S19 (269-273)S20 (279-282)S21 (289-292)TVIII4 (282-285)O1 (304-306)S24 (313-318)TVIII5 (320-323)TI8 (175-178)TIV7 (245-248)S18 (262-266)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
publication title Tracing binding modes in hit-to-lead optimization: chameleon-like poses of aspartic protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2014-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wz7A01
2QMGA 2P8HA 1LF3A 4EXGA 4I0DA 5P8MA 1QBRA 5HTZA 1G0VA 3PSYA 3SQFA 3EKVA 4J0PA 5P19A 4TVGA 5P4NA 1MT7A 5P07A 4Y5LA 1EPLE 2WEZA 5P1CA 1W5WA 3TLHA 3FIVA 3PWWA 4LAPA 1DP5A 3Q6YA 1YG9A 1MESA 5P05A 4QJ2A 1K1UA 1FF0C 5P6BA 5P8TA 4L6BA 1E80E 4HDPA 1LYBB 4Q1NA 4RGHA 3ZLQA 5I3WA 4I0HA 4ZPEA 1IDBA 2V13A 3H5BA 5P1OA 4L7HA 2VKMA 5COOA 5P3FA 1XN2A 1DAZC 1HVCA 3TKWA 5P0MA 4Y4JA 5P4GA 5P12A 3CIBA 5P8JA 2Z54A 2VNNA 1RPIA 5P1BA 2HM1A 4NKKA 2AIDA 1IZIA 1LYAB 3ZMGA 5P1WA 3SA5A 5OYQA 4JOOA 4RYCA 5P2TA 3OU4B 3RSVA 5P5JA 2V12C 5P0DA 3KMYA 1B5FB 5AHAA 5P23A 2O4NA 4OBZB 4Y3AA 5OYSA 5P1ZA 3EL0A 5OYWA 3INHA 4Y48A 4YOBA 4Y56A 2QZLA 3PRSA 3VFAA 5P0BA 4R95A 5E5KA 5P55A 1BAIA 3L59A 5FIVA 5AHCA 2JXRA 4GJ8A 5I70A 1HEFE 5IVRA 5KAOA 5P6AA 2V0ZC 3NU5A 2QU2A 1PPLE 3UDJA 2HB2A 2F81A 1FFIC 2AODA 5OZ5A 5P3YA 3I2LA 3RTNA 4OD9A 3PBDA 5OZCA 5P2SA 1IZHA 6FIVA 5HCOA 4N00A 4Y4ZA 3NYGA 4GYEA 3F9QA 3NU9A 1EPRE 1B6JA 5P6UA 3GI0A 5P45A 3UQXA 2J9JA 4Y3YA 2CENA 2ZHRA 1EPQE 3O9LB 3OWNA 3VUCA 1K6PA 5P4SA 3H0BA 5P6JA 1KJGA 2OHTA 4M8YA 5DQ2A 1TSUA 3LITA 2ZJKA 3PMYA 3QIHA 1EPOE 3MSJA 5P0WA 2FNSA 1DW6C 1BWBA 4A6CA 5IVQA 3S56A 1EPNE 3OUAA 2ZJLA 1BWAA 1FG6C 1SIVA 5P79A 4TRYA 5P7FA 5C9DA 2HPFA 4R92A 5P8FA 2FS4A 3UDMA 4CKUA 1SDUA 2AOFA 5P73A 5P4CA 1FQ4A 1CMSA 3LPKA 3VYDA 1AM5A 5P7TA 6APRE 3GI4A 1B11A 4GJCA 5P7WA 1W5VA 1F34A 1BILA 3DCKA 1Z1HA 2QZWA 3EM3A 3FKTA 1U8GA 2B7FA 4MC1A 4YA8A 5P5NA 5P2ZA 4TRWA 5P4PA 4J1KA 3PMUA 5P47A 2HB3A 1T6EX 4YD5A 1BVGA 5HD0A 2AVOA 2OHRA 1APTE 3BHEA 1MVPA 4WY6A 3S43B 3PVKA 4I0FA 2QNPA 1EBZA 2P3BB 3BGCA 3PBZA 3DJKA 2Q3KA 5P03A 4H3GA 4DQBA 4PZXA 5P0RA 1HTRB 2WEAA 4ZSPA 1PSOE 1OD1A 3EKYA 3KFPA 2BKSA 5P5TA 3OUDA 2WF1A 5P5WA 2R3WA 2RENA 5DR1A 5P5LA 5P5OA 1BVEA 1K2CA 2I4DA 1MTRA 2V16C 3L5DA 4DJUA 4FE6A 1HXBA 4Q1WA 3WSJA 3EM6A 3HVPA 2NXLA 3FX5A 4AMTA 3IGBA 5P4KA 1T7JA 2XFJA 5P7OA 3LPIA 5HDUA 4DQFA 5P49A 4PEPA 3SABA 2FIVA 4R5NA 5P60A 3ZL7A 5P13A 4PZWA 5P61A 1SGUA 4GJ5A 1RNEA 5P74A 3OUCA 1HVKA 5C9BA 1B6KA 3APRE 3ZKSA 1QRPE 2AOEA 5P10A 4Y51A 3IA9A 4DJYA 2FNTA 1MSNA 5P54A 3LIXA 2QI0A 2PSGA 2PC0A 1MT8A 5P4TA 2QI4A 5P8CA 5DQ4A 1FB7A 5OYVA 5P0PA 2AVVA 4L7GA 3IN3A 1NPAA 2FGVA 3KFNA 2OHKA 4HE9A 4PHVA 3NUOA 3KT2A 2HPEA 4H3IA 4GJ6A 3UDYA 5P4AA 4Y6MA 4DPIA 2VIEA 4FM6A 3G70A 3Q70A 3LPJA 5P5KA 1LYWA 3SACA 2AVMA 3B7VA 1ODXA 4ACUA 3ER3E 1AXAA 5P5GA 1FQ8A 2F3KA 4Y58A 3EBZA 4ZSRA 1MEUA 4K8SA 3IN4A 3R2FA 3TOFA 2A4FA 5P2RA 5P7QA 3LIVA 3JVYA 1F7AA 5P0IA 5P6LA 4CPRA 1J71A 4R8YA 1EC0A 5P7SA 3LNKA 5P1HA 4QJ7A 1LYBA 5P88A 2AVSA 4D88A 5OZ0A 3RTMA 2VIJA 1T6GA 5P53A 2P3AA 2BBBA 4Y3LA 4Y5MA 5P68A 1MTBA 5P7ZA 1GKTA 3CKPA 4YHQA 4AA8A 2WHHA 5ER2E 4Y4WA 5AH6A 3OQKA 2OHNA 2ZJNA 1DMPA 5P7HA 3OADB 4FS4A 5P8SA 3FNUA 3OU4A 3L5EA 4FSEA 5P0NA 1CZIE 4B77A 4I0JA 2HB4A 5P1TA 5I3XA 5P6GA 2UY0A 4YCYA 5OZNA 5P30A 5P5MA 4DJVA 4LXKA 4APEA 3GI6A 5OZHA 1NSOA 3DV1A 5IVTA 4I10A 3BVAA 3R4BA 5P5ZA 1W6IA 4KB9A 3OQDA 5P0OA 1G2KA 4RZ1A 2F3FA 5P7AA 3QI1A 1GVUA 1XDHA 1QBSA 4FCOA 4K4PA 5P58A 3VF3A 3PHVA 4MC2A 3MSLA 5P3VA 2R3TA 2QU3A 4CPXA 4EJLA 4ZPFA 4B1DA 3O9LA 3MSKA 5P4LA 5P81A 4E43A 2G1YA 2NNKA 4Y44A 3VFBA 4OC6A 4XXSA 3GGAA 4DQGA 5J25A 4FSLA 4J1FA 1FQXA 2QHYA 1BXQA 5P2WA 3FV3A 1GNMA 4I1CA 5P3EA 5IE1A 5P3IA 5KQXA 4YD7A 5P29A 1K6VA 4F74A 5P50A 1QBUA 1PSAA 4YD6A 4QJ6A 1EEDP 2JYSA 5P2AA 3UQUA 4LXAA 5P84A 4CPWA 5P39A 3ZKQA 1HVLA 4EJDA 2ZJJA 3SAAA 5OZKA 2F80A 1FMBA 5P4MA 5P6QA 5P34A 5P15A 4OBKA 2G27A 4Y39A 2PK5A 2R43A 5DQ1A 3D1YA 4GJBA 4HDFA 3APPA 2NTRA 5P28A 4Y4EA 2QHZA 3LZVA 5P75A 3BUHA 3S43A 5P2UA 2IENA 1YT9A 5OZBA 5P71A 4F75A 5P6IA 3OGQA 2P3BA 4RYGA 3K5GA 4HEGA 5P5FA 5HE5A 1HWRA 2RKGA 4FM7A 5P6SA 5P6WA 4Z22A 2FDPA 2ZHUA 4LP9A 1C70A 4Z2ZA 3UQRA 5HE7A 3BGBA 3CKTA 2PQZA 5UPJA 2O4LA 2G24A 3EKQA 5P18A 3QRSA 5P0KA 3EL5A 1FG8C 4EJ8A 5P8IA 5KQZA 3PCZA 4EJKA 2VNMA 2R5QA 5P6TA 3NU4A 1LYWB 4FL8A 1HVRA 3EMYA 3AUPA 3LZSA 3KMXA 5P1NA 4Q1XA 1HOSA 4HA5A 2HC0A 2I4UA 5P4JA 2R8NA 5P7PA 5P38A 1HIIA 4Y5BA 1META 3D1XA 5OZUA 3SLZA 1XL2A 1AJVA 4CP7A 5P3KA 3KDDA 4RCEA 4U8WA 5CONA 4F73A 3U71A 4AZYA 3DV5A 5P78A 4RLDA 5P8DA 3TPPA 5P01A 5P6PA 4X2LA 3KM4A 1YTGA 5P48A 1G6LA 1FLHA 2IDWA 4TVHA 3FNSA 1IVQA 1OEXA 5HU0A 4J0YA 1ZLFA 2B7ZA 2P3CA 3EL4A 1PSNA 2I1AA 5P36A 4EXHA 1MIQA 4Y43A 5T4SA 5P35A 3SA4A 3EL9A 4U7QA 3HZCA 1SMEA 1RQ9A 2CEMA 4GJ7A 2AOIA 3OY4A 4RRNA 1DIFA 1K6TA 4Q5MA 3NDTA 2QZXA 3SO9A 2AVQA 5P82A 3ZKNA 4OBFA 2B60A 3SA3A 3BVBA 5P0QA 3HAUA 5P4OA 5DR7A 1W6HA 5HE4A 1DPJA 5P7XA 1HTFA 2VA7A 4EWOA 5P4WA 4CMSA 5OZFA 4GIDA 2WF4A 3T6IA 1FMXA 2ZGAA 3U6AA 1QS8A 2ER9E 5IS4A 1D4SA 1KJ7A 5OZ9A 4KE1A 3JW2A 2NPHA 5P4HA 2RSPA 3OADA 1A30A 3ZPTA 3KF0A 3UDQA 5P40A 2PH6A 5F00A 2ZE1A 3OOTA 4Y5CA 1UH7A 5P5BA 3SA8A 5P0AA 2BJUA 4OC6B 5P6VA 3SM1A 5P0SA 4YE3A 4CPSA 5P00A 5P7IA 5P1GA 3OTYA 2BPVA 2VJ6A 1MT9A 2VA6A 3NU6A 4JP9A 4Y3SA 5P3LA 3VG1A 4ACXA 4Y3ZA 2RKFA 4B72A 3LIQA 4ER4E 1HSGA 4Y4GA 5COPA 5I3VA 1AJXA 1HIHA 1IIQA 2G26A 4Y47A 5P0HA 5P8KA 3S45A 2R38A 5OZXA 4J1EA 1HPSA 2R5PA 4I0GA 2ANLA 2Z4OA 3OK9A 5KOQA 2MIPA 2QHCA 1G35A 4Y38A 5P4FA 4YOAA 4COEA 3OXXA 4Y3TA 3EKPA 4RVIA 3TKGA 3VLBA 1IZDA 3NUJA 1ZSFA 5SY2A 2PYMA 9HVPA 3EL1A 5P7BA 5P6ZA 3K5DA 3NLSA 5P5AA 5P6OA 2HIZA 4GJDA 1C6ZA 1HSHA 4XX4A 4Y5KA 4FGXA 4Y37A 2OHSA 5P2FA 2PWCA 5ISJA 5P09A 1ME6A 4Y3RA 3UPJA 2QNNA 1SMRA 3URJA 2WECA 2ZJIA 1EPPE 1TSQA 4R91A 6UPJA 5P6YA 1NPVA 5P63A 2BKTA 3D1ZA 1IDAA 1GNNA 3KFRA 4NJVA 1MRWA 5P2IA 5P4EA 4QJ9A 3G72A 4A4QA 3QN8A 5P2DA 2P4JA 3S7MA 4IVSA 1W51A 2AZ9A 2PMAA 3ER5E 5OYZA 2QAKA 4K9HA 3BUFA 3S53A 4L1AB 1KJ4A 5P3MA 5P1MA 1IVPA 3UDRA 1LF2A 5P46A 4Y5EA 5P0EA 5P6DA 3O9FA 5P7EA 5P2GA 5P8VA 3OU1A 5OZIA 1N49A 5P3TA 4I0ZA 5P6FA 5P56A 4J1HA 1D4YA 3L38A 1ENTE 5P6MA 3NDWA 5DGWA 5P7RA 2AZCA 5HCTA 3JVWA 4Y4XA 1EBWA 4Y45A 5P5VA 3Q5HA 2V10C 1XE5A 4AUCA 5P6KA 4I12A 5AH9A 2QK5A 3PLLA 5P8QA 3IXOA 2B42A 3DM6A 5P3AA 1FKNA 4J0ZA 2ZDZA 2QMPA 3LIZA 3OQFA 5JODA 2OHMA 5P5PA 5P8UA 3SA9A 1XS7D 2APRA 3KFSA 5P2LA 3GGVA 3VYFA 5C9FA 3T7QA 3B80A 4JPCA 3UF3A 4Y9WA 3OXCA 3BC4A 1GVVA 5P4YA 2FDDA 4ZSMA 5DR3A 3K1WA 3NU3A 4FLGA 3URIA 5P1IA 4YCKA 1MERA 1YTHA 5P08A 5P1EA 4PPHA 7UPJA 3HW1A 2H6TA 1WKRA 7HVPA 3ECGA 4CPTA 1NPWA 2QMFA 1AVFA 2AOGA 5P1UA 1MPPA 5P8OA 1HVHA 2Q54A 5SZ9A 1NH0A 5P20A 3QP0A 4Y3PA 4WTUA 1A8GA 2IRZA 5P1XA 1T7IA 4PYVA 4EHCA 1HTGA 1SGZA 4EQJA 3WZ8A 5P1DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZKX A;  4RVJ A;  3K4V C;  3RVI A;  1FIV A;  1SDT A;  1EC3 A;  5P1K A;  1D4I A;  5P3U A;  3O99 A;  5OZA A;  3PI5 A;  5P42 A;  4J1C A;  5P2O A;  5P17 A;  3IAW A;  5DPZ A;  3ZPS A;  4DJQ A;  4NPU A;  2OHU A;  3O9G A;  4RVX A;  4H3J A;  5P1F A;  4MC9 A;  3CYX A;  4ER2 E;  3SKF A;  1TZS A;  3CYW A;  3QS1 A;  2XFI A;  2QZK A;  4OBH A;  1RV7 A;  5P04 A;  4Y36 A;  3NWQ A;  4Q1Y A;  3UDH A;  1HRN A;  1HTE A;  2PWR A;  3OOZ A;  1BIM A;  4Y57 A;  3C9X A;  3UCB A;  2JJJ A;  1PRO A;  2UPJ A;  2J9K A;  4J0V A;  4A6B A;  4EPJ A;  3GGX A;  4ZSQ A;  4Y5N A;  1TW7 A;  2OHP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 2JXR A;  4GJ8 A;  5I70 A;  1HEF E;  5IVR A;  5KAO A;  5P6A A;  2V0Z C;  3NU5 A;  2QU2 A;  1PPL E;  3UDJ A;  2HB2 A;  2F81 A;  1FFI C;  2AOD A;  5OZ5 A;  5P3Y A;  3I2L A;  3RTN A;  4OD9 A;  3PBD A;  5OZC A;  5P2S A;  1IZH A;  6FIV A;  5HCO A;  4N00 A;  4Y4Z A;  3NYG A;  4GYE A;  3F9Q A;  3NU9 A;  1EPR E;  1B6J A;  5P6U A;  3GI0 A;  5P45 A;  3UQX A;  2J9J A;  4Y3Y A;  2CEN A;  2ZHR A;  1EPQ E;  3O9L B;  3OWN A;  3VUC A;  1K6P A;  5P4S A;  3H0B A;  5P6J A;  1KJG A;  2OHT A;  4M8Y A;  5DQ2 A;  1TSU A;  3LIT A;  2ZJK A;  3PMY A;  3QIH A;  1EPO E;  3MSJ A;  5P0W A;  2FNS A;  1DW6 C;  1BWB A;  4A6C A;  5IVQ A;  3S56 A;  1EPN E;  3OUA A;  2ZJL A;  1BWA A;  1FG6 C;  1SIV A;  5P79 A;  4TRY A;  5P7F A;  5C9D A;  2HPF A;  4R92 A;  5P8F A;  2FS4 A;  3UDM A;  4CKU A;  1SDU A;  2AOF A;  5P73 A;  5P4C A;  1FQ4 A;  1CMS A;  3LPK A;  3VYD A;  1AM5 A;  5P7T A;  6APR E;  3GI4 A;  1B11 A;  4GJC A;  5P7W A;  1W5V A;  1F34 A;  1BIL A;  3DCK A;  1Z1H A;  2QZW A;  3EM3 A;  3FKT A;  1U8G A;  2B7F A;  4MC1 A;  4YA8 A; 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