3ZKGA

Bace2 mutant apo structure
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
384
structure length
364
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIFSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 364
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkgA02
1IVPA 4J5JA 5P2XA 4FAFA 1PSAA 1ZAPA 2VNNA 3PCZA 3UDJA 1BWBA 2FDEA 4Y3WA 5P2WA 3UDPA 4R92A 5OZBA 5P4CA 5P6RA 5P7YA 2NMYA 5P67A 3NUOA 5P0GA 5P60A 2WEDA 3KT2A 5KAOA 2JXRA 3FSMA 2WEBA 2UY0A 1FIVA 3BUGA 3BXSA 2OHUA 3R4BA 1AJXA 5P69A 3JVYA 5KR8A 1HSGA 5OZZA 4B1EA 3DV1A 3K1WA 4HDFA 5P6QA 4ER1E 4K9HA 3GW5A 5C9FA 5DR4A 4B78A 4IVSA 4DH6A 3L5EA 5P17A 3INEA 5P15A 3LNKA 3EXOA 2J9JA 5P56A 5P8FA 2PK6A 4ZIPA 4LP9A 2V12C 5P0UA 5P8BA 2G1OA 3UFLA 3QRMA 3QI1A 5OZ3A 3GGUA 4EQJA 2QI4A 4LHHA 2QNPA 3NLSA 3OUAA 2OHSA 5OZMA 1YG9A 3VG1A 3BXRA 1KJ7A 4ZE6A 3OQFA 4DJXA 3PSUA 5OZWA 5P4JA 5P1VA 3OADB 1GVTA 4QJ7A 2NXMA 5P61A 4BELA 5P5CA 4GJ9A 5JFPA 2QI3A 4Y3SA 5P3ZA 1PSOE 4RROA 1B5FA 1NPVA 1FMXA 1MRWA 2PYMA 2AVMA 3NSHA 5P12A 5P5TA 4EJLA 1LYWA 2NTRA 5P5WA 4J55A 1MIQA 3EKTA 4Y5EA 2ZJNA 4DQFA 1D4HA 4Y3JA 3QRSA 3KFPA 3LINA 3OAGA 4Y5MA 2AQUA 3CKRA 3OQAA 3H0BA 3EKYA 3H5BA 1GNNA 3RSVA 2AOHA 5J25A 2F3EA 3OXWA 1E5OE 2I0DA 3L5BA 1META 5P80A 5P5XA 5P22A 1BXQA 3PGIA 2JYSA 5JODA 1HVCA 2PYNA 1FB7A 3VCMA 1TSUA 1D4YA 1FQ4A 4WTUA 5P6NA 5OYRA 1LYAB 3TOGA 5P8HA 5P0RA 5P7PA 4AUCA 5P72A 3T7PA 5P4OA 5OZOA 2A1EA 3NR6A 5CONA 5PEPA 4F74A 4Y45A 1EC3A 1LS5A 4GJAA 2IRZA 3HVPA 4CPTA 4CPSA 3ZKNA 5P76A 5P83A 1YT9A 3HVGA 3O9IA 2VIZA 3N3IA 3IA9A 3TOHA 3UDQA 5P5AA 4YDFA 4D89A 5P39A 4Y39A 2OHPA 5P28A 5P8JA 5P84A 4Y6MA 5P4NA 4XX4A 4I0IA 1SMEA 4RVIA 5P8SA 5P7KA 5HU0A 5P0WA 4HE9A 4LC7A 5P7MA 4EJ8A 4OD9A 1FMUA 5C9DA 5P4WA 2FXEA 4Y3MA 5AHAA 5P1MA 4Y44A 5P4PA 2OHNA 5P4MA 1K6CA 1AXAA 4Y4WA 1FQ8A 3SAAA 4FE6A 2QU2A 4HDBA 3L5DA 5P29A 2A4FA 4B0QA 5P4DA 4OC6B 5P0PA 4Y3TA 5P7EA 3IVHA 5P6TA 5P7SA 2R3WA 5I3WA 5P7TA 3EM4A 3ZOVA 2PH6A 3K5DA 4AMTA 2Q55A 3KYRA 1EPRE 4PPHA 4GJ6A 5P8AA 5P1OA 4CPUA 1MSNA 2G21A 3SPKA 2WF4A 4GJ8A 5DQ4A 4B72A 4K8SA 5P62A 3FKTA 3S8IA 5P1BA 5P4IA 5P89A 5OZ6A 5P77A 2V10C 1HTRB 2OHTA 3SM1A 5AHCA 5P6DA 1HRNA 2G24A 3PMYA 1HTFA 2IGXA 5P3AA 2QD7A 3S43B 2I4UA 3UDRA 5P5GA 3SA6A 5P1UA 3OOZA 1YTHA 5P64A 1QBTA 5P33A 3PHVA 2HM1A 1VIKA 4FAEA 5P26A 4QJAA 5P0KA 4Y3FA 2FNSA 3QVIA 4FRKA 4Y35A 1BV9A 1F7AA 3HLOA 3JW2A 1Q9PA 3PI5A 5DR7A 3HDKA 5IVSA 5OZRA 4Y3YA 1AIDA 3INFA 2F80A 2AZBA 4HZTA 5EZZA 4FIVA 4RRNA 5DR1A 5P8UA 5P4VA 3ZKIA 5KOSA 4GJ7A 2P3DA 3L3AA 1XE5A 4GJBA 5P7XA 1PPME 5AH9A 2RKGA 3TPJA 1QBUA 1PPLE 4EWOA 5P0YA 5P78A 3WZ7A 3PBZA 5P5JA 4XXSA 2VJ6A 5P4LA 1ZTZA 4PYVA 5P7IA 2AVQA 3QP0A 4MC2A 3UPJA 3URIA 4ZLSA 1XDHA 4TVHA 3ZPSA 1M4HA 5P4ZA 1C6XA 5OZXA 3D20A 5P6EA 5P73A 2SAMA 2FXDA 4OBHA 5P4RA 5P4QA 2IL2A 3T6IA 3APPA 4Y3EA 5P0MA 3O9CA 4YD4A 2ZHVA 3DV5A 4R5NA 2I4WA 4Y4JA 5KQFA 4R93A 2Z4OA 4Y5CA 2I1AA 2JE4A 1MERA 2G94A 2HB4A 1PSNA 5P4HA 3S85A 5P2HA 5P8KA 2WKZA 5P6XA 4ZPGA 2WF3A 2HAHA 5P1PA 5P18A 2FS4A 1TSQA 1OD1A 2AVOA 1B6KA 1Z1HA 3FV3A 4U7QA 5OYTA 2IGYA 3KA2A 1YM2A 2I4XA 3DCKA 4YCYA 5KR2A 1MT9A 5P0XA 4NPTA 2OAHA 3VLBA 1K1UA 4OBZB 5P1QA 5P1RA 1PFZA 3VEUA 2AODA 2F3FA 1M43A 5P27A 3RSXA 5P5RA 3UDMA 5P6JA 2CEMA 4XKXA 2QI0A 1PPKE 1YM4A 3TPRA 3INDA 5AH7A 3PBDA 5P2UA 5OZLA 1E80E 3PLDA 3IXJA 4QJ2A 3R0WA 5P5IA 1HEFE 2QZXA 2IS0A 4I0HA 2P3BA 1FQ7A 5OYZA 4U8WA 4J54A 5P2LA 5OYQA 4H1EA 3SA5A 5HCOA 1QDMA 3RU1A 4Y3NA 4QJ9A 5OZ2A 2ZJMA 3OXCA 5P2GA 5P41A 5P44A 1BBSA 5JFUA 4DJWA 2ASIA 5P1AA 3OTYA 3OQDA 3EL4A 3VFBA 1VIJA 3PSGA 5P40A 5P31A 3Q4BA 5P06A 5P23A 5P3UA 1EC1A 4S1GA 1KJHA 3EBZA 3VSXA 3GI4A 5P4YA 4TRZA 5B18A 2ZYEA 1BVEA 3CMSA 3AIDA 3O9EA 4YD7A 3G6ZA 5C9BA 3IN3A 2WF0A 5ENMA 5I70A 5OZ9A 3NDUA 5P1IA 3L59A 4K4RA 3M9FA 5P8MA 5P2JA 5P1DA 2Q5KA 3RTHA 3KFSA 3QAAA 3QIHA 3TPLA 3PEPA 3S7MA 1FQ5A 5ER2E 2H6SA 2QI5A 1KZKA 3UDYA 5P7RA 3UF3A 1EAGA 3URJA 2FMBA 3OU4B 3KFNA 4FM6A 5P4BA 1FGCC 5I3YA 1TCWA 1HVLA 1W5VA 3ZMGA 3D3TA 2QMPA 1WBMA 1IZDA 5I3VA 3LHGA 1HPSA 5HTZA 4DVFA 4D8CA 1GVXA 5P8RA 1G0VA 4EXGA 2IENA 1IVQA 1EBWA 3HW1A 4N00A 5P6OA 5P0DA 3NYGA 2QD8A 3ER3E 1BAIA 3KF0A 2AOEA 3WSJA 5P30A 1SP5A 1IZEA 2P4JA 4I1CA 4F75A 3HZCA 3S45A 5P3IA 3EL0A 1OHRA 1B6PA 2WL0A 3U7SA 4ZSRA 4FL8A 2PSUA 1D4JA 5IVRA 1GKTA 4LL3A 2FGVA 3CYWA 5I3XA 3D1ZA 2IQGA 2V13A 2J9JB 1CMSA 5P6WA 5TOLA 3VF7A 5P0JA 4FM8A 5P86A 2O4NA 3ER5E 5P54A 5OZKA 5P08A 3IAWA 1B6LA 5P2QA 5E5KA 5P5YA 1WKRA 1RL8A 5P0QA 1ME6A 5P87A 3N4LA 2R43A 4Y47A 2OHRA 1XN3A 1ZSRA 2QNNA 3IXOA 3BHEA 5P2RA 5KQYA 3LIVA 3NDTA 1ODXA 3Q70A 4RCFA 2P83A 5P36A 5P6YA 2QZWA 5OZFA 5P4SA 4KE0A 5P5HA 4I0FA 5P47A 5P19A 1J71A 3EKQA 1EC0A 3OADA 1FF0C 2HS2A 3OHFA 4I8WA 5DR3A 4Z2ZA 2EWYA 4I10A 3NDXA 4YHQA 5DQCA 3GGXA 4DQCA 5OZCA 1A8GA 3OAGB 2PK5A 1K6VA 4LBTA 2AOFA 4Y3DA 2VA6A 3C9XA 1E81E 3KFRA 5HDZA 2NMZA 3NU9A 4OBJA 1HWRA 4L6BA 4RCDA 6APRE 4I0EA 3Q5HA 5P4EA 3SM2A 5P7GA 3EL9A 4B1DA 4Y38A 1D4LA 1TQFA 3Q6YA 4Q1YA 3K5GA 5SZ9A 5P2VA 2O4PA 2ZJKA 5P7QA 3EC0A 1HTEA 5P49A 1UH7A 3HD8A 1LEEA 5P88A 3S53A 1IZHA 3TLHA 1MPPA 5P0SA 4L7JA 3BUHA 4H3GA 4R8YA 1MTRA 1G35A 1SDUA 2ZHUA 3SQFA 4YCKA 5P4FA 4Y5KA 5HU1A 4HEGA 2ZHSA 1TZSA 4Y54A 5APRE 1LYAA 5OYWA 5SY3A 5P3XA 2G26A 5P7AA 3T7XA 4NJVA 1GVUA 3RVIA 2P3CA 3LPKA 1FEJC 3CYXA 3VYEA 1A30A 2JJJA 4Y3HA 3DOXA 2G1SA 5P4UA 1HIVA 4I11A 3NXNA 1NSOA 2RENA 3R1GB 4Q1XA 4J0ZA 1APTE 1FFFC 4JECA 5P2FA 4I8ZA 3O99A 4B77A 2NXLA 1FG8C 4U7VA 4DI2A 1HEGE 4J17A 4OD9B 4BFBA 4YA8A 1RV7A 3KN0A 5P5NA 4Y4BA 5P8QA 2QI6A 2HIZA 2AOGA 1K6PA 5HDVA 1APVE 3CIBA 5OZ8A 3ZKGA 4HVPA 2G20A 4APRE 3PI0A 1FG6C 1BV7A 5P8TA 1MESA 5ISKA 5P6IA 4Y4EA 1KJ4A 1HHPA 2FLEA 3Q3TA 4A6CA 4F73A 5P1GA 4GJCA 4FRIA 4YBIA 3ZPUA 1IIQA 5P1ZA 4DQHA 1EPOE 2ZDZA 4KB9A 4D88A 3FNSA 4PEPA 1BXOA 5P58A 2ZJJA 4MC1A 3VYDA 4Y5LA 3VV8A 5SY2A 3PSYA 5BS4A 3SA9A 2QI1A 1M0BA 4OC6A 4J1KA 3EL1A 5P5SA 2XFKA 4Z22A 4FCOA 3DUYA 3T7QA 3UDKA 2FGUA 2NXDA 5CLMA 3CICA 3UDNA 5KR0A 1DW6C 4ZPFA 2BBBA 1SIPA 5P43A 1G6LA 5KR1A 3LIYA 4Y3RA 5P6ZA 4DJPA 3UDHA 4YOBA 3D1XA 4YOAA 1MSMA 2QP8A 4DJRA 1MT7A 5P8CA 1EBKC 3PWRA 3OGPA 5P5VA 6UPJA 3OXVA 4B05A 3TNEA 4Y3PA 4J0PA 2XFJA 4ZEAA 5OZPA 5P2EA 2HC0A 1D4KA 1UH8A 3O9HA 4COEA 1DMPA 5P53A 2QU3A 5P1TA 3MSJA 2R8NA 3KMXA 5P8DA 4ZPEA 5P3MA 9HVPA 2OF0A 3LIQA 5P5FA 7HVPA 3MSKA 2Q11A 3EM3A 3G70A 4CPRA 4HLAA 1FLHA 2B42A 5F01A 3QBHA 3URLA 4Y56A 3CKPA 4Z50A 3VLAA 3O9FA 5P3EA 3EKXA 3PLLA 1A8KA 2OHQA 4ZSQA 2VJ7A 5AHBA 3OGQA 4DQBA 3VV6A 5P3OA 5P1CA 3LPIA 2RSPA 5P32A 5P6BA 3S7LA 2BB9A 3FNUA 1AJVA 1XN2A 4HA5A 4Y51A 4CPXA 1HTGA 4GIDA 2AZCA 4OBFA 4GJDA 2ZJLA 4Y4GA 3HAUA 4NJUA 4EHCA 5P2ZA 5P5OA 4LXMA 1MVPA 2Q54A 2QHYA 4QJ8A 4MC9A 5COPA 3O9LA 4D83A 4ER4E 4DUSA 5IE1A 4AZYA 4R95A 3GI5A 5P46A 4BFDA 4Y48A 3BC4A 4Y4DA 2VIJA 4WY1A 4Y5BA 4YD3A 5OYYA 5P7JA 5DGWA 2G27A 1BDRA 1LYBB 5DQ5A 2F8GA 3F9QA 5P6HA 4NJTA 4EXHA 5P16A 5IVTA 3WB5A 3PMUA 2R3TA 3UCBA 3QPJA 5P70A 3PVKA 2ER0E 4EJKA 2MIPA 3NUJA 1HBVA 1YX9A 3PRSA 5COOA 4LXAA 3TOFA 1NPWA 5HDXA 2I4VA 3APRE 1MRXA 2QD6A 4Y5GA 1ER8E 3UTLA 1UPJA 3ST5A 3D91A 5P45A 4GYEA 3K5CA 1FFIC 1Z1RA 2WHHA 3UQRA 4Y43A 4PHVA 4GB2A 4L1AA 1N49A 3ZPTA 2G1YA 2Q64A 4EP3A 3MSLA 2P3AA 3OU1B 5EZXA 5HE5A 3A2OA 5HDUA 5HE4A 4Y4AA 4H3JA 4J0TA 1LF3A 4LAPA 1OEXA 1BDLA 4Y4UA 3GGAA 3ZKMA 1FKNA 2R9BA 2O4SA 5OZDA 3LITA 4A4QA 5OYXA 5P11A 4CPQA 1SIVA 3S2OA 4OBZA 3GI0A 4L7GA 5P5KA 2QMDA 3OOTA 5AH6A 2VIYA 3BVBA 4Y37A 5P50A 2P3BB 2CEJA 5P1WA 5F00A 4K4QA 4ZSPA 5P68A 3OUDB 1ZPKA 4JOOA 5P5MA 1RQ9A 2VKMA 3UQXA 2G1NA 2VJ9A 2I4QA 4EP2A 2ZJHA 4IVTA 5P3CA 1IZIA 5HVPA 3VF5A 1F34A 1FMBA 5P5DA 1DP5A 4RRSA 2IEOA 4EYRA 2BJUA 4PZWA 5P79A 5IS4A 5P85A 1QS8A 5OZHA 2QHZA 2IKUA 4FLGA 3BUFA 5JG1A 1MUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IVP A;  4J5J A;  5P2X A;  4FAF A;  1PSA A;  1ZAP A;  2VNN A;  3PCZ A;  3UDJ A;  1BWB A;  2FDE A;  4Y3W A;  5P2W A;  3UDP A;  4R92 A;  5OZB A;  5P4C A;  5P6R A;  5P7Y A;  2NMY A;  5P67 A;  3NUO A;  5P0G A;  5P60 A;  2WED A;  3KT2 A;  5KAO A;  2JXR A;  3FSM A;  2WEB A;  2UY0 A;  1FIV A;  3BUG A;  3BXS A;  2OHU A;  3R4B A;  1AJX A;  5P69 A;  3JVY A;  5KR8 A;  1HSG A;  5OZZ A;  4B1E A;  3DV1 A;  3K1W A;  4HDF A;  5P6Q A;  4ER1 E;  4K9H A;  3GW5 A;  5C9F A;  5DR4 A;  4B78 A;  4IVS A;  4DH6 A;  3L5E A;  5P17 A;  3INE A;  5P15 A;  3LNK A;  3EXO A;  2J9J A;  5P56 A;  5P8F A;  2PK6 A;  4ZIP A;  4LP9 A;  2V12 C;  5P0U A;  5P8B A;  2G1O A;  3UFL A;  3QRM A;  3QI1 A;  5OZ3 A;  3GGU A;  4EQJ A;  2QI4 A;  4LHH A;  2QNP A;  3NLS A;  3OUA A;  2OHS A;  5OZM A;  1YG9 A;  3VG1 A;  3BXR A;  1KJ7 A;  4ZE6 A;  3OQF A;  4DJX A;  3PSU A;  5OZW A;  5P4J A;  5P1V A;  3OAD B;  1GVT A;  4QJ7 A;  2NXM A;  5P61 A;  4BEL A;  5P5C A;  4GJ9 A;  5JFP A;  2QI3 A;  4Y3S A;  5P3Z A;  1PSO E;  4RRO A;  1B5F A;  1NPV A;  1FMX A;  1MRW A;  2PYM A;  2AVM A;  3NSH A;  5P12 A;  5P5T A;  4EJL A;  1LYW A;  2NTR A;  5P5W A;  4J55 A;  1MIQ A;  3EKT A;  4Y5E A;  2ZJN A;  4DQF A;  1D4H A;  4Y3J A;  3QRS A;  3KFP A;  3LIN A;  3OAG A;  4Y5M A;  2AQU A;  3CKR A;  3OQA A;  3H0B A;  3EKY A;  3H5B A;  1GNN A;  3RSV A;  2AOH A;  5J25 A;  2F3E A;  3OXW A;  1E5O E;  2I0D A;  3L5B A;  1MET A;  5P80 A;  5P5X A;  5P22 A;  1BXQ A;  3PGI A;  2JYS A;  5JOD A;  1HVC A;  2PYN A;  1FB7 A;  3VCM A;  1TSU A;  1D4Y A;  1FQ4 A;  4WTU A;  5P6N A;  5OYR A;  1LYA B;  3TOG A;  5P8H A;  5P0R A;  5P7P A;  4AUC A;  5P72 A;  3T7P A;  5P4O A;  5OZO A;  2A1E A;  3NR6 A;  5CON A;  5PEP A;  4F74 A;  4Y45 A;  1EC3 A;  1LS5 A;  4GJA A;  2IRZ A;  3HVP A;  4CPT A;  4CPS A;  3ZKN A;  5P76 A;  5P83 A;  1YT9 A;  3HVG A;  3O9I A;  2VIZ A;  3N3I A;  3IA9 A;  3TOH A;  3UDQ A;  5P5A A;  4YDF A;  4D89 A;  5P39 A;  4Y39 A;  2OHP A;  5P28 A;  5P8J A;  5P84 A;  4Y6M A;  5P4N A;  4XX4 A;  4I0I A;  1SME A;  4RVI A;  5P8S A;  5P7K A;  5HU0 A;  5P0W A;  4HE9 A;  4LC7 A;  5P7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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