3ZKSA

Bace2 xaperone complex with inhibitor
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
385
structure length
360
Chain Sequence
ANFLAMVDNLQGGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 360
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zksA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zksA02
4Y36A 1ME6A 3OU4A 3HZCA 2WF3A 2AOIA 1MT7A 4Y3HA 5P8FA 3TKGA 2QHYA 3O9IA 5P48A 3ZKQA 2QZKA 2R3WA 5HE5A 2NXLA 3EKXA 1HXBA 3MXDA 5P0CA 4AA8A 2ANLA 3KFPA 3EKVA 4TRWA 3OXVA 1EBKC 5P3SA 2HIZA 5P8TA 2J9JA 2OHMA 3VLAA 5P57A 4Y3RA 6FIVA 1APTE 4Z22A 4AZYA 5P3QA 4I0FA 4LXAA 4Y3NA 4DQEA 1HSGA 4YCTA 2WEAA 5OZBA 3SABA 1HRNA 2UXZA 4A4QA 3GGXA 3BUHA 1MT9A 4LXKA 3SA7A 5I3VA 3HW1A 2QNQA 4OBHA 1HVSA 4DJRA 3R4BA 3K4VC 3FKTA 4RCFA 4Y3MA 1IVQA 4QGIA 4BELA 2B7FA 3UDRA 3AUPA 2ZHVA 1E82E 5EZZA 1IIQA 4J55A 4YD7A 4Y5PA 5P0PA 3WSJA 5P0BA 4MC1A 4NJVA 2QD8A 5P30A 3EL1A 1M4HA 2AOCA 3OHFA 4HDBA 5P3KA 3ER3E 1PSOE 2R9BA 3A2OA 2O4NA 3IN3A 2HC0A 1ZSFA 3T6IA 5P3GA 1GVTA 3UDPA 1OEXA 5OZQA 5KR1A 4FM7A 5P4VA 2ZHRA 3T11A 3EKTA 2AVVA 5DR4A 2JJJA 3VLBA 1EPLE 5P73A 5P4KA 3PSGA 1JLDA 5P6DA 5P0AA 2NXMA 5P15A 2VA5A 5P5FA 1SGZA 1F34A 4K4RA 3ZOVA 5BS4A 5P7JA 2F8GA 3OOZA 5P3YA 4D83A 4J0TA 4Q1XA 4RCDA 4EHCA 2AZBA 5P3JA 5P37A 2VJ9A 5P5JA 4R91A 3HAUA 5HDZA 5P09A 5P0QA 1B11A 2Z54A 2WF0A 1D4KA 5P2WA 4ZIPA 3G6ZA 5I70A 4TVGA 3HVPA 3TPPA 1FQ7A 5P1TA 4ZSQA 5OZHA 5P0MA 5P13A 5P4NA 5P4WA 1EPQE 3UQUA 1BV9A 3LZUA 4XKXA 4J0ZA 2Q11A 5P7GA 3MWSA 2IGYA 4I0ZA 2ER6E 4EYRA 5P2DA 4DJQA 3SM2A 3JVYA 4Y3FA 2ZJIA 2PSVA 4FS4A 5P34A 1FMBA 1RL8A 1TQFA 5P2AA 5P36A 4J1FA 5DQCA 1BXOA 3ST5A 5DR1A 1EC3A 1HTRB 4RROA 5P50A 3UHLA 3L38A 3NUOA 4X7IA 4J0VA 1QBSA 4GMIA 4Y5EA 4DQGA 3LZYA 3IXOA 5P8IA 5OZAA 2AOFA 3OU1B 1LV1A 4DH6A 4EJKA 4GJ8A 3UQWA 4CPTA 2RENA 2VA7A 4DPFA 4Y54A 2RSPA 2WECA 5P1UA 2AZ9A 4OBKA 5P1FA 3IA9A 4Y50A 2O4PA 3IGBA 1Z1RA 3WZ7A 2UPJA 3HVGA 4TRZA 3D1XA 4KE0A 4K4QA 4QJ9A 5P4OA 4Y39A 5AHCA 1HIHA 4HVPA 2HS1A 5P1MA 5DR3A 5ENKA 3IAWA 3TTPA 3BGBA 4OC6B 2ZHTA 1KZKA 4EWOA 5P79A 3FNSA 5P84A 3EL0A 1HTEA 4H1EA 2FNTA 1ZP8A 4F75A 5OZYA 5P1ZA 5P70A 5P8CA 1HIVA 5OZJA 5P4MA 5P8UA 4H3JA 3OY4A 2QHZA 1HVRA 5P0VA 4ACUA 1J71A 2NXDA 4FAFA 4GJ6A 2XFIA 1B6LA 2PWCA 4Y5KA 1GNMA 5C9DA 3IN4A 1IBQA 2QI6A 1BXQA 5P77A 2AOJA 2AZCA 1FLHA 2BB9A 3CYWA 5P5XA 4B05A 5P67A 1AAQA 1B6MA 5P3OA 5P2YA 3UF3A 3LPIA 4Y5BA 4QJ7A 5P8AA 1EPOE 4GJBA 1PFZA 2OHSA 3IVIA 2ZJKA 3MSKA 1GNOA 4X2LA 1GKTA 5P8RA 5COKA 5P60A 1SDUA 2CENA 2I0DA 5P7PA 5P45A 1SH9A 5P3EA 5DR7A 4ZLSA 5KR0A 3JW2A 8HVPA 3OU1A 5P0NA 3M9FA 5P5OA 4DUSA 5P7HA 2QAKA 3R2FA 1ZPAA 1XDHA 3VV8A 1BV7A 3K5CA 3ZKNA 5P4QA 3OGQA 3K5FA 3NU3A 3OTSA 2FMBA 5P24A 3B80A 4Y4EA 4EXGA 4CPSA 2FDEA 3B7VA 5P27A 4OC6A 1LYWB 3K5DA 5P1DA 1LF2A 5P1YA 5P5ZA 3SA9A 3GI5A 5P80A 2PH8A 1G35A 3QBFA 3QIHA 5JFUA 5P3IA 3KMXA 4Y35A 1HEFE 5DPZA 2BPVA 2IEOA 2QU2A 2IENA 1IVPA 2FLEA 1YM4A 5P20A 3LITA 1C6ZA 1KJGA 5P4AA 5CLMA 4J1HA 3SA3A 5KAOA 3H5BA 2QMPA 2I4QA 5P1NA 1FQ5A 3ZKIA 2RMPA 3IVHA 4R8YA 2G26A 5P0XA 2OHTA 3Q4BA 3EM6A 5P1RA 4DJVA 5P3VA 1ODWA 2B8VA 3TKWA 1UH7A 1F7AA 3BVBA 5P1LA 5AHAA 5P3CA 4TRYA 3PEPA 2CEMA 2FNSA 5P4RA 5AH9A 5OZ6A 3TOGA 2I4VA 5P43A 5P4GA 2QI3A 4J1CA 5TOLA 5P7KA 5P56A 5C9BA 5P1IA 3MXEA 1TCXA 3LNKA 3SKGA 5P5UA 1CPIA 3N3IA 2PYMA 1IZHA 2ZJHA 4YE3A 3R0YA 4Y56A 3T7XA 3PHVA 1LYWA 3VF3A 3HAWA 1PPLE 4ACXA 4HDPA 5P2CA 1TSQA 5P7AA 5P40A 3EKPA 4GJ5A 1CMSA 2V10C 3VYEA 1DAZC 4Y51A 5P2LA 2VIEA 1EPRE 4LL3A 2IDWA 3VUCA 2WF2A 4CKUA 1W5YA 1OD1A 3QRSA 3KDCA 4PHVA 4B00A 5IVQA 4FL8A 5P2IA 3KA2A 2QD7A 3MSLA 1ZJ7A 3NR6A 1AJXA 3FSMA 5P4PA 5DR0A 1HBVA 1FGCC 2IL2A 2WF4A 4Y37A 1HVLA 5P68A 5SZ9A 4EQJA 2G1NA 2G20A 3L58A 2PH6A 5P0ZA 5OZ0A 1Z1HA 4EXHA 4Y3PA 5P6YA 2OHRA 3SA6A 4PEPA 4EJLA 2VIJA 2AVQA 5P8JA 5P6KA 4H3FA 3LPJA 7HVPA 4QJ8A 5P1OA 5P6OA 4DJXA 4GJCA 4LHHA 1BWBA 3UTLA 5P4JA 5P61A 5P2OA 1W51A 4ZPEA 5P4BA 5P11A 4OBGA 3NYGA 2OHUA 4Y5NA 5AH6A 2F3FA 5P1GA 3LIXA 1FQ8A 3PVKA 3UDQA 2PWRA 3ZLQA 3QN8A 3NU4A 2ASIA 5AH7A 4CPWA 3VYFA 2HAHA 5P8LA 1D4HA 2QU3A 3VF7A 5P0EA 3SFCA 3GI4A 3CKPA 5P5EA 3QP0A 4Y58A 5HCTA 2NR6A 1FQ6A 3QROA 2BKTA 5P04A 1APUE 4Y5LA 3OU3A 5P39A 3QRVA 5P8PA 5P8SA 3LIVA 5P4EA 1DMPA 5P5AA 5P85A 3U6AA 3OQDA 3HBOA 4Y5GA 1U8GA 5P76A 5P52A 3Q70A 3UQRA 2IGXA 5P3XA 3PI5A 2QP8A 4FRKA 2QK5A 1PSNA 2AVMA 2IQGA 5OYSA 1ZBGA 1PSAA 1QBRA 2G69A 5AHBA 3VEUA 1C6YA 1IDBA 3LIYA 4L6BA 1MVPA 1ZSRA 5P6QA 4H3IA 4CPRA 3RVIA 1TSUA 1W6IA 1SDVA 5OYWA 4R95A 1CZIE 4ZSMA 5P53A 3APRE 5P41A 2IRZA 2AOGA 5DGWA 5HVPA 1A8GA 3UDJA 5I3XA 3IXKA 4LP9A 5P32A 5P8BA 3T7PA 4Y3EA 4HDFA 2CEJA 3BUGA 4MC2A 2AOEA 1FB7A 3HD8A 3UDHA 4QJ2A 4Q1YA 1EEDP 2NNKA 2XYFA 5OZGA 5CONA 2V13A 5P5MA 5UPJA 3APPA 5P8OA 1APWE 3EMYA 1GVWA 2Q54A 3C9XA 3S85A 4QJ6A 3ZKGA 1RQ9A 2JJIA 3UDNA 5ER1E 3K1WA 5P2UA 3GGAA 3SA4A 2AVOA 1VIJA 5OZFA 1APVE 3QS1A 2NPHA 1MEUA 5KQYA 3NWQA 5P0GA 5ISJA 3PMYA 3QVIA 5OZVA 2VIZA 4Y3WA 5OZ3A 4BFDA 2HB3A 3EM3A 3VFAA 3I2LA 3O9GA 3EL5A 1WKRA 2ZYEA 3TNEA 4YD4A 4B1CA 4J0PA 1D4SA 1EBWA 3KT5A 2BPYA 5IS4A 3NU6A 2R5QA 5P2MA 2FXDA 1FG6C 2FGUA 5OZDA 3VV6A 4HA5A 1RV7A 1EPPE 3OWNA 3QBHA 5P2EA 1PPME 5P63A 2IS0A 4Y3YA 5P7EA 1QS8A 4I0HA 3TOFA 1HEGE 1EBZA 1AM5A 2VNNA 1EC0A 5JFPA 4YBFA 4DJWA 1MIQA 4QJAA 2XFKA 2G94A 3NDTA 5P5NA 2PMAA 4Y3TA 3KFRA 4Y3ZA 4LXMA 2SAMA 3K4VA 4B70A 4D8CA 5P78A 4NKKA 5P7BA 4I8ZA 2ZE1A 5P74A 5DQ1A 2WF1A 4R5NA 4Y44A 3Q3TA 2H6TA 3D20A 4I0JA 2RKGA 1VIKA 4APRE 1HPSA 5P71A 5P6WA 3RU1A 4JP9A 5P54A 5P07A 2I4XA 4R93A 5P7VA 3PLLA 3L5BA 3FIVA 5P16A 5P6MA 2QZLA 2ZHSA 5P0KA 5SY3A 3FX5A 5P22A 5B18A 5F01A 1GVXA 2ZDZA 4PPHA 1FG8C 3L59A 1MRXA 4RCEA 1K1UA 1K2BA 2PSUA 3INEA 2JYSA 5P3MA 5P4CA 3L3AA 1K2CA 4R92A 5P25A 4U7QA 2OHKA 3EBZA 3O9HA 5J25A 2O40A 3LHGA 5P00A 5OZMA 3HLOA 4DJPA 3PI0A 2BPZA 2OAHA 4Y4GA 1HWRA 2PK5A 4FSEA 4Q1WA 3UPJA 5P51A 3S56A 5P17A 5P59A 5P7UA 2FGVA 1T7IA 5OZKA 5P49A 3UDYA 1LEEA 1FFFC 1HVHA 4I10A 2R38A 5P2FA 4D88A 3JVWA 4YHQA 1BBSA 2OHPA 4U7VA 4DQFA 1BDLA 3O9CA 3PLDA 3EL9A 2BBBA 4Y57A 1XL5A 4MC9A 5P4UA 5OZWA 3CIDA 4GJDA 3TPRA 5P4TA 4I0IA 2ER7E 3FNUA 1UPJA 3KFNA 1WBMA 5HU0A 4AA9A 3LIQA 3DM6A 3GI6A 4GB2A 1GVVA 5P46A 5P64A 4S1GA 2BPWA 5P86A 3UFLA 5P0RA 1BDQA 4DVFA 1QRPE 5DQ4A 1LS5A 5JG1A 5P6SA 4HLAA 2P3CA 5P8MA 4YD5A 3KFSA 5P6GA 3OQ7A 2I4DA 4EP2A 1FQ4A 5T4SA 3ZKXA 4YDFA 3ZPUA 1K6CA 3OOTA 3UCBA 1SGUA 4APEA 2G24A 4Q5MA 2VJ6A 3GGVA 3BXSA 5P7QA 5P1QA 2VNMA 3L5EA 4AUCA 5OZEA 2Q5KA 4XX3A 5OYQA 1ENTE 1QBTA 3NU5A 2WEZA 5ER2E 4Y45A 3L5FA 4LC7A 3BC4A 4I11A 4B1DA 4GZFA 1MUIA 2JE4A 3PBDA 4ER1E 3PJ6A 5P1JA 3UDKA 4YA8A 4ER2E 5P8NA 1HXWA 4ZSPA 3PRSA 5P88A 5I3YA 5P8QA 1A94A 5P6RA 4U8WA 4HE9A 3URIA 1YM2A 1LF3A 5KQXA 2R5PA 5OYTA 5APRE 3PWRA 5P4LA 1SMRA 4JPCA 5P2XA 3SPKA 3CMSA 2V00A 5HE4A 5OZ1A 1UH9A 5P6NA 2Q64A 1A30A 5P7CA 3OUDB 5P5VA 5P0OA 3OXCA 3VF5A 4Y3SA 4A6CA 2PYNA 1G0VA 4PYVA 4I1CA 3S54A 5P2NA 2I1AA 3AIDA 3ZMGA 5P7YA 4RVXA 3ER5E 5BWYA 3QAAA 4F74A 1FEJC 5P55A 2QHCA 5P5GA 4HEGA 4K4PA 4PZXA 2G27A 4B72A 1LYAB 3H0BA 4MC6A 1DPJA 4DI2A 5P58A 5P4HA 3D1YA 1YTGA 2NMYA 1SP5A 5DQ2A 4AMTA 4OBZB 1N49A 1NPVA 4RZ1A 2BJUA 4N00A 4EP3A 3K5GA 2Q15A 1BDRA 1HTFA 2AIDA 3G70A 4RLDA 3SQFA 1FMXA 1RPIA 5PEPA 3TPJA 5P89A 3I6OA 2OHLA 3ZPSA 1SIPA 3UQPA 2PK6A 1G6LA 2Z4OA 4YCYA 4B77A 3KYRA 2R8NA 5P7ZA 2VJ7A 3OUCA 3WB5A 3WB4A 4OD9B 2ZJLA 2P3DA 3PWMA 3Q6YA 5P10A 5P2GA 3OXWA 2ZGAA 4H3GA 4Y4BA 3OUDA 5P6UA 1K6VA 3SO9A 3BXRA 1SIVA 1MSMA 4Y6MA 5P4IA 1EAGA 2O4KA 4Y4UA 2FS4A 5OZXA 3UFNA 3LINA 4Q1NA 5P8EA 1EC2A 5OYUA 3LZSA 4EQ0A 3HDKA 1ODYA 3PSYA 3BVAA 1E81E 2Q55A 3D3TA 1AVFA 4NPUA 1HHPA 4Y3QA 5P66A 1LYAA 5P7TA 3U7SA 4ZPGA 4FM6A 1PROA 4NJSA 1UH8A 4Z4XA 3RSVA 3UQXA 1D4IA 3PM4A 4Y3XA 4OBZA 1LF4A 3OUBA 4Y48A 3EXOA 4K9HA 3GW5A 5P06A 5P7SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y36 A;  1ME6 A;  3OU4 A;  3HZC A;  2WF3 A;  2AOI A;  1MT7 A;  4Y3H A;  5P8F A;  3TKG A;  2QHY A;  3O9I A;  5P48 A;  3ZKQ A;  2QZK A;  2R3W A;  5HE5 A;  2NXL A;  3EKX A;  1HXB A;  3MXD A;  5P0C A;  4AA8 A;  2ANL A;  3KFP A;  3EKV A;  4TRW A;  3OXV A;  1EBK C;  5P3S A;  2HIZ A;  5P8T A;  2J9J A;  2OHM A;  3VLA A;  5P57 A;  4Y3R A;  6FIV A;  1APT E;  4Z22 A;  4AZY A;  5P3Q A;  4I0F A;  4LXA A;  4Y3N A;  4DQE A;  1HSG A;  4YCT A;  2WEA A;  5OZB A;  3SAB A;  1HRN A;  2UXZ A;  4A4Q A;  3GGX A;  3BUH A;  1MT9 A;  4LXK A;  3SA7 A;  5I3V A;  3HW1 A;  2QNQ A;  4OBH A;  1HVS A;  4DJR A;  3R4B A;  3K4V C;  3FKT A;  4RCF A;  4Y3M A;  1IVQ A;  4QGI A;  4BEL A;  2B7F A;  3UDR A;  3AUP A;  2ZHV A;  1E82 E;  5EZZ A;  1IIQ A;  4J55 A;  4YD7 A;  4Y5P A;  5P0P A;  3WSJ A;  5P0B A;  4MC1 A;  4NJV A;  2QD8 A;  5P30 A;  3EL1 A;  1M4H A;  2AOC A;  3OHF A;  4HDB A;  5P3K A;  3ER3 E;  1PSO E;  2R9B A;  3A2O A;  2O4N A;  3IN3 A;  2HC0 A;  1ZSF A;  3T6I A;  5P3G A;  1GVT A;  3UDP A;  1OEX A;  5OZQ A;  5KR1 A;  4FM7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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