3ZOVA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA02
4GJ5A 1AIDA 4YE3A 5P81A 4TRWA 4ZEAA 5P3UA 1XE6A 2ZJNA 3LZSA 1NH0A 1SDUA 5HDVA 2HC0A 5IS4A 2HS2A 1BDLA 2OHKA 1K6CA 1HTGA 4NJVA 5P8GA 4PYVA 2UPJA 2VKMA 5OZ1A 4R95A 3BHEA 3QROA 4GJ6A 5P6ZA 2CEMA 3S56A 5AGZA 2PSVA 5P0AA 5AHBA 1ZJ7A 4DQBA 3I2LA 2Q64A 4YD4A 3OXXA 2PSUA 1Z1HA 4Y3TA 5P0HA 2QI7A 2R43A 1EPNE 2FDEA 3SA3A 2IKUA 5P41A 1EPPE 1WBKA 5OYTA 5P3TA 1F34A 3OAGA 3DCKA 1MPPA 3KN0A 5P0EA 5P8EA 5P1MA 5P4VA 3TPRA 4DI2A 1SGZA 5OYYA 1E5OE 3L5CA 2V10C 1SP5A 5OZYA 1FMXA 4E43A 4OBGA 4OC6A 2P3BB 3PBDA 3O99A 4AZYA 1E80E 3GI0A 2P8HA 4H3FA 4B72A 5P5CA 2WECA 2WHHA 5P36A 1ODYA 1T3RA 5P87A 5P2UA 4QJ9A 2B7FA 4CPQA 5P33A 5OZVA 1B6KA 1BXOA 5IE1A 1FF0C 3IVHA 1Q9PA 3OTYA 1AAQA 5P18A 1MT8A 3OU4B 5HU1A 5P66A 4RCFA 5P4QA 3ZKQA 2PYMA 4FLGA 3ST5A 3MWSA 5P1JA 1XL5A 1TCWA 4Y3FA 5KR0A 4K4RA 1MIQA 4Y3MA 3TLHA 4Y36A 4N00A 5P4SA 4KE1A 4Y37A 3O9DA 5P3GA 5P5UA 3OGPA 5OYXA 1T7IA 3TTPA 1B5FA 4YD6A 5P03A 1QBSA 5P4TA 3IGBA 3I7EA 2F8GA 4I10A 5I3WA 2MIPA 4Y45A 2OHQA 2R5PA 3NYGA 4UPJA 5P3VA 4Y3NA 5TOLA 2FDPA 1CZIE 5UPJA 5P7FA 3VCMA 4ZIPA 4MC2A 2HB4A 5P3NA 5P0TA 1KJ7A 4RRNA 5IVRA 3UHLA 3BUHA 3OTSA 3VYEA 1AZ5A 5KQYA 5P5SA 3D3TA 5F00A 2VA5A 3UDMA 5OZFA 4B1DA 5P70A 5DR3A 5P53A 1FLHA 1PSNA 1HXBA 4GIDA 5P3LA 3EBZA 3SA7A 4DJQA 4EP3A 4QJ7A 5P0GA 2R8NA 3VV7A 4YCYA 2NXLA 4DFGA 2F81A 1IVPA 5P7WA 4R91A 3TPLA 2OHLA 3IN3A 2VNNA 1APVE 1T7KA 4J1IA 2BB9A 2B42A 1FEJC 2WF0A 1XS7D 4LC7A 5P51A 5P35A 3KM4A 3IXKA 4RYCA 5P4AA 5ISKA 2B8VA 5OYWA 5P3FA 3HVPA 4J0TA 5OZNA 5P67A 3EC0A 5P0DA 2AQUA 2UY0A 2FGVA 5P2FA 5P71A 5P74A 3DJKA 3O9LB 4EYRA 1NSOA 4D85A 5OYZA 5P0FA 2I0AA 4J5JA 3VFBA 4Y47A 4YOAA 3VUCA 4Y3EA 1GVTA 2Q5KA 4DJUA 3HBOA 4DJYA 4FSLA 5P5MA 4RVJA 2F80A 1FFFC 5P2MA 3KDDA 5P6SA 2JYSA 2AIDA 2WEAA 3NWXA 4FSEA 5HE7A 3Q4BA 5IVTA 4QJ2A 2Q63A 4GB2A 1PSAA 3R2FA 5P2WA 5P8JA 5I70A 2APRA 3PLDA 1F7AA 4A4QA 1DMPA 4FRKA 3EMYA 5C9BA 5P58A 3ZKNA 3GI5A 5JODA 1AJVA 2RENA 3NR6A 1QS8A 1K6TA 1EPQE 1D4JA 5P15A 5P7CA 5P5XA 3URLA 5P78A 5KQZA 4Y3QA 5P6WA 5P8LA 1FG8C 3SA4A 5COPA 2ANLA 4YCKA 5P04A 5P8CA 2BPXA 5E5KA 5ISJA 2BJUA 2QZKA 4XX4A 1GKTA 3SA5A 3O9GA 3OXCA 5ENMA 3ZMGA 2VIYA 3K5FA 3VSXA 3UDHA 3D1YA 1OD1A 5P6HA 5P2TA 4EQJA 5P48A 5P5EA 5P5TA 2ZHUA 5P0BA 4Y50A 1RQ9A 4HEGA 1W51A 4J1CA 5P1CA 4DH6A 5P64A 3TKWA 5P6UA 5P4GA 3PMYA 4Y5LA 3FNUA 3EXOA 9HVPA 1GNOA 1KZKA 4L7JA 3KMYA 1UH7A 5P4MA 3IA9A 2ZJLA 4LL3A 4ZLSA 3NUOA 5P83A 4BFBA 3FSMA 5P1BA 4Y4JA 3VYDA 5P6EA 1HEGE 2AZCA 4ZE6A 3NSHA 2IL2A 5KOSA 1FGCC 1HVCA 5P3DA 4DJVA 1RV7A 5OZ4A 2QNQA 4Q1WA 2HPEA 3LNKA 5P5JA 2QZXA 2FIVA 3OU1B 1C70A 3QVCA 2I4VA 2RKGA 4R93A 5P0KA 5DR1A 1HEFE 2JJJA 4R8YA 5DQ4A 5OZBA 3WB5A 4Y41A 2VJ6A 3DUYA 3OUDB 1IIQA 5P52A 3LZVA 1GVXA 5P5IA 1KJFA 5P7RA 4HA5A 3K4VA 4RYGA 5P6YA 1LF4A 5P1QA 4ER4E 2PWRA 3G70A 3BC4A 3PSGA 5OZPA 2JE4A 5HCTA 4EJ8A 3RTMA 3K1WA 2R38A 5P1VA 4WTUA 1YTIA 5P7DA 5P5BA 5P5ZA 5ER1E 2HIZA 4J1HA 4JECA 2NMYA 5P3WA 1PPKE 3CIBA 2VNMA 2OHPA 2WL0A 5P4LA 4K4QA 3PWRA 3NXNA 1SIVA 5P1TA 1DP5A 3L5BA 5P60A 5P50A 2RKFA 4PZWA 1GNNA 3OHHA 1WKRA 3GI6A 5P8OA 5P7EA 2P3CA 1D4LA 3NWQA 3UTLA 1G0VA 5P1SA 1Z1RA 3TNEA 4J54A 2QI4A 3A2OA 1TSUA 1EPOE 3MSJA 2QD6A 3IXJA 1FMUA 2P3BA 4RCEA 4FM6A 5DR4A 4F74A 5P4XA 2BBBA 3T7XA 1QBUA 2NXDA 1SIPA 2NXMA 5KAOA 5P3OA 4Y3RA 5P8PA 2FMBA 4FRIA 2FXEA 4Y43A 5P6JA 4U7VA 3PI0A 1YM2A 4Y3HA 1IDBA 3HAWA 2G1SA 3NDXA 4Y4DA 1JLDA 4I0GA 3UDKA 3BGCA 4Y3LA 2QHYA 1G6LA 3OU4A 3UDRA 1B6PA 2R5QA 1UPJA 4L1AB 5P6BA 1ZBGA 5P5KA 5P6TA 2RMPA 1EBYA 1OEWA 1ODXA 5P77A 1EPME 3OWNA 1NPVA 3VV8A 4RVXA 5P0YA 4A6CA 3TOHA 5P6QA 4Q1NA 5OZ6A 3UF3A 2I4WA 2IEOA 1HVSA 4Y4ZA 4Y5MA 5P3ZA 3NLSA 3SAAA 2P3DA 5P49A 1A9MA 5HDZA 4EPJA 2AVVA 1IZHA 1IDAA 2ER0E 2I0DA 5AH7A 5P26A 2BKSA 2Q11A 1PFZA 5P0ZA 1EC2A 3GW5A 5P1UA 1LYBB 3OQKA 3T6IA 3KFSA 3U7SA 5ER2E 5SY2A 2G26A 2QZWA 3IVIA 1FQXA 3CKRA 1HIHA 3UDQA 3SACA 1LYWB 2QHCA 5P1WA 2WJOA 2OF0A 5P0JA 1TCXA 3OHFA 3EL4A 1META 3PB5A 3UFLA 3N4LA 5P4NA 5P3BA 5P22A 1EPLE 4FAFA 1AVFA 5P5FA 4GYEA 4Y3ZA 2XYEA 2ER9E 3KT2A 3S7MA 1A8KA 5OZTA 2PMAA 5P4EA 4Y56A 4DPIA 3Q3TA 5P59A 2AOJA 5P0UA 1C6YA 1A30A 4KE0A 3Q6YA 5FIVA 5P0IA 5P7LA 3LZUA 5I3VA 4Y53A 5P79A 5P54A 5DQ5A 3WB4A 3BVAA 4JPCA 2NNPA 2B7ZA 3LZYA 4B70A 2VIEA 3U6AA 3DV1A 3O9FA 4LBTA 3RSVA 4OBJA 2R9BA 3KFPA 5SY3A 5P8TA 5P09A 2QI6A 3TPJA 3PLLA 4XKXA 3O9EA 1D4HA 4MC9A 3LIQA 1B6LA 5EZZA 2SAMA 4I0JA 4BELA 5P7UA 4DJPA 3JVWA 4R5NA 2IQGA 5P7BA 4AUCA 1PPLE 1D4KA 1K6VA 4EWOA 2OHUA 4Y58A 4Y44A 5P0RA 4MC6A 5T4SA 5DGUA 3O9LA 2QZLA 3FKTA 2ZJIA 1HTEA 1BXQA 3QRVA 2FS4A 2HAHA 2Q15A 3SO9A 2AZ9A 5HE5A 5P5NA 2VIZA 1FIVA 4RROA 4I8WA 5P0QA 4J0ZA 5P8KA 5AH6A 5P7YA 2ZHVA 1IZEA 3MXEA 1XDHA 3VF3A 4YHQA 2IENA 1SGUA 1ODWA 3VFAA 4Y5AA 1ZP8A 3R1GB 4YDFA 2WEBA 5P7SA 4Y48A 3BVBA 4LHHA 5P7OA 5KR1A 1MT7A 4OBKA 2R3TA 3OUAA 4Y3YA 1A94A 2ZHSA 5P2RA 4KUPA 2QCIA 2V00A 4Y5GA 3NU9A 1MSMA 2NR6A 5P4PA 4DJWA 5P6VA 1IZIA 1KJGA 3NDTA 5P2IA 5P0WA 4EQ0A 1LF3A 1YM4A 3KF0A 1BV9A 4I0HA 4D88A 1AM5A 5P88A 5F01A 2G1OA 2I4QA 3RSXA 3ZKIA 2H6SA 4D89A 3WZ6A 3KDCA 3QIHA 2F3KA 4J1EA 4Z22A 5P1GA 3PBZA 3UDPA 1BILA 2VJ9A 3R0YA 2O4PA 5P3KA 3K5CA 1SH9A 1SMRA 1RNEA 3SLZA 3QAAA 4GJBA 4RRSA 2G94A 2FNSA 5OZLA 4NJTA 5OZXA 5P5DA 5P12A 5P63A 3D91A 5P29A 1MT9A 4YOBA 2QP8A 1HIIA 5OZGA 3TPPA 4Y3AA 3S8IA 3PGIA 4Y4BA 1HHPA 5OZKA 3GI4A 1NPWA 2WF3A 3SA8A 5P0CA 5BRYA 3OQ7A 3FIVA 4S1GA 1T6GA 2FGUA 5BS4A 4PZXA 3LPJA 3T3CA 5P05A 1FQ7A 3IXOA 3SQFA 3OU1A 3KT5A 1B6JA 1MSNA 5DGWA 4GMIA 4HZTA 5P3JA 4DQEA 2WKZA 2JJIA 5P1DA 4TRYA 5P2EA 2NMZA 4RZ1A 1EBKC 1RPIA 4L6BA 1DIFA 3UQRA 3OUDA 1HBVA 3NU6A 5P3IA 1SMEA 5P6DA 1BAIA 2EWYA 4OBHA 5P3YA 1HSGA 1QBRA 3O9AA 5P4YA 2NTRA 3ZPSA 4F75A 2ZGAA 4LP9A 1B11A 4B0QA 4ZSRA 1PPME 3RVIA 3PCWA 3O9BA 1HVKA 4K8SA 5P8SA 4NPUA 5P1HA 4APEA 4Y3DA 5P4ZA 4I11A 4Q5MA 4DUSA 4GJ9A 3L5DA 3H0BA 3B80A 5P06A 5OZJA 4H1EA 5P46A 3IAWA 2V12C 4FM8A 4GJCA 1EC1A 4I0EA 1APWE 3ZL7A 2AVMA 3EKPA 1EEDP 2G22A 2WF2A 5P65A 3FNTA 3CYXA 5P5HA 1MUIA 2OHRA 2F3EA 5HVPA 2BPZA 2ZJJA 3EL1A 5P7HA 5HTZA 5P84A 5KOQA 2J9JB 1ZSFA 4Y5NA 1AXAA 4Y4WA 5P25A 4Q1YA 5P1XA 5P7JA 5P6CA 3UDYA 2CEJA 3BGBA 1Z8CA 3DOXA 5DQCA 5P72A 1IBQA 5P5VA 3I8WA 1J71A 5OZ5A 3R0WA 2FLEA 4PHVA 1E82E 3TKGA 3D1XA 4JP9A 4I12A 2HB2A 3PVKA 4Y3JA 5P3AA 1XL2A 4U7QA 4COEA 4EXGA 5P3SA 2VA7A 1EBZA 3PRSA 3SA9A 4GJDA 2B8LA 4Y5CA 3S54A 2QI0A 1GVVA 5P14A 2ZE1A 4EHCA 4L1AA 2XFJA 4Y9WA 1BDRA 4D8CA 1GVWA 5P1PA 3G6ZA 4WY1A 3ZKSA 3AIDA 4XX3A 5P4KA 5P7ZA 5JFPA 5P3QA 3B7VA 5P0XA 2XYFA 4MC1A 3C9XA 5P85A 3INDA 4FRSA 4CP7A 4PEPA 5P5OA 5DR0A 3OXVA 4I0ZA 4FIVA 4OD9B 2A1EA 4Y3PA 5DR8A 4ZSMA 2AVSA 4FRJA 5P4CA 1EC0A 4J17A 1K6PA 3BXSA 3OU3A 2WF4A 5OZSA 1HIVA 3TOGA 1LYBA 3UDNA 1LZQA 5P1KA 1HVRA 5OZWA 3M9FA 2AOHA 1W5YA 3KFRA 5ENKA 3ZKMA 1BIMA 1LYWA 1ENTE 5P7VA 3SKGA 4NJSA 5AHCA 5P43A 3VLAA 5P80A 1W6HA 2OAHA 5P2YA 3T7QA 1HWRA 1A8GA 5P6RA 4FGXA 5P6AA 4EJLA 4I0DA 5B18A 1M4HA 6APRE 2HS1A 4Y5BA 4CPUA 3URJA 1HSHA 4QLHA 3KMXA 3ECGA 5P30A 2V16C 4OBZB 2AOCA 2Q3KA 2ER7E 1M0BA 5P7MA 5OYVA 5P4OA 4YDGA 4ACXA 3PEPA 5P39A 2PK6A 4Y38A 2FXDA 4U8WA 3I25A 4HVPA 4OBDA 1BVGA 1FQ4A 4RGHA 3PMUA 5P0MA 5P3PA 2R3WA 4LXKA 5P76A 4A6BA 3QBHA 1NPAA 3FX5A 3S43B 2F3FA 5P2LA 1BWBA 3HD8A 3EKWA 6FIVA 3KFNA 1EPRE 5P8VA 2O40A 3GGXA 5HCOA 4GZFA 5OZCA 2OHMA 4YD5A 5COOA 1KJ4A 3LIVA 3K5GA 5APRE 5OZOA 5P37A 1C6XA 3EM3A 3L59A 5P6IA 3OQDA 4GJ7A 4Y4EA 3ER5E 1SDTA 3GGAA 5P3XA 3HZCA 3QI1A 5J25A 1LF2A 2A4FA 4HDFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ5 A;  1AID A;  4YE3 A;  5P81 A;  4TRW A;  4ZEA A;  5P3U A;  1XE6 A;  2ZJN A;  3LZS A;  1NH0 A;  1SDU A;  5HDV A;  2HC0 A;  5IS4 A;  2HS2 A;  1BDL A;  2OHK A;  1K6C A;  1HTG A;  4NJV A;  5P8G A;  4PYV A;  2UPJ A;  2VKM A;  5OZ1 A;  4R95 A;  3BHE A;  3QRO A;  4GJ6 A;  5P6Z A;  2CEM A;  3S56 A;  5AGZ A;  2PSV A;  5P0A A;  5AHB A;  1ZJ7 A;  4DQB A;  3I2L A;  2Q64 A;  4YD4 A;  3OXX A;  2PSU A;  1Z1H A;  4Y3T A;  5P0H A;  2QI7 A;  2R43 A;  1EPN E;  2FDE A;  3SA3 A;  2IKU A;  5P41 A;  1EPP E;  1WBK A;  5OYT A;  5P3T A;  1F34 A;  3OAG A;  3DCK A;  1MPP A;  3KN0 A;  5P0E A;  5P8E A;  5P1M A;  5P4V A;  3TPR A;  4DI2 A;  1SGZ A;  5OYY A;  1E5O E;  3L5C A;  2V10 C;  1SP5 A;  5OZY A;  1FMX A;  4E43 A;  4OBG A;  4OC6 A;  2P3B B;  3PBD A;  3O99 A;  4AZY A;  1E80 E;  3GI0 A;  2P8H A;  4H3F A;  4B72 A;  5P5C A;  2WEC A;  2WHH A;  5P36 A;  1ODY A;  1T3R A;  5P87 A;  5P2U A;  4QJ9 A;  2B7F A;  4CPQ A;  5P33 A;  5OZV A;  1B6K A;  1BXO A;  5IE1 A;  1FF0 C;  3IVH A;  1Q9P A;  3OTY A;  1AAQ A;  5P18 A;  1MT8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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