3A2OA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with kni-1689
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small-sized human immunodeficiency virus type-1 protease inhibitors containing allophenylnorstatine to explore the S2' pocket.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3a2oA00
4ACUA 4B00A 5OYWA 5P6SA 3BUFA 5COKA 3M9FA 1PPKE 2V11C 2WEZA 2QI7A 4OD9B 5KQFA 2P3BB 5P0BA 5P8BA 5KOQA 5KR8A 3HAWA 3NU9A 5P5DA 4NJVA 2ANLA 1B5FB 4L1AA 4Z50A 4EJLA 3VUCA 2V00A 1VIJA 1APTE 4F73A 3VYEA 3MXDA 1LYAA 5P7RA 5P46A 3DV5A 1F34A 2J9JA 2AODA 4BFBA 1ZBGA 3GGXA 1HVKA 3AUPA 4Y3PA 3KFPA 1HPSA 1GNOA 3TKWA 5P0MA 5P1YA 1FFIC 3VYDA 4B78A 5C9BA 4KB9A 3PHVA 5JFUA 3GGAA 5E5KA 3EL0A 4OD9A 5P3FA 3UDMA 3S8IA 2P3BA 4GJ5A 1LF4A 1PSAA 3A2OA 1HRNA 1D4SA 3S43B 3PLLA 4LC7A 5I3YA 3VFBA 4DJQA 5P14A 3VLAA 2AVMA 3SKFA 5COPA 5P70A 4Q5MA 5P2DA 1SBGA 3OXVA 5P23A 4DJRA 2ER0E 3NSHA 5ER2E 1HBVA 1Q9PA 4EXGA 2ZE1A 4Y5CA 4LBTA 5P4MA 3CKRA 5OZLA 5P4ZA 2G26A 1K6PA 1MT9A 4FRKA 4DQFA 3UQPA 4BELA 5P0NA 2FGUA 5P03A 1PPME 2I4QA 3S43A 1HXBA 5OZ1A 2RENA 1YTIA 4CKUA 3INDA 4I0IA 2AOCA 3EL5A 1ZSRA 4A4QA 4GB2A 4APRE 1TQFA 3NDXA 4JPEA 4EJ8A 3KFNA 5P81A 5P0FA 2NTRA 1RL8A 1IVPA 4PYVA 1FMBA 2RMPA 5KR2A 1APWE 5OZWA 2ER7E 5P78A 1T7IA 5OZBA 5DR8A 2FMBA 2BKSA 5BRYA 5P2BA 3SA5A 4Y56A 2F3KA 3LZUA 5OZAA 1ENTE 1GVVA 4YD7A 5P6EA 5P4UA 4ER1E 5P5FA 4OBDA 1APUE 1ZAPA 3L5BA 2O4LA 4TVHA 2APRA 1HTGA 5P2NA 4ZSRA 4QJ8A 5P27A 4D8CA 3D1YA 2AVQA 4A6BA 3RVIA 4LAPA 5P2VA 1GVWA 1D4LA 4H3JA 4DFGA 5P8UA 2PWCA 5OZ3A 4DV9A 1BBSA 2QHYA 4Y5NA 3HD8A 3SQFA 1UPJA 2ZHRA 4CP7A 1MPPA 3EXOA 3G70A 5OZHA 4J0PA 4RVJA 5OZDA 1FIVA 5P5SA 4L7HA 5P15A 4Y3GA 4Y5BA 1HVJA 1RPIA 3MXEA 3RSVA 2FNTA 3HZCA 2OHTA 5P11A 4B77A 1TZSA 1YX9A 1PFZA 3ZKXA 3TPJA 1XN3A 4NJSA 1NH0A 3GI5A 1KJFA 1EBKC 4I0DA 1K2CA 3OU1A 2ZHTA 3NUOA 5C9DA 3IXJA 1OEXA 3LIQA 3OQFA 5P05A 3EKWA 1TSQA 5P7BA 2BJUA 1KJGA 2JJJA 5P0HA 3OADB 2PK5A 4RZ1A 3EKTA 5ISJA 5P6YA 4X2LA 5DR1A 2G1NA 5DQ5A 3DCRA 3SM1A 3PCZA 3PVKA 5OYYA 1GNMA 2F80A 5P0KA 2PSGA 2PK6A 4RCDA 3LHGA 2G1YA 5OYQA 1HVSA 2PYNA 4H3GA 5P0DA 4Y3RA 5EZXA 2ZJKA 5ER1E 3UDRA 4EJDA 4Z4XA 1C6ZA 4RYCA 4NPTA 2ZJHA 3D1ZA 5OZJA 2VS2A 1MEUA 5P1WA 1HXWA 5P7QA 4F75A 5OZSA 1B6JA 3TOGA 2CENA 5P1EA 5P6OA 4DJOA 2XFIA 5KQZA 1WBKA 3RU1A 2ZYEA 5P4NA 3CMSA 4NPUA 3T7QA 1D4JA 2P4JA 4Y5PA 1IZHA 5P2TA 4J55A 3SA4A 3LINA 5P08A 5P2HA 4Y39A 5P0JA 1BV7A 3PI0A 3PEPA 4EWOA 2I4VA 1META 5P1XA 3PMUA 5P3DA 2G1OA 1K6VA 4Q1YA 2QMGA 3D1XA 5P79A 5P4FA 3QI1A 2JXRA 2O4PA 3UFLA 5P84A 3VEUA 5P0RA 5P2OA 2VJ7A 1CPIA 2Q15A 3VYFA 2QU3A 3UCBA 5P69A 5P1HA 2AOHA 5P00A 4FRSA 3PGIA 5P8FA 3SACA 5P4YA 5P0VA 3IVHA 4R5NA 5P3TA 5P7YA 5P4VA 4HLAA 4Y50A 4DPFA 2FLEA 2QZKA 4L7JA 4YOBA 4FRJA 3OQ7A 3Q5HA 3LIXA 3PWRA 2IL2A 3VV8A 1XN2A 1GNNA 3OQKA 4AUCA 1SIVA 4TRYA 1ZPAA 3JW2A 4YCTA 4DQGA 5HU1A 1C6XA 3O9IA 3R0YA 4JPCA 5OZUA 1MESA 5P7LA 1ZP8A 2QMDA 4HDFA 5P4RA 4GJ6A 5P1LA 3CKPA 5BWYA 3O9EA 5P24A 2QI5A 2ZHVA 5P2IA 1LV1A 3KN0A 2WECA 4Y6MA 3PM4A 5IVRA 3G6ZA 1HTFA 1YTGA 3KT5A 2I1AA 3D91A 4AA9A 5P2EA 1Z1HA 1FLHA 3L59A 1EPPE 4Y3XA 5P66A 3IN3A 3APRE 2RKFA 2IEOA 5P6GA 2QK5A 2WF2A 3BUHA 1SH9A 5P44A 2HB3A 1EPLE 5P7DA 2PYMA 3LITA 4MC9A 4RROA 5P5HA 3ZKSA 3RTNA 4Y58A 4CMSA 3PBDA 1E5OE 4XXSA 3FSMA 2AOJA 3NXEA 3NLSA 3PJ6A 3HDKA 5IVQA 5P7NA 1EC0A 1HSHA 5OZYA 5P2SA 2EWYA 5P64A 5P4TA 4F76A 3BXRA 4J54A 3UDJA 4EXHA 5P5ZA 1ZTZA 5DQ2A 3Q3TA 4J5JA 2Z54A 4DJUA 1ODXA 2P3AA 1IZDA 5P5TA 2I4WA 4GJ9A 4RCFA 4YCYA 5P7IA 1TCXA 5P87A 1HIIA 5OZ4A 1HTEA 5P2YA 4YBIA 1ODYA 4BEKA 1OEWA 4M8XA 4GJ7A 2SAMA 3H0BA 5JG1A 3CYWA 3SA6A 3D3TA 5P2FA 3VV7A 5P2QA 1A94A 3EKYA 2B7FA 2G94A 1T6EX 2BPWA 4UPJA 1HOSA 4Y3QA 5P2XA 5P8OA 4YD5A 2QI4A 4RYGA 5P3BA 5P0LA 1PSNA 2I4XA 5P6PA 5P4HA 2OHRA 3BXSA 5P56A 5P8MA 2FDEA 4Y3HA 4PPHA 3UQUA 5P65A 5P5QA 3KT2A 4Y4GA 3QRVA 5P2GA 2NMZA 5DR4A 4YD4A 4Y54A 4B72A 2IKUA 2WKZA 5P4OA 2QZLA 3ZOVA 1FQ6A 4TRZA 5P25A 4I1CA 1QS8A 2CEJA 2Q64A 1IBQA 5DPZA 5P5KA 4R95A 5APRE 5P40A 1MSMA 5P4IA 1E82E 3KFRA 2JJIA 3LZVA 4PEPA 2NMYA 2PC0A 4ZE6A 5P6DA 3I8WA 1DIFA 3R0WA 5P5RA 3UTLA 4B05A 2IRZA 5P2AA 4EP3A 5IE1A 5OZCA 5P8KA 4DPIA 5HU0A 4H3FA 3QVCA 9HVPA 3L5CA 3NWXA 4Y5EA 1DMPA 1G2KA 1TSUA 5P2LA 1UH8A 5P5AA 4JOOA 3ER3E 5P7EA 4WTUA 5AH6A 4CPWA 2IGYA 4MC2A 3G72A 2QI6A 5P3EA 4DJXA 1SMRA 4HE9A 1WKRA 5SZ9A 5COOA 5P60A 4OBZA 3CIBA 3OTYA 3URIA 5OZPA 4Y3JA 5HE7A 3ZPSA 5HDZA 3EMYA 2VIYA 5OZNA 1RQ9A 4Z22A 2BPVA 5OZOA 4OC6A 5JODA 3QN8A 5B18A 2OHLA 2VIJA 3FNTA 2QAKA 3SLZA 1HIVA 4I8WA 1D4HA 5P2MA 1FGCC 3NU5A 3S7MA 5P5UA 3O99A 5SY2A 5P0OA 3OQAA 5P6XA 3B80A 1AVFA 3KA2A 5OYVA 2QP8A 3T7PA 4ZSPA 4LXMA 4ER2E 5P5LA 1C6YA 1B6MA 5P71A 3INHA 5P2ZA 5P4XA 2BBBA 3S54A 2QU2A 1BWBA 2B8VA 1ER8E 3L58A 1B5FA 4FCOA 4YDFA 4J0TA 2BQVA 4AMTA 4A6CA 4K9HA 3QRMA 3N3IA 4EPJA 5P80A 3S53A 4PZXA 2P3CA 4FIVA 1HVIA 3SA8A 3SABA 3S7LA 5OZVA 4K4QA 5P0YA 5P17A 4Y36A 4LHHA 4U8WA 5P3MA 3HBOA 5P6VA 5P5YA 4TRWA 3OHFA 5P7KA 8HVPA 1M43A 3OK9A 1QBRA 5P1IA 2AOFA 5P34A 4FRIA 2OHSA 5P88A 5P1SA 3WB4A 3SA9A 5P1ZA 2ER6E 5P1CA 4Y51A 5P28A 4I0GA 4U7VA 3NU4A 3VF3A 1LF3A 4Y5AA 5ISKA 3TNEA 3EM4A 1C70A 5C9FA 2XYFA 5DR0A 2QHCA 4Z2ZA 2V12C 3MWSA 2PH6A 1FB7A 3K5CA 5DR3A 1EPME 2ZGAA 2WJOA 3QVIA 5P09A 3U71A 3ZLQA 3BC4A 1G6LA 2QZWA 4GJBA 2BPXA 2QNQA 4FM6A 3S45A 1HSGA 2QMFA 5P22A 1IIQA 3DV1A 4Y4AA 3K5GA 5AHAA 1LYWB 5P73A 3ZKGA 2I4DA 5FIVA 3GI4A 2ZJJA 3UDHA 3VCMA 5P7PA 3NUJA 3NDTA 5UPJA 1EPQE 3TTPA 4D89A 2OHPA 2Q63A 3O9CA 4DQHA 3I2LA 4ACXA 2G1SA 3KF0A 1KJ7A 5KQYA 1QDMA 3L5EA 3ZKQA 1FQ4A 1HHPA 2H6TA 4Y3SA 4Y4DA 5P6QA 3QPJA 4R8YA 3KDDA 4PZWA 1LYWA 3OWNA 5P0TA 2QNNA 5P3JA 5P1TA 5P58A 1MVPA 3OUDB 5P0XA 2RKGA 4Q1XA 2HPEA 1NSOA 3ZMGA 5P5OA 1EAGA 1YM4A 1DAZC 3DK1A 2MIPA 1BXOA 1B6KA 3FX5A 1HPVA 1YTHA 4Y3TA 1W5XA 1W50A 2OHMA 3VSWA 4ZEAA 4DI2A 3QROA 1WBMA 4J0YA 1IDBA 1MERA 5BS4A 5P1PA 4Q1WA 4S1GA 4X7IA 3UDKA 1PSOE 4FM7A 5P1OA 2Q5KA 4DJYA 5DQ4A 5IVSA 5F01A 3HVGA 3OOTA 5P1UA 2B7ZA 4Y44A 3OXWA 3ZPTA 3OU4B 5HDVA 3KYRA 1K2BA 2VA7A 3EM3A 4I0HA 4JECA 3UF3A 2I4UA 5P42A 3KM4A 5P2KA 4QLHA 5P1NA 4U7QA 2R38A 4ZIPA 5P3WA 3VSXA 3L38A 1BAIA 2XFKA 4IVTA 2PMAA 2B8LA 3OADA 5P0CA 4QJ7A 5P4DA 5OZKA 5P7JA 4I12A 5P7GA 4Y4JA 5DR7A 5P5MA 3OU4A 3WZ7A 3SO9A 1G0VA 5P1AA 5P5JA 4XX4A 2B60A 5P8CA 1SGUA 2HS1A 5P3SA 4LP9A 5P77A 5OYRA 1SGZA 4L7GA 2WF0A 5P5PA 4DUSA 4GJAA 1BVGA 5P26A 5P3AA 2QI0A 5P3HA 3ER5E 3OUAA 2AZ9A 3KMXA 4Y3NA 2HM1A 5OZ9A 3QBFA 1D4IA 2P8HA 4F74A 3IGBA 5KAOA 3VFAA 3GW5A 4I0FA 3UDPA 1YT9A 5OYXA 4DQBA 2PWRA 3TPLA 2Q55A 3ZKNA 2P3DA 4B1CA 3GGUA 3R1GB 1EC3A 5P0GA 3T3CA 4DVFA 5P67A 1D4YA 5P01A 4J1FA 2O4SA 3LPIA 3T11A 4Y3DA 2UXZA 5P6CA 3UDYA 3FKTA 3O9GA 2HAHA 5KR0A 3EKPA 4ZSMA 5P7MA 1CMSA 5P36A 2AVSA 5OYTA 4B1EA 5P1RA 6APRE 2OAHA 1DP5A 2AZCA 4YA8A 2WEDA 2ZJNA 2R9BA 4D83A 4HZTA 5P6IA 5HE5A 3HVPA 4Y4EA 1Z8CA 3H5BA 3S56A 5P8LA 2ER9E 3LNKA 1E80E 1HEGE 3WSJA 5P41A 1MT8A 6UPJA 5P8VA 3APPA 2FS4A 3WZ8A 4EQJA 3PSYA 5P7AA 5P8QA 4K4PA 3ZL7A 2VNNA 1UH7A 2F3FA 5P3KA 3SKGA 1NPWA 2AZ8A 2R5PA 4DQEA 1MRXA 1HPOA 1BILA 3QBHA 4MC1A 2G1RA 4J1HA 2OHKA 1B11A 1A8KA 1NPAA 1MIQA 4J0ZA 5P3YA 1OHRA 1W5YA 5OZ8A 5P33A 5P8TA 1XL5A 4FSLA 3TH9A 3ZKMA 3R2FA 1EBWA 2R43A 4Q1NA 2ZJIA 1UH9A 3N4LA 1IZIA 3GI6A 3NU3A 3EKQA 4J0VA 5HE4A 5P5NA 4GMIA 3HLOA 3DOXA 3K5FA 2JE4A 2PSVA 2NPHA 3BUGA 5OZXA 4OBFA 5P4CA 5AH9A 3NU6A 5P6UA 5P53A 2O4KA 1YTJA 4DH6A 5OZZA 1BV9A 1J71A 4CPRA 3UDQA 4EHCA 4QJ2A 4FAEA 1LYBB 5P5VA 4J1KA 4OBKA 2QD6A 2VKMA 3LIZA 4ZPFA 4CPQA 1XDHA 3OUBA 3VF7A 5P3UA 4RVXA 1ME6A 3TL9A 4HDPA 3FNUA 5P5WA 4FS4A 4CPSA 3PBZA 4L6BA 5P3NA 4XX3A 1BVEA 2VJ9A 1HVRA 4Y5LA 2CEMA 2NXDA 5P8PA 2IS0A 2OHQA 1K6CA 3BVBA 3VG1A 4PHVA 5P39A 1ODWA 5I3WA 4QJAA 5P0ZA 5P2CA 1LYBA 5P2WA 3DUYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ACU A;  4B00 A;  5OYW A;  5P6S A;  3BUF A;  5COK A;  3M9F A;  1PPK E;  2V11 C;  2WEZ A;  2QI7 A;  4OD9 B;  5KQF A;  2P3B B;  5P0B A;  5P8B A;  5KOQ A;  5KR8 A;  3HAW A;  3NU9 A;  5P5D A;  4NJV A;  2ANL A;  1B5F B;  4L1A A;  4Z50 A;  4EJL A;  3VUC A;  2V00 A;  1VIJ A;  1APT E;  4F73 A;  3VYE A;  3MXD A;  1LYA A;  5P7R A;  5P46 A;  3DV5 A;  1F34 A;  2J9J A;  2AOD A;  4BFB A;  1ZBG A;  3GGX A;  1HVK A;  3AUP A;  4Y3P A;  3KFP A;  1HPS A;  1GNO A;  3TKW A;  5P0M A;  5P1Y A;  1FFI C;  3VYD A;  4B78 A;  5C9B A;  4KB9 A;  3PHV A;  5JFU A;  3GGA A;  5E5K A;  3EL0 A;  4OD9 A;  5P3F A;  3UDM A;  3S8I A;  2P3B A;  4GJ5 A;  1LF4 A;  1PSA A;  3A2O A;  1HRN A;  1D4S A;  3S43 B;  3PLL A;  4LC7 A;  5I3Y A;  3VFB A;  4DJQ A;  5P14 A;  3VLA A;  2AVM A;  3SKF A;  5COP A;  5P70 A;  4Q5M A;  5P2D A;  1SBG A;  3OXV A;  5P23 A;  4DJR A;  2ER0 E;  3NSH A;  5ER2 E;  1HBV A;  1Q9P A;  4EXG A;  2ZE1 A;  4Y5C A;  4LBT A;  5P4M A;  3CKR A;  5OZL A;  5P4Z A;  2G26 A;  1K6P A;  1MT9 A;  4FRK A;  4DQF A;  3UQP A;  4BEL A;  5P0N A;  2FGU A;  5P03 A;  1PPM E;  2I4Q A;  3S43 A;  1HXB A;  5OZ1 A;  2REN A;  1YTI A;  4CKU A;  3IND A;  4I0I A;  2AOC A;  3EL5 A;  1ZSR A;  4A4Q A;  4GB2 A;  4APR E;  1TQF A;  3NDX A;  4JPE A;  4EJ8 A;  3KFN A;  5P81 A;  5P0F A;  2NTR A;  1RL8 A;  1IVP A;  4PYV A;  1FMB A;  2RMP A;  5KR2 A;  1APW E;  5OZW A;  2ER7 E;  5P78 A;  1T7I A;  5OZB A;  5DR8 A;  2FMB A;  2BKS A;  5BRY A;  5P2B A;  3SA5 A;  4Y56 A;  2F3K A;  3LZU A;  5OZA A;  1ENT E;  1GVV A;  4YD7 A;  5P6E A;  5P4U A;  4ER1 E;  5P5F A;  4OBD A;  1APU E;  1ZAP A;  3L5B A;  2O4L A;  4TVH A;  2APR A;  1HTG A;  5P2N A;  4ZSR A;  4QJ8 A;  5P27 A;  4D8C A;  3D1Y A;  2AVQ A;  4A6B A;  3RVI A;  4LAP A;  5P2V A;  1GVW A;  1D4L A;  4H3J A;  4DFG A;  5P8U A;  2PWC A;  5OZ3 A;  4DV9 A;  1BBS A;  2QHY A;  4Y5N A;  3HD8 A;  3SQF A;  1UPJ A;  2ZHR A;  4CP7 A;  1MPP A;  3EXO A;  3G70 A;  5OZH A;  4J0P A;  4RVJ A;  5OZD A;  1FIV A;  5P5S A;  4L7H A;  5P15 A;  4Y3G A;  4Y5B A;  1HVJ A;  1RPI A;  3MXE A;  3RSV A;  2FNT A;  3HZC A;  2OHT A;  5P11 A; 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 5P44 A;  2HB3 A;  1EPL E;  5P7D A;  2PYM A;  3LIT A;  4MC9 A;  4RRO A;  5P5H A;  3ZKS A;  3RTN A;  4Y58 A;  4CMS A;  3PBD A;  1E5O E;  4XXS A;  3FSM A;  2AOJ A;  3NXE A;  3NLS A;  3PJ6 A;  3HDK A;  5IVQ A;  5P7N A;  1EC0 A;  1HSH A;  5OZY A;  5P2S A;  2EWY A;  5P64 A;  5P4T A;  4F76 A;  3BXR A;  4J54 A;  3UDJ A;  4EXH A;  5P5Z A;  1ZTZ A;  5DQ2 A;  3Q3T A;  4J5J A;  2Z54 A;  4DJU A;  1ODX A;  2P3A A;  1IZD A;  5P5T A;  2I4W A;  4GJ9 A;  4RCF A;  4YCY A;  5P7I A;  1TCX A;  5P87 A;  1HII A;  5OZ4 A;  1HTE A;  5P2Y A;  4YBI A;  1ODY A;  4BEK A;  1OEW A;  4M8X A;  4GJ7 A;  2SAM A;  3H0B A;  5JG1 A;  3CYW A;  3SA6 A;  3D3T A;  5P2F A;  3VV7 A;  5P2Q A;  1A94 A;  3EKY A;  2B7F A;  2G94 A;  1T6E X;  2BPW A;  4UPJ A;  1HOS A;  4Y3Q A;  5P2X A;  5P8O A;  4YD5 A;  2QI4 A;  4RYG A;  5P3B A;  5P0L A;  1PSN A;  2I4X A;  5P6P A;  5P4H A;  2OHR A;  3BXS A;  5P56 A;  5P8M A;  2FDE A;  4Y3H A;  4PPH A;  3UQU A;  5P65 A;  5P5Q A;  3KT2 A;  4Y4G A;  3QRV A;  5P2G A;  2NMZ A;  5DR4 A;  4YD4 A;  4Y54 A;  4B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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