3AIDA

A new class of hiv-1 protease inhibitor: the crystallographic structure, inhibition and chemical synthesis of an aminimide peptide isostere
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new class of HIV-1 protease inhibitor: the crystallographic structure, inhibition and chemical synthesis of an aminimide peptide isostere.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aidA00
4OD9B 1MTRA 3G72A 4Z4XA 5AGZA 3O9LB 4Y53A 2NR6A 4FSEA 4NKKA 4B72A 4K8SA 5P5YA 5P5FA 3S45A 3EKWA 4I10A 5P11A 3UDJA 2G1YA 3S56A 4J1KA 1CMSA 3QVCA 4QJ8A 1EC1A 5P0XA 4GJAA 4I0GA 1IVPA 5P47A 4D8CA 3LPIA 1SIVA 1BAIA 5P5LA 4Y3FA 2HAHA 4Y5EA 5P4FA 3IGBA 1GVUA 3Q6YA 5P2IA 3OU4B 2WF0A 4GIDA 5P7TA 2VJ9A 4J1HA 4B05A 1KJFA 1UPJA 3SA8A 5TOLA 4AA8A 2FNSA 4EQJA 1HVKA 4YD7A 2HB4A 1M0BA 3O9BA 2ZE1A 2G22A 2EWYA 1HIIA 5P8FA 2B42A 5P37A 4ZPGA 4RVIA 5P5TA 3PVKA 5HCOA 5ENKA 5P86A 5AHCA 1ZSFA 4DJQA 1BBSA 5OZGA 2FDEA 5P38A 2V11C 3EL4A 5P7IA 5P8SA 2BPWA 2BJUA 3OOTA 4Y3LA 4QGIA 3IXKA 2QI6A 3UCBA 3PCZA 2NMZA 3KFPA 1D4KA 1QBRA 4J0TA 2R5PA 5P6FA 4MC6A 4FM7A 5C9BA 1EEDP 4ZIPA 5KQFA 3EBZA 2G1NA 5P4SA 4I0EA 1E82E 2G20A 1T6EX 3UQRA 3KFSA 4GJ5A 5P8CA 4Y5GA 5P4DA 2ZHUA 1B5FA 2AOCA 3EKXA 3DV1A 5P6IA 4Q1WA 5P7VA 5P2OA 5P1OA 4Y47A 1HXBA 5P5PA 5P83A 5HVPA 3ZMGA 5P24A 1WBKA 5P34A 3VFAA 4CPSA 1FMXA 2XYEA 4LHHA 2PWRA 4Y4XA 4RGHA 4RRSA 3PSYA 2FLEA 4HVPA 2HB3A 1BVGA 5T4SA 2BBBA 1XE5A 3BXRA 4D85A 2AOJA 3CICA 1WBMA 2IDWA 5P30A 3BUFA 1W5VA 5DR4A 5P4XA 4U8WA 2AVMA 2AVVA 5P3AA 3ST5A 3TPRA 1B6JA 2FDDA 5P2FA 2QI0A 2QD6A 3OOZA 5HCTA 5P1DA 4B1CA 2OHQA 2OHTA 5OZ4A 4ZPEA 4Y3YA 1PPME 5P7XA 3OHHA 5P5NA 5KR1A 1BWBA 3O9CA 1LF4A 5I3YA 2RENA 3B7VA 1META 1FMBA 4D89A 2ZYEA 2P4JA 2IKUA 2Q55A 1BXQA 2AZ8A 3I8WA 3TPPA 4Y39A 1IZEA 4LXKA 3FV3A 3GW5A 3K5GA 3GI5A 5P55A 3WSJA 1C6XA 1HPSA 5P1WA 1MT8A 1RL8A 2PC0A 4NJVA 2WL0A 5P1GA 2F80A 4HA5A 3S54A 4L1AA 4QJ6A 1IIQA 1A94A 3OY4A 2I4QA 3PEPA 1EBYA 3MWSA 5HDXA 3EC0A 3ZKNA 3QP0A 1DP5A 5OYZA 1PROA 3L5DA 1B5FB 4DJXA 5P0SA 3O9AA 4DQGA 3KA2A 4XKXA 1FFFC 4B78A 4YD6A 3SKFA 1PPLE 2OAHA 3UDQA 3UQWA 3EMYA 3ZKGA 4DFGA 3BUHA 3OUCA 5OZMA 1HTFA 9HVPA 2R8NA 5P5SA 4JPEA 2BPYA 3L58A 4TVGA 3INHA 1JLDA 1YTJA 2NNKA 3IVHA 4N00A 5OZRA 5KR2A 2P8HA 5P5UA 5P1ZA 1LYBB 5EZZA 2ZGAA 2NXDA 1IZDA 5P5JA 1W6HA 4CPWA 4QLHA 2P3CA 3HVGA 4ER1E 4K4QA 2QNQA 4OBFA 5P75A 5P56A 1B11A 3RTNA 2XFIA 2NNPA 5P1QA 3CMSA 1DIFA 3DOXA 3NU6A 4NPUA 1QDMA 5P54A 3PMYA 2NXLA 5P1RA 5P2AA 5P8PA 5P1UA 4ZEAA 5P7ZA 1ZTZA 3VYDA 2BKSA 3OAGB 2FDPA 5ENMA 4F75A 4M8YA 1IDBA 3F9QA 2AOGA 1FLHA 3UDPA 3PCWA 5P09A 1LEEA 3N3IA 1Z1RA 3PGIA 5P18A 4RVJA 5SY3A 5P0CA 4OBZB 5P20A 5F00A 1XL2A 2QK5A 4Y5BA 1SDVA 3GGVA 2FXDA 4LBTA 2J9JA 5P2BA 4L1AB 5P8BA 3SA9A 5P07A 1T7IA 5I3VA 1ER8E 1ODXA 5P8QA 3UPJA 3UTLA 3N4LA 1K2BA 4I11A 1QBTA 4Y4ZA 4EJLA 1B6LA 4Y3PA 2OHSA 1E80E 1QS8A 1PFZA 2VNNA 4GMIA 5OZ8A 3WZ7A 4AA9A 1APWE 1ZSRA 1ODWA 1AJVA 1APTE 2F81A 3OWNA 2QAKA 4RRNA 2CEJA 5P4BA 3WB5A 2CENA 3QRVA 3VSXA 5IVSA 5P4CA 4FRKA 3L5FA 5OZ9A 1M4HA 4YOAA 4L7HA 5P0NA 5P0UA 4CPRA 2QCIA 2Q3KA 5JG1A 5P2VA 2O4LA 7HVPA 5P29A 3L5CA 5P87A 2WEBA 5P6EA 1D4YA 4YOBA 3K1WA 3U7SA 4H3FA 2Q11A 3S7LA 5P88A 4Y41A 4I0ZA 3LIXA 1GNMA 1SP5A 5P6HA 5P6NA 1BV9A 5P66A 5ISJA 5P7JA 4TVHA 3ER5E 5BWYA 5DR3A 5P35A 4R92A 5P7RA 5FIVA 4Y5AA 3NDWA 3O9LA 5P4AA 1RQ9A 4OBHA 1D4JA 2ZJJA 3GI4A 4Z22A 5P2GA 1XL5A 4ZSQA 2O4KA 5P7YA 5P2HA 3URJA 5P1PA 3QAAA 4YD3A 4Y3AA 2Q5KA 3OU4A 2V12C 3NUJA 1AXAA 2CEMA 5PEPA 5P3IA 3FNSA 4ZE6A 4CPTA 4PHVA 3HZCA 1D4HA 5P6LA 2HS1A 1HSGA 3HAWA 3URIA 2NTRA 4ACXA 5I3XA 4Q5MA 5P1AA 1OEXA 5IE1A 2VIYA 1TW7A 1VIKA 4J55A 1YTGA 2A1EA 2R5QA 2QMPA 5P2SA 1DW6C 2ZHRA 5P7LA 2O40A 5P6RA 4EHCA 1BWAA 5P8MA 1OEWA 3SM2A 5DQ4A 5P6TA 2QZLA 3VLAA 5OZBA 5IS4A 3VV6A 3VSWA 2RMPA 5OZ5A 3PB5A 3OQKA 4K9HA 2G94A 4RZ1A 4I0IA 4Y54A 5P0WA 5OZHA 3O99A 3KYRA 4JOOA 1SDTA 2FIVA 5F01A 5P52A 2VIJA 3KT5A 5P68A 2F8GA 1DAZC 3KMXA 4CMSA 2B7FA 4YD4A 2QHCA 2PWCA 5P0YA 2A4FA 3KN0A 1EAGA 5P3JA 4ZSPA 1HEGE 2QHYA 3RSXA 3SABA 5OYYA 5P57A 5P0TA 2NXMA 2Z4OA 5P44A 1FQXA 5P1JA 4WY1A 3SLZA 1MESA 4ER2E 3NLSA 2VJ6A 5APRE 1HTGA 2AOFA 4FRIA 4MC1A 5P4LA 4YBFA 2PK5A 5P65A 3NXNA 5P2ZA 3T7QA 3SA6A 5P4KA 3ZPSA 2QU3A 5P49A 3FNTA 2HPEA 4I8ZA 3PHVA 3TH9A 1K1TA 2PSGA 1K1UA 1XN2A 1K6TA 1YM4A 3NDXA 5P4ZA 1HIVA 3GGXA 2ZHTA 2AVOA 4CPXA 1TZSA 2ANLA 2QNNA 5P62A 2VS2A 5P4PA 4APRE 3T3CA 4CPUA 2R3WA 4Y43A 4WY6A 2F3FA 4HDFA 5DGWA 3OHFA 2XFJA 5P3OA 5E5KA 1LZQA 5P8NA 1FQ4A 2WKZA 3S2OA 3PRSA 5JFPA 4EPJA 2WF4A 4Q1YA 4RYCA 3ZPUA 2OF0A 3NU3A 5P3BA 4FS4A 4EQ0A 1HPXA 5OZWA 1YTHA 3G6ZA 3ZLQA 2HPFA 4HLAA 4DQBA 3TL9A 4D88A 1HWRA 5P6DA 3L5EA 5P3EA 3LNKA 4J0YA 2G27A 2PYMA 3QVIA 4UPJA 3ZKXA 2Q63A 2AOIA 5P51A 4DJRA 3NDUA 3UFLA 2BPXA 2G26A 3K4VC 2O4PA 4PZXA 5OZKA 5P0LA 1EPPE 5P5HA 4EXGA 3DCKA 1NSOA 2G24A 5P36A 1A9MA 3QBFA 5P3VA 1BIMA 5P1BA 3MXEA 5P8IA 5P78A 2WECA 5KOQA 2ZJLA 4HDPA 3ZKMA 2Q54A 2R38A 1EPLE 4EWOA 3QI1A 4A6CA 5P08A 1K6CA 2G1SA 4IVSA 3K5CA 4Y3MA 2JE4A 1HTRB 2F3KA 5P7DA 3ECGA 5P6PA 1LYBA 3LINA 2B8LA 3A2OA 1HPOA 4I12A 2OHMA 3HLOA 3Q5HA 5P32A 4OBKA 3RTHA 4H3IA 2JJJA 2WEAA 3L59A 1HVLA 2VIZA 1NH0A 1HVHA 5HDZA 5P4MA 2NPHA 5P58A 5P7CA 3H5BA 5I70A 5P0MA 3BVAA 3QROA 2B7ZA 5P31A 3VF5A 4LAPA 4FM8A 4R93A 5P1FA 3OAGA 5P5MA 3URLA 1ENTE 4CPQA 5P00A 3KM4A 5P5EA 2PMAA 5P1XA 4Y4WA 3UDMA 1IVQA 5P3PA 3GGAA 5P2UA 1TCXA 3LIYA 3OU1B 1FIVA 2IGXA 4OBZA 3TKGA 4DV9A 5OZVA 1T7JA 1GVVA 3MSKA 1EPNE 3SO9A 1ZP8A 4L6BA 1T6GA 5P53A 5P1CA 3D1XA 5P5QA 5OZDA 2P3AA 5P43A 5OZ1A 3QN8A 5P33A 4B1EA 4B1DA 4ER4E 4EYRA 5P7EA 4IVTA 4I8WA 8HVPA 1HVRA 2JYSA 5UPJA 3S85A 3L3AA 5P7FA 5P0EA 4Y35A 4R91A 5P89A 3CKRA 4Z2ZA 5AH7A 4Y5MA 2QU2A 3EKPA 2R43A 1HEFE 3KDCA 1A8KA 3PLDA 2FNTA 4Y3RA 1ZPKA 5P0DA 5OZUA 1UH9A 5P7GA 4LXAA 2PK6A 3MSJA 5P7SA 1GVWA 2WJOA 5P4TA 3S7MA 1BXOA 5P39A 2I4DA 2IGYA 1LF3A 1FB7A 3M9FA 3S8IA 3NU9A 4YHQA 5DQ5A 4YE3A 1ZAPA 5P80A 2IQGA 6FIVA 4FM6A 1FQ5A 3UHLA 4DH6A 3SM1A 3EL0A 5OYTA 2I4VA 1HVIA 4QJ9A 1W5WA 2Q15A 4JPCA 5COOA 5P6BA 2ZJMA 5IVQA 3ZKSA 3UDKA 3KF0A 1EPME 1N49A 1ZBGA 4FL8A 5P6KA 3I2LA 5JFUA 3KFNA 1MT7A 5BS4A 3BGBA 4EXHA 3NWQA 1HTEA 5DQ1A 5P3LA 2QMFA 3PBZA 5P0IA 1D4SA 3T11A 2OHRA 3PWWA 5P3KA 4Y5LA 1MRWA 1W6IA 3IN3A 4Y3TA 5P2YA 3TLHA 3UF3A 4XX4A 1ZPAA 5CONA 3K5DA 4YCKA 5P2JA 4LL3A 2RKFA 2ZHVA 4NJUA 3VG1A 5DR7A 5P5OA 1B6MA 3EL5A 3QRSA 3R2FA 4PPHA 2IEOA 3LZVA 2HC0A 2WF2A 4XXSA 1B6KA 2WF1A 1GNOA 3FNUA 4Y4DA 4Y3WA 3PJ6A 3NUOA 2B60A 2PSUA 3CKPA 4NPTA 3WB4A 4A6BA 1EPOE 5P6CA 4Y5PA 3NR6A 4GJ7A 3INEA 3RTMA 1FG8C 5P3ZA 4Y3XA 4DUSA 3IA9A 2NMYA 4FSLA 5HE7A 4GYEA 2H6SA 5P41A 2QMDA 1YX9A 4FLGA 5KQZA 3SKGA 5P14A 2AODA 4Y36A 4KUPA 2UY0A 3QRMA 5P4RA 5COKA 5P2NA 5P6QA 5OZZA 4YCYA 2V0ZC 5P6OA 3ER3E 1ODYA 1W5YA 2BQVA 5P06A 1XN3A 5KQYA 1U8GA 3PLLA 1LYAA 2BKTA 3TPJA 1QBUA 5P03A 5P6ZA 2P83A 1EBWA 5P7WA 3VYFA 4DPFA 1IZHA 4B77A 5P5BA 5DPZA 3UDHA 3VCMA 3O9GA 3BHEA 5P7BA 5P6GA 5P76A 5P0QA 2OHKA 3U6AA 5P0KA 5P71A 4NJSA 5P81A 4YD5A 4L7JA 5OZ2A 3FIVA 3BXSA 1MTBA 4COEA 1RPIA 5P4WA 3DV5A 4J1IA 5SZ9A 5DR8A 3APPA 4GJ8A 3TOFA 4KB9A 1CPIA 6UPJA 3U71A 4F73A 5OYUA 3EKYA 4TRWA 5KQXA 5IVRA 5AH9A 3OQ7A 5P7HA 4BELA 1W51A 5OZ7A 5P0JA 5P8LA 5OZTA 5OZYA 5OYXA 2AZBA 5P6VA 3SA7A 4F74A 3BVBA 2ZDZA 5P1TA 4OC6B 1ZLFA 5CLMA 5HE5A 3BGCA 1SDUA 5P2XA 2O4NA 3NU5A 3O9FA 2QZKA 2FGVA 4Y4UA 4Q1NA 4XX3A 3NWXA 3HDKA 5P45A 5P3MA 1HHPA 3L38A 3OU3A 4U7VA 5P1LA 5P8JA 4FE6A 1YT9A 3VYEA 3NDTA 4BEKA 2QI1A 4GJ6A 4KE1A 2WF3A 4Y4JA 2IL2A 4GZFA 4B70A 5P05A 5KAOA 4Y3DA 3IN4A 5AHBA 3UQPA 4ZPFA 2WHHA 5HE4A 2H6TA 3TKWA 3EKTA 4D83A 5P5DA 2V16C 4OBJA 1FMUA 2IENA 1LYAB 4QJ2A 5P7KA 3GI6A 5P8AA 5P2QA 5P5GA 5P0FA 3LZYA 3S43B 2OHNA 3INFA 1G2KA 1BILA 4J5JA 1APUE 3DUYA 2B8VA 5HDVA 3PSUA 4YA8A 1PSOE 5KOSA 3OTYA 1BV7A 3PWRA 4QJ7A 2QNPA 3LIVA 1CZIE 5P17A 5P3UA 5P61A 5P4HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 B;  1MTR A;  3G72 A;  4Z4X A;  5AGZ A;  3O9L B;  4Y53 A;  2NR6 A;  4FSE A;  4NKK A;  4B72 A;  4K8S A;  5P5Y A;  5P5F A;  3S45 A;  3EKW A;  4I10 A;  5P11 A;  3UDJ A;  2G1Y A;  3S56 A;  4J1K A;  1CMS A;  3QVC A;  4QJ8 A;  1EC1 A;  5P0X A;  4GJA A;  4I0G A;  1IVP A;  5P47 A;  4D8C A;  3LPI A;  1SIV A;  1BAI A;  5P5L A;  4Y3F A;  2HAH A;  4Y5E A;  5P4F A;  3IGB A;  1GVU A;  3Q6Y A;  5P2I A;  3OU4 B;  2WF0 A;  4GID A;  5P7T A;  2VJ9 A;  4J1H A;  4B05 A;  1KJF A;  1UPJ A;  3SA8 A;  5TOL A;  4AA8 A;  2FNS A;  4EQJ A;  1HVK A;  4YD7 A;  2HB4 A;  1M0B A;  3O9B A;  2ZE1 A;  2G22 A;  2EWY A;  1HII A;  5P8F A;  2B42 A;  5P37 A;  4ZPG A;  4RVI A;  5P5T A;  3PVK A;  5HCO A;  5ENK A;  5P86 A;  5AHC A;  1ZSF A;  4DJQ A;  1BBS A;  5OZG A;  2FDE A;  5P38 A;  2V11 C;  3EL4 A;  5P7I A;  5P8S A;  2BPW A;  2BJU A;  3OOT A;  4Y3L A;  4QGI A;  3IXK A;  2QI6 A;  3UCB A;  3PCZ A;  2NMZ A;  3KFP A;  1D4K A;  1QBR A;  4J0T A;  2R5P A;  5P6F A;  4MC6 A;  4FM7 A;  5C9B A;  1EED P;  4ZIP A;  5KQF A;  3EBZ A;  2G1N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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