3AIDA

A new class of hiv-1 protease inhibitor: the crystallographic structure, inhibition and chemical synthesis of an aminimide peptide isostere
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new class of HIV-1 protease inhibitor: the crystallographic structure, inhibition and chemical synthesis of an aminimide peptide isostere.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aidA00
5P2MA 3TPPA 2BPWA 4OBZB 5P0CA 2FXEA 4ER4E 3OU3A 3I8WA 5P5TA 3URJA 1GKTA 3QBHA 4EYRA 3QAAA 4Y54A 5TOLA 5P56A 5P08A 3KDBA 2JJIA 4Y5MA 2FDPA 1FEJC 5P2JA 4NJSA 1T7IA 5P5RA 5ENKA 4K9HA 4PPHA 1GNNA 2ANLA 4Z22A 4X7IA 1T3RA 1EC1A 1GNOA 1HVCA 2IGYA 5P5ZA 5P7BA 1MT7A 4YCKA 2F3FA 2WHHA 1LYWB 1FG6C 3UDMA 4Y3SA 2WKZA 5P6MA 4FSLA 1OEXA 5OYYA 3T3CA 5P70A 3GGXA 4K4RA 5P29A 1SIPA 3S43A 4EHCA 2OHMA 2CENA 3QIHA 3EKYA 5P6QA 4Y5NA 1LV1A 3JVYA 5P7RA 5ER2E 4I8ZA 5DR3A 3QRSA 1E5OE 1CZIE 5P2UA 5P7TA 2AVVA 5P86A 5P76A 1EPLE 3B80A 3G70A 5P0XA 5P2DA 5OZTA 1APWE 3EM3A 1GVTA 2AVMA 3QI1A 1MT8A 4KE0A 3INDA 2FLEA 3H0BA 1A30A 1W5XA 1FMUA 1C6XA 1HVJA 2WF1A 4RYGA 4B78A 5P2EA 3GGAA 2B8VA 4GJDA 5DR0A 4S1GA 3T7XA 2OHKA 2Q15A 5P6TA 2H6TA 3R1GB 4I0HA 1PFZA 4WY1A 4Y3TA 5P3UA 1T7JA 3BXSA 4Y5LA 1Z1RA 3UF3A 4F76A 4ZSQA 2RENA 3EBZA 2QNNA 2I1AA 3R0YA 8HVPA 2BKTA 2F3EA 4L7JA 3PJ6A 1EC3A 1YM4A 4KB9A 3APPA 5P5AA 5KOSA 3URIA 3OU4A 2WECA 2WEDA 4YHQA 3UQUA 5P6VA 1HXBA 5P80A 5P4IA 2AOGA 5P43A 2P83A 1W50A 3MXDA 3OOTA 5P1WA 2P8HA 5OZWA 4CPRA 5ER1E 5P3SA 1BILA 3HAUA 4HVPA 2AZCA 3KDDA 2NNPA 4DJQA 3Q4BA 4CPWA 2FDEA 2QCIA 4Y39A 4H3IA 3O9EA 5P3AA 1HRNA 1HTRB 4I1CA 5BS4A 1XE5A 5P6YA 5P53A 4DJYA 3R4BA 3ER5E 3CKPA 5P71A 2QI4A 5DGUA 3OU1A 1EPPE 5P7NA 2ZGAA 5P4GA 2QD6A 2I4DA 3TOGA 5P2QA 5OYQA 2VJ9A 4Y3ZA 2G27A 3L38A 3CIDA 1LEEA 3EL9A 3OADA 4Y3WA 3OUCA 1DAZC 3L5EA 4DQEA 3UDKA 1GVXA 4Y43A 4Y56A 5OYXA 4BEKA 1HIHA 4EP2A 2H6SA 2WF0A 5F01A 4FS4A 4Y3NA 2AVOA 1LF4A 3WZ8A 3SA4A 4U7VA 4Y5CA 3TKWA 5C9FA 5EZZA 2BPYA 3ZKSA 4GJBA 3PB5A 4WTUA 3S2OA 4APEA 3WSJA 4EJKA 1WBMA 4Y3LA 4U8WA 3NU4A 3RSXA 1MTBA 2AVSA 5P61A 1AZ5A 3NWQA 4QJ7A 3SKFA 3DV1A 4Y3HA 5P39A 3OHFA 4Y5AA 1WBKA 2QZKA 1PSAA 5P52A 5P4JA 3NUJA 1G6LA 5P32A 4R8YA 1N49A 1TSUA 2VIEA 3NU6A 3FV3A 2OHSA 5P4YA 5HCOA 1HSIA 3JVWA 5P6UA 4XXSA 2VS2A 5OZLA 5P5IA 3U7SA 4OBJA 2ZJIA 5CLMA 4A4QA 1M4HA 4FRIA 3N4LA 5OZ5A 3SA9A 1HEFE 2O4SA 1MERA 2OHTA 5P5NA 4CPTA 5P7GA 2WF3A 3SM2A 3B7VA 4ER2E 2QMFA 1HVLA 3FNTA 5P8OA 3GI5A 2ER9E 4Y58A 5P6LA 3VFBA 4Q1WA 5JFPA 2Z54A 2AOIA 2ZJJA 2JE4A 5P0DA 4B1DA 5P3HA 5OZKA 3APRE 2NMZA 2IKOA 5P2LA 1TQFA 5P1OA 3QVIA 1OHRA 4F75A 4L7GA 1B5FB 2ER6E 1LZQA 2PSVA 5HDXA 4J55A 5OYVA 2PYMA 1DPJA 1MPPA 3SM1A 1TCXA 2APRA 3SQFA 4CPXA 1FQ5A 5P2AA 3Q6YA 2NR6A 4CPUA 1FQ6A 4Y5BA 3VYDA 1K2BA 3S54A 4D83A 1F7AA 4H3JA 3D1XA 3RTMA 1HSHA 5OYUA 4ACXA 4A6BA 1HVHA 5P8RA 1LYAB 4IVSA 4Y4WA 3TNEA 5P7HA 5BRYA 4EJLA 1SP5A 4X2LA 4L1AA 4Y37A 5B18A 5P1VA 5P68A 5OZJA 2WJOA 5P6SA 3OQAA 3TPLA 3GI6A 2QNQA 1BIMA 5P77A 5IVSA 4OBHA 2BPXA 2QHCA 4DV9A 5P19A 5P8DA 2AVQA 4PEPA 3PVKA 3VSWA 1BV7A 4DQCA 3I6OA 4PYVA 5P8CA 4DQGA 5DR1A 5E5JA 3K4VA 5P1CA 2QI0A 5KAOA 3O99A 2NTRA 2B42A 3LZUA 4HA5A 3PM4A 1K6CA 3PMYA 2IEOA 3TKGA 5P7VA 5P0WA 4DJOA 1MESA 1EC0A 5HVPA 1PPLE 4EJ8A 4RVIA 4YCTA 3D91A 4OBGA 4RRNA 5KQZA 2UPJA 5P1AA 2Q64A 1A8GA 1DIFA 4Y6MA 3KFPA 5P5BA 2R38A 5P8EA 4YOAA 5P4MA 2P3CA 3NR6A 2ASIA 3QRMA 5OZDA 5P5PA 2V12C 3LPJA 1LF3A 5KQYA 5IVQA 5P0LA 1Z8CA 3PWMA 5P2ZA 2G20A 4CKUA 4ER1E 4MC9A 5P07A 5P6AA 3SLZA 1YX9A 3HBOA 5HDVA 3LITA 5P6BA 2SAMA 5P8FA 5P0KA 1B6LA 3MSJA 2O4NA 5P57A 2AOHA 2VIYA 2J9KA 4OC6A 1QRPE 5T4SA 3HD8A 1D4HA 1QBSA 3O9CA 1G35A 3EKWA 1XN3A 4APRE 5P7EA 7UPJA 1MEUA 2O4LA 5OZ9A 1FQXA 3PBZA 1IZHA 4TRWA 5DQ5A 5P31A 3NUOA 5KR0A 4R95A 2XFIA 1JLDA 4TRYA 1MTRA 2G1NA 4Y44A 1ZP8A 2NNKA 2V11C 5I3YA 4QJ6A 5JG1A 3TTPA 3PEPA 2G1YA 3N3IA 1HPVA 3PLLA 3FNSA 2PK6A 4GJ8A 4I0JA 5P6CA 3O9LB 1D4SA 1AAQA 5P60A 5DGWA 5P75A 1DP5A 3VV8A 4GJCA 1CMSA 5ISKA 4K4PA 1D4KA 3T7PA 2RMPA 3KA2A 5I3WA 1D4JA 3BUGA 5P5UA 4CPSA 5P8IA 4YOBA 3Q70A 3UDQA 4BFBA 4D85A 2J9JA 1KJ7A 5P6FA 3RTNA 4QGIA 5P51A 3O9DA 3NWXA 1SIVA 3TOHA 5P0TA 4Y35A 3VLAA 3I7EA 2Q63A 1FFIC 5P35A 1LYBA 3KFNA 5P0ZA 5P3IA 5P4HA 5P20A 4RZ1A 5JODA 5P3BA 1FMXA 3HLOA 4H1EA 3NDXA 1KJ4A 1B6KA 1ENTE 1HWRA 5P64A 5P7LA 3OXCA 5COPA 3BVAA 5HCTA 3KFSA 1LF2A 4J54A 5P11A 4ZIPA 4RCEA 1E80E 3UQWA 1ZPAA 5OYRA 4J1HA 5P6DA 1HXWA 4I0FA 3INHA 3ZPTA 3IXKA 5HE7A 5P4NA 4TRZA 3D1YA 1XN2A 4ACUA 3K1WA 1FMBA 5P16A 4DUSA 3AIDA 5OZ0A 5P5SA 3ZKMA 4ZE6A 5C9BA 2G94A 4Y3AA 5P4OA 3LNKA 3ZKQA 4J1EA 3NSHA 1RPIA 4N00A 2QI3A 3LIQA 4LBTA 2OHPA 2V13A 3VF5A 4Y4ZA 1EAGA 4K8SA 5P34A 4LXMA 4LAPA 4Z50A 4XX4A 3UFNA 4EQ0A 3UPJA 3IVHA 1UH9A 4Y50A 2QP8A 5P44A 2RKFA 5P7KA 5I3XA 5DQ2A 5P3PA 5P8VA 1XS7D 3VEUA 4OD9A 2B8LA 4I0ZA 4FL8A 1HHPA 1HOSA 5OYTA 5KR2A 5P3GA 5P8MA 3LZSA 2AZ9A 2RKGA 2WEBA 4OBKA 2AZBA 3EL0A 2VJ6A 1ZAPA 2VA6A 5DR4A 3VUCA 1W5VA 5P7SA 3AUPA 4QJ8A 4Y3FA 1MSMA 2AIDA 5P8GA 3VYEA 3MSKA 4B1CA 5P5HA 4ZSMA 2QK5A 3IN3A 4Y4JA 1YM2A 3HVPA 1HBVA 3NDTA 4HE9A 3OUAA 3ZKGA 2F80A 4PZXA 4J1KA 2IENA 1APVE 3SABA 1FLHA 2Q55A 5P09A 4GYEA 7HVPA 1GVWA 5P5DA 3BRAA 4YD3A 4EXGA 5P8SA 3OUDA 2R8NA 4H3GA 2OF0A 5P00A 5JFUA 3S7MA 5P14A 4PZWA 4HDPA 3I2LA 5P37A 5P0FA 2PH8A 5P2XA 1BV9A 2FGUA 3FNUA 2JJJA 1TCWA 3S43B 1ME6A 3DOXA 5P5EA 5SY3A 3QRVA 3D1ZA 3OUBA 4Y3MA 4Y53A 2HAHA 3PGIA 5OZFA 2G69A 2HIZA 5P40A 4FM8A 2NMYA 2A1EA 5P2OA 5P8JA 3ZPUA 3SA3A 3OAGA 1A8KA 2Q3KA 2UXZA 3BGCA 5APRE 5P6KA 5P7CA 3PSYA 2F3KA 5OYZA 3C9XA 4Y4GA 4Y41A 1B6PA 5OZEA 1D4LA 1YTHA 1U8GA 2QI6A 3ER3E 4D89A 5P4AA 1AJXA 2IGXA 1LS5A 5E5KA 4MC1A 5AGZA 1YTGA 4EPJA 1NH0A 5AH8A 1PSNA 3HAWA 1F34A 1RL8A 2O4KA 3WZ6A 5P8TA 4LXAA 6FIVA 5OYSA 5P6HA 3EKVA 5OZ3A 1SDTA 1IDBA 3OHHA 4RLDA 1KJHA 5HTZA 3NU5A 3OQDA 3MXEA 3NXEA 1W5YA 5P0GA 1DW6C 2PWRA 5P89A 1DMPA 1MUIA 4KUPA 4GJ7A 4YDFA 5P7WA 2ZHSA 5COOA 5P3DA 3DM6A 5P3MA 4Y48A 3S85A 5DQ1A 4QJ2A 2ZHRA 3KN0A 4DI2A 2IRZA 2VKMA 5P58A 5OZ4A 3BUHA 3OU4B 4YE3A 3D20A 3PI5A 3EKTA 4ZPFA 1VIJA 5P3YA 3D3TA 3LPIA 4QJ9A 4DVFA 2V16C 2ER7E 1XL2A 5P6PA 5HU0A 3PBDA 1CPIA 3GGVA 5P67A 4KE1A 3T11A 2OHUA 2AODA 3PRSA 3UDRA 5OZ8A 3UFLA 3CKRA 5KR1A 4I0DA 4Y57A 2PH6A 5P05A 2QD7A 5P4XA 1GNMA 3ZOVA 3FKTA 4QJAA 4Y3XA 5P7IA 5P13A 3UCBA 3DJKA 3PI0A 5P4EA 1BAIA 2FIVA 4RVJA 4OBFA 4EP3A 3DV5A 3RVIA 1D4YA 2QNPA 3TL9A 4M8XA 5P2FA 5P26A 6UPJA 5P3CA 4FRJA 5DR8A 2JXRA 3VYFA 3K5CA 4XKXA 5P7AA 4GB2A 2G1SA 1AJVA 2R9BA 2QD8A 1K1TA 3G72A 5DPZA 2QI1A 5P4DA 2OHNA 1RNEA 4YBFA 3OADB 5AHAA 2XFKA 3NLSA 4FAFA 5P4FA 1ZTZA 5P33A 2NPHA 2NXDA 3RSVA 4RCFA 1HEGE 3BGBA 5P49A 5P5WA 1HTEA 1UPJA 1ZLFA 1PPME 3O9HA 1OEWA 4F73A 4Y45A 5P5CA 5P8UA 2MIPA 1KJGA 3LHGA 3CKTA 5P6WA 5P1RA 3SA7A 3KDCA 2QHZA 5HDZA 5P0PA 1IZIA 1EBKC 4XX3A 4JP9A 2HB4A 3L5CA 4DQFA 1B6JA 5P3XA 5P81A 5OZZA 3PCZA 4B77A 4B00A 3SA5A 4Y3JA 1W51A 3UDNA 5F00A 5P4KA 4YDGA 1Z1HA 4HEGA 1K6PA 3KT2A 5IVRA 5P3NA 1D4IA 2PSGA 4GMIA 4FCOA 1W6HA 5P7FA 4MC2A 4ZLSA 1K6VA 3KF0A 4B05A 3BVBA 1OD1A 1K2CA 3IA9A 4J5JA 5SZ9A 2AOCA 5P4WA 2AQUA 1E82E 5P4BA 1PSOE 4NJUA 5P3ZA 2I4UA 1EBZA 2I4XA 1Q9PA 4I10A 3UDYA 3ZPSA 1BWAA 2OHQA 1WKRA 5P46A 2EWYA 2IS0A 1EPQE 5AH6A 5J25A 5OZQA 5P0EA 2BQVA 3VV6A 3I25A 2V00A 2ZJMA 4I8WA 5P85A 4Q1XA 2G22A 4GJ9A 2VIZA 4AA9A 5P8HA 1MSNA 5P41A 3CICA 4Q1NA 4DPFA 3LINA 1TZSA 2V10C 5P5MA 1SGUA 2P3BA 5P25A 3OXWA 5P45A 1BWBA 5AH9A 4FIVA 1KZKA 3S53A 1QBRA 5P06A 5HDUA 2IQGA 3QN8A 3O9IA 4Z2ZA 5OZ7A 1SMEA 5KR8A 3DCRA 5P82A 5P2KA 2PYNA 5P3VA 1NPVA 3EM6A 4YD7A 1QS8A 5P8AA 2PQZA 2QAKA 1IBQA 5COKA 5P4ZA 5P6RA 5P4UA 3K4VC 3SO9A 4DJXA 3EMYA 3QS1A 4GJAA 4OBZA 2FNTA 4R5NA 2CEMA 4L1AB 3KMYA 4Q1YA 4YD5A 3IGBA 1YG9A 5P2NA 3INFA 5HE5A 4Q5MA 2AOJA 1ODXA 2QZXA 1BDLA 1EPNE 1G2KA 1EPME 2HPEA 3ZKIA 3L5DA 3QVCA 4ZPGA 5P4RA 1RQ9A 5P3KA 1QDMA 1SDUA 4DJPA 1HVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2M A;  3TPP A;  2BPW A;  4OBZ B;  5P0C A;  2FXE A;  4ER4 E;  3OU3 A;  3I8W A;  5P5T A;  3URJ A;  1GKT A;  3QBH A;  4EYR A;  3QAA A;  4Y54 A;  5TOL A;  5P56 A;  5P08 A;  3KDB A;  2JJI A;  4Y5M A;  2FDP A;  1FEJ C;  5P2J A;  4NJS A;  1T7I A;  5P5R A;  5ENK A;  4K9H A;  4PPH A;  1GNN A;  2ANL A;  4Z22 A;  4X7I A;  1T3R A;  1EC1 A;  1GNO A;  1HVC A;  2IGY A;  5P5Z A;  5P7B A;  1MT7 A;  4YCK A;  2F3F A;  2WHH A;  1LYW B;  1FG6 C;  3UDM A;  4Y3S A;  2WKZ A;  5P6M A;  4FSL A;  1OEX A;  5OYY A;  3T3C A;  5P70 A;  3GGX A;  4K4R A;  5P29 A;  1SIP A;  3S43 A;  4EHC A;  2OHM A;  2CEN A;  3QIH A;  3EKY A;  5P6Q A;  4Y5N A;  1LV1 A;  3JVY A;  5P7R A;  5ER2 E;  4I8Z A;  5DR3 A;  3QRS A;  1E5O E;  1CZI E;  5P2U A;  5P7T A;  2AVV A;  5P86 A;  5P76 A;  1EPL E;  3B80 A;  3G70 A;  5P0X A;  5P2D A;  5OZT A;  1APW E;  3EM3 A;  1GVT A;  2AVM A;  3QI1 A;  1MT8 A;  4KE0 A;  3IND A;  2FLE A;  3H0B A;  1A30 A;  1W5X A;  1FMU A;  1C6X A;  1HVJ A;  2WF1 A;  4RYG A;  4B78 A;  5P2E A;  3GGA A;  2B8V A;  4GJD A;  5DR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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