3BC4A

I84v hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine diester
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Targeting the open-flap conformation of HIV-1 protease with pyrrolidine-based inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bc4A00
4LAPA 2HPEA 1HBVA 2AVVA 5APRE 1ZSFA 3HW1A 1CZIE 5P5LA 1W5YA 2VJ7A 1HTRB 1PSOE 4DH6A 2WKZA 1AJVA 2NMZA 5P2NA 4CMSA 2G27A 3SA4A 3UPJA 5P3LA 5P7MA 3MXEA 5P12A 1FQ7A 4RCDA 3SFCA 3PSYA 5P88A 4Y5PA 2J9KA 1TZSA 4R91A 5P6PA 5KR2A 5KR8A 5P1UA 5P3YA 1EPQE 3UDPA 1YM4A 3CKRA 4R92A 5P3ZA 1HVLA 5AH9A 3PWMA 5P08A 5P2KA 4Y3TA 5P8RA 4ZSQA 4FIVA 2QMFA 2IDWA 5P0CA 5P4OA 3K4VC 2FLEA 4B72A 4F74A 1HIIA 3LIQA 3O9LA 1CPIA 3O9LB 3BUHA 4RZ1A 5P7NA 3BRAA 3K5DA 1U8GA 2QHYA 5OZXA 5P3TA 1FIVA 1T6EX 1HVRA 1IVQA 3DCKA 5I3WA 2ZHVA 5P8IA 4Y3RA 3OUBA 1MUIA 1OEXA 4B78A 4FRKA 1IVPA 4GJCA 3KMYA 5BWYA 2QMDA 4OBZA 5P4TA 1TW7A 1Q9PA 4OBZB 4FAEA 4BFDA 3WSJA 5E5KA 5ISJA 3PEPA 5P5GA 4Y3FA 4Y53A 1EPME 1K2BA 4HDFA 4Y3AA 5P0DA 5P1KA 1XL2A 2IQGA 1NH0A 5AGZA 3ZKQA 3CMSA 3ST5A 3TNEA 1VIKA 5OZUA 2JXRA 3SA9A 1SDVA 2PSVA 5P7DA 5P6QA 5P83A 4AMTA 5P4LA 5P7CA 3URJA 3F9QA 5P4ZA 3PLLA 5OZKA 5HDVA 1PSNA 5OZ1A 5DR4A 3TH9A 5JFPA 3ZLQA 3INFA 4WTUA 5OZLA 3KFSA 4Y4JA 1D4IA 5P7OA 4FRSA 3OTSA 2PQZA 3A2OA 5P4PA 3NXEA 5OYTA 3T7PA 1MESA 3HDKA 2CEMA 4NKKA 3UDHA 4Q1XA 4TRWA 2V16C 1OEWA 4HDBA 4TVHA 4Q1YA 2WEAA 2VIJA 3CKPA 5AHBA 2OHLA 2BPWA 1XS7D 2JJIA 9HVPA 4Y5MA 4R5NA 5P82A 4WY1A 5P4YA 1BAIA 4ER1E 4ZPEA 3KM4A 2Q11A 3VFAA 2ZJHA 3NUOA 5P46A 5P6AA 4ZPGA 5P15A 2B8LA 4EJKA 1M0BA 1TSQA 5PEPA 2WF3A 4B00A 2IGYA 5P68A 4APEA 2I4WA 5P59A 5P2VA 4GJ5A 5HD0A 5P7KA 2NNPA 1SP5A 5P0KA 4F76A 1K2CA 5OZMA 2O4PA 4K4PA 3RTNA 5P4VA 5IS4A 3OOTA 3NSHA 1FFFC 1YTJA 5P70A 4YOAA 2ZHSA 4DV9A 4ACXA 5OZNA 1EPPE 3QPJA 4Y4AA 4EXGA 2Q63A 4QGIA 5OZPA 3ZKSA 5P8VA 5BRYA 1WBMA 5OYZA 4LC7A 4Z4XA 5P5ZA 1FQ4A 4Y4DA 4YOBA 4Y51A 3PBZA 1F34A 3TLHA 3L58A 2B60A 4AUCA 4MC6A 5P0WA 5P64A 3GGAA 5P48A 4FL8A 3UDKA 1HTEA 4EHCA 2FDEA 3EKQA 2AZ8A 5DPZA 5P09A 4MC1A 3UQRA 5P1HA 2AOCA 3HVGA 4I0HA 2FMBA 1NPWA 1BVGA 1UH7A 5P0IA 4Y3SA 5P77A 5P2ZA 3NU3A 2AVSA 1MT7A 5P6ZA 5SZ9A 5P3UA 5P8BA 5P8MA 5P4FA 3OQKA 5P6OA 2CENA 2VJ9A 3QS1A 4Y3ZA 4DQGA 5COPA 3Q3TA 1HPXA 1AM5A 2PWRA 3KA2A 3OHHA 5P4RA 5OZGA 3EBZA 4Y5CA 3CIDA 5P0MA 4L1AA 5P8KA 5P40A 4L1AB 1MSMA 2WL0A 5AHCA 4LBTA 5P6RA 1LF4A 3O9HA 3RTMA 4Q5MA 3S54A 1EC3A 1QBSA 5P00A 5P07A 1PPME 5OZCA 1ODWA 1GNNA 3PRSA 4FLGA 2G1OA 4OBGA 4FSLA 5P8QA 2ZE1A 3DOXA 3LNKA 2VA6A 4L7HA 3SAAA 1HHPA 5P8HA 1W5WA 2I4DA 3S45A 3QBHA 3OXXA 1K6VA 1ZSRA 5P8SA 5JFUA 5P6YA 2G26A 4GJ6A 4DJWA 4RCEA 5OZHA 3VSWA 4F73A 3PM4A 5I70A 4OC6A 1GVUA 1EPOE 1Z8CA 1ZPAA 3GW5A 3OUDA 2RKGA 4OC6B 5I3XA 3OUDB 3IXOA 1ENTE 4HVPA 5P1GA 4D8CA 2OHPA 2VIEA 1HPSA 5P6IA 1RPIA 5SY2A 4CPRA 3TTPA 5P0GA 2O4SA 1T7JA 2NXLA 4PZXA 5P2HA 1FB7A 2XFIA 5P0OA 1HPOA 5P1NA 5P0VA 1B5FA 1MPPA 3BC4A 3GI5A 5P2JA 5HTZA 1B5FB 1FLHA 3MSLA 1YTIA 3BVBA 2QZWA 5P4XA 1BDRA 3OAGB 5CLMA 5P26A 3VV6A 3O9AA 4NJUA 5P16A 4BEKA 2QU2A 5FIVA 2FGUA 1C6YA 2I4VA 2QK5A 5P4KA 3PMUA 2VNMA 4DJYA 5P71A 4A6BA 2ZDZA 1G0VA 2NPHA 2VIYA 5IVTA 5DR0A 5IE1A 1BV9A 3Q70A 5P8CA 4Y4ZA 5P79A 4Y4BA 3R1GB 3MXDA 1QRPE 1HXBA 1RL8A 5P2DA 3VCMA 2BPZA 3NDWA 3ZMGA 3WB4A 4GJ8A 5P19A 3DK1A 2PYMA 4K4QA 4YHQA 1D4SA 2FDPA 5P2BA 3PJ6A 5P6UA 3SABA 1HRNA 4IVTA 3NDUA 3FX5A 4LXAA 2APRA 5P7UA 4CPTA 4CPUA 5P5UA 4RCFA 5P0RA 4JPCA 5P53A 1EPRE 4J54A 4DQCA 1XL5A 3QROA 1APVE 4UPJA 2PH8A 3BVAA 4JPEA 5P0JA 1XDHA 3LPJA 3NU9A 4JP9A 3L3AA 2Q54A 5OZTA 4FGXA 4U8WA 5P1BA 1HXWA 5P17A 2NMYA 3TPPA 5P7GA 5P7ZA 3QRSA 3MSKA 1CMSA 1LYAA 2QI5A 4FRIA 1LYAB 4QJ9A 2R38A 2Q64A 5OZJA 5P8GA 5P37A 2ER6E 1MSNA 2ZHTA 5P5KA 4Y6MA 1KJHA 4GMIA 4XX3A 5P1QA 3LZYA 4J0ZA 5J25A 1SDUA 5P5PA 4Y50A 5P4WA 4B1EA 5OZOA 1ZJ7A 2V0ZC 5HE4A 5P0XA 1SMRA 4Y5NA 1DPJA 4GB2A 5P6WA 1K6PA 4H1EA 2WEDA 5IVRA 4QJAA 3NR6A 2IENA 4J0YA 4M8YA 2B42A 1EC0A 2IRZA 1EPNE 2AODA 5P42A 5P8JA 3EXOA 1IDAA 2AOIA 1YM2A 3EKTA 1LYWA 2NXDA 3S43A 1HTGA 3LITA 1LYWB 2UPJA 3S43B 3O9EA 5OZ9A 1DMPA 5P5RA 2QNNA 4Y5GA 3APPA 1FQ5A 3IXKA 3RVIA 1ME6A 5P3EA 2I4XA 3KFPA 5P65A 1SH9A 5P7EA 2AQUA 3OUAA 1FQ6A 1KJ4A 3UDRA 3JVWA 4B05A 5P54A 5P3RA 2BPVA 4J1CA 5OZQA 3BHEA 1YTGA 4Y3DA 1A9MA 5P8PA 2QZKA 3D91A 1LYBA 3QVCA 5P5FA 5P2MA 1LYBB 1GVWA 1NPVA 2OHUA 8HVPA 4RGHA 2QCIA 2Q55A 5P8AA 3N4LA 2O4NA 4AZYA 5P3JA 5P3DA 2QI1A 5HCTA 4LP9A 3PI0A 4Y5AA 5P0SA 3G72A 4B0QA 3H0BA 3INEA 3OGPA 2JYSA 3NWQA 2FDDA 3H5BA 3S53A 1HIHA 3M9FA 1SBGA 5ISKA 5AH6A 4HZTA 4RYCA 3BXRA 3LINA 1AVFA 4APRE 5P5AA 4DI2A 2AVQA 1SMEA 4DQFA 1GVVA 4NJTA 2PSGA 3L5BA 5P13A 4D83A 3DV1A 2AVMA 5P23A 5P6HA 5P0YA 1QBUA 3K1WA 3OQDA 2AOJA 1HSHA 4XX4A 1EBYA 1SIPA 2QP8A 3L38A 1BBSA 3GGXA 4YCTA 5OYXA 5P6CA 4DJPA 4PYVA 4EXHA 2HS1A 4X2LA 5P4BA 4DPFA 5P3CA 5P7FA 3I8WA 4BELA 4LHHA 5P1CA 5P76A 5P4NA 5KQXA 4WY6A 1G2KA 1E80E 2F3KA 1PPLE 3N3IA 3WZ6A 2WJOA 3OXCA 3T7XA 5P2WA 3VF7A 4H3IA 5P30A 5P31A 1BXQA 3O9BA 4J1HA 4K4RA 4FAFA 5P58A 5P47A 1MRXA 2WF2A 5P62A 1UH9A 5KOSA 5P3GA 2VJ6A 3I25A 1XN2A 2G20A 4Y38A 3O9CA 1BV7A 3ZOVA 3G70A 2OHNA 5P3BA 3AUPA 4EP3A 3HAWA 5EZXA 2WHHA 5P8TA 5OZ2A 5DR7A 4DJVA 3R0WA 1EC1A 5DGWA 1UPJA 3NXNA 4L6BA 4RYGA 3UQWA 3ZKNA 3EKPA 3OGQA 5P6KA 3UF3A 5KR0A 4R93A 3EKYA 5OZ0A 5P5CA 3DV5A 1EEDP 4Y5EA 5P4AA 3ZPSA 5P63A 4EQ0A 1ODXA 3MSJA 4Y3NA 1MTBA 1Z1HA 3WZ7A 5OYUA 4DJQA 4H3FA 1W5VA 2FXEA 1BILA 4IVSA 1LV1A 3KFRA 1HIVA 3AIDA 3IAWA 2VKMA 4LXKA 5P0NA 5P57A 3KYRA 5SY3A 3FSMA 5CONA 6APRE 3ZKXA 3TOGA 3EL1A 5P5JA 3NDTA 2G22A 4JECA 2RENA 3PLDA 4ZIPA 3QRVA 2QI6A 2VA5A 4RRSA 2PK6A 2Q15A 5HU1A 5P28A 1N49A 2V11C 2VIZA 5P35A 4QJ7A 3B7VA 2QMGA 3BGBA 5OZRA 3L5FA 1D4YA 3PSGA 2ZJLA 2SAMA 5OZ4A 2V00A 4Y3GA 2ASIA 3UFNA 5P6GA 1J71A 1HEGE 5P5VA 3U71A 2IS0A 3INDA 3LIZA 2ER7E 2A1EA 3Q6YA 3URIA 5P3XA 2P83A 4Y48A 5P2QA 3LIXA 2HPFA 5P8UA 3NU5A 5P1AA 3WB5A 3ZPTA 2B8VA 2AZ9A 1VIJA 3T11A 2R3TA 4MC9A 3ZKIA 4Z50A 3K4VA 3UQPA 1RNEA 1FF0C 1LS5A 5P24A 5P5NA 3TOHA 4KB9A 4Y4GA 5DGUA 4COEA 2QD6A 5P2XA 4DJXA 3EKWA 2BJUA 5EZZA 4B77A 1M4HA 5P7RA 1E5OE 2P3AA 5P1RA 3TOFA 3HZCA 5IVQA 4YD5A 4ZSPA 2P3DA 5P3OA 1HVHA 4ER2E 3OQ7A 2F3EA 2R3WA 5HDZA 3TL9A 2NNKA 1MRWA 2V10C 4NJSA 3D20A 4CPWA 3EC0A 4BFBA 1PFZA 1DIFA 4EJDA 4YDGA 4TRYA 4QJ6A 1B6LA 5P1YA 4Y9WA 1ZP8A 2NR6A 2BQVA 3IN3A 5P34A 4I0DA 5DR8A 1Z1RA 4CPXA 5P2EA 5P4IA 3JW2A 1FG6C 2WEZA 1HSGA 5P7BA 5P61A 2Z54A 3O9IA 2I4QA 5OZFA 5P10A 4YD3A 3OY4A 3ECGA 5OYRA 3EL0A 3VUCA 1K1UA 3RSVA 2QZLA 5F00A 1TSUA 5P5DA 2J9JA 3NU4A 1OD1A 2J9JB 1QS8A 3VF5A 5P8NA 2UXZA 2BPXA 3D1XA 5P25A 4Y3JA 1FGCC 3IXJA 2F8GA 4A6CA 1W51A 2OAHA 3INHA 2XFJA 2Z4OA 5P80A 5UPJA 3VYDA 5P01A 5P2LA 2R43A 4J1EA 5P39A 5P6SA 5P0FA 1HVSA 2AOGA 2JE4A 3K5CA 5P5XA 5OZIA 3CKTA 3BGCA 2ER9E 3KDDA 4QLHA 1C70A 7HVPA 6FIVA 5P1OA 1T7IA 2ZGAA 4FE6A 5TOLA 1W5XA 3UDNA 4HLAA 4CPSA 5P0EA 2I1AA 3KMXA 5P1WA 5P5WA 4DJRA 4EJ8A 5P7AA 3EL9A 2P4JA 2R8NA 5P49A 1B11A 3UDQA 1MIQA 1F7AA 1MT9A 1META 2AOEA 1EPLE 1SIVA 3GGVA 3OU1A 4QJ2A 5P5IA 2ZHUA 3OU1B 3SM1A 1T3RA 2IKOA 4FM6A 1ZPKA 2R5PA 1HVJA 4Y3YA 4GZFA 5P7YA 2PYNA 3IN4A 5P29A 1APWE 3VV8A 5KQYA 1XE5A 2QZXA 1KJGA 4A4QA 5C9DA 2OHMA 1NPAA 1A30A 1T6GA 5P06A 5P87A 1MTRA 5P1IA 5P4QA 4Q1WA 5HVPA 5P56A 3HD8A 4YBFA 5HE7A 4D88A 1A8KA 3QN8A 2MIPA 3SM2A 3KFNA 3ER3E 1PROA 3O9FA 3PI5A 5P7SA 4ZEAA 3HVPA 3TPJA 3PBDA 3I2LA 5OZYA 4HDPA 3G6ZA 5JG1A 2PK5A 4OBFA 1LEEA 1RV7A 3RU1A 2IKUA 4J5JA 1ODYA 1IIQA 3QP0A 5P4EA 5ER2E 2G1RA 3QBFA 4Y4EA 4J0PA 4HE9A 4R8YA 1GVTA 5OZEA 5P14A 2G1NA 3UDMA 3KF0A 5C9BA 2AIDA 4Y3LA 3UTLA 3NLSA 3DCRA 3KDCA 5P1TA 4K8SA 4H3GA 2BBBA 3SLZA 3L5EA 3VFBA 3NYGA 5DQCA 1EAGA 4NPUA 4QJ8A 2HS2A 3VSXA 5P6BA 5P4MA 3OU4A 4I0EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LAP A;  2HPE A;  1HBV A;  2AVV A;  5APR E;  1ZSF A;  3HW1 A;  1CZI E;  5P5L A;  1W5Y A;  2VJ7 A;  1HTR B;  1PSO E;  4DH6 A;  2WKZ A;  1AJV A;  2NMZ A;  5P2N A;  4CMS A;  2G27 A;  3SA4 A;  3UPJ A;  5P3L A;  5P7M A;  3MXE A;  5P12 A;  1FQ7 A;  4RCD A;  3SFC A;  3PSY A;  5P88 A;  4Y5P A;  2J9K A;  1TZS A;  4R91 A;  5P6P A;  5KR2 A;  5KR8 A;  5P1U A;  5P3Y A;  1EPQ E;  3UDP A;  1YM4 A;  3CKR A;  4R92 A;  5P3Z A;  1HVL A;  5AH9 A;  3PWM A;  5P08 A;  5P2K A;  4Y3T A;  5P8R A;  4ZSQ A;  4FIV A;  2QMF A;  2IDW A;  5P0C A;  5P4O A;  3K4V C;  2FLE A;  4B72 A;  4F74 A;  1HII A;  3LIQ A;  3O9L A;  1CPI A;  3O9L B;  3BUH A;  4RZ1 A;  5P7N A;  3BRA A;  3K5D A;  1U8G A;  2QHY A;  5OZX A;  5P3T A;  1FIV A;  1T6E X;  1HVR A;  1IVQ A;  3DCK A;  5I3W A;  2ZHV A;  5P8I A;  4Y3R A;  3OUB A;  1MUI A;  1OEX A;  4B78 A;  4FRK A;  1IVP A;  4GJC A;  3KMY A;  5BWY A;  2QMD A;  4OBZ A;  5P4T A;  1TW7 A;  1Q9P A;  4OBZ B;  4FAE A;  4BFD A;  3WSJ A;  5E5K A;  5ISJ A;  3PEP A;  5P5G A;  4Y3F A;  4Y53 A;  1EPM E;  1K2B A;  4HDF A;  4Y3A A;  5P0D A;  5P1K A;  1XL2 A;  2IQG A;  1NH0 A;  5AGZ A;  3ZKQ A;  3CMS A;  3ST5 A;  3TNE A;  1VIK A;  5OZU A;  2JXR A;  3SA9 A;  1SDV A;  2PSV A;  5P7D A;  5P6Q A;  5P83 A;  4AMT A;  5P4L A;  5P7C A;  3URJ A;  3F9Q A;  5P4Z A;  3PLL A;  5OZK A;  5HDV A;  1PSN A;  5OZ1 A;  5DR4 A;  3TH9 A;  5JFP A;  3ZLQ A;  3INF A;  4WTU A;  5OZL A;  3KFS A;  4Y4J A;  1D4I A;  5P7O A;  4FRS A;  3OTS A;  2PQZ A;  3A2O A;  5P4P A;  3NXE A;  5OYT A;  3T7P A;  1MES A;  3HDK A;  2CEM A;  4NKK A;  3UDH A;  4Q1X A;  4TRW A;  2V16 C;  1OEW A;  4HDB A;  4TVH A;  4Q1Y A;  2WEA A;  2VIJ A;  3CKP A;  5AHB A;  2OHL A;  2BPW A;  1XS7 D;  2JJI A;  9HVP A;  4Y5M A;  4R5N A;  5P82 A;  4WY1 A;  5P4Y A;  1BAI A;  4ER1 E;  4ZPE A;  3KM4 A;  2Q11 A;  3VFA A;  2ZJH A;  3NUO A;  5P46 A;  5P6A A;  4ZPG A;  5P15 A;  2B8L A;  4EJK A;  1M0B A;  1TSQ A;  5PEP A;  2WF3 A;  4B00 A;  2IGY A;  5P68 A;  4APE A;  2I4W A;  5P59 A;  5P2V A;  4GJ5 A;  5HD0 A;  5P7K A;  2NNP A;  1SP5 A;  5P0K A;  4F76 A;  1K2C A;  5OZM A;  2O4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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