3BGCA

Hiv-1 protease in complex with a benzyl decorated oligoamine
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Achiral oligoamines as versatile tool for the development of aspartic protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bgcA00
5P5OA 4H3IA 5I3XA 5P8LA 5ER2E 4OBZA 2RSPA 5P2OA 3L5BA 4I11A 4PZXA 3R1GB 5P7EA 4D88A 4FS4A 2P8HA 5IVRA 4Y5GA 2AQUA 1FMUA 1M4HA 2AOJA 4Y3GA 3T11A 4APRE 5P88A 3IAWA 4Y4TA 3N4LA 4H3JA 4L7JA 4Y36A 1DPJA 1UH8A 4FRSA 4ZEAA 3O99A 1HPSA 1HTRB 4CPSA 1M43A 3LPJA 1FFFC 1SGUA 5P76A 3UDYA 3ZL7A 4QGIA 3KA2A 3UDHA 4XX4A 2P83A 1C70A 3ZKGA 2FNTA 3QRVA 4XXSA 5P3AA 4YOAA 5HU1A 3S8IA 4F75A 3S7MA 2V12C 5P1AA 3APPA 1LYWA 5HDZA 2FLEA 4Y3YA 3KFRA 4D8CA 2I4WA 3L58A 5OZAA 3OTSA 5P53A 3K4VC 2ZHTA 5P4IA 2ZJHA 3OGPA 4AZYA 5JODA 4Y3DA 4Y3QA 3O9IA 1AM5A 5P4MA 1XDHA 5P29A 4TRZA 5OZFA 5P39A 3BUGA 5P8NA 5DR0A 2NMYA 5P6GA 5P0IA 5P02A 3K5FA 4RGHA 2RKGA 4OC6A 5P8HA 1QS8A 5COPA 2QI3A 1T6GA 3IXOA 5P8VA 1E5OE 3PMYA 2VA6A 3N3IA 5OZSA 4YD6A 3I8WA 1ODYA 4OBGA 4NKKA 4Y5PA 1PPKE 2OHKA 5E5JA 3UDNA 3LZVA 2XYFA 5P5MA 1A8KA 3FSMA 4MC2A 2CEJA 2QP8A 2QHCA 1IZHA 1LF3A 2AZ8A 3TLHA 2QHYA 1K6CA 5P6OA 5P6EA 1TZSA 1FKNA 3OUAA 5P2UA 5SY2A 1NPAA 1HVSA 2NNPA 4FM6A 4GJ9A 5P3HA 1SMRA 3BHEA 5P0MA 2RKFA 4WTUA 5P18A 5P09A 3SKGA 1CMSA 1MEUA 2FDDA 5P81A 1G35A 2P4JA 3QVCA 5SXNA 3UDJA 4FL8A 5B18A 2NTRA 4Y58A 3ZKSA 1QDMA 3SABA 1AVFA 3H5BA 3OY4A 5P7VA 2AVQA 2QCIA 1K6TA 3NU4A 4A6CA 2OHMA 3S56A 4PYVA 2UPJA 2A1EA 3KFSA 3OHFA 2WKZA 1META 3PSYA 3TOHA 2G1NA 4EHCA 5P57A 1BBSA 1HTGA 2QD7A 3K5GA 2Q15A 1K1UA 5P2DA 1HEFE 1MIQA 1A30A 4KB9A 5P1NA 2QHZA 4Y51A 4I10A 5P2LA 3L59A 5P66A 5P8TA 3ER5E 5P7OA 2G1OA 5P2BA 5P06A 4KE0A 3EKXA 4LXAA 2FDEA 5P41A 3OAGA 5KQFA 5P3EA 5P0EA 1ZP8A 5P4HA 2XFIA 2RENA 2IRZA 1ZAPA 5P4GA 2FGUA 1YT9A 4HDFA 3S43A 5P5PA 3PVKA 3NDTA 5P3RA 2Z54A 2QK5A 4I0EA 5HE5A 4A4QA 5P7UA 5P0YA 3UCBA 5OYXA 1A8GA 1MT9A 3QRMA 3O9DA 1DP5A 1G2KA 4Y5LA 4FM8A 1D4JA 5P1IA 4H1EA 1HVRA 1LYAB 3Q4BA 3PJ6A 3LZSA 4F74A 2WHHA 4OBFA 3PLLA 3PLDA 4QLHA 2ZJKA 4BEKA 1G0VA 3RVIA 4R5NA 5DQCA 5OZEA 4Y4ZA 5P0SA 5P6KA 1D4HA 1EC0A 2QI5A 5P10A 1YTIA 2FS4A 1VIKA 1MESA 5ENKA 3LHGA 4I8WA 2VKMA 4FRKA 5HE4A 5OZLA 5OZQA 4I8ZA 3FV3A 3OXCA 2ZJLA 1MPPA 5P58A 5P5TA 1HOSA 4RRNA 1RV7A 3PGIA 1EC1A 2QAKA 3K4VA 3UHLA 5P60A 1KJ7A 4Y4AA 5P1RA 3NWXA 3OADA 1Z8CA 4E43A 1HTEA 1MSMA 4ER1E 1SMEA 4NJTA 1XN3A 4R93A 5AH6A 4LP9A 3WZ8A 2ER9E 2V00A 2QI7A 3K5CA 3EL1A 5P7RA 3IA9A 5P4FA 1BIMA 5P86A 5C9FA 1W50A 6FIVA 3BVAA 5COOA 3DM6A 4Y39A 1F34A 4YBIA 5P24A 2AIDA 3G72A 3OU3A 4QJ9A 3ZKXA 1D4YA 4F76A 5P5QA 3EKQA 4U7QA 5P73A 1ZSRA 3D20A 1W5YA 4I1CA 2R43A 3UDRA 5P7HA 5P2SA 3VYEA 1LYWB 4J0ZA 3INFA 4HA5A 1SP5A 3T7QA 2P3CA 2R38A 4ACXA 3R0YA 5FIVA 2HM1A 5P1DA 3PBDA 1C6XA 3BVBA 2O40A 2BPWA 1IDAA 3VCMA 5AGZA 2OHSA 5P7YA 4Y3WA 4J1KA 4J1HA 5P36A 5P5DA 1BAIA 3SA5A 1D4SA 4X7IA 4IVTA 4Y5NA 5P0RA 3ER3E 4YD7A 5P05A 1FB7A 4DPFA 3UDKA 4Y4JA 1BILA 4Y3FA 4GJ5A 3UPJA 5P70A 2APRA 4EQJA 3BUHA 5OZOA 2ZYEA 1B6MA 3PWMA 1D4KA 3S54A 4Y4XA 1GVTA 4YCTA 5P2IA 5P7DA 1EPQE 3PWRA 2F3KA 3OU4B 5P4JA 3A2OA 4RRSA 2VS2A 3BGCA 4OBHA 5P4WA 3L5FA 3TOFA 5SZ9A 4NPUA 4ZPFA 4M8YA 3OUCA 5P54A 3UDQA 5P4UA 4J1CA 3LINA 5P3WA 1IDBA 4FCOA 5P8SA 4Y3ZA 4GJ8A 5OZRA 3D1ZA 3DOXA 4EP3A 4Y9WA 5OZ0A 2G24A 5P5HA 3INDA 1XE5A 5OZ1A 5P1BA 5P1YA 3SA9A 2UY0A 2BB9A 4I0JA 4Y4BA 2BQVA 3KT5A 1DW6C 2VIYA 2AOEA 3NLSA 2QD6A 3PMUA 2FNSA 1XE6A 1SDTA 1FQ6A 5P0UA 2F8GA 3EM6A 1FQXA 5P5RA 5P13A 5P16A 2OHNA 4FGXA 4Y3MA 4YHQA 5P2EA 4KUPA 3O9LB 1KJ4A 1UH9A 1IVPA 5ENMA 4RCDA 5F00A 5P44A 1BDQA 4H3GA 5DR7A 4GJAA 4DJVA 5P8EA 1CPIA 3OXVA 2G22A 3D91A 3OK9A 4J55A 5KAOA 5P2VA 2PK5A 5OYTA 5P6WA 5P49A 5E5KA 4B1DA 4Y38A 3OQAA 4HZTA 5P5LA 3JW2A 4JECA 3ZMGA 5P52A 2VIZA 2ASIA 4MC9A 3D1YA 3LIXA 5P3TA 5P68A 4EYRA 2QI6A 2ZJNA 3QI1A 4Y3TA 5P0PA 3KN0A 4OD9A 5P8QA 3OWNA 2QZKA 4LC7A 1OHRA 2VJ6A 3R0WA 3KM4A 5COKA 5P2JA 2G69A 3OQ7A 4Y44A 4Y3LA 2O4NA 4FM7A 1APWE 5OZ5A 4Y5KA 5HDVA 1ER8E 5P6TA 2P3BA 4R95A 2AOIA 1W6IA 1YTHA 4L7GA 1XL5A 2J9JB 2OHTA 5KOSA 5OZHA 1PSNA 5P4DA 2PSUA 4WY1A 5P8KA 2BPZA 2I4QA 2WEZA 1OEXA 2G1SA 3CIDA 2IKUA 2Q64A 1IZIA 5P2HA 1KJHA 3IXKA 4Y41A 3ZKQA 5P6FA 1KJFA 2FXDA 1FMXA 1ZLFA 4B1CA 5P0QA 2R3WA 3TPRA 3K5DA 3OGQA 2G1YA 1XS7D 2PC0A 3PCZA 5P1GA 5P72A 5P5SA 1LF4A 5P1SA 1HVJA 1FF0C 1HTFA 1SIVA 3S53A 5P6AA 1YM2A 5ISJA 3OOTA 4LXKA 1QBTA 3IVIA 2WF3A 1PSAA 1GNMA 5CLMA 4XKXA 3INEA 2NMZA 5P2NA 2QNQA 1HVCA 2QI4A 1K2BA 1SDVA 6APRE 3KDDA 5P5VA 4JOOA 1E81E 4CPUA 1TSUA 1TCWA 5P4KA 2NPHA 5P2CA 3EKTA 2PH6A 3OU1B 4EQ0A 3QBFA 5P51A 1EBYA 2QMPA 3VYFA 4RCFA 2ZGAA 5DGUA 3KMXA 5OZUA 3U71A 4I0HA 5DQ2A 3CYWA 5P43A 1LZQA 4J54A 3AIDA 4HEGA 2SAMA 1LYBB 3VF7A 1PSOE 4HDPA 2IL2A 5P4SA 2VA7A 4CPTA 1W5WA 1FFIC 2R5PA 2HB3A 1LS5A 3GI4A 1HIHA 5P0DA 5P6SA 3VFAA 3SA7A 3QAAA 2ZDZA 1UPJA 5APRE 5P3XA 5P8FA 5P4CA 3KFPA 1OEWA 2B8VA 2IS0A 4YE3A 5P07A 3URLA 4K4RA 3UTLA 1ZPKA 5P87A 4CPRA 5P78A 4RYCA 2I0AA 5T4SA 5P1FA 4Y5BA 1HVLA 3HLOA 3WB4A 5OYSA 2NXMA 2ZJJA 3HW1A 4B78A 3WSJA 4KE1A 5I70A 5P1LA 2O4PA 5P4BA 1HEGE 4DJRA 1LEEA 4DQFA 1BDLA 4J1IA 2PMAA 4PHVA 4S1GA 2VA5A 3OUDA 5P28A 4TVHA 2QD8A 1TSQA 5P19A 5P6NA 5P7IA 2HC0A 3MSJA 2XYEA 3FNSA 5AHBA 1HVKA 4R8YA 5P1QA 1GNOA 5P56A 4ZE6A 4Y4WA 3OQDA 2Q54A 3UFNA 1TW7A 1D4IA 3PM4A 4QJAA 2G26A 3TKGA 3HDKA 1RNEA 1QBRA 2BKSA 5KR0A 5KQZA 5P4TA 2VJ9A 5P08A 5P0WA 3VLAA 4Y3EA 3OOZA 7UPJA 4Y3SA 5P1XA 2G20A 5KQYA 1YX9A 2XFKA 3PBZA 2JE4A 4EXGA 3GI5A 2AODA 2OHRA 5P27A 2WF2A 5EZXA 1MTBA 5AH8A 5P7PA 1EBKC 4ZPEA 1EPLE 5P8GA 3NDXA 2HPFA 3GGAA 1RQ9A 3JVWA 5OZXA 5P26A 4J1EA 3NUOA 5P6XA 3G70A 4LL3A 5P3YA 1PPME 1NPVA 4GMIA 2HAHA 3HVPA 5P6JA 4B0QA 3HAWA 5P3PA 5OZ9A 1K1TA 5P7MA 5P0VA 1B5FA 3HD8A 2R3TA 3PCWA 4NJSA 2VIEA 1RPIA 1M0BA 2IGYA 3NYGA 5P48A 3FX5A 5P25A 3SM2A 5OYWA 1F7AA 3TNEA 3EMYA 2G27A 1W51A 3KDBA 2AVSA 5DPZA 2VNMA 3SO9A 4Y48A 5P7NA 3EL0A 3QP0A 4Y50A 2O4KA 5OZVA 3EL5A 5P3VA 3O9GA 4TRWA 4Q1XA 4OD9B 5OZ6A 4AA8A 2I4VA 3INHA 3I6OA 1G6LA 4HVPA 3NU5A 2QI1A 3O9CA 3QN8A 2V10C 4FRIA 5P4PA 5KR1A 4GIDA 3DCRA 3EC0A 5P3KA 4DQEA 4YBFA 2WEDA 2IGXA 1B6KA 5P11A 5P3BA 5OYZA 3T7XA 2ZE1A 4RVJA 5P34A 4J0VA 5P71A 1FMBA 4Y56A 3ZPUA 4OBZB 5OZJA 2NXDA 1T7IA 3LPIA 5OZWA 2Q55A 1MUIA 4DQCA 1NSOA 4JPCA 4I0IA 5P31A 5P4EA 4LHHA 5OYYA 1E80E 5P01A 5OZBA 5P64A 5P20A 5P3MA 1K6VA 4DJQA 2OHLA 4YCYA 1W6HA 5TOLA 2FXEA 1MTRA 4MC6A 4Y4GA 5P2AA 4DJUA 3VSXA 1RL8A 1BWBA 3QROA 4DPIA 5OYVA 3PEPA 4J1FA 5P0KA 5P3DA 2IKOA 5P0BA 1EBZA 5P3UA 5P5UA 5HVPA 5OZGA 2AVVA 1EPPE 3QVIA 2QZWA 5P7FA 4N00A 1B6JA 3ZPSA 5P4XA 1MSNA 3TPPA 2ZJMA 3EL4A 5P1JA 5BRYA 3D1XA 3EKWA 3DUYA 3TL9A 4D85A 3OUBA 5OZ2A 1WBKA 4Y3PA 3SA4A 5P80A 4FLGA 4YD4A 5P7JA 5P7KA 1HIIA 1EC3A 3VV8A 5OZ4A 2AOGA 5P82A 1NPWA 3OXXA 2FDPA 4NJUA 4OC6B 4FE6A 3LPKA 4DQHA 4Z50A 4CP7A 2F3EA 2G94A 5EZZA 3I2LA 2WF1A 3SA6A 3EL9A 5P5YA 5JFPA 3TPJA 4M8XA 5P0HA 5I3WA 1PFZA 1AAQA 4Y6MA 2JJJA 4HE9A 4J17A 5DGWA 5IVTA 2V11C 2I0DA 3M9FA 5AH7A 5P1TA 3BUFA 5OZ7A 3NU9A 4ZLSA 1KZKA 2WEAA 4L6BA 1FIVA 4DVFA 5P2WA 5P79A 4EXHA 4Y37A 1ODWA 5P6MA 1XN2A 4DJPA 3CYXA 5P4OA 5P3IA 2VNNA 1HVIA 3TKWA 5P8RA 4J0PA 2FIVA 5P63A 1EBWA 2R9BA 3UQUA 3O9HA 4YOBA 1HWRA 4BFBA 5P17A 4OBJA 3DV5A 4R91A 5JG1A 1Q9PA 5P1UA 5OZZA 4EJLA 5IVQA 3CKPA 5P7BA 1ENTE 4QJ8A 7HVPA 3S85A 5P6VA 4GJBA 4X2LA 5P7TA 1HHPA 4B70A 2HB4A 3TOGA 3QRSA 4BFDA 4Y57A 3CICA 2I4DA 4ZSMA 3HZCA 2FGVA 3KF0A 4Y5AA 2OHQA 3L5EA 2HS2A 4Y54A 5ER1E 4Y3RA 3RTNA 1CZIE 2IQGA 1TQFA 4DJOA 4FAFA 3WZ6A 4OBDA 1MRWA 3BXSA 4FSLA 3O9AA 3HVGA 4Q1YA 3VV7A 1LF2A 5P33A 2BBBA 3S45A 2H6TA 5P1CA 5J25A 4HDBA 3O9BA 1AXAA 3OTYA 3VEUA 3IN4A 3CMSA 3EM3A 3OAGB 3SFCA 5P23A 4J0YA 5P22A 4Y4UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5O A;  4H3I A;  5I3X A;  5P8L A;  5ER2 E;  4OBZ A;  2RSP A;  5P2O A;  3L5B A;  4I11 A;  4PZX A;  3R1G B;  5P7E A;  4D88 A;  4FS4 A;  2P8H A;  5IVR A;  4Y5G A;  2AQU A;  1FMU A;  1M4H A;  2AOJ A;  4Y3G A;  3T11 A;  4APR E;  5P88 A;  3IAW A;  4Y4T A;  3N4L A;  4H3J A;  4L7J A;  4Y36 A;  1DPJ A;  1UH8 A;  4FRS A;  4ZEA A;  3O99 A;  1HPS A;  1HTR B;  4CPS A;  1M43 A;  3LPJ A;  1FFF C;  1SGU A;  5P76 A;  3UDY A;  3ZL7 A;  4QGI A;  3KA2 A;  3UDH A;  4XX4 A;  2P83 A;  1C70 A;  3ZKG A;  2FNT A;  3QRV A;  4XXS A;  5P3A A;  4YOA A;  5HU1 A;  3S8I A;  4F75 A;  3S7M A;  2V12 C;  5P1A A;  3APP A;  1LYW A;  5HDZ A;  2FLE A;  4Y3Y A;  3KFR A;  4D8C A;  2I4W A;  3L58 A;  5OZA A;  3OTS A;  5P53 A;  3K4V C;  2ZHT A;  5P4I A;  2ZJH A;  3OGP A;  4AZY A;  5JOD A;  4Y3D A;  4Y3Q A;  3O9I A;  1AM5 A;  5P4M A;  1XDH A;  5P29 A;  4TRZ A;  5OZF A;  5P39 A;  3BUG A;  5P8N A;  5DR0 A;  2NMY A;  5P6G A;  5P0I A;  5P02 A;  3K5F A;  4RGH A;  2RKG A;  4OC6 A;  5P8H A;  1QS8 A;  5COP A;  2QI3 A;  1T6G A;  3IXO A;  5P8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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