3BGCA

Hiv-1 protease in complex with a benzyl decorated oligoamine
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Achiral oligoamines as versatile tool for the development of aspartic protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bgcA00
3ER3E 3OUAA 3BVAA 3OOTA 1PPLE 4Y3SA 3EKQA 3KDDA 4F75A 1YTGA 5ER1E 5P6OA 5SY2A 5C9BA 1SGUA 3Q70A 3FNSA 5P8VA 4JOOA 1W5VA 4EJDA 5P6MA 1PSNA 2B8VA 2Q11A 5OYSA 5P2IA 1LZQA 4DUSA 2BBBA 3KN0A 4Y5PA 4DJWA 5P6JA 1TSQA 3SO9A 2QI5A 4Y37A 3OUDB 3TPLA 2QP8A 2QD8A 1AM5A 1FFFC 1BWBA 1KJ4A 3UHLA 3SPKA 5IE1A 2H6TA 1BVEA 3IVIA 4EQ0A 5OYZA 5P2CA 5OZ7A 2FMBA 3SABA 3DUYA 4F74A 5P04A 5AHAA 5P8RA 1RL8A 4UPJA 5P44A 1MUIA 3VUCA 2B42A 3EKPA 3KA2A 1LEEA 3EL9A 1M4HA 3OXCA 4DVFA 5P7KA 5P86A 3PB5A 1PPME 3NU4A 3TPRA 1HXBA 5P8TA 4H1EA 1BV9A 2O4SA 3R4BA 3RSXA 2QNQA 1LF2A 3K5FA 1IVPA 1IDAA 1U8GA 4J17A 1HVSA 1HIHA 3O9CA 1LYAB 2Q54A 1RNEA 5P6ZA 5KQYA 4HVPA 3VEUA 1UH8A 2ZJLA 5P4CA 1FQXA 3NUOA 4YOBA 4Y36A 3IXKA 1WKRA 3UQWA 5P59A 4APRE 2QI7A 2FLEA 1QBSA 4IVTA 3UFNA 3PJ6A 1PPKE 3EL0A 5P1TA 5P5FA 2VIEA 5HE7A 2G26A 4Y3PA 5P0PA 2J9KA 5P5OA 2BPYA 5HDZA 4GZFA 1SBGA 5AH9A 2V13A 2G94A 2IKUA 3FV3A 1Z8CA 5DR4A 1YM4A 3LITA 5P1WA 4FE6A 3JVYA 5P5WA 3EL4A 3INEA 1RQ9A 5OZBA 3S43A 5P8UA 4GJ6A 2QI4A 3K5GA 3SM1A 3PI5A 5P0DA 2P3DA 1MSMA 1YX9A 3Q4BA 4HZTA 3ZKMA 5DQCA 1FQ6A 2ER9E 3INHA 3IXOA 1B6JA 5P39A 3HVPA 1ENTE 1ZAPA 5HU0A 3R2FA 2HC0A 5P5QA 4DJUA 1XDHA 3ZL7A 3IXJA 1SMRA 4H3FA 5OYTA 1XE5A 2IENA 1K1UA 1BDRA 4CPUA 1EC2A 5P5RA 2QK5A 1GNOA 1FIVA 3LZVA 1DPJA 1GVXA 4CMSA 1M43A 3T6IA 3UQRA 1HBVA 2F3FA 5P15A 3U6AA 5P1EA 2P8HA 4CPRA 1OHRA 4QJ9A 3S45A 5P5GA 2V12C 5P35A 3LINA 5C9DA 3AUPA 5P73A 4I8ZA 2PK6A 2ANLA 2QMFA 3R0YA 1HPVA 3ZPTA 3QRMA 4Y4UA 5OZYA 5DR8A 3OU4B 1ZTZA 4XX4A 1FMBA 5P4ZA 1TZSA 5P0YA 5P6EA 5JODA 1T3RA 5COKA 5P3ZA 2ZJIA 4Y45A 2HS1A 5OYQA 1MT8A 4LXKA 1TQFA 4OC6A 4YOAA 3RTNA 2NR6A 5P6KA 5P2OA 2ZYEA 3N3IA 4FIVA 5P7UA 2BQVA 1ZPKA 4RVXA 1J71A 3CYWA 4Y3NA 3JVWA 3DOXA 5P26A 5P49A 4OBDA 3EKVA 3MXEA 4YD7A 4X2LA 5OZVA 3BUGA 3PGIA 4YD6A 4GJCA 3VV8A 3PMYA 3O9EA 5P7XA 2O4PA 2F3EA 2PSVA 4JPCA 3KT5A 5OZIA 1PSOE 5P0MA 5P12A 5OZMA 4M8YA 4WTUA 2QHCA 5HDXA 5P07A 3EM4A 5P02A 5AHBA 2PK5A 5P8SA 4I12A 4FSEA 4HDFA 4FCOA 5I3WA 2Z4OA 4Y9WA 1HPSA 4EYRA 5P0SA 3O9LA 4DH6A 3WB4A 4CPQA 5P6NA 5P3HA 5P6AA 4Y3DA 3T3CA 5OZTA 4BFBA 4ZPFA 4J5JA 2F3KA 1C6ZA 5P3GA 5P85A 5P82A 1E81E 3QPJA 4Z50A 2I0DA 5P7GA 3MSJA 4J1HA 5P87A 5OZRA 5OZ2A 1HVCA 2R38A 4OD9A 2P3CA 5P2LA 4PEPA 5P6TA 5P8BA 2HAHA 3QVCA 2HS2A 4Y4WA 1FQ8A 2G27A 5P4MA 3LIQA 4FM6A 4KUPA 3EC0A 5P0GA 3K1WA 4Q1YA 5P7OA 5P5KA 1EBKC 5P3TA 3UDHA 1ODWA 2B8LA 3TOGA 5P0FA 5OZDA 4I0DA 5P4FA 3VYEA 2NNKA 3KDCA 1MESA 3PLDA 5P77A 3URIA 1D4LA 4LAPA 4Y4ZA 3BHEA 4QJ6A 5P72A 3TLHA 4RCFA 3DK1A 1HTEA 4FM8A 5P2ZA 5P6QA 5P8QA 4U7VA 4Y35A 1W6HA 4BEKA 2R3WA 5HE5A 5P55A 1HVJA 1FGCC 3JW2A 3QVIA 4GJDA 4XX3A 2ASIA 4GMIA 5P3QA 4I0EA 3S7MA 2B7ZA 3UDKA 5DR1A 5PEPA 1ZSRA 2PC0A 2VNMA 5DGUA 2QMGA 5P1MA 4I0HA 5P53A 1W6IA 3G6ZA 4BELA 2QMPA 5P1OA 2JYSA 5HE4A 2APRA 2I4VA 1BAIA 5DQ4A 5P52A 4KB9A 5P42A 5KQXA 2ZJJA 2HPFA 1MT7A 3LPJA 2WL0A 5P7CA 5P1NA 3PHVA 4RRSA 5OZSA 4H3GA 2P3BB 2PSGA 1K6CA 4GJ7A 5COPA 1T7JA 5OZXA 2ZE1A 3UPJA 5P8OA 1HTRB 1K6VA 5P64A 3CKPA 5P4DA 5OZAA 1MEUA 3OGQA 5P46A 1KJHA 4RVIA 3O9BA 3BXSA 4OBGA 5P5YA 3L5EA 3VLBA 4Z4XA 1ZSFA 3UDJA 5P4VA 5CLMA 3ZKGA 3CMSA 4M8XA 3PMUA 2FGUA 4R93A 1EEDP 3SA9A 1K1TA 2PQZA 2WF1A 5P75A 3WZ7A 2WKZA 4RCEA 3BRAA 3T7XA 2HB3A 3OQAA 5P3RA 5P4SA 5P3OA 6UPJA 2JE4A 5P4XA 2PMAA 2ZJNA 2AZ9A 2WEBA 3SA8A 4Y39A 1XS7D 5P0JA 2O4NA 5P2NA 1YTIA 5SY3A 4Y48A 2BPWA 3WB5A 4OBKA 3SA3A 1N49A 3NWQA 4Y38A 3VV7A 5P51A 3ZKSA 5KQFA 4Z22A 1HWRA 5P1IA 4ACXA 3CKTA 5P19A 5P2JA 3BVBA 3SA5A 3CIBA 3VLAA 5P7MA 5P0NA 2G1OA 1GNMA 3OADB 3EL5A 4J0VA 4XKXA 4BFDA 1UPJA 2VA5A 3OUDA 2A1EA 4U7QA 4I0GA 3Q3TA 5OZPA 3T11A 4J55A 2NXDA 5UPJA 2QHZA 2UXZA 3PSYA 3I8WA 5P4WA 5P6IA 3IN3A 3INDA 5OZEA 3TKWA 4R91A 5P65A 2R5PA 2AODA 1EC1A 2AVVA 3HDKA 3O9FA 3RU1A 2G1NA 2O40A 3OOZA 4Y3TA 1LF4A 1AJVA 5P2HA 4EXGA 4DV9A 3IN4A 3G70A 4Y4JA 5KAOA 5OZZA 2WJOA 5P5ZA 4DPFA 1MRWA 3NDXA 4Y3HA 1LYAA 2QCIA 4Y53A 1Q9PA 4Y3LA 5OZCA 3D20A 3TOHA 3NSHA 5P7QA 2EWYA 4FGXA 3KDBA 3OHHA 2F8GA 4Y3XA 2I4UA 3DJKA 3HAUA 1E80E 1QBRA 4Y4XA 3IAWA 4K8SA 5P09A 5IVRA 2QI3A 3TL9A 3K4VA 4GIDA 4I1CA 2V00A 7UPJA 3GI4A 4R5NA 4XXSA 5P2VA 1FB7A 4LP9A 1A8GA 5P6DA 2VNNA 1HSGA 3Q5HA 3HW1A 2IRZA 2IS0A 5P4HA 4FS4A 4Y57A 1T7KA 2OHLA 5ISKA 3L38A 1FKNA 3LNKA 3NUJA 4CP7A 1BXQA 2IGXA 5P5HA 5P3YA 1LF3A 4OBFA 4JP9A 3I2LA 3O9DA 2IGYA 3OQDA 1SDUA 4L7GA 1C6YA 1PFZA 5HCOA 4RZ1A 1FG8C 4LBTA 2ZHSA 5P16A 2JXRA 3LHGA 4B0QA 4EJKA 2WECA 5P60A 2P4JA 5P6HA 4AUCA 1GVWA 1D4KA 4J54A 1C70A 3L3AA 3ZKIA 1W51A 5P1ZA 5P69A 4I11A 1B6MA 3QI1A 5P63A 5P8KA 1IZDA 1LYBB 4ER4E 3S85A 4DJOA 5P3UA 4DQFA 2VJ9A 5P4OA 4ZSQA 5P7BA 5SXNA 1LS5A 3L5DA 3GW5A 4L1AB 5P25A 5P4TA 5P3IA 5P5MA 5P23A 5P4YA 2G1YA 2R9BA 4Y4DA 1M0BA 1APUE 3I25A 2FDDA 1META 2PSUA 5DQ1A 3ER5E 5TOLA 2Q3KA 4Y3YA 3VYDA 5HVPA 4A6CA 3QS1A 4CPSA 5P62A 2OHSA 4D89A 5P1HA 5P5DA 4K4PA 5OZ9A 2VJ6A 3OU4A 5P05A 4J1EA 1QBTA 1JLDA 1YM2A 4AA9A 3BGBA 6FIVA 4Y4BA 3TPJA 1EBZA 4J0ZA 3K4VC 5P6WA 5P6SA 3GGXA 2H6SA 3MSLA 4U8WA 2AZ8A 4H3IA 3VF3A 5P6UA 1FEJC 5P1SA 5P4GA 2QI6A 4FAEA 1IDBA 5P34A 5P6RA 5P1JA 4YBFA 2I4QA 2ZGAA 2I0AA 1ER8E 4GB2A 1ZJ7A 5P8HA 1B5FB 5ER2E 5P03A 1HVRA 2PYNA 1AZ5A 3UQUA 5P2GA 2OHQA 5P45A 5P4QA 1AJXA 2O4KA 3OTYA 5P6CA 5OZUA 5P4JA 2NNPA 3WZ6A 4HA5A 3B7VA 3F9QA 8HVPA 3OTSA 5IVSA 4ZIPA 5P0CA 3M9FA 5I3VA 2QNNA 1RPIA 3FIVA 4S1GA 5IVQA 5P5CA 2HIZA 3INFA 4D83A 4R8YA 5P74A 5P7ZA 3S2OA 3EKWA 4Y3JA 1D4YA 5P8GA 4PZXA 3S54A 3OU1B 5P7RA 1FQ5A 5P3AA 2IEOA 5P1PA 2AOIA 1BWAA 1NPVA 3QAAA 3HBOA 3KMXA 3R0WA 5P4LA 5P7FA 3CKRA 1APWE 4EP2A 4GJAA 2OHRA 3L5CA 3I7EA 1LYWB 5P32A 2B7FA 4Y56A 3ZPSA 4CPTA 4Y5KA 5P7SA 2FNSA 3VF5A 3QBHA 2AOGA 3T7PA 3DV1A 2Q64A 6APRE 3TPPA 4OBHA 5P8NA 4LHHA 5P33A 2UY0A 5KR2A 1G2KA 1HEGE 3S8IA 3VF7A 5P7HA 5P0EA 5P0HA 2OHNA 1UH9A 5P2DA 5P79A 1BV7A 4QLHA 2VKMA 2F81A 4JPEA 5OYYA 2XYEA 4K4RA 1K6PA 4ZSMA 3SA4A 4LL3A 2ZJKA 3H0BA 3OWNA 5DR3A 2ER6E 5P1QA 5P7TA 3ECGA 4B1EA 4GJ8A 2OF0A 5P1GA 4B72A 5P3VA 4ACUA 3RSVA 3NR6A 5P3BA 5JG1A 1HXWA 3NDTA 3TKGA 4WY6A 1HIIA 3IGBA 5KOSA 3PVKA 4FRSA 5P78A 4YA8A 3HAWA 5P01A 4J1IA 1ZBGA 3OUCA 3NDWA 3LIZA 5P1RA 5EZZA 5P2SA 4DQEA 4HLAA 4Y5GA 4MC6A 5P18A 4DJPA 2BPXA 5P4PA 1FLHA 5P76A 3OU3A 5P1LA 2P3BA 4R92A 2ZHTA 5P4NA 3B80A 2OAHA 5P14A 5P6PA 3NU9A 3MWSA 5P31A 5P0LA 5P8AA 1EPRE 5F01A 2FS4A 1T6EX 5P08A 3GI6A 5OZQA 2AOFA 3NDUA 3QN8A 2FDEA 1HOSA 4YD3A 2QHYA 1IVQA 2QZLA 3O9HA 5OYWA 1E5OE 3UDNA 5BRYA 2Q5KA 4NJSA 5P3CA 2PH6A 4NJVA 3PM4A 5OZNA 2AZBA 1KJGA 3EM6A 2R8NA 1AVFA 3H5BA 1W50A 2I4DA 4X7IA 2WF3A 2SAMA 4NPUA 1D4HA 3EMYA 4I0IA 5AHCA 2BPVA 3APPA 3SM2A 2PH8A 4OBJA 4J0TA 5P8PA 1BILA 3KFRA 5P1KA 1BXOA 4WY1A 2WEDA 3RVIA 3D91A 1E82E 4B05A 4Q1XA 5P50A 5P13A 3SA6A 4TVHA 5P4EA 2IKOA 2HPEA 5DQ2A 5P2FA 5P66A 2A4FA 1MPPA 1SDTA 4FRKA 4D8CA 2PWRA 2QNPA 5HDVA 3VSXA 3UQPA 4TRWA 2OHTA 5P38A 2BKSA 5OYUA 1BDLA 5P7DA 3EBZA 4KE0A 5P0WA 4Y5CA 3UDQA 5BS4A 3OADA 3TOFA 3DM6A 2FXEA 3PRSA 4NJTA 4MC2A 5P48A 5JFUA 5P4IA 1RV7A 1G6LA 5ENMA 5P2MA 1GVVA 1ZP8A 5AGZA 3VCMA 3TH9A 4JECA 1FG6C 3NWXA 1A30A 2ZJHA 3SKGA 5P7PA 3WZ8A 4RVJA 2CEMA 5P8EA 5B18A 2VJ7A 2G24A 4FRJA 5P3JA 4K4QA 4PYVA 5P3LA 2G21A 1D4JA 5P84A 1FF0C 4RCDA 2J9JB 4Y3QA 3CYXA 2ZDZA 4B78A 1CMSA 5P57A 4I10A 3VSWA 5P3KA 1HVKA 2G20A 1W5YA 5OZFA 2FGVA 5JFPA 5P0VA 2AZCA 5P37A 1HRNA 5P68A 3EKXA 1NPWA 5DPZA 3KM4A 5BWYA 1ZLFA 5P00A 5OZLA 5P4RA 1EPNE 2V16C 4D88A 4EJ8A 1IZHA 2I4XA 5P3PA 1KZKA 3OXVA 5P7YA 5IVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ER3 E;  3OUA A;  3BVA A;  3OOT A;  1PPL E;  4Y3S A;  3EKQ A;  3KDD A;  4F75 A;  1YTG A;  5ER1 E;  5P6O A;  5SY2 A;  5C9B A;  1SGU A;  3Q70 A;  3FNS A;  5P8V A;  4JOO A;  1W5V A;  4EJD A;  5P6M A;  1PSN A;  2B8V A;  2Q11 A;  5OYS A;  5P2I A;  1LZQ A;  4DUS A;  2BBB A;  3KN0 A;  4Y5P A;  4DJW A;  5P6J A;  1TSQ A;  3SO9 A;  2QI5 A;  4Y37 A;  3OUD B;  3TPL A;  2QP8 A;  2QD8 A;  1AM5 A;  1FFF C;  1BWB A;  1KJ4 A;  3UHL A;  3SPK A;  5IE1 A;  2H6T A;  1BVE A;  3IVI A;  4EQ0 A;  5OYZ A;  5P2C A;  5OZ7 A;  2FMB A;  3SAB A;  3DUY A;  4F74 A;  5P04 A;  5AHA A;  5P8R A;  1RL8 A;  4UPJ A;  5P44 A;  1MUI A;  3VUC A;  2B42 A;  3EKP A;  3KA2 A;  1LEE A;  3EL9 A;  1M4H A;  3OXC A;  4DVF A;  5P7K A;  5P86 A;  3PB5 A;  1PPM E;  3NU4 A;  3TPR A;  1HXB A;  5P8T A;  4H1E A;  1BV9 A;  2O4S A;  3R4B A;  3RSX A;  2QNQ A;  1LF2 A;  3K5F A;  1IVP A;  1IDA A;  1U8G A;  4J17 A;  1HVS A;  1HIH A;  3O9C A;  1LYA B;  2Q54 A;  1RNE A;  5P6Z A;  5KQY A;  4HVP A;  3VEU A;  1UH8 A;  2ZJL A;  5P4C A;  1FQX A;  3NUO A;  4YOB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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