3BHEA

Hiv-1 protease in complex with a three armed pyrrolidine derivative
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease in complex with a three armed pyrrolidine derivative
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bheA00
5P4QA 3VSXA 3S45A 3OTSA 2XFJA 4GJ8A 4Y5PA 5P0VA 4IVSA 4Y39A 4COEA 4RRSA 5P6GA 1AM5A 3PEPA 3O9LB 3NWXA 4FL8A 1W5YA 5P6FA 5P55A 2FS4A 5HDUA 2ZHRA 2R3TA 4YHQA 3MSLA 1K1TA 5OZWA 4Z50A 5AHBA 2G20A 4XX4A 4L1AA 1ZLFA 3SA7A 3OGPA 5P1LA 1LF2A 3I6OA 5P20A 4A6CA 4NJVA 3BRAA 5AH7A 5KOSA 5AH9A 5P0WA 5P41A 5DPZA 4D8CA 3PCWA 4JPCA 1SIVA 1PSAA 5P35A 5P17A 3VG1A 1EC1A 3PSYA 3K5CA 1FFIC 5P7UA 5P8CA 4KB9A 4FSEA 5P7IA 3PI5A 2PK6A 5I3WA 5P6RA 2QNNA 1FQ8A 5F01A 2I4WA 7HVPA 4GZFA 5P5ZA 3GGAA 3PWRA 4LXMA 3R1GB 5UPJA 1FKNA 5P0FA 1NSOA 5P2RA 2PSGA 1KJGA 1ER8E 2WF4A 3PI0A 5P0IA 3INHA 2I1AA 2AVOA 3FSMA 2PMAA 1FF0C 1J71A 3EL4A 1ZPAA 2F3EA 1HBVA 5P42A 5P64A 4Y5BA 1HVHA 5P1YA 5P88A 1MT8A 2VS2A 2QI1A 1TQFA 1B6PA 4PEPA 4RZ1A 2WF2A 5OZ7A 4DQHA 1ZSRA 3LIYA 2XFKA 5P37A 5P3GA 2WKZA 1HVSA 1YTGA 1C6XA 2HC0A 5P6DA 3OU3A 3VLAA 3KDCA 5P34A 1PSOE 3OXCA 2V12C 4RCFA 4UPJA 2Z54A 5BWYA 2G1SA 3SQFA 4Z2ZA 1HTGA 2QMFA 2ZHSA 5P1WA 5P8OA 4L7HA 4DVFA 3G72A 5J25A 3QS1A 3ZKQA 4XKXA 4OD9A 3QBHA 3LIVA 1FMBA 4NPTA 5P8LA 4FLGA 5P7VA 3ZLQA 5IVQA 2AZ8A 1W5WA 2NR6A 5P1DA 5P4MA 2MIPA 2V13A 4DJQA 5KOQA 5OZOA 5P3QA 4D89A 3HAUA 4ZSPA 1ODYA 2R5QA 3VF3A 2Q55A 1T3RA 4EXGA 5AHAA 3OXXA 3PJ6A 4JPEA 4R93A 5P2WA 1EAGA 1E81E 2VNNA 3QI1A 1W5VA 4J54A 1MUIA 1HVCA 2P3AA 2QCIA 4Y3WA 4DQBA 2Q64A 2G1YA 3NDTA 4Z22A 2PQZA 4I0DA 5P4PA 1GVWA 1RNEA 5P6BA 3CIBA 2WF1A 5CLMA 1W5XA 2QP8A 2O4PA 1Z8CA 1BWAA 2NXLA 3DUYA 2B8LA 2ZJKA 1SDTA 4HZTA 3RSXA 1ODXA 1T6GA 1W50A 3O9BA 4X2LA 3VUCA 1MTBA 4Y4UA 4EP3A 2QZLA 5P5DA 5P5RA 3PGIA 5P02A 3QPJA 5P7LA 5P4CA 5P6XA 3UDYA 4B78A 4CPQA 1SIPA 4U7QA 5P0PA 1FMUA 1HVJA 2BPZA 1GKTA 5P1PA 1HXBA 4FGXA 3OHFA 4Y38A 5P5GA 5P4KA 4Y3AA 1HPSA 5OZJA 2ZDZA 3KYRA 2CENA 3EL5A 5P07A 5OYRA 5OYSA 2HS1A 3IVHA 5P6AA 1HHPA 4R91A 3SPKA 4DJPA 3OOTA 1T7KA 3KA2A 2IGXA 4EPJA 5OZCA 1EPNE 5P7NA 5P6IA 3ZKMA 3VEUA 5P1XA 4RCEA 4B1CA 1W51A 4YBIA 1FQ6A 1LF4A 5P57A 5P2UA 4R5NA 1C6YA 3WZ6A 4APRE 5P3YA 3L59A 3KN0A 2RENA 2QD7A 2P83A 5P6JA 1BV9A 1HVIA 4HEGA 3S53A 3OY4A 4M8XA 4HLAA 3SM2A 5AHCA 1EC3A 4YCTA 4FE6A 2ZHVA 5P7JA 2HB2A 5OZDA 1UH8A 4HDBA 2JXRA 3GI5A 3LINA 4GJ6A 3HW1A 4AMTA 1HPVA 3WB4A 5P3SA 1TCWA 5PEPA 3TH9A 2CEMA 2BBBA 5P67A 4MC6A 3OU4A 5P09A 3SLZA 5P7YA 5P4TA 2PYMA 5P5EA 4D83A 9HVPA 1LEEA 3UTLA 4KE0A 4Y41A 5E5JA 3RTNA 2SAMA 5P3KA 5P8AA 4ZPGA 3F9QA 1TZSA 3N3IA 4GJDA 3L5FA 5P2NA 1SMEA 3JW2A 5P3HA 5FIVA 5P47A 5P59A 3TOGA 5P4OA 2PH6A 3URIA 5P6TA 1QBTA 4Y48A 5P0NA 3FNSA 3URJA 4YD5A 3A2OA 5P53A 3OOZA 3S2OA 5P40A 3I2LA 3OUAA 2G1RA 1NPWA 4LHHA 5OZ4A 5HE5A 3LIXA 3DOXA 5P49A 2QHZA 3GGUA 1D4HA 1FQ4A 2AZBA 4YOAA 4NKKA 2IKUA 1DP5A 4Z4XA 4Y3QA 4J0VA 1E5OE 5JG1A 4RVJA 3B80A 5HCTA 1SMRA 4EP2A 3SKFA 3C9XA 3GGVA 3UDNA 4J5JA 3PCZA 1E82E 1OD1A 3ZKIA 1Z1RA 2O4SA 2ZJLA 1HVKA 4Q1YA 4I8ZA 3WZ7A 5P5FA 3HDKA 2J9KA 3RU1A 5P7CA 1IZHA 5HDVA 5P6YA 1MT7A 3BVAA 5DQCA 5OZMA 3UQUA 4LC7A 4NJSA 2VA5A 5HDZA 1XL5A 2VJ7A 3VV7A 4LXAA 5P0SA 5P8NA 3OXVA 5P54A 4FM6A 3O9AA 5P30A 5P4GA 3UDMA 2ER9E 5P08A 4YD6A 2P3BA 5P2DA 5DR3A 2OHUA 1BDLA 3GI4A 3OUDB 3GGXA 2PWCA 1TW7A 4Y4ZA 2FGVA 2I4UA 4Y3PA 2I4QA 4M8YA 4JP9A 3UCBA 4EJLA 4ZSRA 2NTRA 4I12A 3QN8A 1LYBB 5P1SA 4GJBA 1YT9A 2G69A 3LIZA 3GI6A 3VYEA 2VIEA 2Q5KA 4B00A 4Y53A 4TRZA 5P86A 4K4PA 4OBZA 5P2KA 5BRYA 2QHYA 5P3EA 3BC4A 3IVIA 2AVMA 3L5BA 1UH7A 1LYWA 3LPKA 1JLDA 1YM4A 3UDJA 3KFPA 5OZVA 3LNKA 2BKSA 3RVIA 4R8YA 1FLHA 3D3TA 1D4LA 1EPME 5P0OA 1KJHA 5OZSA 3VF5A 5P8KA 1EC2A 5SZ9A 5P46A 2BPYA 1LS5A 3NUOA 3NU3A 2JJIA 3L58A 3U71A 5P71A 5P85A 3T6IA 1ZTZA 5P58A 2IS0A 4J55A 5OZRA 5P1FA 1BVGA 4HDFA 4A6BA 4ER4E 5OZTA 5P5VA 4FRKA 2IDWA 4L6BA 1MPPA 4DUSA 2Z4OA 3KT5A 4YCKA 6FIVA 4X7IA 3BUHA 5P6VA 1BILA 4Y3YA 3KDDA 3NU9A 5P78A 2WF3A 2WJOA 5P3UA 3EL0A 2IRZA 1C70A 5HD0A 1C6ZA 3BUFA 4I0HA 1AJVA 5EZXA 3S85A 1B5FB 2ZJNA 4ZPEA 4QLHA 4GYEA 5P2JA 6UPJA 3VCMA 1HVRA 3K4VA 4RVXA 1AAQA 3KT2A 2OHSA 2ZJMA 5P0ZA 5P0GA 3TOHA 5DR1A 3LPJA 1IZEA 3OUBA 2QZXA 4OBHA 5P5XA 4J1EA 5P2GA 5P3TA 5P56A 5P5AA 5P62A 3KFNA 1CMSA 1KZKA 3LITA 2IENA 3O9GA 1B6LA 4YDFA 5AH6A 1KJ7A 2BJUA 2WHHA 1Q9PA 5I3XA 5P24A 5P06A 1FQXA 4YA8A 2OHQA 4DI2A 1LYAB 5P36A 1A9MA 2ASIA 4Y5CA 3ZOVA 2I0DA 3CIDA 4Y5NA 3I7EA 3QBFA 5P10A 4ER2E 5IVRA 4HVPA 3VYDA 4QGIA 5P3AA 8HVPA 4TRYA 2HIZA 3NU4A 5P0HA 3OQ7A 2HM1A 2F80A 3ZPUA 3FIVA 5P75A 2V10C 1GVXA 4I0JA 3CKTA 3TPPA 2AVSA 2ZE1A 3OHHA 5P1QA 1UH9A 5P66A 3ST5A 5P60A 5P2SA 5DQ5A 5P2AA 5ER2E 3UDPA 4CKUA 1HOSA 2G1NA 1PROA 3G70A 5P3FA 2FIVA 4XXSA 4DH6A 2IL2A 3O99A 3IN3A 5HE7A 4WTUA 4PZXA 3OGQA 4RYGA 1SDUA 1XDHA 5P1OA 3UQXA 3R4BA 3PHVA 5P7KA 2QD6A 3DV1A 1HIVA 2G21A 3KFSA 4GIDA 2WF0A 2BKTA 2QI0A 5OZYA 3NXEA 1ENTE 4MC1A 4RLDA 2WEBA 1ZSFA 2OHMA 2F3FA 1APVE 3T7PA 2O40A 1XS7D 5OZLA 3LZYA 3M9FA 2ZJIA 4PZWA 5OYUA 4ZSMA 2AODA 5P7WA 3EKTA 1LZQA 1ZAPA 5KQZA 4QJ9A 3SA6A 4J1IA 2QK5A 3VFBA 5P7PA 3S7LA 5ER1E 5P1ZA 4Y4WA 1A30A 4Y5GA 1M4HA 1M43A 1K1UA 3T7QA 5P4EA 5P14A 1FQ7A 4B05A 1EBKC 2HS2A 1IVPA 4OBGA 3VV6A 4RCDA 3NDUA 4RYCA 4OBFA 1D4SA 5P63A 5ISKA 1HVLA 1W6IA 3O9LA 3UDKA 2OHPA 5P2CA 2CEJA 3MSKA 3FV3A 5P2YA 4CMSA 1A8GA 4Q1XA 3PWWA 4DPFA 2AOJA 4Y6MA 5P04A 5P1BA 2VA7A 3R0YA 5P39A 3QRVA 1BVEA 5P4IA 3B7VA 1GVUA 4K8SA 4I0GA 4Y36A 3DCRA 2UXZA 1KJ4A 1BXOA 5OZ1A 4DFGA 1MRWA 2R8NA 5P7RA 3IAWA 3LIQA 5P8SA 1AXAA 3S43B 5P5PA 2NXDA 4ACXA 5P45A 5P51A 3N4LA 5F00A 3TKWA 5P5UA 3VSWA 1CPIA 1TSUA 5P76A 5P03A 5P1CA 3EMYA 3EM3A 1BAIA 4QJ8A 5P0EA 5HU1A 4FRIA 3OWNA 2AOCA 4CPSA 3BVBA 2FDDA 5OZPA 5P6SA 3UFLA 1EPOE 1MSNA 3NU5A 4IVTA 1K6TA 4QJAA 2FXDA 1B6KA 4ZPFA 3TKGA 5P25A 3HBOA 1FEJC 4Y4TA 4HE9A 3T3CA 3SO9A 3OADB 1XE5A 3EKQA 3WZ8A 1NPVA 3K5GA 1OHRA 4FS4A 4Y9WA 2V11C 5OZGA 3URLA 3OQFA 5P0YA 1FQ5A 3IA9A 4FM7A 5P50A 3WB5A 4EYRA 4J1HA 4H3FA 3EC0A 3OQAA 3NSHA 2QZKA 1VIJA 2AVQA 5P3BA 2B8VA 4DPIA 4OC6B 5OZHA 3VLBA 5P44A 3NLSA 3NUJA 2AIDA 4TVHA 3VF7A 3Q3TA 5P4AA 5KQFA 3EKXA 2VJ9A 5P4BA 4FRSA 1FG6C 4HA5A 1IDBA 1G6LA 1GVTA 5DQ2A 4J0PA 2I4DA 3OU1B 2QU2A 5P5NA 4Y3GA 3LZUA 3RSVA 4WY6A 3S54A 5P3CA 2R38A 2BPXA 2RKGA 5P31A 1BXQA 1G35A 3BUGA 1LV1A 5OZ0A 1U8GA 3APRE 4I1CA 5P3NA 4U8WA 3KMXA 5ENMA 1FG8C 1XN3A 3NYGA 2AVVA 4Y5LA 2PSVA 2I0AA 2O4LA 5P8EA 2JYSA 3QVIA 3PRSA 5P15A 3INFA 2UY0A 4S1GA 1BDRA 2NMZA 5DQ4A 3QIHA 4LXKA 2RMPA 4NJTA 1IVQA 2FXEA 3TPRA 2WECA 3SACA 3S8IA 4RVIA 4Y4EA 4YE3A 5P8DA 4TRWA 5COOA 5P2IA 4NJUA 5P4XA 4A4QA 4Y47A 2EWYA 7UPJA 5OZZA 1F34A 5P5YA 2G22A 3INDA 3CMSA 1HSGA 1G2KA 2G1OA 1CZIE 5P26A 5P5HA 2NNPA 4Y4AA 5P2XA 1N49A 3KM4A 1PPLE 3DK1A 4EQJA 2J9JB 4J17A 4JOOA 5P81A 4LAPA 3QVCA 5HVPA 2VA6A 5P69A 3L3AA 4J1KA 5P1GA 1XL2A 3EM6A 1AIDA 5P33A 4K9HA 4Y3RA 3UQWA 1WKRA 4DQFA 2Q15A 5P8VA 3I25A 1GVVA 1EPPE 3VYFA 2Q3KA 1AJXA 5P77A 5JODA 2QU3A 5P0LA 3EKVA 5P6EA 1BIMA 1K2CA 2BPVA 5P5LA 3ZMGA 3UF3A 3L5EA 4CPXA 4FM8A 4ZIPA 5HU0A 5AH8A 5P73A 4ZE6A 4MC9A 5P6MA 2XFIA 3PMYA 1PPME 3DJKA 5HE4A 2V16C 2ER6E 1BWBA 1EPLE 3R0WA 2PSUA 5P3MA 4Y44A 5P27A 5P68A 2APRA 3DM6A 5P5SA 4Y50A 1EBZA 3T11A 5P4VA 3U6AA 4YD3A 3H5BA 3O9HA 2R9BA 4B1EA 4FAFA 3NDXA 4GJAA 5P8HA 3ZPSA 1K2BA 2AZ9A 4L7JA 4LBTA 2H6SA 1T6EX 2HAHA 1IZDA 3INEA 4I0EA 5CONA 4DJYA 3OQDA 5SY2A 1HSHA 4D85A 4L1AB 2G24A 5OZ9A 4R95A 5P7MA 5P0CA 5P6PA 3HVPA 3OAGB 5P16A 5OZFA 4F76A 1GNOA 5P7OA 5P2TA 2QNPA 2OHTA 1YX9A 2OHLA 5P4RA 4Y3XA 3EKYA 3NDWA 5P7SA 3EBZA 1YTIA 1D4IA 5P1MA 2OHNA 3QP0A 1K6VA 4CPUA 3LZVA 2A1EA 4MC2A 2P4JA 5T4SA 1MEUA 4ZSQA 5KR0A 5P7TA 5OYXA 2A4FA 2IQGA 2BQVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4Q A;  3VSX A;  3S45 A;  3OTS A;  2XFJ A;  4GJ8 A;  4Y5P A;  5P0V A;  4IVS A;  4Y39 A;  4COE A;  4RRS A;  5P6G A;  1AM5 A;  3PEP A;  3O9L B;  3NWX A;  4FL8 A;  1W5Y A;  5P6F A;  5P55 A;  2FS4 A;  5HDU A;  2ZHR A;  2R3T A;  4YHQ A;  3MSL A;  1K1T A;  5OZW A;  4Z50 A;  5AHB A;  2G20 A;  4XX4 A;  4L1A A;  1ZLF A;  3SA7 A;  3OGP A;  5P1L A;  1LF2 A;  3I6O A;  5P20 A;  4A6C A;  4NJV A;  3BRA A;  5AH7 A;  5KOS A;  5AH9 A;  5P0W A;  5P41 A;  5DPZ A;  4D8C A;  3PCW A;  4JPC A;  1SIV A;  1PSA A;  5P35 A;  5P17 A;  3VG1 A;  1EC1 A;  3PSY A;  3K5C A;  1FFI C;  5P7U A;  5P8C A;  4KB9 A;  4FSE A;  5P7I A;  3PI5 A;  2PK6 A;  5I3W A;  5P6R A;  2QNN A;  1FQ8 A;  5F01 A;  2I4W A;  7HVP A;  4GZF A;  5P5Z A;  3GGA A;  3PWR A;  4LXM A;  3R1G B;  5UPJ A;  1FKN A;  5P0F A;  1NSO A;  5P2R A;  2PSG A;  1KJG A;  1ER8 E;  2WF4 A;  3PI0 A;  5P0I A;  3INH A;  2I1A A;  2AVO A;  3FSM A;  2PMA A;  1FF0 C;  1J71 A;  3EL4 A;  1ZPA A;  2F3E A;  1HBV A;  5P42 A;  5P64 A;  4Y5B A;  1HVH A;  5P1Y A;  5P88 A;  1MT8 A;  2VS2 A;  2QI1 A;  1TQF A;  1B6P A;  4PEP A;  4RZ1 A;  2WF2 A;  5OZ7 A;  4DQH A;  1ZSR A;  3LIY A;  2XFK A;  5P37 A;  5P3G A;  2WKZ A;  1HVS A;  1YTG A;  1C6X A;  2HC0 A;  5P6D A;  3OU3 A;  3VLA A;  3KDC A;  5P34 A;  1PSO E;  3OXC A;  2V12 C;  4RCF A;  4UPJ A;  2Z54 A;  5BWY A;  2G1S A;  3SQF A;  4Z2Z A;  1HTG A;  2QMF A;  2ZHS A;  5P1W A;  5P8O A;  4L7H A;  4DVF A;  3G72 A;  5J25 A;  3QS1 A;  3ZKQ A;  4XKX A;  4OD9 A;  3QBH A;  3LIV A;  1FMB A;  4NPT A;  5P8L A;  4FLG A;  5P7V A;  3ZLQ A;  5IVQ A;  2AZ8 A;  1W5W A;  2NR6 A;  5P1D A;  5P4M A;  2MIP A;  2V13 A;  4DJQ A;  5KOQ A;  5OZO A;  5P3Q A;  4D89 A;  3HAU A;  4ZSP A;  1ODY A;  2R5Q A;  3VF3 A;  2Q55 A;  1T3R A;  4EXG A;  5AHA A;  3OXX A;  3PJ6 A;  4JPE A;  4R93 A;  5P2W A;  1EAG A;  1E81 E;  2VNN A;  3QI1 A;  1W5V A;  4J54 A;  1MUI A;  1HVC A;  2P3A A;  2QCI A;  4Y3W A;  4DQB A;  2Q64 A;  2G1Y A;  3NDT A;  4Z22 A;  2PQZ A;  4I0D A;  5P4P A;  1GVW A;  1RNE A;  5P6B A;  3CIB A;  2WF1 A;  5CLM A;  1W5X A;  2QP8 A;  2O4P A;  1Z8C A;  1BWA A;  2NXL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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