3BUFA

Bace-1 complexed with compound 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
391
structure length
359
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSFPDGFWLGEQLVCWQAWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 359
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA02
5P0SA 3OY4A 5FIVA 5P7WA 4J0VA 5C9BA 2O4KA 4Q1YA 1SIPA 3TKWA 5P1TA 3S54A 1XL2A 1FFIC 5P3HA 1HVLA 1MPPA 3O9EA 4Z22A 5SY3A 5P81A 3B80A 2FDPA 3LZUA 1LF2A 3PWMA 2NXMA 5P5WA 2WF1A 4B1DA 2P3DA 2PK5A 5OZLA 3L3AA 3DUYA 4Y5AA 1DMPA 3L38A 5P3VA 2QMDA 1OD1A 3BUHA 5KR1A 4M8YA 4RVJA 1APTE 4Y3YA 4Y56A 2F3FA 3BGCA 4HEGA 4Y36A 5P3BA 1HHPA 5P3DA 4EQ0A 3FKTA 2BKTA 4GJCA 4OBHA 3D91A 3CIBA 5P3XA 2QI7A 3HAWA 3O9CA 4TRZA 3TL9A 1IIQA 3LIXA 3H0BA 1EAGA 4J1IA 2G1YA 1U8GA 5C9FA 5P0HA 5P4ZA 5F01A 1G0VA 5P1SA 2AOCA 3S85A 1BDRA 3OU1A 1QS8A 3WZ7A 5P2YA 5KR8A 4B78A 4H3JA 3VYDA 4RYCA 3NXEA 4DJUA 3VV8A 1HVSA 3L5CA 2PK6A 5P8PA 4ZSMA 4GJ8A 4DJRA 1FF0C 2AIDA 2AVMA 4MC1A 1HEFE 5P6EA 5OZ3A 3I7EA 3FNUA 3O9LB 3D1XA 2OHUA 2FXDA 2I1AA 5P70A 4YOAA 1FMXA 5P06A 5P51A 3SPKA 2B8VA 3T7PA 5HDVA 1HBVA 3EL9A 5I3YA 5P5YA 4DQFA 5IE1A 1KJ4A 3NU9A 5P76A 5OZCA 2P8HA 2FIVA 5P87A 1E81E 2HS1A 3OQAA 2BPYA 4Y3SA 3OXVA 1MSNA 1MT7A 3HVGA 5P6SA 3KF0A 1B6JA 4K4QA 3LHGA 4YOBA 5OYVA 4DJYA 3RVIA 4J1HA 4K4PA 3ZPSA 1MIQA 2ZHSA 3D3TA 3CIDA 4PEPA 2WEAA 4F73A 1XE6A 1APUE 5P4IA 2I4DA 4I0GA 5P15A 3O9BA 5P29A 4JP9A 2OHQA 2A4FA 3Q3TA 1NPAA 2QI0A 4FGXA 5P24A 1EC2A 3G72A 5AH7A 1M4HA 1MESA 3EM3A 4J1CA 5P3SA 5IS4A 3OU4B 5P6BA 2RENA 4FL8A 5HD0A 1FEJC 4GJDA 4YBFA 5P56A 1D4SA 2VIYA 5P2NA 3O9DA 3SAAA 2Q3KA 4Y3GA 2VNMA 1ZLFA 3KA2A 3AUPA 4MC2A 5P7LA 1IZDA 3GGUA 5P03A 5P3WA 4EQJA 5P09A 1F34A 2ER7E 3G70A 2G94A 1ZBGA 5IVTA 1BBSA 1W50A 5P4JA 3SA8A 4L7JA 4HDBA 1EPME 2OHMA 3UDNA 5P2TA 3RTHA 4Y4GA 5P4HA 5P6RA 3I25A 5DR0A 1B6PA 3UQPA 3U71A 2EWYA 2AZ9A 3OHFA 5P0WA 4DQHA 5P23A 1BILA 3FNSA 4Z4XA 4OBZB 1RPIA 3BVAA 5P8KA 1HVRA 5AGZA 4YE3A 3EKTA 3O9LA 3LIZA 2FXEA 4FE6A 2G1RA 4H1EA 1KZKA 1HPXA 4I0JA 1YM2A 1GNNA 5P53A 2FNTA 1TCWA 2P83A 4Y4DA 4Y4BA 4Y3XA 1B6KA 1MUIA 5P6DA 3SLZA 4Y35A 3JW2A 2R38A 4HDPA 3IGBA 2ZHRA 3TLHA 4GJ9A 2NXLA 5P5OA 5P5XA 1MEUA 1WBMA 1PSOE 1ER8E 5P2QA 1A8KA 1FG8C 4Y4EA 3MXDA 3EKXA 3D20A 3PMYA 4GJ7A 5P2XA 5HCTA 4EPJA 5P4YA 5P3QA 2VIEA 5P27A 4D83A 3NDTA 1W5WA 3K4VC 5P0ZA 3WSJA 2AOGA 2VIZA 2QI1A 5P67A 5OZWA 1KJHA 5OZ4A 3PB5A 2HB4A 4CPXA 4EWOA 5P6FA 2P3BB 5P5MA 5J25A 3L5EA 4F76A 2RKGA 5P7JA 4Y5KA 3TTPA 3OU4A 4XX3A 2BPVA 4CP7A 3SKFA 5P69A 2R43A 1TSUA 3U7SA 3PBDA 5P7GA 3N3IA 1YTHA 4FRSA 5P4UA 5BWYA 2ZJJA 5OZSA 5P4TA 5P2JA 3S7LA 3VV6A 4Q5MA 5P1QA 3KDCA 2B42A 3IXJA 4H3FA 4APRE 5P7OA 4ZSPA 2AVQA 2P3AA 3PLLA 5OZMA 4ER1E 4ACUA 3KFPA 4Q1NA 1JLDA 5OZFA 5B18A 5P8IA 3EKPA 1XE5A 5P1AA 5P48A 5P1JA 2OF0A 4Y58A 2XYFA 1LYBB 1HVJA 3L5FA 4JOOA 5P1OA 5OZ6A 4I11A 3CYXA 3OTSA 3S43B 4DJPA 4RYGA 4FRIA 3TPLA 2Q5KA 5P7HA 4CPRA 1HVKA 2QI6A 4Y4UA 3T3CA 5P1BA 1T6GA 5P3EA 4Y5CA 3INHA 3D1YA 3OWNA 1NH0A 4OBZA 4YDGA 2QK5A 3PI5A 4FRJA 2APRA 2BPZA 5P85A 3HAUA 5T4SA 5P43A 2V10C 5P12A 1Z1HA 1T7IA 5OZEA 3VLBA 1EBYA 1ME6A 2OHSA 3DCRA 5P80A 2I4QA 5P5EA 5P8RA 5P2WA 1BAIA 3L58A 5P59A 2FLEA 5BRYA 5P0FA 3WB4A 4I0FA 4Y3ZA 1K1UA 7UPJA 2WEDA 3DV5A 1FLHA 3PHVA 2G24A 2PMAA 3SABA 4QLHA 3UCBA 4X2LA 1PFZA 4RVXA 3BUGA 5P3ZA 3QRSA 5P7SA 1IVPA 1W6IA 1ODYA 4BFDA 2IKOA 1SMRA 4ZSRA 5P8FA 1GNOA 4Y47A 2BPWA 2ZE1A 4HDFA 4OBDA 1PROA 5OZ9A 3EM6A 1Q9PA 1HTFA 5JODA 4NJUA 4I10A 5P6ZA 4PZWA 5P3MA 5P7YA 5P33A 5P4WA 5P20A 3PSYA 2P3BA 2UXZA 4EHCA 5P0GA 3T6IA 5P75A 3SA5A 5P3AA 1HSHA 3TPRA 5ISKA 2AQUA 2WHHA 5P64A 5DR4A 3VFAA 1OEXA 2ZJMA 3SA7A 3DJKA 2O4LA 3OQ7A 2QMPA 3DOXA 5P2ZA 1G2KA 4I12A 1XN3A 1WKRA 3NU3A 2G27A 1GVWA 4H3GA 5P3JA 4YHQA 5P6PA 2WF4A 2R3TA 5DR7A 3R1GB 4RLDA 4TRWA 4Y3WA 5P8AA 3NDWA 3WZ6A 1D4YA 3UHLA 4AMTA 3OQDA 4L1AB 4Y3JA 2Q55A 2Q15A 4Y5PA 4DVFA 2F3KA 2VA7A 5P79A 1FQXA 1LYBA 4RVIA 1MVPA 2Q64A 4J0ZA 4WY1A 3S43A 5SZ9A 2IGXA 3ZLQA 4WY6A 1ZSRA 1MTBA 5P7ZA 5P0XA 1GKTA 4FRKA 5P6MA 4ZLSA 3KFSA 4OD9B 2J9KA 4NKKA 2PSGA 3VSWA 1DPJA 3EKWA 4Y4XA 3QVIA 1AVFA 3QVCA 4QJAA 2FDEA 3UFLA 1XN2A 5OYXA 4EJDA 1K6TA 4ZSQA 4Y3TA 3INFA 5P1XA 5P0VA 2OAHA 5P7RA 4RRSA 3VCMA 5P4LA 3T11A 5P0AA 3PWRA 3VG1A 3SM2A 3EXOA 4J0PA 4Y50A 1ZTZA 5P1ZA 2ZJIA 1M0BA 2IENA 5OZ1A 5P1IA 6APRE 3OHHA 5EZZA 4Y5EA 5P02A 4HZTA 1MTRA 5DR1A 2ZJHA 2OHRA 2V16C 5P08A 4J1EA 5P6YA 5AH9A 3EBZA 1PPME 2QZXA 2PYMA 3I2LA 3R2FA 4M8XA 8HVPA 3OXWA 2V00A 3PCWA 2WJOA 1YTIA 5P5KA 1AJVA 3H5BA 3LINA 4XKXA 5OZYA 4QJ6A 5P5QA 4LL3A 5P8HA 4YBIA 1SP5A 5P1DA 3EKQA 3O9IA 1NSOA 3C9XA 1K6PA 4I0HA 4J1FA 4OBJA 4TVGA 3NU4A 5P3IA 2VJ7A 5P63A 4Y43A 1PPKE 5P6GA 2AOIA 1MRXA 2I4WA 1RV7A 5P8TA 3FIVA 3ER3E 1PSNA 3NUOA 3VV7A 2QP8A 5P1FA 2ZHTA 4L1AA 1A94A 1FQ7A 5OZ7A 2OHKA 2PQZA 3ZKNA 1ZP8A 1DAZC 5P4OA 4ZE6A 3APRE 4NPUA 1MT8A 4F75A 1SIVA 4RZ1A 5P0NA 2OHPA 4A6CA 1HVIA 3DV1A 4R91A 1XL5A 2G26A 2RSPA 1SDTA 1A30A 5P4GA 3URJA 3FX5A 4OD9A 2IS0A 5P4DA 4DJOA 5KR2A 5P5GA 2I4XA 4B1EA 2O4NA 1EPPE 5OZZA 4Y3EA 3Q70A 5JFPA 4EXGA 1C6XA 1CMSA 3DCKA 6UPJA 1GVTA 2B7ZA 5P5IA 5P74A 4OBKA 2HS2A 3INEA 3ECGA 2QZKA 1QBUA 2OHNA 5P0MA 2BB9A 4U7QA 5P2BA 3S7MA 5P4EA 5P5SA 5P35A 5OZTA 1ZAPA 4PYVA 5P6IA 5P7FA 1QDMA 3OXXA 2V11C 1IDBA 5COPA 4RCDA 5P1GA 3BUFA 4AUCA 1EEDP 5P44A 3CKRA 2VA5A 2G1OA 1BDLA 1FKNA 3SA4A 5P7XA 2V0ZC 2ASIA 5P5LA 3KMYA 3UDJA 4K8SA 2R9BA 1HRNA 5DQ5A 4L7HA 3HDKA 4Y3RA 5P1MA 3UDMA 4Y4ZA 4DJWA 2HPFA 3BXRA 2QCIA 1AJXA 4CPUA 3SQFA 3PM4A 5P25A 4NPTA 3GGAA 4RCFA 5OZHA 2V13A 5P8OA 4B72A 4PPHA 5P45A 2R8NA 5HDXA 5P4PA 4J0YA 5P2SA 1ZSFA 3VF3A 3RSVA 2AOHA 3PI0A 5P1VA 5P55A 3NYGA 5P11A 5P41A 5OZRA 4K4RA 2ZJKA 3R4BA 2FNSA 5AHAA 2QHZA 3I8WA 3OUCA 5KQFA 5P8BA 5P3YA 3F9QA 3RSXA 2VIJA 3N4LA 3SO9A 5P7KA 1SGZA 3ZKGA 5P5HA 5P16A 1MSMA 5AHCA 3B7VA 4CPSA 5JG1A 3IA9A 4NJTA 2IQGA 2PSVA 4DUSA 5P7QA 5P5TA 3ZOVA 1AAQA 1SGUA 2BQVA 5OZBA 3KDDA 5P0UA 5P38A 5P2KA 4GYEA 2AOFA 3LIYA 3SACA 3NR6A 2AODA 5I70A 5P73A 4Y9WA 1UH7A 3KYRA 2AOJA 2HM1A 5I3VA 5P7VA 3UPJA 4CPQA 2O4PA 5P71A 2FMBA 5P0CA 2QHYA 5KOQA 1B5FB 4FSEA 5OZVA 5P26A 5P8DA 4Y4JA 1TW7A 5DR3A 3CMSA 5DGUA 1IBQA 4FIVA 1LS5A 3ZKQA 5P8LA 4GJ6A 3OUAA 3EL4A 2O4SA 4FAEA 3VYEA 4PHVA 1LEEA 4B00A 4J0TA 2AVVA 3QBFA 1C70A 2I0AA 5AH8A 5P7IA 3SA3A 5P6LA 5I3XA 5P47A 2HAHA 5P89A 1RL8A 2WEZA 1HTEA 4FCOA 2QHCA 3QPJA 3NWQA 1IZHA 5P8VA 3LZYA 4EJKA 3JVYA 2WF2A 4ER4E 4DPFA 1D4HA 1MT9A 2FDDA 3HLOA 3LPJA 5P5VA 4H3IA 3EKYA 4I0IA 5P4XA 1ODXA 1FQ4A 1HVHA 3RU1A 3VF7A 4OC6B 3BXSA 2A1EA 5P2VA 5COKA 5P4VA 1ZPKA 2HPEA 5P8EA 4Y3FA 3KM4A 2ZDZA 1A8GA 3UDRA 4LAPA 1T7JA 2HIZA 2QZWA 5P6CA 5BS4A 1EPLE 4Y4TA 4Y41A 3GI5A 4EP2A 5OZNA 4TVHA 1LZQA 3ZPUA 3K5GA 3OQFA 5OZGA 1K2CA 3BHEA 4JPEA 1E5OE 4TRYA 2VNNA 4ER2E 5P4BA 4FM8A 1YTGA 5E5KA 4ZEAA 2PYNA 3PCZA 3WB5A 2PSUA 3S53A 1APVE 2Q54A 5OYWA 3VSXA 4FM6A 1YTJA 2QNQA 1HPVA 2F8GA 5P5DA 5HDZA 1UH9A 2IKUA 5P52A 2JJJA 4YCKA 1B5FA 5P40A 2ZHUA 4COEA 2BBBA 3IVHA 2J9JB 5P5FA 4DV9A 3PRSA 5P4SA 5P0BA 5E5JA 4Y3DA 3KDBA 2NMYA 1META 5P78A 5AHBA 3BRAA 4YDFA 4R8YA 3R0WA 5P31A 4KE1A 1PPLE 2BPXA 3UDQA 5DQ1A 1HPSA 4Y5GA 1W5VA 4DFGA 2QD6A 3PLDA 4Y3QA 3EC0A 3S2OA 4GMIA 2IEOA 1LV1A 4Y4AA 2WKZA 1TCXA 5P7UA 1M43A 3O99A 1XS7D 1ZJ7A 2QI4A 3OOTA 4QJ8A 5P4FA 5TOLA 4KB9A 5P57A 3GI4A 3L59A 3HVPA 5OYQA 4R92A 3OUDA 5P8NA 3UQXA 2F80A 2R5PA 5OZOA 5P6XA 5IVQA 1SH9A 1BV7A 5P72A 3NXNA 1E82E 5OZ2A 2BJUA 1YM4A 1D4IA 3PWWA 4OC6A 5ER1E 2VJ9A 1TZSA 5P86A 3TOFA 1HIIA 2ZYEA 3PMUA 4Y3PA 5P2OA 3PJ6A 3S8IA 5KAOA 5P7PA 4EXHA 4JPCA 5OZUA 5P5RA 1Z8CA 2AVOA 4Y37A 1G6LA 5HE4A 4KUPA 5OZPA 5P2GA 3GGVA 2AOEA 1D4JA 3HBOA 4K9HA 2IGYA 5P0QA 1E80E 1BIMA 5P0YA 3UQWA 1EPOE 5P4AA 5P2UA 4DH6A 3KMXA 2WF0A 4D89A 4Y5LA 4GJBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0S A;  3OY4 A;  5FIV A;  5P7W A;  4J0V A;  5C9B A;  2O4K A;  4Q1Y A;  1SIP A;  3TKW A;  5P1T A;  3S54 A;  1XL2 A;  1FFI C;  5P3H A;  1HVL A;  1MPP A;  3O9E A;  4Z22 A;  5SY3 A;  5P81 A;  3B80 A;  2FDP A;  3LZU A;  1LF2 A;  3PWM A;  2NXM A;  5P5W A;  2WF1 A;  4B1D A;  2P3D A;  2PK5 A;  5OZL A;  3L3A A;  3DUY A;  4Y5A A;  1DMP A;  3L38 A;  5P3V A;  2QMD A;  1OD1 A;  3BUH A;  5KR1 A;  4M8Y A;  4RVJ A;  1APT E;  4Y3Y A;  4Y56 A;  2F3F A;  3BGC A;  4HEG A;  4Y36 A;  5P3B A;  1HHP A;  5P3D A;  4EQ0 A;  3FKT A;  2BKT A;  4GJC A;  4OBH A;  3D91 A;  3CIB A;  5P3X A;  2QI7 A;  3HAW A;  3O9C A;  4TRZ A;  3TL9 A;  1IIQ A;  3LIX A;  3H0B A;  1EAG A;  4J1I A;  2G1Y A;  1U8G A;  5C9F A;  5P0H A;  5P4Z A;  5F01 A;  1G0V A;  5P1S A;  2AOC A;  3S85 A;  1BDR A;  3OU1 A;  1QS8 A;  3WZ7 A;  5P2Y A;  5KR8 A;  4B78 A;  4H3J A;  3VYD A;  4RYC A;  3NXE A;  4DJU A;  3VV8 A;  1HVS A;  3L5C A;  2PK6 A;  5P8P A;  4ZSM A;  4GJ8 A;  4DJR A;  1FF0 C;  2AID A;  2AVM A;  4MC1 A;  1HEF E;  5P6E A;  5OZ3 A;  3I7E A;  3FNU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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