3BUFA

Bace-1 complexed with compound 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
391
structure length
359
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSFPDGFWLGEQLVCWQAWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 359
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA02
5OZUA 2BJUA 5P35A 5P3FA 1FB7A 5P8VA 2ASIA 5P68A 4JOOA 4I0IA 4EP2A 5SZ9A 5P07A 5P88A 1W50A 1DMPA 4BEKA 3RSVA 4ACXA 5IS4A 4GJ7A 3BGCA 3PSGA 1HWRA 1XE6A 2P8HA 1IZDA 1EBKC 5OYVA 3OGQA 1E82E 4YD7A 2B8VA 4H3JA 5P5VA 2ER6E 1BDRA 2FDDA 2PSGA 3SPKA 3AUPA 5AH7A 3LIZA 5PEPA 5EZXA 3GI4A 4TVGA 5P2RA 5KR2A 3O9BA 3WZ7A 1HIHA 2WF1A 5P39A 4Z22A 3EKYA 2P3AA 3D3TA 1KJFA 3SM1A 3L5EA 5P3JA 1SDVA 2I0DA 3PSYA 5P5GA 3NSHA 2VIEA 2PYMA 3VCMA 1UPJA 1T6EX 5OYWA 5P43A 5P7NA 4QJ2A 5DR0A 2ZHUA 3UDPA 1BDQA 2AVQA 1QS8A 3LINA 5OYYA 3QBHA 3OADB 2FMBA 3OU4B 4Y4UA 5DR7A 5P26A 5P5NA 4X2LA 3RTNA 4I8WA 2QZKA 5P6HA 5P41A 5JG1A 4ZEAA 3BGBA 5P1ZA 4R95A 5P30A 4Y5AA 5OZDA 4B77A 5OZ6A 5OZPA 2ZYEA 2G94A 4QJ6A 4R8YA 2HPFA 2R3TA 5HDXA 2G24A 2HIZA 5P2OA 4EJLA 4YBIA 4YD3A 1DAZC 4Y5LA 4B1EA 3ZKSA 5P04A 4FAEA 3JVYA 3PGIA 1GVTA 4J17A 2AOGA 4OC6B 5P8LA 5P1KA 3QIHA 4F74A 1PSNA 4NJVA 3T7XA 3SA4A 4PPHA 4GJBA 5P5TA 5P0JA 3VV7A 1BIMA 4MC1A 3EM4A 2QU2A 2QI4A 1G0VA 1PFZA 3PWMA 3S43B 1B5FA 4A4QA 3TPLA 1HTRB 3O9LB 2A1EA 3T7QA 3S56A 3KFNA 3GI0A 1B11A 3MWSA 2HS1A 4U7VA 3KDBA 1KJGA 2HB4A 4GYEA 2CEMA 5AH6A 5OZWA 3QVIA 2PSUA 5P47A 2QP8A 5P3CA 2UXZA 2BPXA 5KQYA 5ENMA 1GNOA 1TZSA 2WL0A 1ZPKA 3CKRA 5P2FA 5P4JA 4L6BA 1SMEA 5P5IA 1AIDA 3D1ZA 2QD8A 1GNMA 5OZKA 1MTBA 3INDA 1LS5A 2ZJHA 4QJ9A 3B7VA 1E81E 3I8WA 3UCBA 2RKFA 2G27A 3VF5A 4J0TA 3BUFA 1HVHA 2NR6A 2OHNA 1IBQA 5OYSA 4A6BA 3KYRA 4FRSA 5P4RA 3UTLA 7HVPA 1IZEA 3EKVA 4OD9B 4GMIA 5P3IA 3NXEA 1AM5A 5P1BA 4GJ6A 5DR1A 5P84A 5DQCA 5P2ZA 5KOSA 3FNTA 3S2OA 4YDGA 1SIPA 1FF0C 5P6BA 2FS4A 5P7LA 4FSLA 3SFCA 4Y47A 3K5CA 3NWQA 1HPVA 5OZZA 1RL8A 2F3FA 5EZZA 2F8GA 1HVSA 1HVKA 4GJAA 4Y3XA 4GB2A 2RKGA 4I0HA 5P7KA 1APUE 5P7ZA 2QD7A 3URJA 1TW7A 4NJSA 1RNEA 2IEOA 4EQJA 4GJ9A 2VA5A 5P3BA 5P2TA 5P3XA 5P8MA 3ZMGA 3EKWA 5P0FA 4OBGA 5P2UA 4Y3FA 4ZSPA 4Y3AA 2VJ9A 3LPKA 4OBKA 3S45A 5P1IA 4RVIA 1BILA 3NDXA 5P2KA 3BC4A 2NNPA 5P1JA 3OWNA 4EP3A 3T3CA 5P1YA 2ZHTA 1CPIA 4XX3A 3I25A 5P19A 4Y3DA 5OZFA 4FLGA 1YM4A 4Y4TA 1GVXA 4H1EA 3OK9A 1LF2A 5IVTA 1A94A 4M8XA 1HXBA 2AIDA 4TRYA 3URLA 3FNUA 1A9MA 3K5FA 5P60A 3I6OA 4JP9A 5OZEA 3OOTA 3PWRA 1HVCA 4Y3LA 5P8NA 4ZSRA 5P6XA 5P6JA 4ZE6A 3S7LA 5P5EA 5P79A 3UFLA 3PI0A 3SLZA 4Y50A 4Z4XA 5AGZA 4DJYA 5P3TA 5P4PA 1BVGA 5P18A 4Y39A 3OADA 3OU4A 4ZSMA 5OZ9A 2ZHVA 5P0KA 5AH8A 1IZIA 5P5LA 4Y48A 5OZSA 2P3DA 2PK6A 4J5JA 2WF0A 3LPJA 5P4MA 5P27A 1XL2A 4Q1YA 3QRSA 5P0PA 5P2AA 3ZPSA 3IXJA 2I4XA 5DR8A 5T4SA 2PYNA 1QBSA 1MEUA 4YOBA 2NMYA 4Y3JA 3FNSA 1TQFA 3MXDA 5OZ4A 2B42A 4LAPA 5IVRA 1T3RA 3NU5A 3UDHA 3VF3A 4Y41A 4OC6A 4FIVA 5P7HA 2V16C 5DR3A 3KM4A 1KJ4A 3T11A 3CMSA 4J1FA 3EC0A 3I7EA 3ZPTA 4Y5KA 5P0YA 1EBZA 5P67A 5P74A 1AJXA 5HU1A 5P7GA 5P0NA 3DV5A 2NXLA 4JPCA 1OHRA 5AHAA 3AIDA 3K1WA 3S43A 5OZNA 5P80A 1XE5A 1HVLA 1ZP8A 3O9LA 3INHA 2I4WA 3KA2A 1YTHA 2R43A 3RTHA 5P6YA 2QCIA 2AVVA 3OHFA 2XFKA 4D88A 5P6EA 5P37A 3PJ6A 2Q3KA 5P54A 1F7AA 1W5XA 5OZOA 3RSXA 5OYXA 4F75A 1ZTZA 3KMYA 4Y3NA 1U8GA 1TCXA 2VIJA 1ER8E 2Q54A 1A8GA 4EJKA 3KT2A 5P7BA 2FIVA 4PZXA 5P8QA 1FMBA 4R93A 3Q70A 6FIVA 3URIA 2AOCA 3VYFA 2VS2A 4Y3PA 5AHBA 1HOSA 1YTGA 2QMDA 1HXWA 2QU3A 1G2KA 1W5VA 1XN3A 3U71A 1KZKA 4OD9A 1ZLFA 2AZBA 4EPJA 3VLAA 4J1CA 2QMPA 1M43A 4RCDA 4ACUA 2Q63A 4RVXA 1BXOA 4ER2E 1B6JA 5P06A 5P16A 5HE5A 3HVPA 4DQEA 3TKWA 2I0AA 5P4HA 2JJIA 2VJ6A 4CPWA 4L1AB 5P4FA 1A8KA 3IGBA 4IVTA 5P78A 2QD6A 2JE4A 1FKNA 2VJ7A 5HE7A 5P8BA 1CZIE 4EJ8A 1MERA 2AQUA 4HE9A 1PSAA 3BXRA 5P4XA 2V13A 5P2EA 1FFFC 5OZIA 4MC9A 1FLHA 4TRZA 5P4BA 1OEWA 1MIQA 5P4DA 3EM3A 3NDUA 2G26A 2OF0A 5DQ5A 4WY1A 3L5DA 5P58A 5P3ZA 3B80A 2AODA 2PWCA 2IS0A 4CPXA 4ZPEA 2OHRA 3HBOA 2RSPA 4NJTA 2APRA 3BVAA 5E5JA 3VF7A 5P5ZA 1QBUA 5KR0A 3ER5E 3UDRA 3KN0A 5P8CA 5DQ2A 2IQGA 2QAKA 3PMYA 1Z1HA 3OUCA 1C6ZA 1LYWA 5P0CA 4U7QA 4Y3QA 1SDTA 3OQKA 3S54A 3DOXA 4EHCA 5P2WA 4DJPA 4EXGA 3EL5A 5P01A 2HM1A 5DQ1A 5P10A 5P7VA 1K2CA 3MXEA 2NPHA 5P4ZA 2R38A 1K6VA 3L58A 2A4FA 5P0HA 5P1UA 5P25A 4Z2ZA 4Y4XA 1XDHA 2EWYA 5P1SA 5P8EA 2IENA 4S1GA 3HD8A 3NR6A 1HVIA 4ER4E 5P15A 2ZJKA 5P0IA 2G1YA 1T6GA 4DUSA 2BBBA 5P71A 4Y3HA 3T6IA 5P1PA 4J1HA 1IZHA 3GGXA 3K4VA 3QRMA 3S8IA 2CEJA 1LEEA 5P3KA 1EC1A 1W6HA 4H3IA 5P56A 2ZE1A 1EPPE 5P3NA 1WKRA 3LIQA 1LF3A 4LL3A 4Y45A 4I0EA 5IVSA 2XYEA 5P3LA 2WEDA 1DPJA 3PM4A 3OXVA 2J9JB 5JODA 1HPSA 3S53A 4EXHA 3DJKA 4J0ZA 4D85A 4Y51A 4LXMA 1UH7A 1MESA 4KE1A 2G1NA 3PVKA 1K6TA 4DQCA 5P7QA 5P24A 4Y56A 2R3WA 3NDWA 1PSOE 5OZVA 3PCWA 1C6YA 3PCZA 3D91A 3OQAA 5P03A 3DUYA 2I4VA 1D4LA 1MRXA 1PPME 2Z4OA 3OUDB 4NKKA 5P4VA 3SA3A 2B7ZA 3PBDA 4OBZB 3O9FA 4LXKA 4I0FA 3QN8A 4Y3RA 4FAFA 3VLBA 3ZOVA 3LIYA 1C6XA 4FL8A 5P5AA 5P0LA 3G70A 2QI3A 2WF4A 5P7AA 2G1RA 1D4HA 1APWE 5IE1A 1IDAA 5P76A 3NUJA 2O4PA 2ZGAA 4Y4GA 5P4QA 5KQXA 5DGWA 5HDZA 5P0XA 3OUAA 1C70A 2JYSA 1FIVA 5P8OA 2BPZA 2F3KA 2NXDA 1YTIA 3WZ8A 5P77A 5P0AA 3EMYA 5P6KA 1HHPA 1ZPAA 5OZ0A 3UQWA 5P2CA 3ZL7A 5P8AA 4Y57A 4AA8A 2QI5A 5OZAA 4J54A 3OU1A 1MVPA 2AVOA 5P17A 5P8GA 3LHGA 3BRAA 1EPME 4YA8A 1B6MA 4BFDA 5DR4A 5P5HA 5P02A 1F34A 2P3CA 2PH8A 3OHHA 1N49A 3DV1A 4Y5MA 5P64A 3EBZA 4B00A 4B05A 3EL1A 4DJOA 5I3VA 3GGUA 2AOHA 1ODYA 4K8SA 3D20A 3PB5A 3NU3A 1SGZA 1FMUA 4A6CA 4GJCA 2ZJNA 3O9DA 3L5FA 3ZKIA 2WKZA 4L1AA 1GKTA 5HD0A 4DV9A 4GJ5A 4Y3EA 5P59A 3SABA 5P0OA 1HTGA 5P2QA 2R5QA 3HW1A 2R8NA 5HVPA 3L3AA 1ZSFA 1Q9PA 2MIPA 1WBKA 1BBSA 3K4VC 5P3WA 2P3BA 5P45A 2AZ9A 4EJDA 3SKFA 4DQBA 5P3HA 1MSNA 3G72A 2VA6A 3ZKXA 2G20A 1QDMA 1SIVA 2QI6A 2IL2A 3TPRA 3TTPA 3GGAA 3LZSA 4LBTA 5P5RA 2XFIA 3SA8A 2OHLA 3DM6A 4I11A 4YE3A 3Q6YA 4RGHA 2PC0A 5P5JA 5P7MA 1MTRA 5P6GA 4J1EA 5P4SA 4Y3TA 3UDYA 4Y43A 4B72A 2QMFA 3LZYA 5P0BA 3F9QA 3R2FA 4K4RA 4HDFA 1JLDA 3GI6A 3OUBA 4MC2A 2BPVA 5KOQA 2HPEA 4QJ8A 2R5PA 4Y5PA 1HTFA 4WTUA 4DJVA 3O99A 1YM2A 4LHHA 1BVEA 2O4LA 5P7RA 3NU9A 3UQXA 2FXEA 4J0VA 3EKPA 3IAWA 2QHZA 4Y3GA 5OZJA 2AZ8A 1RV7A 3D1XA 3SA5A 3KMXA 5C9BA 5P7FA 4F76A 2BQVA 1Z8CA 5KR1A 4KE0A 1KJ7A 4D8CA 4RRSA 4GJDA 1OD1A 1K6CA 1WBMA 3TH9A 2WF3A 2I4DA 5AHCA 4Y5BA 1EC0A 3PLLA 5I70A 4FRIA 5P8PA 3VV6A 3RVIA 4BFBA 5P3AA 2VIZA 4Z50A 2OAHA 5P5DA 3ZKQA 1ODXA 4PEPA 5P75A 1LYBB 3PI5A 2ZHSA 5P8IA 5P62A 3EL4A 3BHEA 1FQ8A 3SO9A 3LIXA 5B18A 5P1LA 3SAAA 1ODWA 2BB9A 5P7EA 5P7CA 3K5DA 5OZ2A 4B0QA 3O9HA 3UFNA 4FM6A 1MT7A 4Y54A 2ZHRA 3ZKNA 2J9JA 4YDFA 5P7YA 1TSUA 5P3MA 4RCFA 2OHQA 5E5KA 4N00A 2FNSA 4Y5NA 3ST5A 4LP9A 3KT5A 5P6QA 1FQ7A 5P8KA 5OYZA 1XN2A 5F00A 1D4SA 5P1XA 1EPLE 1G35A 3UDMA 5P2NA 2QI7A 4Y6MA 3PWWA 4YD6A 5P6SA 3U7SA 4OBZA 4Y3YA 1RQ9A 5P5KA 4GIDA 5P57A 5TOLA 3UDJA 5P6MA 5P4IA 1FG6C 5COOA 2HS2A 1E5OE 1TSQA 1EC2A 3HVGA 5P20A 5I3XA 2OHMA 2O4SA 1SBGA 3TPPA 1ENTE 3PLDA 5P6ZA 1EEDP 2PMAA 2H6TA 2G21A 2NMZA 4L7GA 5P00A 1AXAA 2O4KA 3NDTA 3PHVA 5P6NA 1T7JA 4DFGA 3KDCA 1HIIA 2IGYA 2IDWA 2P83A 5P61A 3CICA 3N3IA 3SM2A 4ZLSA 1BWAA 5P1QA 2ER9E 2WHHA 4Y5CA 5P1VA 5P7SA 3QROA 4NPUA 5P6TA 4D89A 5P2YA 2B8LA 2WEAA 5P1EA 3ZPUA 4AMTA 2QI1A 3OXWA 3OU3A 3DK1A 3CKPA 5DGUA 3BVBA 5P5BA 4HEGA 3Q5HA 1LYAB 3PRSA 3UF3A 3L38A 2UY0A 3I2LA 3OY4A 4K9HA 1HSIA 5P1RA 3TOFA 3UHLA 4Y3MA 4Y35A 5P0UA 4DJQA 5P2SA 2V10C 4YD4A 2Q15A 3QPJA 5P0EA 1NPWA 5P4NA 5P3DA 2QI0A 3L5CA 4DJWA 5P8JA 3FSMA 3OGPA 3SKGA 1K2BA 1EBWA 5OZBA 5J25A 2AOJA 4RVJA 3VEUA 1K6PA 3GI5A 5C9FA 3TOHA 1EBYA 4Y58A 5P3SA 2WJOA 3TNEA 5P1GA 5P6AA 1MPPA 5P0TA 1FQ4A 5P0MA 3EKQA 4KB9A 4NJUA 4AA9A 3DCKA 4Y3ZA 2PSVA 4APRE 1LF4A 4Y5GA 3QAAA 1M4HA 4DQFA 1BAIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZU A;  2BJU A;  5P35 A;  5P3F A;  1FB7 A;  5P8V A;  2ASI A;  5P68 A;  4JOO A;  4I0I A;  4EP2 A;  5SZ9 A;  5P07 A;  5P88 A;  1W50 A;  1DMP A;  4BEK A;  3RSV A;  4ACX A;  5IS4 A;  4GJ7 A;  3BGC A;  3PSG A;  1HWR A;  1XE6 A;  2P8H A;  1IZD A;  1EBK C;  5OYV A;  3OGQ A;  1E82 E;  4YD7 A;  2B8V A;  4H3J A;  5P5V A;  2ER6 E;  1BDR A;  2FDD A;  2PSG A;  3SPK A;  3AUP A;  5AH7 A;  3LIZ A;  5PEP A;  5EZX A;  3GI4 A;  4TVG A;  5P2R A;  5KR2 A;  3O9B A;  3WZ7 A;  1HIH A;  2WF1 A;  5P39 A;  4Z22 A;  3EKY A;  2P3A A;  3D3T A;  1KJF A;  3SM1 A;  3L5E A;  5P3J A;  1SDV A;  2I0D A;  3PSY A;  5P5G A;  3NSH A;  2VIE A;  2PYM A;  3VCM A;  1UPJ A;  1T6E X;  5OYW A;  5P43 A;  5P7N A;  4QJ2 A;  5DR0 A;  2ZHU A;  3UDP A;  1BDQ A;  2AVQ A;  1QS8 A;  3LIN A;  5OYY A;  3QBH A;  3OAD B;  2FMB A;  3OU4 B;  4Y4U A;  5DR7 A;  5P26 A;  5P5N A;  4X2L A;  3RTN A;  4I8W A;  2QZK A;  5P6H A;  5P41 A;  5JG1 A;  4ZEA A;  3BGB A;  5P1Z A;  4R95 A;  5P30 A;  4Y5A A;  5OZD A;  4B77 A;  5OZ6 A;  5OZP A;  2ZYE A;  2G94 A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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