3BUGA

Bace-1 complexed with compound 3
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
388
structure length
357
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 91
structure length 357
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bugA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bugA02
2NMYA 5P4PA 3LZVA 4ZIPA 1A30A 2Q3KA 4QGIA 4WY1A 3LIVA 1ZTZA 5P1SA 2BPWA 3LPJA 5OZFA 2WF0A 5FIVA 3ZKXA 3KFSA 4DQHA 2WJOA 2QP8A 2QMDA 3OUAA 4Y4TA 3HBOA 4PZXA 3OHHA 5P1QA 8HVPA 3N4LA 1IVPA 1GKTA 1XDHA 2XFIA 2AVSA 3VF3A 5CLMA 1LYAB 3K5DA 5P50A 2G69A 2R43A 5DR0A 2WEZA 3RSXA 3QVCA 3O9BA 5JFPA 1APUE 5APRE 1HVIA 3OUCA 5P74A 1HPXA 5P0FA 2OF0A 4NJVA 3D91A 4Y4UA 4YD6A 4Y4WA 5OZ4A 5P0QA 3S54A 5DGWA 5P13A 2P83A 1EPPE 4Y3LA 5P5DA 4AA8A 1N49A 1FB7A 1RV7A 3MSLA 4Y9WA 3RTNA 5IE1A 2PH8A 1YG9A 5P0ZA 5P4XA 2BB9A 1HTFA 3UF3A 1META 1Z8CA 1YTJA 5P2OA 4TVGA 3OTSA 1AVFA 4D88A 2HB4A 5SY2A 2V11C 3VFAA 2VJ9A 4FRJA 3RSVA 5P6YA 2I0DA 4QJ7A 4M8YA 4Y3DA 5P2JA 5P5OA 4YOBA 1BXQA 1FMXA 3NUJA 4YE3A 3URLA 2SAMA 4Y4GA 3L59A 4A6CA 1G6LA 3G6ZA 3LNKA 1DP5A 3DM6A 2OHMA 1SH9A 5P1KA 1SBGA 4ACUA 2UXZA 2QHYA 1HIVA 4DH6A 2HB2A 4Y3XA 5P2LA 5P1MA 5P26A 3IXKA 3EKQA 1D4JA 4J0VA 2ER0E 4COEA 1HTRB 3BVBA 5OZJA 3C9XA 1BVGA 1IZEA 1KZKA 4ZSRA 4YHQA 1FKNA 1HOSA 5P0CA 4FAEA 2AODA 1BILA 3LITA 1EBYA 3OUDB 4GMIA 5P4SA 5OZNA 4HZTA 5P4IA 4TRYA 3SACA 1SMRA 3OXVA 4Y3YA 5B18A 3CICA 3EL9A 5P6AA 3VV8A 5COOA 3OHFA 2PMAA 5P8JA 2ZE1A 4XX4A 1QDMA 4J17A 5P4UA 4NPTA 1BBSA 4I0FA 4GJ5A 1HRNA 5P4BA 5P5JA 3KDBA 2NMZA 3BGBA 5P28A 5ENKA 4J54A 4EJ8A 5P8BA 3ZKQA 3BUFA 1EPME 4Q1YA 5OZZA 2BJUA 4Y56A 3OK9A 1SDUA 5P3NA 3OQ7A 3KDDA 5P4WA 3T6IA 5KQZA 3O99A 5OZPA 3UDJA 1XE5A 3O9EA 5P5IA 3S2OA 1SGUA 1G35A 2BPZA 5P6DA 4TRWA 2J9KA 4L7GA 3ZKMA 2QI6A 1FIVA 1WKRA 2ZJJA 4F73A 1K2BA 3TPJA 5P27A 3OOTA 4Y4AA 5OZXA 1RNEA 4RGHA 1M43A 5P8KA 5P5MA 1HTGA 3SAAA 5OZ5A 1C6XA 5P3JA 4Y50A 3RU1A 4Z2ZA 3IAWA 1VIKA 3INDA 3FX5A 2PSGA 3NLSA 3VYFA 4DQFA 5E5KA 5OZIA 1BAIA 1EPNE 1FQ4A 4J1KA 5P7HA 2WHHA 4GJBA 1IDBA 5P3TA 4NJUA 2G21A 3PHVA 4YDFA 3OADB 5AGZA 5P0GA 1QBSA 5P5YA 3CIBA 4OC6A 2VJ6A 4LXMA 2OHLA 3DOXA 1QS8A 3LZUA 1A94A 2OHQA 5P0KA 2FGVA 5P1GA 1E82E 2PWCA 5P73A 4OC6B 5OZAA 4R92A 1W5WA 2QZWA 4EPJA 2P3BA 4CPQA 4GJ7A 1YM2A 4DI2A 4XXSA 5J25A 2F3FA 4CPXA 3K5GA 2H6SA 4DQBA 4DQEA 1BXOA 2P4JA 1OD1A 3BRAA 5P4MA 4LXKA 3FV3A 3LHGA 4Q1XA 1C6YA 5P15A 2AOJA 3TKWA 1SIVA 5P7LA 4Y6MA 3S43B 3DCRA 2G1NA 3QPJA 4ER4E 5P5AA 2HC0A 3O9LA 4YBFA 1MERA 5SY3A 3VSWA 1KJ4A 4R93A 3GGXA 4JPEA 1HVHA 5P29A 2P3DA 1TSQA 2J9JA 5P8UA 3UDNA 5P7DA 1JLDA 3NWXA 4Q1WA 5OZTA 5OZWA 5BRYA 5P42A 5HE4A 3K4VC 5P1JA 3R2FA 5OZKA 2R3WA 3T7PA 4J1FA 1PFZA 5P04A 3S8IA 1D4SA 2G26A 5HD0A 2OHTA 5P1FA 4Y3HA 1QRPE 4CPWA 2Q15A 4ER1E 1HTEA 4LC7A 2WL0A 4R5NA 4EHCA 5HDVA 2NXMA 2UY0A 3PMUA 4L6BA 4Y51A 2QHCA 4H3GA 5P4QA 3SA7A 1B5FA 2ZJLA 3CKTA 1W5YA 4Z22A 4LHHA 5P1NA 1SGZA 5P2ZA 5P0BA 2HIZA 4Y58A 3DV5A 1B6JA 3QIHA 5HCTA 7HVPA 3ECGA 1APVE 4MC1A 2FXDA 5P1HA 3NDTA 3I6OA 3T7XA 3UFLA 5P70A 5P00A 3EKWA 5P44A 1IZDA 1FQXA 2IKOA 3SPKA 4I1CA 5P3FA 4XKXA 4B1EA 4Y3WA 3NSHA 1FQ5A 4HEGA 2A4FA 1HSIA 1YTIA 3VF5A 1MRXA 3EKTA 4Y44A 3VLBA 1EPRE 3OQAA 3UDPA 5P25A 3OU1B 3WSJA 2ZJIA 2IGXA 5P89A 3IGBA 1IZIA 3URJA 4I0DA 2Q11A 1LEEA 2NNPA 3UQRA 5P6GA 3EKPA 1XL2A 5OZMA 4APRE 2AZ8A 4D83A 2BKSA 1FQ8A 5OYVA 2NXDA 3JVWA 4B0QA 5P8DA 5P6HA 4I8ZA 3TH9A 2PK6A 2P3CA 1F7AA 3HLOA 5P53A 3OU4A 3R4BA 4EP2A 3D1XA 5P69A 6FIVA 1T7JA 1LYBB 4EQ0A 3U71A 1K2CA 3KYRA 2WF1A 1A9MA 1WBKA 2G94A 3PSYA 4Y4EA 5AHBA 4ZSMA 1B11A 3QRSA 5OYQA 1DMPA 3B7VA 3GGAA 1FG8C 5P7QA 5BS4A 1HXWA 5P6LA 1T6EX 1MT8A 1MT7A 3EL0A 5P5FA 5OYTA 1ENTE 3KFRA 4CMSA 2FS4A 5DPZA 1MSNA 4J0ZA 3S56A 5OZVA 2ZGAA 2JJIA 2O4NA 2F3KA 1MVPA 3BVAA 5P3IA 5P1YA 4Y3TA 5P2NA 5P1LA 5P4JA 2VIEA 2I4WA 2I4VA 1AAQA 3TPRA 4YOAA 2AOEA 4Y3PA 3WZ6A 1MEUA 4I12A 3PBDA 5AH6A 2IRZA 3SA3A 3OXXA 4FM7A 5SZ9A 4LP9A 4BFDA 2VIYA 3LIYA 1MIQA 1FFIC 3QN8A 3PWRA 3SA8A 3IXJA 3L3AA 1HBVA 3U7SA 4DJYA 3CKPA 1EC1A 3PB5A 1F34A 4LXAA 2NPHA 4D89A 4YDGA 3O9HA 4RVXA 3LIXA 1U8GA 5P31A 1MT9A 4HE9A 3KN0A 5P2XA 2ZHUA 1DAZC 2VIJA 4HVPA 5P6FA 4Z50A 3SA9A 3M9FA 2HPEA 3SKFA 5P68A 3DK1A 2AZCA 1MSMA 5ER2E 5OZ3A 1B6KA 2FDDA 1E81E 2VA5A 3Q5HA 2IL2A 5P0XA 1BV7A 2G1OA 2B8LA 5P1WA 3T7QA 5P7PA 4FL8A 3NDUA 3MSJA 1HPOA 5DQCA 5JFUA 1ZSRA 5ISKA 4YD3A 2QI1A 5P2BA 2OHNA 5P72A 1CMSA 3ZOVA 1KJ7A 1GVUA 3QRVA 5P7SA 4H3IA 3R0WA 1TSUA 5P75A 3CYWA 4FCOA 5T4SA 5P32A 1LS5A 2ZYEA 4I8WA 5OYRA 1XS7D 2QD8A 3PEPA 5I70A 4Y4BA 1SIPA 2ZJMA 1FFFC 2NNKA 5P3GA 3UHLA 2Q55A 3QVIA 1LV1A 1ZBGA 4FRKA 3U6AA 1HVKA 2WEDA 3FIVA 4JP9A 4YCTA 4PHVA 1YTGA 2VIZA 4B77A 5HE7A 2V16C 1FQ6A 1FGCC 5P06A 3VLAA 5P7UA 3OAGA 5OZ2A 3GI0A 1KJHA 4J1HA 5P4KA 5P0AA 1BDRA 4RVJA 3SABA 5P6XA 2QZXA 3ZMGA 2G1SA 1MPPA 2IEOA 2WEBA 4Y43A 1RL8A 2I4XA 3DJKA 5P7YA 4Y45A 2RKFA 3O9CA 5P0UA 5P0YA 4Y3JA 2VA6A 5P6PA 3ZPSA 1LYWA 5KOQA 5P1AA 3EM4A 3PBZA 2QD7A 3WB4A 5KOSA 4HDPA 4Y5PA 1LF2A 4R95A 2RKGA 5HTZA 5P4NA 5P4OA 4YD7A 5P45A 3PCZA 4Y5AA 4DJRA 1GVTA 1HPVA 5P4LA 4XX3A 2QD6A 3EKXA 4K4RA 5P3RA 3SA6A 5KAOA 5P5VA 5DR1A 4Y38A 5P35A 2AZ9A 2PH6A 3HAUA 5P82A 3CYXA 2PYNA 5P0PA 4Y3FA 4Y41A 3ZKNA 4CKUA 1TW7A 1IBQA 1W6HA 3NU5A 2NTRA 2IGYA 5C9FA 2BPVA 5I3XA 3QBHA 1YT9A 5AHAA 5P63A 3IN3A 5DQ2A 3D3TA 5P81A 3OGQA 5P01A 2RSPA 1Q9PA 5P8PA 3OGPA 4RRSA 5P5TA 4N00A 5DR8A 3UDMA 3VYDA 2AZBA 2PWRA 4Y3NA 2H6TA 3NDXA 4RCEA 5P7TA 2Q64A 3MXDA 5P5HA 4AUCA 5KQXA 2QU2A 2FIVA 4B1CA 2OHRA 2OHSA 3BXRA 3D1ZA 1XN3A 3NU4A 1GVVA 5P16A 5P4EA 5P3OA 1EEDP 1W51A 4Y35A 4RZ1A 1LZQA 4ZPFA 3INEA 5P7IA 5P1XA 1EC2A 3VCMA 1DPJA 1K1UA 1EAGA 3UDYA 2AVVA 5AH9A 7UPJA 5P8QA 5OZBA 3VSXA 5OZ7A 5P7AA 3GW5A 2ER7E 2EWYA 3O9AA 1EC3A 4ZPGA 3TKGA 3SFCA 1HHPA 2FMBA 5P7BA 2JJJA 3GI6A 3NUOA 2V13A 2HB3A 5P1TA 1D4LA 4FM6A 4M8XA 3O9DA 4RYCA 4Z4XA 1UH9A 2WECA 2QZLA 2I4UA 3PSUA 5P6SA 5P8MA 3H5BA 3OOZA 5P5BA 2F3EA 3TLHA 3VEUA 5P7ZA 4Y57A 4OBFA 2XYFA 4Y5MA 1K1TA 1C70A 3BUGA 1B6PA 2MIPA 1W5XA 1MESA 5P6WA 2I4QA 1BDLA 1SMEA 5EZZA 3G70A 5EZXA 5P5CA 1T3RA 3NR6A 5P8NA 2R38A 1HSHA 3O9IA 3WZ8A 4F76A 3I8WA 4QJAA 4PZWA 3QS1A 4K8SA 3EM3A 4HDBA 4JOOA 3PVKA 1PSOE 2RENA 3IVIA 3KFPA 5ISJA 3LIZA 4OBGA 3S7MA 3SLZA 2V12C 3UTLA 5F00A 3FNUA 3L38A 1UH7A 1DIFA 5P85A 3URIA 5P3EA 3WZ7A 1PSNA 4RRNA 1EPOE 2VKMA 5DGUA 2P3BB 4ACXA 5P1OA 1HVJA 1KJFA 2PQZA 4EJLA 3SQFA 1PROA 3K4VA 3UQUA 1HVRA 5P5NA 1TQFA 1A8GA 2R5PA 1APTE 4QJ9A 3AUPA 3NU9A 5P3YA 2OHUA 5P7EA 5P5UA 5P12A 3IN4A 2AOCA 1MUIA 1OEXA 2I1AA 3O9LB 3ZKGA 5P1VA 4L1AA 5P86A 5P7RA 5HE5A 4DPFA 1K6TA 1NPAA 3BXSA 5OYWA 5P6IA 4QJ8A 1SP5A 2ANLA 2J9JB 5P5WA 3EMYA 5P0NA 5TOLA 3NXNA 3EXOA 1NH0A 1MTRA 4OBZA 5P43A 3OQDA 1NPVA 5OYYA 5P6OA 4GIDA 1LF3A 5P4FA 2ZJKA 4YCKA 4KB9A 5P56A 5P2EA 1B5FB 3HD8A 4QLHA 2G20A 2QK5A 2JYSA 4PPHA 9HVPA 1CZIE 4B05A 3PWWA 4YBIA 5ENMA 4L7JA 3SA4A 4Q5MA 5HVPA 3F9QA 4DV9A 3EL5A 5P0EA 3BGCA 1G2KA 1IZHA 1HVCA 2IQGA 5P03A 4EP3A 3OQFA 3ZKSA 4B72A 5P58A 1BVEA 5OZ1A 4Y5BA 5P2WA 1SDVA 1OHRA 5P3MA 4HDFA 3OY4A 4YA8A 5P09A 1WBMA 4FRIA 3PLLA 5P7VA 5P8OA 4LBTA 1IVQA 1LF4A 2QNPA 2O4KA 4FM8A 4GJ8A 3VV7A 2QI4A 5OZDA 5P52A 2F8GA 2PSVA 5OYXA 5OZUA 4OBHA 3PRSA 2QMPA 5P77A 5HU0A 2QU3A 5KR8A 4Y4ZA 5P7KA 4EXHA 2BBBA 4Y3QA 4J0YA 4RCFA 5P3BA 2IKUA 3PJ6A 5P7JA 2ER9E 4DJOA 4APEA 3OU4B 3DUYA 1HWRA 2BPYA 3ER5E 5P4DA 2CEMA 2ZHVA 2ZHTA 4K4PA 3UDRA 1DW6C 1T7IA 4PYVA 3PSGA 3UPJA 5P02A 4Y3GA 1FLHA 3I7EA 3GI5A 5P11A 4K9HA 2F81A 5P8EA 2G1RA 3QAAA 1YTHA 4ZE6A 5P48A 6UPJA 2ZJNA 5P6NA 1OEWA 3N3IA 4QJ2A 4Y3RA 5P7CA 5OZOA 5OZRA 2WF2A 1Z1HA 2JE4A 3DV1A 2R3TA 5P62A 2VS2A 2I4DA 4MC9A 5P2GA 5P3HA 1ME6A 5OZSA 4AA9A 5P8LA 2AVOA 3EM6A 4MC6A 5P0RA 3KM4A 5P51A 5UPJA 5P2YA 2B8VA 1GNOA 4Y3MA 5P4TA 3NU3A 3RTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMY A;  5P4P A;  3LZV A;  4ZIP A;  1A30 A;  2Q3K A;  4QGI A;  4WY1 A;  3LIV A;  1ZTZ A;  5P1S A;  2BPW A;  3LPJ A;  5OZF A;  2WF0 A;  5FIV A;  3ZKX A;  3KFS A;  4DQH A;  2WJO A;  2QP8 A;  2QMD A;  3OUA A;  4Y4T A;  3HBO A;  4PZX A;  3OHH A;  5P1Q A;  8HVP A;  3N4L A;  1IVP A;  1GKT A;  1XDH A;  2XFI A;  2AVS A;  3VF3 A;  5CLM A;  1LYA B;  3K5D A;  5P50 A;  2G69 A;  2R43 A;  5DR0 A;  2WEZ A;  3RSX A;  3QVC A;  3O9B A;  5JFP A;  1APU E;  5APR E;  1HVI A;  3OUC A;  5P74 A;  1HPX A;  5P0F A;  2OF0 A;  4NJV A;  3D91 A;  4Y4U A;  4YD6 A;  4Y4W A;  5OZ4 A;  5P0Q A;  3S54 A;  5DGW A;  5P13 A;  2P83 A;  1EPP E;  4Y3L A;  5P5D A;  4AA8 A;  1N49 A;  1FB7 A;  1RV7 A;  3MSL A;  4Y9W A;  3RTN A;  5IE1 A;  2PH8 A;  1YG9 A;  5P0Z A;  5P4X A;  2BB9 A;  1HTF A;  3UF3 A;  1MET A;  1Z8C A;  1YTJ A;  5P2O A;  4TVG A;  3OTS A;  1AVF A;  4D88 A;  2HB4 A;  5SY2 A;  2V11 C;  3VFA A;  2VJ9 A;  4FRJ A;  3RSV A;  5P6Y A;  2I0D A;  4QJ7 A;  4M8Y A;  4Y3D A;  5P2J A;  5P5O A;  4YOB A;  1BXQ A;  1FMX A;  3NUJ A;  4YE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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