3BVBA

Cystal structure of hiv-1 active site mutant d25n and inhibitor darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of the Active Site D25N Mutation on the Structure, Stability, and Ligand Binding of the Mature HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease (Retropepsin)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bvbA00
1QRPE 2QMPA 3D1XA 1DMPA 1F7AA 3VV6A 2G22A 4FGXA 3L5FA 2I4QA 4XX4A 3PRSA 3SKGA 5HD0A 2FXDA 1BV7A 1RPIA 5P6BA 2HIZA 3LHGA 3L5EA 1HSIA 3UFNA 1W5YA 4UPJA 2AIDA 3TNEA 1QS8A 4H1EA 3UHLA 5P3SA 3QI1A 1FLHA 5P5JA 5HU0A 1GVVA 5P2IA 5P1QA 4Q5MA 5P1FA 3APPA 4RCFA 5P8DA 4Q1XA 5OZ2A 5P27A 5P1GA 2FMBA 4L7HA 2WF1A 3OQFA 2J9JA 4OBJA 5P6CA 4Y5EA 5P4DA 3PBZA 4Y5PA 4Y4AA 5P73A 2BPXA 4Q1NA 4ZLSA 4J54A 5P4UA 3S85A 4J55A 3HVPA 3O9HA 2V13A 4I0IA 5P2OA 1A9MA 1ZPAA 5KR0A 3NU3A 5P8KA 5P8NA 4CPQA 4YD3A 4QLHA 4FRJA 3CKPA 5P63A 2JYSA 5P7VA 2HPEA 3KFSA 5C9FA 3U71A 3LPJA 3G6ZA 4Y3XA 5P3GA 2WEAA 3O9LB 3S43A 4S1GA 4Y4JA 5P6YA 3OAGA 5OZJA 1E80E 2QZLA 1PPLE 3PWRA 4Y5MA 3IGBA 5IE1A 4Y4WA 3DV1A 4DJXA 4Y9WA 5P7FA 3EKXA 4QJ2A 3H0BA 5P26A 3OK9A 2HS2A 5OZHA 5P86A 2QMDA 1HEGE 5SY2A 3EM6A 3KN0A 3BUHA 2FGUA 1K6TA 4RLDA 3URIA 4GJ9A 5OYZA 3GGVA 5P3MA 5P0JA 2O4SA 4AZYA 2HM1A 1ZPKA 3ZL7A 1MEUA 5P7OA 3BC4A 2CEMA 4DQHA 4OBZB 2VKMA 2R9BA 4Y3PA 5P34A 1LF4A 5P14A 5P61A 4B77A 2QHYA 6APRE 1FGCC 3KYRA 5P2EA 1IZEA 3Q3TA 2OHPA 5P29A 3WB5A 4DPIA 1HPXA 1G2KA 2PC0A 4Y48A 1K2CA 4R95A 1PROA 2WEBA 2WF2A 5P1ZA 1FQ6A 2JXRA 3QIHA 3TOGA 5P1OA 4GYEA 4LBTA 3VYDA 3NWQA 3SA4A 1FG6C 5P7XA 5P65A 2I4DA 5P87A 2EWYA 2AVVA 3GGXA 5P71A 1EBWA 4K4RA 1E5OE 4Y54A 4JPCA 2AVSA 5KAOA 2B7ZA 3K5DA 5DQ5A 4ZSRA 3EKTA 5CONA 2G21A 1AAQA 5P74A 3HW1A 1Z1HA 2A4FA 1HRNA 4H3GA 4Y4EA 2G24A 5OZIA 3CIBA 4ER1E 3ECGA 1F34A 4IVSA 4L1AB 4YD4A 5P01A 2HS1A 5P36A 1SDTA 5P6FA 4HEGA 2G1SA 3S8IA 3VYFA 5P5EA 2VNMA 3T7QA 5P46A 5IVRA 2BPWA 4A6BA 1BXQA 2PH6A 4Y3YA 5P6RA 2V11C 2XYFA 3PI5A 2A1EA 1EPPE 4Y3FA 2XFKA 5P1KA 3T3CA 4LL3A 5OZMA 5P06A 5P6AA 4X2LA 1FG8C 2P3BA 3D20A 1VIKA 3O9BA 1GNMA 2XFJA 4BELA 1EPOE 3NDXA 5OZEA 4M8XA 1FMXA 3UQRA 2ZE1A 1HVIA 1FB7A 4Z22A 3HDKA 1MPPA 7UPJA 2IS0A 5P1HA 2AQUA 3KFNA 3OUDB 3QVCA 3SLZA 3OHFA 2ZJMA 3O9CA 2ZJJA 4YOAA 4OD9B 2JJJA 4N00A 3Q6YA 3PHVA 4BFBA 3OUAA 2Q5KA 5P4ZA 5OZVA 4OC6B 3RU1A 4K4QA 1LS5A 1SP5A 3BGBA 4HVPA 2QMGA 5P8CA 5P35A 5P81A 1ER8E 3QPJA 5P4RA 1EPQE 4Y58A 1HVCA 4Y36A 2OHSA 1M43A 2HB4A 3FSMA 1LV1A 4E43A 1IZIA 5P03A 4EPJA 5OZPA 3PGIA 5P31A 1B5FB 5UPJA 4FE6A 1EPRE 4ZPFA 3BUFA 5P0BA 3PSGA 5P1MA 5OZTA 4CPSA 4J5JA 2V00A 4D89A 1XS7D 5P64A 3UQXA 5P3TA 2B8VA 3NU6A 5OYXA 1BDLA 3PCZA 3G72A 1SDUA 3UDMA 5DR7A 1APUE 2G69A 2BB9A 1K1TA 5ER2E 2BQVA 4L7GA 4Y5KA 2AOFA 2O4PA 2P4JA 5P55A 3L38A 1DW6C 1XN2A 2AZ9A 1MRWA 3O9AA 5OYTA 2AZCA 5P25A 5P24A 1HPVA 5P5TA 4GIDA 3SKFA 3OXXA 1ZLFA 2AZ8A 2QHCA 3OADB 3O9FA 2IQGA 5P8QA 4Y45A 3TKGA 2WEZA 1E81E 5OZQA 1Z8CA 2ER9E 1UH7A 4BFDA 5P56A 5P4LA 3S53A 5P67A 1T3RA 5P59A 4Y5GA 5DQ1A 2VJ7A 3LZVA 5P39A 2I4XA 2FLEA 5P5OA 5P1EA 3AUPA 2NXMA 4Y5AA 4ZPGA 2F3KA 3SQFA 5KQFA 1W51A 1BDQA 3UF3A 2IEOA 4GZFA 2BBBA 4FCOA 3LIXA 5P1DA 3PB5A 3D1ZA 1IDAA 3DOXA 1A8GA 4YD5A 3SFCA 4K8SA 4NJTA 4EQ0A 3UDRA 5P5DA 2QZKA 2O40A 5I3WA 5IVSA 5P1WA 3EKQA 3L58A 4DQBA 2V10C 4U8WA 2FIVA 5DPZA 2PYNA 4KE0A 4DPFA 3L3AA 2MIPA 5KQXA 1ODYA 5P44A 2IGXA 3PMYA 5OYQA 5P7JA 5P50A 1XN3A 4FAEA 5OZGA 3RSVA 5P5IA 4I0ZA 1SIPA 5P62A 4R93A 4Y3HA 4GJ7A 2VIZA 3EKVA 4B05A 2CENA 4CMSA 1T7KA 5P2AA 3VSWA 3VLAA 4FRSA 2ZJNA 1FF0C 4Y3GA 3D3TA 3K5FA 3NU4A 3VUCA 1IZHA 1MESA 3MSJA 1PSAA 3BHEA 5COKA 3OU4B 5P49A 1LYAB 1PPKE 2PQZA 5AHAA 1HVJA 2UPJA 4J1IA 5B18A 4PHVA 3NWXA 4TRYA 1W5VA 4A6CA 5OZZA 2VIJA 2WF0A 2G26A 4I0EA 1UH9A 5I3VA 5P1VA 2O4NA 4QJ9A 6FIVA 4L6BA 1B6MA 3TPPA 3SA5A 4FL8A 4EJ8A 3C9XA 3O9LA 3URLA 5P7YA 1AZ5A 2O4KA 4I12A 5DGWA 2V12C 4FRIA 3OGQA 2OHMA 4CPTA 5C9DA 2ER6E 4FS4A 5P19A 2Q63A 3LINA 5P4MA 5P0PA 5P23A 2HAHA 5T4SA 1HVLA 5P3RA 5P4AA 3PCWA 2XYEA 4MC6A 5P0MA 5OZKA 3NR6A 2QZWA 2NNPA 4Y3SA 1T7JA 5P75A 5OYWA 5HTZA 3TH9A 2V16C 3F9QA 2P8HA 1RQ9A 5P6EA 3KFPA 5P7CA 5P3YA 2AZBA 3K4VC 2J9KA 1GVXA 3ZMGA 4OBZA 4DJUA 4DUSA 1ZBGA 2G1OA 2PWCA 5P3JA 2OHUA 5P8FA 5P5YA 5KOQA 5OYUA 1D4JA 3OXWA 4HDFA 3TPJA 1LYWB 5P6KA 5P8RA 3EKWA 3LPKA 1A30A 3IXJA 1EPME 4LXKA 5P6TA 1SH9A 5P0EA 1EBYA 4GJBA 1DAZC 3ZKMA 1BIMA 3CYWA 5P09A 1APWE 4JP9A 5P6HA 5P6MA 4YCYA 5P7UA 2WL0A 1FQXA 4AA9A 4YDGA 4ZSQA 5OZUA 2JJIA 3VG1A 1KJHA 4Z2ZA 3ER5E 5OZSA 3U6AA 4DJQA 5P7IA 1HWRA 5P80A 3QVIA 2Z54A 4I10A 5P2WA 1TSQA 2QU3A 5DR8A 3O9DA 5OZ0A 3HVGA 3UDJA 4Y41A 3T11A 4ACUA 3OU1B 5P18A 3KT5A 5KR2A 3S54A 1XL5A 5P2SA 4L1AA 1C6YA 2OHTA 4LC7A 5FIVA 3NUJA 1HHPA 4EP2A 1KJ4A 3G70A 5I3YA 2PYMA 5P5BA 4GJ5A 4QJ6A 5P1CA 3NXEA 1HPSA 4WY6A 4FM8A 3UFLA 1PFZA 4L7JA 2HB3A 5P1LA 5P00A 4JECA 1HVHA 3R4BA 4LHHA 4Y4DA 5OZAA 1HXBA 3Q70A 5OZCA 5E5KA 5HCOA 3R0WA 4ZSMA 1HVKA 5P3ZA 2VA5A 1KJFA 1FQ4A 5COPA 5P6JA 3FKTA 5J25A 2AOGA 4QJ8A 5SZ9A 1ODXA 2F8GA 3ZPUA 2F3FA 4XKXA 5OZ3A 5P5HA 3TOHA 1C70A 2QI0A 1UH8A 3PSUA 2PSGA 1BVEA 2Q3KA 3OUDA 3OU3A 3SM2A 4WTUA 3NDTA 2QI1A 2ZDZA 4JPEA 4JOOA 3IN4A 3KM4A 4YHQA 4MC1A 5P76A 1MT8A 2NMZA 5P41A 4OC6A 5P7PA 3UDKA 4TRZA 2AOHA 4PZXA 5JG1A 1BXOA 4I0HA 3SABA 2O4LA 4QJ7A 4Y4TA 2G27A 4DJOA 1BWBA 2PWRA 2VIYA 3SA6A 1LYBB 4Q1YA 1HVSA 3BXSA 4EHCA 2R8NA 4OBFA 4Y5BA 5P8BA 2ZHVA 1IDBA 1EPNE 3RSXA 3OQ7A 1SBGA 5OZRA 1PPME 3DJKA 1B5FA 1W50A 2WF4A 4PYVA 4I0DA 2AVOA 4NKKA 1K6VA 4RYGA 3DK1A 5P6NA 2HPFA 1IVQA 3ZKNA 4Y4UA 1UPJA 5P4WA 5P4BA 1U8GA 4Y3MA 4CPXA 5HDXA 4GJCA 4RRSA 5P7HA 1TQFA 4EWOA 3OOTA 2G1RA 3HLOA 2NTRA 4J1HA 5P1PA 3D1YA 5P12A 1K2BA 3VF7A 4RVIA 5AH8A 3PSYA 1EC0A 2RMPA 3OHHA 5HDUA 3IVIA 2FNTA 2NNKA 5P8PA 3APRE 3N4LA 5TOLA 3PVKA 5ENKA 4GJ6A 4AMTA 3PLDA 5P7MA 2J9JB 5P0KA 4OBDA 1DIFA 3I25A 5I70A 5P1NA 3IXOA 5DGUA 3QAAA 1QBSA 5P40A 3OADA 5HCTA 5ISJA 2ZHRA 1MSMA 1TW7A 3QN8A 5HE7A 5HDVA 9HVPA 4H3FA 3OGPA 3RTNA 5P02A 1HIVA 1EBZA 1FMUA 3H5BA 5P0HA 5P8JA 5KR8A 3KT2A 1SIVA 5P6GA 2Q15A 2IENA 4DJWA 4YBIA 4FM6A 1FFIC 1ZAPA 1N49A 3OWNA 3KMXA 5P57A 3S43B 5P6XA 4I0GA 5P5VA 4ER2E 5DR3A 1HEFE 1CZIE 1ENTE 1QDMA 3MWSA 2WHHA 1A94A 1D4KA 3OQKA 5P2ZA 5P1YA 3UPJA 3INDA 4CPRA 4Y3RA 3OOZA 1C6ZA 5OZ7A 3JVYA 3INEA 5P0RA 4Y4ZA 5P5NA 3N3IA 5P2DA 5P8VA 1BAIA 4FM7A 1MERA 3LIVA 5DQCA 3FV3A 2VA7A 5P3AA 3GGUA 4RCDA 4ZIPA 3NDUA 5AHCA 1K6CA 2R38A 3S45A 2QNPA 4QGIA 2G1YA 4J1CA 5P2VA 1ZSRA 4DFGA 4RRNA 3OUBA 5AHBA 4B78A 2QNQA 1HTGA 5P84A 5P0ZA 2ZYEA 4I0FA 5HU1A 5P4PA 3KF0A 3INFA 1GKTA 1GVUA 2ANLA 5P5AA 4Y37A 1HPOA 1W5WA 5P0CA 5I3XA 2R3TA 3PWWA 1TCXA 3L5BA 2VJ6A 5P2GA 5P37A 4X7IA 3NLSA 4YE3A 1ODWA 2IKOA 5AGZA 4Y4BA 1HTFA 1LYAA 2ZHUA 3ZKIA 1W5XA 2FS4A 5E5JA 5P07A 1MIQA 3LIZA 1BVGA 5P15A 3DCKA 3BUGA 5P0IA 3VEUA 2SAMA 3HAWA 3UDHA 5P51A 5P4GA 3SO9A 3U7SA 4J1EA 5P4JA 4FLGA 3SAAA 5P2RA 1E82E 2FNSA 4LXAA 4R91A 3NSHA 2FDEA 1MTBA 2F81A 4IVTA 4H3JA 5P33A 1J71A 5OZOA 4Y3EA 5P1IA 4EXHA 1BILA 1AJVA 1SGUA 3O9GA 2XFIA 4Y38A 5EZXA 4APEA 4R92A 5P3XA 1B11A 4U7VA 5HVPA 5DQ2A 3OQAA 1YG9A 2P3BB 3L5DA 5P82A 5P8HA 3RTHA 3VYEA 5P3FA 4DV9A 5P5CA 3PBDA 5P79A 4DQEA 4PPHA 2FGVA 2QHZA 3NU9A 1HSGA 4K4PA 4I0JA 5IS4A 1FMBA 5P6LA 5P1XA 5P7EA 1T7IA 5P3LA 5P8EA 1LYWA 1VIJA 4D8CA 5AH6A 1YM4A 4ZE6A 5OZBA 4J1KA 5P53A 4YCKA 2QZXA 3SA8A 3S56A 1Z1RA 4BEKA 5P3KA 2QU2A 2OAHA 5P0YA 2OF0A 3Q5HA 4LAPA 1RNEA 1NSOA 1B6KA 3CICA 5P5MA 4AUCA 1K1UA 1MTRA 5P70A 2RKGA 1HBVA 3ZKXA 1D4SA 5P7QA 3OU1A 5P48A 4TVGA 4F74A 3T7PA 2P3AA 3OTYA 2I4WA 3B7VA 5P2XA 2F80A 2F3EA 3OXVA 1HTEA 5P0GA 1HIIA 5P10A 5P54A 1AM5A 4RYCA 3BVBA 5DR0A 1IIQA 5P4EA 5P0AA 3QRVA 3IAWA 3EL1A 1XDHA 4ZSPA 5OZ9A 2ZGAA 3UCBA 5IVQA 1GNNA 5P8TA 1LF3A 1MT7A 3WZ8A 3UTLA 3FIVA 5OYVA 4HDBA 5P4FA 3VLBA 3ZPTA 5P3OA 2I0DA 2WJOA 3QRMA 2B8LA 3K1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QRP E;  2QMP A;  3D1X A;  1DMP A;  1F7A A;  3VV6 A;  2G22 A;  4FGX A;  3L5F A;  2I4Q A;  4XX4 A;  3PRS A;  3SKG A;  5HD0 A;  2FXD A;  1BV7 A;  1RPI A;  5P6B A;  2HIZ A;  3LHG A;  3L5E A;  1HSI A;  3UFN A;  1W5Y A;  4UPJ A;  2AID A;  3TNE A;  1QS8 A;  4H1E A;  3UHL A;  5P3S A;  3QI1 A;  1FLH A;  5P5J A;  5HU0 A;  1GVV A;  5P2I A;  5P1Q A;  4Q5M A;  5P1F A;  3APP A;  4RCF A;  5P8D A;  4Q1X A;  5OZ2 A;  5P27 A;  5P1G A;  2FMB A;  4L7H A;  2WF1 A;  3OQF A;  2J9J A;  4OBJ A;  5P6C A;  4Y5E A;  5P4D A;  3PBZ A;  4Y5P A;  4Y4A A;  5P73 A;  2BPX A;  4Q1N A;  4ZLS A;  4J54 A;  5P4U A;  3S85 A;  4J55 A;  3HVP A;  3O9H A;  2V13 A;  4I0I A;  5P2O A;  1A9M A;  1ZPA A;  5KR0 A;  3NU3 A;  5P8K A;  5P8N A;  4CPQ A;  4YD3 A;  4QLH A;  4FRJ A;  3CKP A;  5P63 A;  2JYS A;  5P7V A;  2HPE A;  3KFS A;  5C9F A;  3U71 A;  3LPJ A;  3G6Z A;  4Y3X A;  5P3G A;  2WEA A;  3O9L B;  3S43 A;  4S1G A;  4Y4J A;  5P6Y A;  3OAG A;  5OZJ A;  1E80 E;  2QZL A;  1PPL E;  3PWR A;  4Y5M A;  3IGB A;  5IE1 A;  4Y4W A;  3DV1 A;  4DJX A;  4Y9W A;  5P7F A;  3EKX A;  4QJ2 A;  3H0B A;  5P26 A;  3OK9 A;  2HS2 A;  5OZH A;  5P86 A;  2QMD A;  1HEG E;  5SY2 A;  3EM6 A;  3KN0 A;  3BUH A;  2FGU A;  1K6T A;  4RLD A;  3URI A;  4GJ9 A;  5OYZ A;  3GGV A;  5P3M A;  5P0J A;  2O4S A;  4AZY A;  2HM1 A;  1ZPK A;  3ZL7 A;  1MEU A;  5P7O A;  3BC4 A;  2CEM A;  4DQH A;  4OBZ B;  2VKM A;  2R9B A;  4Y3P A;  5P34 A;  1LF4 A;  5P14 A;  5P61 A;  4B77 A;  2QHY A;  6APR E;  1FGC C;  3KYR A;  5P2E A;  1IZE A;  3Q3T A;  2OHP A;  5P29 A;  3WB5 A;  4DPI A;  1HPX A;  1G2K A;  2PC0 A;  4Y48 A;  1K2C A;  4R95 A;  1PRO A;  2WEB A;  2WF2 A;  5P1Z A;  1FQ6 A;  2JXR A;  3QIH A;  3TOG A;  5P1O A;  4GYE A;  4LBT A;  3VYD A;  3NWQ A;  3SA4 A;  1FG6 C;  5P7X A;  5P65 A;  2I4D A;  5P87 A;  2EWY A;  2AVV A;  3GGX A;  5P71 A;  1EBW A;  4K4R A;  1E5O E;  4Y54 A;  4JPC A;  2AVS A;  5KAO A;  2B7Z A;  3K5D A;  5DQ5 A;  4ZSR A;  3EKT A;  5CON A;  2G21 A;  1AAQ A;  5P74 A;  3HW1 A;  1Z1H A;  2A4F A;  1HRN A;  4H3G A;  4Y4E A;  2G24 A;  5OZI A;  3CIB A;  4ER1 E;  3ECG A;  1F34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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