3BXRA

Crystal structures of highly constrained substrate and hydrolysis products bound to hiv-1 protease. implications for catalytic mechanism
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Highly Constrained Substrate and Hydrolysis Products Bound to HIV-1 Protease. Implications for the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bxrA00
5P1NA 5HCTA 5OYUA 5P3QA 1EPOE 3HAWA 5P78A 2NR6A 5P77A 5OZNA 2OHTA 1YG9A 4GJDA 4YE3A 5P2TA 3SA6A 4J1HA 3EKVA 4QJ2A 2PSVA 1MTBA 1FFFC 2AOHA 1YTGA 3BUGA 1Z1RA 3NXNA 2PK5A 5EZZA 1K6TA 5IVSA 5P6JA 2OHMA 1MTRA 3DOXA 5P75A 3LIZA 3WZ7A 5P45A 5P7UA 5P0IA 4YBIA 4CKUA 4EJ8A 2XYEA 1RL8A 1W50A 2F3EA 2NNPA 4Y4EA 2P4JA 3ZPTA 4HDPA 4I8WA 3TKGA 3OUDB 1F34A 3EL5A 4JECA 3PMYA 4TRYA 5P62A 3TNEA 4A6BA 1APWE 4J1CA 5P4TA 2WF1A 3BGBA 3NU6A 4L6BA 1TQFA 4Y4ZA 5KOQA 1DIFA 1KJGA 1IVQA 3TKWA 1G35A 4R91A 3OGPA 2I4XA 3OOTA 4Y4DA 5P63A 3NYGA 3HW1A 3EKPA 4Y51A 4RCDA 3MWSA 3D1ZA 2AOGA 4HEGA 4EJLA 3UDRA 5DR4A 3EKQA 4QJ8A 4KE0A 4Y5LA 2IL2A 4EXHA 4TVHA 3PRSA 5P1LA 3LITA 1M4HA 3N4LA 5OZHA 2V00A 5AH6A 3O9IA 4ZPEA 1ENTE 5P0NA 4EP3A 4JPCA 5P2GA 1BV7A 5APRE 4GJAA 1NH0A 2V16C 3SAAA 1EC2A 4J0YA 5P15A 2FGUA 5P5ZA 2ER6E 3QN8A 3ZOVA 5P5OA 5P4ZA 3OHHA 1OEWA 5DR7A 3HAUA 3OU1A 4OC6B 3LZSA 1MSNA 4Y38A 4PEPA 1BAIA 3B80A 3NR6A 4DPFA 4YCTA 3ZL7A 1IDBA 1META 5DPZA 3UQWA 4MC9A 3IXOA 7HVPA 2G1SA 5P5KA 1MVPA 5AH9A 5P0UA 5OZVA 5HU0A 3D3TA 5P69A 4Y3FA 1ZSRA 3UDMA 2HB2A 4I11A 5P2DA 5P3FA 2IGXA 1E82E 1QBRA 4OBJA 4R93A 5P71A 5P4MA 4GZFA 5P7ZA 5P72A 5P18A 1EBWA 2VIEA 4B00A 5P5YA 1TCWA 3VFBA 3R4BA 5KR0A 5P1UA 2PMAA 1D4SA 4XX3A 3ZKQA 3O99A 5F00A 1QDMA 3TPLA 1BV9A 5OYSA 2Q63A 2AVQA 1MSMA 5DGWA 3T7PA 2RKGA 3KMYA 4F76A 5DGUA 3UDJA 5OZGA 2QAKA 5P43A 2IRZA 1EPLE 5P3IA 5HCOA 5P3PA 4NPTA 2RENA 5P4AA 2I1AA 5P81A 1EBZA 2R9BA 1LYBA 5P6IA 5P34A 1HXBA 1QS8A 1MRWA 4DJQA 4ZLSA 2IGYA 3NWXA 5I3VA 2VA7A 2V13A 5P8IA 3GGUA 5SZ9A 5P8DA 1W5XA 4DQFA 5P1MA 2PWRA 2VIYA 3KDBA 3EL9A 5P7XA 1XL5A 5P88A 3U6AA 4PHVA 4Y4JA 4LC7A 4EQ0A 4FL8A 5P64A 3NU5A 2QHYA 2QMDA 5P1HA 4B0QA 5C9BA 2I4DA 5P4DA 4I12A 4Y3PA 2XYFA 2SAMA 3DUYA 2G22A 5P25A 5P3GA 5OYWA 2WECA 3KFRA 5P8RA 3PWRA 4FSEA 3NSHA 1B6LA 5E5JA 5P2AA 2HS2A 5OYRA 4LXAA 3ZKSA 4QGIA 5KR1A 2H6TA 5HE4A 5P6DA 3S56A 3KFSA 2G69A 3OU4B 2PC0A 1BIMA 5P60A 1W6HA 1ZBGA 2AVVA 3N3IA 1HEFE 1WKRA 3GI4A 4I0EA 5P1DA 3RU1A 3MSKA 4EHCA 1IBQA 4I0ZA 5ISKA 1EEDP 2BBBA 2QU2A 3UQRA 1EC3A 3H5BA 3ZPSA 5P4IA 1RNEA 3R1GB 2FDEA 5E5KA 3LZVA 3TOHA 4J5JA 2QCIA 2ZJLA 1F7AA 5DQ2A 2ZJKA 4YD5A 4GJ5A 3OADA 2ZHSA 5P5CA 5ENKA 4U7VA 5P01A 4Y5KA 4RVIA 4AUCA 1GNMA 1UPJA 3IN4A 4HE9A 1EAGA 4OBHA 3UTLA 5DQCA 4OBKA 4ER2E 2WEBA 1KZKA 5P86A 3BVBA 1EC0A 1SBGA 3F9QA 5P2IA 3WZ8A 1PSNA 3NU3A 5EZXA 2G94A 4LL3A 3EKTA 4FRJA 4DJWA 5IVTA 2AZCA 6APRE 3NU4A 5P1VA 5P6ZA 2P3CA 4IVTA 3JW2A 3DCRA 4FRIA 2IKOA 2P8HA 5IVRA 5P7VA 2V12C 1MEUA 2QI5A 1QBSA 5P2RA 5P8LA 3LHGA 4GJ9A 3K5CA 3OXWA 4Q1NA 4Z50A 5P6LA 1BWAA 3SACA 1B6MA 2NMYA 4FIVA 1KJ7A 4I1CA 3TLHA 1E5OE 4K4QA 1LS5A 2F3KA 4BFBA 1M0BA 4ER1E 2EWYA 3NDUA 5OZRA 5P8GA 4Y3WA 4Y3XA 3BXSA 3O9DA 4OBDA 5P50A 5P80A 5P8VA 3NWQA 2QMFA 3UDYA 4Y4WA 5P5AA 1K6VA 5P2FA 3ZKNA 3PM4A 4QJ6A 1A8KA 4Y3YA 3LZUA 3D91A 3PMUA 5C9DA 1DAZC 3SFCA 5P7SA 2ZHUA 5P6SA 1AJXA 2A4FA 4Y50A 2QI4A 3Q6YA 4ZSMA 3KYRA 2ZHVA 1HRNA 1HBVA 2BPZA 3L3AA 1G0VA 5P87A 5OZOA 1E81E 5OZBA 2ZJJA 5P47A 5P8SA 2B7FA 5P40A 1B5FA 1HTEA 1PPKE 3HDKA 4B77A 3QROA 5P6VA 4WY1A 1MPPA 1AAQA 4ZPFA 2HS1A 1WBMA 5P0WA 2JXRA 3MXEA 5P66A 2A1EA 5P1IA 1PROA 4DV9A 3RSVA 5I3YA 5OYTA 4DJXA 2BPVA 1AZ5A 2VNMA 3KMXA 5P5VA 4B70A 4D83A 5P7YA 1FQ4A 5P7HA 4Y44A 2G24A 5P48A 4HDFA 5P7MA 5P4QA 3OTYA 4ZE6A 4PZXA 1C6ZA 4DI2A 4OBZA 3FNUA 5ISJA 2Q54A 3QRMA 3S53A 4F75A 5P4OA 5P6GA 3SA5A 2I4WA 4KUPA 1EPME 5P3JA 1SIPA 2VJ7A 3NDWA 3RSXA 3QIHA 1HIHA 1WBKA 4D88A 2B42A 4DQGA 1BDRA 5P4RA 2QI3A 1SDTA 2QI0A 1GVVA 2FS4A 3SM2A 2QK5A 3OXCA 3TPPA 2Q15A 3WB4A 5P0LA 4FE6A 1LV1A 5P1AA 5P2XA 5OZ6A 5P16A 3UFLA 4HZTA 2NMZA 2P3DA 2UY0A 5P3NA 5P0SA 1BDLA 2QZKA 1FFIC 2I0AA 1FQXA 4NKKA 5P5PA 2QD8A 3S54A 3UDPA 1SDVA 3OAGB 1K2BA 3SABA 5OZFA 4IVSA 5KQZA 2O40A 3UDKA 2JYSA 3BC4A 3LPKA 2ASIA 3VG1A 4D85A 3OOZA 4PYVA 5P8BA 1T7JA 5P84A 1APUE 4DQCA 2Q3KA 5OZYA 3UCBA 3KM4A 5SY3A 4L7JA 2OHUA 5P2VA 1ZSFA 3INEA 2RKFA 1BDQA 3T3CA 4XX4A 3VSXA 4Y9WA 1ME6A 5P2QA 2RSPA 3Q5HA 3CKTA 2VIJA 4RGHA 3O9CA 1UH8A 3VLAA 1HXWA 5P82A 4FRKA 2R43A 3D20A 1AJVA 3KF0A 3AIDA 3NLSA 1N49A 1IZIA 5BS4A 3PBDA 5OZ5A 1IZHA 5OYYA 2G20A 4ZEAA 4X7IA 5OZAA 3O9HA 5P4LA 2VS2A 5HDVA 5P4UA 4I0FA 5P28A 4BFDA 5P8PA 4OBFA 5HE5A 2PH6A 3OWNA 5OZIA 1B6PA 2WEZA 5P33A 2ER9E 4Y41A 3PSGA 3PGIA 3EM4A 4Y5GA 1HPXA 1LYWB 4U7QA 4M8YA 5P1WA 4Y5BA 2ANLA 3M9FA 4Y5CA 4Y3NA 5P4XA 3GGXA 2HB4A 5P5MA 4DFGA 4NJSA 1OHRA 4J54A 5P4PA 2I4QA 3QRSA 5P0GA 2VA5A 3QPJA 4Y53A 3ZKIA 5P35A 5P1QA 2QI7A 2VKMA 2CENA 3IN3A 1HTFA 3L59A 5TOLA 3VV8A 4J1FA 4GJ8A 3SQFA 3PI0A 5P37A 1LF3A 4RRNA 3HBOA 5P58A 5HE7A 2BB9A 1DW6C 2WEDA 3CKRA 2VJ6A 1FQ5A 1YT9A 2AIDA 4YDGA 5AHBA 3KN0A 5P73A 4FM7A 1FQ8A 5KR2A 2O4NA 4XXSA 4Y3MA 5P70A 3G6ZA 1K2CA 2R8NA 5P46A 4OD9B 5COPA 3Q3TA 2G1RA 3BGCA 2NXDA 5OZ4A 5IVQA 5P2KA 5P76A 5P2MA 4AMTA 2I4VA 4EXGA 5P6MA 2NXLA 3IXKA 1GNNA 5P5JA 3WSJA 5HVPA 4XKXA 5UPJA 1W5VA 4H1EA 5P6XA 4B72A 3QBFA 3OU1B 3B7VA 5P0EA 4GIDA 2R5PA 4DPIA 4R8YA 4Y37A 5OZPA 1HWRA 3IVHA 4ZIPA 1A8GA 3FNSA 5I3WA 1XN3A 4Y48A 1FLHA 4I0HA 4J1KA 3LIXA 1D4LA 2V10C 3PCZA 4K4PA 5OZ9A 5OZJA 3BUHA 5DQ1A 3D1XA 4FRSA 5HD0A 5P8TA 1A94A 1UH9A 1UH7A 2WHHA 5P8MA 2OAHA 5P5BA 4OBGA 4HLAA 4J1IA 3S7MA 3HZCA 4YHQA 1VIJA 3VLBA 5P1CA 5P3WA 1ODYA 3GGAA 3OXXA 3DM6A 3UQUA 2BQVA 3KT2A 4KE1A 5KAOA 4CPQA 4H3JA 1NPVA 4Y43A 5P06A 4L7GA 3UPJA 1MT8A 5P26A 2WF3A 1GVUA 3DK1A 2V11C 1IDAA 5P7WA 5P8QA 1G6LA 1HVHA 5JG1A 4RVJA 5P54A 3ZKMA 4QJ9A 5P2CA 1TW7A 2HIZA 1YTIA 4Y56A 5P5FA 2ZJNA 3FV3A 3KDCA 4I10A 4B1EA 5P7GA 2ZYEA 3PSYA 5P3DA 4KB9A 1LYBB 4FLGA 2F8GA 5P8NA 4EP2A 2QI1A 4HVPA 2VJ9A 2HB3A 1CMSA 1LYAA 4Y39A 2QZWA 4HDBA 5I70A 5AH8A 1Q9PA 4F73A 3LIYA 4L1AA 3U71A 3L58A 4Y5AA 4I0JA 5P55A 5P42A 3R2FA 9HVPA 5P6HA 6UPJA 3OY4A 2UXZA 1BWBA 3SA9A 5HDZA 6FIVA 4A6CA 4ZPGA 1XE5A 5P0QA 1NPWA 2UPJA 5P2ZA 3K5FA 3IA9A 1IZDA 4UPJA 5BWYA 1FMBA 4I0IA 3OQKA 4TVGA 4PZWA 5P4SA 3OUCA 3I8WA 3FSMA 1OD1A 5P11A 1C70A 5OYXA 2XFJA 5P89A 5OZ7A 1K1TA 1FF0C 1PSOE 5P4EA 2QD7A 3HVGA 1JLDA 5P1YA 4Y3AA 2FDDA 5P2EA 4D8CA 3WZ6A 1EPNE 5P1FA 4ER4E 4Q1YA 5P23A 3SKGA 4B05A 1T6EX 4ZSQA 3OUAA 3T7XA 3OADB 4CPTA 1TSUA 1YM2A 4Y45A 4Y4TA 5SXNA 2CEJA 3BVAA 5P02A 1D4YA 4Y4XA 2VIZA 2Z4OA 3SKFA 5P65A 4JP9A 5IS4A 3RTNA 1FG6C 2R3TA 5OZUA 2O4PA 5P79A 2PQZA 5P7BA 5P0JA 3QVCA 5P7KA 4RLDA 5P7NA 1A9MA 2AZ9A 1AVFA 5P52A 1IZEA 1XL2A 2WF0A 2G1YA 4S1GA 1DMPA 1HTRB 3KFPA 4J0PA 5P4VA 3VF3A 5P17A 3VUCA 1T3RA 3UFNA 1C6YA 3ZLQA 5P1TA 5P3LA 1YTJA 5P6EA 2AQUA 3DV1A 2F81A 2B7ZA 4Q1WA 1EBKC 3EBZA 5P56A 3DV5A 4DJUA 3O9LA 3GI6A 3BUFA 2HPEA 5OZLA 3VV6A 3INHA 3CYWA 5P0OA 1HVCA 5P8AA 2FXDA 2FNTA 5P3TA 4Y4GA 5OZSA 1W6IA 5P12A 3PLDA 1XE6A 3K4VA 3EL1A 5P07A 3I6OA 2FDPA 3A2OA 4JOOA 3S7LA 2ER7E 5P6BA 1AM5A 1ZPKA 2QZLA 1KJ4A 4EYRA 1RV7A 4GJ6A 2FIVA 3PHVA 5P0AA 2QHZA 3PWWA 2JJJA 4AA9A 5OZCA 1NSOA 1QRPE 1D4KA 3RVIA 5P6WA 5OZWA 1YTHA 5JFPA 1HEGE 1GVTA 3VCMA 5P2BA 2J9JA 1D4IA 1HVSA 5P27A 1SMRA 1AIDA 2AVOA 4YOBA 1LF2A 5P10A 3APRE 3KDDA 5P53A 5P2WA 1HPSA 2P3BB 3OGQA 3HLOA 5P03A 1HTGA 5SY2A 1T6GA 4Y5PA 5P6PA 1B6JA 1B5FB 2APRA 5P6FA 2HM1A 3CMSA 4U8WA 5PEPA 3BHEA 1RPIA 4Y4BA 5BRYA 5P4KA 1PFZA 4Y5NA 5P7EA 1Z1HA 1BXQA 3OK9A 5OZ1A 4K4RA 5P0XA 3MSLA 1MIQA 4J55A 2ZE1A 2PWCA 2Q5KA 3FNTA 2NTRA 3EM6A 5P3KA 5P7PA 3S43A 3SO9A 4ACXA 4OBZB 4ACUA 5P1KA 4DJRA 2FMBA 4RRSA 2ZHRA 3OQ7A 4J0VA 5P31A 5P0KA 3OTSA 3TTPA 5P6RA 3PEPA 3QBHA 5P5UA 2OHQA 4F74A 3AUPA 5P2YA 5P0FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1N A;  5HCT A;  5OYU A;  5P3Q A;  1EPO E;  3HAW A;  5P78 A;  2NR6 A;  5P77 A;  5OZN A;  2OHT A;  1YG9 A;  4GJD A;  4YE3 A;  5P2T A;  3SA6 A;  4J1H A;  3EKV A;  4QJ2 A;  2PSV A;  1MTB A;  1FFF C;  2AOH A;  1YTG A;  3BUG A;  1Z1R A;  3NXN A;  2PK5 A;  5EZZ A;  1K6T A;  5IVS A;  5P6J A;  2OHM A;  1MTR A;  3DOX A;  5P75 A;  3LIZ A;  3WZ7 A;  5P45 A;  5P7U A;  5P0I A;  4YBI A;  4CKU A;  4EJ8 A;  2XYE A;  1RL8 A;  1W50 A;  2F3E A;  2NNP A;  4Y4E A;  2P4J A;  3ZPT A;  4HDP A;  4I8W A;  3TKG A;  3OUD B;  1F34 A;  3EL5 A;  4JEC A;  3PMY A;  4TRY A;  5P62 A;  3TNE A;  4A6B A;  1APW E;  4J1C A;  5P4T A;  2WF1 A;  3BGB A;  3NU6 A;  4L6B A;  1TQF A;  4Y4Z A;  5KOQ A;  1DIF A;  1KJG A;  1IVQ A;  3TKW A;  1G35 A;  4R91 A;  3OGP A;  2I4X A;  3OOT A;  4Y4D A;  5P63 A;  3NYG A;  3HW1 A;  3EKP A;  4Y51 A;  4RCD A;  3MWS A;  3D1Z A;  2AOG A;  4HEG A;  4EJL A;  3UDR A;  5DR4 A;  3EKQ A;  4QJ8 A;  4KE0 A;  4Y5L A;  2IL2 A;  4EXH A;  4TVH A;  3PRS A;  5P1L A;  3LIT A;  1M4H A;  3N4L A;  5OZH A;  2V00 A;  5AH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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