3BXRA

Crystal structures of highly constrained substrate and hydrolysis products bound to hiv-1 protease. implications for catalytic mechanism
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Highly Constrained Substrate and Hydrolysis Products Bound to HIV-1 Protease. Implications for the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bxrA00
5P67A 5P7GA 5P6XA 1HIHA 2MIPA 2NNKA 3K5GA 3PRSA 3ZKGA 4Y9WA 3S8IA 2JE4A 2ZJJA 3TPJA 4FM6A 5P4XA 1MTBA 3CKRA 1GVWA 5P79A 5P4SA 2V13A 4K9HA 5P1XA 3D1YA 3ZKSA 1SP5A 3N4LA 5P37A 1SMRA 2UPJA 2QMFA 3PB5A 4Y4DA 1APTE 5P6OA 1HPXA 5HCTA 5P3CA 1NPWA 1TQFA 5I3WA 1HXBA 5P09A 2RSPA 5HE4A 5PEPA 5P4JA 3TL9A 1U8GA 3URLA 3KN0A 5P3WA 3IA9A 1K6VA 3BVAA 5OYVA 2XFJA 4BEKA 1EBKC 5P8UA 2AOJA 4Y4TA 1D4LA 3LIXA 3PJ6A 5P4CA 5P32A 4EYRA 5P7XA 3UDKA 4QJ9A 5P3DA 1D4SA 2G94A 1EEDP 5P0MA 1K6CA 5OZIA 1QRPE 5ENKA 1YTGA 4I12A 4OBZB 5P4OA 3NDUA 5P7AA 2OHPA 5P0DA 4I11A 5P0LA 5P80A 1IZHA 5P20A 3UDHA 5SXNA 5P0NA 2AVMA 5SY2A 3O9IA 4YOAA 1UH9A 5OZ4A 3GI4A 2QNPA 2PH8A 5P1NA 2ZE1A 5P7KA 3G72A 3OUDA 4Y5MA 3KFSA 2ZJHA 3LNKA 3L5FA 2IKUA 4GJ7A 4J55A 4RVIA 2AOIA 3OK9A 1VIKA 4YOBA 4Y44A 2B7FA 5ISJA 1MSNA 2WKZA 5P7CA 2ZHRA 1C6ZA 4DPIA 3EL4A 3R4BA 4Y5LA 5P5CA 1XS7D 2VNNA 5OZHA 1AJVA 1ZTZA 3OU3A 5APRE 3VF5A 1RQ9A 3NLSA 2QK5A 2ASIA 5AH9A 5DQ1A 4DJOA 4Y48A 5P8HA 3O9FA 2VIZA 3SKFA 4I0DA 5P12A 1APVE 2P3AA 3LIVA 4I1CA 3VYDA 2QI1A 5OYXA 2JXRA 4Y5KA 3OOZA 1W6IA 5P73A 4F74A 2V00A 4TRZA 4A6BA 3KDCA 5P3ZA 3ZKIA 5P7NA 2OHUA 2ZGAA 4WTUA 3S7MA 5OYYA 1PFZA 4H3JA 3GI6A 4F76A 4HDFA 1OEXA 3APRE 5P52A 2G1SA 3U6AA 5DQCA 2ZHSA 4Z22A 2Q64A 3U71A 2QZXA 1F7AA 5P3PA 5P8TA 5P85A 1GVVA 2BPZA 5P0AA 5P6BA 5P6EA 1CMSA 2AIDA 4GJ8A 4H1EA 3KFNA 1HVSA 4M8XA 5EZZA 4K4PA 1XN3A 1AAQA 4DQHA 2QI0A 2QI6A 4LBTA 5P72A 3D3TA 4Y5BA 2V12C 4KE0A 2UXZA 4Y5GA 5P0PA 2WF1A 3LZUA 2O40A 1UPJA 2Q55A 4Y5PA 5OZ9A 1PPME 3RTNA 1BDLA 3VYEA 4CPWA 2A4FA 3NWXA 5HDXA 5P4HA 1PROA 3DJKA 5P7EA 5KR1A 1AXAA 3SA8A 3EL5A 3DCRA 4DI2A 1GNMA 4RLDA 2QAKA 2HIZA 3KYRA 2IEOA 3DV1A 3URJA 5P5QA 2F3EA 4OC6A 3LZYA 5OYQA 2P8HA 1RPIA 3ZMGA 3LPJA 3NUOA 1OD1A 3I7EA 5CLMA 1KJHA 2F3FA 5P43A 5TOLA 5P1CA 1EPME 5F00A 5P0GA 4DV9A 5P8JA 3HVGA 5P42A 1IVPA 1EC2A 1QDMA 5P2EA 3VLBA 1UH7A 5KR0A 3BVBA 2J9JA 2XFIA 3VV6A 5P1FA 4GJ6A 4JOOA 2FDDA 1K6PA 5P8KA 2F81A 2QMPA 3K4VA 4R5NA 4Y57A 1W5WA 2VIYA 2H6TA 4U8WA 5P0KA 3PBZA 3VV7A 4K4QA 3SM1A 3L58A 4R95A 1ZPAA 5P4GA 1T3RA 5P1EA 3D1ZA 2Q15A 5OZLA 4OC6B 4Y5EA 5P2ZA 2PK6A 5OZFA 4YHQA 5P5PA 2BJUA 1LYBB 2AODA 1G0VA 4H3IA 3L5CA 4LP9A 1AJXA 3GGVA 5P1RA 4OBGA 1B5FA 2O4KA 5OZ3A 1AZ5A 1NPAA 1TW7A 5P38A 4U7VA 1YX9A 2NXLA 3CIBA 1HHPA 1JLDA 5P1DA 2WF3A 1BVGA 3ZKXA 5P1YA 4L1AB 1MIQA 3OU4A 1MT7A 5P7RA 2FGUA 5P3RA 3EL0A 3PVKA 3QVIA 2BB9A 4DJUA 1SBGA 5P2SA 3NDWA 5I3VA 2BKTA 5ER2E 4D8CA 1YTHA 1DP5A 1HIIA 4ZSRA 3NU4A 3NXNA 2ZHTA 3ECGA 3EKWA 2NMZA 5P8AA 5P08A 5AHBA 5P74A 5P7PA 4GJ9A 4EJKA 5P0IA 3S85A 4I8WA 5P6PA 3BGBA 5KQYA 5P8BA 5P02A 3EM6A 4YBFA 5OZSA 4HDPA 1T6EX 3IVIA 5P7IA 3T7QA 1FQ7A 1MERA 1FQ5A 5P2KA 3QP0A 4TVGA 1HVCA 3AUPA 3UDRA 2PK5A 1IZEA 5P23A 3KDBA 4AZYA 1EPPE 3S56A 4QJ7A 3OU4B 4RCFA 5P1OA 5OZCA 5OYSA 5P4EA 3HAUA 4Y3AA 1APWE 1EPOE 5C9FA 4DQCA 3NU3A 5P5ZA 5P49A 3PWMA 4GJDA 5OZ6A 1QBSA 5P84A 3LPKA 1PSNA 3KT5A 4Y4BA 5OZ2A 4J1HA 5HCOA 3I2LA 5SZ9A 4Z4XA 4M8YA 4EWOA 4YD7A 2I4VA 2PSUA 5C9DA 2VNMA 1Z1HA 3QPJA 5CONA 4TRYA 1AVFA 4Q1WA 5P4WA 3VSWA 3LINA 5OZTA 1DMPA 4Z50A 4BELA 4NKKA 4YA8A 5P3GA 2AVOA 2J9KA 4DH6A 1T7JA 3QN8A 4Y3LA 3O9LB 2F80A 5P2NA 4OBHA 3GGAA 4HLAA 4DJWA 2V0ZC 3GI5A 5P6WA 5P66A 3UPJA 2OHTA 5ISKA 3G70A 5P5RA 5P8SA 4B0QA 4QJ8A 5OZDA 2QHZA 3S43A 5AH7A 5P7YA 3DUYA 2O4NA 5P0QA 1BILA 4NJVA 2HS1A 3INDA 3UQUA 3OAGA 3PEPA 4XXSA 5OZAA 3O9HA 5P4QA 5P07A 5IVTA 3CKTA 5P51A 1CZIE 1HVJA 5P2OA 1LEEA 3ZLQA 5B18A 2WJOA 4Q1XA 5P5DA 4LXKA 3IGBA 4ZSQA 4J1CA 3MSLA 5DQ2A 1ZSFA 3GGXA 4ZE6A 6UPJA 3OTSA 1META 3N3IA 5DR0A 4Y4JA 4FRJA 3UQPA 1FQ8A 5P1MA 5P2WA 5P5SA 4J0PA 4U7QA 5KOSA 4GJCA 5P1HA 2QMDA 5P75A 5OZUA 5P5MA 4Y56A 4R93A 3DK1A 2PWCA 1B6PA 5P1SA 4B72A 4COEA 5P8OA 3S43B 3UDJA 3I25A 4XKXA 4Y3WA 3OTYA 3OAGB 4NPTA 4CP7A 4ER2E 3O9CA 4CMSA 3NUJA 1BDQA 4L7JA 4Y54A 2O4LA 4QLHA 3IN4A 3IXOA 5P26A 9HVPA 5DR8A 1ZJ7A 5OYTA 4JP9A 4ACXA 4GZFA 2RKGA 1VIJA 4B05A 5P3TA 5P1UA 1IVQA 4YDGA 3QVCA 4Y3TA 2P3BA 3OU1B 3DCKA 3TH9A 5P5JA 4Y5AA 3ZPSA 5P6QA 2OHSA 4Y38A 4R8YA 5P5TA 3EM3A 3HBOA 1K2BA 2R5QA 5P8RA 6APRE 5P5XA 5P17A 5AH8A 4EP3A 3RU1A 5P3OA 4EJDA 3OXVA 1D4IA 2OHKA 1DAZC 4RCEA 2PC0A 5P2AA 4MC2A 3VF7A 1B6MA 2OF0A 3ZL7A 5I3XA 3INFA 1E5OE 1WKRA 5P6AA 2AZCA 1W51A 5P3QA 2V11C 2I4UA 5C9BA 2QI5A 1TZSA 3EKXA 2FGVA 5P3JA 5P24A 4XX3A 5P4LA 4D83A 4YD3A 1ODYA 4Y47A 5OYZA 3K5DA 3QI1A 3F9QA 4RVXA 5P1GA 5P8DA 1EPQE 1FMXA 5P62A 5P7QA 5P2MA 5DR7A 4HEGA 3EKVA 3NDTA 2XFKA 4NJTA 3VSXA 3L38A 1MESA 4Y5CA 4ZPFA 2QD8A 3Q4BA 4OBDA 5P77A 4I0EA 3SAAA 4D85A 5P13A 4DQEA 4WY1A 3EL1A 3CYWA 1YTIA 1GVXA 2R8NA 1BWAA 4PZWA 3QBFA 4ZLSA 5P7JA 2JYSA 3INHA 4FE6A 1MVPA 3GI0A 4DVFA 1WBKA 4EJ8A 2HPEA 2ZDZA 5E5KA 4B77A 5P81A 5P35A 4TVHA 2BBBA 1LYAA 3TKGA 1ZPKA 2HS2A 5P31A 3KDDA 5P88A 4H3GA 3AIDA 5P0ZA 5DPZA 2QHCA 5OZPA 2AVQA 2IENA 5P7FA 4IVTA 1LF4A 3B7VA 3HVPA 5ER1E 4Y41A 2Q3KA 3TOFA 3SA7A 4ZEAA 4BFDA 3NR6A 4DQGA 1D4JA 2Q5KA 5P55A 5P8NA 2SAMA 3JVWA 3K1WA 2AVVA 2WEDA 5IVQA 1MEUA 1B6JA 5P3AA 5P36A 4J1IA 5P0BA 4FAFA 1FF0C 2G1OA 2QNNA 2ZJKA 5P4NA 4Y58A 3NU9A 5P29A 3SQFA 5P5NA 1SGUA 4FIVA 5P4UA 1NSOA 4YCYA 4MC1A 4FM7A 2ZJLA 4Y50A 3QBHA 5P27A 1LYAB 2OHQA 3OUDB 1FGCC 4XX4A 5KQXA 2IDWA 2B8VA 5P40A 5P3XA 2CEMA 5P5FA 3UDPA 1W50A 1ENTE 4LXAA 5P7ZA 3ZOVA 2IS0A 5OZYA 3CKPA 5P6IA 1ME6A 2I4QA 4GJBA 5AHCA 2VIJA 3EXOA 1YTJA 2ER0E 4Y4WA 5P01A 4BFBA 4DUSA 2QU3A 4R92A 5P7OA 5P45A 4LL3A 1G35A 3QRVA 1TCXA 5P3UA 2WEZA 4JPEA 1C6XA 4EP2A 3Q70A 1LZQA 3LIYA 4UPJA 5P8VA 3IVHA 2CEJA 4I0FA 4RRNA 5OZVA 4LAPA 4QJ2A 5KR8A 5HDZA 5P5GA 3JVYA 2VJ6A 4PZXA 2NR6A 2G1NA 3TOGA 3WB4A 3TTPA 5HU1A 3OXCA 2FNSA 4CPRA 5P82A 5P3SA 4Y4XA 5P7VA 5P3HA 2R3TA 4Y4ZA 3LZVA 2RMPA 5P47A 2I1AA 5P11A 2FXEA 5P1VA 3VUCA 1Q9PA 3R0WA 1LF2A 1MSMA 1MTRA 1C6YA 5P18A 1FQ6A 4FSEA 1M4HA 1W5XA 4YD4A 5P4BA 2AQUA 5P2TA 3OQ7A 5P69A 2G21A 1HSIA 4Y4AA 2WL0A 5P6ZA 3VCMA 1QBTA 3H0BA 6FIVA 2B8LA 1N49A 3PSUA 5P8LA 2IRZA 1APUE 4ZPGA 1TSUA 2HAHA 1K1UA 2VS2A 5P30A 3VG1A 1YG9A 2QI7A 4GIDA 5P5VA 2QHYA 3C9XA 4ZPEA 4Y3HA 1HPSA 5P4FA 5DQ5A 5P6VA 3NU6A 4CPSA 5HDVA 3OWNA 4RZ1A 5P2YA 4DQFA 3H5BA 1T7IA 5P0SA 3UDYA 1HSHA 1YT9A 5P0FA 4RVJA 4D89A 4E43A 4I0HA 2PSGA 3OADA 5P46A 1SDTA 1D4YA 3EC0A 4RROA 2BQVA 5P3KA 4CPXA 2QZLA 4J5JA 2RKFA 3UQXA 5P3LA 4DJPA 1M0BA 3EKQA 1K6TA 3MXEA 3CIDA 4Z2ZA 1HVKA 3VFBA 1KJGA 3NSHA 1W6HA 3OUAA 2J9JB 5P33A 1J71A 4ZIPA 5P5OA 1YM4A 3EKYA 4FRKA 5P6FA 5P4KA 5P44A 2VJ7A 3L5BA 3D1XA 5P78A 1WBMA 3FSMA 4B78A 2Z54A 1Z8CA 3UFNA 3GGUA 5HDUA 2BPXA 5P28A 3FV3A 4Y3ZA 5P71A 1ER8E 1KJ7A 1B11A 5P54A 3KM4A 1MT8A 3WZ8A 2AOHA 4J0YA 2APRA 3S2OA 4DJQA 2FDEA 4Y36A 1CPIA 5OZOA 1KJ4A 3SA9A 1FMBA 1EAGA 3OQDA 1B5FB 3SACA 4OBKA 1OEWA 4HVPA 3NDXA 3SKGA 1SH9A 4RYCA 3HW1A 5OZXA 1SDUA 2PH6A 1D4KA 5P06A 4Y3XA 3TOHA 4GYEA 1AM5A 2O4SA 5I70A 5IS4A 5P2QA 2G22A 1BBSA 3WSJA 2G20A 4Y3JA 4YBIA 5P59A 5P03A 2H6SA 5OZ8A 5AH6A 4FLGA 4ZSMA 5OZ7A 5P6CA 3OUBA 4Q1YA 3EM4A 4HA5A 5P0JA 5P5BA 2FS4A 3UHLA 3UDNA 5P65A 1LF3A 5P2RA 1A8GA 1EBYA 3FKTA 3CICA 4FS4A 2P3DA 1IDAA 4GB2A 4OBFA 1W5YA 4RRSA 5P7TA 5HE5A 1HTRB 5P2DA 5P50A 4Y3RA 1G6LA 4YD6A 2NMYA 1FQXA 3OXWA 2P3CA 4EJLA 1UH8A 5P8EA 2PSVA 5OZ5A 1HWRA 3RSXA 1XE5A 2ANLA 2OHNA 2WF2A 1IBQA 5AHAA 2ZYEA 3VV8A 1HBVA 3UDMA 5OZRA 4I0GA 1DIFA 4J1FA 3UFLA 1BVEA 4J0VA 3PBDA 1XL2A 3OHFA 5P4AA 5HVPA 1EC1A 1HVRA 3PWRA 5DR4A 1ZAPA 4DPFA 1BDRA 2VA5A 3VEUA 5P0YA 2V16C 3IAWA 3DM6A 5P2BA 5AGZA 1ODXA 3CYXA 3WB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P67 A;  5P7G A;  5P6X A;  1HIH A;  2MIP A;  2NNK A;  3K5G A;  3PRS A;  3ZKG A;  4Y9W A;  3S8I A;  2JE4 A;  2ZJJ A;  3TPJ A;  4FM6 A;  5P4X A;  1MTB A;  3CKR A;  1GVW A;  5P79 A;  5P4S A;  2V13 A;  4K9H A;  5P1X A;  3D1Y A;  3ZKS A;  1SP5 A;  3N4L A;  5P37 A;  1SMR A;  2UPJ A;  2QMF A;  3PB5 A;  4Y4D A;  1APT E;  5P6O A;  1HPX A;  5HCT A;  5P3C A;  1NPW A;  1TQF A;  5I3W A;  1HXB A;  5P09 A;  2RSP A;  5HE4 A;  5PEP A;  5P4J A;  3TL9 A;  1U8G A;  3URL A;  3KN0 A;  5P3W A;  3IA9 A;  1K6V A;  3BVA A;  5OYV A;  2XFJ A;  4BEK A;  1EBK C;  5P8U A;  2AOJ A;  4Y4T A;  1D4L A;  3LIX A;  3PJ6 A;  5P4C A;  5P32 A;  4EYR A;  5P7X A;  3UDK A;  4QJ9 A;  5P3D A;  1D4S A;  2G94 A;  1EED P;  5P0M A;  1K6C A;  5OZI A;  1QRP E;  5ENK A;  1YTG A;  4I12 A;  4OBZ B;  5P4O A;  3NDU A;  5P7A A;  2OHP A;  5P0D A;  4I11 A;  5P0L A;  5P80 A;  1IZH A;  5P20 A;  3UDH A;  5SXN A;  5P0N A;  2AVM A;  5SY2 A;  3O9I A;  4YOA A;  1UH9 A;  5OZ4 A;  3GI4 A;  2QNP A;  2PH8 A;  5P1N A;  2ZE1 A;  5P7K A;  3G72 A;  3OUD A;  4Y5M A;  3KFS A;  2ZJH A;  3LNK A;  3L5F A;  2IKU A;  4GJ7 A;  4J55 A;  4RVI A;  2AOI A;  3OK9 A;  1VIK A;  4YOB A;  4Y44 A;  2B7F A;  5ISJ A;  1MSN A;  2WKZ A;  5P7C A;  2ZHR A;  1C6Z A;  4DPI A;  3EL4 A;  3R4B A;  4Y5L A;  5P5C A;  1XS7 D;  2VNN A;  5OZH A;  1AJV A;  1ZTZ A;  3OU3 A;  5APR E;  3VF5 A;  1RQ9 A;  3NLS A;  2QK5 A;  2ASI A;  5AH9 A;  5DQ1 A;  4DJO A;  4Y48 A;  5P8H A;  3O9F A;  2VIZ A;  3SKF A;  4I0D A;  5P12 A;  1APV E;  2P3A A;  3LIV A;  4I1C A;  3VYD A;  2QI1 A;  5OYX A;  2JXR A;  4Y5K A;  3OOZ A;  1W6I A;  5P73 A;  4F74 A;  2V00 A;  4TRZ A;  4A6B A;  3KDC A;  5P3Z A;  3ZKI A;  5P7N A;  2OHU A;  2ZGA A;  4WTU A;  3S7M A;  5OYY A;  1PFZ A;  4H3J A;  3GI6 A;  4F76 A;  4HDF A;  1OEX A;  3APR E;  5P52 A;  2G1S A;  3U6A A;  5DQC A;  2ZHS A;  4Z22 A;  2Q64 A;  3U71 A;  2QZX A;  1F7A A;  5P3P A;  5P8T A;  5P85 A;  1GVV A;  2BPZ A;  5P0A A;  5P6B A;  5P6E A;  1CMS A;  2AID A;  4GJ8 A;  4H1E A;  3KFN A;  1HVS A;  4M8X A;  5EZZ A;  4K4P A;  1XN3 A;  1AAQ A;  4DQH A;  2QI0 A;  2QI6 A;  4LBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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