3CICA

Structure of bace bound to sch709583
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA02
3UDQA 5P46A 5DPZA 3DM6A 5P5IA 1W51A 4DJXA 5P0YA 2QK5A 3TKGA 2XFIA 2ZHSA 4AA9A 2VKMA 5P2OA 4DI2A 1HHPA 4DQGA 5P10A 5P4SA 1FQXA 1FQ8A 5P1CA 3FNTA 3INEA 3T7QA 3BRAA 3LHGA 4Y57A 5P18A 1F34A 5OZOA 5P47A 5P8RA 5P1LA 5P0ZA 5P44A 5P1YA 2OAHA 5DR4A 5KAOA 5ISKA 4Q1XA 3SM2A 2V0ZC 4FSEA 2G1OA 3UQPA 4A4QA 2QZXA 3KT2A 5OZ4A 2AOJA 3ZKMA 5P7KA 4D8CA 5P2WA 5OYSA 3NXEA 5SXNA 1HPVA 4Y4XA 5P7HA 3S7MA 2R38A 3EL1A 3OTYA 3DUYA 4RYCA 3EL0A 4FRIA 3VYDA 3LIYA 4Z2ZA 5HDZA 3EC0A 5P7RA 5P6CA 5P79A 4HEGA 3VLBA 5P6YA 1XE6A 1MRXA 5P76A 3TPLA 4BFDA 3DOXA 3IXKA 4I0HA 1MTRA 4QGIA 4CP7A 3ZKNA 3TPRA 3H5BA 3RVIA 2I4DA 3R2FA 1M4HA 5P2QA 5P4CA 3DV1A 5P0PA 5P6JA 5COKA 3D1XA 2ZJIA 3OXWA 5P5AA 5HVPA 3L5EA 4LXKA 5P13A 3K5GA 4FRJA 5P82A 4MC1A 2OHMA 3IXOA 1WKRA 3SA9A 4B72A 3ZPUA 2RENA 5C9BA 4AUCA 4GZFA 3EL4A 4Z22A 3LNKA 5P2XA 5P3WA 4D88A 4YD6A 5F00A 4GJCA 3KYRA 5P0DA 3INFA 5P64A 3NU5A 3D3TA 4FM7A 5DR7A 4EJ8A 5P2NA 5OZDA 4B1DA 2ER6E 1LYWA 1C6YA 1YM4A 3LPKA 3NU6A 3LZUA 1HIIA 4ZE6A 5P6LA 3OY4A 2VIJA 1G2KA 2QU2A 4S1GA 4Y4GA 5OZIA 1B6JA 2WF1A 1FQ5A 4QJAA 2FMBA 5P0RA 1SDUA 5P14A 3UFNA 1IVQA 3GGAA 3CIBA 4H3GA 1MT8A 3KMXA 3ZKXA 2QI7A 4FE6A 3CKTA 3SA8A 3NWQA 5P5OA 4JECA 2AZBA 2NR6A 5P70A 3EKPA 3NSHA 3RSVA 1SIPA 4FLGA 3S43A 5P55A 2VIZA 1EBWA 4OBDA 3L5DA 5P40A 3SABA 4B1CA 2V11C 5IVTA 2I4UA 2FDDA 5ENKA 4PYVA 5P78A 4Y5NA 3HVGA 3WZ6A 2A1EA 5P3OA 3T11A 4YA8A 2G27A 3JVYA 5JODA 5P7GA 5P1DA 5OYXA 5P07A 2QI0A 1APTE 3LZYA 1ODXA 5AH9A 3SA6A 3QI1A 3L5CA 3OGPA 5P77A 4J54A 4DQEA 5P4EA 4GB2A 4CKUA 2Q64A 5P8TA 2NMZA 1BDQA 1FGCC 4K4PA 5P2GA 2WL0A 4GJBA 1BXQA 3QAAA 1EC1A 4D89A 1OHRA 4X2LA 4RCEA 5P3MA 2P4JA 4R92A 3ECGA 5JG1A 5P0WA 5DGUA 1D4IA 3EL5A 5P72A 2OHQA 2CEJA 3L3AA 5P0LA 4B78A 5P8PA 4B00A 3U7SA 2ZJLA 3GI5A 1GVWA 4Y56A 1QBUA 5P16A 6UPJA 1B6LA 2OHSA 1PPKE 1RL8A 2G69A 3LIVA 2PSGA 4ER4E 1F7AA 3QP0A 5P7MA 4FL8A 9HVPA 4I0ZA 4ZSPA 5P3KA 1BWAA 4DJOA 4F76A 1Q9PA 4OBJA 5P0BA 4KE1A 3BHEA 2B42A 5E5JA 1FB7A 5P2EA 2F80A 2RKGA 5P4HA 1LYBA 3EMYA 4J0ZA 5CONA 1AVFA 4RVJA 3NDWA 1D4JA 4ZPGA 3EBZA 2QU3A 5P5SA 1FMUA 2IS0A 4R95A 5P20A 2VJ7A 4APEA 3OHFA 5KQFA 3Q5HA 3OADB 1AZ5A 4TRZA 5P6RA 2G1RA 3L59A 3UQUA 2ZHRA 3QROA 3RTMA 3VFBA 5P6FA 3IXJA 2NTRA 1SDTA 1A8KA 5ENMA 5P7EA 2RMPA 4EQJA 2QNNA 2O4KA 4F75A 4M8YA 3NUJA 5P5UA 4AZYA 2QD7A 5P1FA 3GI4A 3VLAA 1CPIA 2FNTA 2R5QA 3SM1A 3JW2A 4CPWA 5I3VA 5FIVA 2OF0A 5P6NA 2EWYA 4Y3TA 6FIVA 2HC0A 5AGZA 1EPQE 4FRSA 1G6LA 5UPJA 5ER1E 4YDFA 2RKFA 5P2CA 5P6VA 4EHCA 4COEA 2AZ8A 3PI5A 4Y45A 2WEDA 1MSNA 2QP8A 5SY2A 3GI0A 1XL2A 2AOHA 3OQKA 1KJ7A 5P7DA 4DPIA 3IVHA 3O9BA 5P2AA 3NR6A 4Y39A 1GNOA 5OZGA 4YCYA 5HE4A 1YTGA 3TOGA 4WTUA 3SA5A 4F74A 4LC7A 4Y3FA 5P7ZA 3OGQA 4L7HA 1LZQA 2WECA 4HZTA 3BVAA 2FIVA 5P8DA 3SO9A 2G1YA 3PEPA 5T4SA 4NJSA 5P0VA 2ZYEA 4GJDA 1HPOA 3PCWA 4GMIA 1SGUA 3KA2A 1RQ9A 5P0GA 1J71A 2ZJJA 5BS4A 1K1UA 5OZBA 3LITA 4Y4JA 1IVPA 4Y5AA 4DJWA 2ZHUA 4JP9A 5P3GA 5CLMA 5OZQA 3BUHA 3PLDA 1LF2A 5P5KA 3NDUA 5P26A 5P2VA 3HD8A 5P7AA 4EWOA 2VS2A 2ASIA 2WEZA 1HIVA 3QIHA 3SACA 3OUAA 1QDMA 4ZSRA 2AVVA 3PM4A 3OXVA 2AIDA 1MERA 4U7VA 3UQWA 3SKGA 5P80A 4Y5EA 5P4JA 1ZP8A 4LL3A 4Y3MA 4ACUA 5OZ3A 3VSWA 2NXLA 2I1AA 1HXBA 1RV7A 3B7VA 1EPME 4KE0A 5P2KA 4YE3A 2OHUA 4FM6A 5AHBA 3R1GB 3SA4A 2ZJKA 3ER3E 3O9FA 2AOIA 3OAGA 3SPKA 1SP5A 3OUDA 2HB3A 2AOEA 4HA5A 5P3XA 5P12A 5P8OA 2AODA 3UDMA 3DCRA 4E43A 1LEEA 4EXGA 4DFGA 4R5NA 3EL9A 5P33A 2PYMA 3JVWA 1NSOA 3UCBA 3UDHA 5KR1A 5E5KA 3PMYA 3I6OA 5P69A 3UHLA 1LYAA 2OHRA 1B5FB 4I0FA 5P53A 2AOGA 5P74A 5P03A 3U71A 3WB5A 4RVIA 4QJ9A 3NXNA 5OZ7A 5KR8A 2ZHVA 2Q54A 5P08A 3OXCA 5P4FA 5P5DA 1LS5A 4U7QA 4Y3RA 3TPPA 3GI6A 1ODWA 4HDBA 1APUE 4Y3YA 1BIMA 4OBZA 2BQVA 2ZHTA 5P1SA 1BAIA 5P1HA 3QVIA 4J1KA 2OHLA 4Y4UA 3SA7A 1D4HA 4Y43A 1MESA 4Y5GA 3S54A 1HVCA 3K4VA 5OZKA 4CPUA 3T6IA 5OYUA 3WZ8A 3INHA 2PWRA 1FQ4A 1BV9A 5P42A 2ER7E 4DQBA 4K4RA 1QBTA 5P1RA 2P3DA 4ZSMA 5AHCA 2AQUA 4HLAA 3UTLA 5P24A 4Y35A 1AIDA 5I3XA 4RRNA 5P63A 4MC2A 3D1ZA 4Y47A 5OZJA 5P2RA 4ER1E 2BPYA 1BVGA 3DV5A 3KDDA 2QHYA 2O4SA 4Y41A 4OBKA 3OOTA 5AH6A 5P8FA 3TL9A 5P0MA 1DPJA 2NNKA 3VSXA 4FS4A 4DQHA 1MPPA 5P8JA 5P61A 1B11A 4J0VA 3D91A 7UPJA 5P6EA 1KJ4A 1C70A 5OZ2A 3OU1A 3PGIA 2HIZA 3TTPA 5SY3A 1Z1RA 2AVQA 4YBFA 4Y3GA 2FDPA 5P3FA 1TCXA 3UDNA 3GW5A 5P32A 1SMRA 2B7FA 4Y3LA 2QMPA 1K2CA 4Y48A 3EKTA 1M43A 5P7IA 3Q70A 5P7YA 3RTNA 1ZBGA 2WF2A 3QRSA 5P2IA 1FG6C 4Y3XA 4FCOA 1QRPE 3U6AA 2JE4A 2PK5A 4I0DA 2VNMA 4Q1WA 4YOAA 5P6KA 1HSIA 5P2HA 1LYBB 2Q63A 4Y4DA 5P6PA 4DQFA 5P38A 1HWRA 2AVSA 2PSUA 4RROA 5P3JA 5P37A 5P6XA 1ZPAA 3OXXA 3LINA 3ZKGA 4Y5CA 4ZPEA 3NDXA 5P48A 1HRNA 4EXHA 1D4KA 2Q3KA 2ZJHA 2WJOA 4YBIA 2ER9E 2Q5KA 4Y4AA 3URIA 4J0YA 4ZEAA 5P83A 1NPAA 4DUSA 1SH9A 4OD9A 5HDVA 3S45A 5P3IA 4Y4EA 3CKPA 4HE9A 3PWWA 1EPNE 1PPME 5P6BA 4EP2A 3O9EA 3L5BA 1YTJA 2HS2A 2ZGAA 3WB4A 2Q55A 5P36A 3S56A 4B1EA 4L7JA 2BPVA 4LXMA 3ZKSA 5P2ZA 3INDA 5P3RA 4Y3JA 3D20A 5P6HA 5P5LA 5P19A 5P3EA 2J9JA 1DAZC 3HDKA 4EJDA 5P43A 5KOQA 2HPEA 5P1VA 4EQ0A 4Y3EA 5OZWA 1FMBA 4RVXA 2IGYA 3VUCA 3FV3A 5OZTA 5P6AA 3FNSA 2WF3A 4B05A 5P4YA 5KQXA 2QI1A 4Y3PA 3URLA 3ST5A 3FX5A 3SLZA 4RGHA 2I4WA 3A2OA 5OZ8A 2FGUA 5OYWA 2ZJMA 5P7UA 3B80A 1ZPKA 1SGZA 4TVGA 5P1WA 2I4VA 3IAWA 5P6DA 4L1AB 2I4QA 3Q4BA 4Z50A 3L5FA 3TOFA 4FAFA 4TRYA 5OZHA 1WBMA 3UDRA 2WEBA 3TPJA 3O9DA 5P17A 2Z54A 4Y3QA 4Y5LA 5P4GA 3SKFA 5IVRA 2OHNA 2QCIA 4DJPA 3DJKA 2QZKA 4ZLSA 1GNNA 5P1IA 5P7CA 5P41A 5OZFA 1HTEA 5P5CA 3SA3A 5OYRA 4IVTA 4YOBA 3QRMA 1E81E 4Q1YA 2IKOA 1EC2A 5OZCA 1HBVA 3KFSA 5OYTA 3CIDA 3MSLA 4LP9A 4CPXA 3EM4A 1HVHA 4YD4A 1EEDP 1HPXA 1E82E 1HTRB 3PBZA 2V00A 1LV1A 4CMSA 5P8EA 3MXDA 4OBFA 1FEJC 5P7OA 1K6VA 2HPFA 2AOCA 5KR0A 3NU4A 1GVTA 5OZ5A 5P1TA 2R8NA 5P2JA 3KT5A 4H3FA 3IA9A 2R3WA 3HZCA 3I2LA 4Y5MA 5P31A 5P8VA 5P65A 5P5BA 3VG1A 2H6SA 5HE7A 5OYQA 3QRVA 4JPCA 4J0PA 4PPHA 5P0TA 1K2BA 3PWMA 2CEMA 2BPXA 4Y5BA 4HDFA 4FRKA 5P1GA 5P3TA 3PSGA 2PWCA 2ZJNA 3I25A 5P7WA 5OZUA 1HSGA 2R9BA 5P2MA 3UDPA 3LPIA 5BRYA 4MC6A 5P4UA 2UXZA 3PSYA 4J1IA 4APRE 5P39A 5P3UA 5P2FA 2V16C 4MC9A 1SIVA 5P2BA 4PHVA 1HVRA 2R5PA 5P8IA 5P2SA 1QBRA 5P5ZA 1E80E 1G35A 1K6CA 1FQ6A 5EZZA 5OZ9A 1YM2A 2VNNA 3EM3A 4NJUA 1XN3A 2WKZA 3OOZA 3FSMA 3DK1A 1BDRA 3OQ7A 4NJTA 2AZ9A 2BB9A 2V10C 5P0QA 5P1JA 4GJ6A 3OQAA 5P7NA 4CPTA 5C9DA 2FXDA 1IDBA 3VCMA 5P8AA 1HTFA 1TSQA 5F01A 3CYXA 1FG8C 2NNPA 4Y58A 5P6UA 4RRSA 3QS1A 2PMAA 2VA5A 2I0DA 3HBOA 2CENA 3LIQA 1HEGE 1ZTZA 4NPTA 5OZYA 1GVVA 2XYFA 4B70A 3ZLQA 5P3CA 1RPIA 2HB2A 3C9XA 1BDLA 5P2YA 3I8WA 4EP3A 4QJ2A 5DQ2A 4KUPA 4FSLA 1ZJ7A 3O9LA 5DR1A 4NJVA 4YD5A 5P01A 3FNUA 4I8ZA 3BGCA 3LIZA 1W50A 5P56A 5P2UA 3HAUA 5P09A 5P66A 5P5EA 2QZWA 3AUPA 2OHKA 5P0XA 3OUCA 5P8CA 1APVE 5P5XA 4Y6MA 3KF0A 4I8WA 5P00A 4CPSA 3N4LA 4I0JA 4UPJA 3OWNA 2JJJA 1BVEA 5P0FA 1Z1HA 5P0CA 2APRA 5B18A 4PZXA 4GJ8A 4YD7A 4K4QA 3KFNA 5P7BA 4OC6A 2P8HA 3EKVA 5P7TA 5P4RA 1HSHA 5IVQA 5AH7A 4J1FA 4EYRA 4Y38A 5P2TA 4EJLA 1TSUA 1XDHA 5AH8A 1UPJA 2XFKA 5P87A 3TLHA 2ZDZA 1EBYA 2QHCA 3ZMGA 2QZLA 1GVUA 4QJ8A 3L58A 3H0BA 1IZIA 3LPJA 5P0JA 5P4ZA 2O4LA 4YCTA 4H1EA 4BFBA 5P15A 1T7JA 5P1MA 5P35A 5KQZA 3OU4A 5OZMA 2B60A 5COOA 4Y3AA 5ER2E 5DQ4A 4Z4XA 1XN2A 3QVCA 4A6BA 1PROA 5P02A 5P3VA 2QNQA 3NU3A 2WEAA 4I11A 4BELA 4J1HA 5P5WA 5P3LA 1NPWA 5P1UA 5P4QA 5P59A 5P3ZA 3VV6A 1FQ7A 1FFFC 4FAEA 4OBHA 4CPRA 1OEWA 3OQFA 3O9AA 1W6HA 2G21A 3UQRA 5OZSA 3VYEA 3Q6YA 5P34A 3R0WA 4I0GA 2Z4OA 4RLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDQ A;  5P46 A;  5DPZ A;  3DM6 A;  5P5I A;  1W51 A;  4DJX A;  5P0Y A;  2QK5 A;  3TKG A;  2XFI A;  2ZHS A;  4AA9 A;  2VKM A;  5P2O A;  4DI2 A;  1HHP A;  4DQG A;  5P10 A;  5P4S A;  1FQX A;  1FQ8 A;  5P1C A;  3FNT A;  3INE A;  3T7Q A;  3BRA A;  3LHG A;  4Y57 A;  5P18 A;  1F34 A;  5OZO A;  5P47 A;  5P8R A;  5P1L A;  5P0Z A;  5P44 A;  5P1Y A;  2OAH A;  5DR4 A;  5KAO A;  5ISK A;  4Q1X A;  3SM2 A;  2V0Z C;  4FSE A;  2G1O A;  3UQP A;  4A4Q A;  2QZX A;  3KT2 A;  5OZ4 A;  2AOJ A;  3ZKM A;  5P7K A;  4D8C A;  5P2W A;  5OYS A;  3NXE A;  5SXN A;  1HPV A;  4Y4X A;  5P7H A;  3S7M A;  2R38 A;  3EL1 A;  3OTY A;  3DUY A;  4RYC A;  3EL0 A;  4FRI A;  3VYD A;  3LIY A;  4Z2Z A;  5HDZ A;  3EC0 A;  5P7R A;  5P6C A;  5P79 A;  4HEG A;  3VLB A;  5P6Y A;  1XE6 A;  1MRX A;  5P76 A;  3TPL A;  4BFD A;  3DOX A;  3IXK A;  4I0H A;  1MTR A;  4QGI A;  4CP7 A;  3ZKN A;  3TPR A;  3H5B A;  3RVI A;  2I4D A;  3R2F A;  1M4H A;  5P2Q A;  5P4C A;  3DV1 A;  5P0P A;  5P6J A;  5COK A;  3D1X A;  2ZJI A;  3OXW A;  5P5A A;  5HVP A;  3L5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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