3CKPA

Crystal structure of bace-1 in complex with inhibitor
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
392
structure length
379
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis, SAR, and X-ray structure of human BACE-1 inhibitors with cyclic urea derivatives
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 93
structure length 379
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckpA02
3UFLA 3VV7A 1PFZA 5P7WA 1TSQA 5ER2E 5P6QA 4EWOA 5P0YA 5P83A 3PWWA 4DQBA 1D4LA 4KE0A 4RYGA 3IAWA 4Y4EA 1ZTZA 5P7IA 1HRNA 5EZZA 5P71A 4FIVA 1T6EX 3JW2A 3S85A 2P4JA 5P0XA 2NR6A 4EYRA 5P8HA 1BILA 1SGZA 2FNSA 1ZAPA 4CPQA 1FG8C 1PSAA 5P4OA 2OHUA 2ZYEA 1APVE 5P4GA 2WEDA 4Y54A 2ZHVA 3O99A 3CIDA 4ZEAA 1PPLE 4Y3XA 1FGCC 2HB2A 2VIEA 2UPJA 3PMUA 1GNNA 1BDQA 2ZJKA 4RCEA 5C9BA 5P31A 3HVGA 4RROA 2B60A 3I25A 1T7JA 5P2UA 4ZPFA 2RSPA 1UPJA 2P3CA 1XE5A 4K4QA 2QI0A 5CONA 5P7BA 4Y3RA 1OEWA 1B6MA 1B6PA 2AOEA 5P12A 5OZ2A 3AUPA 2BPXA 2ER7E 5P6OA 3AIDA 2FDPA 5P5NA 5P0CA 5P0HA 4D88A 5KQFA 3OQDA 1E81E 1HIIA 3NSHA 1B6JA 3PCZA 1IZIA 3IN3A 3NU4A 4LXMA 1VIJA 1MTRA 4CPXA 3LZVA 4HEGA 5P4PA 4RCFA 3BVAA 5P6CA 2ASIA 4Y3DA 5P4VA 1WKRA 5P85A 4QJAA 5OZFA 5P30A 3L5DA 3UQRA 5P3CA 3IXJA 4RVIA 3PSYA 4Y4DA 5P7JA 5OZKA 2OHQA 5T4SA 5P49A 5P0BA 5P4LA 5P3KA 5AH6A 5P8LA 5OZ3A 3GGUA 3K4VA 2OHLA 5SZ9A 5P1WA 4NJTA 5COKA 1SMRA 2IDWA 3KF0A 4RGHA 3NU6A 1PROA 2HS2A 5P3XA 2HC0A 5HE7A 3O9HA 5P2EA 3KFNA 4Y3JA 2QHYA 4YBIA 1SDVA 4EXHA 4ER2E 3DUYA 1ZBGA 2FS4A 5P0SA 5P3DA 2G1SA 5JFUA 5P5VA 5P7LA 4DQGA 2IKUA 5P2ZA 5AHAA 2R9BA 4J1KA 1MSNA 3NDWA 5P0LA 1ZSRA 1MEUA 3NU5A 3OGPA 1IDAA 5P6HA 2BB9A 1G2KA 4AUCA 1QBSA 4Y3EA 5P4YA 5OZEA 2AZ9A 3GI4A 3VYEA 4MC9A 1FLHA 5OZTA 4ER4E 4NPTA 3K1WA 2HB4A 5P0KA 1LF3A 5P56A 2AOGA 4HZTA 5P1PA 2AOCA 4L7GA 4BFBA 1YTJA 4Q1YA 2PC0A 4HLAA 1LYWA 5P1GA 1Z8CA 4YD7A 5P5WA 5P07A 3B7VA 5P5MA 4EP3A 1HOSA 1IBQA 5KQXA 3MWSA 5P0VA 5P5OA 4CPRA 1BWAA 1GNMA 1FQ5A 3CMSA 5HU0A 1BWBA 4YHQA 5P6XA 5OZOA 3VYFA 3UDPA 4GJ5A 4YD5A 1A94A 3OAGA 3QVIA 1LF2A 3OUBA 3BGBA 2QD6A 5P3IA 1QRPE 5OZ0A 5P7HA 4M8XA 4J0TA 4FSLA 4DJRA 3UF3A 4Y50A 4OBHA 4Y51A 1TCWA 5P3WA 5P00A 5P40A 2G22A 1K6PA 3VF7A 5P5EA 4H3GA 4Y3GA 2QCIA 5P73A 1KJ7A 5DQ2A 3O9EA 2QI7A 3UHLA 5P6NA 4DQHA 2AQUA 5P2AA 4OBFA 5P5JA 5P3TA 3OUDA 1BDLA 4AZYA 3OOTA 5KQYA 1G6LA 4R95A 5P39A 1EC1A 5P5TA 5IVSA 5HU1A 5P0MA 5P5LA 5P8MA 2ZJJA 5P1YA 4JOOA 5P5XA 2QNPA 3ZLQA 1CMSA 2QZXA 5UPJA 5JFPA 5P27A 4OBKA 3RVIA 5ISKA 1HVSA 5P23A 4B0QA 5BRYA 2VS2A 5C9FA 5DGWA 4RCDA 5OZMA 3EL5A 5P8TA 3PHVA 3UPJA 5P7XA 3L5FA 5P6WA 1ZPAA 3LIVA 3UDNA 2IGYA 3NWXA 2ZHRA 2XFJA 1EPNE 1MT7A 5OZIA 3EM6A 5P70A 1HSHA 5P18A 5OZYA 6FIVA 2APRA 5P4RA 3S56A 2G24A 1BAIA 1LYAA 2OHPA 3ZKMA 1MT9A 3OTYA 5OYXA 2QI4A 1F34A 2VA7A 3O9DA 3NDXA 4LAPA 3HW1A 2FGVA 3T7PA 5OZAA 4D89A 1EPPE 2I4XA 4KUPA 3LIZA 5P2IA 3VCMA 5P1VA 5P7QA 4F76A 3NXNA 2V11C 4OD9A 5P2DA 2F8GA 2V13A 1GNOA 2BJUA 1FQ6A 2O40A 3QIHA 4RYCA 4FAFA 3U7SA 3QPJA 1HPOA 1D4JA 2Z4OA 5P66A 4Y5LA 5P8QA 3TPLA 5P3YA 3HDKA 1MPPA 1ER8E 4HDPA 1N49A 4F75A 4Y44A 2G21A 1LZQA 3KT2A 1W5WA 2JJJA 4Y53A 1PSOE 5P4ZA 7UPJA 1HIVA 2I4VA 2IL2A 2QZWA 5P86A 3Q3TA 5P1ZA 2G20A 1ODXA 2I4UA 5P0QA 5P08A 4E43A 2FLEA 3TPJA 3NYGA 2NNKA 1BDRA 5P84A 5P5BA 1ODYA 5DR8A 2RENA 5P2TA 3UQXA 1XDHA 1TCXA 3PVKA 1APTE 4J54A 5P46A 4GZFA 5P78A 5P68A 1K1TA 2VJ7A 4Y48A 4I0GA 4PPHA 4B72A 3QVCA 1GVXA 4MC6A 4COEA 4RZ1A 4B78A 2Q55A 5P60A 5P8GA 2QZLA 3EM3A 1DMPA 5P2NA 2FDDA 2FXEA 1EPRE 1RV7A 5SXNA 2PK5A 4CP7A 3QRMA 4J1EA 2J9JA 2QD7A 5P1CA 1JLDA 5HE5A 3HZCA 5P4CA 2IENA 4EJLA 3URLA 2F3KA 2PH6A 4Z50A 3K4VC 5P19A 3EKWA 1E82E 1RL8A 4F73A 2FDEA 4Q1XA 1FMXA 3ZKSA 4OC6A 5B18A 2EWYA 3T11A 5P37A 2WF2A 5JODA 2WF4A 4Y58A 3T7XA 3TPPA 2AOJA 4L6BA 3EKTA 4FSEA 4EP2A 5KR8A 2OF0A 4J17A 4EHCA 1FB7A 5P77A 4B00A 1HSIA 4PEPA 2AVQA 3EC0A 5P8BA 2XFIA 1W5VA 3S45A 3PBZA 4Y47A 4CPSA 5P4EA 2ER6E 5J25A 4EPJA 1SGUA 5P76A 3CIBA 2G1NA 1B5FB 4H3IA 1TZSA 1AZ5A 3KN0A 3PSGA 4LHHA 3GGVA 5P3GA 1SIPA 3APPA 4FGXA 1EPLE 5OYSA 3TH9A 2P3DA 1AJVA 2NMZA 5OZZA 3S7LA 5IVTA 5P41A 3EL0A 2FMBA 5OZCA 5P67A 2I4DA 2PSGA 1ODWA 3LINA 1YTIA 4DJUA 3UQUA 1K2BA 4DPIA 3HLOA 2BPWA 1FG6C 5P0EA 1M4HA 2VIYA 5P6AA 1HSGA 1HIHA 5P8NA 1B6KA 1HVLA 5P03A 1HPVA 5HDZA 3L58A 3A2OA 5P7CA 1W6IA 4DJYA 2V0ZC 3VLAA 3S7MA 1E80E 2NNPA 1HVCA 2Q11A 3MSKA 5P6KA 5P6UA 2VKMA 6APRE 4FCOA 4A6CA 4I10A 3R4BA 5ER1E 1WBKA 3K5DA 3QBFA 1FMBA 4A4QA 3ZKQA 3Q5HA 2VIJA 3WSJA 1NPWA 2AODA 4EJDA 3KFSA 3LPKA 3SM1A 5P10A 3SA6A 5P2VA 3SKFA 3PJ6A 3OXWA 4JPCA 2G1OA 4Y43A 3D91A 3KDCA 4U7VA 3QP0A 5P2FA 5P16A 5OYTA 5P4QA 2QMGA 4Y3MA 5P1RA 5P7VA 5P6JA 3KFPA 3S8IA 5P4KA 5OYUA 4EQ0A 1HWRA 5P45A 3OADB 4K4RA 1BV9A 4EJKA 1E5OE 3TKGA 3KDDA 2I4QA 5P7UA 5KR2A 3GGXA 5P06A 1Q9PA 3QBHA 3ZKGA 1AXAA 4Y5GA 3OGQA 2MIPA 4FM8A 5HE4A 4Y5NA 2PH8A 5P24A 3INEA 1NH0A 1QBUA 4DJWA 4Y57A 3GI5A 3TNEA 3UQPA 5P3BA 1W5XA 2NTRA 2OHRA 4Y4XA 5P1QA 3IVHA 3F9QA 1EEDP 4R8YA 1T7KA 3UDRA 3IXKA 1D4YA 2HS1A 3KYRA 5P64A 4B1DA 5P4HA 3SA8A 3O9GA 5P4BA 3SA5A 3EKXA 1RNEA 3L3AA 3FV3A 3WB4A 5BWYA 2Z54A 5DR0A 2HIZA 1AM5A 5P6MA 2WEAA 1EPME 4Y3WA 3Q4BA 2OHKA 2P3BB 5P38A 4BFDA 5P7SA 4APEA 1HXWA 2G69A 4Y5EA 4J0VA 3EKYA 4RLDA 3SKGA 2QK5A 3KA2A 4I8ZA 2VJ6A 2G1RA 5P0JA 5HD0A 2AOIA 4Q1NA 1HXBA 1MVPA 4I8WA 3EXOA 4ZE6A 5P0NA 5P42A 3D1YA 4OBZB 5P1NA 3KM4A 5OZDA 5P7KA 4I0EA 4DI2A 4TVHA 1AIDA 5HDVA 3KFRA 4LXAA 4Y4AA 5DQCA 5OZWA 1W6HA 3HAUA 2VNMA 3FIVA 3PSUA 5ENKA 1FIVA 1ENTE 4GJ7A 2VA5A 2FGUA 4GJCA 5P48A 5P5KA 4YCTA 4I0HA 1Z1RA 3S43B 1BVGA 3CYWA 3UDQA 3OY4A 4FM6A 4ZPGA 2B7FA 5P33A 5OZ6A 5P0WA 2PSUA 2BQVA 1QS8A 3ECGA 2I1AA 4K4PA 2HB3A 4Y35A 3ZPSA 5KR0A 4FAEA 4XXSA 2ZJHA 4DQCA 3I7EA 3OOZA 5ENMA 4Y5CA 5P2QA 5ISJA 1IVQA 3N3IA 5KOSA 3RTMA 1C70A 3SA9A 2AVMA 3QROA 1EC0A 4FRIA 2VA6A 4J5JA 3NWQA 4YD6A 3KMYA 5P7AA 1FQ4A 1NPAA 1IVPA 5KOQA 4U8WA 1KJHA 2BPVA 3OWNA 3LHGA 4BELA 3UCBA 4RRSA 2G94A 4MC1A 5I3VA 5P7GA 3SQFA 3SLZA 3KT5A 3S53A 4QJ6A 5P0ZA 3R0WA 2Q54A 1EBKC 5DGUA 2NPHA 5P6EA 3OU1A 1GVUA 4M8YA 5P2MA 5P6LA 4NPUA 4CPWA 5HTZA 1SDTA 1HTFA 4FLGA 2Q63A 4QGIA 1RQ9A 4Y3PA 5P35A 4DQEA 5P14A 5P8IA 1RPIA 5P1EA 4YCKA 3MXEA 3VUCA 5P7FA 3RTNA 3VSXA 5OZGA 5P5ZA 1WBMA 3RU1A 2QD8A 3B80A 1A8KA 5P0AA 3OK9A 2I4WA 5P79A 5E5JA 3NUOA 1D4SA 3D1ZA 3EBZA 4UPJA 3HD8A 2QNQA 3TOGA 1FQXA 3OQAA 5P2CA 5AH8A 1LF4A 1SH9A 5P0IA 5P6IA 4B1EA 5P0OA 3LIXA 4HE9A 5P7TA 1HTEA 4D8CA 2R38A 3PRSA 5OYRA 1MT8A 3INHA 5DPZA 5P3MA 3NDTA 3SPKA 4Y3LA 2QZKA 5P2OA 5P6BA 1ZLFA 5PEPA 4DVFA 1MTBA 5P82A 5P01A 5P26A 4GJ6A 5OZVA 2IEOA 3I8WA 4RVXA 4WY1A 3ER3E 3FSMA 5P59A 2PMAA 3OU1B 4HA5A 3EMYA 3QS1A 4YDGA 2PK6A 3TPRA 4YD4A 4JP9A 5P53A 1Z1HA 5P6FA 5P2XA 3LZYA 2QI3A 4GJDA 2OHNA 3G6ZA 5P8AA 3KMXA 3PM4A 1FEJC 5DQ1A 1YT9A 1SDUA 1GKTA 3EKPA 2IRZA 4X7IA 3ZOVA 5P3ZA 5COOA 2WECA 3OTSA 4QJ7A 5P5PA 3EL1A 1SBGA 3DV1A 3LZUA 3VLBA 4Y38A 2O4NA 3FNSA 4Y3YA 4ZLSA 1G0VA 5KAOA 5P3EA 4L1AB 3QRSA 2R5QA 4FS4A 1IZHA 5OYYA 5P74A 5P54A 5P8EA 5P2WA 3ST5A 5DR4A 5P8JA 1U8GA 3DOXA 4WTUA 5IVRA 4GJ9A 5P5QA 2BPZA 3QRVA 4LP9A 2WF1A 1B5FA 1NSOA 4Q1WA 4NJVA 5P1SA 3I6OA 5P6VA 1XN3A 1QBRA 5P62A 5I3YA 3D3TA 5P5DA 1YTHA 4ACXA 2OHTA 1ZJ7A 2QMPA 1FF0C 3L38A 3ZKNA 4DFGA 1W50A 1EC3A 5I3WA 5P1OA 3FNTA 3NR6A 4Y4UA 3GI0A 2I0DA 3BUFA 3L5BA 2O4KA 4EQJA 5P1HA 1HTRB 3G70A 3PEPA 3DM6A 5P8UA 1K6CA 3VG1A 3FNUA 4L7HA 5P25A 5P7NA 2AZBA 5P15A 4Y5KA 1LYBB 3NXEA 4D83A 3TLHA 2IS0A 2PYNA 2Q15A 3OUCA 5P7EA 5P4SA 5P1DA 4Y36A 5P57A 4LBTA 3CKTA 3O9LA 4I0ZA 4YE3A 5HVPA 4Y45A 5P20A 4FRJA 3DK1A 4Y41A 3OXXA 5P88A 4CKUA 4OBGA 2SAMA 5OZSA 3DV5A 1A30A 3PCWA 5P52A 2QHCA 5P1AA 3QN8A 1BV7A 2R43A 4I0JA 3OXVA 3VV6A 5OZ1A 5P0TA 4Y4TA 5AH9A 5P7YA 4DJPA 1VIKA 5P1MA 3MSJA 4J1IA 3WZ6A 3ZPUA 4K9HA 2WKZA 2P3AA 2HPEA 2J9KA 2ER0E 3R2FA 2JJIA 1ZPKA 4B05A 5P6ZA 3G72A 3MXDA 4TVGA 4KE1A 4Q5MA 3URIA 3LITA 4NJUA 4GJAA 2RMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UFL A;  3VV7 A;  1PFZ A;  5P7W A;  1TSQ A;  5ER2 E;  5P6Q A;  4EWO A;  5P0Y A;  5P83 A;  3PWW A;  4DQB A;  1D4L A;  4KE0 A;  4RYG A;  3IAW A;  4Y4E A;  1ZTZ A;  5P7I A;  1HRN A;  5EZZ A;  5P71 A;  4FIV A;  1T6E X;  3JW2 A;  3S85 A;  2P4J A;  5P0X A;  2NR6 A;  4EYR A;  5P8H A;  1BIL A;  1SGZ A;  2FNS A;  1ZAP A;  4CPQ A;  1FG8 C;  1PSA A;  5P4O A;  2OHU A;  2ZYE A;  1APV E;  5P4G A;  2WED A;  4Y54 A;  2ZHV A;  3O99 A;  3CID A;  4ZEA A;  1PPL E;  4Y3X A;  1FGC C;  2HB2 A;  2VIE A;  2UPJ A;  3PMU A;  1GNN A;  1BDQ A;  2ZJK A;  4RCE A;  5C9B A;  5P31 A;  3HVG A;  4RRO A;  2B60 A;  3I25 A;  1T7J A;  5P2U A;  4ZPF A;  2RSP A;  1UPJ A;  2P3C A;  1XE5 A;  4K4Q A;  2QI0 A;  5CON A;  5P7B A;  4Y3R A;  1OEW A;  1B6M A;  1B6P A;  2AOE A;  5P12 A;  5OZ2 A;  3AUP A;  2BPX A;  2ER7 E;  5P6O A;  3AID A;  2FDP A;  5P5N A;  5P0C A;  5P0H A;  4D88 A;  5KQF A;  3OQD A;  1E81 E;  1HII A;  3NSH A;  1B6J A;  3PCZ A;  1IZI A;  3IN3 A;  3NU4 A;  4LXM A;  1VIJ A;  1MTR A;  4CPX A;  3LZV A;  4HEG A;  5P4P A;  4RCF A;  3BVA A;  5P6C A;  2ASI A;  4Y3D A;  5P4V A;  1WKR A;  5P85 A;  4QJA A;  5OZF A;  5P30 A;  3L5D A;  3UQR A;  5P3C A;  3IXJ A;  4RVI A;  3PSY A;  4Y4D A;  5P7J A;  5OZK A;  2OHQ A;  5T4S A;  5P49 A;  5P0B A;  5P4L A;  5P3K A;  5AH6 A;  5P8L A;  5OZ3 A;  3GGU A;  3K4V A;  2OHL A;  5SZ9 A;  5P1W A;  4NJT A;  5COK A;  1SMR A;  2IDW A;  3KF0 A;  4RGH A;  3NU6 A;  1PRO A;  2HS2 A;  5P3X A;  2HC0 A;  5HE7 A;  3O9H A;  5P2E A;  3KFN A;  4Y3J A;  2QHY A;  4YBI A;  1SDV A;  4EXH A;  4ER2 E;  3DUY A;  1ZBG A;  2FS4 A;  5P0S A;  5P3D A;  2G1S A;  5JFU A;  5P5V A;  5P7L A;  4DQG A;  2IKU A;  5P2Z A;  5AHA A;  2R9B A;  4J1K A;  1MSN A;  3NDW A;  5P0L A;  1ZSR A;  1MEU A;  3NU5 A;  3OGP A;  1IDA A;  5P6H A;  2BB9 A;  1G2K A;  4AUC A;  1QBS A;  4Y3E A;  5P4Y A;  5OZE A;  2AZ9 A;  3GI4 A;  3VYE A;  4MC9 A;  1FLH A;  5OZT A;  4ER4 E;  4NPT A;  3K1W A;  2HB4 A;  5P0K A;  1LF3 A;  5P56 A;  2AOG A;  4HZT A;  5P1P A;  2AOC A;  4L7G A;  4BFB A;  1YTJ A;  4Q1Y A;  2PC0 A;  4HLA A;  1LYW A;  5P1G A;  1Z8C A;  4YD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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