3CKRA

Crystal structure of bace-1 in complex with inhibitor
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
392
structure length
379
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis, SAR, and X-ray structure of human BACE-1 inhibitors with cyclic urea derivatives
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 84
structure length 379
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA02
4J0PA 2AOEA 2FMBA 4XX4A 5P2XA 5P8UA 4FCOA 3VV8A 5P7DA 3LZUA 3HAWA 2OHNA 3IA9A 3DJKA 2AVVA 3QRMA 5P27A 3UQPA 4DQCA 2QU3A 5OZOA 3PSGA 4TVHA 3Q6YA 4DJPA 1WBMA 5P4OA 3NDTA 5OZAA 3H5BA 3L5DA 2ZGAA 4DJXA 3LPIA 5JG1A 2FDPA 1A8KA 1BDQA 3GGAA 3EKYA 3O9HA 5DQ4A 5P0JA 5HDVA 2P3CA 5P6HA 2AZ8A 2QAKA 3OGQA 2OHSA 4Y3AA 4M8YA 2WF1A 3PRSA 4Y5EA 4GB2A 4A4QA 4K8SA 5P6TA 4EYRA 3PI5A 5P8CA 2AZ9A 5DGWA 5P36A 1D4IA 2J9JA 5P8PA 3T7PA 5P0GA 1T7IA 4DQHA 3H0BA 2ZJKA 4I0GA 5P06A 5P3WA 2VNNA 4Y39A 1QBSA 3OWNA 5P0NA 5P7CA 3MWSA 3NU4A 5AH6A 4HVPA 4JECA 3KT2A 5P41A 3PMUA 3BUFA 2CEMA 2PYNA 3OU1A 3UDNA 5CLMA 5OZPA 4IVTA 3FIVA 4QGIA 3RTNA 2CEJA 1D4YA 4RZ1A 1M0BA 4H3IA 5P83A 2QI0A 5P77A 3HW1A 1GVWA 3IN3A 2UXZA 4J0TA 4Y3PA 4DUSA 5P0RA 1NPWA 4CPQA 3INHA 1DPJA 3S43A 5HDXA 2B7FA 1GVVA 2AOJA 4ACXA 5JFPA 5OZIA 3I2LA 3OQKA 3PHVA 1HXWA 3GI5A 3VFBA 5BRYA 3B80A 2HC0A 2XFKA 3HLOA 1M4HA 5HE7A 5P46A 1E5OE 2WF4A 5P4AA 3SKFA 4NPUA 5IVRA 3VCMA 5P8RA 1J71A 1EC0A 1ZLFA 5P42A 3MSKA 1RL8A 5OYYA 4FSLA 1ZPKA 2AOCA 5P7IA 3TTPA 5P05A 5P3RA 4DFGA 4I0HA 2IKOA 2VA5A 5P6OA 5P6BA 4GJDA 5P47A 1BAIA 5P8AA 5P7GA 2HB3A 1SP5A 4Y5MA 5E5KA 5P0KA 4ER4E 5OZFA 1QBTA 1C6XA 3VFAA 2G1NA 1K6PA 3UCBA 3GGXA 5P1FA 1HSIA 4HLAA 5P29A 5P59A 3M9FA 1MUIA 2BKSA 1T3RA 2AOIA 4OD9B 3Q3TA 4I0DA 3T7QA 4Y4UA 5OZYA 6FIVA 4D83A 5P5VA 2O4LA 5P3EA 2G1RA 1CZIE 5DQCA 3T11A 1HVRA 1HTRB 5P87A 3OUDB 4B1DA 2JJIA 3G70A 1BBSA 2BKTA 4M8XA 5P71A 4DJUA 5C9DA 2HAHA 3RVIA 2H6TA 3VLBA 3CICA 5P6NA 4K4RA 4EJ8A 5DR3A 2R5QA 4PYVA 1KJFA 5P0EA 2V16C 4GJAA 1HOSA 4Y45A 3VF3A 5KQXA 5P62A 1FG8C 5P7NA 1FQ6A 4FE6A 4OBGA 4OBZA 3RTHA 3LIYA 5P2EA 4GIDA 4HA5A 5P5AA 4I1CA 3HZCA 5P8BA 3O9BA 5P7KA 5P33A 5P6LA 1SH9A 4D89A 2VKMA 3EM4A 3SA6A 3EKWA 2AOGA 5P2GA 5I3VA 3DV1A 5P8KA 5P8EA 1EEDP 5P4QA 1B6PA 1AXAA 2QI1A 5P3HA 1W5WA 4LXMA 4J0YA 3RU1A 4I0IA 3JVYA 1FIVA 5P6ZA 9HVPA 5P55A 3S8IA 1BWBA 4AA9A 4ZE6A 2BPVA 5P6DA 5P74A 1HPVA 4RCEA 1OEXA 3RTMA 3TL9A 3WZ8A 2NXLA 1Z1RA 5DR8A 5P5TA 3TPRA 5P5UA 3DCRA 2Q3KA 5P07A 5P2VA 2G1YA 2I0AA 1YX9A 2V0ZC 5P1IA 5P61A 5P6IA 4L7GA 3LITA 4E43A 1W5VA 1YTJA 4U7QA 3KFSA 5P4BA 1FLHA 2NR6A 5P3UA 5JODA 5OZ2A 4Y4TA 2QD6A 4N00A 1G0VA 2HB4A 4Y5GA 2J9JB 1WBKA 4QJ6A 4A6BA 5P56A 5P0QA 5P3OA 2ZJNA 1SGUA 1YT9A 5P40A 4YD6A 3LIVA 1SIPA 3UQXA 5P4CA 2QI7A 1XE5A 4X2LA 3UDHA 1UH9A 4JPEA 5SZ9A 3ST5A 5P89A 4Y9WA 4DQGA 5EZZA 2I4VA 4Y4ZA 1YTGA 4HDFA 1EBKC 3BVAA 3EKTA 1W6IA 4CPXA 3VYEA 1W5XA 5P4PA 5P65A 3URJA 1LYAA 3VG1A 3O9GA 1FQ7A 1DMPA 2PK5A 1GVXA 4YCKA 5P2JA 5P34A 3S43B 1Z8CA 2G1OA 4LC7A 1HVCA 5P5BA 5P69A 4J17A 5AHAA 2ER0E 4DJQA 1KJ7A 2BQVA 4Y57A 2AODA 5P5IA 5P32A 3KDBA 4FIVA 5P8FA 5P50A 1E80E 1FG6C 2I4DA 5P4VA 3VSXA 1IBQA 3PWRA 3VF7A 3JW2A 1K1TA 2F3FA 2ANLA 5P72A 5P2KA 2ZJHA 5ISKA 1FQXA 4F76A 5OYTA 2FLEA 2FXDA 1HEGE 1GNMA 2QMFA 4L1AA 2WECA 2F81A 5OZZA 1HPSA 3NU3A 4EQ0A 4GJ6A 1TSUA 3VUCA 5P6YA 5P51A 4ZPEA 4EP3A 3NXEA 5P8TA 1MERA 2OF0A 4L7HA 2VIZA 5P3LA 4R93A 1OEWA 3UDJA 1A8GA 5OZ4A 3DK1A 3EC0A 1MIQA 5P7UA 4S1GA 1BILA 2QMDA 7HVPA 4NJSA 3ZPTA 4JPCA 1NPVA 4Y4AA 2XYEA 5UPJA 1NH0A 3ER5E 2AVOA 1QRPE 3PWWA 2HPEA 5P6FA 4RRSA 1EBYA 3O9FA 4FL8A 4LBTA 5P28A 2IKUA 5P4LA 3BRAA 4Y5LA 3U6AA 4Y6MA 4J1HA 2HPFA 5APRE 1BDRA 1T7KA 4ZSPA 3EMYA 4OC6A 4H3FA 2P4JA 1MPPA 5P02A 3D20A 4DV9A 4Y58A 1B6JA 5P8SA 3TPPA 3SA4A 4Y4GA 1SGZA 4OBZB 2Q64A 2V10C 4H1EA 1BIMA 4ZPFA 2IRZA 1XS7D 1IZHA 1A94A 4Y3TA 1FMBA 1HVKA 3VF5A 3T7XA 5P78A 5P39A 2QCIA 3HVPA 4YDGA 5P6JA 3RSXA 4Y5BA 4EJDA 5P84A 3NDUA 5P3XA 1HVHA 3L5CA 4HE9A 1OD1A 4EXGA 5P0LA 2V11C 2OHQA 3NU5A 5P0VA 3LPJA 2WF3A 2AQUA 4DJVA 4D8CA 1UPJA 5P8HA 1EPLE 2QD7A 5OZXA 4ER2E 2FIVA 3IXJA 3URLA 2IQGA 2F8GA 5P1SA 2RKGA 4J1KA 5IVQA 1MRXA 3LZSA 3URIA 2PH8A 3R4BA 5COPA 3OU3A 4I8WA 2WEBA 1SDUA 4Y3LA 5P5KA 4Q5MA 5P38A 1PSOE 5P2IA 5P6UA 2FDDA 3NLSA 1A30A 5P4GA 2AVSA 1BXQA 5P4HA 2RKFA 4BEKA 5P1WA 1FFFC 2HB2A 3CMSA 5P3GA 2F3EA 3VV7A 4J0VA 1MT9A 4AZYA 1YTIA 5P2UA 5I3XA 5P2SA 3RSVA 3DM6A 4KB9A 5OZLA 3OTYA 3TPJA 5P63A 5P7XA 5ENMA 2NNKA 3PLDA 5IE1A 5OZBA 1LYAB 2I4XA 5P66A 1D4KA 2RSPA 3QIHA 2H6SA 1APWE 4I0ZA 4HDBA 3OXVA 3D91A 2B7ZA 1AJXA 4LL3A 1MT7A 2OHPA 1D4SA 4R5NA 5P3YA 3SAAA 1XDHA 5P1YA 5P82A 5OZ0A 2B8LA 1SMRA 1PPME 2P83A 5P88A 3SM1A 2P3BA 5P1DA 4LXKA 3QP0A 4Y3XA 5P8DA 5P3QA 4Y3JA 5P0OA 3UDRA 5P6EA 4PZWA 2AZBA 4Z22A 5P4RA 3IAWA 3G72A 2QK5A 5P2YA 2G27A 1SIVA 3SO9A 5OZUA 1HTEA 5P1VA 4Y36A 2WKZA 3OGPA 3FNUA 4L1AB 2R43A 3S54A 3I25A 1CMSA 2ZE1A 2FNSA 2Z54A 4Y3HA 3Q70A 5P37A 3EKVA 3D1ZA 4YBFA 4FRKA 4RROA 2BB9A 1ODWA 3CKTA 5I70A 3TOHA 2NPHA 1YM4A 3OQAA 4BELA 5P6WA 3CKRA 5P5NA 1HVJA 2MIPA 5OZQA 3NXNA 2G1SA 1IDAA 1K1UA 3INFA 5P2AA 3UHLA 5DQ5A 4Y47A 2IEOA 3S2OA 1MTRA 1YM2A 5BS4A 5P0MA 1C6YA 3HBOA 5P85A 1TW7A 3HD8A 5P0IA 4RLDA 5P49A 4FGXA 5P0DA 2BPWA 4Y3MA 2IGXA 3TLHA 3MXEA 2ER9E 3NWQA 2OAHA 5P6AA 3DUYA 1GNOA 2QHCA 5OZEA 1EPPE 1K2CA 4WY1A 5P7EA 5P6VA 4Y3GA 1BDLA 3BXRA 3NUOA 2FS4A 3PEPA 2PYMA 5P3NA 3VLAA 3ZKNA 5HD0A 2FXEA 4Y4WA 3D1XA 5HTZA 1APTE 4RGHA 4OC6B 1LF4A 4AUCA 4YDFA 1META 1EBZA 5P1LA 4YD5A 5OZ7A 4HZTA 3PCWA 1IZDA 2OHTA 2OHUA 1W50A 3SKGA 1HBVA 3U7SA 2QZXA 5OYWA 5SY2A 3UQUA 5P5JA 5P4ZA 4BFDA 2WHHA 3OXWA 3IXKA 3L59A 4TRYA 5P7SA 5P5SA 4U7VA 3PSUA 4Y4XA 3OU4A 2BBBA 5P1PA 4I0EA 4CMSA 2O4KA 3K1WA 4EWOA 3S56A 1T6GA 4Y5AA 2HM1A 5OYUA 3LNKA 3WZ6A 6APRE 4I11A 1SBGA 4FM6A 1W6HA 1M43A 3CYWA 3F9QA 2I4UA 3QI1A 4OBJA 3IVHA 5KOQA 2Q63A 1LV1A 1FQ8A 3OAGA 1W5YA 1APUE 3K5FA 5P3TA 3N3IA 1MSNA 1QBUA 5P3FA 5DR1A 4EJKA 1MT8A 5P2OA 1OHRA 5P70A 5P2RA 1KJHA 3TPLA 2JE4A 2Q55A 5P2WA 2QHZA 3KT5A 3HVGA 3HAUA 3KMXA 3LIZA 4Y35A 5DPZA 5P5CA 3INEA 4YOBA 2QD8A 1A9MA 4Y4DA 1NPAA 4Y4BA 4DVFA 4EJLA 2VA7A 4F74A 5OZGA 3NDWA 5P6MA 1EAGA 3KYRA 5P8OA 4MC9A 5P5PA 3ZKMA 4DPIA 2B42A 3PWMA 4Z4XA 5P25A 5I3WA 4RVJA 3QBHA 5P4FA 5P73A 3UQRA 3NU9A 5P10A 5COKA 4YOAA 1FMUA 3GI0A 5P8MA 3OOZA 2I0DA 5P6GA 5PEPA 4R8YA 1T7JA 5P3IA 4D88A 1RQ9A 3KA2A 1AJVA 4RVIA 2FDEA 3KMYA 2QZLA 1MRWA 4U8WA 5KR0A 2VIEA 4ZPGA 3ZPUA 2R5PA 4B78A 5P52A 5P20A 2P3BB 3EM6A 3JVWA 3OOTA 2G20A 2F3KA 1LYBA 3UDYA 3OXXA 3ZLQA 1TCWA 7UPJA 1HWRA 3N4LA 1EC1A 1G35A 3U71A 5P1RA 4NPTA 4EPJA 3KDCA 4TRZA 1B5FA 1ZTZA 2B8VA 2RENA 3PVKA 5P7ZA 2SAMA 4J54A 4I8ZA 3SPKA 1HIHA 1RNEA 1AVFA 2A1EA 4FAEA 3BUGA 3ECGA 5IVTA 3INDA 4GMIA 2BPZA 3VYFA 5B18A 1LF2A 5P3KA 4JP9A 4Y37A 1PFZA 2AOFA 5P79A 2P3AA 5P31A 5P54A 4ACUA 2B60A 4NKKA 1Z1HA 1TCXA 5P86A 4EP2A 1DW6C 2BPYA 1BXOA 3UPJA 5KR1A 4K9HA 1PPKE 3DCKA 4Y4JA 1EPRE 2PSGA 3G6ZA 2PWRA 3BHEA 3IN4A 4COEA 3L3AA 4Y3ZA 5ER2E 3OTSA 3OADA 3TNEA 1HVSA 5P00A 1MEUA 4EQJA 4OBFA 2R3WA 2ZJMA 2P8HA 3SQFA 5P7VA 1ZBGA 3L5BA 4J1IA 2FNTA 5P2BA 4Y54A 5P7QA 2IENA 5P2HA 4Y3RA 2VJ7A 3VYDA 2NMZA 5P1MA 3KM4A 4I0FA 5KQFA 5P23A 4Y3EA 2Q5KA 5P7RA 5P5RA 3K4VC 3BC4A 4XXSA 3K4VA 4QJ2A 1GVUA 2ZJLA 5P03A 5P6RA 4NJTA 3BUHA 3LPKA 2ZYEA 5P5QA 4L7JA 5OZWA 4WY6A 4AA8A 1QBRA 1MVPA 5SXNA 2AOHA 3OU4B 4QJ7A 3KF0A 5P4XA 2XFJA 1D4JA 1B6LA 2OHRA 4B72A 3SA5A 5P4WA 3WB4A 2QI6A 5OYXA 5C9BA 2A4FA 5OZMA 4ER1E 5P48A 2Q54A 1N49A 4GJ5A 5OZ8A 1B6MA 5P1OA 1KJ4A 4J55A 4RCDA 3OAGB 5AH9A 1QS8A 5OZ5A 4Z50A 3SM2A 4J5JA 5HU1A 2NTRA 5P0WA 3CKPA 1AZ5A 2QU2A 4FRJA 4B00A 3VSWA 5EZXA 5HCTA 5P1XA 2QI4A 1LF3A 2WJOA 5P8VA 1BVGA 5HU0A 1LYWA 3LZYA 1ME6A 2WL0A 3KFRA 3ZOVA 5P7TA 3OHFA 4FRSA 5P5MA 4H3JA 4ZSQA 3PMYA 4J1CA 5P3SA 1FFIC 1K6CA 1FQ5A 4CPRA 3EKQA 3T6IA 2ZHRA 3LZVA 1C70A 1JLDA 3GGVA 4HDPA 4Y3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0P A;  2AOE A;  2FMB A;  4XX4 A;  5P2X A;  5P8U A;  4FCO A;  3VV8 A;  5P7D A;  3LZU A;  3HAW A;  2OHN A;  3IA9 A;  3DJK A;  2AVV A;  3QRM A;  5P27 A;  3UQP A;  4DQC A;  2QU3 A;  5OZO A;  3PSG A;  4TVH A;  3Q6Y A;  4DJP A;  1WBM A;  5P4O A;  3NDT A;  5OZA A;  3H5B A;  3L5D A;  2ZGA A;  4DJX A;  3LPI A;  5JG1 A;  2FDP A;  1A8K A;  1BDQ A;  3GGA A;  3EKY A;  3O9H A;  5DQ4 A;  5P0J A;  5HDV A;  2P3C A;  5P6H A;  2AZ8 A;  2QAK A;  3OGQ A;  2OHS A;  4Y3A A;  4M8Y A;  2WF1 A;  3PRS A;  4Y5E A;  4GB2 A;  4A4Q A;  4K8S A;  5P6T A;  4EYR A;  3PI5 A;  5P8C A;  2AZ9 A;  5DGW A;  5P36 A;  1D4I A;  2J9J A;  5P8P A;  3T7P A;  5P0G A;  1T7I A;  4DQH A;  3H0B A;  2ZJK A;  4I0G A;  5P06 A;  5P3W A;  2VNN A;  4Y39 A;  1QBS A;  3OWN A;  5P0N A;  5P7C A;  3MWS A;  3NU4 A;  5AH6 A;  4HVP A;  4JEC A;  3KT2 A;  5P41 A;  3PMU A;  3BUF A;  2CEM A;  2PYN A;  3OU1 A;  3UDN A;  5CLM A;  5OZP A;  4IVT A;  3FIV A;  4QGI A;  3RTN A;  2CEJ A;  1D4Y A;  4RZ1 A;  1M0B A;  4H3I A;  5P83 A;  2QI0 A;  5P77 A;  3HW1 A;  1GVW A;  3IN3 A;  2UXZ A;  4J0T A;  4Y3P A;  4DUS A;  5P0R A;  1NPW A;  4CPQ A;  3INH A;  1DPJ A;  3S43 A;  5HDX A;  2B7F A;  1GVV A;  2AOJ A;  4ACX A;  5JFP A;  5OZI A;  3I2L A;  3OQK A;  3PHV A;  1HXW A;  3GI5 A;  3VFB A;  5BRY A;  3B80 A;  2HC0 A;  2XFK A;  3HLO A;  1M4H A;  5HE7 A;  5P46 A;  1E5O E;  2WF4 A;  5P4A A;  3SKF A;  4NPU A;  5IVR A;  3VCM A;  5P8R A;  1J71 A;  1EC0 A;  1ZLF A;  5P42 A;  3MSK A;  1RL8 A;  5OYY A;  4FSL A;  1ZPK A;  2AOC A;  5P7I A;  3TTP A;  5P05 A;  5P3R A;  4DFG A;  4I0H A;  2IKO A;  2VA5 A;  5P6O A;  5P6B A;  4GJD A;  5P47 A;  1BAI A;  5P8A A;  5P7G A;  2HB3 A;  1SP5 A;  4Y5M A;  5E5K A;  5P0K A;  4ER4 E;  5OZF A;  1QBT A;  1C6X A;  3VFA A;  2G1N A;  1K6P A;  3UCB A;  3GGX A;  5P1F A;  1HSI A;  4HLA A;  5P29 A;  5P59 A;  3M9F A;  1MUI A;  2BKS A;  1T3R A;  2AOI A;  4OD9 B;  3Q3T A;  4I0D A;  3T7Q A;  4Y4U A;  5OZY A;  6FIV A;  4D83 A;  5P5V A;  2O4L A;  5P3E A;  2G1R A;  1CZI E;  5DQC A;  3T11 A;  1HVR A;  1HTR B;  5P87 A;  3OUD B;  4B1D A;  2JJI A;  3G70 A;  1BBS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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