3CKTA

Hiv-1 protease in complex with a dimethylallyl decorated pyrrolidine based inhibitor (orthorombic space group)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Two Solutions for the Same Problem: Multiple Binding Modes of Pyrrolidine-Based HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cktA00
5P5UA 3VV8A 3G6ZA 1CPIA 3OWNA 5P5FA 2QNQA 2RKFA 3VYDA 2H6TA 5HE4A 3TNEA 4Y3SA 3UDKA 4EP2A 4ZSMA 3NDXA 2UPJA 1T7JA 2NMZA 1LYBA 2R8NA 1HBVA 1QS8A 5P42A 3CYXA 1XDHA 3FKTA 4RCDA 4F76A 5P2YA 5P69A 1SDUA 2ZJKA 5C9FA 3SFCA 1FQ4A 2AOHA 2FLEA 3HAUA 5P8RA 1LF3A 5KAOA 3FNUA 4PPHA 2VJ9A 5P55A 5KQFA 2V13A 5P16A 2ZYEA 7UPJA 8HVPA 1ZAPA 5I3YA 2F3FA 4H3IA 3ZKSA 4ZPFA 2WF0A 5P27A 2VIYA 1LV1A 4D83A 2AODA 1YM2A 1PROA 3WB4A 2OHLA 5P57A 5P80A 4CMSA 1IZIA 5OZLA 1AJVA 5P6WA 3PWWA 5T4SA 5P2EA 4HDBA 4H3GA 4F74A 4XKXA 4EJLA 3OK9A 5OZPA 3EXOA 5P3FA 4L1AB 4I8ZA 5P11A 4J0ZA 4UPJA 3KN0A 4J0PA 5P3UA 5P2VA 5P3PA 5P6HA 3LIYA 4ZEAA 5P63A 2QZKA 5P2GA 2OHPA 4I0FA 1A94A 5DQCA 4B1DA 3LINA 3TOFA 5P83A 3RSXA 3KF0A 3CMSA 4HDPA 2SAMA 5P8KA 2ANLA 4CPUA 4YCKA 5P1DA 4ZPGA 3GI4A 1AIDA 3NXNA 3LZYA 3OADA 3FNTA 5P1QA 5P36A 2B7ZA 3UFNA 2ZE1A 3PSYA 4Y4DA 4Y5LA 5P3XA 5P00A 3DJKA 2CEMA 1LF4A 3T11A 2IL2A 3O9IA 5P2JA 3H5BA 1KJFA 1YG9A 3NU4A 2Z4OA 5P81A 3RTHA 3U71A 4OBGA 5P7PA 4PYVA 5P6UA 5OZ4A 4GJ6A 2ZJLA 5P22A 2Q3KA 3GGUA 1HVHA 3IXOA 1T6GA 5P5QA 4GYEA 5P2UA 4DQBA 2O4PA 5AHAA 5P29A 1W6IA 1MTBA 1WKRA 2XFIA 5P6MA 4RRNA 3QVIA 4AA8A 3MSLA 5AGZA 5P8UA 5IE1A 5F00A 1B5FA 1M0BA 1GVTA 1ODYA 5P59A 1MSNA 4J1IA 2HB2A 4CP7A 2PYNA 2QCIA 4QJ8A 4Y5PA 3VEUA 1MT8A 3RVIA 4U7VA 1K1TA 5P5VA 1ODXA 4BEKA 1GVWA 2AZ9A 3EC0A 1BVGA 1KJ4A 5P8AA 5P2NA 4DFGA 3SA4A 2ER6E 4Y3HA 1SP5A 1HIIA 2V10C 4OC6B 3HD8A 5HDVA 4YOAA 5OZFA 1IIQA 2OF0A 5P7SA 3D1YA 5P34A 4YA8A 3OXVA 4Y53A 1FLHA 5P2QA 4R8YA 2PH8A 5P0MA 4HA5A 5P0BA 4I0IA 1RL8A 5P3ZA 4Z22A 2O40A 5P2BA 5UPJA 3NU3A 4GB2A 5P8PA 5HVPA 4HVPA 4M8YA 5KOSA 2ZGAA 3S56A 2BKSA 3PWRA 4Y4AA 1KJGA 2AVVA 5P86A 3VCMA 1T6EX 3OADB 5OZ2A 6APRE 2P4JA 4YBIA 1PFZA 2HPEA 2JXRA 9HVPA 3NUOA 4LXMA 4D85A 1HIHA 4L7HA 5P23A 3DV5A 5P7MA 5P6FA 5DQ2A 5P2DA 3OQFA 4CPWA 2G94A 2PSUA 1SIPA 1MPPA 5KR8A 2AIDA 4AZYA 3VYFA 4Y5CA 3ZKXA 3AIDA 5FIVA 5P3EA 5P76A 4ER2E 1IZHA 3CKRA 1QBRA 2R5QA 3O9AA 5OZGA 5P7ZA 1YTHA 3AUPA 3EKYA 1OEWA 5P1WA 4L6BA 1ZPAA 5OZXA 3OUDB 4R93A 1QDMA 3OQKA 2AZ8A 2O4KA 1BWAA 1UPJA 5P7AA 1B11A 4EWOA 4NJTA 5DR7A 2R5PA 4R92A 3ZLQA 2G26A 3D91A 4OD9B 2QI1A 5I3WA 5P28A 4F75A 2J9JA 5OYXA 1RV7A 5OZ5A 3CIBA 2Q64A 4PHVA 4Y45A 3LPJA 4I0HA 2RENA 2VIZA 4RVJA 5DR3A 4OBJA 3LPIA 3CYWA 2ZHTA 4Y41A 3VF5A 4Y9WA 4A6BA 2P3BA 3EL1A 6UPJA 1GVXA 4NJUA 4Y3NA 3SLZA 5P7EA 3T7QA 3L5DA 4U7QA 1E82E 3KM4A 5P2XA 4IVSA 2F81A 4ER4E 1HTGA 3LPKA 5P8LA 2O4NA 4I11A 2WKZA 3VF3A 3I25A 3DUYA 1T7KA 5P1KA 3UDMA 3URIA 5P46A 3L5EA 3L5FA 1K1UA 4DJXA 3T6IA 1LYAA 5P0SA 2P8HA 2ZJHA 1A8GA 3FNSA 4EJDA 1YTJA 5P30A 1MESA 1EBWA 3O9LB 5IVSA 3SKFA 3EM4A 1B6JA 4Y54A 5P7CA 3NSHA 5P5IA 5P7WA 5P70A 5P2AA 4YDGA 1W5VA 5OYVA 5P19A 5AH6A 3OAGA 1PPME 3VV6A 2QHYA 5P47A 2VJ7A 2ZDZA 3OUCA 3TPLA 1HVRA 4MC1A 3IN4A 5P7DA 1SDTA 4FL8A 1M43A 2QI0A 4B1CA 4FIVA 4Y38A 1ZPKA 1SMRA 4Y56A 4BFBA 3QROA 1HPXA 1BV9A 2V0ZC 5P1PA 2FNSA 5HD0A 5P5CA 2F3EA 5P2KA 5OZ1A 3BGBA 3ZPSA 2ZJNA 3S45A 2I4VA 5P2MA 5P4PA 1HEFE 1AVFA 2R43A 5P4AA 5P4MA 1W5YA 4AMTA 2OHNA 4DVFA 1LZQA 2OHUA 2NTRA 4ZIPA 3ECGA 5P84A 3OXXA 2QMDA 2IKUA 1HVSA 2V11C 1SMEA 5P7IA 3Q4BA 1BXQA 4Y5MA 1WBMA 2B60A 2NXMA 3BXSA 3MXEA 3PMUA 3LIXA 4YCYA 5HU1A 4TVGA 5P5TA 5P8GA 3LZUA 3PSGA 4F73A 5OZNA 4Y3LA 4YD4A 4GJCA 4EQ0A 5P2RA 4QJ7A 5P0UA 5P7JA 5CONA 5P1IA 5P7TA 5P0HA 2B8VA 2QAKA 2FMBA 4L7GA 4I1CA 3URJA 4H3FA 3EL5A 5P6JA 3SQFA 2QMFA 2F3KA 4ZPEA 1MT9A 5P15A 7HVPA 1HSHA 1Z1RA 5P20A 2AVOA 1HVKA 5CLMA 1OD1A 3LIQA 1CMSA 3PSUA 5HDXA 3QI1A 3UDJA 1GNMA 2WF3A 5APRE 2P3DA 5P4RA 4LXKA 2Q15A 4FE6A 4YDFA 5OZ0A 4R95A 5COKA 3VLBA 2CEJA 3SA5A 3TKGA 5P32A 1LYWB 2I0DA 5P52A 3IAWA 3SA6A 3DCRA 4Y5AA 3QP0A 3DK1A 4DQHA 5P06A 5AH7A 4HE9A 3UTLA 1DMPA 3O9BA 5DQ1A 2O4SA 3L38A 1TCWA 2HS1A 3PCWA 2BJUA 4DJQA 4GJAA 2WHHA 1W51A 3SACA 3SO9A 5P61A 5I3XA 2HB4A 3JW2A 1DP5A 1PSNA 3SAAA 4WY1A 3TOGA 5I3VA 2A1EA 3NYGA 1GNNA 4Y3ZA 5P3DA 4GJ5A 4Y4WA 1MIQA 1YM4A 4I0GA 4Q1NA 2AZBA 5ER1E 3GW5A 5P4ZA 2IENA 1EC0A 2QI6A 3R4BA 2QMPA 1MTRA 1T7IA 1HTRB 2IKOA 5ENMA 3HAWA 1MT7A 1APVE 4B05A 2H6SA 5DR1A 5P31A 1IDAA 2R3WA 5OZYA 4GMIA 3GI6A 5P4UA 2I4QA 3IGBA 1ZLFA 4RLDA 3KDDA 5P5SA 5P7QA 2AZCA 5P4LA 4Y3GA 4RCEA 4ACXA 4JOOA 1ZBGA 5P37A 1FQ8A 4N00A 3UDHA 4Y3DA 4Y5NA 1TSUA 5P09A 2VA7A 4I0JA 5P3GA 1EBZA 5P8IA 3EL4A 1K6TA 2G69A 3OXCA 3MSKA 4QGIA 1RPIA 3DM6A 2ZHSA 3Q3TA 3U6AA 5P4TA 3Q70A 3PCZA 4NPUA 3R2FA 5P5YA 5P5OA 5P82A 4OBKA 5P3HA 5P1FA 5P43A 5HTZA 5P4VA 2VKMA 5P1JA 3L58A 1AXAA 5OZVA 1G2KA 5P04A 3TH9A 3UF3A 4Y47A 5P72A 5HDUA 1B6PA 5DR0A 3F9QA 3PWMA 2QD8A 2G21A 4Q5MA 3UDPA 2B7FA 3K5DA 2Z54A 5C9DA 5DR4A 5P14A 5P08A 2ZHUA 5P3NA 5SXNA 3S43A 3O9CA 4YD7A 3LIZA 3PI5A 1NPVA 4FM7A 1HTFA 4D88A 3PM4A 4J0YA 4Y44A 4GIDA 5P8OA 5P1GA 2CENA 1HXWA 2VJ6A 3QAAA 4L7JA 1PPKE 3BC4A 4KUPA 5P1CA 3TL9A 4EQJA 3KMYA 5P0JA 4J5JA 2QNPA 4FM8A 4EYRA 3NUJA 1LYBB 3VLAA 3L3AA 2FXDA 3DOXA 5P44A 5P6TA 1HXBA 1VIKA 1BBSA 3EKTA 4D89A 5P7NA 3QVCA 4HZTA 4XX3A 5P65A 5P64A 4Z4XA 2OHRA 5P18A 3PEPA 1FQ7A 4OBHA 5JODA 1G6LA 5P8VA 4IVTA 2PSGA 3NWXA 1ODWA 3I7EA 2IQGA 1RQ9A 1D4IA 5P2LA 1IZDA 5P8TA 5COOA 2PMAA 3DCKA 5IS4A 1G0VA 2PYMA 3KDBA 4I10A 1BDQA 1G35A 2QD6A 4YCTA 5F01A 5HCTA 5P0GA 5P13A 3QRMA 3TPPA 1BV7A 5P1OA 4DJWA 1EPOE 4FRSA 1C6XA 1W5WA 2FDDA 3RSVA 3NDUA 3N4LA 1D4HA 5P3WA 1FIVA 3SA3A 4DJUA 3OTYA 2WEDA 2IGXA 5DQ5A 1EPRE 3HZCA 3IXKA 4AA9A 5P6AA 2VNNA 4EPJA 5P8MA 3NDTA 1IDBA 3LNKA 5P4SA 2I4DA 2JJIA 4DUSA 5COPA 3O9FA 4LL3A 1HPSA 4PEPA 3SM2A 4B00A 5P6PA 4DQCA 1MRWA 3R0WA 2FGUA 4K4QA 5P7HA 5P40A 1FMBA 1D4KA 3OHHA 2WEAA 4X7IA 5P5GA 5P7LA 5P68A 3HDKA 1C6YA 4JPEA 4Y4JA 3BUHA 5OZJA 4KE1A 4Y4EA 5P71A 2B8LA 5P8HA 3T7XA 4Y3EA 5KQYA 1C70A 4B77A 4HDFA 5C9BA 2G22A 2VS2A 5OZWA 4TVHA 5P5JA 4B70A 5P5BA 1EPQE 2HC0A 2Q63A 2OHKA 3OQDA 4NKKA 1FMUA 1D4JA 3OU4A 2NXLA 3HVPA 2QZXA 3KFPA 3KT5A 5P6ZA 5P12A 2G1YA 1FG8C 4R5NA 2HB3A 5E5KA 4APRE 2IRZA 3NDWA 5P0NA 5OYRA 3UCBA 3TPRA 5P25A 3GGXA 2AOEA 1IBQA 2ZJMA 4HEGA 3SM1A 1B5FB 1K2CA 2PK6A 3NLSA 5P3OA 1QRPE 3RTMA 4K4PA 2WL0A 3T3CA 4R91A 5DPZA 3D3TA 3INEA 1HVCA 3IVHA 4Y3XA 4LHHA 1Q9PA 4Y3YA 5P1XA 3KT2A 5P6CA 5P4KA 2P83A 2HPFA 5OZAA 3QRSA 4B1EA 4OBZA 2QHZA 5P4XA 1XN3A 4LXAA 5P24A 5P51A 4DJOA 4Y48A 3QRVA 1FGCC 1IVPA 5P56A 3SABA 1M4HA 2Q55A 5SZ9A 4Q1XA 2RMPA 1YTGA 4RZ1A 3FSMA 1U8GA 4CPRA 5OZQA 1FG6C 3ZL7A 6FIVA 4TRZA 2AVQA 2HAHA 1ZSFA 4I8WA 1ZTZA 1HEGE 1QBUA 4X2LA 3MWSA 5DR8A 4A4QA 5P7KA 4J1CA 1B6LA 3SA8A 4Q1YA 2VA6A 1PSOE 2QNNA 5P8BA 1FB7A 2JYSA 1HPVA 1Z1HA 5P4NA 1APWE 3LIVA 5AHBA 5KR0A 4DJPA 3WB5A 4Y50A 5P8QA 4ZSPA 2IEOA 5KQXA 5P41A 3EKWA 5KOQA 4GJ9A 2G1RA 3BRAA 4RRSA 2HIZA 3UFLA 3PLDA 4Y3MA 4YHQA 4K4RA 4Y36A 3I8WA 3D1XA 1HVLA 3GGVA 5P5MA 5P0QA 3H0BA 5P33A 2FDEA 5P5ZA 4CPQA 3MXDA 2VA5A 4RCFA 5P2IA 2QZLA 5OZ3A 2J9JB 3PVKA 1XE6A 1YT9A 5P73A 4RYCA 5P48A 3IXJA 3RTNA 4RROA 4WY6A 3C9XA 5P07A 1A9MA 5I70A 3EL0A 2G27A 3PBZA 4GJDA 2FNTA 5J25A 4Y4XA 3L5BA 2PWCA 1W6HA 5P2WA 2P3BB 3SPKA 3R0YA 3PB5A 5P77A 2FDPA 3FX5A 5P0AA 2AOFA 4CKUA 5P8CA 3OXWA 5P1AA 2NNPA 1QBSA 5PEPA 4RVXA 4DQEA 3QBHA 1XL5A 1WBKA 1W5XA 5E5JA 3LHGA 3VSXA 1QBTA 5BS4A 3D1ZA 3PMYA 3FIVA 1UH9A 5OYYA 1HVIA 1TW7A 2BBBA 4YE3A 4Y5EA 4J55A 4DQGA 1LYAB 1XE5A 1XL2A 1KZKA 1BWBA 5P6XA 2I0AA 5P0ZA 4J54A 5P0WA 5P3CA 2PK5A 1APUE 2F80A 2BPYA 3BUGA 4K9HA 4JPCA 2QZWA 2BPWA 5P3LA 5OZEA 3OAGB 3OU1A 3UDYA 1SDVA 2ER0E 1N49A 3BVAA 5P6IA 5P7UA 1KJ7A 5P0EA 1HPOA 2NR6A 3S8IA 4GJBA 5P1UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5U A;  3VV8 A;  3G6Z A;  1CPI A;  3OWN A;  5P5F A;  2QNQ A;  2RKF A;  3VYD A;  2H6T A;  5HE4 A;  3TNE A;  4Y3S A;  3UDK A;  4EP2 A;  4ZSM A;  3NDX A;  2UPJ A;  1T7J A;  2NMZ A;  1LYB A;  2R8N A;  1HBV A;  1QS8 A;  5P42 A;  3CYX A;  1XDH A;  3FKT A;  4RCD A;  4F76 A;  5P2Y A;  5P69 A;  1SDU A;  2ZJK A;  5C9F A;  3SFC A;  1FQ4 A;  2AOH A;  2FLE A;  3HAU A;  5P8R A;  1LF3 A;  5KAO A;  3FNU A;  4PPH A;  2VJ9 A;  5P55 A;  5KQF A;  2V13 A;  5P16 A;  2ZYE A;  7UPJ A;  8HVP A;  1ZAP A;  5I3Y A;  2F3F A;  4H3I A;  3ZKS A;  4ZPF A;  2WF0 A;  5P27 A;  2VIY A;  1LV1 A;  4D83 A;  2AOD A;  1YM2 A;  1PRO A;  3WB4 A;  2OHL A;  5P57 A;  5P80 A;  4CMS A;  1IZI A;  5OZL A;  1AJV A;  5P6W A;  3PWW A;  5T4S A;  5P2E A;  4HDB A;  4H3G A;  4F74 A;  4XKX A;  4EJL A;  3OK9 A;  5OZP A;  3EXO A;  5P3F A;  4L1A B;  4I8Z A;  5P11 A;  4J0Z A;  4UPJ A;  3KN0 A;  4J0P A;  5P3U A;  5P2V A;  5P3P A;  5P6H A;  3LIY A;  4ZEA A;  5P63 A;  2QZK A;  5P2G A;  2OHP A;  4I0F A;  1A94 A;  5DQC A;  4B1D A;  3LIN A;  3TOF A;  5P83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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