3CYWA

Effect of flap mutations on structure of hiv-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cywA00
5P0XA 3LPKA 4EQ0A 4L1AA 2QU2A 4ZPEA 5OZFA 5AHCA 3H0BA 2R8NA 4FRJA 1EC1A 5P3IA 5IVSA 5P49A 1B5FB 5P3XA 4B00A 2QI5A 3CKRA 2RENA 3OU4B 4YDFA 4GJAA 4U7QA 2BKSA 2UXZA 3UFNA 5P2EA 5PEPA 3OADA 1Q9PA 2Q55A 5JG1A 5IS4A 3TL9A 2OHMA 4FCOA 2BJUA 2IKOA 2OHLA 2O40A 3OOTA 4GJCA 4XKXA 3PI0A 5P2YA 3PWWA 3LINA 1A94A 4H3IA 4HVPA 2G1NA 2HC0A 5P0IA 5P4OA 3KFRA 4YD7A 4KUPA 3NR6A 5P6UA 2OHQA 1FFIC 3GGAA 4S1GA 4CPTA 3OK9A 1FGCC 4N00A 5OZWA 1LV1A 1MESA 5P4JA 1ZTZA 1TZSA 4XX4A 5SY3A 5P1UA 5P48A 4OBZB 4DJOA 5OZ4A 2Q3KA 5P7CA 3SKGA 3EL1A 3S43A 1HPVA 5P6KA 5I3WA 1EPRE 2R9BA 3Q4BA 3QVIA 5P7GA 5P8CA 5OZJA 1HTRB 2XYEA 4Y50A 3ZPSA 3OGPA 3LITA 1BDQA 4YCKA 5P7WA 4EJ8A 4I0ZA 1D4KA 3VLAA 3M9FA 5P5IA 5P8EA 1PPME 2FDEA 5P8PA 3ECGA 5I3VA 3HDKA 3UQRA 1BXQA 4RCDA 4NPTA 4I0GA 5P2LA 2ZDZA 1OEWA 4NJSA 3FNSA 5OZ9A 2J9JB 2ZE1A 4LP9A 2HS1A 3QBHA 4B05A 4GJ9A 3S7LA 4A6BA 3WSJA 5P4MA 4Y3GA 5P7NA 4Y4TA 3PMUA 3CIDA 5P2ZA 4OC6B 4YCTA 2IKUA 5P8DA 5ENMA 5P1WA 5P1IA 3UQWA 5P1ZA 2CEMA 5P6MA 3GW5A 2WEDA 1T7JA 5P7EA 3EXOA 1EAGA 4Q1XA 5P73A 5P2KA 1D4HA 1SDVA 2WHHA 4DPIA 1IZHA 4FM6A 5P1TA 3T7XA 5P3CA 1GVXA 4XXSA 3H5BA 1HVCA 1LZQA 5P55A 3APPA 3N4LA 3ZMGA 2BB9A 3OUCA 5ENKA 1APTE 1TSQA 5P1BA 3OAGA 3Q5HA 5P6WA 2PQZA 5OZCA 5ER1E 2B42A 1G0VA 2R5QA 5P5YA 4RVJA 5P13A 2IGYA 3R4BA 4YD5A 3K4VC 2VIJA 3TLHA 1XN3A 3GI0A 4Y3MA 4ZE6A 3JW2A 5P0VA 4FAEA 4XX3A 5KR2A 3ZKXA 3Q6YA 3L5CA 2QCIA 5HDXA 1SDUA 3OQKA 3ZKQA 5P88A 4PZWA 3LIQA 4DQCA 2A4FA 1HOSA 1GKTA 5P6LA 5I70A 2QZLA 3OTYA 5J25A 1FMXA 5P2XA 5P47A 2WECA 4ZSQA 1G35A 1ZLFA 2QI3A 5P7BA 4DJVA 1BWAA 1IDBA 2JXRA 3PBDA 4Y35A 1CMSA 1NPWA 3GGUA 2ANLA 4NJTA 3NYGA 3R0WA 5P0LA 5P30A 5P38A 5P7OA 3OQDA 4FRIA 4ZPFA 3PI5A 2AVVA 3EKWA 6FIVA 5DR8A 5P5LA 5HCOA 4ZSPA 5P6GA 3NU5A 2OHSA 3CKTA 3LNKA 2WL0A 2J9KA 2RKFA 4PYVA 5P4AA 4A6CA 5P2DA 1MRXA 2QI1A 5OZIA 4EHCA 2F3FA 2O4LA 1KJHA 2WEZA 5AH9A 1K2CA 5P7JA 3O9BA 4NJUA 4L7JA 4Y4GA 1FMBA 5OZPA 4J0TA 1HPXA 5P5BA 5P4FA 2R3WA 1T7KA 2BPXA 2R5PA 5HE7A 1T3RA 1UPJA 1YX9A 1DMPA 1HXWA 2HIZA 2I4VA 3OQAA 5P56A 5AH7A 3VFBA 9HVPA 1G6LA 3PCWA 3G72A 5P3DA 3NU6A 1BAIA 2VA7A 4J1FA 5P0YA 5IVRA 4Y3HA 5P1AA 4TRYA 3UTLA 1B6LA 3PVKA 3OU3A 5OZSA 3S85A 1U8GA 4CPXA 1B6KA 4FE6A 4HEGA 3PMYA 4J1KA 3UHLA 3TTPA 3CMSA 4ZPGA 5KQZA 5P5CA 1HVSA 1G2KA 3SAAA 2P3CA 4Y3FA 5P1EA 5P8OA 2IGXA 2JE4A 1ZBGA 3F9QA 5P3BA 2R43A 4Y4BA 1TQFA 1C6YA 4FRSA 5P5RA 4RROA 4M8YA 5P33A 3D20A 4YD4A 3DUYA 4DJYA 5P5JA 5KQYA 3SQFA 2EWYA 5EZXA 1PPKE 2HPFA 3L5FA 3L5BA 3BUHA 3OU1B 5P5NA 3UQPA 5P5DA 5P2NA 1IDAA 5P3YA 1K1UA 5P78A 1EEDP 3DJKA 1XS7D 5KR1A 3U6AA 3L59A 1K2BA 5KQFA 4Y4AA 5P6NA 3BXRA 4I11A 5P2OA 1FQ8A 3BRAA 5ISKA 4OBGA 4Y3PA 2AOHA 3S7MA 1HIHA 3B7VA 3GI4A 3SA7A 2VA5A 3PB5A 3SM2A 2PC0A 5P45A 5OYRA 1B6PA 4BEKA 3S8IA 5DQ1A 3UDJA 4I0FA 5E5JA 3GGXA 5HU1A 1M4HA 3KMXA 1TSUA 5P0SA 4E43A 4AA8A 5OZ2A 5P3NA 4KB9A 3SFCA 3O99A 1CZIE 3EKVA 5P65A 4GZFA 2I4XA 1FQ6A 5P64A 3T11A 5P4LA 5P6IA 4YOBA 1HEGE 4Y4ZA 2AZ9A 1TW7A 4L1AB 2G24A 3PSUA 5P4DA 3K5DA 2P8HA 4Z22A 1FEJC 2QNQA 3T7QA 1BIMA 5P7DA 3FSMA 3UDNA 2PH8A 2ER0E 2QMFA 3UDYA 3FKTA 1FQ5A 3O9GA 4R95A 2AVOA 1QBSA 5P7VA 2FNTA 2VJ6A 1IIQA 5I3XA 5SZ9A 4FM8A 3MSKA 1HVHA 3RTNA 5DR7A 2ZJHA 3N3IA 2G69A 2Q15A 4DJUA 3OADB 5P6OA 1WKRA 5P7MA 3SA6A 1EC3A 5P0CA 2H6TA 5P2UA 3BHEA 4EP3A 2ZJJA 3PEPA 4LAPA 5OYVA 3EM4A 2UPJA 3UDHA 5P0OA 1T7IA 1ZPAA 5P1XA 3TKWA 5OYZA 3Q3TA 5HD0A 2NMYA 2VIEA 5P23A 1RNEA 3OHHA 5P16A 4Y38A 3IGBA 4D8CA 4B70A 5P5VA 1C70A 1HIVA 3SLZA 3T3CA 5COOA 2PH6A 1W5VA 5P27A 5OZEA 3EKXA 2B7ZA 5C9BA 4EJKA 1AM5A 4DV9A 2APRA 2FXDA 4QJ6A 3L38A 4APRE 1SDTA 4DUSA 3S43B 2ZJIA 2PYNA 5OYTA 2AVMA 1HPSA 3D1ZA 1HXBA 3PSGA 4R93A 5P5HA 2VS2A 5P87A 4QLHA 5P6FA 1QRPE 4B1EA 3U71A 4TVHA 5P1OA 5P5KA 3VYDA 5P6PA 5P11A 4I0HA 3INDA 2QI4A 5C9FA 2QZWA 5BRYA 3HLOA 3KT5A 3Q70A 5P4KA 1HTFA 1LYWB 3O9DA 3S54A 5P0HA 2ZJKA 1F7AA 4Y43A 3TPPA 5P1KA 5P6QA 3VG1A 3SO9A 4ACUA 5P0EA 5P5TA 4Y5MA 4Y4EA 4NKKA 5UPJA 1QBUA 5P72A 2HS2A 4COEA 3OHFA 3L5EA 5P1HA 4RVXA 1FF0C 4Q1YA 5OZLA 4DJRA 2B60A 2SAMA 3ZKNA 4Y3TA 1W5YA 1RPIA 4Y3XA 5P4PA 3UDPA 3R1GB 4Y45A 5P53A 4Y41A 5P75A 4Y3YA 3NDTA 5P2WA 7HVPA 4Y5BA 2WEAA 5P6HA 1YG9A 2G1SA 2Q5KA 3KFPA 5OYXA 5P2IA 5P4XA 4EPJA 1HWRA 5P5FA 3PLLA 3MXEA 5OZOA 3ZKGA 1OD1A 4Y3AA 5OZBA 5P24A 3PHVA 2AZBA 3T6IA 4LHHA 5P3FA 3IN4A 2XFIA 3OAGB 4Y3QA 5P3UA 1NSOA 5P6CA 4DJWA 3DV1A 3KN0A 5P5OA 4Z4XA 2AOEA 4B0QA 2B7FA 2BPZA 4K8SA 1ZJ7A 1AXAA 2AVQA 3AUPA 5P63A 5P09A 4R8YA 1GVVA 2IQGA 2F3KA 1YM4A 3DK1A 4EYRA 3B80A 2IDWA 3BGCA 2B8VA 5P5AA 4Y3RA 1HIIA 5P54A 5P2SA 1IZIA 4Y4UA 3O9HA 3VSWA 3VLBA 5P7KA 3IVIA 2G1OA 5P7IA 5P10A 2WJOA 3OGQA 5P8HA 2G20A 4Z2ZA 2RMPA 5P8FA 1EBYA 4Y44A 2ZHTA 4U8WA 1EPLE 4YA8A 5P12A 3S2OA 4ER4E 4L7HA 3IN3A 5P6SA 3KM4A 5OZMA 2UY0A 4D83A 5P1VA 3RSXA 4HDFA 2RKGA 5P58A 3EKPA 2FS4A 2I4UA 3QIHA 2Q63A 2V00A 1FQXA 5P2TA 1GVUA 2B8LA 2VIYA 3KT2A 3NU4A 5P6VA 3O9AA 2V0ZC 4Y9WA 5OZVA 3SA8A 1KJ7A 1SP5A 4Y5GA 3LZUA 3EMYA 1PPLE 4H1EA 4WTUA 1BV7A 5BWYA 3SA5A 1W51A 2CENA 1RQ9A 4Y3LA 2P3DA 1EBZA 1FB7A 3APRE 1E82E 4EP2A 1FQ4A 4L6BA 5DQCA 3TH9A 3PJ6A 3UFLA 5BS4A 3TPJA 4J1HA 2V16C 1M0BA 5P74A 3WZ8A 1XL2A 4JPEA 1ZP8A 5OZ1A 2QK5A 4Y5LA 3LPJA 5IVTA 2XYFA 5P18A 1APWE 3TNEA 4Y36A 1AZ5A 5OYYA 2QMPA 5P1LA 3UCBA 4DJQA 5P8IA 1TCXA 1MSNA 3NXEA 3VCMA 3K5CA 4I0IA 8HVPA 3FV3A 3IXOA 1YT9A 2VA6A 5P0PA 5P6JA 2PK6A 5P84A 1NPVA 2QNPA 5P0JA 2BKTA 4EXHA 2V10C 4GJ7A 4PZXA 4PHVA 1DP5A 4DQBA 4DVFA 1K6VA 4HA5A 2OHNA 5P41A 4EWOA 3NWQA 1Z1HA 5KR8A 5P3SA 5DR4A 5P3EA 3VV7A 5P0KA 1QBRA 3UDQA 3FNTA 1DW6C 3ST5A 5OYQA 5P82A 3PBZA 5P7UA 4Y5EA 3UDMA 1FG8C 5P6RA 2V11C 5P5QA 2QI0A 5P0DA 1AIDA 3LIXA 4DJPA 5P1DA 2PWRA 4Y4WA 2OHKA 4Y5AA 5P0ZA 3CKPA 3ZKSA 4F73A 5B18A 4DQFA 4OBZA 1JLDA 1HVRA 5P4QA 5P7AA 4JPCA 4Y37A 3EL9A 2QD6A 5KOSA 1NPAA 1K6TA 2HB2A 4OBKA 5HCTA 5P8AA 5AH8A 3PSYA 2IS0A 3CYWA 1ER8E 2Q64A 5OZQA 1MUIA 4YE3A 2QZXA 3OXXA 3O9LA 4B1CA 1MIQA 3LHGA 4EQJA 5OZRA 4PEPA 2F8GA 4DJXA 5P59A 4Y4XA 5P5SA 5P83A 2V12C 4LXKA 1F34A 4R5NA 5P1MA 5P2FA 2AZ8A 4Y3WA 5P3LA 4ER1E 4LXAA 3ZLQA 2QD7A 5P1QA 3PCZA 4QJ2A 5SY2A 5DR1A 5P1YA 4J1EA 1AAQA 4YBFA 3UQXA 4LL3A 5DQ5A 3QROA 4I0JA 4J54A 3DV5A 4J1IA 5OZKA 5P3TA 3D1YA 4GJ5A 5P3HA 3BGBA 5P7RA 2I0AA 2BPVA 4LC7A 2ZJNA 1APUE 2FDPA 3KA2A 4OBDA 5P4NA 2JJJA 3OUAA 4I8ZA 3INFA 3EKYA 2Q54A 4R91A 1HVIA 3KFNA 2OHPA 6APRE 5P4HA 5P04A 4RZ1A 1E81E 1VIKA 5P2QA 5OZ0A 5P7FA 3ER3E 2G1RA 3PM4A 3C9XA 2FNSA 1SBGA 2G26A 2QHYA 1SGUA 1UH9A 2BPYA 5P36A 5P3GA 5IE1A 1DAZC 3QI1A 2ER7E 5P7PA 4ACXA 4RRSA 5I3YA 2FLEA 2QMGA 2IEOA 3BVBA 3UF3A 1HVJA 4Y3EA 3SA3A 4YBIA 5HDZA 1KJGA 4RVIA 5P5XA 3UDRA 2OHUA 5OZ6A 4ER2E 1FKNA 1BDLA 4OD9B 5P7XA 5P32A 5OZZA 1HSGA 3NSHA 1MERA 2AQUA 2Z4OA 1ZSFA 5P43A 1YTHA 5P39A 1FG6C 3L3AA 3URIA 3QVCA 5P4YA 1A8KA 5P52A 5P01A 2F80A 1BDRA 3LZSA 5P6DA 1MSMA 4MC9A 5OZTA 4Y5NA 4X7IA 5P66A 3WB4A 3GI5A 3LZYA 1Z1RA 4JP9A 5P77A 5P2RA 1BVEA 4OBFA 1QDMA 4Y4DA 1KJ4A 1UH8A 3OUBA 4Y39A 5P5EA 2WF0A 4DQHA 1SMEA 3RTMA 5P6ZA 5KR0A 5KQXA 2IL2A 3HAWA 3UPJA 3TPLA 5P28A 2P4JA 1BBSA 5P40A 3KDCA 2I1AA 3IXJA 1GNNA 2AOCA 5P7SA 4K4RA 4R92A 5TOLA 3EM3A 4MC6A 2CEJA 4FAFA 1LF4A 5P3AA 2I0DA 3HAUA 2VNNA 5P0UA 5JODA 4Y3JA 1OEXA 1SGZA 2PYMA 5AGZA 4RGHA 4RCEA 1K6PA 4GB2A 3VV6A 1HVKA 5P6EA 4D89A 4YHQA 3ZPUA 3QS1A 1EPPE 5P2GA 5P3QA 1HRNA 1MVPA 1FFFC 4J0PA 5DPZA 1XDHA 1MRWA 1ZAPA 5P2CA 3MXDA 5P61A 4FM7A 3G6ZA 3RVIA 2XFKA 5P0NA 5P05A 4YCYA 1OHRA 5P8RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0X A;  3LPK A;  4EQ0 A;  4L1A A;  2QU2 A;  4ZPE A;  5OZF A;  5AHC A;  3H0B A;  2R8N A;  4FRJ A;  1EC1 A;  5P3I A;  5IVS A;  5P49 A;  1B5F B;  5P3X A;  4B00 A;  2QI5 A;  3CKR A;  2REN A;  3OU4 B;  4YDF A;  4GJA A;  4U7Q A;  2BKS A;  2UXZ A;  3UFN A;  5P2E A;  5PEP A;  3OAD A;  1Q9P A;  2Q55 A;  5JG1 A;  5IS4 A;  3TL9 A;  2OHM A;  4FCO A;  2BJU A;  2IKO A;  2OHL A;  2O40 A;  3OOT A;  4GJC A;  4XKX A;  3PI0 A;  5P2Y A;  3PWW A;  3LIN A;  1A94 A;  4H3I A;  4HVP A;  2G1N A;  2HC0 A;  5P0I A;  5P4O A;  3KFR A;  4YD7 A;  4KUP A;  3NR6 A;  5P6U A;  2OHQ A;  1FFI C;  3GGA A;  4S1G A;  4CPT A;  3OK9 A;  1FGC C;  4N00 A;  5OZW A;  1LV1 A;  1MES A;  5P4J A;  1ZTZ A;  1TZS A;  4XX4 A;  5SY3 A;  5P1U A;  5P48 A;  4OBZ B;  4DJO A;  5OZ4 A;  2Q3K A;  5P7C A;  3SKG A;  3EL1 A;  3S43 A;  1HPV A;  5P6K A;  5I3W A;  1EPR E;  2R9B A;  3Q4B A;  3QVI A;  5P7G A;  5P8C A;  5OZJ A;  1HTR B;  2XYE A;  4Y50 A;  3ZPS A;  3OGP A;  3LIT A;  1BDQ A;  4YCK A;  5P7W A;  4EJ8 A;  4I0Z A;  1D4K A;  3VLA A;  3M9F A;  5P5I A;  5P8E A;  1PPM E;  2FDE A;  5P8P A;  3ECG A;  5I3V A;  3HDK A;  3UQR A;  1BXQ A;  4RCD A;  4NPT A;  4I0G A;  5P2L A;  2ZDZ A;  1OEW A;  4NJS A;  3FNS A;  5OZ9 A;  2J9J B;  2ZE1 A;  4LP9 A;  2HS1 A;  3QBH A;  4B05 A;  4GJ9 A;  3S7L A;  4A6B A;  3WSJ A;  5P4M A;  4Y3G A;  5P7N A;  4Y4T A;  3PMU A;  3CID A;  5P2Z A;  4OC6 B;  4YCT A;  2IKU A;  5P8D A;  5ENM A;  5P1W A;  5P1I A;  3UQW A;  5P1Z A;  2CEM A;  5P6M A;  3GW5 A;  2WED A;  1T7J A;  5P7E A;  3EXO A;  1EAG A;  4Q1X A;  5P73 A;  5P2K A;  1D4H A;  1SDV A;  2WHH A;  4DPI A;  1IZH A;  4FM6 A;  5P1T A;  3T7X A;  5P3C A;  1GVX A;  4XXS A;  3H5B A;  1HVC A;  1LZQ A;  5P55 A;  3APP A;  3N4L A;  3ZMG A;  2BB9 A;  3OUC A;  5ENK A;  1APT E;  1TSQ A;  5P1B A;  3OAG A;  3Q5H A;  5P6W A;  2PQZ A;  5OZC A;  5ER1 E;  2B42 A;  1G0V A;  2R5Q A;  5P5Y A;  4RVJ A;  5P13 A;  2IGY A;  3R4B A;  4YD5 A;  3K4V C;  2VIJ A;  3TLH A;  1XN3 A;  3GI0 A;  4Y3M A;  4ZE6 A;  3JW2 A;  5P0V A;  4FAE A;  4XX3 A;  5KR2 A;  3ZKX A;  3Q6Y A;  3L5C A;  2QCI A;  5HDX A;  1SDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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