3CYWA

Effect of flap mutations on structure of hiv-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cywA00
4K4RA 3SO9A 4OBZA 3I25A 4Y3DA 2NXMA 4HA5A 4Y4GA 5P70A 5P6MA 2VIJA 2FDEA 2O4PA 1K6TA 2AVQA 5OZKA 5P55A 4Y3ZA 2VKMA 4PPHA 4EJKA 2WF2A 3KDCA 2ANLA 2NXDA 5P41A 5P5SA 2AVMA 3VYEA 2XFJA 1HOSA 2ZJIA 5P1QA 5P3QA 2QZXA 5KQZA 1OEWA 1W6IA 5KAOA 3UQUA 1UH9A 3D3TA 5B18A 1BWAA 5PEPA 5P6RA 4Z50A 4Q1NA 2WEZA 2I4UA 3PHVA 2AOFA 1MIQA 5P1KA 4LAPA 3UHLA 3NSHA 5SZ9A 1Z8CA 4Z2ZA 1PPKE 4OBHA 1N49A 2XYFA 5AGZA 2OHPA 4I10A 2ZYEA 3UDQA 3NU9A 3S43B 1HTRB 2IENA 3PGIA 1FG8C 2BKSA 4L1AA 2PC0A 2I4QA 2OHSA 3PSGA 3L3AA 5P14A 5P1AA 5P5WA 3UCBA 5P6OA 4Y3EA 3UDMA 3OQFA 2FNSA 5P6PA 4R5NA 2J9JA 3KMXA 3OU4A 4FSEA 4Y56A 3TOHA 1SDTA 4Y4BA 2AZ8A 2QI0A 3NU5A 3OXCA 4YD4A 4LP9A 3UDHA 3C9XA 3L59A 5P5AA 3KA2A 1JLDA 1TQFA 5P8JA 3VG1A 5OZCA 3EKXA 3U71A 5P6UA 2R8NA 2CEJA 1CPIA 1HXWA 2B8VA 3KDDA 1ENTE 3PCWA 4U7VA 5AH7A 2AOCA 5P58A 5DGWA 2RKFA 5P3IA 3EKWA 4ER1E 3UFNA 3VFBA 5P3SA 5P7WA 3O9CA 5P7CA 5P6IA 2IQGA 2AOJA 4NJUA 5P65A 4K4QA 3EKVA 5P0QA 5P0LA 5HE5A 5P1VA 2QMPA 3G72A 6FIVA 3QVIA 4AA8A 5P6EA 4LBTA 1ZPKA 4HLAA 4I11A 3HW1A 5HDXA 1M43A 5HTZA 4HZTA 5P0XA 2QHCA 2QD8A 2AOEA 3L38A 4FRKA 5HE4A 5P3XA 5P3CA 4FRSA 5P4BA 4L7JA 4ZSQA 2V00A 3O9BA 3UQRA 3MXEA 2QZKA 5P22A 1LYWA 5P86A 3MWSA 1FQ5A 2NXLA 1LYBA 4A6BA 3FKTA 3M9FA 4YHQA 5P1JA 3OTYA 5P12A 3D1ZA 4ZPFA 4GJAA 3KN0A 4FLGA 4FGXA 2G27A 1B6KA 4Y4XA 2PMAA 1D4KA 5P5LA 1AJXA 3R1GB 5P8KA 1MTBA 5P8TA 3DK1A 5P24A 1WKRA 5P5HA 1K6CA 1RNEA 1DMPA 3L5FA 1BAIA 5P80A 1GVXA 2OHMA 3ER3E 5P23A 2ER7E 4Y58A 1RV7A 4Y39A 5P0BA 2G20A 5P8NA 1PSOE 4EP3A 1LV1A 3U7SA 3EXOA 1XL2A 5P13A 5OYVA 1W5VA 2HAHA 5P4CA 4XX4A 1WBKA 2HB4A 2V16C 5KR8A 1RPIA 3NLSA 3O9FA 1K1TA 2Q15A 5P6FA 1IZIA 5P16A 1HTEA 2P4JA 5P68A 3D20A 1YX9A 1XDHA 1WBMA 3B80A 5P0KA 1G6LA 2IEOA 5P4TA 3S56A 4NJSA 5P8BA 2IS0A 5OZRA 4GJ8A 4GB2A 1YTHA 1IZEA 3UDJA 5P2EA 4Y41A 5P8AA 5P3BA 2IKOA 1A94A 3LIQA 4LC7A 2VS2A 7UPJA 4FM6A 5P3NA 3UQWA 1FB7A 3UTLA 4RCEA 5OZEA 5P26A 3PEPA 5P07A 4J1EA 4R95A 4OD9B 4L6BA 4Y5GA 3PI0A 3PWWA 3VFAA 5P7OA 1FGCC 5P1XA 3K5DA 1MVPA 4FSLA 1BWBA 5COKA 4AZYA 1ODXA 3WB5A 5OZOA 1IIQA 3T11A 1B5FB 1APWE 5P5MA 4LXKA 2ZJMA 3CKTA 3KMYA 1HSHA 5P4ZA 5SXNA 1FF0C 3OU1B 3IVHA 3O9LB 5DQ1A 3ZMGA 1HVJA 3OUDA 5P79A 5P3WA 1IZDA 2OHUA 4Y3AA 1G2KA 1HTFA 2VJ6A 5E5JA 4FRJA 5ISKA 3OGQA 1ZJ7A 2QI5A 4YD7A 4BFDA 2F8GA 4IVTA 3DJKA 2BKTA 5P5XA 1HWRA 5P74A 1Q9PA 5P4MA 2AQUA 5ISJA 1QBUA 3FIVA 1C6ZA 4QGIA 1YM4A 5OYYA 4JPCA 3EBZA 5P8RA 2NNPA 4N00A 5HDZA 5P0FA 5P4VA 5P7ZA 3S54A 1AJVA 5P7JA 2NR6A 1BDQA 2G1YA 1EPQE 4QJ7A 5DPZA 3NYGA 3LNKA 1QRPE 2XFKA 2I0DA 2ER6E 5P1NA 3CYWA 1G0VA 1LF2A 5KQFA 2QMFA 5P2JA 1APVE 1IVQA 1W5WA 4J0TA 4Y3RA 4GJDA 2HB3A 4ER2E 4YA8A 5KR0A 5OZVA 2PYMA 5P6LA 2UY0A 5OZIA 1LF4A 1F34A 2AVSA 4COEA 4RRSA 2B60A 3S45A 2ZJLA 4AA9A 5P3ZA 3MXDA 3PWRA 4Y4DA 4CKUA 3IXJA 1FQ8A 4KUPA 1UH8A 3NUOA 5P5TA 1A30A 2QK5A 1AXAA 5HU0A 4HDPA 2QU2A 2VIZA 5P4GA 5P1UA 1DPJA 3ZPSA 2XYEA 2JYSA 4Y3YA 1HTGA 2JE4A 3O99A 2QNNA 5P1OA 5P10A 3PSYA 5P3PA 1W6HA 5P7GA 2VA5A 1IDBA 2I4DA 2Q54A 3KF0A 4FRIA 4Y5BA 3EL4A 5OYQA 3RTMA 1YT9A 1BDRA 3INFA 1MTRA 1QS8A 2H6TA 5P7QA 4A6CA 1HPSA 4I0HA 3PJ6A 5P87A 3GI6A 5P81A 1GVTA 3UFLA 2PYNA 5P60A 2OHLA 4FAFA 3IN3A 5ENKA 1SIVA 3TOFA 5OZ3A 2ZJNA 5OZGA 4FL8A 3S7LA 5P0TA 5UPJA 4Y3NA 4YD5A 4DJQA 5OZYA 2FNTA 3HAWA 5OYXA 4ZSRA 4I0EA 4M8YA 4B1CA 5P61A 2WEDA 5P1RA 5P0MA 5P8SA 2R38A 5P2KA 4I0DA 3K4VA 3H5BA 4Y53A 5P0VA 4RRNA 2I4XA 5KR1A 2OF0A 1T7IA 4HDBA 2R3TA 5P66A 5P7TA 5P5QA 3BRAA 4NPTA 1EBKC 2HC0A 5P3LA 5P84A 4YCYA 4Y44A 3Q3TA 2FMBA 5P4FA 4Y3FA 5I70A 3OADA 1EPLE 2UPJA 1B6MA 1B6JA 4I1CA 5P8VA 1PPLE 3OUCA 5T4SA 4DJWA 2I0AA 2G26A 2BPZA 4LXAA 4ER4E 1RL8A 5P0WA 3SA4A 5P1SA 4DJPA 1YTGA 1HVRA 5P5YA 4I0FA 4RZ1A 5P3HA 3INEA 2O40A 2QD6A 5P3RA 5HCOA 2A4FA 4Y3GA 5P43A 4YDFA 5P33A 3CICA 2HS2A 2VJ7A 5P5PA 4GJ7A 1EPRE 5J25A 1HVLA 5P4SA 2QZLA 4RYGA 3FSMA 4MC6A 1OHRA 2APRA 1SBGA 3SA7A 3D1YA 3R2FA 5P7SA 3QIHA 3R0YA 1ZPAA 5OZWA 3SKFA 4EQ0A 5OZXA 1SIPA 4TVGA 2PSVA 4ZLSA 3EM6A 5JG1A 4FCOA 1EBZA 5HDUA 2V11C 5OYSA 1TSQA 2G22A 3RSVA 5P3TA 2IDWA 5P5ZA 3DCRA 3QROA 3OUBA 3QI1A 2QZWA 5P2RA 2QD7A 4DV9A 1GNMA 3WZ6A 4TRYA 1ZLFA 4Y6MA 2PH6A 1W50A 1FG6C 1D4JA 3SABA 4Y3LA 5P8MA 5DQ5A 3UQXA 4Y5AA 3D1XA 1MRWA 2G1SA 4J0PA 4BEKA 4QJ9A 1IVPA 5IVTA 3O9IA 3BHEA 3BXSA 3SKGA 2Q3KA 4Y5LA 4Y5KA 5P85A 4U8WA 1UH7A 3BXRA 5P5VA 1MT9A 2PK6A 1XL5A 3KFPA 4RLDA 5F00A 5P6XA 1MERA 3GGVA 3JVWA 6APRE 4J0VA 3TPJA 4HDFA 1ZP8A 3OQKA 3VLBA 2FLEA 5P4KA 5P31A 3VV6A 4Y47A 5P1GA 4RVJA 1HIVA 5ER2E 4DJVA 1HVIA 5CONA 3OAGA 1PPME 5P47A 4GJ5A 1ZAPA 4J0YA 3IVIA 1FQ7A 1MT7A 4RVXA 1YG9A 1KJFA 5P71A 2VA7A 4KB9A 2QHZA 4Q1YA 5AH9A 2FS4A 4X7IA 5P1BA 3PSUA 2HS1A 4J54A 3SQFA 5OZ2A 5P3JA 4U7QA 1KJ7A 1T6GA 4DQEA 3F9QA 5OZFA 1TCXA 4OC6A 1YTIA 1EEDP 1ODWA 4XKXA 4DFGA 2PSGA 5P1FA 5P76A 1BV7A 1CMSA 1DAZC 4B72A 5P5NA 1BXQA 1BDLA 1FFIC 5P73A 5P8HA 1HRNA 4OBGA 4Y3JA 2I4WA 3N4LA 5P7XA 1LYAA 4Y5EA 1E82E 5P56A 4JECA 1HSIA 3OY4A 5P3GA 5P5CA 4E43A 4XXSA 5P6HA 4CPXA 1E5OE 1MSNA 3HLOA 3EL0A 5P53A 3K5FA 3SM2A 1SDUA 2Q63A 5P7BA 2ZGAA 1OEXA 3BUGA 4F73A 3EKTA 2HPEA 4H3IA 2WECA 3IGBA 4KE1A 4EJLA 2EWYA 3SLZA 3UF3A 1KZKA 5P0ZA 3NDTA 3DV5A 5P6KA 3QVCA 2G24A 2P3BB 5OYRA 5F01A 5HCTA 1FMBA 5P15A 5P3YA 5P49A 3VSWA 5P03A 4BFBA 2FGVA 5P5FA 3ZLQA 1TW7A 3OXXA 1AIDA 4H3GA 1GVUA 1QBRA 5P7NA 3ZKXA 4DI2A 5OZPA 5P0GA 2Q64A 5P5UA 2QI3A 1FMXA 5P4PA 5P6WA 1K2BA 1VIJA 1K6VA 2XFIA 3L5EA 5P1MA 5FIVA 5P6SA 5P18A 1AAQA 4H3JA 4RCDA 3IA9A 1TZSA 5P82A 1GVWA 3Q4BA 6UPJA 3EM3A 4RVIA 1ZSFA 5P17A 3QRSA 4Y3SA 3OUAA 1FEJC 1ZTZA 1SMRA 1OD1A 2V10C 5OYTA 3K4VC 5P2OA 1K1UA 4Q5MA 2OHQA 2P3CA 4APEA 3RSXA 4OBFA 2R5PA 4NJVA 1EC2A 3EL9A 2V13A 4I0IA 4Y5MA 5P4RA 1HVCA 2BPWA 1NPAA 4QJ2A 3CIDA 1B6LA 4OBJA 5P2GA 4B0QA 1CZIE 5P6NA 5P8OA 4OBZB 1W5XA 5P2FA 4EXGA 5OZ9A 3KYRA 5P63A 5P06A 1NH0A 3LITA 9HVPA 5P5KA 2AOGA 5P1ZA 2AVVA 2F80A 4TRZA 2V0ZC 1LS5A 5P2WA 1HBVA 3EL1A 5HDVA 5P04A 3IAWA 5P35A 1HIHA 2QHYA 1HEFE 3TKWA 4Y3XA 4EJ8A 2IL2A 3QN8A 5ENMA 1FQ4A 5P1DA 3OQ7A 4ACXA 5P2IA 5P20A 1SGZA 1IBQA 5P7RA 2RSPA 4R93A 1W51A 5P2AA 4TVHA 5P0DA 1K6PA 4PZWA 2OHKA 5P2LA 5P6TA 3LIYA 3Q70A 4Y5NA 3UDNA 2O4SA 2BB9A 4I8ZA 5P6DA 5P7DA 2IGXA 4I0JA 5P2XA 3HZCA 4AMTA 1ER8E 3S8IA 5BS4A 4L1AB 2Q11A 5P75A 4Y45A 1GKTA 2FDPA 4Y4UA 3NDWA 3MSLA 4YD3A 1FKNA 2WKZA 3GI0A 2R5QA 5P1LA 4QLHA 5P7KA 5P46A 4QJAA 3T7QA 4B77A 3PB5A 2J9KA 2ZHTA 1FLHA 3AIDA 4Y4ZA 3S43A 4J55A 3SFCA 1YTJA 5P00A 4OBKA 3QRVA 2WF4A 2F81A 2VIYA 2J9JB 3OU4B 4J17A 2VIEA 3LPKA 2PSUA 3HVPA 4GJBA 5P29A 2QI7A 1E81E 3QP0A 5P5RA 4RROA 5OZ0A 5P40A 5P4NA 3L58A 2NTRA 4K8SA 3UDYA 2VJ9A 3PMUA 2G69A 1SGUA 5P0CA 3KFSA 1T7KA 5DQCA 5P08A 3FX5A 4YBFA 3RTNA 3I8WA 3ZPTA 3OWNA 5KOSA 5BWYA 5P37A 5COPA 4MC1A 5KQXA 1BVEA 3KT2A 4Y36A 2G1OA 5OZTA 5P59A 4Z22A 5P3AA 1D4HA 1NPWA 1HEGE 5OZHA 3T3CA 3BGBA 5I3XA 2ZHRA 1EC0A 3NWQA 2I4VA 3T7PA 1HPXA 3SAAA 1EPME 5P2ZA 3KDBA 3DM6A 2AZBA 5CLMA 4DPFA 4YE3A 4CPSA 3URLA 3CKPA 2FDDA 4DQGA 1AM5A 1ODYA 3LZSA 4DVFA 1GNOA 4A4QA 4ZEAA 3URJA 5P7IA 1LYWB 5SY2A 4R8YA 5P1YA 1IDAA 3TPLA 5P05A 5P7VA 3ZKQA 2ZHSA 1LYBB 4B1DA 3TH9A 2Q55A 5IE1A 5KOQA 5DR7A 1NSOA 3BVAA 4M8XA 1SH9A 1LF3A 5OZJA 1C70A 2Q5KA 5DQ2A 4EYRA 1FMUA 5P88A 5OZUA 3JVYA 3TPRA 5P11A 4Z4XA 4ZSMA 5P6BA 3N3IA 2AODA 2ER0E 4Y9WA 4Y3MA 1M4HA 2WEAA 4YCKA 3URIA 5P0UA 5P3KA 2QU3A 3I6OA 4GYEA 5P8LA 5P25A 1MSMA 5P1IA 4LL3A 1DW6C 2I1AA 5P0JA 5P64A 1SP5A 3BUHA 4GJ9A 3CKRA 3TLHA 4FM8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K4R A;  3SO9 A;  4OBZ A;  3I25 A;  4Y3D A;  2NXM A;  4HA5 A;  4Y4G A;  5P70 A;  5P6M A;  2VIJ A;  2FDE A;  2O4P A;  1K6T A;  2AVQ A;  5OZK A;  5P55 A;  4Y3Z A;  2VKM A;  4PPH A;  4EJK A;  2WF2 A;  3KDC A;  2ANL A;  2NXD A;  5P41 A;  5P5S A;  2AVM A;  3VYE A;  2XFJ A;  1HOS A;  2ZJI A;  5P1Q A;  5P3Q A;  2QZX A;  5KQZ A;  1OEW A;  1W6I A;  5KAO A;  3UQU A;  1UH9 A;  3D3T A;  5B18 A;  1BWA A;  5PEP A;  5P6R A;  4Z50 A;  4Q1N A;  2WEZ A;  2I4U A;  3PHV A;  2AOF A;  1MIQ A;  5P1K A;  4LAP A;  3UHL A;  3NSH A;  5SZ9 A;  1Z8C A;  4Z2Z A;  1PPK E;  4OBH A;  1N49 A;  2XYF A;  5AGZ A;  2OHP A;  4I10 A;  2ZYE A;  3UDQ A;  3NU9 A;  3S43 B;  1HTR B;  2IEN A;  3PGI A;  1FG8 C;  2BKS A;  4L1A A;  2PC0 A;  2I4Q A;  2OHS A;  3PSG A;  3L3A A;  5P14 A;  5P1A A;  5P5W A;  3UCB A;  5P6O A;  4Y3E A;  3UDM A;  3OQF A;  2FNS A;  5P6P A;  4R5N A;  2J9J A;  3KMX A;  3OU4 A;  4FSE A;  4Y56 A;  3TOH A;  1SDT A;  4Y4B A;  2AZ8 A;  2QI0 A;  3NU5 A;  3OXC A;  4YD4 A;  4LP9 A;  3UDH A;  3C9X A;  3L59 A;  5P5A A;  3KA2 A;  1JLD A;  1TQF A;  5P8J A;  3VG1 A;  5OZC A;  3EKX A;  3U71 A;  5P6U A;  2R8N A;  2CEJ A;  1CPI A;  1HXW A;  2B8V A;  3KDD A;  1ENT E;  3PCW A;  4U7V A;  5AH7 A;  2AOC A;  5P58 A;  5DGW A;  2RKF A;  5P3I A;  3EKW A;  4ER1 E;  3UFN A;  3VFB A;  5P3S A;  5P7W A;  3O9C A;  5P7C A;  5P6I A;  2IQG A;  2AOJ A;  4NJU A;  5P65 A;  4K4Q A;  3EKV A;  5P0Q A;  5P0L A;  5HE5 A;  5P1V A;  2QMP A;  3G72 A;  6FIV A;  3QVI A;  4AA8 A;  5P6E A;  4LBT A;  1ZPK A;  4HLA A;  4I11 A;  3HW1 A;  5HDX A;  1M43 A;  5HTZ A;  4HZT A;  5P0X A;  2QHC A;  2QD8 A;  2AOE A;  3L38 A;  4FRK A;  5HE4 A;  5P3X A;  5P3C A;  4FRS A;  5P4B A;  4L7J A;  4ZSQ A;  2V00 A;  3O9B A;  3UQR A;  3MXE A;  2QZK A;  5P22 A;  1LYW A;  5P86 A;  3MWS A;  1FQ5 A;  2NXL A;  1LYB A;  4A6B A;  3FKT A;  3M9F A;  4YHQ A;  5P1J A;  3OTY A;  5P12 A;  3D1Z A;  4ZPF A;  4GJA A;  3KN0 A;  4FLG A;  4FGX A;  2G27 A;  1B6K A;  4Y4X A;  2PMA A;  1D4K A;  5P5L A;  1AJX A;  3R1G B;  5P8K A;  1MTB A;  5P8T A;  3DK1 A;  5P24 A;  1WKR A;  5P5H A;  1K6C A;  1RNE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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