3D1YA

Crystal structure of hiv-1 mutant i54v and inhibitor saquina
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d1yA00
1BDQA 2ZHRA 3O9FA 3O9CA 2F81A 5P1ZA 4Y3XA 2A1EA 5DR8A 5P37A 5P7BA 2FNTA 3DCKA 5P6BA 4CPWA 3UQXA 4QLHA 5P0EA 1Z1HA 2R5QA 4KE0A 4OBJA 3PRSA 5P4OA 2V11C 1RV7A 3MWSA 4Y5EA 5HTZA 3BGBA 5OYZA 4ZPFA 4EPJA 5P6WA 1BAIA 2VIJA 4EWOA 5P4AA 4TVHA 3O9DA 3INFA 4DUSA 3NU9A 4D85A 2VJ9A 3PB5A 3UDJA 1WBMA 1LYAA 5BS4A 3U71A 2JXRA 5P23A 3OGPA 1ME6A 5BWYA 2IKUA 4XKXA 5OZ4A 3OQKA 5KQXA 3ER5E 4COEA 2QI6A 3QRMA 1LF2A 2R5PA 5P4UA 3GGXA 5AH7A 5OZOA 2JE4A 4CPQA 5APRE 2G1YA 4J0PA 1WBKA 1MT7A 4R95A 2QAKA 3PVKA 2ZJIA 3OXCA 5HCTA 2AVOA 2PWCA 5P85A 5P7IA 3LZSA 5P32A 4YD6A 4CKUA 4EQ0A 1PSNA 3CYXA 5ISKA 1E81E 1TCXA 5P41A 4Q1WA 5P50A 1M43A 1HPSA 4J0TA 3UF3A 1D4IA 5OYYA 5P19A 4Q5MA 4ZPEA 3LZUA 1B5FB 5P34A 5P8IA 5P67A 2PWRA 5P43A 4F73A 2ZHVA 1W6IA 5OZPA 1FQ7A 5P0TA 4ZLSA 5P5LA 5P35A 5P0UA 4S1GA 2XYEA 4ER1E 3OOTA 1RPIA 5P74A 3OUDA 1ZPKA 4Y3SA 5P2QA 1ZBGA 1LF4A 3ZPUA 1FB7A 3Q3TA 4ZPGA 2IQGA 2AVVA 4L7GA 2ZE1A 5P6TA 1APTE 2PMAA 3VEUA 2BPWA 2P3BB 4Y37A 7UPJA 4Y48A 1AXAA 4TRWA 4DQEA 6UPJA 1G35A 3UTLA 2PSUA 3LINA 2G1RA 5KR0A 1QBSA 3UDMA 5KR2A 2OHLA 3UQWA 2P3AA 1K2BA 3BUFA 4I0ZA 5KR8A 3UDHA 3O9GA 5HVPA 5P6JA 4R91A 5OZRA 4FIVA 4J0VA 5P76A 1BV7A 2CENA 2O4KA 2RKGA 5P2BA 5P4HA 4DJRA 5P6AA 5DQ1A 5P7OA 3PI0A 1HTGA 1W6HA 1CMSA 2WF2A 4Y58A 5HCOA 5P4LA 2PH8A 4DJUA 3PMYA 2IGXA 3WZ8A 4OBDA 1EC2A 3ZPSA 1F34A 5P0YA 3B80A 3VSXA 1DAZC 4EJLA 5DQ5A 4DQGA 3K1WA 1A9MA 5P29A 4Y5GA 5P8TA 1HVIA 3QN8A 4Y3FA 4JPCA 5P2HA 6APRE 1K1TA 4GJAA 2O4NA 1DW6C 2QZWA 3PEPA 3OUBA 4Y4EA 5OZ9A 4PHVA 3QBFA 1IIQA 3T7XA 1EPNE 5P5JA 1ZPAA 5P7SA 5P5TA 5P17A 4Z50A 2WKZA 5P8PA 1W5WA 3APRE 3CIBA 5P60A 2R38A 1RL8A 2VA5A 3O9LB 5P4CA 1YT9A 3UQPA 4Y5MA 5P5SA 4HZTA 5P3SA 1XE5A 5P14A 3RTNA 5P7KA 3DUYA 5P3JA 2PYNA 3Q5HA 5P8UA 3GI4A 4YBFA 1BV9A 4R5NA 3D1ZA 3DV5A 3MSJA 4LXAA 4Q1YA 5P1EA 5PEPA 3VF7A 1GNNA 1K6TA 2IS0A 4Y5LA 2AZCA 5P2RA 3SKFA 3PBZA 1HTEA 4LAPA 2QHYA 2QMGA 2FDDA 1LYWB 3ZKSA 3O9BA 1LV1A 4Y4DA 3ECGA 4J1HA 3SA4A 5BRYA 1T7JA 5P2IA 3UPJA 3OADA 5P4VA 1GVXA 5P5NA 5P6EA 5DQ2A 5P5GA 3QBHA 1YTJA 3VV6A 5P4SA 1HHPA 3S8IA 4R93A 3EKQA 2B8LA 5P8EA 5OZNA 1EBYA 1XS7D 1EPOE 3Q4BA 1T3RA 2XYFA 2CEMA 1AAQA 1KJGA 3K5GA 4ZSQA 3OWNA 1IZEA 4RCEA 1FQXA 5P7JA 2QI7A 3LIYA 1C6ZA 1GNMA 3S7MA 3ZPTA 5P5UA 1F7AA 3OQ7A 1EAGA 5P0ZA 3ER3E 3UDYA 2NR6A 2PK6A 4PZWA 4Y51A 5OZEA 3OU1A 4RROA 4B72A 1YG9A 4OBKA 1Z1RA 5P68A 3IGBA 2APRA 3BUHA 2G26A 3TKGA 2OHPA 1W51A 4DQFA 2I4WA 5F01A 1HPOA 3OQAA 4DJYA 2I0AA 3LHGA 3TOFA 1BDLA 5P42A 3NXNA 3S85A 1SDUA 1IDBA 4QJ7A 3G6ZA 4DJOA 1YX9A 4B05A 4J1EA 3G70A 5P61A 5P8NA 5P5OA 3QIHA 1QBTA 5P3BA 4B00A 5OZ0A 5SZ9A 1SMRA 5P3XA 4DJQA 3TOHA 3TPPA 3AIDA 3FIVA 3U7SA 4OBZB 3T3CA 2ZYEA 4LBTA 5COKA 3DV1A 3WSJA 1K1UA 5P64A 3HVGA 4H3IA 5P03A 2BQVA 5P5CA 1TQFA 3UDQA 3R1GB 5P5FA 3EKVA 3HZCA 2QZXA 5HU1A 3EL9A 3KDBA 5P3IA 3SO9A 5P2JA 4L6BA 2J9KA 2XFKA 2ZJMA 4R8YA 4HDFA 1B6MA 4YCTA 4IVSA 2P3CA 1ZJ7A 2UY0A 4Y38A 2O4LA 5I3XA 3QS1A 1XN3A 1EBWA 4K9HA 4NPUA 1QBRA 3EL5A 2G1NA 5P28A 2AOHA 5P1YA 4RYGA 5P6DA 3ZKQA 3UQUA 5P5MA 4J55A 4Y4UA 3OAGB 3WZ7A 2BKSA 4ZEAA 5P1AA 4A4QA 4LL3A 5P02A 5OZHA 4Y36A 5P1QA 4I0EA 3VV8A 2NTRA 5P5ZA 5P6VA 1FQ5A 3EM4A 1BWBA 1WKRA 5P5EA 5P2MA 4PPHA 1AJXA 4EQJA 3SA3A 5HU0A 1FQ4A 4EP2A 4Y5BA 1AM5A 1FMXA 2B42A 3GGAA 1B6KA 4PZXA 5P15A 5OZJA 5P1GA 1YM2A 5P0OA 5P08A 1D4JA 5P0LA 2VJ7A 3D20A 2BJUA 5P79A 4GYEA 1MSNA 3KDCA 5P88A 5P1CA 4GMIA 3HVPA 5P3NA 5P51A 5ISJA 5OYXA 4B78A 5C9DA 4FAEA 2AOGA 3OQFA 4RRNA 4DFGA 4PEPA 1NSOA 3O99A 5P7RA 4Y5CA 1LZQA 1QBUA 2V00A 3ZL7A 2NNKA 5P27A 1SIVA 1B5FA 5P3PA 5P38A 4DQCA 1D4KA 3ST5A 2QHCA 3JVYA 4HVPA 1HVHA 1FQ6A 3EMYA 4YE3A 5P1TA 3SPKA 3MSKA 3T7QA 4LXKA 2HB4A 4Y3AA 4ZSRA 3ZKMA 4GJ5A 1EC0A 3IXOA 5OZMA 4Y3ZA 4Y3MA 3CKPA 9HVPA 5HE7A 2AOJA 2P3BA 4YDGA 3PHVA 3SA9A 5P3KA 3UHLA 5B18A 1HSIA 5DR0A 5KOSA 5P12A 3INDA 3GI0A 5P57A 1IZIA 5P54A 5P3GA 4Y56A 2FDEA 1ER8E 3FSMA 3KFSA 5P80A 1IBQA 1QDMA 4GZFA 3NU4A 5P2EA 5P1WA 2JYSA 4GIDA 5P8BA 3AUPA 5KR1A 2PC0A 3QVCA 1D4HA 5P8LA 1EBKC 5JFPA 4Y41A 5COPA 5P46A 2HB3A 2WEZA 3I7EA 1HVLA 3TKWA 2I4DA 5P65A 4FM8A 5E5JA 5P2DA 2H6TA 1HSGA 3PSYA 3FNSA 4Y35A 1KJ4A 4I8ZA 5DQ4A 1EC3A 4X7IA 3KFRA 1SP5A 3DOXA 4OD9B 2BKTA 5P0RA 4B70A 5P6GA 2Q54A 2OHKA 5JODA 4AZYA 1IVQA 4B1DA 1HPVA 1FFIC 2HS2A 3KFPA 4LP9A 5DR4A 4D88A 2FMBA 3GGVA 5OYSA 5P01A 3O9LA 5P3FA 4BELA 3PCZA 2ASIA 2VA6A 3S53A 2G27A 4DJXA 4EJDA 5P89A 5P6SA 2WJOA 4Y3DA 3APPA 3PWRA 5HDVA 1IVPA 1TZSA 1XE6A 4YOBA 5OZKA 3EKPA 5OZVA 2NMYA 5P59A 4FRJA 6FIVA 3SLZA 3VYDA 2I4QA 3KT5A 5P66A 3SACA 1IZDA 2Q63A 3BVBA 5P78A 1LYWA 5P8HA 3VFBA 2V10C 5IVRA 3MXEA 4Y3RA 5P48A 4APEA 5AH6A 3ZMGA 3O9EA 5P1RA 1HIIA 5ENMA 3MSLA 4HA5A 2Q15A 2VNNA 1QRPE 1SDTA 4J17A 5P3YA 4FL8A 3NWQA 1ODYA 3G72A 1SIPA 3U6AA 3UCBA 4BFBA 2XFJA 3IN3A 3PBDA 1A8KA 4GB2A 3QPJA 1T6EX 2HIZA 3EL1A 1ZAPA 5P45A 1G0VA 4Y50A 1E82E 1HTRB 3LIVA 1FMUA 2PK5A 5OZFA 4D8CA 2G24A 5P0CA 3SM2A 1CZIE 4I0GA 4L1AB 5P7GA 1BVGA 4J5JA 3S7LA 3OGQA 1HEGE 2BPXA 2PH6A 5P44A 5P6ZA 3LNKA 3H5BA 5P6MA 2A4FA 4GJ6A 3EM6A 4NJUA 5P0PA 1J71A 3LITA 3TPRA 4MC1A 2G69A 5P52A 1T6GA 4K4QA 4Y3GA 5OZIA 5P55A 1KJ7A 3OTYA 1ZSFA 4YCKA 4Y5PA 1N49A 5P6QA 3ZKXA 5P4TA 1B6JA 3UDPA 4EXHA 4WY6A 5OZXA 3IVIA 1FQ8A 4DI2A 1GVWA 5P6RA 5P5KA 2QNQA 5P0QA 5AHBA 3S54A 5P6OA 5P47A 5P7CA 4H3JA 5P70A 3FNUA 3GI6A 3K4VC 5OZGA 3EC0A 3S43B 1EPME 5SY2A 1EPQE 2WF3A 3SAAA 5P1MA 4DJWA 5IVSA 4OBZA 2HM1A 4YDFA 4D89A 3RU1A 5DQCA 3LPKA 4Y3TA 3L5DA 4N00A 4YD4A 5KQZA 4B0QA 2QI4A 1IZHA 4GJBA 2VIEA 2V12C 3BVAA 4FLGA 2QNPA 1ZSRA 3OXWA 4I10A 2I1AA 3BHEA 3PMUA 4Z4XA 4WY1A 4RLDA 4Y5KA 2WF0A 3CYWA 5P2FA 3JVWA 3TNEA 4XX3A 4PYVA 3RTHA 4ZIPA 2JJIA 4WTUA 2BPVA 4HLAA 5P5QA 3PSUA 5P4BA 1APWE 5P6FA 2QMDA 2J9JB 3L59A 2AVSA 5P8SA 1LYBB 3PM4A 1HRNA 2OHMA 3FNTA 1MT8A 4ZSPA 5P3OA 3EM3A 3OAGA 5P2UA 4QJAA 3TTPA 2UXZA 5OZCA 5OYUA 3FX5A 5P2OA 2SAMA 3SA5A 1EPLE 3NDWA 5P04A 3D91A 5P7ZA 3HLOA 3HBOA 3NXEA 1K2CA 2QU3A 2P8HA 4Y3LA 5P8FA 3OUAA 3OXVA 3IA9A 4QGIA 4Q1NA 3NU6A 3SQFA 3IAWA 3NUOA 4YOAA 1GVUA 4Q1XA 1APUE 1M4HA 2I4VA 2FGVA 4AA8A 2WF4A 5P5HA 5P2WA 1MRWA 5HDXA 1XL5A 3PWMA 1U8GA 5P8GA 4LC7A 1LEEA 5P7UA 2P3DA 5P72A 1ODXA 3VCMA 5P3RA 2QI1A 5P4XA 1LS5A 5P39A 3VYEA 4ER4E 5P13A 3NU3A 4GJ7A 3VYFA 5P62A 5P5YA 4MC6A 3SA6A 4Y4AA 4DQBA 5OZUA 2WEDA 3QAAA 1D4YA 3OU3A 5P3ZA 5P5AA 4FM7A 3GI5A 4I0JA 5IE1A 1APVE 3PGIA 2OHUA 4QJ9A 5P4KA 3VV7A 1TSQA 5P83A 3QVIA 3SA8A 3N4LA 3BXSA 4J1KA 4HDBA 2O4PA 5P87A 3T11A 3NUJA 4Y57A 1MTRA 5IS4A 4RCDA 4HEGA 4YA8A 5P71A 5P2TA 3O9HA 1A30A 1TCWA 5P0AA 2NNPA 2UPJA 4B77A 4Y43A 3R0YA 2MIPA 5P09A 3BC4A 3FV3A 2WL0A 5P3WA 5P3LA 4LHHA 2BB9A 1AVFA 3K4VA 3OHHA 3KMYA 4M8YA 5P4YA 5P6IA 1PPME 2WF1A 2R9BA 5P7HA 5P7AA 4XX4A 5CONA 2QD7A 4DQHA 2B7FA 5AGZA 2V0ZC 4EHCA 5HE4A 5P0FA 2QD6A 1BWAA 1META 5P8DA 2RMPA 1XDHA 4CP7A 3HD8A 5P1LA 5OZAA 3Q70A 4Y4WA 4NKKA 3LIXA 4BEKA 3LIZA 4RVJA 4EP3A 3CKTA 3UFLA 2QP8A 4OD9A 2IDWA 2F8GA 5P0JA 1HIHA 4I0IA 2ER7E 3B7VA 1Q9PA 5OZLA 1HEFE 3INEA 1B6LA 5P2GA 4F74A 2P83A 3OK9A 3DJKA 2OHTA 2VJ6A 2ZJNA 4J1FA 2HPEA 3NR6A 3KMXA 4DV9A 4DPIA 2WEAA 4CPSA 3VLAA 4Y4TA 1HVSA 5P0DA 5P2KA 5P0GA 5P1BA 3TPLA 5HD0A 5P6PA 3ZKGA 4Y5NA 4A6CA 2HB2A 3S56A 2IGYA 3EKTA 1HVCA 1UH9A 1PSAA 5OZQA 1HVJA 2QU2A 1PSOE 5P84A 5P0IA 4LXMA 5P56A 1SBGA 1FF0C 5OZ2A 1MERA 1M0BA 2FXEA 5P69A 2AOEA 2NXDA 2VS2A 2FS4A 5P6LA 1PROA 3SA7A 4RVXA 3TOGA 1OEXA 2AZ9A 4KB9A 5P1HA 2R43A 3NYGA 5KQFA 3BGCA 4F75A 5P7QA 5OYRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDQ A;  2ZHR A;  3O9F A;  3O9C A;  2F81 A;  5P1Z A;  4Y3X A;  2A1E A;  5DR8 A;  5P37 A;  5P7B A;  2FNT A;  3DCK A;  5P6B A;  4CPW A;  3UQX A;  4QLH A;  5P0E A;  1Z1H A;  2R5Q A;  4KE0 A;  4OBJ A;  3PRS A;  5P4O A;  2V11 C;  1RV7 A;  3MWS A;  4Y5E A;  5HTZ A;  3BGB A;  5OYZ A;  4ZPF A;  4EPJ A;  5P6W A;  1BAI A;  2VIJ A;  4EWO A;  5P4A A;  4TVH A;  3O9D A;  3INF A;  4DUS A;  3NU9 A;  4D85 A;  2VJ9 A;  3PB5 A;  3UDJ A;  1WBM A;  1LYA A;  5BS4 A;  3U71 A;  2JXR A;  5P23 A;  3OGP A;  1ME6 A;  5BWY A;  2IKU A;  4XKX A;  5OZ4 A;  3OQK A;  5KQX A;  3ER5 E;  4COE A;  2QI6 A;  3QRM A;  1LF2 A;  2R5P A;  5P4U A;  3GGX A;  5AH7 A;  5OZO A;  2JE4 A;  4CPQ A;  5APR E;  2G1Y A;  4J0P A;  1WBK A;  1MT7 A;  4R95 A;  2QAK A;  3PVK A;  2ZJI A;  3OXC A;  5HCT A;  2AVO A;  2PWC A;  5P85 A;  5P7I A;  3LZS A;  5P32 A;  4YD6 A;  4CKU A;  4EQ0 A;  1PSN A;  3CYX A;  5ISK A;  1E81 E;  1TCX A;  5P41 A;  4Q1W A;  5P50 A;  1M43 A;  1HPS A;  4J0T A;  3UF3 A;  1D4I A;  5OYY A;  5P19 A;  4Q5M A;  4ZPE A;  3LZU A;  1B5F B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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