3D1ZA

Crystal structure of hiv-1 mutant i54m and inhibitor darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d1zA00
2AZCA 3PEPA 5BRYA 2BBBA 2WJOA 3UDPA 5P3TA 1K6CA 5P3UA 2ER9E 3NUOA 5DPZA 2A1EA 2VJ6A 4L7HA 5P46A 3FNTA 5P51A 4A4QA 3T7PA 1C70A 3S45A 1LYBA 5P3ZA 3PM4A 3QRMA 2AIDA 4APRE 1EPRE 4NJVA 4YOBA 5P5QA 3RTNA 4FRSA 3O9CA 4YD6A 4DUSA 5P2EA 5P1KA 1HTRB 5OZSA 5AH6A 3VCMA 1SIPA 5HCTA 2B42A 5KR8A 3DCRA 3LINA 5P48A 3QP0A 1EC3A 3NWXA 2Q11A 5P3OA 3L5BA 3RTHA 2AOIA 1TSUA 4LC7A 1EEDP 1EC1A 4GJ9A 1EC2A 4R95A 4B77A 3EM6A 2ZJHA 5CONA 3L5FA 5P2KA 2VA5A 3SA7A 1K6PA 3HAUA 5P28A 5C9BA 5IVTA 4Y4AA 2NXLA 5P2FA 1KJGA 1HSGA 3PSYA 5P7SA 5P4IA 3HZCA 5BWYA 1ZBGA 3K5GA 1ZPAA 2FDPA 3SPKA 4J17A 5P7MA 3FV3A 3ZL7A 4J0ZA 5HDVA 5P6RA 2WL0A 4CPTA 1Z1HA 5P2QA 3HAWA 3PB5A 5P27A 5P0HA 2B7ZA 5OZ7A 5P6VA 3NUJA 1ODYA 5P1WA 2PK6A 5P7RA 3ZKXA 5BS4A 3AIDA 4Y3FA 4GJBA 1HVJA 2FDEA 4B1CA 5P78A 2PYNA 5ER2E 3VF7A 4RVXA 3FNUA 3OUAA 5P36A 1MERA 1U8GA 1T7IA 3S7MA 2PK5A 1LV1A 4XX4A 1DIFA 3LPKA 5OZIA 5P7OA 3TKWA 3VSWA 3ER3E 1DP5A 3OQDA 1PFZA 4OBGA 4Y4GA 5P0KA 3GGAA 5P1PA 4GJ8A 5P3QA 4D89A 1APVE 5ENMA 5P0NA 2P4JA 5P0XA 4GJ5A 3BXRA 2B8VA 2R3TA 5P08A 3L59A 4U7QA 2WF2A 1QBSA 3FNSA 4KE0A 3TOGA 5P8LA 2Q55A 1AAQA 3I25A 5P26A 3CKTA 2I1AA 4DJYA 5JODA 3DJKA 3SACA 2OHMA 4AMTA 4Y38A 5P03A 4J1HA 1IVPA 3CIBA 5APRE 1HIVA 2IS0A 2Q3KA 5P7NA 4TRWA 4GJCA 4D88A 3SKFA 3RU1A 4Y5EA 5OZRA 1YX9A 3GGVA 5OZ9A 1Q9PA 4LXMA 1B6KA 5P5CA 1META 1HHPA 5HTZA 1EPOE 3IXKA 5P88A 4YBFA 5KQXA 1VIKA 3MSLA 3OOTA 5P7BA 2FMBA 5KQZA 1T7JA 4R93A 1ME6A 2O4SA 3PSGA 5SZ9A 3UDQA 2HPFA 5J25A 2ANLA 3O9LB 1HRNA 3K1WA 2IEOA 4RYCA 4Y3SA 4Y5GA 5P1GA 7HVPA 2JJIA 2RMPA 3MXEA 3BRAA 3APRE 3M9FA 4Y4ZA 2VJ9A 4F75A 1OHRA 5P5FA 2OAHA 5IVRA 1HVRA 3VV6A 1K2CA 4DFGA 4NPUA 5SY3A 5P5EA 4R8YA 5AGZA 5P2HA 5HE4A 5P58A 3GI0A 5P8IA 5P41A 2Q5KA 4Y3YA 1IBQA 2O4NA 2HB3A 5P5SA 5HE5A 3TPJA 3UF3A 2O40A 4Y3PA 5P1VA 5P6TA 2HIZA 3MXDA 1EPNE 3EKXA 3O9HA 2JJJA 4FM8A 1ZTZA 3G6ZA 1HPVA 5P1UA 2BPXA 1EAGA 1BWAA 4YE3A 3PWMA 2PSGA 1F7AA 5HDUA 2G26A 5DR7A 2BPVA 3OQFA 2QP8A 5P22A 5P4SA 2QI4A 2QZLA 5P1IA 1QS8A 2AOHA 3OUDA 5OZUA 5P8FA 1HPSA 5DR4A 2QI5A 3K5CA 4RRSA 1MPPA 2XYEA 5OZKA 5P8AA 2P3BA 1RV7A 1MTBA 5HD0A 5F01A 5P6CA 4Y44A 4I0HA 4Y3MA 3OUDB 3LPJA 2Q15A 3DOXA 1RPIA 4Z22A 2O4PA 5P0RA 5P3AA 1GVUA 1BVEA 1MRXA 4N00A 3VYDA 4Q1YA 3TNEA 4LXAA 5P6YA 3PMYA 1IZIA 4OBJA 5P1RA 4RZ1A 4H3FA 5P1NA 5COKA 3URIA 2OHUA 1YT9A 5P6MA 2OHQA 4Y3DA 3OXVA 1XE5A 4LL3A 5P8VA 5P0JA 5P15A 2ZJLA 2BJUA 5P8PA 5P7EA 2OHPA 1LYAB 4BEKA 3VYFA 3U6AA 5P3PA 3FKTA 5P62A 4B0QA 3FIVA 3G72A 5P19A 5P1YA 2AVSA 3NU6A 3INDA 4YD3A 3OHHA 5P8UA 1A30A 2FNSA 4ER1E 4I0FA 4F74A 4YCYA 2FGVA 5P6OA 5OZVA 1TCXA 1NPAA 5P3HA 4OD9B 1BVGA 1HPXA 5P39A 3RVIA 3KMXA 1HTFA 5P07A 2J9KA 4YDFA 4HA5A 4D8CA 5P3BA 2IGXA 4TRYA 1AJVA 3OAGA 1FIVA 4OBZA 4Y58A 1W5YA 5SY2A 5P3JA 4BELA 3PRSA 5P73A 3BC4A 3VEUA 5P5MA 3BGCA 5IS4A 3L5EA 2HC0A 4KE1A 5P1BA 1ODWA 3OWNA 5P55A 3OAGB 5P17A 3Q3TA 3NDWA 5P3CA 3QVCA 5P72A 5P09A 5P5JA 5P6WA 2VIEA 5P2LA 5P2JA 4PHVA 5OZHA 1PROA 3OXXA 3TPPA 5P0QA 2APRA 6FIVA 5P2MA 1K6TA 3B80A 2G22A 5OZ8A 2J9JA 3NSHA 1W5WA 5P05A 5P6JA 3UCBA 3OADA 4I0DA 5HCOA 3O9IA 4RVJA 2XFJA 4XX3A 1HOSA 4MC2A 4M8YA 2Q64A 2QMGA 5DQ2A 1G35A 1B6MA 3FX5A 4GMIA 5P59A 4X2LA 2QMFA 3CICA 5P3SA 1OEXA 4FGXA 4L1AA 5P0BA 4NJUA 5P0LA 4K4PA 4QJ2A 3NU9A 3PLLA 5P77A 5HE7A 5P0GA 1B6PA 1HPOA 4I8WA 3LZUA 4JOOA 3ZKIA 5P49A 4EQ0A 1HVCA 3U7SA 3LZSA 4LXKA 1W51A 5P2CA 3EBZA 4ZSRA 3K5DA 1A9MA 4GJ7A 3EMYA 2I4UA 5OZ4A 2HAHA 4MC6A 4LAPA 3UDNA 1BV9A 2WF4A 3Q4BA 5P7QA 3RTMA 4ZSPA 3WZ6A 3OU4B 5P5ZA 3L38A 1EPQE 4KUPA 3ER5E 4FM7A 5PEPA 4CMSA 5P43A 4FAFA 3KF0A 3R0WA 5OZAA 3NXNA 4PPHA 1K6VA 4Z2ZA 5KAOA 4EWOA 4EPJA 3S53A 2B7FA 4XXSA 3IN3A 5P3GA 3PLDA 4QJAA 4Y9WA 4NJTA 5P34A 5DR0A 3HW1A 2UY0A 4H3IA 3OXCA 4AA9A 1UH9A 4HEGA 4ZIPA 3SKGA 5ENKA 3LIZA 1WBKA 1D4KA 4B00A 3UDYA 5OZ1A 4JPCA 3O9DA 1B5FA 3R0YA 1MT7A 3S43A 5P06A 3APPA 4J5JA 1AZ5A 2QI0A 2PWCA 4ZSMA 2O4KA 1W5VA 4K9HA 3KM4A 5P82A 5P68A 5P0YA 1G6LA 5P16A 5P4QA 5I3WA 2QNPA 1B5FB 5OZ0A 1APTE 3S43B 1BBSA 5P5NA 5P25A 2R3WA 5EZXA 5P81A 2VS2A 2PSVA 5P11A 1A94A 4I1CA 1LYWA 4DV9A 3S2OA 1EBWA 4CKUA 5P45A 5DR8A 3EKVA 2HB2A 3BUGA 3VV8A 3KT5A 3NU5A 1LYBB 4DH6A 5KR2A 3IAWA 2AOFA 2AODA 1BDLA 1LYWB 5P14A 5AH8A 5P1SA 4HLAA 3JVWA 5C9DA 5P6XA 2V16C 5P4YA 4Q1NA 4I0IA 5AH7A 2I4VA 4RGHA 5P6PA 5P3NA 1D4YA 1HSHA 2OHRA 4DJQA 3EKYA 4Y4JA 2WF0A 3A2OA 1HTGA 4FAEA 5E5KA 3KFSA 4Y5MA 5OZCA 3MWSA 4J0VA 2ER7E 3VLAA 3OUCA 1XE6A 5P8OA 4QJ8A 3AUPA 4ZPGA 4TVGA 1A8KA 1F34A 1YTGA 2P3AA 2QZWA 5P8TA 1RNEA 5B18A 5E5JA 5P47A 4ER2E 3BVBA 1SMEA 3T7QA 3VUCA 5P8KA 5OYZA 5P5YA 1YTHA 5P5DA 2QI6A 3INHA 1QBRA 3WZ8A 2QHZA 4GB2A 3H0BA 3HLOA 1EPME 2CEMA 5P2DA 1A8GA 2PH8A 3ECGA 5P1ZA 2PQZA 4Y43A 2IRZA 1PSOE 3Q70A 3EM3A 5P1JA 4OC6A 2Q54A 1DAZC 3HVGA 1ER8E 4DJOA 5P1DA 4UPJA 4D83A 2AOCA 3SA4A 5OZWA 5KR0A 5P35A 2HS2A 6APRE 5P0TA 3TH9A 4TVHA 5P0MA 2OHLA 2ZHSA 5P5IA 1PPME 2PSUA 5P64A 4I11A 5P4ZA 2QD7A 2BKTA 5P7TA 5P0VA 4OC6B 5ER1E 1E80E 7UPJA 4U7VA 1D4LA 5I70A 1SH9A 2FNTA 3D1YA 2WEAA 1UH7A 1HVLA 4HE9A 4YBIA 4RLDA 1CMSA 3L58A 5OZJA 2ZHUA 2QI3A 3F9QA 4MC9A 3LNKA 3HBOA 5P6GA 3HDKA 4YA8A 1FG6C 2WKZA 5DGUA 3KYRA 2UXZA 3T11A 5P0PA 3UDJA 3NR6A 3KFPA 2QAKA 2NMZA 1IZHA 3O99A 5P6QA 3N4LA 5P7VA 1MIQA 3BGBA 4B05A 4YD5A 3BHEA 4I0ZA 2BPWA 5P32A 2AZ9A 5P89A 3L5CA 5P70A 1BXQA 4QJ6A 3OXWA 5COOA 1LF3A 5SXNA 4I0JA 1HWRA 5P4CA 3I8WA 3SFCA 2IGYA 4I10A 2QI7A 3KDCA 3NDTA 4GZFA 4DQEA 4Y3QA 5DR1A 5HVPA 5P4PA 2NNKA 3NWQA 5P1MA 1ZSFA 3PCWA 3IXJA 1M4HA 4F73A 5P2BA 5P5GA 3CYWA 1FQ6A 1XDHA 3N3IA 4QLHA 2I0DA 4YDGA 5P33A 4ACUA 1ZPKA 4RROA 1APWE 1T6GA 5P3MA 3G70A 4CPQA 3S8IA 3LITA 5P5LA 5P4KA 3R4BA 3OOZA 4LP9A 5P3WA 3URLA 4ER4E 5P2GA 3WZ7A 3KT2A 1C6XA 1GVXA 1FF0C 5OYUA 1E81E 3OU1A 2PH6A 5P2OA 2RKGA 4Y3AA 3VSXA 3PMUA 2P83A 5OYTA 5P7JA 3PBZA 1TSQA 5I3VA 4HZTA 1GKTA 4S1GA 3O9BA 3ZPSA 5P5XA 2IKOA 2I4WA 4H3JA 5P3YA 1APUE 4J0TA 3I7EA 2G20A 5P02A 5P0FA 5OZQA 1SP5A 2F3FA 4R91A 3ZKSA 3JW2A 4YD7A 3K4VA 5P8GA 5P6IA 1BXOA 5P1FA 1D4IA 3TL9A 2G1NA 5IVSA 4BFBA 4GJAA 1BIMA 3QIHA 3ZMGA 5P0AA 2ZJIA 5P12A 1HSIA 3ZKMA 5P0SA 5P6ZA 1SMRA 3TTPA 2O4LA 5P75A 5P7IA 2VNMA 5DQ5A 2BB9A 1N49A 4DJWA 5P69A 5P5UA 3GI4A 3KMYA 4DVFA 5DR3A 3TPRA 2NMYA 5DQCA 4H3GA 1ZP8A 5OZ3A 3K4VC 2OHKA 2P3BB 1MSMA 2ZJJA 2QZXA 1IDAA 2G1OA 2VIZA 4J1IA 5P0DA 2ZJKA 4Y3HA 5COPA 1T7KA 2QZKA 4Y3EA 3TOHA 5OZPA 2V13A 5HU0A 1K1UA 4J1KA 5P38A 3Q6YA 4J1CA 4L7GA 5P6DA 2ER0E 5P7UA 5AHCA 3TOFA 5OYQA 4OBFA 1DMPA 1FQ8A 3QS1A 5T4SA 5P6HA 4JP9A 2CEJA 5P3FA 2BPZA 3VFAA 1MRWA 5AHAA 4COEA 5OZOA 4Y3ZA 1MT9A 2P8HA 3PCZA 1YG9A 2HPEA 3QAAA 5HU1A 2NXDA 5P4AA 2QMPA 1E5OE 4EJ8A 4DJPA 5P8SA 1HXBA 2F3KA 3RSXA 2I0AA 3R1GB 2RSPA 5P7XA 4B1DA 4B78A 5P6BA 4BFDA 5P2TA 3GW5A 3UTLA 2FXEA 5OZBA 1SDTA 5OYXA 3DV5A 4AUCA 4Y5BA 4Y47A 4EP2A 5OZZA 4M8XA 5P7LA 5P3XA 5P0WA 5P50A 5P40A 4NJSA 5P0UA 4CPWA 5TOLA 5KQFA 4ZSQA 3EL4A 1T6EX 2QD6A 4OBZB 2BKSA 2V0ZC 4Y39A 5P1HA 4FCOA 3QROA 3IXOA 5OZGA 4Y50A 3EKPA 1FQ4A 1WKRA 5OZYA 2AZBA 3VV7A 2JE4A 3PJ6A 5P3RA 1QDMA 4K4RA 4WY1A 5P86A 4EJKA 4E43A 4Y6MA 3SA6A 2VNNA 4TRZA 2QCIA 4R5NA 2AVMA 1TQFA 3D20A 4R92A 1FB7A 1XN2A 1W6IA 4DJVA 4X7IA 2G24A 2XFIA 3UDHA 1DW6C 4Y3WA 5P57A 1K1TA 4Q1WA 5P1EA 1MSNA 2J9JB 3U71A 5P2RA 2V12C 3NLSA 2AOGA 3OADB 1ZSRA 5P6KA 3VLBA 2G94A 1J71A 5P8RA 6UPJA 2Z54A 4CPUA 5P7YA 3IVHA 3TLHA 4DQCA 1IDBA 2R5QA 3SA3A 4Y4BA 1BDRA 5P2XA 4CPXA 3SAAA 1PPLE 3PI5A 1GNOA 2FS4A 4L1AB 5C9FA 2QMDA 3OY4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZC A;  3PEP A;  5BRY A;  2BBB A;  2WJO A;  3UDP A;  5P3T A;  1K6C A;  5P3U A;  2ER9 E;  3NUO A;  5DPZ A;  2A1E A;  2VJ6 A;  4L7H A;  5P46 A;  3FNT A;  5P51 A;  4A4Q A;  3T7P A;  1C70 A;  3S45 A;  1LYB A;  5P3Z A;  3PM4 A;  3QRM A;  2AID A;  4APR E;  1EPR E;  4NJV A;  4YOB A;  5P5Q A;  3RTN A;  4FRS A;  3O9C A;  4YD6 A;  4DUS A;  5P2E A;  5P1K A;  1HTR B;  5OZS A;  5AH6 A;  3VCM A;  1SIP A;  5HCT A;  2B42 A;  5KR8 A;  3DCR A;  3LIN A;  5P48 A;  3QP0 A;  1EC3 A;  3NWX A;  2Q11 A;  5P3O A;  3L5B A;  3RTH A;  2AOI A;  1TSU A;  4LC7 A;  1EED P;  1EC1 A;  4GJ9 A;  1EC2 A;  4R95 A;  4B77 A;  3EM6 A;  2ZJH A;  5CON A;  3L5F A;  5P2K A;  2VA5 A;  3SA7 A;  1K6P A;  3HAU A;  5P28 A;  5C9B A;  5IVT A;  4Y4A A;  2NXL A;  5P2F A;  1KJG A;  1HSG A;  3PSY A;  5P7S A;  5P4I A;  3HZC A;  5BWY A;  1ZBG A;  3K5G A;  1ZPA A;  2FDP A;  3SPK A;  4J17 A;  5P7M A;  3FV3 A;  3ZL7 A;  4J0Z A;  5HDV A;  5P6R A;  2WL0 A;  4CPT A;  1Z1H A;  5P2Q A;  3HAW A;  3PB5 A;  5P27 A;  5P0H A;  2B7Z A;  5OZ7 A;  5P6V A;  3NUJ A;  1ODY A;  5P1W A;  2PK6 A;  5P7R A;  3ZKX A;  5BS4 A;  3AID A;  4Y3F A;  4GJB A;  1HVJ A;  2FDE A;  4B1C A;  5P78 A;  2PYN A;  5ER2 E;  3VF7 A;  4RVX A;  3FNU A;  3OUA A;  5P36 A;  1MER A;  1U8G A;  1T7I A;  3S7M A;  2PK5 A;  1LV1 A;  4XX4 A;  1DIF A;  3LPK A;  5OZI A;  5P7O A;  3TKW A;  3VSW A;  3ER3 E;  1DP5 A;  3OQD A;  1PFZ A;  4OBG A;  4Y4G A;  5P0K A;  3GGA A;  5P1P A;  4GJ8 A;  5P3Q A;  4D89 A;  1APV E;  5ENM A;  5P0N A;  2P4J A;  5P0X A;  4GJ5 A;  3BXR A;  2B8V A;  2R3T A;  5P08 A;  3L59 A;  4U7Q A;  2WF2 A;  1QBS A;  3FNS A;  4KE0 A;  3TOG A;  5P8L A;  2Q55 A;  1AAQ A;  3I25 A;  5P26 A;  3CKT A;  2I1A A;  4DJY A;  5JOD A;  3DJK A;  3SAC A;  2OHM A;  4AMT A;  4Y38 A;  5P03 A;  4J1H A;  1IVP A;  3CIB A;  5APR E;  1HIV A;  2IS0 A;  2Q3K A;  5P7N A;  4TRW A;  4GJC A;  4D88 A;  3SKF A;  3RU1 A;  4Y5E A;  5OZR A;  1YX9 A;  3GGV A;  5OZ9 A;  1Q9P A;  4LXM A;  1B6K A;  5P5C A;  1MET A;  1HHP A;  5HTZ A;  1EPO E;  3IXK A;  5P88 A;  4YBF A;  5KQX A;  1VIK A;  3MSL A;  3OOT A;  5P7B A;  2FMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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