3DJKA

Wild type hiv-1 protease with potent antiviral inhibitor grl-0255a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Flexible cyclic ethers/polyethers as novel P2-ligands for HIV-1 protease inhibitors: design, synthesis, biological evaluation, and protein-ligand X-ray studies
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3djkA00
3TOGA 5AH8A 3RTMA 5P4JA 3S43B 4TVGA 3NYGA 4J1HA 3KDBA 5P6EA 2CEJA 4S1GA 4H1EA 3DV5A 3O99A 5F00A 4I0HA 1SDUA 5P50A 2NTRA 4Y4JA 3UQXA 2AOFA 5DQ4A 4Y5NA 5P52A 4M8XA 5HDUA 4J0ZA 2IENA 1IZIA 4XXSA 1TSUA 2A4FA 5P4HA 3S7LA 3SA8A 4Y45A 5P2ZA 2B7ZA 5P8MA 3UDMA 2ZHRA 1AAQA 1FMXA 5OZ2A 5P1OA 5I3VA 1FQ8A 3NXNA 5P6HA 5OYWA 2HPFA 1AXAA 4H3FA 2OHRA 5P3XA 2BQVA 2G94A 5P7WA 5P4AA 4Y5AA 3U71A 1GVWA 5COOA 1T6GA 2QZXA 4QJ2A 5P67A 2O4NA 1HOSA 3T7XA 1LYWA 4RYGA 1K2BA 4YD3A 5P5SA 4Y50A 4ER1E 4J54A 4L7GA 4LHHA 4ZIPA 2V12C 4I0JA 3ZKXA 1FQXA 3OK9A 5P62A 4H3JA 1XS7D 5P0PA 5P12A 5P2YA 2PSUA 5P3YA 5HVPA 5KOSA 4B1DA 5P1RA 3OY4A 5OZNA 5JG1A 3T11A 3NLSA 3URLA 3VUCA 2ZHTA 5P68A 4OD9B 5I70A 5HDZA 4EPJA 1LYWB 5P32A 3WB5A 5IE1A 4YDGA 3PJ6A 5P25A 3PHVA 3D3TA 3PBDA 3UDQA 4J55A 1K2CA 4Q1XA 1SMEA 3O9CA 3LIYA 2I4DA 5P71A 3SAAA 5P5KA 4R91A 3IXJA 5P2FA 2HPEA 1MTRA 3KT2A 5P1CA 5P7QA 3KFSA 5P4XA 3APPA 5OZIA 4Y3RA 4CPSA 2AOJA 2IDWA 5APRE 4ZSPA 4B0QA 4DQHA 2ZJMA 5OZ8A 3MWSA 2AIDA 2VA6A 1T7JA 2QZLA 4I0ZA 5P73A 5P0NA 5P1YA 3QROA 4ZSQA 1VIJA 4RRNA 1SP5A 2P3CA 3QBHA 5P69A 1XE5A 5OZJA 3LZUA 1FMBA 1APUE 1ENTE 4OBKA 5P7IA 5P8QA 2UY0A 3RTHA 2JJIA 3D1YA 4K9HA 4RVJA 5IVRA 3B7VA 2FLEA 1B11A 4BFBA 4DJUA 4KUPA 4Y3SA 2IL2A 4Y54A 3OQDA 4EXHA 2V0ZC 5P1PA 2B8VA 5P0AA 3CKPA 5P0RA 3S53A 5P6NA 5P4FA 5P8KA 4ER2E 4OBGA 5SY3A 1MESA 3KMXA 1FEJC 1IVQA 4EP2A 4Y4UA 1FKNA 2QMPA 5P5LA 3CICA 3UFNA 3PCZA 5HTZA 4IVSA 5P5HA 5P3TA 1HBVA 5DR0A 4GJ6A 2OHMA 4J1IA 1BBSA 5ER1E 4DQFA 3OQ7A 1HIVA 2OHUA 4JPCA 3FV3A 4Y5CA 2QI6A 5TOLA 4I8ZA 1GKTA 3GI0A 1QBUA 4MC9A 5P6BA 3MSKA 4MC6A 4Y4XA 2QZKA 5OYZA 5P76A 2ZJKA 2G21A 3NU3A 4GJAA 5P55A 4A6BA 1FGCC 3N3IA 1IVPA 4LAPA 1D4SA 1PPKE 3K4VA 2ER7E 5P2GA 1WBKA 5P8HA 3H5BA 4BEKA 5P2TA 4R92A 1EC3A 3VFBA 5P7DA 5B18A 3MSJA 7HVPA 4PZXA 2ASIA 3NUOA 2R5PA 3PCWA 1C6XA 5P4ZA 4Y53A 2VJ9A 4K4RA 1EAGA 5P6CA 5KR8A 1MEUA 4AZYA 2F8GA 2J9KA 5P87A 2NXMA 4FRKA 4ZPFA 2QHYA 3Q4BA 5P10A 1ZPAA 1LV1A 4MC1A 1MT9A 2ER6E 3O9HA 3TH9A 1K6TA 3UPJA 3EL4A 1B5FA 3ZLQA 5P6LA 2Z4OA 3PI0A 5P14A 3VCMA 5HDVA 4L1AB 5P4NA 5P6YA 4MC2A 3D20A 4KE0A 5OZ3A 5P79A 1PPME 3I25A 3OXVA 5P8JA 5P66A 3G6ZA 3LIVA 1NPVA 5P7ZA 3CIBA 1FG6C 4H3IA 3Q3TA 4J1CA 5P7PA 4BFDA 3OUCA 5P5BA 5P4WA 2QU2A 4Q5MA 5P5XA 4Y3HA 4DJOA 3QRMA 2Q5KA 3FIVA 4RVXA 2I1AA 1NPAA 3URIA 1HTFA 3SA7A 5P45A 3WB4A 3RSXA 5P18A 2QZWA 3A2OA 3O9GA 4FGXA 6FIVA 4DQEA 4NJSA 1A8GA 2CEMA 2F81A 1E5OE 4DJVA 1QRPE 1MVPA 2F3KA 5P2RA 3OXCA 2NNPA 5P6VA 3O9FA 5AGZA 3H0BA 5P0VA 4D85A 4ZEAA 3O9IA 5P01A 5CLMA 2FDPA 2ZHUA 1IDAA 3D91A 3UQPA 2VIJA 2XYEA 2R5QA 1HVLA 4D88A 5P7BA 1HEFE 1HPXA 5P0CA 4QLHA 3TPJA 3KT5A 1SGZA 2WEAA 4LC7A 4YD5A 1HPOA 4DJYA 1BDQA 2BKSA 2FDDA 3AIDA 4GJ9A 1HVKA 5P1IA 3OGQA 3S85A 3VSXA 2R3TA 3OHHA 4Q1WA 5DR3A 3GI4A 1HTRB 1EPQE 4HA5A 1MT7A 3R2FA 5P27A 3NSHA 1YM2A 3DV1A 3VLAA 4FRIA 3L59A 2WF4A 1GVVA 1C6ZA 5P37A 5P4RA 4DV9A 2AZ9A 3D1ZA 5P8GA 1W5XA 1AZ5A 1EPOE 4B1EA 2VNMA 1HSGA 4Y5PA 4I0DA 3EM6A 5P7NA 1FQ4A 5P64A 5P5IA 3LIQA 4U7QA 2WEBA 2ZGAA 3GI6A 2QU3A 1W5YA 2A1EA 5P2LA 1HIHA 2I4XA 3CKRA 3UDPA 1BWAA 3MXDA 3OXWA 5P8VA 4ER4E 5P3NA 3EBZA 4WY1A 3HW1A 1KJ7A 3EKYA 5P84A 5P1VA 2SAMA 2AOCA 5P3PA 1MPPA 4Y3WA 3EKTA 5P2NA 1YTIA 2BPYA 1HSHA 1G2KA 5OZGA 3TPRA 5P2JA 3T3CA 2RENA 3OUAA 4K4PA 4GJBA 2QI0A 4I10A 4OBZA 3WZ6A 5P03A 5P06A 1BWBA 3KDCA 2QI4A 4TRZA 1EC1A 5P3GA 2OHLA 5P3MA 4YCKA 2MIPA 3DUYA 5P24A 5P6SA 1EPNE 1HXWA 4DQGA 2QK5A 5P2KA 4Y3EA 1D4IA 1B6KA 4J0PA 1HIIA 4JP9A 4B05A 1M43A 5P1LA 5P20A 3RVIA 1JLDA 4R5NA 4U8WA 1YM4A 3KFRA 2FGVA 2V16C 3ZKGA 1K1TA 5P7RA 4UPJA 4E43A 2FGUA 3OHFA 4CPRA 5P3JA 5P8RA 1ZSFA 2FXDA 3ZPUA 2PQZA 3S7MA 2QD6A 5P13A 5P2QA 3I8WA 2FS4A 2QNNA 4OBZB 5P57A 1PROA 2WKZA 3I2LA 3FNTA 4Y5MA 3OGPA 3D1XA 3Q70A 5EZZA 5P0BA 2G27A 3CIDA 2WEDA 4FL8A 5KR2A 3K5DA 5DR7A 4FM6A 5I3YA 2P3BA 2NMYA 3S8IA 4QJ6A 3I6OA 5P7XA 5SZ9A 3EKVA 3UDHA 3PMUA 4Y3JA 5P7AA 4EQJA 4Y4TA 5I3WA 3RSVA 5P0KA 2B42A 1PFZA 1M0BA 2OAHA 3SABA 1HXBA 4Z4XA 3EL9A 3L5EA 3QPJA 4AA8A 5P3DA 3TKGA 5JFUA 3T7QA 1NSOA 5P6DA 2Q11A 3ER3E 1AM5A 3QAAA 3UQRA 2AOGA 4Y43A 3INHA 5P0WA 5P5NA 5CONA 3NU5A 2IGXA 1XN2A 4I12A 2QNQA 3NDXA 3SO9A 1LYAB 2R3WA 1RPIA 3WZ7A 1HRNA 3NUJA 1T7KA 4H3GA 4Y57A 1EBWA 4FLGA 4IVTA 2AOEA 1ZBGA 3EXOA 1MIQA 5DGUA 3NWXA 4FSLA 3IN4A 3TNEA 3OQFA 2FNSA 2G1SA 5P86A 2ZYEA 3PSUA 1KJHA 5P1SA 5OZHA 5P17A 4FCOA 3PSGA 5OZDA 1LF2A 5BRYA 5P1GA 5AH7A 5P38A 2QD7A 3PMYA 5P59A 3ZPSA 2VA7A 2P3DA 3PRSA 3ZPTA 4A6CA 3K5CA 5P70A 2I4QA 5P6IA 4DJWA 1IZDA 1VIKA 4I0GA 3DK1A 4XX3A 1PPLE 1HVCA 1Z8CA 2ZHVA 4L7HA 3HAWA 2XFJA 1AJVA 4HLAA 5P8UA 1K6VA 4EJ8A 4Y4EA 5J25A 1RL8A 3Q5HA 5COKA 2WF1A 5P8SA 3K4VC 2O40A 1BXOA 3L5BA 3S56A 3PSYA 1FIVA 4NKKA 5P0SA 2F80A 5P5RA 4QJ7A 4RYCA 4K4QA 3ZKSA 4FAEA 3OADA 5P1TA 5P3RA 2J9JA 3G72A 3VYEA 4OBHA 5P1WA 5OZKA 3QRSA 1UH7A 1QS8A 4WTUA 1GNMA 3BC4A 3CYXA 2F3FA 4R93A 5P3WA 3JVYA 4HE9A 2JE4A 1TZSA 3EKPA 5P1HA 5DR8A 3GW5A 3GGUA 3SKGA 3FSMA 2VS2A 1GNOA 5P6UA 3K5GA 5P6RA 4Z22A 5HE5A 2QHZA 4Y4DA 2XFIA 3CYWA 5OZZA 4Y5KA 4J1FA 1A30A 5P8IA 3SACA 5OZEA 4I8WA 3OADB 2IEOA 5OZBA 3O9EA 5P08A 3L5DA 2J9JB 4OC6A 2FIVA 4YOAA 5DR4A 2P83A 3BVAA 3SA5A 1MSMA 2EWYA 5P1XA 3NU4A 5P3IA 2NNKA 4Y58A 1AJXA 5C9DA 5P3CA 2OHTA 1D4YA 2AZ8A 5P82A 4HZTA 5P5ZA 5OZVA 5P0GA 2ZDZA 5P1MA 5ISKA 4Y3LA 5P7OA 4J0YA 3KMYA 4B78A 4F74A 4NPTA 3BUHA 4TRWA 1ODYA 5OZFA 5P23A 2AOHA 3MXEA 2NXDA 5BWYA 4Y41A 1DAZC 4JECA 4AA9A 5JODA 3FX5A 2WF2A 2ZJLA 5P81A 1HVJA 1Z1HA 2G20A 3R4BA 4AUCA 2V10C 4X2LA 4OC6B 3EMYA 4N00A 1BVGA 2G1NA 3VSWA 2RSPA 3MSLA 4Y4BA 4B1CA 4FRJA 1EPLE 2BPXA 1FB7A 2FMBA 3R0WA 2WJOA 1BDLA 2WECA 2I4WA 4APEA 3BUGA 3JVWA 4FM8A 4Y3DA 3TKWA 3VF3A 1CPIA 1EBZA 2XFKA 1PSOE 4YD6A 2QAKA 3BGCA 3KA2A 2R43A 5P33A 2G1RA 2BBBA 3U6AA 1FFFC 2NXLA 3LPIA 4Y35A 5P5MA 2QNPA 1LF3A 1ER8E 5P6TA 1OEXA 4Z50A 2I0AA 2IKOA 4DFGA 5P6JA 5P19A 3PB5A 1QDMA 4ZPEA 4PZWA 5P6FA 4D89A 1W6IA 3QI1A 4LXMA 4U7VA 3SFCA 5P3SA 4F75A 5P3BA 1EC2A 1DMPA 1APWE 5P8CA 1EBYA 1EPPE 3INEA 2IKUA 4DJXA 1HEGE 2AZBA 5OZUA 1LYBA 5P47A 1XE6A 4CKUA 3HLOA 1A8KA 4EHCA 2PSGA 3PWMA 2VJ6A 3KDDA 4EJKA 5OZLA 5P4DA 8HVPA 3R1GB 2JYSA 1ZPKA 4GJCA 2Q15A 1BVEA 3QVCA 5P6KA 1HVSA 5FIVA 5P6MA 2ANLA 5P2XA 5P5OA 2ZJHA 1APVE 1SIVA 5P65A 1BIMA 4Y48A 4Y5LA 3GGVA 2OHNA 1B5FB 4JOOA 1HVRA 2PC0A 1KJGA 3DCRA 1LYBB 5KQYA 5P1UA 2O4LA 3EKQA 2V11C 5P3KA 2WF0A 4YBFA 5P5AA 4CPXA 5F01A 1K6PA 5P3QA 5OZ4A 4FM7A 5OZCA 1META 5P80A 3UCBA 1RV7A 2HAHA 4L7JA 2QMDA 4LXAA 4XKXA 5OZ9A 1GVXA 4OBFA 1NH0A 2ER9E 5P7FA 3QVIA 5OZMA 4PEPA 1YTHA 2UXZA 3GGAA 2PK6A 2R8NA 4TRYA 2UPJA 3NXEA 4J0VA 1W6HA 3ZKNA 3Q6YA 2BPVA 1IZHA 4GYEA 2WL0A 4LP9A 5P56A 2VNNA 5P8OA 5UPJA 4Y3XA 4R8YA 4QGIA 5P28A 5ENMA 3URJA 3OOTA 1SIPA 5P75A 3SM1A 1MRWA 1SDVA 3ZMGA 2QP8A 1A94A 3IXKA 5P83A 5DQ5A 2P4JA 5OZRA 4EYRA 5P1EA 2XYFA 3S54A 5P89A 2OHKA 5P39A 2AODA 1F34A 3UFLA 4Y6MA 5HCTA 3O9BA 4B70A 5P5PA 2QD8A 1E82E 1ODXA 2PSVA 4F73A 2AVSA 3AUPA 1SGUA 5P5YA 5E5JA 5P7TA 3T6IA 1OEWA 5P5QA 5AHCA 3PVKA 5P3LA 4RCDA 3TPPA 1XL2A 4QJ9A 4CPUA 4Y3TA 2OHPA 2VKMA 3BHEA 3VF7A 3EL1A 1SDTA 2BB9A 2V13A 3OWNA 1KJ4A 3IN3A 3UTLA 3O9LA 1XN3A 4NPUA 3EKXA 3SM2A 5P3EA 5HE7A 5T4SA 2WHHA 4B72A 3TPLA 5P7UA 5OZ6A 5KAOA 3OTSA 1W5VA 4CPQA 5IVSA 3DJKA 4PYVA 3NU9A 3PBZA 1FQ5A 1MERA 3K1WA 2QI3A 3OXXA 4Y47A 4Y56A 2AVMA 5P0UA 2JXRA 2Q3KA 1NPWA 2OF0A 2FXEA 5OYXA 5P63A 4RROA 4Y3NA 4Y3AA 1SMRA 2O4SA 2Q64A 4LL3A 5COPA 5AHAA 4D8CA 3IVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TOG A;  5AH8 A;  3RTM A;  5P4J A;  3S43 B;  4TVG A;  3NYG A;  4J1H A;  3KDB A;  5P6E A;  2CEJ A;  4S1G A;  4H1E A;  3DV5 A;  3O99 A;  5F00 A;  4I0H A;  1SDU A;  5P50 A;  2NTR A;  4Y4J A;  3UQX A;  2AOF A;  5DQ4 A;  4Y5N A;  5P52 A;  4M8X A;  5HDU A;  4J0Z A;  2IEN A;  1IZI A;  4XXS A;  1TSU A;  2A4F A;  5P4H A;  3S7L A;  3SA8 A;  4Y45 A;  5P2Z A;  2B7Z A;  5P8M A;  3UDM A;  2ZHR A;  1AAQ A;  1FMX A;  5OZ2 A;  5P1O A;  5I3V A;  1FQ8 A;  3NXN A;  5P6H A;  5OYW A;  2HPF A;  1AXA A;  4H3F A;  2OHR A;  5P3X A;  2BQV A;  2G94 A;  5P7W A;  5P4A A;  4Y5A A;  3U71 A;  1GVW A;  5COO A;  1T6G A;  2QZX A;  4QJ2 A;  5P67 A;  2O4N A;  1HOS A;  3T7X A;  1LYW A;  4RYG A;  1K2B A;  4YD3 A;  5P5S A;  4Y50 A;  4ER1 E;  4J54 A;  4L7G A;  4LHH A;  4ZIP A;  2V12 C;  4I0J A;  3ZKX A;  1FQX A;  3OK9 A;  5P62 A;  4H3J A;  1XS7 D;  5P0P A;  5P12 A;  5P2Y A;  2PSU A;  5P3Y A;  5HVP A;  5KOS A;  4B1D A;  5P1R A;  3OY4 A;  5OZN A;  5JG1 A;  3T11 A;  3NLS A;  3URL A;  3VUC A;  2ZHT A;  5P68 A;  4OD9 B;  5I70 A;  5HDZ A;  4EPJ A;  1LYW B;  5P32 A;  3WB5 A;  5IE1 A;  4YDG A;  3PJ6 A;  5P25 A;  3PHV A;  3D3T A;  3PBD A;  3UDQ A;  4J55 A;  1K2C A;  4Q1X A;  1SME A;  3O9C A;  3LIY A;  2I4D A;  5P71 A;  3SAA A;  5P5K A;  4R91 A;  3IXJ A;  5P2F A;  2HPE A;  1MTR A;  3KT2 A;  5P1C A;  5P7Q A;  3KFS A;  5P4X A;  3APP A;  5OZI A;  4Y3R A;  4CPS A;  2AOJ A;  2IDW A;  5APR E;  4ZSP A;  4B0Q A;  4DQH A;  2ZJM A;  5OZ8 A;  3MWS A;  2AID A;  2VA6 A;  1T7J A;  2QZL A;  4I0Z A;  5P73 A;  5P0N A;  5P1Y A;  3QRO A;  4ZSQ A;  1VIJ A;  4RRN A;  1SP5 A;  2P3C A;  3QBH A;  5P69 A;  1XE5 A;  5OZJ A;  3LZU A;  1FMB A;  1APU E;  1ENT E;  4OBK A;  5P7I A;  5P8Q A;  2UY0 A;  3RTH A;  2JJI A;  3D1Y A;  4K9H A;  4RVJ A;  5IVR A;  3B7V A;  2FLE A;  1B11 A;  4BFB A;  4DJU A;  4KUP A;  4Y3S A;  2IL2 A;  4Y54 A;  3OQD A;  4EXH A;  2V0Z C;  5P1P A;  2B8V A;  5P0A A;  3CKP A;  5P0R A;  3S53 A;  5P6N A;  5P4F A;  5P8K A;  4ER2 E;  4OBG A;  5SY3 A;  1MES A;  3KMX A;  1FEJ C;  1IVQ A;  4EP2 A;  4Y4U A;  1FKN A;  2QMP A;  5P5L A;  3CIC A;  3UFN A; 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 3TNE A;  3OQF A;  2FNS A;  2G1S A;  5P86 A;  2ZYE A;  3PSU A;  1KJH A;  5P1S A;  5OZH A;  5P17 A;  4FCO A;  3PSG A;  5OZD A;  1LF2 A;  5BRY A;  5P1G A;  5AH7 A;  5P38 A;  2QD7 A;  3PMY A;  5P59 A;  3ZPS A;  2VA7 A;  2P3D A;  3PRS A;  3ZPT A;  4A6C A;  3K5C A;  5P70 A;  2I4Q A;  5P6I A;  4DJW A;  1IZD A;  1VIK A;  4I0G A;  3DK1 A;  4XX3 A;  1PPL E;  1HVC A;  1Z8C A;  2ZHV A;  4L7H A;  3HAW A;  2XFJ A;  1AJV A;  4HLA A;  5P8U A;  1K6V A;  4EJ8 A;  4Y4E A;  5J25 A;  1RL8 A;  3Q5H A;  5COK A;  2WF1 A;  5P8S A;  3K4V C;  2O40 A;  1BXO A;  3L5B A;  3S56 A;  3PSY A;  1FIV A;  4NKK A;  5P0S A;  2F80 A;  5P5R A;  4QJ7 A;  4RYC A;  4K4Q A;  3ZKS A;  4FAE A;  3OAD A;  5P1T A;  5P3R A;  2J9J A;  3G72 A;  3VYE A;  4OBH A;  5P1W A;  5OZK A;  3QRS A;  1UH7 A;  1QS8 A;  4WTU A;  1GNM A;  3BC4 A;  3CYX A;  2F3F A;  4R93 A;  5P3W A;  3JVY A;  4HE9 A;  2JE4 A;  1TZS A;  3EKP A;  5P1H A;  5DR8 A;  3GW5 A;  3GGU A;  3SKG A;  3FSM A;  2VS2 A;  1GNO A;  5P6U A;  3K5G A;  5P6R A;  4Z22 A;  5HE5 A;  2QHZ A;  4Y4D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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