3DOXA

X-ray structure of hiv-1 protease in situ product complex
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of HIV-1 protease in situ product complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (isolate hxb2 group m subtype b)
total genus 47
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3doxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3doxA02
5P0FA 5P8QA 3S7LA 5P2EA 4EJ8A 1LS5A 1YM2A 2JE4A 1N49A 5P6VA 4Y3HA 4J0YA 5P3EA 5P00A 2HPFA 2R9BA 3OQAA 2AVSA 3I2LA 3NU3A 5P5QA 5P06A 5P5IA 5OZ2A 1IZHA 1D4JA 1FEJC 4K4QA 5CLMA 2QMDA 5AH6A 3CIDA 5DR3A 1SGUA 2V12C 3T3CA 1A30A 1NPVA 2AOEA 3TOFA 4Y41A 3O9BA 3EM3A 4Y53A 4I1CA 2Q11A 3OTSA 5OZVA 5P6IA 3U6AA 4Y48A 4GJ8A 5P3PA 3T7QA 3LIXA 4APRE 1LZQA 3BUGA 5P53A 4PZWA 1AAQA 1FQ5A 5COPA 5P41A 3O9LB 5KOQA 3QS1A 3GI6A 3ECGA 4Y38A 4JPCA 4JP9A 3K5GA 5C9DA 3OK9A 4J1HA 4OBHA 5P78A 4ZSQA 3PVKA 1HVKA 3Q6YA 4XXSA 2WF4A 1EPME 5P7KA 1APTE 2CEMA 4RCDA 5P4VA 5P7IA 3OQDA 5P6MA 1VIKA 3KT5A 1KJFA 1HVLA 1HVHA 4ZEAA 1ZPAA 5P1NA 3VF7A 1HVJA 4EJDA 1OEXA 1MEUA 3PB5A 2AODA 4QLHA 3FNUA 1XL5A 5P1WA 4ZSMA 3UPJA 5P4EA 4CPXA 1KJGA 2NXLA 5P1MA 3ZL7A 2AOJA 3DK1A 4DJWA 5P89A 3NDTA 5P14A 3PMYA 4J0ZA 5DR0A 4Y4TA 4YDGA 3O9CA 3BGBA 5P10A 1CMSA 2B7FA 1G35A 2I1AA 5P0XA 1RNEA 1SMRA 2QU3A 1K1TA 5P68A 3UDNA 1B6KA 5P52A 1ODXA 2WEBA 2ZJNA 2B42A 4Y3SA 1GVWA 3D1XA 4L1AB 2BKTA 5P42A 5P5PA 5P7TA 1A9MA 5AGZA 2NXDA 5P0CA 5P2BA 5P4PA 1BV9A 3QRMA 2EWYA 2OHTA 5P5SA 2I4WA 4OD9A 5P1DA 2PQZA 4YHQA 4J55A 3OHHA 3PCWA 5P8BA 5P09A 3VLBA 2J9KA 1E5OE 5P4UA 1TZSA 5P2RA 4YDFA 3UDJA 4RVIA 2OF0A 3SM1A 2FNSA 2PWCA 2H6SA 2BBBA 4WY6A 3OUDA 3TKGA 1K6TA 5P1TA 5SY3A 1PPLE 2QI5A 5P1CA 5P81A 5P4OA 4FL8A 1QRPE 1NPWA 3EKXA 4Q5MA 2FMBA 4YCYA 5P19A 3DCKA 5P4SA 5P5NA 3RSXA 1TCWA 4Q1YA 5P3SA 3SA8A 3DV1A 4QJ6A 3R1GB 3N4LA 5P4LA 3GGAA 1APUE 1T7KA 4EQJA 1NSOA 1KZKA 4Y5BA 2JYSA 5P07A 5E5KA 2FLEA 1SH9A 1YT9A 5I3VA 3ZMGA 2Q3KA 4DJVA 5P3DA 4J1IA 4YD7A 4ZPFA 5P5TA 4NPUA 3EKWA 4DQHA 1GVXA 5C9BA 4CPQA 4GJ7A 2QZLA 2BPXA 4Y58A 4CMSA 4FRSA 4U7VA 5HDVA 5P65A 2WF2A 4B1CA 3DOXA 4YOBA 5PEPA 1QS8A 2WEAA 2ZHUA 3QROA 3ER5E 3OHFA 2VNMA 4LXAA 3BGCA 2WJOA 4J0VA 3OU4A 4H1EA 2XFKA 3NXNA 5P27A 5OZHA 5P2ZA 4B05A 3QBHA 1ZSFA 3FX5A 3HDKA 5OZEA 1OD1A 4GB2A 5P5XA 4RRNA 5OZ8A 1E80E 4A6BA 4ACUA 5P80A 5P2MA 1GNOA 4QJ2A 5AHBA 4ZSRA 2PWRA 3LIZA 4Y3DA 5P5WA 1IZIA 4ZIPA 4LC7A 3IVIA 2CENA 3A2OA 5ISKA 1SBGA 1DAZC 2R3WA 4I0JA 3INHA 4Y3FA 5P4BA 2P8HA 1HXBA 1YG9A 4AZYA 4EHCA 5P46A 5P1LA 1D4IA 5P72A 3B7VA 1W6IA 2OHQA 1LV1A 4EXGA 3VCMA 2R43A 1PSNA 3UQWA 1FMUA 5P64A 5P3TA 5IS4A 5OZNA 4A4QA 4YCTA 3KDCA 4OBZB 3WSJA 5P1UA 5P6AA 1FQ7A 4DJYA 1LYWB 5P3KA 3TPPA 5P6PA 1M4HA 3QN8A 2ZHRA 5P8VA 5P2YA 2UY0A 4DQEA 3LITA 1LYBA 4BELA 3NU5A 1WBMA 5P1OA 1MT9A 3PRSA 1IZDA 1SIVA 2ZJKA 5OZJA 2IGXA 2IGYA 4Y5MA 5IVSA 3OXVA 2RSPA 3L3AA 5P48A 3LPJA 3EXOA 5OZKA 5P50A 2OHSA 3MSKA 5P7HA 4GMIA 1K2BA 4K4PA 2AVOA 4FGXA 5HE7A 5P6LA 4Y3JA 2QI6A 1ER8E 5P0NA 5P5DA 4GIDA 3QRVA 4LHHA 5P7RA 4RROA 3URLA 4YOAA 2VJ7A 3CYWA 5I3WA 5P0RA 2IKOA 1HSHA 2PSUA 5P82A 4OC6B 3O9FA 2VIJA 5P85A 3KM4A 1D4LA 2XYEA 2QCIA 5P4JA 4GJBA 5P79A 1EBKC 3OOTA 5P13A 5EZZA 1HXWA 4EQ0A 1HTGA 3OTYA 4Y47A 2ZHTA 1HEGE 1HPOA 1W50A 3UTLA 2XFJA 3PCZA 5OYVA 4OBKA 4NPTA 1K6PA 3PWWA 5AH8A 1BBSA 1ZAPA 2BQVA 5FIVA 5HTZA 1XE6A 1T6GA 5OYXA 5P35A 3SABA 1XL2A 5P02A 3TLHA 4E43A 5DR4A 5P0HA 5P4GA 5P5GA 5P0GA 5P71A 3T7XA 5P0TA 1MUIA 3R2FA 5P63A 4HE9A 2VA5A 3K5FA 3TPRA 4L7GA 1AXAA 1Z1HA 1HVRA 2G1SA 1OEWA 2OHKA 5OZQA 2ER9E 3OADA 3QPJA 2QD8A 2PC0A 5P66A 2IRZA 4GJ6A 4LL3A 5P2OA 1WKRA 4H3IA 1KJHA 2QZWA 3GI5A 4Y51A 5P0AA 2FDDA 3CKPA 3O9AA 1PPKE 3OAGA 5HE4A 2ZYEA 2ZDZA 3PJ6A 4R93A 4CPRA 5OYZA 1CZIE 3OUBA 5P7UA 1B6PA 1RPIA 4DJOA 3SA9A 5KR8A 3I8WA 1HPXA 2WKZA 5JG1A 2OAHA 4Y4XA 2VS2A 4Y5PA 5P7JA 3EM4A 3SLZA 3TTPA 4U8WA 4OBGA 4FSEA 1EC3A 2VA6A 4Y5CA 4Q1NA 3GI4A 2PYMA 3VYEA 2BPWA 2WEZA 1SDTA 4HDPA 2WF3A 4Y4WA 3UDYA 1LEEA 1HPVA 1YTGA 4DH6A 3VG1A 3D91A 4Y3YA 3L38A 3L5FA 4WTUA 5P0UA 3RTHA 5P3VA 3INEA 5AH9A 2IL2A 2QMGA 5I70A 4RYCA 1HSIA 1GVVA 3JVYA 5P2HA 2HPEA 2IENA 3EL5A 5P7QA 5P83A 1MRWA 2R5QA 2Z54A 2H6TA 2G21A 5P70A 3IN4A 2QI3A 3LZVA 4Y4UA 3O9LA 2I4QA 4J1CA 3ZPSA 1HTRB 5P3YA 1PSOE 1MIQA 4EYRA 5P61A 2NNPA 5P4IA 4B72A 2HAHA 3EL4A 3HLOA 1FIVA 1TW7A 1K1UA 5P6EA 2VJ6A 2RENA 5OYUA 1LYAB 1LF4A 5P57A 3KFPA 1GNMA 4NKKA 4FE6A 4FCOA 1HIVA 2VIEA 4IVSA 4QJ7A 5ER1E 4F76A 3OXWA 5DQ1A 4ZLSA 4I11A 5P4YA 1Z8CA 1DIFA 4FRJA 5P1YA 1FMBA 3UFNA 2FXDA 4CPWA 4TRWA 1UH8A 1D4KA 5P2TA 4YD3A 5P6FA 5P4MA 5P76A 5DPZA 5P43A 4Y3RA 4I0IA 1WBKA 3FSMA 4PZXA 4Y5AA 4YD5A 5P2AA 1M0BA 4FM6A 5P4QA 5P4KA 1U8GA 5P8UA 3ZLQA 3QRSA 4Y3AA 1K2CA 3U7SA 3KN0A 4FRKA 1B6LA 1MRXA 1EPQE 3RSVA 4I0EA 4J1KA 2HB3A 2HB2A 1APVE 4J54A 2AZBA 3TPLA 1C6ZA 2A1EA 5P0DA 4Y5EA 4DJXA 4B1EA 3KDDA 4HZTA 1FLHA 4L1AA 1W5YA 1BDRA 5P2NA 1A8GA 1M43A 1AJVA 3I25A 4KUPA 1ZP8A 5P5FA 1B6MA 2RKGA 5P7AA 1QDMA 4AA8A 3FNTA 5P5LA 4D8CA 4PYVA 3NUJA 4Y3WA 5P08A 2G1YA 3ST5A 1ZPKA 2IEOA 5OZIA 5P3NA 3WB4A 3O9DA 3L5BA 5P0WA 2OHPA 3UQRA 1B6JA 3PSYA 5P7ZA 4HA5A 4ACXA 3ER3E 5P77A 5AHCA 2BPYA 2QP8A 2J9JB 5P4ZA 3NLSA 1MERA 1PFZA 5OZLA 5P55A 1NPAA 5P5VA 4DQBA 1FFIC 5P5BA 1EPRE 5P6JA 5P26A 1IVPA 2A4FA 3VSXA 2Q54A 2QNNA 1EBYA 4J0PA 5P11A 3RU1A 3S45A 4Y4EA 5P3AA 3PHVA 5P67A 3EKVA 1QBUA 3KDBA 4I8WA 4KB9A 5P3CA 5IVTA 1EPOE 3RTMA 5P1XA 4K9HA 4RCFA 1EC0A 4Y45A 5OZ6A 2ER0E 1FMXA 3L5DA 4R91A 3ZKQA 3KFSA 2FGVA 1HHPA 5P6OA 1W5VA 2Q55A 3TOGA 5P73A 4LAPA 2FXEA 1FQ8A 1SP5A 2VA7A 1PPME 3INDA 3CYXA 4Y5GA 1EBWA 3S54A 1B11A 2B7ZA 3S43B 5P4WA 3Q3TA 4FLGA 1HTFA 5P2KA 5P3RA 3NDWA 3VYDA 4B77A 3SA7A 1B5FB 3DCRA 5P3JA 5P0LA 1RV7A 2O4LA 4Y4BA 3PM4A 2G20A 2HS1A 2F8GA 2NMZA 3MXDA 5P87A 5P2FA 5P37A 3PEPA 1HVSA 3G6ZA 4J17A 4Y4JA 2O4KA 5P6QA 1HIIA 4UPJA 5P7MA 5OZGA 5P8FA 3GW5A 1SGZA 1QBRA 2FGUA 4FS4A 4ER2E 5P7WA 4DJUA 4DPFA 1NH0A 3ZKSA 2ASIA 1YTIA 5P8OA 1IVQA 3EBZA 4EJKA 1D4HA 4NJTA 4GJAA 5P59A 2Q63A 2QMPA 5SZ9A 3OUCA 2FDPA 4LBTA 5P6SA 4OBZA 3K4VA 1LYWA 1T6EX 2R3TA 4MC6A 5P8TA 3RTNA 3S7MA 1LF2A 3JVWA 4Z2ZA 5P1EA 4FIVA 1KJ7A 4KE0A 4CPSA 5P15A 2NXMA 3ZKNA 5HCTA 1K6VA 2B60A 5P4NA 2P83A 5P4FA 3GI0A 2OHRA 1BV7A 2QI4A 1AIDA 5P69A 2V16C 3KFNA 3EL9A 2P3AA 3D20A 5BS4A 2QU2A 2PMAA 2R8NA 5AHAA 4L7HA 5P5CA 4X2LA 1DP5A 5P2LA 3DM6A 2I0AA 4HEGA 4FAFA 4RVJA 3SKFA 3HAWA 1ZLFA 5J25A 4OBJA 3LPKA 1FGCC 4Y4GA 5KQZA 5F00A 4EJLA 5P8NA 4NJUA 5P23A 4N00A 1HTEA 1EPPE 4I12A 5P7FA 2WL0A 4OC6A 5P0MA 5P8AA 3UDRA 3N3IA 5APRE 5P3XA 1A8KA 1EPLE 2QZXA 1XS7D 1BXQA 2XFIA 5OYWA 3TNEA 4LXKA 1YX9A 3UCBA 5P0VA 3UQUA 2FDEA 1FQ4A 3KFRA 3ZOVA 3NUOA 5P75A 3BUFA 1BVEA 1IZEA 3K5CA 4YD4A 1APWE 2XYFA 2VJ9A 4D89A 2F3KA 2Q5KA 3T11A 3VUCA 1Q9PA 1BVGA 3OU3A 3IN3A 1T7IA 4B00A 3O9IA 3TKWA 3DUYA 5P3GA 2QHYA 5F01A 3TPJA 3PMUA 5OZ0A 5P1QA 4Y57A 1XN3A 3R0WA 1G2KA 4CKUA 1ZSRA 4XKXA 3RVIA 3PLDA 5COKA 5KR1A 3PWRA 3SA5A 3URIA 3IXJA 5P03A 2P4JA 4PHVA 1C6XA 2Q64A 2VIZA 2AZ9A 5DGUA 5P84A 2QD6A 5OYQA 4FM7A 1J71A 4MC9A 1T7JA 3NWXA 3O9HA 4H3GA 2I4VA 1BIMA 2QZKA 2VKMA 2B8VA 3IA9A 3MSLA 4Y5LA 3OQ7A 3TL9A 2SAMA 3L5CA 5TOLA 4Y4ZA 2UPJA 3CKRA 4Y37A 2P3BB 4RVXA 5P1IA 3VFBA 1CPIA 2IDWA 5P1GA 5KOSA 4ER1E 4TVGA 4DPIA 2G26A 1DPJA 4DJQA 5P7CA 5DQ2A 1GVTA 4ZPGA 5P6XA 5P3OA 3QI1A 3APRE 5P0PA 4WY1A 2ZGAA 5P0IA 2QI1A 4TVHA 5KQXA 2ER7E 5CONA 2JXRA 2PYNA 2O4NA 3EL0A 3R4BA 1EPNE 2VNNA 5P7YA 1KJ4A 3EKYA 9HVPA 4OBDA 3VFAA 3PI0A 4R95A 4J0TA 4YBIA 2ZHSA 1DMPA 3WZ8A 2V11C 4BFDA 5OZ1A 3OY4A 3QIHA 4Y3EA 5P5UA 4Y56A 3SACA 3SQFA 1LYAA 5P3FA 4HDFA 1BDLA 4YBFA 3TOHA 4Y36A 2V10C 2V0ZC 5OZYA 3SKGA 3BUHA 5P8SA 4IVTA 2F3FA 2P3DA 3U71A 3OQKA 5P0KA 3BXRA 1UH9A 1F7AA 5P58A 4OBFA 5DQ5A 4CPTA 4MC1A 5P2XA 5P1SA 1GVUA 2AVQA 3LINA 4JOOA 4ER4E 3VYFA 5KR0A 4TRYA 1XDHA 1FQ6A 5P40A 3ZPUA 4BFBA 5P4TA 2HS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0F A;  5P8Q A;  3S7L A;  5P2E A;  4EJ8 A;  1LS5 A;  1YM2 A;  2JE4 A;  1N49 A;  5P6V A;  4Y3H A;  4J0Y A;  5P3E A;  5P00 A;  2HPF A;  2R9B A;  3OQA A;  2AVS A;  3I2L A;  3NU3 A;  5P5Q A;  5P06 A;  5P5I A;  5OZ2 A;  1IZH A;  1D4J A;  1FEJ C;  4K4Q A;  5CLM A;  2QMD A;  5AH6 A;  3CID A;  5DR3 A;  1SGU A;  2V12 C;  3T3C A;  1A30 A;  1NPV A;  2AOE A;  3TOF A;  4Y41 A;  3O9B A;  3EM3 A;  4Y53 A;  4I1C A;  2Q11 A;  3OTS A;  5OZV A;  5P6I A;  3U6A A;  4Y48 A;  4GJ8 A;  5P3P A;  3T7Q A;  3LIX A;  4APR E;  1LZQ A;  3BUG A;  5P53 A;  4PZW A;  1AAQ A;  1FQ5 A;  5COP A;  5P41 A;  3O9L B;  5KOQ A;  3QS1 A;  3GI6 A;  3ECG A;  4Y38 A;  4JPC A;  4JP9 A;  3K5G A;  5C9D A;  3OK9 A;  4J1H A;  4OBH A;  5P78 A;  4ZSQ A;  3PVK A;  1HVK A;  3Q6Y A;  4XXS A;  2WF4 A;  1EPM E;  5P7K A;  1APT E;  2CEM A;  4RCD A;  5P4V A;  5P7I A;  3OQD A;  5P6M A;  1VIK A;  3KT5 A;  1KJF A;  1HVL A;  1HVH A;  4ZEA A;  1ZPA A;  5P1N A;  3VF7 A;  1HVJ A;  4EJD A;  1OEX A;  1MEU A;  3PB5 A;  2AOD A;  4QLH A;  3FNU A;  1XL5 A;  5P1W A;  4ZSM A;  3UPJ A;  5P4E A;  4CPX A;  1KJG A;  2NXL A;  5P1M A;  3ZL7 A;  2AOJ A;  3DK1 A;  4DJW A;  5P89 A;  3NDT A;  5P14 A;  3PMY A;  4J0Z A;  5DR0 A;  4Y4T A;  4YDG A;  3O9C A;  3BGB A;  5P10 A;  1CMS A;  2B7F A;  1G35 A;  2I1A A;  5P0X A;  1RNE A;  1SMR A;  2QU3 A;  1K1T A;  5P68 A;  3UDN A;  1B6K A;  5P52 A;  1ODX A;  2WEB A;  2ZJN A;  2B42 A;  4Y3S A;  1GVW A;  3D1X A;  4L1A B;  2BKT A;  5P42 A;  5P5P A;  5P7T A;  1A9M A;  5AGZ A;  2NXD A;  5P0C A;  5P2B A;  5P4P A;  1BV9 A;  3QRM A;  2EWY A;  2OHT A;  5P5S A;  2I4W A;  4OD9 A;  5P1D A;  2PQZ A;  4YHQ A;  4J55 A;  3OHH A;  3PCW A;  5P8B A;  5P09 A;  3VLB A;  2J9K A;  1E5O E;  5P4U A;  1TZS A;  5P2R A;  4YDF A;  3UDJ A;  4RVI A;  2OF0 A;  3SM1 A;  2FNS A;  2PWC A;  2H6S A;  2BBB A;  4WY6 A;  3OUD A;  3TKG A;  1K6T A;  5P1T A;  5SY3 A;  1PPL E;  2QI5 A;  5P1C A;  5P81 A;  5P4O A;  4FL8 A;  1QRP E;  1NPW A;  3EKX A;  4Q5M A;  2FMB A;  4YCY A;  5P19 A;  3DCK A;  5P4S A;  5P5N A;  3RSX A;  1TCW A;  4Q1Y A;  5P3S A;  3SA8 A;  3DV1 A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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