3DV5A

Crystal structure of human beta-secretase in complex with nvp-bav544
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors with activity in vivo.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv5A02
3OGPA 3QS1A 2WF4A 4LC7A 1FMXA 5DR0A 2QHYA 3OGQA 4LBTA 3G6ZA 2OHUA 5P3XA 5P34A 2Q3KA 4Y4AA 3T6IA 5P53A 3NDWA 1ZSFA 3OOTA 4B1CA 5P2JA 1ZAPA 3QP0A 2QK5A 5OZBA 4J0YA 2ZGAA 2WF1A 5P61A 2G1RA 1BWAA 1MRWA 3BUGA 2WF0A 4YHQA 5OZVA 3UDPA 5P5WA 5P6JA 1D4IA 4FRIA 5OZOA 5P43A 5P77A 5P37A 2R5QA 5OZFA 5OYVA 4WY1A 2AZ8A 3LIVA 5P3SA 4CKUA 4EXHA 4I12A 1AJXA 5BS4A 3EL5A 4DV9A 2AODA 3OUAA 5P7ZA 3ER5E 4ZIPA 3NSHA 3DOXA 1EBKC 2Z4OA 3L38A 2B8VA 3SKGA 5P5IA 2IRZA 1HPVA 3HAUA 1MT7A 2QNQA 4FAEA 1YM2A 5P7OA 3ER3E 4Y4TA 3NUJA 5P03A 1T7JA 4R93A 3GGVA 5P3KA 4OBZA 2OHNA 4Y3AA 2AZ9A 3T7XA 5P4KA 1XL2A 2PH8A 1HEFE 4Y58A 1MPPA 2A4FA 3OQDA 4D89A 1XE6A 3SFCA 4DQHA 1LYWB 4HLAA 3G70A 3PSGA 1KJ7A 5P6ZA 3CKRA 4MC1A 3QROA 3DM6A 1SIVA 5AH9A 5I3YA 2V12C 4Y3TA 3ZMGA 1M4HA 5OZEA 5P13A 1PSOE 5P59A 3OY4A 5P65A 1B11A 5AH6A 3LIXA 2Q55A 2RMPA 1FGCC 5P73A 5P57A 5SZ9A 5P6HA 3GW5A 3OAGA 3LITA 2QI6A 1AZ5A 3O9AA 2HM1A 4I0ZA 3PMYA 5P7CA 5T4SA 4ZPEA 5OZ3A 1HTGA 5P2WA 3VFAA 3O9CA 2G94A 4KUPA 3L5BA 1DIFA 4RYCA 2IL2A 1TZSA 1UPJA 4AA8A 3APRE 2XFIA 4CPXA 5AHAA 6APRE 4ZEAA 4B00A 2FXEA 3SA7A 4K9HA 4Y3SA 4IVTA 1LYBA 3HVGA 3OADA 3PI5A 4MC6A 5P89A 1D4HA 3DK1A 3UQWA 3FV3A 5OZ4A 1HSHA 3A2OA 5P66A 4OBHA 3OQKA 5P7SA 2AOIA 3KN0A 4DPIA 1SDUA 1C6XA 1NPVA 4RVIA 1FKNA 2FLEA 3UQUA 1XE5A 3D3TA 5P1MA 3PSYA 4EJKA 2QMDA 4FL8A 2FNTA 4K4PA 4CPQA 5P4DA 4ER2E 1D4SA 1OHRA 2UXZA 5HDVA 4I8ZA 2ZHTA 3UFNA 5IVSA 5P5HA 1PFZA 2IKOA 2JJJA 1IDAA 1GVTA 4TRZA 1EAGA 5P2AA 4LL3A 1T6GA 4NJUA 5KQXA 5OYXA 4L7JA 3TPRA 1D4JA 3PJ6A 4BEKA 3S53A 5P71A 5P4UA 4D88A 2RSPA 5E5JA 2V13A 1BXOA 1W50A 5P0XA 3LIZA 2FIVA 1CZIE 4I0JA 4ER4E 2ZDZA 3OWNA 4OBZB 5P3JA 1XN2A 5P2OA 3OXXA 4TRYA 5JFUA 2QI5A 5P7TA 1M0BA 3DJKA 6FIVA 5OZ5A 4J1HA 4YBFA 4L1AA 3Q5HA 4QJ9A 2ER9E 3OQAA 2R9BA 3UCBA 5P23A 2VNNA 5P8JA 5P5YA 1BAIA 5I3WA 5SY2A 1EC3A 3EKWA 1BDLA 3TKGA 3S8IA 1FQ8A 2BKSA 5AHBA 4XKXA 5P7WA 5OZDA 5B18A 5P7MA 3QBFA 1A8KA 4FM8A 4Y3XA 5AH8A 4Y5PA 5KR8A 1LZQA 2NPHA 4Q5MA 4YD4A 1LYAA 4Q1YA 5P38A 5P0OA 1MT9A 4Y3ZA 3TLHA 3KT5A 5P3BA 3S56A 3FNSA 4QLHA 3OAGB 3PHVA 4B05A 3MSKA 5P8GA 5ISJA 2NXDA 4RVJA 4ER1E 2I1AA 2BJUA 4ACUA 1PSAA 1E82E 1HBVA 5P1GA 3QN8A 5P1FA 2P3BA 1B6KA 4YD3A 3NLSA 3IXOA 4J0VA 3TKWA 4L7GA 1WBKA 3DV5A 1LYBB 5P5NA 3T11A 3M9FA 4B70A 5HE4A 5HU1A 4PYVA 4Z50A 2VA6A 2V16C 3I8WA 3VYFA 5P78A 1B6LA 4GJ9A 4F73A 3BGBA 5P1OA 1EPOE 2AZCA 2B7ZA 2FMBA 2I4UA 4OD9A 3SA4A 5P2BA 1BVGA 2XYEA 5P7IA 5P3UA 3DV1A 4Y5MA 5P5MA 5JG1A 1DAZC 4F75A 3GGUA 5P67A 2AOHA 3NXEA 4JECA 2R3WA 5P22A 5P5QA 5P8EA 3EKXA 3O9FA 1AJVA 4J1IA 1BDQA 3D1YA 3HDKA 3RSVA 5OZWA 3O9DA 2BPYA 3APPA 3PBDA 4J0TA 2OF0A 4Z4XA 4A6CA 2O4KA 4RCDA 5P4FA 3S45A 1TQFA 3UDQA 3L59A 5KR1A 3LINA 1HTFA 2FGVA 2XFJA 4EWOA 3RTMA 5OYZA 1Z1RA 4Y36A 1SH9A 5OZUA 5P1LA 1FIVA 1GVUA 5P3OA 1G35A 2ZJNA 2Q11A 5P80A 3PI0A 5OYWA 2P3CA 5P3VA 5P12A 3EBZA 2PQZA 5OZ7A 1LYAB 4BELA 5OZXA 5P5EA 1BWBA 1NSOA 2Z54A 3QBHA 2IQGA 2QMFA 4Y3JA 5P4GA 3LPKA 4YBIA 1KJHA 3L3AA 1EPLE 3SLZA 3WZ7A 5P2DA 3B7VA 5AGZA 3NWQA 4AA9A 4RCEA 5P26A 4RROA 5P2FA 2VNMA 1T7IA 1TCWA 2Q54A 3BC4A 1ZPKA 2HIZA 4CPUA 5P7LA 1KJGA 3HD8A 5OZ8A 4FLGA 4PEPA 4OBGA 2P3BB 1KZKA 1EPRE 2PWRA 4K4QA 4GJ6A 5P4ZA 4HA5A 1BV7A 3MSLA 5P33A 5P63A 5P3TA 3T7PA 5P1NA 1FLHA 2B7FA 4Y9WA 1SP5A 3R0YA 2ZJIA 3PMUA 4Y5KA 3JVWA 4J17A 4PHVA 2ER7E 1JLDA 2QZXA 3AUPA 5P1SA 1QBTA 5P30A 4UPJA 1W5XA 1ZJ7A 5P87A 1TSQA 3O9LA 4PPHA 5P6XA 4R91A 1ER8E 2HAHA 4OD9B 5OZRA 5COPA 3WSJA 5F01A 5P8BA 3L5DA 4Y54A 5P8LA 5HD0A 1HPXA 5P0IA 4Z2ZA 1FQXA 3INDA 2AVSA 2QMPA 1GNOA 5DGWA 2G22A 5C9BA 1CMSA 2OAHA 4GJDA 5P47A 1LYWA 4QGIA 5P2EA 2FDPA 2NXLA 5P1TA 2G1YA 3N3IA 3PCZA 2V0ZC 4Y38A 4JPEA 3WB5A 1C6YA 2WF3A 5OZ2A 5KR2A 3VLAA 3TPJA 4Y56A 4F76A 3LZUA 3VSXA 4Y45A 1BDRA 2UY0A 2V11C 5P3PA 5P5DA 4HEGA 4ZLSA 4K4RA 2ZHUA 4OBJA 3KFPA 2ZJLA 3KF0A 1EBYA 3VF7A 4ZSQA 5P4RA 1YG9A 5P16A 4ZSMA 4Y3YA 4H1EA 5P62A 2NTRA 5OZMA 2ZJHA 5P8MA 2RKFA 3CIDA 3NXNA 4LXKA 4FAFA 1PPLE 3QPJA 4Y3WA 1KJ4A 1DMPA 3PB5A 4LXMA 1VIKA 4EP3A 5P44A 5P8OA 4GB2A 1W5YA 4LP9A 1EBZA 4QJ2A 2B60A 2IKUA 4X2LA 2VA5A 4YD5A 1MVPA 4Z22A 3O9IA 3PSUA 3KFSA 5P4BA 1EC2A 3KFRA 1EBWA 1A94A 3NU6A 2B8LA 1NPAA 5P15A 3UDKA 1W6IA 5PEPA 5KOQA 1XDHA 3EXOA 1IVPA 1UH8A 4I8WA 5P3NA 5P56A 5P5SA 5BWYA 5IVQA 5OZYA 5P4VA 2VIYA 4PZWA 1UH7A 5P2QA 4EQ0A 4I0DA 4Y43A 5P1DA 4B1EA 4J0PA 3SA3A 1HSGA 5OYYA 3KMYA 3Q70A 5FIVA 5P05A 3K5FA 5IE1A 4DH6A 4Y4DA 2B42A 1YM4A 5P8TA 3URLA 3O9GA 3HBOA 4Y35A 3EKVA 5P58A 1FQ4A 3K5DA 3O9LB 5P18A 3I2LA 5P60A 2EWYA 1QBUA 3PM4A 4IVSA 5DR1A 1WKRA 4M8XA 2OHKA 4Y5AA 5P09A 5P1QA 4NJTA 3GI5A 1PPME 1HTRB 2HB2A 5HDXA 5OZ1A 2QHCA 5OZ0A 4YOAA 1W5VA 3TPPA 4FS4A 3LZVA 5P5CA 1APWE 5P1VA 3ECGA 2IGXA 3OQFA 1IZHA 3LIQA 2O4NA 3S43A 3T7QA 2Q15A 3CICA 5P50A 4Y50A 5P8AA 3SM2A 3OXVA 5P24A 5P0ZA 5OYUA 4JP9A 5OZZA 3C9XA 4Y5BA 5OZPA 5HE7A 5P76A 5P3DA 4DJOA 5P0MA 5P0PA 5P3ZA 4L7HA 3NWXA 1SGUA 3MXDA 2QI7A 5P4SA 5TOLA 2VKMA 4CPTA 1W51A 1KJFA 3CIBA 5P88A 4J1KA 2ZE1A 1F34A 1B5FA 3EM4A 3D20A 2XYFA 4FE6A 2WEAA 1FFFC 3BHEA 2ANLA 5APRE 4YCKA 3BVAA 4EQJA 4FCOA 4EJ8A 5KQYA 4HDPA 1FQ6A 3WZ6A 2ER0E 2AIDA 3O99A 5DR4A 4YD7A 5P1IA 1HVLA 4WY6A 4J55A 3G72A 2G69A 5P6SA 3VFBA 2XFKA 1ENTE 1D4KA 5P6IA 1FMUA 5P8QA 5P0SA 1D4YA 4Y39A 1RPIA 4HDBA 3TOFA 2PSUA 2VJ6A 1APUE 3OU1B 4D83A 3SKFA 3LZYA 4Y47A 3QVIA 3EKQA 4U7QA 3ZKMA 4GJCA 4RRSA 4Y37A 4B78A 5P28A 2AVQA 5DQ5A 3OHFA 5P4AA 4NJSA 4HVPA 2V00A 5P7VA 3NU5A 4GJAA 1DPJA 4EHCA 5DQ4A 5P8NA 3RU1A 2QD6A 1G2KA 3UDNA 3UPJA 1Z1HA 1GVVA 3JW2A 3LPJA 2AVMA 3FSMA 5P4OA 1UH9A 3CYXA 1HVHA 2P4JA 3LPIA 5P7YA 1QS8A 5P49A 1TSUA 1G0VA 5BRYA 4RVXA 2F80A 3FKTA 5P6WA 5P6MA 3VEUA 5P0TA 1AIDA 5P55A 4DJXA 1MT8A 5OZIA 4ZPGA 2F3EA 4DJWA 3K5CA 1ZBGA 1YT9A 5P2NA 4ZSRA 2VA7A 3LNKA 2VIZA 5P2KA 5P2VA 3D1XA 1EPNE 4Y4GA 5DGUA 1XS7D 3VV8A 1NH0A 4RRNA 2HS1A 5P3LA 4DQFA 3ZL7A 2WECA 3QRSA 2BPZA 2V10C 4GMIA 5P0RA 4U8WA 1IBQA 5P5XA 1FEJC 3HZCA 5P86A 5P6QA 3S43B 3ST5A 3BUFA 5P1CA 2I4WA 1HEGE 3R1GB 3K4VC 3OK9A 3EC0A 3O9HA 4GJBA 2CEJA 4GJ7A 3LHGA 2PYMA 5KR0A 4Y3NA 5P46A 2H6SA 2OHLA 2ZJJA 3SABA 3SACA 1B5FB 5AH7A 1MERA 2QP8A 2QI0A 3K5GA 5OZCA 4XX4A 7HVPA 4EYRA 2QHZA 5ENMA 4GJ5A 5P1HA 3ZPUA 3IN4A 5P1YA 3RTNA 3VF5A 1YTIA 2UPJA 5P0EA 2MIPA 5P7EA 4CPSA 3GI4A 4OC6B 4DQGA 5CLMA 4RGHA 2BPVA 5P0QA 3VCMA 3UFLA 5P25A 1HHPA 5P6GA 5P3GA 5P84A 4TVGA 2QAKA 5HCTA 2G27A 5P2LA 3NDUA 4Y3GA 1FG6C 3WB4A 3R2FA 1ZTZA 1T6EX 1FG8C 3ZKSA 4DJRA 1YTGA 2NNPA 2R5PA 5P4MA 1B6JA 1IZIA 2G20A 2ER6E 3QI1A 4CPWA 5P8RA 4APEA 2P8HA 5P1JA 4Y57A 2F8GA 3U6AA 5HDUA 4Y3FA 4MC2A 5J25A 4Y3RA 5P0GA 2NXMA 3FNTA 4Q1NA 4E43A 2I0DA 2F81A 5EZXA 5P6YA 1FMBA 3SA8A 3SQFA 2NR6A 3AIDA 5P31A 4DQEA 1HPOA 1EPQE 4Y3HA 5P07A 3UQRA 2QNPA 4CPRA 1AVFA 4I0EA 3D91A 1OEWA 4QJ7A 1ZLFA 2APRA 3HVPA 5P2SA 5P0LA 3PWRA 4H3FA 3SA5A 4EJLA 5P6FA 4YCYA 3L58A 3URJA 3SO9A 4A4QA 3KMXA 1RNEA 1T3RA 4AZYA 2ZJKA 4Y44A 5KAOA 3UDHA 3PVKA 2QMGA 2R43A 2I4VA 3EKTA 4FRSA 5JFPA 5P5FA 5P35A 4GYEA 2AOEA 5P6LA 3L5CA 3KM4A 3S2OA 4FSEA 1HOSA 3KDBA 4I10A 4CMSA 2AZBA 3B80A 5P6NA 1GVWA 5P7UA 1SDTA 4LAPA 1PROA 5P5LA 5I3XA 3URIA 5DQ1A 5OZJA 2OHMA 5OZ9A 3INEA 5P41A 5DR8A 5P4HA 2Q64A 5P1KA 5P8FA 5P3EA 3PRSA 5P79A 3VLBA 4Y4JA 5DPZA 2QCIA 1HVKA 3K1WA 5IVRA 2H6TA 3JVYA 3UDMA 4OBKA 5P00A 5ENKA 1MSMA 1BV9A 3IVHA 1U8GA 4J1CA 5P06A 1QDMA 2FNSA 2PYNA 4DVFA 1WBMA 5P4JA 5P08A 1MSNA 5P8IA 2HS2A 4Y5EA 4D8CA 1DW6C 1K6CA 3R4BA 1BBSA 1MESA 3VV6A 5OZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OGP A;  3QS1 A;  2WF4 A;  4LC7 A;  1FMX A;  5DR0 A;  2QHY A;  3OGQ A;  4LBT A;  3G6Z A;  2OHU A;  5P3X A;  5P34 A;  2Q3K A;  4Y4A A;  3T6I A;  5P53 A;  3NDW A;  1ZSF A;  3OOT A;  4B1C A;  5P2J A;  1ZAP A;  3QP0 A;  2QK5 A;  5OZB A;  4J0Y A;  2ZGA A;  2WF1 A;  5P61 A;  2G1R A;  1BWA A;  1MRW A;  3BUG A;  2WF0 A;  4YHQ A;  5OZV A;  3UDP A;  5P5W A;  5P6J A;  1D4I A;  4FRI A;  5OZO A;  5P43 A;  5P77 A;  5P37 A;  2R5Q A;  5OZF A;  5OYV A;  4WY1 A;  2AZ8 A;  3LIV A;  5P3S A;  4CKU A;  4EXH A;  4I12 A;  1AJX A;  5BS4 A;  3EL5 A;  4DV9 A;  2AOD A;  3OUA A;  5P7Z A;  3ER5 E;  4ZIP A;  3NSH A;  3DOX A;  1EBK C;  2Z4O A;  3L38 A;  2B8V A;  3SKG A;  5P5I A;  2IRZ A;  1HPV A;  3HAU A;  1MT7 A;  2QNQ A;  4FAE A;  1YM2 A;  5P7O A;  3ER3 E;  4Y4T A;  3NUJ A;  5P03 A;  1T7J A;  4R93 A;  3GGV A;  5P3K A;  4OBZ A;  2OHN A;  4Y3A A;  2AZ9 A;  3T7X A;  5P4K A;  1XL2 A;  2PH8 A;  1HEF E;  4Y58 A;  1MPP A;  2A4F A;  3OQD A;  4D89 A;  1XE6 A;  3SFC A;  4DQH A;  1LYW B;  4HLA A;  3G70 A;  3PSG A;  1KJ7 A;  5P6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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