3EBZA

High resolution hiv-2 protease structure in complex with clinical drug darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ebzA00
3OADA 5P8FA 5P2IA 1YM2A 4X7IA 2QK5A 1ZP8A 5P7JA 5P8UA 5P6UA 4Y3MA 3ZPUA 4Q1NA 5KQYA 1K6PA 3Q70A 1BVGA 2V12C 3HAWA 4I0DA 3VF3A 2AOHA 3LIQA 2PH8A 5P0YA 4RVIA 4DQBA 3FNSA 1OHRA 1XS7D 1QRPE 2QMPA 5P27A 4I8WA 5OZVA 2IGXA 2AZ9A 2AOCA 2FLEA 4EXGA 3SM1A 5CONA 2RKGA 3EXOA 3GI4A 4R91A 2JXRA 5P0BA 5P5HA 4ZPEA 1BVEA 5P2GA 5P5YA 8HVPA 3DCKA 1OD1A 3OTYA 2ER6E 1WKRA 2ZGAA 4LXMA 1A9MA 4ZLSA 4CPUA 3KT5A 2O4PA 1TW7A 5C9FA 4TRWA 5P66A 5APRE 1OEXA 5P2YA 3QI1A 4CP7A 2NNPA 2PC0A 5P62A 1YTHA 5P8CA 3BUFA 2QHCA 2IRZA 1LYWA 2BQVA 1OEWA 1W5VA 3D1XA 1T7IA 2Q63A 2PYNA 2F3EA 4CMSA 3FKTA 3VSWA 5P05A 3UDPA 5KQXA 2PMAA 3CKTA 5P4UA 5OZSA 2CENA 5P5JA 1MEUA 5OZDA 2V10C 3BRAA 2P83A 1YTJA 2NTRA 1TCWA 2PK6A 3HZCA 4PHVA 1ZPAA 3U6AA 4L7HA 5P2BA 2FXDA 1CPIA 3PLDA 4Y3RA 4F75A 3DJKA 4DJVA 3WZ7A 5P5PA 5P7QA 2B42A 5AH7A 4BFBA 3SPKA 3HLOA 1C6YA 5OZEA 4YDFA 2WF1A 2QZLA 3NU6A 3EKXA 3VUCA 2BPVA 5P00A 3IN4A 3LIXA 5OZJA 5DR1A 1RQ9A 2ZDZA 4J0YA 1T7JA 3SO9A 3EM4A 5P3YA 2OHQA 4QJ8A 1SDUA 4GJ8A 3PBZA 1W5YA 4DV9A 2FIVA 3VF5A 4YCTA 1FQXA 2HS1A 5P6QA 4RVJA 3SA6A 1G0VA 5P6NA 5P8MA 1FB7A 2FMBA 3G6ZA 3T6IA 3VLBA 4KB9A 2B7FA 5P4EA 2G1SA 5P8SA 4UPJA 2WKZA 1SIVA 4I8ZA 4X2LA 5P0DA 5P2AA 4H3FA 1ME6A 3G70A 4Y3QA 1LYBA 5P0UA 5P5VA 2V16C 5DQCA 1YTGA 4CPRA 4FE6A 4EYRA 2HM1A 3URIA 5P1PA 5OZPA 1EBZA 4BFDA 5P6RA 5P4RA 4EHCA 3ZOVA 3S45A 2AVMA 4DJOA 5P79A 1G35A 2Q15A 3SAAA 3RTMA 2APRA 5P1WA 2G1NA 5P1AA 5P1YA 7HVPA 4TVHA 3BC4A 4K8SA 5FIVA 1APVE 5P5RA 1ENTE 5P0GA 1DAZC 3OQAA 2I4DA 3KM4A 5P61A 1HVHA 1FG6C 3QRVA 5P2NA 1HVSA 2BB9A 4FRIA 1G2KA 1RV7A 2G21A 1SP5A 4DJYA 2BPXA 4Y5MA 2FNSA 5HDVA 2QMGA 4Y39A 5P8VA 3VYEA 1QS8A 2G24A 4DFGA 1ODYA 5OZMA 4PEPA 5OZ1A 1XL5A 1EC0A 5P5LA 4Y5AA 1BBSA 2IS0A 2IKUA 2QZKA 2ZJHA 3PI0A 5P3QA 5DPZA 1HVKA 4I10A 5P2XA 3OQDA 3L5BA 2VNMA 5P22A 3O9DA 5P2OA 2ANLA 5P3FA 3ZPTA 3S56A 3BVAA 3EL9A 4RLDA 3SA7A 1ZJ7A 2Q3KA 4Z22A 1IIQA 5SXNA 1HIIA 3D1YA 4I1CA 2G27A 5HU0A 5P3DA 2PQZA 5P7GA 3S43B 4R5NA 4Y3FA 1MSNA 1MRWA 5P14A 3UQXA 2HIZA 4J1FA 2BBBA 5P5AA 2FDDA 1HTRB 5P2KA 3NR6A 2NXDA 3UDQA 5SY2A 3MXEA 3OUCA 5EZXA 5P0AA 3ER5E 4R93A 4KUPA 1B6LA 1IDAA 3T7QA 1UPJA 3S43A 2I0AA 4MC1A 5HDUA 1EPRE 2J9JB 3OXXA 5P0VA 4R95A 4Y3AA 5P4XA 1DW6C 4GJ5A 4BEKA 2FDEA 3T11A 4YCYA 1SMRA 2WJOA 5P76A 5P41A 3RTNA 3SQFA 1HSIA 1QBUA 1D4JA 5P7EA 1HHPA 5COKA 5P3HA 3ZKNA 1W50A 3R4BA 3OTSA 3QAAA 3NU5A 2ZE1A 5P71A 2FXEA 4HDFA 1MTRA 2OHPA 3O9FA 2J9JA 2O4NA 4KE1A 2QZWA 5P30A 3MXDA 5F01A 4NJTA 5P55A 4YD6A 5OZLA 4Y54A 1QBRA 1XE5A 4H3GA 3PCZA 5P2UA 3SACA 4FRSA 2UXZA 1IVQA 4CPQA 2VJ9A 1Z1RA 5P1VA 1FQ8A 5OZIA 4DQFA 5P0EA 2XFKA 5E5KA 5P31A 4F74A 5HCTA 3O9LB 1E80E 4DH6A 3NUOA 5P42A 3IXKA 3FV3A 2OHTA 5E5JA 3R2FA 3PSGA 5KR8A 2BPZA 3WZ8A 5OZRA 2HB4A 4Q1XA 2ER7E 5P3BA 1GVXA 4EXHA 3ST5A 3BUGA 2ZJNA 1HTEA 1SDVA 2QD7A 4Y51A 2VIEA 5P8RA 5P32A 1EAGA 2CEJA 5P65A 5P3EA 3ZKIA 5P2VA 3UDNA 1XL2A 5P3XA 2O4LA 2O4SA 3MSJA 4HDPA 5AHCA 3KMXA 3TTPA 4AA8A 4DPIA 1D4HA 3UDJA 1LEEA 3TOGA 4EP2A 1KZKA 3NDUA 5KR0A 1MRXA 1ZSRA 2PSUA 2ZJIA 4YCKA 5P7VA 2PWCA 2G1RA 2WHHA 5P3IA 2I4XA 3WSJA 1K6VA 2R38A 3HAUA 3PRSA 4XXSA 5P0HA 3EKYA 4Y35A 4F73A 3I25A 3LIVA 1AJVA 5DR0A 3TOFA 1APUE 2HAHA 5DR4A 3GW5A 1KJ7A 5OYUA 4Y9WA 4OBGA 5P0LA 5IS4A 4TVGA 1ZBGA 5P5XA 2P4JA 1TQFA 4NPTA 5P1UA 3INFA 3NLSA 3CYXA 4Y48A 5JFPA 1HTGA 1EPLE 2BPYA 3RU1A 2PSGA 5P3UA 1F7AA 5UPJA 3CIDA 5P6EA 2G69A 2OHKA 1IBQA 3PHVA 4J0TA 3GGVA 3CMSA 1AJXA 4B1DA 3GI0A 3UDHA 1XN3A 3VEUA 1HRNA 5P5BA 4WY1A 5P0FA 4Y45A 4XX3A 4DJQA 1HWRA 4LC7A 5P6HA 3I8WA 4U8WA 5P1HA 4B78A 4YD7A 3OOZA 3NXNA 4K4RA 5P83A 1FMBA 5P5EA 5P5KA 5P6ZA 4J5JA 5P8JA 1PPKE 5P4OA 4HE9A 4YDGA 1ZAPA 1PPLE 2AVVA 1FLHA 3QROA 4FRJA 4AUCA 3SLZA 5P85A 5P1KA 5P8PA 5P4DA 1Q9PA 5P5TA 4Y3WA 2BKSA 3IA9A 3Q3TA 3Q6YA 5P6MA 1GVUA 3HW1A 2FNTA 5P4IA 3D20A 3UQRA 1MSMA 4Y3EA 3L38A 5P7UA 4Y50A 2QI5A 5P6CA 3DOXA 3R0WA 5ENMA 2FGVA 5P7ZA 2ER0E 5I3VA 5OZWA 4PYVA 1BXQA 5OZZA 1ZTZA 1E82E 2QU2A 3BUHA 2AODA 3OGPA 3SA3A 4Y4AA 1BXOA 3FSMA 3NWQA 3PWWA 2VA7A 2AOFA 4FSLA 1F34A 3OHFA 3R1GB 5P49A 5DQ4A 5P6JA 3KFRA 4FRKA 4GJCA 2R9BA 1GVVA 2AOEA 1T3RA 2AVQA 5EZZA 4D89A 1BWAA 1SGUA 5P6TA 2I4QA 1K1UA 3GI6A 1K2CA 2WECA 5P13A 3JVYA 1APTE 3LZVA 1FQ5A 4QJ9A 4FM8A 5P07A 4I0HA 5P1DA 5P4ZA 5P4WA 5P7OA 3ZLQA 3HDKA 5OYTA 1SGZA 5I3XA 1QDMA 3EC0A 5OZXA 1EC2A 5SY3A 2A1EA 5OYWA 2AOGA 3PEPA 4DQHA 2MIPA 3B80A 5P2EA 5P29A 5P45A 5P7NA 1XN2A 3O9GA 3SKFA 5P16A 3URJA 2QNPA 4AMTA 1D4SA 1XDHA 4OBFA 4Y3GA 3PSYA 1ODWA 1A94A 4HDBA 3VYFA 4L1AB 5P77A 4ZSPA 5P8BA 3PVKA 1PPME 3BXRA 3WB4A 3BHEA 3OK9A 5P06A 2IEOA 1HPXA 5IVQA 1HPVA 1Z8CA 3T7PA 2NPHA 5ENKA 2P3BB 1GNMA 2UPJA 3OY4A 4I0FA 4B05A 5J25A 3OGQA 3RSVA 2O4KA 3PMYA 2G94A 2ZHTA 4RVXA 3VFAA 3NYGA 5P1MA 3IVHA 3IGBA 1SIPA 4GJBA 3AIDA 4HZTA 5P25A 2FS4A 5P3VA 2H6TA 2ZJJA 1EBWA 2QMFA 1T6EX 3DV5A 1B5FB 3VYDA 3U71A 3L5FA 2WL0A 5COPA 4DJUA 2P3BA 2OAHA 5IE1A 5P8KA 3QVCA 5P0WA 2VIZA 1PSAA 3OWNA 4Y3SA 5P4GA 5P63A 4RROA 4HLAA 5OYSA 5HE4A 1FEJC 3DUYA 3EL4A 2Q5KA 2IQGA 3RTHA 4J0ZA 3ZKSA 4XKXA 5P0IA 4RYCA 5OZAA 5P3KA 3ER3E 2ZHRA 2R43A 2AOJA 2VA6A 5AH8A 1RPIA 1HSHA 1MT9A 3DM6A 2QNQA 5BWYA 3U7SA 5P8EA 5P2RA 3GGXA 2J9KA 4B1CA 4Y4UA 3Q4BA 3VV6A 2Z54A 5P5DA 3OU1B 4FGXA 5KAOA 3EKWA 2ER9E 3JW2A 5P4BA 3PGIA 5ER2E 1LZQA 4GJ9A 1AIDA 4BELA 1CMSA 5P78A 5P89A 4D83A 1JLDA 4YD3A 3IXJA 1M0BA 5P88A 3TPLA 1WBMA 1W5WA 2QNNA 3KA2A 5KR2A 5P28A 4CPSA 2IKOA 3N4LA 2QCIA 2G1YA 5HVPA 4ZSRA 3KDBA 4JPEA 4FAEA 5DQ2A 3SM2A 1MPPA 5P69A 1YTIA 3ECGA 1ZPKA 4GJ6A 5OZTA 3TL9A 4I0JA 3TNEA 3OUBA 1YT9A 4Y43A 5P0JA 4TRYA 1BDQA 2G1OA 3NWXA 2VNNA 1FFFC 1UH9A 2F81A 3DV1A 5ISKA 1UH7A 1HPSA 2HC0A 4LAPA 5OYXA 5DR8A 5AH6A 2QI6A 3UF3A 3WZ6A 1GNOA 4Y4WA 3CIBA 3I6OA 4TRZA 5P67A 5OZYA 5P1EA 2QI0A 1HEGE 5P84A 3UFLA 3TLHA 3INDA 5P6VA 3SA4A 5P74A 4K4QA 1A30A 4Y5EA 2OHRA 5P6YA 4PPHA 1EPPE 2VS2A 4GJ7A 3MWSA 4QJ7A 5P4YA 1KJGA 2OHNA 3BXSA 5P70A 1AZ5A 3ZKXA 5BRYA 4I0EA 5P33A 4EP3A 5P5NA 4EQ0A 3KF0A 1Z1HA 5KQFA 5P4VA 5P0TA 3TH9A 1NH0A 1HPOA 2WF4A 3PM4A 1MUIA 1GVWA 4J0PA 3OU4B 2IGYA 1FG8C 2VJ7A 1YM4A 1MT8A 4Y36A 5P7BA 2B7ZA 2QI4A 4J1IA 2F80A 4H1EA 5P43A 1M43A 2PSVA 1E5OE 3K4VA 3GI5A 2NXMA 5P2TA 4J55A 3EL5A 4A4QA 5OZBA 5P8TA 5JG1A 4LXKA 3FIVA 5P8DA 1BDRA 4N00A 5P8IA 5P08A 3OXVA 2ASIA 1GKTA 5OZ7A 5OZFA 2JJIA 2IDWA 2ZJMA 3NSHA 4Y58A 2QI3A 3KMYA 3NU4A 4Y4XA 4Y3YA 3OXCA 5P17A 4Y4TA 5P39A 5P2CA 2QU3A 3S8IA 5P1QA 2V0ZC 3PLLA 5P7IA 1SBGA 5OYZA 4F76A 4IVSA 5P0XA 5P1NA 1DIFA 2AQUA 5P7HA 1PSNA 3T7XA 2UY0A 3SABA 2OHSA 1N49A 5P53A 5P4SA 5P8NA 4ZSMA 4OBJA 4XX4A 3NUJA 5P48A 3Q5HA 5P3PA 4ZE6A 3PSUA 2ZHVA 1HIVA 2BKTA 5P6KA 5P8AA 4OBDA 3UCBA 5DR7A 4AZYA 5P6LA 6UPJA 5P6BA 3ZPSA 3D1ZA 3SA8A 5P72A 3UPJA 3UHLA 1B6KA 3UDRA 4H3IA 3EM6A 5P6XA 2PH6A 3HD8A 1MT7A 2BJUA 4ZPGA 5P3LA 4L6BA 4ZPFA 5P1IA 4A6CA 4Y5LA 3OUDB 3S85A 2NMZA 5KOSA 4RYGA 3UTLA 3O9LA 5P1LA 4I0IA 3WB5A 1VIJA 3GGAA 3S2OA 2PYMA 5DR3A 5P87A 3L3AA 1WBKA 5P3MA 3PBDA 1SMEA 2I4WA 3QRMA 4QLHA 4Y3LA 5P54A 4YE3A 3O9BA 1D4LA 3OUDA 5OZQA 1HVCA 1EC1A 4NJUA 3TOHA 3CKPA 3UDKA 3QBHA 3A2OA 5IVSA 4A6BA 1HVLA 3BGCA 3K4VC 4CPWA 1IZEA 2WEDA 3B7VA 3QP0A 1AM5A 5ER1E 5I3YA 1LF3A 3K5DA 5P04A 4WY6A 2NXLA 5OZ4A 4YBIA 3O99A 3F9QA 1UH8A 5P7KA 1FQ6A 3GGUA 4EJLA 5P03A 3VSXA 4Q5MA 5P0ZA 5P4LA 5P3GA 3BGBA 5OZ6A 4LBTA 3ZKMA 3NU3A 2HPFA 1U8GA 4Q1WA 4RCDA 2QZXA 2Z4OA 4I11A 2O40A 3DK1A 4D85A 5P01A 4OC6B 3RSXA 4CPTA 3EL0A 5P4QA 5ISJA 4ZSQA 3PI5A 5P0SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAD A;  5P8F A;  5P2I A;  1YM2 A;  4X7I A;  2QK5 A;  1ZP8 A;  5P7J A;  5P8U A;  5P6U A;  4Y3M A;  3ZPU A;  4Q1N A;  5KQY A;  1K6P A;  3Q70 A;  1BVG A;  2V12 C;  3HAW A;  4I0D A;  3VF3 A;  2AOH A;  3LIQ A;  2PH8 A;  5P0Y A;  4RVI A;  4DQB A;  3FNS A;  1OHR A;  1XS7 D;  1QRP E;  2QMP A;  5P27 A;  4I8W A;  5OZV A;  2IGX A;  2AZ9 A;  2AOC A;  2FLE A;  4EXG A;  3SM1 A;  5CON A;  2RKG A;  3EXO A;  3GI4 A;  4R91 A;  2JXR A;  5P0B A;  5P5H A;  4ZPE A;  1BVE A;  5P2G A;  5P5Y A;  8HVP A;  3DCK A;  1OD1 A;  3OTY A;  2ER6 E;  1WKR A;  2ZGA A;  4LXM A;  1A9M A;  4ZLS A;  4CPU A;  3KT5 A;  2O4P A;  1TW7 A;  5C9F A;  4TRW A;  5P66 A;  5APR E;  1OEX A;  5P2Y A;  3QI1 A;  4CP7 A;  2NNP A;  2PC0 A;  5P62 A;  1YTH A;  5P8C A;  3BUF A;  2QHC A;  2IRZ A;  1LYW A;  2BQV A;  1OEW A;  1W5V A;  3D1X A;  1T7I A;  2Q63 A;  2PYN A;  2F3E A;  4CMS A;  3FKT A;  3VSW A;  5P05 A;  3UDP A;  5KQX A;  2PMA A;  3CKT A;  5P4U A;  5OZS A;  2CEN A;  5P5J A;  1MEU A;  5OZD A;  2V10 C;  3BRA A;  2P83 A;  1YTJ A;  2NTR A;  1TCW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4GID A;  3O9C A;  2SAM A;  1BV7 A;  4Y3P A;  3OHH A;  1EBK C;  3NXE A;  1HBV A;  5C9B A;  4J54 A;  5P5Z A;  5HDX A;  3K1W A;  2QP8 A;  5P0M A;  5OYR A;  4RRS A;  4DQE A;  4Q1Y A;  5P68 A;  3TPR A;  4LXA A;  3R0Y A;  3SKG A;  2I4U A;  2EWY A;  5JOD A;  3NU9 A;  5P1G A;  5P5W A;  5P8L A;  3PB5 A;  2AZ8 A;  5P2Q A;  3QRS A;  1LYA A;  1SH9 A;  2HB2 A;  4DQG A;  4PZX A;  3NDT A;  1W51 A;  3PJ6 A;  2Q54 A;  4R8Y A;  1EBY A;  1FFI C;  1PRO A;  5P2J A;  2JJJ A;  3RVI A;  5P6D A;  4EJD A;  5AHA A;  2FDP A;  5P50 A;  5P6S A;  4RGH A;  5P34 A;  3S54 A;  5P4M A;  3LPI A;  1FQ4 A;  1LS5 A;  5HD0 A;  5P09 A;  4NKK A;  4B00 A;  3TPP A;  1EPM E;  2QD8 A;  3K5F A;  3TPJ A;  2IL2 A;  5P6A A;  5KR1 A;  4FIV A;  3KFS A;  3LIY A;  4QGI A;  5KQZ A;  5P8H A;  5P7Y A;  4JP9 A;  5OZK A;  1E81 E;  5P3T A;  3N3I A;  5OYV A;  3KFN A;  4GB2 A;  4DVF A;  4Y41 A;  4OC6 A;  2VKM A;  5OZH A;  5CLM A;  4ER2 E;  5P86 A;  1BIL A;  5T4S A;  5OZN A;  5P6O A;  3L59 A;  3LIT A;  2F3K A;  4L7G A;  4PZW A;  3CIC A;  5P73 A;  2AVO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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