3EC0A

High resolution hiv-2 protease structure in complex with antiviral inhibitor grl-06579a
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ec0A00
5P0MA 3MSLA 5P4OA 1EEDP 3H0BA 5P44A 4I8WA 3LIYA 2OHMA 2XFJA 4DJUA 1D4JA 4A4QA 4J54A 2P3BA 1TCXA 5P65A 3OXWA 5P6SA 5P0JA 3GI4A 4PPHA 2P3DA 2ZJJA 3BXSA 3DOXA 3VF7A 4CPRA 3B7VA 1DPJA 5P2SA 5P1IA 1PSNA 4F74A 1SDUA 5P48A 4H3IA 4ER4E 3IXJA 4I0DA 3OOTA 1HEGE 3NU5A 4Z22A 5P1RA 3R2FA 5P1UA 1XL2A 3ZPSA 4RGHA 1PSOE 4ZE6A 4M8YA 4Y3QA 5P86A 5P3QA 1FMXA 1F34A 1HTRB 2R43A 2G21A 5P49A 4Y3XA 5P11A 2FLEA 3IN3A 1T7JA 4L7GA 4GJCA 3QAAA 2R3WA 3KMYA 1QBTA 3ZMGA 4CPTA 5P6LA 3UTLA 3O9LA 2QP8A 4KE0A 4B72A 2VJ9A 1XDHA 3VLBA 5P5XA 6UPJA 1K1UA 1EPRE 2NXLA 2QMDA 5P5CA 2A4FA 4Y45A 3PVKA 3K1WA 4Y5EA 5P5MA 4TRYA 3R0WA 4HA5A 3NUJA 3SM1A 4Y9WA 5JODA 3IXKA 2G27A 5P3RA 5P4BA 2VA7A 2G69A 5P1GA 5P40A 3ZKNA 1AVFA 4EWOA 3HVGA 5AH6A 1B5FB 4FLGA 2IL2A 1EBWA 1SP5A 4GMIA 5P0YA 4Q1YA 3SACA 2QI1A 2B8VA 5P8IA 5P4SA 3SKFA 2BPWA 4BFBA 5OZ7A 5P7OA 3OUDB 4NPUA 3EL5A 3PLDA 4Y5PA 4QJAA 1ODWA 3OTYA 1QBRA 4NKKA 1MT7A 4Y4JA 1HOSA 5P3MA 5P8MA 5P55A 3KMXA 3LPIA 4Y5BA 5JFPA 3UF3A 3VV7A 4YOAA 5P88A 2HS1A 2VKMA 3SFCA 5P5BA 5OYTA 1VIKA 2VA6A 2XFKA 4DJWA 5DR8A 3WB5A 4DPIA 4YD3A 3CIDA 2UXZA 3HBOA 2FXEA 4K4QA 1FQ6A 3OQFA 3SM2A 5OZSA 1LYWA 3GGUA 3KM4A 2FMBA 4ZLSA 4DQFA 4CPXA 3ECGA 1EC0A 5OZEA 3Q70A 2FDPA 5HU1A 5P1TA 2AOGA 4CMSA 2FIVA 5P2JA 1MRWA 1EPNE 4HDBA 4DVFA 4FS4A 4NJVA 4Y51A 1BVGA 3ZKGA 1SH9A 3HLOA 3HVPA 3SPKA 5P4XA 3KDDA 1G6LA 5P0RA 2I0AA 4OD9B 5P7ZA 4I0FA 5P03A 3GGAA 5P8AA 5P8CA 2R5QA 4Y56A 4OBKA 2AOJA 1J71A 2I4WA 2G1RA 5P5LA 3TPJA 3F9QA 1GVVA 5P7VA 3T3CA 3LINA 4D88A 1GKTA 4DV9A 5OZRA 5P6ZA 3S7LA 2G1SA 3INHA 1YX9A 4ZEAA 2V13A 5P8LA 3UDKA 4ZPGA 4AUCA 2BPVA 3PWRA 1KJ7A 4Y53A 2QMPA 1NSOA 4R92A 1FMBA 4J1HA 1OD1A 1TCWA 4OBGA 1ZTZA 3QVCA 3VYDA 3EKVA 1EBKC 3QPJA 3I8WA 1NPVA 5P2LA 5HDZA 4J5JA 1E81E 2VS2A 1T3RA 5P4DA 2QI7A 1EPLE 5P3WA 1KJFA 4Z4XA 3TOFA 5P4UA 4J1EA 5P36A 5P5YA 4DFGA 5HDXA 4YD4A 4Y3AA 4Y4UA 3O9CA 4IVTA 3QI1A 4ACUA 5OZ8A 3R4BA 1YG9A 5EZZA 2BBBA 3EL1A 4FM8A 5OZ4A 5OZUA 1ZLFA 3IGBA 3OUCA 3INFA 4F75A 5P7FA 4Y3ZA 1FQ7A 3UDHA 5P85A 1AZ5A 4AA9A 2G24A 2JJIA 3TOHA 5P22A 5I3VA 2QU2A 1HBVA 5P77A 4Y39A 4XXSA 3PWWA 2J9JA 1SMRA 4QGIA 5P1FA 3T7XA 5P5AA 3ZOVA 5P4JA 2Q55A 1FGCC 2XYEA 3SA6A 3VFAA 5DR4A 4OC6A 4Y4ZA 1APUE 5P7GA 4J55A 3JVWA 4LC7A 2CEJA 1ZSRA 1W5YA 1YM2A 1SIPA 5P1VA 4J0VA 1Z1HA 1FB7A 1QBUA 4FCOA 5P0DA 3QRVA 3ST5A 5P3GA 4YOBA 5P1WA 1EBYA 3OAGB 1HSHA 1LYAB 5HD0A 4JPCA 5P33A 3OU1B 4Y35A 2IRZA 1Q9PA 3PGIA 3VV6A 1GVUA 1ODYA 5HCTA 1G0VA 5P3IA 4Y3EA 1AM5A 1IDAA 1IZHA 1K1TA 4COEA 1PPME 3IA9A 4OBZA 4MC6A 3I2LA 2ZJNA 4FM6A 5P72A 5P39A 1SGUA 2VNNA 3PBDA 4GJ6A 1HSGA 5P5UA 2VJ6A 1MT8A 4APRE 5P0IA 5P3XA 5KQXA 3LIZA 3BUFA 5P3SA 5P79A 3VF5A 1PSAA 3O9AA 3S43A 4LXAA 4RRNA 5P08A 4Y50A 5P6UA 1BILA 2PWRA 1D4SA 2IKOA 2AZCA 5P6NA 5P8PA 4DQCA 5P4KA 1AIDA 7UPJA 5P8BA 2EWYA 5P4VA 2NNKA 3OUAA 3UQPA 4TVGA 4CPQA 2OF0A 5OYYA 5P76A 3QS1A 2PH8A 5P41A 2P4JA 2Q5KA 5OZWA 1TSUA 5DR7A 5P15A 3O9BA 2ZJKA 3ZL7A 4GJ7A 5P3HA 5P14A 1ME6A 3MSJA 5P87A 2B60A 2ZE1A 5COOA 3CICA 1YM4A 3NWXA 5IVQA 1EC3A 1K6PA 2R3TA 1A8KA 1JLDA 4DJOA 3DV5A 3RVIA 1NH0A 1MVPA 1HVHA 1ZP8A 2SAMA 1B6JA 3NR6A 4AA8A 5OZ9A 3OU4A 1MERA 4Y41A 5OZ3A 2CENA 2QZLA 5P2ZA 4EPJA 3MWSA 3NDWA 1AAQA 4XX4A 3TOGA 2XYFA 5P1SA 3UDMA 1MEUA 3HDKA 2FS4A 1HTGA 2BKSA 5P7MA 1LF4A 4DJQA 2ZGAA 2G20A 5P0HA 5P5EA 5P30A 2RSPA 5P09A 4NPTA 5E5JA 5P1LA 4RCDA 5P6TA 2QD8A 3UDJA 2JXRA 3UDNA 2H6TA 5P1BA 3ZPTA 1CMSA 3TNEA 1K6VA 1FFFC 2I1AA 3PLLA 4YCYA 3IN4A 4KUPA 4Q1NA 2VIZA 4Y36A 3KYRA 5P3CA 5P8VA 4ZIPA 2G22A 2PK6A 4R91A 2B8LA 3LHGA 4I1CA 1SDTA 1IDBA 3TTPA 1G35A 2Z54A 5P5TA 3EKTA 1HWRA 1KZKA 2P3AA 5P2VA 3OADB 5P4EA 3LIXA 2BPXA 5P6MA 3TH9A 2V16C 5P37A 5P7SA 5OZVA 2WF2A 3URIA 5P4QA 5ER1E 5OZKA 2HC0A 2V10C 5P7QA 1LYBA 2G1OA 3OXVA 3JVYA 5P5JA 5IS4A 5T4SA 5P60A 2ZJMA 1BDLA 5P63A 2VIEA 1GNOA 3Q3TA 3A2OA 1TSQA 3VEUA 4J1KA 5P26A 4ZPFA 5P01A 3D91A 3M9FA 4I0IA 5F01A 5P45A 5I3XA 5OYZA 4GJ9A 2IEOA 5P70A 3MXDA 4DJXA 2OHLA 1SIVA 3EM3A 3FNUA 3EMYA 2OHRA 4DI2A 2WEDA 3OXXA 4FRKA 3R1GB 3FV3A 3UDYA 4Y4XA 2AVQA 5P5QA 5C9DA 2QD7A 4EQJA 4YE3A 1FMUA 4QJ9A 5P1CA 1ZBGA 5P6KA 4L1AB 4FRIA 5P17A 3NDUA 4D8CA 4U8WA 4YBIA 1XS7D 2G94A 5OYXA 3OWNA 1AJVA 5P78A 4APEA 4J0YA 4D83A 5P1EA 3N4LA 3PRSA 4F76A 2Q54A 1D4KA 3PI5A 4Y47A 5P68A 4Y5LA 2FGVA 1GVTA 1HSIA 5P69A 3UHLA 4YA8A 3OOZA 2P8HA 5P0NA 3UQRA 4RCEA 4Y37A 2QK5A 4FSEA 3GW5A 5TOLA 5P1YA 1SDVA 5KOQA 1W5WA 5P3NA 5KQZA 5KOSA 2VA5A 1DIFA 5P2WA 1B6PA 3CIBA 4HLAA 3EKWA 4J1FA 1HPOA 2WL0A 1HEFE 3L5EA 1BDQA 3K5GA 5P6HA 1YTJA 3EM4A 2AOIA 5PEPA 4DPFA 3D1XA 1MUIA 1GVWA 5P1MA 3NDXA 5P7JA 4YD7A 4QJ8A 1OEWA 4EP3A 4B0QA 3UQUA 2PYMA 2QAKA 4CPWA 3BRAA 5P53A 1HIIA 3KT2A 5IVTA 4PZWA 4GJ5A 5OZHA 1APVE 5P5KA 3SA3A 1B5FA 4I10A 4L6BA 5SY3A 3IVIA 1HVKA 3WB4A 4JECA 4B1DA 3PCWA 4DQGA 4LBTA 5P8JA 1B11A 1UPJA 5P34A 5P3PA 3K4VA 3PI0A 5CLMA 1BWBA 3OUDA 4YCKA 2P3CA 5P3VA 5P2TA 2HB3A 3LZVA 5P6FA 2ZHUA 2B42A 5DGWA 3U7SA 5P2AA 3FNSA 5P04A 5ISJA 2ZDZA 2PQZA 4DQBA 4Y4WA 4YCTA 2PH6A 1T6EX 1EC1A 2J9KA 5P1PA 5P4TA 5P7YA 4FAEA 3EL4A 5P0QA 3URLA 3OGQA 1GVXA 2B7FA 2OHPA 4GJDA 5P73A 3RTHA 2V0ZC 3VV8A 1HTFA 5P67A 3QBHA 1Z1RA 3NWQA 2IGYA 4RRSA 1EPOE 5AH7A 1C6YA 2AZ8A 5P1HA 3GI5A 2AVMA 3BXRA 1T7IA 1LEEA 1LF2A 5P7LA 5P24A 5OZAA 5P02A 5OZQA 5OZ0A 2PMAA 5KQYA 2PSGA 2QI4A 4X2LA 4Y3LA 2VIYA 1APTE 4Y5MA 3G6ZA 3H5BA 1N49A 5P8QA 1F7AA 5I3YA 3CMSA 5P1ZA 5BRYA 5P8FA 2JJJA 2WF3A 5P2OA 4DJPA 3QRSA 4KB9A 5P3OA 4WY1A 2XFIA 3FIVA 4B78A 4L7HA 4DJYA 4OD9A 5IVSA 4FL8A 1FLHA 1MRXA 3HAWA 3KT5A 5CONA 2IS0A 1PPKE 3NUOA 1FIVA 5P3LA 4LXKA 2ASIA 1KJHA 3SA7A 5OYQA 1GNMA 2ZJLA 5ISKA 5P7RA 5AHAA 3DM6A 5P52A 2ER7E 4RYCA 1C6XA 1M4HA 4I0EA 3LZSA 5OZYA 4ACXA 5P0PA 5OZ5A 3U6AA 3TPLA 5P7KA 1ZPAA 1RPIA 5DQ2A 2HAHA 4OBDA 1AJXA 2NMZA 5P5OA 2AOFA 5P3BA 4YDGA 5P19A 3SA5A 3APRE 5P57A 5OZNA 3DJKA 3INEA 3IAWA 5KR0A 5P06A 3OUBA 5P0EA 1HVIA 3RSXA 4LAPA 5P7NA 2O4KA 3S53A 4Y4GA 3BC4A 3CYXA 4J1CA 5P2EA 5P7AA 2IGXA 3UFNA 5P28A 2Q64A 1PFZA 5APRE 3VG1A 4BEKA 3L5FA 1W51A 2UY0A 3SA4A 4HDFA 2B7ZA 3NLSA 2ZYEA 5P6OA 3QN8A 3KFNA 5P6CA 3TKWA 5P6BA 5P38A 4AZYA 2F3FA 3NU3A 1YTHA 2O4LA 5KAOA 1W6IA 2PWCA 1HVRA 1ZSFA 5P4ZA 3OGPA 5P71A 3I6OA 5P4IA 3ER3E 4TRZA 5P4CA 5P1NA 5P8HA 5P8NA 3U71A 3QP0A 3O9EA 5P4GA 2ZHSA 3I25A 5P58A 5P6VA 2F3EA 4Y4TA 1EC2A 4ZSMA 3ZKXA 3NYGA 3RSVA 4RVJA 1FQ5A 1EAGA 4A6BA 2RMPA 5P31A 5P0WA 3VF3A 2I4VA 2VJ7A 3L5BA 4R95A 2ER0E 3KA2A 1QDMA 3RU1A 3K5DA 3QRMA 2NXDA 5P54A 5P2HA 3LZUA 1MSMA 3S43B 2FNSA 4Y3SA 3CKTA 5P0TA 5P7BA 4HEGA 4TVHA 3LZYA 4I0JA 1XE5A 3OAGA 2FDEA 5FIVA 1LYAA 2O40A 5P0AA 5P0CA 2R5PA 5P5SA 4CPSA 1YTGA 1ZPKA 4N00A 5OYUA 3OU1A 5OZ1A 2NR6A 4Y3FA 1SMEA 2AZ9A 4S1GA 3UDRA 3L38A 5P0BA 5P8GA 2ZHRA 3LIQA 1IZEA 3D20A 1MESA 1IZIA 5P83A 5P7PA 4I0ZA 5P4LA 5P1OA 5OZPA 2WEBA 2OHUA 1FF0C 5P1DA 4GJ8A 5P8TA 5KR1A 3FX5A 4Y38A 1FQ4A 2BJUA 2HB2A 1HPVA 5OZDA 1XL5A 3APPA 5P6IA 3EC0A 4Y43A 2BPYA 2WECA 4DQEA 5IE1A 1IZDA 5P2FA 5P2DA 2PSUA 5P8RA 3UPJA 2AQUA 2Q63A 5DPZA 9HVPA 5P2YA 4U7VA 5P6XA 5OZBA 1MSNA 5P8DA 1HVCA 2AOEA 5P42A 5P6PA 4EHCA 3GGVA 5P50A 1FFIC 3PMYA 3G70A 4ZSRA 3TL9A 3OHHA 5P82A 2O4NA 3O9DA 3AIDA 4B1EA 4EJLA 2F81A 5OZ6A 3OK9A 5P0FA 4QJ6A 2AODA 2UPJA 5P7TA 5P0VA 2G26A 4I0HA 1FKNA 4FRJA 3BGBA 5SY2A 4PHVA 5P46A 5P74A 3CYWA 3ZKMA 2WKZA 5AHCA 1TW7A 1MT9A 4DH6A 5P2NA 3N3IA 5ENKA 5P2QA 2HPFA 1DP5A 2O4SA 1BXOA 3KFSA 3NXNA 5P2UA 5P56A 1IIQA 1QRPE 5P0LA 1FG8C 4GZFA 2WF0A 5OZ2A 4ZPEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0M A;  3MSL A;  5P4O A;  1EED P;  3H0B A;  5P44 A;  4I8W A;  3LIY A;  2OHM A;  2XFJ A;  4DJU A;  1D4J A;  4A4Q A;  4J54 A;  2P3B A;  1TCX A;  5P65 A;  3OXW A;  5P6S A;  5P0J A;  3GI4 A;  4PPH A;  2P3D A;  2ZJJ A;  3BXS A;  3DOX A;  3VF7 A;  4CPR A;  3B7V A;  1DPJ A;  5P2S A;  5P1I A;  1PSN A;  4F74 A;  1SDU A;  5P48 A;  4H3I A;  4ER4 E;  3IXJ A;  4I0D A;  3OOT A;  1HEG E;  3NU5 A;  4Z22 A;  5P1R A;  3R2F A;  5P1U A;  1XL2 A;  3ZPS A;  4RGH A;  1PSO E;  4ZE6 A;  4M8Y A;  4Y3Q A;  5P86 A;  5P3Q A;  1FMX A;  1F34 A;  1HTR B;  2R43 A;  2G21 A;  5P49 A;  4Y3X A;  5P11 A;  2FLE A;  3IN3 A;  1T7J A;  4L7G A;  4GJC A;  3QAA A;  2R3W A;  3KMY A;  1QBT A;  3ZMG A;  4CPT A;  5P6L A;  3UTL A;  3O9L A;  2QP8 A;  4KE0 A;  4B72 A;  2VJ9 A;  1XDH A;  3VLB A;  5P5X A;  6UPJ A;  1K1U A;  1EPR E;  2NXL A;  2QMD A;  5P5C A;  2A4F A;  4Y45 A;  3PVK A;  3K1W A;  4Y5E A;  5P5M A;  4TRY A;  3R0W A;  4HA5 A;  3NUJ A;  3SM1 A;  4Y9W A;  5JOD A;  3IXK A;  2G27 A;  5P3R A;  5P4B A;  2VA7 A;  2G69 A;  5P1G A;  5P40 A;  3ZKN A;  1AVF A;  4EWO A;  3HVG A;  5AH6 A;  1B5F B;  4FLG A;  2IL2 A;  1EBW A;  1SP5 A;  4GMI A;  5P0Y A;  4Q1Y A;  3SAC A;  2QI1 A;  2B8V A;  5P8I A;  5P4S A;  3SKF A;  2BPW A;  4BFB A;  5OZ7 A;  5P7O A;  3OUD B;  4NPU A;  3EL5 A;  3PLD A;  4Y5P A;  4QJA A;  1ODW A;  3OTY A;  1QBR A;  4NKK A;  1MT7 A;  4Y4J A;  1HOS A;  5P3M A;  5P8M A;  5P55 A;  3KMX A;  3LPI A;  4Y5B A;  5JFP A;  3UF3 A;  3VV7 A;  4YOA A;  5P88 A;  2HS1 A;  2VKM A;  3SFC A;  5P5B A;  5OYT A;  1VIK A;  2VA6 A;  2XFK A;  4DJW A;  5DR8 A;  3WB5 A;  4DPI A;  4YD3 A;  3CID A;  2UXZ A;  3HBO A;  2FXE A;  4K4Q A;  1FQ6 A;  3OQF A;  3SM2 A;  5OZS A;  1LYW A;  3GGU A;  3KM4 A;  2FMB A;  4ZLS A;  4DQF A;  4CPX A;  3ECG A;  1EC0 A;  5OZE A;  3Q70 A;  2FDP A;  5HU1 A;  5P1T A;  2AOG A;  4CMS A;  2FIV A;  5P2J A;  1MRW A;  1EPN E;  4HDB A;  4DVF A;  4FS4 A;  4NJV A;  4Y51 A;  1BVG A;  3ZKG A;  1SH9 A;  3HLO A;  3HVP A;  3SPK A;  5P4X A;  3KDD A;  1G6L A;  5P0R A;  2I0A A;  4OD9 B;  5P7Z A;  4I0F A;  5P03 A;  3GGA A;  5P8A A;  5P8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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