3EKPA

Crystal structure of the inhibitor amprenavir (apv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10i/g48v/i54v/v64i/v82a)refer: flap+ in citation
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekpA00
4Y4TA 5P7MA 5P3HA 5P8JA 4U7VA 5P7KA 4GJ6A 1LYAB 4OBGA 4J17A 2QK5A 1B6KA 3NXNA 4LL3A 5APRE 2V0ZC 3OADA 2NXMA 5P1ZA 5P5JA 2NNPA 1SGZA 1ODXA 5P5NA 3GI6A 1FLHA 3EM4A 5SXNA 5AH6A 2PSGA 1ZAPA 1NH0A 1FQ4A 3HVGA 5P47A 2QI0A 2XFKA 3UDYA 2IL2A 5OZDA 3OU1B 2FGUA 4Y4BA 4ACXA 1HPVA 4DPIA 3G70A 3PSUA 1K2BA 2QU2A 4X2LA 5P4BA 5P6XA 5OZMA 3UF3A 2OHKA 4H3GA 5OZFA 4Y4AA 4PZWA 4YD3A 3M9FA 1EC1A 2ZHTA 5P1BA 5ENMA 5DQ5A 5HU0A 3LINA 4Y4GA 3WB4A 3AUPA 2O4NA 5P3IA 2XFJA 3QN8A 3MSJA 1QBUA 4CP7A 2BJUA 4Y3RA 5IVTA 3FSMA 2JJIA 4Y53A 1LV1A 3S2OA 4HDBA 1ZSRA 2QHZA 5P15A 2PH8A 5P8NA 5CONA 5P1UA 4Y6MA 2I4VA 4Y9WA 4HLAA 5P8RA 1SIPA 1FMXA 5P5RA 5P4IA 1IIQA 1T6EX 5HTZA 3KFRA 4JECA 3IAWA 5OYQA 5P3ZA 4A6CA 5OZ7A 4HDPA 4I0EA 2I0DA 2IENA 3ZOVA 4D83A 3INHA 4WY6A 3WZ8A 4RYCA 2QZXA 4LAPA 1FG6C 3SA7A 2P3BA 3D20A 5I3VA 4YDFA 1PPKE 3CKRA 2AOFA 1E80E 3TKWA 4B1DA 3SA6A 2F3FA 3L5CA 3UPJA 2A1EA 2AODA 5JODA 5P2LA 5OZCA 1DP5A 3VG1A 2QI5A 3EM3A 4AZYA 5P8PA 5P58A 3OWNA 2JXRA 1TCWA 1IZDA 4Y3WA 3IN3A 5I3XA 3LPJA 4Y5MA 3NXEA 2G26A 4L7HA 5B18A 1B11A 5HU1A 1M0BA 2G27A 2WF0A 3UQUA 3PBZA 4I8WA 4CPSA 3SA4A 3O9EA 3O99A 5P42A 2FXEA 5P28A 3S85A 3GI5A 2ER7E 5P2GA 5P1RA 1C70A 3O9HA 3H5BA 5OZLA 2OHNA 5P67A 5KOQA 3ZKGA 5P5DA 4DH6A 3D1YA 1C6YA 4DQCA 5P8LA 3S53A 4A4QA 1FF0C 1G35A 5KQFA 2Q11A 5P69A 4E43A 2VJ6A 5P88A 1JLDA 1LF2A 5EZZA 5P0MA 4Y37A 5HD0A 3BC4A 4ER1E 4I11A 4AUCA 1UPJA 2FXDA 3UQWA 4XKXA 4LP9A 3KN0A 5P5HA 1BXQA 4Y3EA 3EBZA 4A6BA 5P32A 3NU6A 5HE7A 5P5GA 2J9KA 4EXHA 1EPQE 4JPCA 1Z1RA 4CPXA 1PROA 1XS7D 3I7EA 5HDVA 3SA5A 3ZKMA 3PMUA 4Q5MA 4Y3FA 2G1RA 1XN3A 2WF4A 4GJ5A 5DQ2A 1E81E 3ZL7A 1KJGA 5P8MA 3KDCA 3IVHA 4B00A 4I0FA 2HAHA 5OZUA 3S43A 5P3CA 5P7BA 1W6HA 4EYRA 2FDEA 4COEA 5P85A 5P0RA 2ZGAA 5F01A 3OTSA 1HVJA 1EEDP 1EC2A 5SY2A 4RROA 3GGAA 5P7HA 3PSGA 3HDKA 5P6JA 5P3GA 3NLSA 4Y3QA 2QI7A 1SDTA 4GJCA 1DPJA 4I0GA 1K6TA 1N49A 1SGUA 4WY1A 5P14A 4ZE6A 4QJAA 4ZSRA 1FQ6A 2XYEA 1AVFA 4DJUA 4Y39A 2HM1A 5OYWA 4RCFA 4IVTA 4I1CA 5P86A 1K6PA 4Y44A 5P5TA 1C6ZA 5P5UA 4B72A 3VF3A 5P4VA 4FSEA 3LHGA 2ZJKA 1ER8E 3GW5A 5OYRA 1D4SA 5DPZA 5AHCA 3TOGA 4OC6B 2Q64A 4DJVA 5P05A 5P6EA 3OUCA 4FRJA 5OZEA 5IVSA 3O9BA 4ZPFA 4LBTA 1AM5A 3EXOA 4Y3MA 2VS2A 3EKYA 5P0YA 3PWMA 2IQGA 3RVIA 3EKWA 4Y43A 5P30A 3TLHA 2P8HA 5P3NA 3BXRA 1LF3A 4OBHA 1DW6C 3K4VC 5P3KA 3INDA 5P2VA 5P3JA 2V12C 5HE4A 4NJVA 5P0AA 2IKOA 3OXCA 3UDNA 5P6HA 1A9MA 5P7AA 1FFFC 4Y3JA 5P0VA 1RV7A 4ZLSA 1TZSA 5P4LA 4KE1A 5P0FA 5E5JA 5P29A 1HXBA 3LIXA 2RKFA 3T7XA 5DQ4A 5P7YA 5P7IA 5HDXA 4DUSA 3PI5A 3PJ6A 5OZYA 3SAAA 4NJUA 2QP8A 1VIJA 1FQ7A 2WF1A 3IN4A 4U7QA 4J1FA 4Y57A 2BKSA 3TH9A 5KQXA 2I4WA 1T7IA 3PLLA 1D4YA 5P3UA 3NDUA 4Y50A 1HTGA 4JOOA 4Y35A 3C9XA 5BWYA 5P2TA 1RL8A 3O9IA 3RTNA 4GMIA 3VSWA 4KE0A 4DQBA 3N3IA 3CIBA 4MC2A 2P3CA 3N4LA 3SPKA 4J55A 3OQAA 3ZKSA 5ER1E 3KA2A 3OQ7A 4J1KA 3MXEA 1GVXA 3T7PA 2QMDA 4I10A 1FKNA 1UH7A 4NJTA 5P3TA 2ER6E 5P1SA 1HIHA 2XFIA 3OU4B 1YTGA 1IDAA 3OAGB 3QVCA 1ZTZA 2VIJA 5P59A 2G1YA 4DQHA 5P5QA 6FIVA 5I3WA 3VYDA 1HPXA 2OF0A 2JJJA 3B80A 3IXKA 1TSQA 2VA5A 5P7PA 4Y4WA 4ER2E 1FMUA 4Y3NA 4B1CA 4LHHA 5P4AA 3OQDA 5P7UA 4YCYA 1HEFE 3LZSA 5HVPA 1GVUA 1MRXA 1HTRB 1BILA 5P23A 5SY3A 1A8KA 3UDJA 2Q5KA 1LYWB 1QDMA 4OBJA 3QBFA 1MSMA 5P00A 2FMBA 5P1NA 1IZHA 5OZZA 4I0ZA 2B7ZA 4TVHA 1IVPA 5OYVA 2OHSA 4ZEAA 2ZHVA 1RQ9A 5P7RA 2OHMA 3U71A 4Q1YA 3I25A 5P63A 1SIVA 2R38A 5P0QA 1HIIA 4GJ8A 4EXGA 4FE6A 5P0XA 3SO9A 5P3EA 5OZ1A 5ISJA 1RNEA 5P6UA 2AOHA 2O4SA 5P0SA 4Y4XA 4UPJA 3EMYA 5P4YA 5OZ2A 2HIZA 5OZIA 3JVYA 3OU3A 3VLBA 4Q1WA 2G94A 5OZVA 5P3OA 5P5LA 5P73A 6UPJA 3MSLA 5P6VA 1W50A 4DV9A 5P7QA 5P37A 1BV7A 1EAGA 1B5FA 1EBWA 1K2CA 2WF3A 5P4TA 5P5XA 3URLA 5P1OA 3SLZA 3KF0A 2BB9A 3K5DA 3UQXA 5OZNA 3QRMA 4Y3XA 5P4CA 5OZBA 3QP0A 3SKGA 1XN2A 1PSOE 4Y3TA 3SA8A 4Y54A 3NU3A 3ER5E 3S7LA 4RVJA 4DJXA 3PBDA 5P22A 1AJVA 3O9LA 2AVMA 3BRAA 4Y5CA 4Z2ZA 3NSHA 5P4UA 3L59A 2QI3A 1XE5A 4M8YA 4Y36A 2QZKA 3APRE 5P17A 2WL0A 1NPAA 2HPFA 5P82A 2ANLA 1AAQA 3LPIA 2AOCA 4K4QA 1B6PA 1MESA 5P0ZA 5P5KA 5P5OA 1T3RA 4Y4EA 4HE9A 1BVGA 2V10C 3SM2A 5P5EA 2ZJNA 3FNSA 1W5WA 2BPZA 5HDZA 4J0VA 1HRNA 2QD7A 1GKTA 2AZ8A 5P5YA 1TSUA 5JG1A 5KR2A 5P1QA 5P2FA 3K1WA 2H6SA 1XDHA 3OTYA 2OHQA 2I4DA 3GGXA 2AOIA 3Q5HA 3OUAA 5JFUA 2O4PA 1HVHA 2FGVA 2NR6A 5P7FA 2HS1A 4AMTA 3ECGA 5P3VA 3NU9A 2Q3KA 4EPJA 1LYBA 5P34A 5P83A 1K1TA 5P3PA 4M8XA 4H3FA 5P2NA 3OY4A 1FQ8A 1C6XA 5P0EA 1MT8A 5P89A 1SP5A 3FIVA 1Z1HA 4ZPEA 3LIQA 5BRYA 1MSNA 2Z54A 5P5IA 2BPYA 2PWRA 4Y51A 3U7SA 1K6CA 3LZVA 5P39A 1ODYA 3QRSA 1BWAA 4Y5NA 5P0LA 2BKTA 3PCWA 2EWYA 2WEBA 5DR7A 4FGXA 1LYAA 5P6OA 1HEGE 1HTFA 5P1MA 5P75A 1HSIA 5P2DA 4Y3LA 5P4NA 5P78A 1PFZA 3D1XA 3GGVA 2ASIA 4F75A 1UH9A 4R95A 2QD6A 4EQ0A 5OYTA 1MTRA 1APWE 5C9DA 5DR8A 5OZ0A 3PB5A 4RRSA 3ZKXA 5P6NA 4J0YA 4NPTA 1AJXA 3OU1A 3VV7A 4DVFA 3R4BA 3LPKA 4D8CA 3CYXA 3OXXA 2PC0A 3O9AA 3GI4A 5OZRA 4Y41A 3K5CA 1IDBA 2QI4A 5P2HA 3T6IA 2PK5A 3PGIA 3BGCA 3S7MA 2FS4A 5KOSA 4BFDA 3WB5A 3LIVA 1CMSA 1Q9PA 4DJRA 5P7GA 4Y3SA 2NXDA 2P3DA 3KYRA 5P2JA 1AXAA 5P8HA 3PLDA 3TPLA 4Y4JA 1T7JA 2IS0A 3HZCA 3OOTA 2ZHUA 1APVE 2G24A 4FM8A 4Y3HA 4XX4A 5P1VA 5P65A 3SFCA 4Z4XA 3UDKA 3IA9A 2ZYEA 4FCOA 5P68A 2R5QA 5P2EA 5P52A 3BVBA 3QVIA 3NDTA 2RMPA 3VV6A 1Z8CA 5DR4A 5P4HA 1HOSA 1QS8A 2PK6A 2NMYA 1HBVA 4HZTA 5P6LA 2Q55A 2J9JB 1MVPA 5P03A 5DGUA 3EL1A 1KJHA 3ZPSA 3VF7A 5P4EA 2OHRA 3IXJA 3KFSA 4I0HA 4F74A 4R91A 5P56A 1RPIA 5PEPA 5P4JA 3OUDB 1E5OE 1SDUA 3CMSA 3Q4BA 5P1KA 5P6CA 5P57A 2SAMA 3KT2A 5HCOA 3OGPA 1GVTA 3SM1A 2AOEA 4EP2A 1ZPKA 3VUCA 5P6MA 2B60A 5P1IA 3SABA 1WKRA 4Y3DA 4QJ8A 3WSJA 2BBBA 3G72A 4AA9A 2BPXA 4I8ZA 1META 2AOGA 1HSGA 5P02A 2BPVA 2OHTA 4K4PA 5P84A 2VKMA 2BQVA 2VIZA 3CIDA 3JW2A 5P7CA 4RZ1A 3OUBA 4Y3PA 3EKPA 4EJDA 3K5FA 3INEA 5P72A 3LNKA 4WTUA 1BWBA 5P06A 5OYXA 2O4LA 3ER3E 4OD9B 5IVQA 4YA8A 4RVIA 1HVKA 4DJWA 4YD6A 4EQJA 4F73A 5P20A 2QNPA 3BHEA 5P5ZA 1HHPA 1EPME 3PI0A 1ODWA 3IXOA 4N00A 5P4DA 1LF4A 1OD1A 4APRE 2NXLA 4AA8A 2I4QA 4EJLA 2AZBA 3NU4A 5OZ6A 5P43A 4DQFA 5C9BA 4EJKA 4CPUA 1YM4A 2RSPA 3NU5A 5HDUA 2FNSA 1HWRA 5P3WA 3SQFA 2NMZA 3R0WA 2QCIA 3TTPA 5AGZA 1APUE 3G6ZA 5P4OA 7UPJA 4GIDA 5P1LA 5P8KA 2R43A 5KQZA 3UDPA 4CPTA 1QBRA 3SACA 5SZ9A 5P2QA 4OBZB 2PWCA 1NPWA 4Y4UA 4CPRA 5P64A 2VJ7A 5P09A 1MEUA 2G69A 1FQXA 3DCRA 4GB2A 3H0BA 5P54A 4RCDA 3K4VA 3LZYA 2IDWA 2WEAA 3O9GA 5P81A 3OQKA 1HSHA 3OXVA 4LXMA 1LS5A 1KJFA 3I6OA 3LITA 4J54A 4NJSA 2ZJMA 5DQCA 4YBIA 4YD4A 2B7FA 4RYGA 5OZHA 5P6FA 4DQEA 4GYEA 3UQPA 5T4SA 3BGBA 2IEOA 5DR1A 4H3JA 3PWRA 4I0JA 1XL5A 2ER0E 5P62A 5P8IA 5OZKA 1DAZC 3NDXA 2B8LA 3KFNA 2HB3A 2O40A 2ZJJA 3PEPA 4DJYA 5P8BA 1HVLA 3URIA 5IS4A 5P2WA 5P26A 3EKTA 3OXWA 3TPPA 2OHPA 5P8VA 5P55A 3BUHA 5P08A 5P4XA 2HB4A 5P6SA 2NPHA 3GI0A 3L5FA 3S8IA 3RSVA 4Y5KA 1ZP8A 2V00A 5BS4A 4OC6A 3U6AA 3FNUA 4Y56A 5P66A 5P0JA 1T6GA 5OZPA 5CLMA 3APPA 3DM6A 3HVPA 4Y3YA 4D85A 4L7JA 5F00A 3DOXA 5P3YA 9HVPA 2QMGA 4Y5PA 2PSUA 3L5BA 4XX3A 3CKTA 3T7QA 3EKXA 1XE6A 5P16A 3INFA 2P4JA 3TNEA 2RENA 4I0DA 3NUJA 4PEPA 4CKUA 5P1TA 3CICA 5OZ9A 3HAUA 4PZXA 2FLEA 5P5CA 3R2FA 4DJQA 1NSOA 5P7SA 4J1EA 2AOJA 5P4KA 5OYYA 2Q54A 2WKZA 3LIYA 3OADB 2VNNA 2UPJA 2B42A 5P0DA 4DJOA 3WZ6A 2G1OA 3L58A 1A30A 4FRSA 4H3IA 5P0UA 3RU1A 1M43A 1EPRE 4GJAA 5P1CA 4QJ9A 2VA7A 2NNKA 4RLDA 2R3TA 3EC0A 5P2KA 1K1UA 5P31A 3O9FA 2HPEA 5DQ1A 3A2OA 1YTJA 1HVRA 2I4XA 5J25A 1BVEA 4YE3A 2ZJHA 5P13A 5AH9A 3L5EA 3CYWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4T A;  5P7M A;  5P3H A;  5P8J A;  4U7V A;  5P7K A;  4GJ6 A;  1LYA B;  4OBG A;  4J17 A;  2QK5 A;  1B6K A;  3NXN A;  4LL3 A;  5APR E;  2V0Z C;  3OAD A;  2NXM A;  5P1Z A;  5P5J A;  2NNP A;  1SGZ A;  1ODX A;  5P5N A;  3GI6 A;  1FLH A;  3EM4 A;  5SXN A;  5AH6 A;  2PSG A;  1ZAP A;  1NH0 A;  1FQ4 A;  3HVG A;  5P47 A;  2QI0 A;  2XFK A;  3UDY A;  2IL2 A;  5OZD A;  3OU1 B;  2FGU A;  4Y4B A;  4ACX A;  1HPV A;  4DPI A;  3G70 A;  3PSU A;  1K2B A;  2QU2 A;  4X2L A;  5P4B A;  5P6X A;  5OZM A;  3UF3 A;  2OHK A;  4H3G A;  5OZF A;  4Y4A A;  4PZW A;  4YD3 A;  3M9F A;  1EC1 A;  2ZHT A;  5P1B A;  5ENM A;  5DQ5 A;  5HU0 A;  3LIN A;  4Y4G A;  3WB4 A;  3AUP A;  2O4N A;  5P3I A;  2XFJ A;  3QN8 A;  3MSJ A;  1QBU A;  4CP7 A;  2BJU A;  4Y3R A;  5IVT A;  3FSM A;  2JJI A;  4Y53 A;  1LV1 A;  3S2O A;  4HDB A;  1ZSR A;  2QHZ A;  5P15 A;  2PH8 A;  5P8N A;  5CON A;  5P1U A;  4Y6M A;  2I4V A;  4Y9W A;  4HLA A;  5P8R A;  1SIP A;  1FMX A;  5P5R A;  5P4I A;  1IIQ A;  1T6E X;  5HTZ A;  3KFR A;  4JEC A;  3IAW A;  5OYQ A;  5P3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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