3EKQA

Crystal structure of inhibitor saquinavir (sqv) in complex with multi-drug resistant hiv-1 protease (l63p/v82t/i84v) (referred to as act in paper)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekqA00
2FXDA 3UDHA 2VNNA 4XX3A 4J0TA 5P0HA 5P37A 3NWQA 3OWNA 3OUDA 5P13A 2IQGA 3ZPSA 1PPME 5JFPA 5P17A 7UPJA 4S1GA 5P1XA 1RV7A 4E43A 4AMTA 2VNMA 5TOLA 5P0UA 5P84A 4Y4BA 4ER2E 5P5ZA 1D4IA 4YD5A 4HZTA 4D83A 4RCFA 3PHVA 3HBOA 4HDPA 3O99A 5P5UA 3ZKSA 2BBBA 3FSMA 1HWRA 3EKPA 4L7HA 3HAWA 3PVKA 3QBHA 4FIVA 4HVPA 3D3TA 3SLZA 1PPLE 3L5CA 1IZEA 2R3WA 4Y4TA 5P5SA 5P73A 5P6VA 4HDFA 2IKOA 6UPJA 2ZJJA 4QJ8A 2FDDA 5P1SA 3EKVA 4Y5CA 2UXZA 1LYBA 3T11A 4APRE 4L7JA 3INHA 5P11A 3SA9A 5P0BA 3OUAA 4QLHA 2R5QA 5P8IA 5OYUA 4R92A 4I0HA 5P27A 3LPIA 5P2DA 4FL8A 3EL1A 4MC1A 5P0RA 3IN3A 1SMEA 4Y58A 5P2HA 2NNPA 4BFDA 1EPLE 3BUFA 5P3SA 1B6JA 1LV1A 5P7XA 4ZSMA 4OBGA 3APPA 1AZ5A 3ZKMA 1BILA 3EMYA 3BVBA 3OXCA 5P1NA 1LF4A 5E5JA 2BKSA 1GNOA 3SKGA 4K4RA 4Y3WA 4LAPA 4YD4A 4EJDA 3BUGA 3CKPA 4B00A 4NJSA 2QU3A 2J9JA 3OQDA 3O9LB 5P7AA 4YD6A 5P7YA 3SA4A 2VKMA 3O9BA 4NJVA 4Y3DA 5P8SA 5P0WA 4H1EA 1D4SA 1HOSA 5HCTA 4DQBA 5P2ZA 5P00A 5P6CA 5P0IA 4LXMA 3UQUA 4RVXA 2UPJA 5OYZA 3PWMA 5P2CA 3PEPA 3UDJA 4Y37A 5P51A 1NPWA 3KN0A 5P83A 3S85A 4FSLA 1PFZA 5P3HA 3UQPA 5P26A 3HVGA 3EKXA 1KZKA 2IL2A 4J17A 5OZ4A 4A4QA 2HM1A 2AVSA 5DR7A 1ENTE 3O9EA 4J1IA 5HDXA 2G24A 4CKUA 4GYEA 1ODWA 3HLOA 5P8CA 1IVQA 4ZEAA 5P6IA 3GGVA 5P8NA 1B6KA 3ZL7A 4DPFA 1NPVA 5P3JA 3M9FA 2QI0A 2XFIA 5P2SA 2R43A 3L3AA 2ZJKA 2OHSA 5DR3A 1K6PA 5P5AA 2HS2A 5DGWA 2HC0A 3Q3TA 5P04A 1IDAA 1SMRA 5P1VA 5P1UA 5P0EA 4ER4E 1A30A 5P8TA 4AUCA 3S56A 2B8VA 3QI1A 4Y3PA 1EBKC 5P19A 1FB7A 2PQZA 3DCKA 5P82A 3D20A 4Y5KA 4DJWA 2O4KA 3OK9A 2QHCA 2XYEA 5DR0A 3GI6A 4Y3EA 1MPPA 4I0EA 2ZGAA 5OZTA 1TQFA 2P3BA 4LC7A 2WF0A 5P39A 3SFCA 5P87A 2AZCA 3TOFA 2B42A 4HA5A 5I70A 3GI4A 2EWYA 1TSQA 3AIDA 5P3LA 5P8KA 4WTUA 6APRE 1HXWA 2VS2A 4Y5BA 3SA5A 4L7GA 1ZSFA 2OAHA 4Y3TA 4Y4DA 1W5XA 3MXDA 5P64A 5CONA 3IGBA 5OYRA 2R8NA 5OZCA 4TRYA 4LBTA 3PJ6A 1EPOE 5P03A 5P70A 1MSMA 1RPIA 5I3WA 1XDHA 4AA8A 5COOA 5P7JA 3PCZA 2PC0A 5P80A 5I3YA 2QNPA 3JVWA 5P81A 5P0YA 5P6SA 3PMUA 4YOBA 1AIDA 2FGUA 2QMPA 5P7GA 4FS4A 4I0GA 1EPRE 2QAKA 5P1KA 1PSNA 1VIJA 4EWOA 5OYXA 4DI2A 5P85A 1XL5A 3VYDA 5CLMA 5P6LA 3WB4A 3I25A 5P54A 2V12C 3R2FA 5P2MA 2IRZA 1GVTA 3IXJA 2VIEA 3OADA 5P35A 1N49A 1BXOA 1K6TA 1ODXA 5P2KA 3GI5A 5KQZA 3Q6YA 5HDVA 2I0DA 1B11A 4JPEA 4B0QA 3OOTA 4Y4WA 4U8WA 5OZ8A 4H3FA 5P1TA 4J1HA 5P6XA 2AVMA 5P02A 1UH8A 1AXAA 5P5CA 5P3WA 2QD7A 5P6RA 3PWRA 1FQ5A 1C6YA 4I8ZA 5P1AA 1FMXA 2P8HA 1E81E 5P88A 3CIDA 5P24A 5P4RA 4CPXA 5P0LA 3KM4A 3INEA 5OZYA 5P8PA 3TNEA 4EP3A 2VA7A 3GGUA 4Q1NA 1OD1A 2NNKA 5P4BA 1G2KA 2XYFA 3RSXA 1PPKE 1XE5A 3UHLA 2QHYA 3OUBA 1AVFA 5P7IA 5P20A 3OTSA 2AZBA 1ZJ7A 3EKYA 5P4AA 5OZQA 5P6UA 2ZE1A 4NJTA 3OOZA 3OUDB 3D1YA 1PSOE 3K4VA 2WJOA 5P0XA 3ZKGA 1NPAA 4L1AA 5P48A 5EZXA 1QS8A 3QRVA 5P1LA 3TOHA 5P79A 4GJ6A 2OHRA 5P30A 2HPEA 5P08A 1BWBA 4DJOA 3FNSA 4B1CA 2ZHVA 5OZFA 5JFUA 5P78A 5P8FA 2PH6A 4KUPA 2VA5A 4Y5LA 1HVLA 3O9FA 1FEJC 2MIPA 4Y4GA 1LZQA 3TOGA 1D4LA 5P7NA 4RRSA 3SM1A 3O9GA 5T4SA 1KJGA 2OHLA 1LYBB 2G94A 3K4VC 2AOCA 3O9HA 4ACUA 1KJFA 3RTHA 2PK5A 3BVAA 4RYCA 4BEKA 1W6HA 4CPSA 5P57A 5HE7A 2ER7E 1M0BA 2ASIA 1TCWA 3SO9A 5P2OA 4DVFA 4PPHA 1FFIC 1XL2A 5ENMA 5P06A 2G1OA 4KB9A 4J1FA 4DFGA 5IVQA 1HPVA 2ZHSA 5P5HA 4Y4ZA 3KT2A 1AAQA 2NXLA 4DJPA 2QD8A 3N3IA 4DQFA 2FDEA 4PZXA 2ER0E 5P5DA 2J9JB 1BVEA 5P6PA 5DR1A 5AH7A 5P6ZA 4RCEA 3NUOA 4QGIA 3L5EA 5P4PA 4GB2A 4K9HA 1BIMA 3UF3A 2QZXA 1IZDA 3PBDA 4OBKA 5P40A 5P6MA 2IGXA 2I4XA 5P4HA 3O9DA 1HVIA 5P0SA 1E80E 3NLSA 1A9MA 3EL5A 3OU1A 5OZZA 5OZ1A 5P0QA 1HVRA 3OUCA 1Z1RA 2PH8A 4ZPGA 4Y45A 2FLEA 4Y3LA 4Y4UA 2AQUA 4FM8A 1HBVA 2FNTA 3IA9A 3VV7A 1HIIA 5P38A 2FS4A 3L38A 1B6PA 1SBGA 3FV3A 5P3UA 3VFAA 2Z4OA 3PSGA 1WBKA 1HTEA 3SKFA 5KR1A 4GJ9A 2B7FA 5P0VA 5IE1A 3EBZA 4RVJA 3LNKA 5P7RA 4Q1YA 7HVPA 5COKA 1HEGE 3URIA 2AZ9A 4ZPFA 4GJ5A 4D8CA 1MTRA 1SGUA 4FRSA 1ZBGA 4DQGA 4ZE6A 5P22A 1QBSA 5HCOA 1CZIE 2WF4A 2BB9A 5KQYA 3UFLA 3SA7A 3I7EA 2FMBA 3MSJA 3PMYA 5P3NA 4Y3AA 5P2IA 3VV6A 5BWYA 5P3RA 1G0VA 3OXWA 4I11A 1QBRA 3QS1A 3D1XA 3OQ7A 5P01A 5P10A 5P4YA 3IXKA 2RKGA 3HVPA 2P3BB 1EEDP 5OZIA 3F9QA 1ME6A 4K4QA 1RL8A 5P4IA 2AOJA 1LYWA 2OHQA 5AH9A 1DW6C 4BFBA 3TPRA 5SY3A 3R1GB 4Y3HA 4FM7A 3KDDA 4Y5MA 4EJLA 5P76A 2FDPA 3WZ6A 4Y36A 2OF0A 2QCIA 5P56A 1FF0C 1AM5A 2PSGA 5KR0A 4DQEA 2B8LA 4LL3A 2JXRA 5AHAA 3K5DA 5P3YA 1AJXA 2R3TA 1DP5A 3NDXA 5KOSA 5OYSA 2FGVA 3BUHA 5P45A 5P5EA 5P4FA 1SH9A 5P67A 3K5GA 2BPWA 3KA2A 5DQ4A 3DCRA 1F7AA 3EC0A 4YCTA 4Z4XA 4DUSA 5P8MA 2PYNA 1K6CA 3TPPA 1HHPA 3T7QA 5P7ZA 5P0OA 5B18A 3MXEA 2IDWA 1BDLA 5P6EA 1OHRA 2QK5A 2NMYA 1EBZA 3B80A 3FIVA 3G72A 3OADB 5P1ZA 4OBZA 2R9BA 4B1EA 1FQ7A 4HEGA 5P4QA 3PM4A 1YTIA 5P7LA 3VF5A 5P4DA 2JE4A 3EL9A 2F3KA 3NXEA 4XKXA 5P8UA 3UQXA 4GJBA 1K2BA 5P0KA 1FQ4A 5AGZA 3SM2A 1E5OE 5F00A 4NJUA 1MSNA 2QNNA 3LINA 4NKKA 3VG1A 3BGBA 1MT9A 3RVIA 2F3EA 2WKZA 4FAFA 1HRNA 5KR8A 5P8QA 1MIQA 5HTZA 4A6CA 1K1UA 1NSOA 2Q63A 5P62A 2WEDA 4BELA 5I3XA 3VV8A 1YT9A 3TL9A 5P4OA 3NSHA 2ER6E 3Q70A 5P1BA 1HXBA 4RZ1A 5OZ6A 5HVPA 1YM2A 3UDRA 1MT8A 3OAGB 4Y5NA 2UY0A 1LF2A 5P5XA 3PSUA 2RKFA 4Z22A 2RENA 3TTPA 3LIVA 4MC6A 1GVUA 2PWRA 1C70A 2QHZA 3S8IA 5P69A 4L1AB 1IVPA 1C6XA 2QI3A 1YTJA 1YX9A 2JYSA 3OU4A 5FIVA 5P4EA 4H3GA 1T7JA 5P4MA 3S45A 5C9DA 5P4JA 4CPUA 5J25A 5P7OA 5P3BA 3DM6A 3DUYA 5P8HA 3UDKA 2JJIA 3ZOVA 1EC2A 2VIJA 5P43A 3CYXA 3TPJA 2QNQA 2SAMA 3PBZA 5P3OA 2VIYA 1RQ9A 4YD7A 1ZPKA 3LIYA 3Q4BA 5OZVA 4XXSA 4OBJA 5BS4A 4KE1A 2V0ZC 1HIHA 1EPPE 3GW5A 2WHHA 3KYRA 3NWXA 1HSIA 2QZWA 2AIDA 5OZUA 5P5FA 3MWSA 5P3PA 2IEOA 5AHCA 3VLBA 3SA6A 1F34A 3WZ8A 4FE6A 2AOHA 3CKTA 4Y4XA 3NDUA 5P0PA 1HSHA 1MRWA 2BQVA 1YM4A 1UPJA 2HIZA 3KDBA 4X2LA 3UQWA 5ER2E 5P86A 3UPJA 2QMDA 2BPXA 4Y3XA 6FIVA 1BDQA 1K2CA 4Q1XA 4DJQA 3L58A 4RYGA 2ZHRA 2RSPA 2AOGA 4UPJA 5P07A 2G1SA 3T3CA 3BXSA 3LIQA 2ZJLA 5P2VA 1D4YA 4F76A 4RRNA 5P3CA 3S43A 3L5DA 3EKWA 1A94A 5P2TA 1B5FA 1W6IA 1FIVA 1KJ4A 1T3RA 3LZVA 5P6NA 3OU1B 1KJ7A 1QBTA 2FXEA 1ZSRA 3HW1A 2BPYA 3VCMA 3PWWA 4Y53A 5P34A 5HU0A 4M8YA 1LS5A 3UDPA 2QI1A 4WY6A 1HIVA 5P5MA 1DPJA 4Y51A 2P3AA 1MT7A 2IENA 3PRSA 1ZAPA 1M4HA 5P8JA 4QJ6A 4DV9A 5P5OA 4RLDA 4I12A 5P1MA 3NUJA 2I4VA 1PSAA 5P63A 3RSVA 5P6FA 5P68A 5P8OA 4B05A 5P3AA 3PB5A 5KAOA 3CKRA 5P2UA 3KFSA 2F3FA 5IVSA 5P5GA 3NDTA 1ZLFA 4NPUA 4DQHA 3S54A 5SY2A 3NR6A 5P25A 4EHCA 4J1CA 4J5JA 5P3QA 3LHGA 3IVHA 4Y41A 3OAGA 4Z50A 8HVPA 5HD0A 3EXOA 4ZSRA 3O9IA 1SIVA 5P55A 3ZKIA 1Z1HA 4CPWA 5P50A 1T6GA 4EJKA 4IVTA 3LITA 5ISKA 5IVTA 3PI0A 3U6AA 5P1RA 4EQ0A 1VIKA 3B7VA 5P77A 5HDZA 5P0TA 1K6VA 3PGIA 2P3CA 5P2QA 3SA8A 5P7MA 5SZ9A 4OC6A 4I8WA 5P7KA 1APVE 3S53A 1LYWB 4GJ7A 5F01A 2ER9E 1E82E 4I1CA 4RCDA 5P3VA 5OZPA 2I4WA 5P2RA 1SGZA 4B77A 2CEJA 2NTRA 5P71A 4FAEA 4J55A 4HDBA 4CP7A 1HVHA 2IKUA 3IVIA 4F74A 5OZGA 1EBWA 1M43A 1HPOA 2NXMA 1HPXA 4OBHA 2A4FA 5P4KA 5P6QA 3OY4A 2G1YA 4Y57A 2BPVA 5P0AA 1LF3A 5OZJA 1GNMA 2HB2A 5P4NA 1SDUA 4L6BA 4B70A 1FMBA 4APEA 3KT5A 4MC9A 5P3EA 1SP5A 3KF0A 1T7KA 3BHEA 2QI5A 5P7TA 5P46A 2WEAA 3BXRA 2P3DA 2XFKA 4OBZB 4R5NA 1ZTZA 4AA9A 1QDMA 5P4UA 5COPA 4Y35A 3OHFA 1IZHA 2QZLA 3K1WA 5P1IA 1EC0A 4PEPA 1MRXA 1OEXA 3OXVA 3FKTA 5IVRA 3MSKA 2QP8A 5P14A 1PROA 3HD8A 3ER5E 5OZ9A 5OZAA 3APRE 4EJ8A 5OZWA 5OZXA 2G26A 4FRKA 3ER3E 1W5VA 1TCXA 2F80A 1FG6C 2PK6A 3OGQA 5P29A 5OYYA 2V11C 1FQXA 5HDUA 3T7PA 3LZUA 5P3GA 5P0NA 1YTGA 5OYQA 4TVGA 3LIXA 2AVQA 4OBFA 4JECA 1XN3A 4IVSA 5P5RA 3OQFA 5DQ1A 1MESA 2OHMA 3CICA 4LXKA 4RROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FXD A;  3UDH A;  2VNN A;  4XX3 A;  4J0T A;  5P0H A;  5P37 A;  3NWQ A;  3OWN A;  3OUD A;  5P13 A;  2IQG A;  3ZPS A;  1PPM E;  5JFP A;  5P17 A;  7UPJ A;  4S1G A;  5P1X A;  1RV7 A;  4E43 A;  4AMT A;  2VNM A;  5TOL A;  5P0U A;  5P84 A;  4Y4B A;  4ER2 E;  5P5Z A;  1D4I A;  4YD5 A;  4HZT A;  4D83 A;  4RCF A;  3PHV A;  3HBO A;  4HDP A;  3O99 A;  5P5U A;  3ZKS A;  2BBB A;  3FSM A;  1HWR A;  3EKP A;  4L7H A;  3HAW A;  3PVK A;  3QBH A;  4FIV A;  4HVP A;  3D3T A;  3SLZ A;  1PPL E;  3L5C A;  1IZE A;  2R3W A;  4Y4T A;  5P5S A;  5P73 A;  5P6V A;  4HDF A;  2IKO A;  6UPJ A;  2ZJJ A;  4QJ8 A;  2FDD A;  5P1S A;  3EKV A;  4Y5C A;  2UXZ A;  1LYB A;  3T11 A;  4APR E;  4L7J A;  3INH A;  5P11 A;  3SA9 A;  5P0B A;  3OUA A;  4QLH A;  2R5Q A;  5P8I A;  5OYU A;  4R92 A;  4I0H A;  5P27 A;  3LPI A;  5P2D A;  4FL8 A;  3EL1 A;  4MC1 A;  5P0R A;  3IN3 A;  1SME A;  4Y58 A;  5P2H A;  2NNP A;  4BFD A;  1EPL E;  3BUF A;  5P3S A;  1B6J A;  1LV1 A;  5P7X A;  4ZSM A;  4OBG A;  3APP A;  1AZ5 A;  3ZKM A;  1BIL A;  3EMY A;  3BVB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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