3EKTA

Crystal structure of the inhibitor darunavir (drv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10f/g48v/i54v/v64i/v82a) (refer: flap+ in citation.)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ektA00
1F34A 1DPJA 4PYVA 5P5JA 2IQGA 4Y3LA 3VYEA 2B60A 4DJUA 3QRVA 3GW5A 1W51A 5P3HA 5OYXA 2WEDA 1MUIA 3KFSA 1HXBA 1B6PA 4B0QA 3NXEA 1AZ5A 5P32A 5P0WA 4X7IA 4I0ZA 5P8UA 5P20A 4K8SA 5P1UA 5OZTA 4OD9B 5DQ2A 5DR4A 4I0JA 5DQ4A 5P14A 5E5JA 3SKGA 2VJ6A 1XDHA 5P3AA 1HSGA 3UPJA 4Y4ZA 1DAZC 5P72A 5P7QA 3TKGA 2I4UA 3SFCA 3VF7A 4TRYA 1W5VA 4RYCA 5OYYA 2IL2A 3VFBA 4DFGA 4ZSMA 3CKTA 1HTRB 3D20A 1N49A 1BWAA 4J0VA 5P5EA 2V11C 5KOQA 2WF0A 2A4FA 1FMUA 5OYZA 5P1WA 1APTE 1TZSA 4ACXA 4Y5PA 3OU1A 2ZHSA 1SH9A 3L58A 3OQDA 5P8PA 4ZSRA 4I0FA 2G1OA 5JFUA 5P7KA 5P2ZA 1HPOA 3EKPA 1YTGA 2R38A 4Y4DA 2QHYA 6FIVA 3OADB 3DV5A 3PSGA 4DI2A 4I12A 5P39A 1MTBA 5P49A 3OHHA 2IDWA 1Z8CA 4IVSA 4Y5MA 4OC6A 3NU3A 3KN0A 1ZJ7A 5EZXA 5P8TA 2XYFA 5OZQA 5P4LA 3OU4A 3Q3TA 3UFLA 4RVIA 5DR8A 5P7PA 1XN2A 3ZKXA 5P42A 4YD5A 3WB5A 4JPCA 5P55A 3ZPTA 5P5WA 4Y4WA 3PCZA 2XFKA 5P2JA 5P7MA 4TRZA 4Y35A 3GI0A 1FQ8A 3OUBA 2EWYA 2AVQA 3DUYA 3Q4BA 3N3IA 3SO9A 2AQUA 2IGYA 3NR6A 5P2FA 5OZ9A 3NWXA 3KT5A 4Y4XA 5P6OA 5P3JA 3OOTA 4AA9A 2Q5KA 4F75A 4OBKA 4J5JA 4Y45A 1NH0A 3UHLA 4Y47A 2ZJKA 3NWQA 5OYRA 5P3VA 2OHKA 3KDBA 4Y3SA 4YOAA 5P5NA 2UPJA 3RSXA 2FMBA 3URIA 4RRSA 3QROA 3VYFA 4JOOA 2PYNA 1HVCA 4FRIA 3O9GA 5AHAA 2WL0A 5P10A 1YTIA 5P7EA 2WF4A 4J0ZA 5I3WA 3S7LA 2R3TA 2ER6E 2ZJLA 3PBDA 4TRWA 1NPVA 2Q64A 1GVTA 1W50A 1MRWA 3T11A 5P67A 4CPQA 2V12C 2XFIA 1W5WA 2VA6A 2VJ9A 3BC4A 2HC0A 1PPKE 5KQXA 2ZGAA 4EWOA 5P52A 3VCMA 4J0YA 2PQZA 2NNPA 4LP9A 3NXNA 2F81A 5P03A 5P6CA 2QI5A 3FNUA 5HCTA 5P37A 4S1GA 5P5AA 4CMSA 3SAAA 2OHPA 5P5XA 5DQCA 3TL9A 2QI7A 5P1PA 1A94A 1KJGA 3FX5A 4EP2A 5P0CA 3UDMA 1XL5A 5P1NA 2QZWA 3L5DA 4Y6MA 3VLAA 4Y4JA 2BQVA 4RVXA 2P4JA 2IENA 4RLDA 3EKVA 3EL1A 5P57A 4Y3ZA 1YM2A 4Y5NA 1BBSA 4OBHA 5P4AA 1EPPE 5P23A 5P4IA 3UDRA 5P75A 4R95A 4HVPA 2Q3KA 5P6GA 4YE3A 1D4JA 3LPKA 1RL8A 3KFRA 4Y4BA 1YM4A 3UFNA 3EKXA 1EEDP 3VYDA 5P0LA 5P2OA 1GNOA 2QHZA 3BGCA 4HE9A 1FMBA 1D4SA 5P48A 4YBIA 4FM6A 3S56A 2ZE1A 5P1AA 2NXDA 4YDGA 2VKMA 1YX9A 5P8AA 5P66A 1Z1HA 5BRYA 1D4IA 4ZE6A 1G35A 1ZSFA 3O9IA 5AH6A 3D1YA 1DP5A 3PWWA 3SA5A 3NLSA 1SDUA 2G20A 3RTHA 2OHQA 1BIMA 3ZPUA 3KDCA 3S2OA 3RU1A 2BPWA 3R1GB 3NUOA 3OXXA 1SP5A 2QZLA 2OHNA 2WF2A 3PHVA 4J0TA 5P6AA 4B70A 5P0HA 4WY6A 3PB5A 2FNTA 5P2WA 5KQZA 3FNTA 1EC3A 5P3SA 2QMGA 2G27A 5OZEA 2ER0E 4BFBA 5P19A 4Y39A 2SAMA 4I0DA 3SA4A 4LC7A 2CEJA 4LAPA 4AUCA 3BXRA 5F01A 3VF3A 3O9LA 3C9XA 2IS0A 3S54A 3PLDA 4Y3PA 1MT9A 5P3ZA 4B05A 3ZPSA 3L59A 2WHHA 4UPJA 5P7NA 5P25A 2VNNA 5P0AA 3OXVA 5OZBA 5P1JA 2J9JB 5CONA 5P12A 3ZKIA 4QJ6A 2QP8A 3U7SA 5P5YA 1HOSA 1ODWA 2AZBA 5P0PA 1QBRA 2WJOA 5P3IA 1GVWA 1TSQA 1FMXA 3ER3E 2I4XA 3PI5A 2P3BB 1WKRA 5P07A 4I11A 4HLAA 3CYWA 1XN3A 5P88A 3HBOA 4PZXA 4Y43A 1EBYA 1GVUA 5AH8A 4YHQA 1QBTA 4XXSA 5P0NA 3KF0A 4Y4UA 1AAQA 5P6NA 4EYRA 2P8HA 3G72A 5P17A 2AODA 4CPXA 3I6OA 1CZIE 4QGIA 3S85A 5P68A 4LHHA 4I10A 2Q63A 3FSMA 4BFDA 4RZ1A 4Y4AA 3S8IA 5P6PA 3ZL7A 5F00A 5P7ZA 4Y3WA 1PSNA 5P5LA 1EC1A 1EC0A 1K6VA 3G70A 5P40A 1UH7A 1LYWA 2PC0A 3OXCA 3SA3A 3NDUA 1SDVA 5P8OA 1FQ6A 1BDRA 3LZVA 2FLEA 2HB4A 5P7CA 5P5GA 3SQFA 2PWCA 1W6IA 3OUCA 5P2NA 3UCBA 4WTUA 2R9BA 5P8NA 3R0WA 2QNQA 2G24A 3DJKA 3VV6A 5OZ0A 1XE5A 1G6LA 3UTLA 4OBZA 4I0GA 3BHEA 1OEXA 3UDQA 3GGUA 4DPIA 2RENA 3ER5E 5P26A 5C9FA 4Y5CA 4J17A 1DMPA 5OZZA 5BS4A 3PSYA 5P3RA 5P7VA 3JVYA 3S7MA 3OTYA 1HIIA 5P4UA 3MXDA 2I0AA 3RVIA 2IKOA 5P1GA 4EHCA 1B5FB 5P5ZA 1TW7A 4Y5LA 1LYAA 3IVIA 5OZ5A 1META 4FSEA 4DH6A 3GGXA 1PSAA 5P11A 3EKYA 5P51A 4EJKA 5P7XA 4BELA 3NDTA 3OU1B 5P78A 5I3VA 5P6HA 3TPPA 2IGXA 3S53A 4ZPEA 2FDDA 3EL4A 2F80A 5AHCA 4HZTA 2I4DA 5P2RA 4B72A 5P8HA 5P47A 5P64A 2BPXA 2O4SA 2QD6A 4DJWA 3MWSA 4RCFA 5KR0A 5OZ2A 4QJ9A 4Y41A 1ZPKA 5HDZA 5P46A 1FG8C 5HDUA 2WF1A 5P6VA 4EJDA 5P16A 5P13A 3TNEA 5ER2E 1KJFA 2JJIA 1QBUA 4OC6B 4Y37A 5P71A 5P7AA 5P6SA 4KE0A 3QIHA 3OU4B 4D83A 5P06A 1BAIA 4J54A 3OUAA 5P1RA 3DM6A 4GJDA 5P00A 1HVJA 5TOLA 3UDKA 4ER2E 1E5OE 3TTPA 3TLHA 5P80A 5P65A 1SGZA 1KJ4A 1D4YA 3JW2A 3HZCA 3DOXA 5P0GA 1MTRA 1HPVA 5P82A 3HVPA 5P29A 4CPUA 3U6AA 1GKTA 4Y9WA 4Y3XA 3KT2A 3AIDA 4HEGA 5AGZA 3IGBA 1ODXA 2ASIA 5JODA 1BILA 4A6BA 4J1KA 5P5VA 3S45A 3QBHA 2JYSA 4F74A 3O9AA 2HS2A 1MIQA 1GNMA 5OZOA 5P5DA 3OHFA 5P2SA 3ZKNA 2CENA 3PVKA 2AOEA 4KB9A 5P4TA 3PMUA 1B5FA 2WEZA 3L3AA 4OBJA 3MSKA 5P1SA 5P3XA 3VSWA 4YD7A 3I25A 1HHPA 5HE4A 5OZDA 1BVEA 2Z4OA 1KJ7A 5P0YA 3QP0A 2IKUA 2V00A 4LXKA 2QNNA 3PLLA 1F7AA 4M8XA 3B80A 1APWE 3L38A 3BGBA 5P4CA 3OGQA 5P8EA 5P0UA 1FLHA 3Q6YA 2P83A 2R8NA 4DVFA 1BDLA 1A8GA 1HVSA 3K4VC 5SZ9A 2HPFA 5P30A 1FFIC 5P3GA 5KR1A 3TH9A 3HAUA 3K4VA 2ER9E 2UY0A 4Y5EA 1FQ7A 5P74A 3U71A 3TPRA 4Y5AA 2BBBA 2BB9A 1BVGA 2MIPA 3OK9A 1UH9A 1M43A 5P44A 3UQWA 4Z4XA 5P5SA 2ZHVA 2NPHA 3QPJA 1IDBA 1HRNA 4XX3A 3OQFA 1FQ5A 3NUJA 5DGUA 1VIJA 1UH8A 2ZJNA 3LIXA 3QN8A 4FRKA 5P85A 2V0ZC 5OZFA 5DQ5A 5P1CA 5P56A 5P70A 5COKA 1GVXA 1PPME 1FQ4A 3BVBA 3FNSA 4FGXA 5P8DA 3WZ8A 5P0FA 3ST5A 1EBZA 1HVLA 4PHVA 5OZUA 5P4SA 4FAEA 2AOIA 5P5UA 1HVIA 4QJ2A 2PK6A 1T7JA 4JECA 4I0IA 3LPJA 5P2EA 5P6ZA 3FKTA 1LS5A 3TOGA 2HB2A 2FXDA 4FRSA 2HPEA 4AA8A 2ZJMA 4Y5GA 3LIQA 4DQEA 4PZWA 5I3XA 1IIQA 4Y38A 4LXMA 5P8VA 1ZSRA 5OYWA 4PPHA 2F3FA 5HE7A 2O4LA 3IVHA 1D4KA 4DQHA 4K4QA 4H3GA 3FV3A 5P7BA 3DK1A 4K4PA 2P3CA 4FM8A 3INFA 5P05A 1LF3A 5P5FA 5P02A 5P7RA 5OZWA 1HIVA 4DQBA 5P7DA 1HSHA 5DQ1A 4J0PA 2G26A 5P31A 3K5GA 2FGVA 5OZYA 2AVOA 5P8MA 3LIZA 4Y58A 4FLGA 6UPJA 2RKFA 4ACUA 1K6TA 3O9HA 5P4BA 5P0KA 1TCWA 3O9LB 4U7QA 3RSVA 2WECA 4YDFA 5P35A 4YCYA 5OZPA 4APRE 3NU5A 5HDVA 1M0BA 4Y3MA 3M9FA 3TPLA 2G94A 4D85A 1GNNA 4GMIA 2ZJIA 4LL3A 5KAOA 2NNKA 5P5BA 4L7HA 2VNMA 4H3JA 4KUPA 1M4HA 5P0ZA 3NSHA 5HU0A 5P5QA 1PSOE 4RRNA 3GI6A 5OZLA 4DJPA 4FAFA 5P1TA 5P76A 3QAAA 4Z50A 1PPLE 4RGHA 4D89A 2QU3A 5P0IA 4NPUA 3D1XA 2QI1A 4I8ZA 1A8KA 5ER1E 3LITA 5P8RA 4R5NA 4FSLA 2NXMA 4ZPGA 2UXZA 4RYGA 3PCWA 4NPTA 2OF0A 1RNEA 1WBMA 1BWBA 1K1UA 1T6GA 5E5KA 3GGVA 3OAGA 5P2YA 2B7ZA 3OU3A 3PEPA 1SIPA 5P5RA 5P6LA 3SACA 3BUFA 5OZ3A 5AHBA 1EPNE 3HW1A 1ZP8A 3UDYA 3EL9A 3EXOA 1LYBB 3K5DA 5P4WA 3VV7A 4J1IA 2OHMA 2PH8A 4M8YA 5J25A 3T7PA 3CIBA 5P0QA 3K5CA 1RPIA 3VFAA 5HU1A 2XYEA 3PMYA 4MC9A 1ER8E 1K6PA 4B1CA 5P7OA 1LYWB 1E80E 3ZKQA 2B42A 4PEPA 4GJ8A 3F9QA 5IE1A 2FIVA 3OXWA 2QI4A 2APRA 3O9EA 4GJAA 5P3EA 5DR1A 1FIVA 5HVPA 4NKKA 5P2KA 1EC2A 3SM2A 4HDBA 1PFZA 2Q54A 5P3WA 3L5CA 5P79A 2J9KA 4DPFA 3SM1A 5P4DA 2VIZA 2FDEA 2QCIA 4OBZB 4I1CA 2BKTA 5P4PA 3UQUA 5P5CA 5P5OA 3O9CA 1HVHA 4EXHA 1FFFC 4Y4GA 2QMFA 4XKXA 2VA5A 5KQFA 1J71A 2AIDA 4Y3NA 5I70A 4RROA 3LZUA 2Q55A 4COEA 4L1AB 3IN4A 1AIDA 4FE6A 4EPJA 2QK5A 1TSUA 4U7VA 5P1XA 1Q9PA 1EPRE 5DPZA 1ZLFA 2QAKA 5P4RA 1XE6A 1UPJA 1LYAB 5P0BA 5P0OA 4CPWA 3O9DA 5P33A 3HAWA 4J1HA 1IZDA 1T7KA 1AM5A 1D4LA 5OZIA 1A30A 5P3MA 5OZ6A 2Q11A 4AZYA 4LBTA 2RMPA 1LYBA 1QDMA 2WF3A 1NPWA 4ZSPA 4OBGA 2PH6A 3RTMA 5P59A 5P8JA 3N4LA 3K1WA 1XS7D 3PWMA 4GJ9A 5P7SA 5P8GA 3INDA 3D3TA 5P7TA 1SMEA 4MC2A 4CPSA 5IVQA 3SA9A 5JFPA 4Y44A 5OYSA 5P4HA 9HVPA 7UPJA 4F76A 1A9MA 5P4OA 5OZSA 5P04A 2RKGA 4HA5A 1BXOA 4QJAA 3BRAA 5P3LA 2VS2A 5P0VA 4N00A 5P1HA 2O4PA 4Y3QA 3EL0A 3FIVA 2HS1A 3CYXA 3LZYA 3NU6A 4Y50A 2ER7E 2O4NA 4EJ8A 5P77A 2XFJA 3PWRA 4AMTA 5P3UA 2AOCA 3VUCA 3INHA 1MSMA 4A6CA 4RVJA 2B8VA 3CMSA 2QI3A 1IBQA 1D4HA 3UQPA 3KFNA 4FRJA 5P8BA 1MSNA 3SKFA 4L1AA 4Y5KA 5P5MA 3OQAA 1CMSA 3NU4A 3TPJA 2HAHA 5IVRA 5OZXA 3QRSA 4DJOA 4EQJA 5P89A 1C6YA 5P1DA 4Y53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F34 A;  1DPJ A;  4PYV A;  5P5J A;  2IQG A;  4Y3L A;  3VYE A;  2B60 A;  4DJU A;  3QRV A;  3GW5 A;  1W51 A;  5P3H A;  5OYX A;  2WED A;  1MUI A;  3KFS A;  1HXB A;  1B6P A;  4B0Q A;  3NXE A;  1AZ5 A;  5P32 A;  5P0W A;  4X7I A;  4I0Z A;  5P8U A;  5P20 A;  4K8S A;  5P1U A;  5OZT A;  4OD9 B;  5DQ2 A;  5DR4 A;  4I0J A;  5DQ4 A;  5P14 A;  5E5J A;  3SKG A;  2VJ6 A;  1XDH A;  5P3A A;  1HSG A;  3UPJ A;  4Y4Z A;  1DAZ C;  5P72 A;  5P7Q A;  3TKG A;  2I4U A;  3SFC A;  3VF7 A;  4TRY A;  1W5V A;  4RYC A;  5OYY A;  2IL2 A;  3VFB A;  4DFG A;  4ZSM A;  3CKT A;  1HTR B;  3D20 A;  1N49 A;  1BWA A;  4J0V A;  5P5E A;  2V11 C;  5KOQ A;  2WF0 A;  2A4F A;  1FMU A;  5OYZ A;  5P1W A;  1APT E;  1TZS A;  4ACX A;  4Y5P A;  3OU1 A;  2ZHS A;  1SH9 A;  3L58 A;  3OQD A;  5P8P A;  4ZSR A;  4I0F A;  2G1O A;  5JFU A;  5P7K A;  5P2Z A;  1HPO A;  3EKP A;  1YTG A;  2R38 A;  4Y4D A;  2QHY A;  6FIV A;  3OAD B;  3DV5 A;  3PSG A;  4DI2 A;  4I12 A;  5P39 A;  1MTB A;  5P49 A;  3OHH A;  2IDW A;  1Z8C A;  4IVS A;  4Y5M A;  4OC6 A;  3NU3 A;  3KN0 A;  1ZJ7 A;  5EZX A;  5P8T A;  2XYF A;  5OZQ A;  5P4L A;  3OU4 A;  3Q3T A;  3UFL A;  4RVI A;  5DR8 A;  5P7P A;  1XN2 A;  3ZKX A;  5P42 A;  4YD5 A;  3WB5 A;  4JPC A;  5P55 A;  3ZPT A;  5P5W A;  4Y4W A;  3PCZ A;  2XFK A;  5P2J A;  5P7M A;  4TRZ A;  4Y35 A;  3GI0 A;  1FQ8 A;  3OUB A;  2EWY A;  2AVQ A;  3DUY A;  3Q4B A;  3N3I A;  3SO9 A;  2AQU A;  2IGY A;  3NR6 A;  5P2F A;  5OZ9 A;  3NWX A;  3KT5 A;  4Y4X A;  5P6O A;  5P3J A;  3OOT A;  4AA9 A;  2Q5K A;  4F75 A;  4OBK A;  4J5J A;  4Y45 A;  1NH0 A;  3UHL A;  4Y47 A;  2ZJK A;  3NWQ A;  5OYR A;  5P3V A;  2OHK A;  3KDB A;  4Y3S A;  4YOA A;  5P5N A;  2UPJ A;  3RSX A;  2FMB A;  3URI A;  4RRS A;  3QRO A;  3VYF A;  4JOO A;  2PYN A;  1HVC A;  4FRI A;  3O9G A;  5AHA A;  2WL0 A;  5P10 A;  1YTI A;  5P7E A;  2WF4 A;  4J0Z A;  5I3W A;  3S7L A;  2R3T A;  2ER6 E;  2ZJL A;  3PBD A;  4TRW A;  1NPV A;  2Q64 A;  1GVT A;  1W50 A;  1MRW A;  3T11 A;  5P67 A;  4CPQ A;  2V12 C;  2XFI A;  1W5W A;  2VA6 A;  2VJ9 A;  3BC4 A;  2HC0 A;  1PPK E;  5KQX A;  2ZGA A;  4EWO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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